Clase 2 Bioquímica

Bioquímica CB114
Facultad de Ciencias de la Salud

Universidad Autónoma de Chile
Clase 2: Proteínas
Dra. Claudia Santibáñez Orellana

claudia.santibanez@uautonoma.cl
¿Qué veremos en esta clase?
§ Introducción
§ Estereoquímica
§ Clasificación de los aminoácidos
§ Ionización de los aminoácidos
§ Péptidos y proteínas
§ Métodos de purificación de
proteínas

DEFINICIÓN: Principales polímeros estructurales y
funcionales de los seres vivos

PROTEÍNAS
ESTRUCTURALES Colágeno
El colágeno representa el 25% de la proteína corporal total en

adultos, siendo la más abundante del cuerpo humano
Dra. Claudia Santibáñez Orellana Principios de Bioquímica Médica. 4ªedición. Meisenberg, G; Simmons, W.
PROTEÍNAS
ESTRUCTURALES Cubiertas virales
Dra. Claudia Santibáñez Orellana https://twitter.com/bioilustrador

PROTEÍNAS
REGULADORAS Insulina

PROTEÍNAS
CONTRÁCTILES Actina y miosina

PROTEÍNAS DE Hemoglobina y
TRANSPORTE
mioglobina

PROTEÍNAS DE
RESERVA Ovoalbúmina
Reserva de aminoácidos para

el futuro desarrollo del embrión

PROTEÍNAS DE
DEFENSA Anticuerpos

PROTEÍNAS
CATALIZADORAS Enzimas

Introducción
§ En los microorganismos, plantas y animales se

encuentran unos 300 aminoácidos.
§ En la mayoría de los seres vivos solamente 20

aminoácidos son codificados por el ADN para formar
las proteínas.
§ Muchas proteínas contienen aminoácidos modificados

y partes no proteicas (grupos prostéticos).

Introducción
AMINOÁCIDO

Introducción
TIPOS DE AMINOÁCIDOS

Introducción
ENLACE PEPTÍDICO

Introducción
DESCUBRIMIENTO DE AA
L-Tirosina

Estereoquímica
Estereoquímica
Exceptuando la glicina, en todos los aminoácidos el carbono alfa es

asimétrico, estando unido a cuatro grupos sustituyentes diferentes:
un grupo carboxilo, un grupo amino, un grupo R y un átomo de
hidrógeno. El átomo de carbono alfa es así, un centro quiral.

L-Alanina D-Alanina Estereoquímica
Debido al ordenamiento
tetraédrico de los orbitales
de enlace alrededor del
átomo de carbono alfa de
los aminoácidos, los cuatro
e grupos sustituyentes pueden
lasd
r mu ctiva ocupar dos
ó
F spe
per ordenamientos
diferentes en el espacio
que son imágenes
s de especulares no
a
ul ón
r m
Fó yecci
superponibles.
pro

L-Alanina D-Alanina Estereoquímica
Estas dos formas se

denominan enantiómeros
o estereoisómeros.
Todas las moléculas con un centro

quiral son ópticamente activas,
es decir, pueden hacer girar el plano
de la luz polarizada con la dirección
de rotación diferente para los
diferentes estereoisómmeros.

¿Cómo se clasifican y nombran Estereoquímica
los estereoisómeros?
Se basa en la configuración
absoluta de los cuatro
sustituyentes del átomo de
carbono asimétrico.
Se escogió un compuesto de
referencia con el que se
comparan todos los
compuestos ópticamente
activos: el azúcar de 3
carbonos gliceraldehído,
que es el azúcar mas
pequeño con un átomo de
carbono asimétrico.

¿Cómo se clasifican y nombran Estereoquímica
los estereoisómeros?
Los L-aminoácidos
son los que tienen el
grupo alfa-amino a la
izquierda y los D-
aminoácidos los que
lo tienen a la derecha.
L (de levógiro, proveniente

de levo, "izquierda").
D (de dextrógiro, proveniente
de dextro, "derecha").
Clasificación de los aminoácidos
Clasificación de los
aminoácidos según el grupo R
Se clasifican según su polaridad o tendencia a interactuar con el agua

a pH biológico (cerca de 7.0), existiendo 5 clases principales de
aminoácidos:

Grupos R apolares alifáticos
Apolares e hidrofóbicos.

Grupos R aromáticos
Relativamente apolares
(hidrofóbicos)
La tirosina y el
triptófano son
significativamente más
polares que la
fenilalanina, debido al
grupo hidroxilo de la
tirosina y al nitrógeno
del anillo indólico del
triptófano.
Grupos R polares sin carga
Más hidrofílicos.

Grupos R polares sin carga
Cisteína
Se oxida fácilmente formando
un aminoácido dimérico unido
covalentemente
llamado cistina, en el que
están unidas dos moléculas de
cisteína mediante un puente
disulfuro, encontrándose en
muchas proteínas para su
estabilización.

Grupos R cargados
negativamente (acídicos)
Carga neta negativa a pH 7,0

Grupos R cargados
positivamente (básicos)
Carga neta positiva a pH 7,0

Aminoácidos esenciales
Un aminoácido esencial es aquel que el organismo no es capaz de sintetizar
por sí mismo y, por esto, debe tomarlo necesariamente desde el exterior a través
de la dieta.
Son diferentes en cada especie, en la especie humana

son diez:
Valina
Leucina Apolares
Isoleucina
Fenilalanina Aromáticos
Triptófano
Metionina
Treonina Polar sin carga
Lisina
Arginina Básicos
Histidina
Aminoácidos modificados
postraduccionalmente en proteínas

Aminoácidos que no están en
proteínas

Derivados de aminoácidos

Ionización de aminoácidos
Los aminoácidos en solución acuosa están ionizados y pueden actuar como
ácidos y como bases.
El zwitterion predomina a pH neutro

Cuando se disuelven en agua un aminoácido tal como la alanina, se encuentra en
solución como zwitterion, el cual puede actuar como:
ÁCIDO: Dador de protones

Cuando se disuelven en agua un aminoácido tal como la alanina, se encuentra en
solución como zwitterion, el cual puede actuar:
BASE: Aceptor de protones
Las sustancias con esta naturaleza dual son anfóteras

§ Dependiendo del pH en que se encuentren los aminoácidos,

tendrán o no carga positiva o negativa.
§ A pH fisiológico los aminoácidos dipolares no tienen carga. La

carga de los aminoácidos ácidos o básicos depende del pKa
de la cadena lateral.
§ La carga neta que tenga un péptido o proteína dependerá del

número de cargas positivas y negativas que sus aminoácidos
ionizables presenten a un pH determinado.
§ La existencia de cargas en los aminoácidos de una proteína influye

en su capacidad tamponante (amortiguadora de pH) y en el
comportamiento de la proteína en su entorno fisiológico.

Titulación de un aminoácido
La carga eléctrica de los aminoácidos varía con el pH
• pK1 es el pH para el cual el grupo ácido del aa se encuentra en la misma

proporción protonado que desprotonado.
• pK2 es el pH para el cual el grupo amino del aa se encuentra en la misma

proporción protonado que desprotonado.
§ pI: es el pH donde el 100% del aa está en forma

Zwitterion.
§ Se calcula como ½ de la suma de pKa1 y pKa2.
§ Para el caso de aa con grupos R ionizables, pI se

calcula con los valores pK ubicados al lado de la forma
zwitterion.

La ecuación de Henderson-Hasselbach describe la titulación de un aminoácido y
puede usarse para predecir la carga neta y el punto isoeléctrico de una proteína
Ecuación de Henderson-Hasselbach
pKa = valor de pH al que un electrolito débil se encuentra

disociado en un 50%
Valores de pKa de los aminoácidos

Titulación de la glicina
pKa1 (grupo carboxilo): 2,35

pKa2 (grupo amino): 9,78
¿ pI ?
pI: (pKa1 + pKa2)/2

Titulación del ácido
glutámico

pKa2 (grupo R): 4,3
¿ pI ?
pI: (pKa1 + pKa2)/2

Titulación de la lisina

pKa3 (grupo R): 10,5
¿ pI ?
pI: (pKa2 + pKa3)/2

Péptidos y proteínas
Los aminoácidos se pueden unir
por enlaces peptídicos

Estructura de un pentapéptido

El enlace peptídico es plano y rígido
Los seis átomos del grupo peptídico están en el mismo plano debido al
carácter de doble enlace parcial del enlace peptídico.

Hay libre rotación alrededor de los
enlaces C𝛂-CO y C𝛂-N

Hay libre rotación alrededor de los
enlaces C𝛂-CO y C𝛂-N
Un péptido puede tener varias

conformaciones según los
ángulos Phi y Psi.
Adopta la más favorable desde

el punto de vista energético =
menores impedimento estérico
y repulsión electrostática).

Péptidos y proteínas
§ Péptido: hasta 50 aminoácidos.
§ Oligopéptido: péptido pequeño (2-10 aminoácidos).
§ Polipéptido: péptido grande (10-50 aminoácidos).
§ Proteínas oligoméricas: formadas por subunidades

idénticas llamadas protómeros.
§ Proteínas sencillas y conjugadas (grupo prostético)

Clasificación de las proteínas
conjugadas

Niveles de organización de las
proteínas
https://youtu.be/hok2hyED9go

Factores que determinan la
conformación proteica
§ Además de la estructura primaria, las condiciones

físico-químicas del entorno: cambios en el pH,
concentración salina, temperatura y otros factores
ambientales.
§ Desnaturalización es la pérdida de la conformación de

una proteína.
§ Una proteína desnaturalizada pierde su actividad

biológica.

Estructura primaria
§ Sirve para entender sus propiedades funcionales, identificar la

familia a la que pertenece y describir los polimorfismos y las
proteínas mutantes que causan enfermedades moleculares.
§ Se determina a partir de la secuencia del gen o secuenciando la

proteína.

La función de una proteína depende de su
secuencia de aminoácidos
§ Cada proteína tiene un número de residuos y secuencia

característicos.
§ Las proteínas contienen regiones esenciales para su función, cuya

secuencia se encuentra conservada.
§ Una mutación puntual puede producir un cambio en la secuencia

de aminoácidos que resulta en una proteína defectuosa, causando
una patología. En otros casos se producen deleciones (distrofina en
la enfermedad de Duchene).

¿Qué información proporciona la
secuencia de aminoácidos?
§ Predicción de la función de la proteína.
§ Clasificación de las proteínas en familias (25% de identidad mínima

para pertenecer a la misma familia).
§ Detección de motivos relacionados con funciones importantes

(localización celular, anclaje de grupos prostéticos)

Las proteínas de función similar tienen
fragmentos de secuencia similares
Sabiendo la secuencia de una proteína, se puede predecir si su función

se parece a la de proteínas de función ya conocida.
Proteínas homólogas
§ Moléculas homólogas: derivan de un antecesor común.
§ La homología se manifiesta por una similitud significativa en la

secuencia de nucleótidos y aminoácidos, casi siempre proyectada
en la estructura 3D y en la función.
§ Proteínas homólogas: tienen secuencias de aminoácidos y

funciones semejantes.
§ Homólogos parálogos: homólogos presentes en la misma especie.

Se diferencian en sus funciones bioquímicas detalladas.
§ Homólogos ortólogos: homólogos presentes en especies distintas,

con funciones idénticas o similares.

Estructura secundaria
La estructura secundaria de las proteínas está determinada por las

interacciones mediante puentes de hidrógeno entre los grupos funcionales
de las cadenas laterales de los aminoácidos
§ Puede predecirse con bastante fiabilidad a partir de la

secuencia.
§ Tipos de estructura secundaria más frecuentes:
Hélice alfa
Lámina plegada β

Proteínas plasmáticas
Hélice alfa: estructura rígida en forma de varilla que se forma cuando una
cadena polipeptídica se retuerce en una conformación helicoidal hacia la
derecha
Depende de la formación de puentes de hidrógeno intramoleculares

entre los grupos NH y CO de los enlaces peptídicos
Hélice alfa
§ Un puente de H entre el CO de un
aminoácido y el NH del cuarto por
detrás.
§ 3,6 aacs por vuelta de hélice.
§ 5,4 Amstrong (0,15 nm) de distancia

entre vuelta y vuelta.
§ Dextrógira.

Proteínas plasmáticas
Las cadenas laterales

sobresalen de manera
perpendicular al eje de la
hélice.

Factores que afectan la estabilidad
de la hélice alfa
§ Repulsión o atracción electrostática entre residuos.
§ Impedimento estérico (entre residuos adyacentes y

entre residuos separados por 3 ó 4 aminoácidos).
§ La prolina y la glicina tienen un efecto desestabilizador

de la alfa hélice.

Dos proteínas formadas mayoritariamente
por hélices 𝛂
Mioglobina Bacteriorodopsina

Conformación en lámina 𝛃
Depende de la formación de puentes de hidrógeno intermoleculares

entre los grupos NH y CO de los enlaces peptídicos
§ Se forman cuando se alínean de lado dos o más segmentos de

cadenas polipeptídicas.
§ Esqueleto de la cadena polipeptídica extendido en zig-zag.
§ Las cadenas polipeptídicas en zig-zag se disponen de manera

adyacente formando una lámina estabilizada por puentes de H.
§ Láminas beta paralelas (cadenas orientadas en la misma dirección) y

antiparalelas (orientadas en direcciones opuestas).

Tipos de conformación en lámina 𝛃

Estructura terciaria
§ Estructura espacial de la proteína.
§ La estructura terciaria de una proteína es la responsable

directa de sus propiedades biológicas.
§ Se distinguen dos tipos de estructura terciaria: de tipo

fibroso y globular.

Estructura terciaria
§ Cada proteína posee una única estructura 3D.
§ La estructura 3D de una proteína depende de la

secuencia de aminoácidos.
§ La función de una proteína depende de su estructura 3D.
§ La estructura 3D se estabiliza mediante enlaces

disulfuro y fuerzas no covalentes.
§ Dentro de la gran variedad de las proteínas se reconocen

algunos patrones estructurales comunes.
Fuerza que estabilizan la estructura
terciaria

Estructura cuaternaria
Cuando una proteína consta de más de una cadena polipeptídica, es
decir, cuando se trata de una proteína oligomérica, decimos que tiene
estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria debe considerar:
§ El número y la naturaleza de las distintas subunidades o

monómeros que integran el oligómero.
§ La forma en que se asocian en el espacio para dar lugar al

oligómero.
Para el caso de una proteína constituida por dos monómeros, un

dímero, éste puede ser un homodímero, si los monómeros
constituyentes son iguales, o un heterodímero, si no lo son.
La estructura cuaternaria modula la actividad biológica de la

proteína y la separación de las subunidades a menudo conduce a
la pérdida de funcionalidad.
Purificación y análisis de proteínas
1. Obtención del extracto crudo.
2. Fraccionamiento del extracto crudo por precipitación con

sulfato amónico y diálisis.
3. Cromatografía en columna:
• Por su carga: cromatografía de intercambio iónico.
• Por su masa: cromatografía de filtración molecular.
• Por sus propiedades biológicas: cromatografía de afinidad.
4. Electroforesis en gel:
• Electroforesis en poliacrilamida-SDS.
• Enfoque isoeléctrico.Electroforesis bidimensional
https://youtu.be/PVvpEKeOzEM

Clase 2 Bioquímica

Cargado por

Información del documento

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

Clase 2 Bioquímica

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

Bioquímica CB114

Facultad de Ciencias de la Salud

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

§ Clasificación de los aminoácidos

§ Ionización de los aminoácidos

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

El colágeno representa el 25% de la proteína corporal total en

Dra. Claudia Santibáñez Orellana https://twitter.com/bioilustrador

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Reserva de aminoácidos para

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

§ En los microorganismos, plantas y animales se

§ En la mayoría de los seres vivos solamente 20

§ Muchas proteínas contienen aminoácidos modificados

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Exceptuando la glicina, en todos los aminoácidos el carbono alfa es

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Estas dos formas se

Todas las moléculas con un centro

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

L (de levógiro, proveniente

Se clasifican según su polaridad o tendencia a interactuar con el agua

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Son diferentes en cada especie, en la especie humana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

El zwitterion predomina a pH neutro

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

ÁCIDO: Dador de protones

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

BASE: Aceptor de protones

Las sustancias con esta naturaleza dual son anfóteras

§ Dependiendo del pH en que se encuentren los aminoácidos,

§ A pH fisiológico los aminoácidos dipolares no tienen carga. La

§ La carga neta que tenga un péptido o proteína dependerá del

§ La existencia de cargas en los aminoácidos de una proteína influye

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

La carga eléctrica de los aminoácidos varía con el pH

• pK1 es el pH para el cual el grupo ácido del aa se encuentra en la misma

• pK2 es el pH para el cual el grupo amino del aa se encuentra en la misma

§ pI: es el pH donde el 100% del aa está en forma

§ Se calcula como ½ de la suma de pKa1 y pKa2.

§ Para el caso de aa con grupos R ionizables, pI se

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

pKa = valor de pH al que un electrolito débil se encuentra

Dra. Claudia Santibáñez Orellana

pKa1 (grupo carboxilo): 2,35