sano 1842 Estereolitografia). Permite cambiar el tamafo, agregar soportes, corregir errores, entre otras funciones que de gran ayuda para la impresidn, Seleccién de colores y formatos de visualizacién Existe una variedad de formatos de la estructura molecular estudiada, sin embargo es importante tener en cuenta cual es el formato més adecuado para detallar lo que se quiere dar a conocer: El formato Alpha Carbon Backbone se centra en un sitio active particular dentro de la moléeula, pero si se quiere mostrar las cadenas laterales de aminodcidos clave del sitio activa, el formato Wiroframe es el més adecuado. Otro aspecto importante es el tamaiio del formato, ya que si un formato de pantalla es demasiado delgado, es probable que se rompa durante la impresién. Por otto lado, si el formato es demasiado grueso, el modelo utilizara cantidades excesivas de material y Jos detalles sern menos visibles (Figura 9). Backbone 1.8 isetrane 1.25 Figura 9, Formato Backbone y Wireframe, ytamaiios sugeridos ‘para eada formato, ray En cuanto a las opeiones de color, se debe tener en cuenta sila forma general y el pliegue de la proteina es importante, es posible que presente estructuras secundarias (hélices a y hojas B), se debe utilizar un color lamativo y brillante. Por otro lado, si hay una cadena lateral especifica © un drea de sitio activo gue ¢s importante para la funcién de la proteina, se debe resaltar esta drea con un color brillante y tinico. En la medida de lo posible, evitar colores oscuros, colores con un brillo similar y colores extremadamente brillantes en varias zonas, solo se’ debe utilizar para resaltar puntualmente ua sitio de interés (Figura 10) Seo SQVO PROYECTO DE AULA docx - Documentos de Google 13 de Octubre del 2021 Figura 10. Colores que no se deben utilizar para un ‘modelo estructural molecular, 03D Se utilizaré el filamento PLA, acido poliléctico. EI cual es un ‘material usado en la Universidad Autonoma de Bucaramanga para realizar impresiones 3D. Ademas de este material se encuentra el filamento ABS, acrilonitrilo butadicno estireno. ‘Ambos materiales son muy buenos, el ABS tiene mas ventajas que el PLA, pero por costes, por accesibilidad y dems otras cosas, tales como que este es un material el cual presenta ‘mucha mds rigidez que el ABS. ‘Material a utilizar para la impresién del modela 4, INTERACCIONES MOLECULARES — QU. PRESENTAN LAS PROTE{NAS Y COMO INFLUYEN EN SU FUNCION La conformacién de una proteina es la disposicién espacial de los fitomos que la conforman, Estas conformaciones pueden tomar diferentes estados estructurales sin romper enlaces covalentes. Es posible que se presenten cambios en la estructura debido a una interaccién con otra molécula, como la rotacién alrededor de enlaces sencillos. Asimismo, las snumerosas conformaciones posibles de una proteina con riltiples enlaces sencillos, predominan en condiciones biolégicas. Es muy importante, Ia existencia de varias cconformaciones estables para produeir cambios euando se une @ otra molécula o cataliza una reaccién, Las fuerzas que participan en las interacciones moleculares de las protcinas son las llamadas fuerzas de Van der Waals como las fuerzas de dispersién de London. Las interacciones débiles estabi de una proteina n la conformacién La cstabilidad de una proteina puede definirse como ls tendencia a mantener su conformacién nativa debido a que estas, son solo estables en la naturaleza, Una cadena polipeptidica puede tomar diferentes _conformaciones teéricamente, por lo que en su estado desplegado tiene un alto valor de la entropia conformacional. Los enlaces de hid: de muchos grupos de la cadena polipeptidica junto con este valor de entropia, tiende a favorecer el mantenimiento del estado desplegado. Hay ciertas interacciones quimicas que contrarrestan estos efectos y estabilizan Ia conformacién proteica, en los que se incluyen los enlaces disulfuro (Covalentes) y las interacciones débiles (no covalentes) como Ios enlaces de hidrégeno, efectos hidrofibicos e interacciones ionicas (Figura 11). Estas interacciones débiles favorecen la asociacion de ottos polipéptides para formar estructuras ‘cuaternatias, hitpsildocs.google.comidocumental5NykuB2MfLUJASy_7uSqge4RqJCVZ_Bleditheadng-h.w721s17btou2 59sano 1842 Figura 11, Interacciones quimicas que estabilizan la conformactén proteica, Interaccfones moleculares no covalentes de las proteinas Estas interacciones se encuentran en todas las proteinas y son muy importantes para el plegamiento de las cadenas polipeptidicas, las cuales forman estructuras secundarias y terciarias. Asimismo, cuando varias cadenas de polipéptidos se uunen para formar una estructura cuateraria depende de enlaces débiles. La energia necesaria para romper estos enlaces, como los puentes de hidrégeno, es de 0.4 a 30 klimol. Estas fuerzas al ser tan mumerosas, predominan en la estabilizacién de la estructura. Los puentes de hidrigeno son los enlaces débiles més comunes, se forman entre dtomos de oxigeno del grupo carboxilo y dtomos de hidrégeno del grupo amino (Figura 12). Segtim el espaciamiento de los residuos de aminodidos en los gue participan los puentes de hidrégeno puede formar hélices a yy laminas 6 Figura 12, Puentes de hidrégeno en Ia estructura secundaria de as proteinas. En las helices a, los puentes de hidrogeno se forman cuando el grupo carbonilo (C=O) de un aminodcido se une al grupo amino H (N-H) de otro aminodcido que esta cuatro lugares mis adelante en Ie cadena, Es decir, el C=O del aminodcido 1 se tune con el H del grupo amino que pertenece al aminodcido 5, Este patrén se repite hasta formar una estructura helicoidal que PROYECTO DE AULA docx - Documentos de Google 13 de Octubre del 2021 se asemeja a un listén rizado, en la que cada vuelta de hélice contiene 3.6 aminodcidos. Ademis, los grupos R de los aminoicidos quedan expuestos hacia fuera de la hélice a, donde pueden interactuar libremente. Por otro lado, en las liminas f§ dos o més segmentos de una cadena polipeptidica se alinean uno junto a otro, formando una estructura de lémina que se mantiene unida por puentes de hidrgeno. Estos puentes se forman entre los grupos carbonilo y amino del esqueleto, mientras que los grupos R se extienden por arriba y por debajo de Ia hoja Los grupos R que contribuyen a Ia estructura terciaria forman enlaces iénieos o salinos. Es decir que los grupos R eon eargas similares se repelen entre si, mientras que si tienen cargas ‘opuestas se atraen y se enlazan. Por ejemplo, los aminodcidos cidos como el Glu y Asp tienen cargas negativas; y aminoicidos bisicos como la Lys y Arg tienen cangas positivas (Figura 13), Al ser de cargas opuestas se atraen por fuerzas clectrostéticas. Algunos aminodcides al presentar carga en su ceadena lateral se suelen localizar més en Ta parte exterior de la proteina, que en el interior de la misma, debido a que en el interior’ se encuentran cominmente los aminodcidos hidrofobicos. Los grupos cargados normalmente se encuentran cen la superficie de la proteina, y determinan el correcto plegamiento de la proteina al poder interaccionar con moléculas de agua. Estas interaccionan con las cargas laterales ‘con el grupo amino y carboxilo terminal, ancize 2.77 24 Figura 13, Enlace iénico formado entre el Glu y Arg. Por otro lado, las interacciones hidrofobicas también contribuyen a a estructura terciaria, ya que los aminodcidos ccon grupos R no polares hidrofabicos se agrapan juntos en el interior de la proteina, dejando a los aminodcidos hidrofilicas en el exterior para interactuar con las moléculas de agua cireundantes (Figura 14). Estas interacciones participan en el correcto plegamiento de la proteina. Un ejemplo son los aminoicides Pro y Val que inleractian con las cadenas carbonadas de Leu y Trp. Sin embargo, algunos aminodcidos hhidrofobicas se encuentran en la parte exterior, al estar cexpuestas a moléculas polares de agua e involueran un enlace hidrofébico externo, hitpsfldoes.google.com/documentalSNykuB2NfLU|ASy_zuSqge4Rq/CVZ_Bledivhead ng=h.w7z1s17btou2 39sano 1842 vt os wf oa A Seb tht Bee SESEINIRSS = a : . Figura 14, Enlaces hidrofobicos formados entre las eadenas Taterales de los aminodcidos hidrofébicos. Por ailtimo, las fuerzas de Van der Waals son atracciones eléctricas débiles entve diferentes dtomos. Son el resultado de las fuerzas alractivas y repulsivas que se establecen al acerearse los étomos, dé manera que existe una distancia en gue la atraccién es méxima (Figura 15). Esta distancia se encuentra en lo que se conoce con el nombre de radios de Van der Waals, Estas fuerzas se deben a que cada dtomo pose una nnube electronica que puede fluetuar, creando de esta manera dipolos temporales. El dipolo transitorio en un enlace puede inducir un dipolo complementario en otro enlace, provocando gue dos dtomas de los diferentes enlaces se mantengan juntos, Estas atracciones de Van der Waals, aunque transitorias y Abiles son un componente importante en la estructura de las proteinas. La mayoria de los étomos de una proteina estin ‘empaquetados lo suficientemente préximos unos de otros para involuerar estas fuerzas transitorias Figura 15. Atraccion electrostatiea débil entre el grupo amino ¥ cearboxilo lateral PROYECTO DE AULA docx - Documentos de Google 13 de Octubre del 2021 Interacciones moleculares covalentes de las proteinas Enlaces disulfuro: es una unién covalente entre dos étomos de anufte, Este tipo de enlaces se forman por la oxidacién de dos ‘grupos sulfhidrilo (SH), cada uno perteneciente @ una molécul de cisteina (Figura 16). Son frecuentes entre cadenas polipeptidicas diferentes de una misma proteina como el receptor de insulina, Muchas proteinas carecen de este tipo de enlace debide a que el medio intracclular es demasiado reductor, por lo que es mas usual que estos enlaces se encuentren en el medio extracelular por estar mis oxidado, ‘Cumple la funcién de mantener el plegamiento de la estructura secundaria y terciaria de las cadenas polipeptidicas. Este tipo de interaccién requiere cerea de 200 a 460 klimol para romper un solo enlace covalente. Figura 16. Puentes isulfuro entre dos étomos de azufre tesa los residuos de cisteina. 5. PROCEDIMIENTO Y BORRADOR DEL. MODELO EN 3D DE LA PORCION INTRACELULAR Inicialmente, se provede a realizar un andlisis de la molécula Para ello, se utiliza Chimera, el cual permite editar el modelo de acuerdo a sus caracteristicas quimicas, Se deben realizar los siguientes pasos: 1. Revisar los componentes del PC, asegurarse que estos sean los éptimos a la hora de correr el programa requerido para el modelo CAD (Chimera. 2. Encender el computador y esperar de I a 3 minutos para que este cargue todas sus funciones. 3. Iniciar el navegador de preferencia. 4. Buscar el instalador del programa Chimera o ingresar al siguiente link (hups:/www eg] ues edin/chimera/download htm), 5. Descargar el instalador correspondiente a su sistema operative (10S, Linux 0 Windows). hitpsfldoes.google.com/documentalSNykuB2NfLU|ASy_zuSqge4Rq/CVZ_Bledivhead ng=h.w7z1s17btou2 719sano 1842 2 a 10. Luego de haberlo deseargado, seleccionar el paquete ide instalacién que aparece ‘en la parte baja del navegador, o en las descargas del equipo, proceder a hacer la instalacién de Chimera siguiendo los pasos requeridos. jecutar el programa chimera desde el eseritorio. Teniendo el cédigo PDB referente a su molécula, seleccionar el comando “Fetch”, para luego ingresar el eédigo en la tercera casilla que sale en la ventana emergente, luego se vuelve a seleccionar el comando “Fetch” y tendré como resultado la molécula en formato 3D. En Ia esquina superior izquierda, seleccionar el ‘comando “Select”, luego seleccionar el comando “Structure”, irse a la parte donde dice “Secondary structure” para Iuego cambiarle el color a las opciones. que salen en este apartado, Habiendo seleccionado cualquiera de las opciones del paso anterior, se redirige al comando “Actions” de la arte superior izquierda, y se dirige al comando “Color” para elegir el color de preferenca. Repetir el paso anterior con todas las estructuras en el ‘comando “Secondary structure”. . Debido a esto, se obtiene la molécula con sus ituras diferenciadas por colores . Finalmente para guardar el trabajo realizado, se reditige al comando “File” en la parte superior izquierda y seleccionar el modo guardar de su referencia, ya sea como imagen en el comando “Save image”, o en formato PDB en el comando “Save PDB", Figura 16. Rorrador de modelo 3D. Una vez analizado el modelo 3D en Chimera, se procede a incluir los soportes, una base y editar el tamaio, Este procedimiento se realiza en el software ChiTuBox, el cual es sencillo de utilizar. Los pasos a realizar son L Ingresar a la pégina de NIH 3D PRINT EXCHANGE, mediante el siguiente link: PROYECTO DE AULA docx - Documentos de Google 13 de Octubre del 2021 Crear una cuenta para acceder a la funcién CREATE, cn la cual se ingresa el ID PDB de la molécula de interés Una vez ingresado el ID, se oprime el botén ‘SUBMIT. Luego, saldrin diferentes modelos 3D de la molécula, Flegire] modelo de preferencia o inter EI modelo seleccionado se debe descargar en formato de archivo st! para posteriormente editarlo en ChiTuBox. Para instalar ChiTuBox ingresar al__link: ‘Se debe crear una cuenta para deseargar el programa, luego se instala como cualquier programa, Cuando el programa se haya instalado, en la parte superior izquierda en el icono de 3 lineas, dar click ‘Se desplegard un mend, seleccionar OPEN para abrir clarchivo previamente descargado. Luego de abrir el archivo, se debe ajustar el tamaio para que no salga del area de impresién, En la parte lateral izquierda se ajusta la escala, Después, se debe agregar soportes al modelo, En la parte lateral detecha hay dos iconos, seleccionar el icono que se muestra en la imagen, hitpsildocs.google.comidocumental5NykuB2MfLUJASy_7uSqge4RqJCVZ_Bleditheadng-h.w721s17btou2 819sano 1842 9. Dar click en +Plataform y autométicamente se pondeiin los soportes necesarios, 10. Finalmente, guardar el proyecto para su posterior impresidn, En la parte superior izquierda en e! icono de 3 lineas, seleccionar SAVE AS, ponerle un nombre al archivo y cerrar el programa, 6. REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS, [1] Dr. Shuchismite Dutta; Reviewed by Drs, Stephen K, Burley and John M. Beals. (nd.). PDB-101: Global Health Diabetes Mellitus: Drugs: Insulin: Insulin Receptor. Retrieved August 2, 2021, from bitps:/pdb101.resb,org/global-bealth/diabetes-mollitus/drugsii nsulin/insulin-receptor [2] L2-1R-Fig2,png (870*570). (nad.). Retrieved August 12, 2021. batps:/edn.resb.org/pdb 0 /elobal-health/diabetes-mellitus/file ‘S/L2IR-Fig? pny [3] Mol*Viewer: Modern web app for 3D visualization and analysis. —of-—‘large biomolecular structures ips: ww res org/3d-view/IIRK/ [4] HUBBARD, S., ELLIS, L, & HENDRICKSON, W. (1994). Crystal structure of the tyrosine kinase domain of the hhuman insulin receptor. Nature (London), 372(6508), 746-754, ‘unsi/doj org/10.2210/ndb lirk/ndb, [5] Kasuga, M. (1984). Structure and function of the insulin receptor. In Tanpakushitsu kakusan koso, Protein, aucleie acid, enzyme (Vol. 29, Issue 7, pp. 533-550), bitps:/www-uptodate,com/contents/structure-and-fimetion-of-+ he-insulin-receptor [6] Alberto, J, Reyes, ©., & Plancarte, A. A. (2008), Bases moleculares de las acciones de la ‘insulins, Revista de Educacién Bioquimica, 27(1), 9-18. [7] Wilden, PA. Kahn, C. R., Siddle, K., & White, M. F (1992). Insulin receptor kinase domain autophosphorylation regulates receptor enzymatic function. The Journal of biological chemistry, 267(23), 16660-16668, bitps://pubmed nebi.nlm nih gov/1322912/ [8] Wilden, P. A., Siddle, K., Haring, E., Backer, J. M., White M. F, & Kahn, C. R. (1992), The role of insulin receptor kinase domain’ autophosphorylation in receptor-mediated activities. Analysis with insulin and anti-receptor antibodies. The Journal of biological chemistry, 267(19), 13719-13727. PROYECTO DE AULA docx - Documentos de Google 13 de Octubre del 2021 ‘bupspubmed nchisnlm nih gov/1320027/ [9] Imprimatia 3D, Designing Models for 3D printing, from: bltp:/icbm msoe.edu/includes/pdfi'JmolTrainingGuide-Section3, ait [10] Jesus Alberto y Araceli Arellano. Bases moleculares de las acciones de Ta insulina, 2008, REB 27(1): 9-18, hitp:/vww facmed unam mx/publicaciones/ampb/numeros/20 ORME Amticulo? pat [11] Lehninger. Principles of Biochemistry, Seven Fuition. W. hh, Freeman, Macmillan Leaming, New’ York. Section 1, Chapter 4 hitpsfldoes.google.com/documentalSNykuB2NfLU|ASy_zuSqge4Rq/CVZ_Bledivhead ng=h.w7z1s17btou2 99