Materia es todo 

aquello que compone los cuerpos.

En tu pregunta sobre sustancia creo que tu inconveniente radica en diferenciar propiedades
intensivas y extensivas
Ejemplo propiedad intensiva : Si tenés un pullover rojo y le cortas un pedacito. El pedacito de
pullover seguirá siendo rojo sin importar el tamaño ni la cantidad de pullover que tengas. Por
lo tanto las propiedades intensivas no cambian con la cantidad
ejemplos:color,olor,sabor,punto de ebullición,punto de fusión, etc. Otro ejemplo: el agua
hierve a 100ºC en condiciones normales de presión y temperatura. Si tenés una gota hierve a
100ºC y si son 10000 litros tambien hierve a 100ºC. Por lo tanto el punto de ebullición no
cambia con la cantidad. Por eso a las sustancias se les reconoce por sus propiedades intensivas
porque cada una posee esas propiedades distintas a otra sustancia en al menos un caso.
Las propiedades extensivas en cambio varían con la cantidad. Por ejemplo : el volumen, si
tenés una manzana y te morfás un pedazo disminuíste su volumen y también su peso que es
otra propiedad extensiva. En este caso cuando cambia la cantidad cambia la propiedad
extensiva.
La materia es todo y no se distingue porque forma todo lo que conocés, las sustancias son
diferentes entre sí y deben ser diferenciadas. Suerte, espero haber sido de ayuda