CURSO DE INTRODUCCIÓN AL DIAGNÓSTICO MOLECULAR EN PEDIATRÍA

CONCEPTOS BÁSICOS: PARTE 2

Dr. Veneruzzo Gabriel

Laboratorio de Genómica
labgenomicagarrahan@gmail.com
gabrielveneruzzo@gmail.com
Clasificación de variantes II: Variantes Génicas

Patrones de herencia mendelianos en enfermedades

monogénicas.

Definición de Términos: Variante “de novo”, caso

esporádico, caso familiar, mosaicos.

Nomenclatura de variantes génicas.

 Variantes: Clasificación
De acuerdo a la extensión del
material genético involucrado

Transversión o
Cromosómicas Génicas Transición
(decenas o cientos de miles a (de una a miles de bases)
millones de bases)
Con cambio de
sentido
(Missense)

Sin sentido
Numéricas Sustituciones (Nonsense)

Sinónima
Deleciones

Estructurales
Inserciones Con y sin
corrimiento del
Deleción/Inserción marco de lectura

Duplicaciones
Variantes Génicas: Sustituciones
 Variantes Génicas: Sustituciones

CON CAMBIO DE
SENTIDO
(Missense)
 Variantes Génicas: Sustituciones

CON PÉRDIDA DE
SENTIDO O SIN
SENTIDO
(Nonsense)
 Variantes Génicas: Sustituciones

SINÓNIMA O
SIN CAMBIO DE
SENTIDO
 Variantes Génicas: Sustituciones

¿De qué depende el impacto que tendrá el cambio sobre la función de la proteína?

Similitud entre el aminoácido original y

el sustituto:
- Naturaleza química y tamaño

Posición de la proteína donde tiene

lugar el cambio:
- Sitio de interacción
- Sitio activo
- Estabilidad estructural
Pérdida de estabilidad estructural: el ejemplo de la
Anemia Falciforme y la Hemoglobina S

Hemoglobina A Hemoglobina S
 Variantes Génicas: Deleciones, Inserciones y Del-Ins

SIN CORRIMIENTO
mRNA
DEL MARCO DE Protein
LECTURA

El número de bases
involucrado es
múltiplo de 3 mRNA
Protein
 Variantes Génicas: Deleciones e Inserciones

CON CORRIMIENTO
DEL MARCO DE
LECTURA
(FrameShift)

Involucra un número
de bases que no es
múltiplo de 3
 Variantes Génicas: Duplicaciones

Duplicaciones:

Al igual que las deleciones, las

inserciones y los delins, las
duplicaciones pueden ser con o
sin corrimiento, dependiendo
de si el número de bases
involucrado en la duplicación
es o no múltiplo de 3
 INDELS con y sin corrimiento del Marco de lectura:
Distrofia Muscular de Duchenne vs Becker

Tanto la deleción de solo el exón 50 del gen, como la del 49 y 50 involucra

un número de bases que no es múltiplo de 3, lo que implica corrimiento.

Si la deleción abarca también el exón 51, además del 49 y el 50, el número total de
bases involucradas es múltiplo de 3 y por lo tanto no hay corrimiento del marco.

Esta asociación Genotipo/Fenotipo se cumple en el 90% de los casos descriptos a la fecha

 Las variantes en regiones no codificantes también pueden
relacionarse con patología: Síndrome de Fragilidad del X

 Promotores.
 Sitios dadores y aceptores de splicing.
 Regulatorias intra e intergénicas
(activadores e inhibidores
transcripcionales).
 Punto de ramificación.
 Señal de terminación de la transcripción.
 Señal de poliadenilación.
 Clasificación de Variantes: De acuerdo a los criterios de la American
College of Medical Genetics and Genomics y la Association for Molecular
Pathology (ACMG/AMP):

 Variante Patogénica
 Variante posiblemente Patogénica
 Variante de Significado Incierto
 Variante posiblemente Benigna
 Variante Benigna
 Genetic Variant Interpretation Tool (Universidad de Meryland, USA):
https://www.medschool.umaryland.edu/genetic_variant_interpretation_tool1.html/
Clasificación automática de Variantes: Intervar
(http://wintervar.wglab.org)

Limitante: Intervar solo

clasifica variantes en
regiones codificantes
Patrones de Herencia Simple en Enfermedades Monogénicas

RECESIVA DOMINANTE
Las enfermedades causadas por
alteraciones en un solo gen, por lo general
Herencia Herencia se transmiten genéticamente en un patrón
simple, de acuerdo a en qué cromosoma
AUTOSÓMICA autosómica autosómica se encuentra (autosómico o sexual) y si se
recesiva dominante necesita que esté alterada una o las dos
copias del gen para que se presente la
patología. Esto se conoce normalmente
Herencia como "herencia mendeliana“
Herencia ligada al
LIGADA AL X ligada al X
X dominante
recesiva

LIGADA AL Y
 Patrón de Herencia Autosómico Recesivo
 El alelo patogénico es recesivo frente al alelo
salvaje: Ambas copias del gen tienen que estar
alteradas.
 Afecta a varones y mujeres por igual.
 Es más probable en la progenie de padres
relacionados (Consanguinidad, doble línea
horizontal en el familiograma).
 Los padres de un hijo afectado son portadores
obligados.
 Puede saltar generaciones.
 Una pareja de portadores tiene un riesgo del 25%
de tener un hijo afectado por embarazo ; 50% de
tener uno portador.
 Ej.: Fibrosis Quística.
 Patrón de Herencia Autosómico Dominante

 El alelo patogénico es dominante frente al

salvaje: Es suficiente con que una copia del
gen esté alterada.
 Afecta a ambos sexos.
En casos de penetrancia del 100%:
 Cada niño enfermo tiene un padre afectado.
 No salta generaciones dentro de una familia.
 En el caso de que uno de los padres sea
afectado, el riesgo de tener un niño con la
patología es del 50% en cada embarazo.
 Un individuo sano no transmite la patología a
su descendencia.
 Patrón de Herencia Ligada al X - Recesivo

 El alelo patogénico es recesivo frente al alelo salvaje.

 Puede afectar a ambos sexos pero en general las
mujeres son portadoras sanas y los hombres
desarrollan la patología. (Los varones tienen un solo X).
 En cada embarazo una madre portadora tiene un riesgo
del 50% de transmitir el alelo patogénico a la
descendencia.
 Un padre afectado no podrá transmitir el alelo
deletéreo ubicado en el X a un hijo varón, pero si al
100% de sus hijas, que por lo tanto serán portadoras.
- Ej.: Distrofia Muscular de Duchenne.
 Patrón de Herencia Ligada al X - Dominante

 El alelo patogénico es dominante frente al alelo

salvaje.
 Puede afectar a ambos sexos. En general los
varones presentan fenotipos más graves.
 Las mujeres afectadas en general presentan
fenotipos más leves.
 Una mujer afectada, tiene un 50% de riesgo de
tener un hijo afectado en cada embarazo.
 Un varón afectado nunca podrá transmitir el
alelo deletéreo en el X a un hijo varón, pero si al
100% de sus hijas, que padecerán la patología.
 Ej.: Síndrome de fragilidad del X.
 Patrón de Herencia Ligada al Y

 Solo afecta a varones.

 Un padre afectado, transmitirá el alelo
deletéreo al 100% de sus hijos varones,
quienes serán afectados, pero a ninguna
de sus hijas mujeres.
 Ej.: Oligospermia asociada al cromosoma
Y (los casos más severos padecen
azoospermia e infertilidad, por lo que no
pueden transmitir el alelo deletéreo).
 ¿Y el ADN mitocondrial……………..?

 No cumple las leyes de Mendel

 Herencia Materna: Solo las mujeres
pueden pasar las mitocondrias
alteradas a la descendencia.
 Afecta a mujeres y varones.
 Son importantes los conceptos de
Heteroplasmia y Homoplasmia.

ADN
Mitocondrial
 Definición de Términos I
Caso Familiar: Caso que se da en una familia donde hay individuos relacionados de
primer grado que comparten el fenotipo (padre, hermano, hijo). EJ: GEFS+.

Caso Esporádico: El paciente es el primer caso de la patología que se registra en la

familia. Ej: Sdme. de Dravet.

Variante de Novo: Cambio en la secuencia que aparece en un miembro de la familia

por primera vez, como consecuencia de una mutación en las gametas que le dieron
origen (Ovocito o Espermatozoide) o durante las primeras etapas de la embriogénesis.
 Definición de Términos II
Mosaicismo: Condición en la que coexisten en un mismo individuo, dos
o mas líneas celulares con diferente composición genética o
cromosómica pero originadas de un mismo cigoto. Puede involucrar
células somáticas, germinales o tumorales.
Las mujeres son mosaicos de inactivación del X.
 Definición de Términos II: Continuación
Mosaico somático: Dos o mas líneas celulares Mosaico germinal: Dos o mas líneas celulares de
de composición genética diferente coexistiendo composición genética diferente coexistiendo en el
en un mismo individuo (puede incluir o no las tejido germinal (ovogonias/espermatogonias).
células germinales).

Por la posibilidad de mosaicismo

gonadal, se debe considerar que
una pareja que tuvo un hijo con
una patología genética tiene un
riesgo mayor que la población
general de tener otro hijo
afectado, por más que se
descarte la presencia de la
variante deletérea en el ADN
obtenido de su sangre
 HGVS Simple: Reglas de Nomenclatura de variantes simplificadas
(https://varnomen.hgvs.org/bg-material/simple)

Haciendo referencia
al ADN genómico

Nomenclatura Haciendo referencia al

de variantes mRNA o DNA
codificante (cDNA)

Haciendo referencia
a la proteína
 Estudio Molecular: Analizar la secuencia del paciente

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
FORMATO: IDreferencia:prefijo.posición.descripción
>
NG_número g. Del
Ins
NM_ número c. Número Delins
NP_número p. Dup
Ter
()

Ejemplo:
NG_012232.1:g.954966C>T
NM_004006.2:c.4375C>T
NP_003997.1:(p.Arg1459Ter)
Nomenclatura de variantes - Regiones Codificantes

( )

Pos. 1394 Pos. 1351

´

Secuencia de referencia:
NM_152778.2, conteniendo los exones del gen MFSD8
(EN LA IMAGEN SOLO SE MUESTRA LA PORCIÓN QUE TIENE LOS EXONES 12 y 13)
 Nomenclatura de variantes: Regiones no Codificantes

Pos 754 + 2
Pos 699-2
Pos 699 Pos 754

NG_008657.1 Anotada con

NM_152778.2 de MFSD8
 RESUMEN
Clasificación de variantes: Sustituciones con cambio de sentido – sin cambio de sentido
(sinónimas) – Con pérdida de Sentido – Deleciones – Inserciones – Delins - Duplicaciones.
Tanto las variantes en regiones codificantes como no codificantes pueden estar asociadas a
patología.
Lineamientos de la ACMG: nos permiten clasificar de manera objetiva las variantes, de
acuerdo a su potencial relevancia clínica.

Patrones de herencia Mendelianos: Las patologías monogénicas pueden seguir patrones de

herencia simple, que dependen de si el gen asociado es autosómico o pertenece a un
cromosoma sexual y si tiene que estar alterada una o las dos copias del gen. Las patologías
del ADN mitocondrial y los mosaicos complejizan la situación

Caso Familiar – Esporádico – Variante de Novo – Mosaicismo

Nomenclatura de variantes: es importante comprenderla para una correcta búsqueda

bibliográfica e interpretación de informes.
 Bibliografía
• A genomic view of mosaicism and human disease. Leslie G. Biesecker. Nature Reviews Genetics volume 14, pages 307–320 (2013). -
PMID: 23594909
• An openly available online tool for implementing the ACMG/AMP standards and guidelines for the interpretation of sequence
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• Cómo entender la genética: Una guía para pacientes y profesionales médicos en la región de Nueva York y el Atlántico Medio.
Washington (DC): Genetic Alliance; 2009 Jul 8. Anexo E, PATRONES HEREDITARIOS. Available from:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK132213/
• Genética: Un enfoque conceptual. Quinta edición. Pierce, Benjamin A. Panamericana, 2016.
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Jun;37(6):564-9 – PMID: 26931183
• InterVar: Clinical interpretation of genetic variants by ACMG-AMP 2015 guideline. Quan Li and Kai Wang. The American Journal of
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February 2, 2017.1