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Ácido Desoxirribonucleico
Ácido Desoxirribonucleico
Para que la información que contiene el ADN pueda ser utilizada por la maquinaria celular,
debe copiarse en primer lugar en unos trenes de nucleótidos, más cortos y con unas
unidades diferentes, llamados ARN. Las moléculas de ARN se copian exactamente del
ADN mediante un proceso denominado transcripción. Una vez procesadas en el núcleo
celular, las moléculas de ARN pueden salir al citoplasma para su utilización posterior. La
información contenida en el ARN se interpreta usando el código genético, que especifica la
secuencia de los aminoácidos de las proteínas, según una correspondencia de un triplete de
nucleótidos (codón) para cada aminoácido. Esto es, la información genética (esencialmente:
qué proteínas se van a producir en cada momento del ciclo de vida de una célula) se halla
codificada en las secuencias de nucleótidos del ADN y debe traducirse para poder
funcionar. Tal traducción se realiza usando el código genético a modo de diccionario. El
diccionario "secuencia de nucleótido-secuencia de aminoácidos" permite el ensamblado de
largas cadenas de aminoácidos (las proteínas) en el citoplasma de la célula. Por ejemplo, en
el caso de la secuencia de ADN indicada antes (ATGCTAGATCGC...), la ARN polimerasa
utilizaría como molde la cadena complementaria de dicha secuencia de ADN (que sería
TAC-GAT-CTA-GCG-...) para transcribir una molécula de ARNm que se leería AUG-CUA-
GAU-CGC-... ; el ARNm resultante, utilizando el código genético, se traduciría como la
secuencia de aminoácidos metionina-leucina-ácido aspártico-arginina-...
Dentro de las células, el ADN está organizado en estructuras llamadas cromosomas que,
durante el ciclo celular, se duplican antes de que la célula se divida. Los organismos
eucariotas (por ejemplo, animales, plantas, y hongos) almacenan la mayor parte de su ADN
dentro del núcleo celular y una mínima parte en elementos celulares llamados mitocondrias,
y en los plastos y los centros organizadores de microtúbulos o centríolos, en caso de
tenerlos; los organismos procariotas (bacterias y arqueas) lo almacenan en el citoplasma de
la célula, y, por último, los virus ADN lo hacen en el interior de la cápsida de naturaleza
proteica. Existen multitud de proteínas, como por ejemplo las histonas y los factores de
transcripción, que se unen al ADN dotándolo de una estructura tridimensional determinada
y regulando su expresión. Los factores de transcripción reconocen secuencias reguladoras
del ADN y especifican la pauta de transcripción de los genes. El material genético
completo de una dotación cromosómica se denomina genoma y, con pequeñas variaciones,
es característico de cada especie.
Contenido
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1 Historia de la genética
2 Propiedades físicas y químicas
o 2.1 Componentes
o 2.2 Apareamiento de bases
2.2.1 Otros tipos de pares de bases
o 2.3 Estructura
2.3.1 Estructuras en doble hélice
2.3.2 Estructuras en cuádruplex
o 2.4 Hendiduras mayor y menor
o 2.5 Sentido y antisentido
o 2.6 Superenrollamiento
3 Modificaciones químicas
o 3.1 Modificaciones de bases
o 3.2 Daño del ADN
4 Funciones biológicas
o 4.1 Genes y genoma
4.1.1 El ADN codificante
4.1.2 El ADN no codificante ("ADN basura")
o 4.2 Transcripción y traducción
o 4.3 Replicación del ADN
5 Interacciones ADN-proteína
o 5.1 Proteínas que unen ADN
5.1.1 Interacciones inespecíficas
5.1.2 Interacciones específicas
o 5.2 Enzimas que modifican el ADN
5.2.1 Nucleasas y ligasas
5.2.2 Topoisomerasas y helicasas
5.2.3 Polimerasas
6 Recombinación genética
7 Evolución del metabolismo de ADN
8 Técnicas comunes
o 8.1 Tecnología del ADN recombinante
o 8.2 Secuenciación
o 8.3 Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
o 8.4 Southern blot
o 8.5 Chips de ADN
9 Aplicaciones
o 9.1 Ingeniería genética
o 9.2 Medicina forense
o 9.3 Bioinformática
o 9.4 Nanotecnología de ADN
o 9.5 Historia y antropología
10 Véase también
11 Referencias
o 11.1 Notas
o 11.2 Bibliografía
12 Enlaces externos
El ADN lo aisló por primera vez, durante el invierno de 1869, el médico suizo Friedrich
Miescher mientras trabajaba en la Universidad de Tubinga. Miescher realizaba
experimentos acerca de la composición química del pus de vendas quirúrgicas desechadas
cuando notó un precipitado de una sustancia desconocida que caracterizó químicamente
más tarde.[1] [2] Lo llamó nucleína, debido a que lo había extraído a partir de núcleos
celulares.[3] Se necesitaron casi 70 años de investigación para poder identificar los
componentes y la estructura de los ácidos nucleicos.
En 1919 Phoebus Levene identificó que un nucleótido está formado por una base
nitrogenada, un azúcar y un fosfato.[4] Levene sugirió que el ADN formaba una estructura
con forma de solenoide (muelle) con unidades de nucleótidos unidos a través de los grupos
fosfato. En 1930 Levene y su maestro Albrecht Kossel probaron que la nucleína de
Miescher es un ácido desoxirribonucleico (ADN) formado por cuatro bases nitrogenadas
(citosina (C), timina (T), adenina (A) y guanina (G)), el azúcar desoxirribosa y un grupo
fosfato, y que, en su estructura básica, el nucleótido está compuesto por un azúcar unido a
la base y al fosfato.[5] Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las bases
se repetían en un orden fijo. En 1937 William Astbury produjo el primer patrón de
difracción de rayos X que mostraba que el ADN tenía una estructura regular.[6]
La función biológica del ADN comenzó a dilucidarse en 1928, con una serie básica de
experimentos de la genética moderna realizados por Frederick Griffith, quien estaba
trabajando con cepas "lisas" (S) o "rugosas" (R) de la bacteria Pneumococcus (causante de
la neumonía), según la presencia (S) o no (R) de una cápsula azucarada, que es la que
confiere virulencia (véase también experimento de Griffith). La inyección de neumococos S
vivos en ratones produce la muerte de éstos, y Griffith observó que, si inyectaba ratones
con neumococos R vivos o con neumococos S muertos por calor, los ratones no morían. Sin
embargo, si inyectaba a la vez neumococos R vivos y neumococos S muertos, los ratones
morían, y en su sangre se podían aislar neumococos S vivos. Como las bacterias muertas no
pudieron haberse multiplicado dentro del ratón, Griffith razonó que debía producirse algún
tipo de cambio o transformación de un tipo bacteriano a otro por medio de una
transferencia de alguna sustancia activa, que denominó principio transformante. Esta
sustancia proporcionaba la capacidad a los neumococos R de producir una cápsula
azucarada y transformarse así en virulentas. En los siguientes 15 años, estos experimentos
iniciales se replicaron mezclando distintos tipos de cepas bacterianas muertas por el calor
con otras vivas, tanto en ratones (in vivo) como en tubos de ensayo (in vitro).[7] La
búsqueda del «factor transformante» que era capaz de hacer virulentas a cepas que
inicialmente no lo eran continuó hasta 1944, año en el cual Oswald Avery, Colin MacLeod
y Maclyn McCarty realizaron un experimento hoy clásico. Estos investigadores extrajeron
la fracción activa (el factor transformante) y, mediante análisis químicos, enzimáticos y
serológicos, observaron que no contenía proteínas, ni lípidos no ligados, ni polisacáridos
activos, sino que estaba constituido principalmente por "una forma viscosa de ácido
desoxirribonucleico altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extraído de las cepas
bacterianas S muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el resultado
fue que se formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluyó inequívocamente que el
factor o principio transformante era el ADN.[8]
A pesar de que la identificación del ADN como principio transformante aún tardó varios
años en ser universalmente aceptada, este descubrimiento fue decisivo en el conocimiento
de la base molecular de la herencia, y constituye el nacimiento de la genética molecular.
Finalmente, el papel exclusivo del ADN en la heredabilidad fue confirmado en 1952
mediante los experimentos de Alfred Hershey y Martha Chase, en los cuales comprobaron
que el fago T2 transmitía su información genética en su ADN, pero no en su proteína[9]
(véase también experimento de Hershey y Chase).
El ADN es un largo polímero formado por unidades repetitivas, los nucleótidos.[17] [18] Una
doble cadena de ADN mide de 22 a 26 angstroms (2,2 a 2,6 nanómetros) de ancho, y una
unidad (un nucleótido) mide 3,3 Å (0,33 nm) de largo.[19] Aunque cada unidad individual
que se repite es muy pequeña, los polímeros de ADN pueden ser moléculas enormes que
contienen millones de nucleótidos. Por ejemplo, el cromosoma humano más largo, el
cromosoma número 1, tiene aproximadamente 220 millones de pares de bases.[20]
En los organismos vivos, el ADN no suele existir como una molécula individual, sino como
una pareja de moléculas estrechamente asociadas. Las dos cadenas de ADN se enroscan
sobre sí mismas formando una especie de escalera de caracol, denominada doble hélice. El
modelo de estructura en doble hélice fue propuesto en 1953 por James Watson y Francis
Crick (el artículo Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose
Nucleic Acid fue publicado el 25 de abril de 1953 en Nature).[21] El éxito de este modelo
radicaba en su consistencia con las propiedades físicas y químicas del ADN. El estudio
mostraba además que la complementariedad de bases podía ser relevante en su replicación,
y también la importancia de la secuencia de bases como portadora de información genética.
[22] [23] [24]
Cada unidad que se repite, el nucleótido, contiene un segmento de la estructura de
soporte (azúcar + fosfato), que mantiene la cadena unida, y una base, que interacciona con
la otra cadena de ADN en la hélice. En general, una base ligada a un azúcar se denomina
nucleósido y una base ligada a un azúcar y a uno o más grupos fosfatos recibe el nombre de
nucleótido.
[editar] Componentes
Estructura de soporte: La estructura de soporte de una hebra de ADN está formada por
unidades alternas de grupos fosfato y azúcar.[26] El azúcar en el ADN es una pentosa,
concretamente, la desoxirribosa.
Ácido fosfórico:
Enlace fosfodiéster. El grupo fosfato (PO43-) une el carbono 5' del azúcar de un nucleósido
con el carbono 3' del siguiente.
Su fórmula química es H3PO4. Cada nucleótido puede contener uno (monofosfato:
AMP), dos (difosfato: ADP) o tres (trifosfato: ATP) grupos de ácido fosfórico,
aunque como monómeros constituyentes de los ácidos nucleicos sólo aparecen en
forma de nucleósidos monofosfato.
Desoxirribosa:
Es un monosacárido de 5 átomos de carbono (una pentosa) derivado de la ribosa,
que forma parte de la estructura de nucleótidos del ADN. Su fórmula es C5H10O4.
Una de las principales diferencias entre el ADN y el ARN es el azúcar, pues en el
ARN la 2-desoxirribosa del ADN es reemplazada por una pentosa alternativa, la
ribosa.[24]
Las moléculas de azúcar se unen entre sí a través de grupos fosfato, que forman
enlaces fosfodiéster entre los átomos de carbono tercero (3′, «tres prima») y quinto
(5′, «cinco prima») de dos anillos adyacentes de azúcar. La formación de enlaces
asimétricos implica que cada hebra de ADN tiene una dirección. En una doble
hélice, la dirección de los nucleótidos en una hebra (3′ → 5′) es opuesta a la
dirección en la otra hebra (5′ → 3′). Esta organización de las hebras de ADN se
denomina antiparalela; son cadenas paralelas, pero con direcciones opuestas. De la
misma manera, los extremos asimétricos de las hebras de ADN se denominan
extremo 5′ («cinco prima») y extremo 3′ («tres prima»), respectivamente.
Bases nitrogenadas:
Timina:
Citosina:
Adenina: 6-aminopurina.
Adenina:
Guanina:
También existen otras bases nitrogenadas (las llamadas bases nitrogenadas minoritarias),
derivadas de forma natural o sintética de alguna otra base mayoritaria. Lo son por ejemplo
la hipoxantina, relativamente abundante en el tRNA, o la cafeína, ambas derivadas de la
adenina; otras, como el aciclovir, derivadas de la guanina, son análogos sintéticos usados en
terapia antiviral; otras, como una de las derivadas del uracilo, son antitumorales.
Las bases nitrogenadas tienen una serie de características que les confieren unas
propiedades determinadas. Una característica importante es su carácter aromático,
consecuencia de la presencia en el anillo de dobles enlaces en posición conjugada. Ello les
confiere la capacidad de absorber luz en la zona ultravioleta del espectro en torno a los 260
nm, lo cual puede aprovecharse para determinar el coeficiente de extinción del ADN y
hallar la concentración existente de los ácidos nucleicos. Otra de sus características es que
presentan tautomería o isomería de grupos funcionales, debido a que un átomo de
hidrógeno unido a otro átomo puede migrar a una posición vecina; en las bases
nitrogenadas se dan dos tipos de tautomerías: tautomería lactama-lactima, donde el
hidrógeno migra del nitrógeno al oxígeno del grupo oxo (forma lactama) y viceversa
(forma lactima), y tautomería imina-amina primaria, donde el hidrógeno puede estar
formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al nitrógeno adyacente (forma
imina). La adenina sólo puede presentar tautomería amina-imina, la timina y el uracilo
muestran tautomería doble lactama-lactima, y la guanina y citosina pueden presentar
ambas. Por otro lado, y aunque se trate de moléculas apolares, las bases nitrogenadas
presentan suficiente carácter polar como para establecer puentes de hidrógeno, ya que
tienen átomos muy electronegativos (nitrógeno y oxígeno) que presentan carga parcial
negativa, y átomos de hidrógeno con carga parcial positiva, de manera que se forman
dipolos que permiten que se formen estos enlaces débiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene alrededor de 3.000 millones de pares de
bases. Para indicar el tamaño de las moléculas de ADN se indica el número de pares de
bases, y como derivados hay dos unidades de medida muy utilizadas, la kilobase (kb), que
equivale a 1.000 pares de bases, y la megabase (Mb), que equivale a un millón de pares de
bases.
Un par A=T con dos puentes de hidrógeno. Los puentes de hidrógeno se muestran como
líneas discontinuas.
Cada tipo de base en una hebra forma un enlace únicamente con un tipo de base en la otra
hebra, lo que se denomina complementariedad de las bases. Así, las purinas forman enlaces
con las pirimidinas, de forma que A se enlaza sólo con T, y C sólo con G. La organización
de dos nucleótidos apareados a lo largo de la doble hélice se denomina apareamiento de
bases. Este emparejamiento corresponde a la observación ya realizada por Erwin Chargaff
(1905-2002),[29] que mostró que la cantidad de adenina era muy similar a la cantidad de
timina, y que la cantidad de citosina era igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como
resultado de esta complementariedad, toda la información contenida en la secuencia de
doble hebra de la hélice de ADN está duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental
durante el proceso de replicación del ADN. En efecto, esta interacción reversible y
específica entre pares de bases complementarias es crítica para todas las funciones del
ADN en los organismos vivos.[17]
Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de bases forman un número
diferente de enlaces de hidrógeno: A=T forman dos puentes de hidrógeno, y C≡G forman
tres puentes de hidrógeno (ver imágenes). El par de bases GC es por tanto más fuerte que el
par de bases AT. Como consecuencia, tanto el porcentaje de pares de bases GC como la
longitud total de la doble hélice de ADN determinan la fuerza de la asociación entre las dos
hebras de ADN. Las dobles hélices largas de ADN con alto contenido en GC tienen hebras
que interaccionan más fuertemente que las dobles hélices cortas con alto contenido en AT.
[30]
Por esta razón, las zonas de la doble hélice de ADN que necesitan separarse fácilmente
tienden a tener un alto contenido en AT, como por ejemplo la secuencia TATAAT de la
caja de Pribnow de algunos promotores.[31] En el laboratorio, la fuerza de esta interacción
puede medirse buscando la temperatura requerida para romper los puentes de hidrógeno, la
temperatura de fusión (también denominado valor Tm, del inglés melting temperature).
Cuando todas las pares de bases en una doble hélice se funden, las hebras se separan en
solución en dos hebras completamente independientes. Estas moléculas de ADN de hebra
simple no tienen una única forma común, sino que algunas conformaciones son más
estables que otras.[32]
Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar según el modo como se
forman los puentes de hidrógeno. Los que se observan en la doble hélice de ADN son los
llamados pares de bases Watson-Crick, pero también existen otros posibles pares de bases,
como los denominados Hoogsteen y Wobble u oscilante, que pueden aparecer en
circunstancias particulares. Además, para cada tipo existe a su vez el mismo par reverso, es
decir, el que se da si se gira la base pirimidínica 180º sobre su eje.
Watson-Crick (pares de bases de la doble hélice): los grupos de la base púrica que
intervienen en el enlace de hidrógeno son los que corresponden a las posiciones 1 y
6 (N aceptor y -NH2 donador si la purina es una A) y los grupos de la base
pirimidínica, los que se encuentran en las posiciones 3 y 4 (-NH donador y C=O
aceptor si la pirimidina es una T). En el par de bases Watson-Crick reverso
participarían los grupos de las posiciones 2 y 3 de la base pirimidínica (ver
imágenes).
Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base púrica, que ofrece una cara
diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos de las pirimidinas
de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). También puede haber Hoogsteen
reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse A=U (Hoogsteen y Hoogsteen
reverso) y A=C (Hoogsteen reverso).
Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan guanina y citosina con
un doble enlace (G=T). La base púrica (G) forma enlace con los grupos de las
posiciones 1 y 6 (como en Watson-Crick) y la pirimidina (T) con los grupos de las
posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionaría con A=C, ya que quedarían
enfrentados los 2 aceptores y los 2 donadores, y sólo se podría dar en el caso
inverso. Encontramos pares de bases de tipo oscilante en el ARN, durante el
apareamiento de codón y anticodón. Con este tipo de enlace pueden unirse G=U
(oscilante y oscilante reverso) y A=C (oscilante reverso).
En total, en su forma tautomérica mayoritaria, existen 28 posibles pares de bases
nitrogenadas: 10 posibles pares de bases purina-pirimidina (2 pares Watson-Crick y 2
Watson Crick reverso, 1 par Hoogsteen y 2 pares Hoogsteen reverso, 1 par oscilante y 2
pares oscilante reverso), 7 pares homo purina-purina (A=A, G=G), 4 pares A=G y 7 pares
pirimidina-pirimidina. Esto sin contar con los pares de bases que pueden formarse si
también tenemos en cuenta las otras formas tautoméricas minoritarias de las bases
nitrogenadas; éstos, además, pueden ser responsables de mutaciones puntuales por
sustitución de tipo transición.
[editar] Estructura
El ADN es una molécula bicatenaria, es decir, está formada por dos cadenas dispuestas de
forma antiparalela y con las bases nitrogenadas enfrentadas. En su estructura
tridimensional, se distinguen distintos niveles:[33] [34]
1. Estructura primaria:
o Secuencia de nucleótidos encadenados. Es en estas cadenas donde se
encuentra la información genética, y dado que el esqueleto es el mismo para
todos, la diferencia de la información radica en la distinta secuencia de bases
nitrogenadas. Esta secuencia presenta un código, que determina una
información u otra, según el orden de las bases.
1. Estructura secundaria:
o Es una estructura en doble hélice. Permite explicar el almacenamiento de la
información genética y el mecanismo de duplicación del ADN. Fue
postulada por Watson y Crick, basándose en la difracción de rayos X que
habían realizado Franklin y Wilkins, y en la equivalencia de bases de
Chargaff, según la cual la suma de adeninas más guaninas es igual a la suma
de timinas más citosinas.
o Es una cadena doble, dextrógira o levógira, según el tipo de ADN. Ambas
cadenas son complementarias, pues la adenina y la guanina de una cadena se
unen, respectivamente, a la timina y la citosina de la otra. Ambas cadenas
son antiparalelas, pues el extremo 3´ de una se enfrenta al extremo 5´ de la
homóloga.
o Existen tres modelos de ADN. El ADN de tipo B es el más abundante y es el
que tiene la estructura descrita por Watson y Crick.
2. Estructura terciaria:
o Se refiere a cómo se almacena el ADN en un espacio reducido, para formar
los cromosomas. Varía según se trate de organismos procariotas o
eucariotas:
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, más amplia que la "B", con una
hendidura menor superficial y más amplia, y una hendidura mayor más estrecha y
profunda. La forma "A" ocurre en condiciones no fisiológicas en formas deshidratadas de
ADN, mientras que en la célula puede producirse en apareamientos híbridos de hebras
ADN-ARN, además de en complejos enzima-ADN.[37] [38]
Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas por metilación pueden
sufrir cambios conformacionales mayores y adoptar la forma "Z". En este caso, las hebras
giran alrededor del eje de la hélice en una espiral que gira a mano izquierda, lo opuesto a la
forma "B" más frecuente.[39] Estas estructuras poco frecuentes pueden ser reconocidas por
proteínas específicas que se unen a ADN-Z y posiblemente estén implicadas en la
regulación de la transcripción.[40]
Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los extremos cromosómicos mediante
la formación de estructuras de juegos apilados de unidades de cuatro bases, en lugar de los
pares de bases encontrados normalmente en otras estructuras de ADN. En este caso, cuatro
bases guanina forman unidades con superficie plana que se apilan una sobre otra, para
formar una estructura cuádruple-G estable.[45] Estas estructuras se estabilizan formando
puentes de hidrógeno entre los extremos de las bases y la quelatación de un metal iónico en
el centro de cada unidad de cuatro bases.[46] También se pueden formar otras estructuras,
con el juego central de cuatro bases procedente, o bien de una hebra sencilla plegada
alrededor de las bases, o bien de varias hebras paralelas diferentes, de forma que cada una
contribuye con una base a la estructura central.
Además de estas estructuras apiladas, los telómeros también forman largas estructuras en
lazo, denominadas lazos teloméricos o lazos-T (T-loops en inglés). En este caso, las hebras
simples de ADN se enroscan sobre sí mismas en un amplio círculo estabilizado por
proteínas que se unen a telómeros.[47] En el extremo del lazo T, el ADN telomérico de hebra
sencilla se sujeta a una región de ADN de doble hebra porque la hebra de ADN telomérico
altera la doble hélice y se aparea a una de las dos hebras. Esta estructura de triple hebra se
denomina lazo de desplazamiento o lazo D (D-loop).[45]
La doble hélice es una espiral dextrógira, esto es, cada una de las cadenas de nucleótidos
gira a derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la
dirección que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer plano. Si las dos
hebras giran a derechas se dice que la doble hélice es dextrógira, y si giran a izquierdas,
levógira (esta forma puede aparecer en hélices alternativas debido a cambios
conformacionales en el ADN). Pero en la conformación más común que adopta el ADN, la
doble hélice es dextrógira, girando cada par de bases respecto al anterior unos 36º.[49]
Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a izquierdas),
se forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando expuestos los laterales de
las bases nitrogenadas del interior (ver la animación). En la conformación más común que
adopta el ADN aparecen, como consecuencia de los ángulos formados entre los azúcares de
ambas cadenas de cada par de bases nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la
superficie de la doble hélice: una de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 Å (2,2
nm) de ancho, y la otra, la hendidura o surco menor, que mide 12 Å (1,2 nm) de ancho.[50]
Cada vuelta de hélice, que es cuando ésta ha realizado un giro de 360º o lo que es lo mismo,
de principio de hendidura mayor a final de hendidura menor, medirá por tanto 34 Å, y en
cada una de esas vueltas hay unos 10,5 pb.
La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son más accesibles
en ésta, de forma que la cantidad de grupos químicos expuestos también es mayor lo cual
facilita la diferenciación entre los pares de bases A-T, T-A, C-G, G-C. Como consecuencia
de ello, también se verá facilitado el reconocimiento de secuencias de ADN por parte de
diferentes proteínas sin la necesidad de abrir la doble hélice. Así, proteínas como los
factores de transcripción que pueden unirse a secuencias específicas, frecuentemente
contactan con los laterales de las bases expuestos en la hendidura mayor.[51] Por el
contrario, los grupos químicos que quedan expuestos en la hendidura menor son similares,
de forma que el reconocimiento de los pares de bases es más difícil; por ello se dice que la
hendidura mayor contiene más información que la hendidura menor.[49]
En unas pocas secuencias de ADN en procariotas y eucariotas (este hecho es más frecuente
en plásmidos y virus), la distinción entre hebras sentido y antisentido es más difusa, debido
a que presentan genes superpuestos.[54] En estos casos, algunas secuencias de ADN tienen
una función doble, codificando una proteína cuando se lee a lo largo de una hebra, y una
segunda proteína cuando se lee en la dirección contraria a lo largo de la otra hebra. En
bacterias, esta superposición puede estar involucrada en la regulación de la transcripción
del gen,[55] mientras que en virus los genes superpuestos aumentan la cantidad de
información que puede codificarse en sus diminutos genomas.[56]
[editar] Superenrollamiento
Estructura de moléculas de ADN lineales con los extremos fijos y superenrolladas. Por
claridad, se ha omitido la estructura en hélice del ADN.
La expresión de los genes está influenciada por la forma en la que el ADN está
empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada cromatina. Las
modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del ADN: las
regiones que presentan una expresión génica baja o nula normalmente contienen niveles
altos de metilación de las bases citosina. Por ejemplo, la metilación de citosina produce 5-
metil-citosina, que es importante para la inactivación del cromosoma X.[60] El nivel medio
de metilación varía entre organismos: el gusano Caenorhabditis elegans carece de
metilación de citosina, mientras que los vertebrados presentan un nivel alto - hasta 1% de
su ADN contiene 5-metil-citosina.[61] A pesar de la importancia de la 5-metil-citosina, ésta
puede desaminarse para generar una base timina. Las citosinas metiladas son por tanto
particularmente sensibles a mutaciones.[62] Otras modificaciones de bases incluyen la
metilación de adenina en bacterias y la glicosilación de uracilo para producir la "base-J" en
kinetoplastos.[63] [64]
El ADN puede resultar dañado por muchos tipos de mutágenos, que cambian la secuencia
del ADN: agentes alquilantes, además de radiación electromagnética de alta energía, como
luz ultravioleta y rayos X. El tipo de daño producido en el ADN depende del tipo de
mutágeno. Por ejemplo, la luz UV puede dañar al ADN produciendo dímeros de timina,
que se forman por ligamiento cruzado entre bases pirimidínicas.[66] Por otro lado, oxidantes
tales como radicales libres o el peróxido de hidrógeno producen múltiples daños,
incluyendo modificaciones de bases, sobre todo guanina, y roturas de doble hebra (double-
strand breaks).[67] En una célula humana cualquiera, alrededor de 500 bases sufren daño
oxidativo cada día.[68] [69] De estas lesiones oxidativas, las más peligrosas son las roturas de
doble hebra, ya que son difíciles de reparar y pueden producir mutaciones puntuales,
inserciones y deleciones de la secuencia de ADN, así como translocaciones cromosómicas.
[70]
Muchos mutágenos se posicionan entre dos pares de bases adyacentes, por lo que se
denominan agentes intercalantes. La mayoría de los agentes intercalantes son moléculas
aromáticas y planas, como el bromuro de etidio, la daunomicina, la doxorubicina y la
talidomida. Para que un agente intercalante pueda integrarse entre dos pares de bases, éstas
deben separarse, distorsionando las hebras de ADN y abriendo la doble hélice. Esto inhibe
la transcripción y la replicación del ADN, causando toxicidad y mutaciones. Por ello, los
agentes intercalantes del ADN son a menudo carcinógenos: el benzopireno, las acridinas, la
aflatoxina y el bromuro de etidio son ejemplos bien conocidos.[71] [72] [73] Sin embargo,
debido a su capacidad para inhibir la replicación y la transcripción del ADN, estas toxinas
también se utilizan en quimioterapia para inhibir el rápido crecimiento de las células
cancerosas.[74]
El daño en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes mecanismos de reparación
que reconocen lesiones específicas en el ADN, que son reparadas en el momento para
recuperar la secuencia original del ADN. Asimismo, el daño en el ADN provoca una parada
en el ciclo celular, que conlleva la alteración de numerosos procesos fisiológicos, que a su
vez implica síntesis, transporte y degradación de proteínas (véase también Checkpoint de
daños en el ADN). Alternativamente, si el daño genómico es demasiado grande para que
pueda ser reparado, los mecanismos de control inducirán la activación de una serie de rutas
celulares que culminarán en la muerte celular.
Desde este punto de vista, las obreras de este mecanismo son las proteínas. Estas pueden
ser estructurales, como las proteínas de los músculos, cartílagos, pelo, etc., o funcionales,
como la hemoglobina o las innumerables enzimas del organismo. La función principal de la
herencia es la especificación de las proteínas, siendo el ADN una especie de plano o receta
para producirlas. La mayor parte de las veces la modificación del ADN provocará una
disfunción proteica que dará lugar a la aparición de alguna enfermedad. Pero en
determinadas ocasiones, las modificaciones podrán provocar cambios beneficiosos que
darán lugar a individuos mejor adaptados a su entorno.
Por otro lado, algunas secuencias de ADN desempeñan un papel estructural en los
cromosomas: los telómeros y centrómeros contienen pocos o ningún gen codificante de
proteínas, pero son importantes para estabilizar la estructura de los cromosomas. Algunos
genes no codifican proteínas, pero sí se transcriben en ARN: ARN ribosómico, ARN de
transferencia y ARN de interferencia (ARNi, que son ARN que bloquean la expresión de
genes específicos). La estructura de intrones y exones de algunos genes (como los de
inmunoglobulinas y protocadherinas) son importantes por permitir los cortes y empalmes
alternativos del pre-ARN mensajero que hacen posible la síntesis de diferentes proteínas a
partir de un mismo gen (sin esta capacidad no existiría el sistema inmune, por ejemplo).
Algunas secuencias de ADN no codificante representan pseudogenes que tienen valor
evolutivo, ya que permiten la creación de nuevos genes con nuevas funciones.[34] Otros
ADN no codificantes proceden de la duplicación de pequeñas regiones del ADN; esto tiene
mucha utilidad, ya que el rastreo de estas secuencias repetitivas permite estudios de
filogenia.
La replicación del ADN es el proceso por el cual se obtienen copias o réplicas idénticas de
una molécula de ADN. La replicación es fundamental para la transferencia de la
información genética de una generación a la siguiente y, por ende, es la base de la herencia.
El mecanismo consiste esencialmente en la separación de las dos hebras de la doble hélice,
las cuales sirven de molde para la posterior síntesis de cadenas complementarias a cada una
de ellas. El resultado final son dos moléculas idénticas a la original. Este tipo de replicación
se denomina semiconservativa debido a que cada una de las dos moléculas resultantes de la
duplicación presenta una cadena procedente de la molécula "madre" y otra recién
sintetizada.
Interacción de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminoácidos básicos de estas
proteínas (abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos ácidos de los fosfatos del ADN
(abajo a la derecha, en rojo).
Las proteínas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de
interacciones inespecíficas ADN-proteínas. En los cromosomas, el ADN se encuentra
formando complejos con proteínas estructurales. Estas proteínas organizan el ADN en una
estructura compacta denominada cromatina. En eucariotas esta estructura implica la unión
del ADN a un complejo formado por pequeñas proteínas básicas denominadas histonas,
mientras que en procariotas están involucradas una gran variedad de proteínas.[81] [82] Las
histonas forman un complejo de forma cilíndrica denominado nucleosoma, en torno al cual
se enrollan casi dos vueltas de ADN de doble hélice. Estas interacciones inespecíficas
quedan determinadas por la existencia de residuos básicos en las histonas, que forman
enlaces iónicos con el esqueleto de azúcar-fosfato del ADN y, por tanto, son en gran parte
independientes de la secuencia de bases.[83] Estos aminoácidos básicos experimentan
modificaciones químicas de metilación, fosforilación y acetilación,[84] que alteran la fuerza
de la interacción entre el ADN y las histonas, haciendo al ADN más o menos accesible a
los factores de transcripción y por tanto modificando la tasa de transcripción.[85]
Otras proteínas que se unen a ADN de manera inespecífica en la cromatina incluyen las
proteínas del grupo de alta movilidad (HMG, High Mobility Group) que se unen a ADN
plegado o distorsionado.[86] Estas proteínas son importantes durante el plegamiento de los
nucleosomas, organizándolos en estructuras más complejas para constituir los
cromosomas[87] durante el proceso de condensación cromosómica. Se ha propuesto que en
este proceso también intervendrían otras proteínas, formando una especie de "andamio"
sobre el cual se organiza la cromatina; los principales componentes de esta estructura serían
la enzima topoisomerasa II α (topoIIalpha) y la condensina 13S.[88] Sin embargo, el papel
estructural de la topoIIalpha en la organización de los cromosomas aún es discutido, ya que
otros grupos argumentan que esta enzima se intercambia rápidamente tanto en los brazos
cromosómicos como en los cinetocoros durante la mitosis.[89]
El factor de transcripción represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante un
motivo hélice-giro-hélice (helix-turn-helix).[91]
Sin embargo, otras proteínas han evolucionado para unirse específicamente a secuencias
particulares de ADN. La especificidad de la interacción de las proteínas con el ADN
procede de los múltiples contactos con las bases de ADN, lo que les permite "leer" la
secuencia del ADN. La mayoría de esas interacciones con las bases ocurre en la hendidura
mayor, donde las bases son más accesibles.[92]
Las proteínas específicas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de regular la
transcripción, denominadas por ello factores de transcripción. Cada factor de
transcripción se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe la transcripción de
los genes que presentan estas secuencias próximas a sus promotores. Los factores de
transcripción pueden efectuar esto de dos formas:
Las nucleasas son enzimas que cortan las hebras de ADN mediante la catálisis de la
hidrólisis de los enlaces fosfodiéster. Las nucleasas que hidrolizan nucleótidos a partir de
los extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas, mientras que las
endonucleasas cortan en el interior de las hebras. Las nucleasas que se utilizan con mayor
frecuencia en biología molecular son las enzimas de restricción, endonucleasas que cortan
el ADN por determinadas secuencias específicas. Por ejemplo, la enzima EcoRV, que se
muestra a la izquierda, reconoce la secuencia de 6 bases 5′-GAT|ATC-3′, y hace un corte en
ambas hebras en la línea vertical indicada, generando dos moléculas de ADN con los
extremos romos. Otras enzimas de restricción generan sin embargo extremos cohesivos, ya
que cortan de forma diferente las dos hebras de ADN. En la naturaleza, estas enzimas
protegen a las bacterias contra las infecciones de fagos, al digerir el ADN de dicho fago
cuando entra a través de la pared bacteriana, actuando como un mecanismo de defensa.[97]
En biotecnología, estas nucleasas específicas de la secuencias de ADN se utilizan en
ingeniería genética para clonar fragmentos de ADN y en la técnica de huella genética.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o rotas.[98]
Las ligasas son particularmente importantes en la replicación de la hebra que sufre
replicación discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de ADN generados
en la horquilla de replicación para formar una copia completa del molde de ADN. También
se utilizan en la reparación del ADN y en procesos de recombinación genética.[98]
Las helicasas son unas proteínas que pertenecen al grupo de los motores moleculares.
Utilizan energía química almacenada en los nucleósidos trifosfatos, fundamentalmente
ATP, para romper puentes de hidrógeno entre bases y separar la doble hélice de ADN en
hebras simples.[100] Estas enzimas son esenciales para la mayoría de los procesos en los que
las enzimas necesitan acceder a las bases del ADN.
[editar] Polimerasas
Las polimerasas son enzimas que sintetizan cadenas de nucleótidos a partir de nucleósidos
trifosfatos. La secuencia de sus productos son copias de cadenas de polinucleótidos
existentes, que se denominan moldes. Estas enzimas funcionan añadiendo nucleótidos al
grupo hidroxilo en 3' del nucleótido previo en una hebra de ADN. En consecuencia, todas
las polimerasas funcionan en dirección 5′ --> 3′.[101] En los sitios activos de estas enzimas,
el nucleósido trifosfato que se incorpora aparea su base con la correspondiente en el molde:
esto permite que la polimerasa sintentice de forma precisa la hebra complementaria al
molde.
En la replicación del ADN, una ADN polimerasa dependiente de ADN realiza una
copia de ADN a partir de una secuencia de ADN. La precisión es vital en este
proceso, por lo que muchas de estas polimerasas tienen una actividad de
verificación de la lectura (proofreading). Mediante esta actividad, la polimerasa
reconoce errores ocasionales en la reacción de síntesis, debido a la falta de
apareamiente entre el nucleótido erróneo y el molde, lo que genera un
desacoplamiento (mismatch). Si se detecta un desacoplamiento, se activa una
actividad exonucleasa en dirección 3′ --> 5′ y la base incorrecta se elimina.[102] En la
mayoría de los organismos las ADN polimerasas funcionan en un gran complejo
denominado replisoma, que contiene múltiples unidades accesorias, como helicasas.
[103]
Una hélice de ADN normalmente no interacciona con otros segmentos de ADN, y en las
células humanas los diferentes cromosomas incluso ocupan áreas separadas en el núcleo
celular denominadas “territorios cromosómicos”.[107] La separación física de los diferentes
cromosomas es importante para que el ADN mantenga su capacidad de funcionar como un
almacén estable de información. Uno de los pocos momentos en los que los cromosomas
interaccionan es durante el sobrecruzamiento cromosómico (chromosomal crossover),
durante el cual se recombinan. El sobrecruzamiento cromosómico ocurre cuando dos
hélices de ADN se rompen, se intercambian y se unen de nuevo.
Sin embargo, pueden utilizarse herramientas de evolución molecular para inferir los
genomas de organismos ancestrales a partir de organismos contemporáneos.[121] [122] En
muchos casos, estas inferencias son suficientemente fiables, de manera que una
biomolécula codificada en un genoma ancestral puede resucitarse en el laboratorio para ser
estudiada hoy.[123] [124] Una vez que la biomolécula ancestral se ha resucitado, sus
propiedades pueden ofrecer inferencias sobre ambientes y estilos de vida primigenios. Este
proceso se relaciona con el campo emergente de la paleogenética experimental.[125]
A pesar de todo, el proceso de trabajo hacia atrás desde el presente tiene limitaciones
inherentes, razón por la cual otros investigadores tratan de elucidar el mecanismo evolutivo
trabajando desde el origen de la Tierra en adelante. Dada suficiente información sobre la
química en el cosmos, la manera en la que las sustancias cósmicas podrían haberse
depositado en la Tierra, y las transformaciones que podrían haber tenido lugar en la
superficie terrestre primigenia, tal vez podríamos ser capaces de aprender sobre los
orígenes para desarrollar modelos de evolución ulterior de la información genética[126]
(véase también el artículo sobre el origen de la vida).
Podemos clasificar las metodologías de análisis del ADN en aquellas que buscan su
multiplicación, ya in vivo, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), ya in vitro,
como la clonación, y aquellas que explotan las propiedades específicas de elementos
concretos, o de genomas adecuadamente clonados. Es el caso de la secuenciación de ADN
y de la hibridación con sondas específicas ("southern blot" y chips de ADN).
[editar] Secuenciación
La reacción en cadena de la polimerasa, habitualmente conocida como PCR por sus siglas
en inglés, es una técnica de biología molecular descrita en 1986 por Kary Mullis,[131] cuyo
objetivo es obtener un gran número de copias de un fragmento de ADN dado, partiendo de
una escasa cantidad de aquél. Para ello, se emplea una ADN polimerasa termoestable que,
en presencia de una mezcla de los cuatro desoxinucleótidos, un tampón de la fuerza iónica
adecuada y los cationes precisos para la actividad de la enzima, dos oligonucleótidos
(denominados cebadores) complementarios a parte de la secuencia (situados a distancia
suficiente y en sentido antiparalelo) y bajo unas condiciones de temperatura adecuadas,
moduladas por un aparato denominado termociclador, genera exponencialmente nuevos
fragmentos de ADN semejantes al original y acotados por los dos cebadores.[128]
La PCR puede efectuarse como una técnica de punto final, esto es, como una herramienta
de generación del ADN deseado, o como un método continuo, en el que se evalúe dicha
polimerización a tiempo real. Esta última variante es común en la PCR cuantitativa.[127]
[editar] Aplicaciones
[editar] Ingeniería genética
útil para mejorar la resistencia del organismo transformado: por ejemplo en plantas
se pueden introducir genes que confieren resistencia a patógenos (virus, insectos,
hongos…), así como a agentes estresantes abióticos (salinidad, sequedad, metales
pesados…).[142] [143] [144]
Los médicos forenses pueden utilizar el ADN presente en la sangre, el semen, la piel, la
saliva o el pelo en la escena de un crimen para identificar al responsable. Esta técnica se
denomina huella genética, o también "perfil de ADN". Al realizar la huella genética, se
compara la longitud de secciones altamente variables de ADN repetitivo, como los
microsatélites, entre personas diferentes. Este método es frecuentemente muy fiable para
identificar a un criminal.[145] Sin embargo, la identificación puede complicarse si la escena
está contaminada con ADN de personas diferentes.[146] La técnica de la huella genética fue
desarrollada en 1984 por el genetista británico Sir Alec Jeffreys,[147] y fue utilizada por
primera vez en medicina forense para condenar a Colin Pitchfork en los asesinatos de
Narborough (UK) en 1983 y 1986.[148] Se puede requerir a las personas acusadas de ciertos
tipos de crímenes que proporcionen una muestra de ADN para introducirlos en una base de
datos. Esto ha facilitado la labor de los investigadores en la resolución de casos antiguos,
donde sólo se obtuvo una muestra de ADN de la escena del crimen, en algunos casos
permitiendo exonerar a un convicto. La huella genética también puede utilizarse para
identificar víctimas de accidentes en masa,[149] o para realizar pruebas de consanguinidad.
[150]
[editar] Bioinformática
A lo largo del tiempo, el ADN almacena mutaciones que se heredan y, por tanto, contiene
información histórica, de manera que comparando secuencias de ADN, los genetistas
pueden inferir la historia evolutiva de los organismos, su filogenia.[157] La investigación
filogenética es una herramienta fundamental en biología evolutiva. Si se comparan las
secuencias de ADN dentro de una especie, los genetistas de poblaciones pueden conocer la
historia de poblaciones particulares. Esto se puede utilizar en una amplia variedad de
estudios, desde ecología hasta antropología, como ilustra el análisis de ADN llevado a cabo
para identificar las Diez Tribus Perdidas de Israel.[158] [159] Por otro lado, el ADN también se
utiliza para estudiar relaciones familiares recientes
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