Los microorganismos como bacterias, hongos, nemátodos, virus, protozoarios y
algas viven en el suelo e impactan en las plantas. Las funciones que realizan son: fijación del nitrógeno, solubilizadores de nutrientes, antagonistas de patógenos, promotores del crecimiento vegetal y mejoradores de suelo. La litósfera es la capa externa y rígida de la geósfera, está compuesta de 02, Si, Al, Fe y minerales. Entre sus componentes tiene rocas (ígneas, sedimentarias y metamórficas) y el suelo que se forma por meteorización. Los factores que participan en su formación son: clima, topografía, actividad biológica y tiempo. En un inicio se da la formación de regolita, luego la descomposición de residuos vegetales, después la incorporación de los productos de la descomposición en el material mineral de partida y finalmente la diferenciación del perfil de suelo en horizontes. Los horizontes pueden ser clasificados en dos tipos: genético y diagnóstico. El suelo es un sistema heterogéneo trifásico conformados por elementos sólidos, líquidos y gaseosos; tiene como unidad estructural al agregado de suelo. La naturaleza coloidal de las arcillas y el humus del suelo son fundamentales para la fertilidad de los suelos, al favorecer la disponibilidad de nutrientes para el desarrollo de las plantas y determinan la cantidad y diversidad microbiana. Además de la capacidad de intercambio catiónico de las partículas. Existen dos tipos de componentes: inorgánicos (arcillas) y orgánicos (sustancias húmicas). La superficie específica y tamaño de partículas también tiene gran importancia en la fertilidad de los suelos. La materia orgánica del suelo proviene de los restos de plantas y animales; mejora la calidad del suelo y es utilizada para mejorar el rendimiento de las plantas. Influye en la retención de agua y nutrientes, aireación, agregación y fuente potencial de microorganismos. Se clasifica como fresca, en descomposición o no humificada y humificada. También se debe determinar su distribución vertical en los suelos. Durante la formación de humus se tiene dos fases: degradación (microbiana) y polimerización. Así mismo, los tipos son: Mor (muy poco transformada), Moder (moderada transformación) y Mull (alteración de la materia orgánica). Dentro del humus están las sustancias húmicas como ácidos fúlvicos, húmicos y huminas. Factores que controlan la velocidad de descomposición y mineralización de los residuos son la composición química del residuo; la relación C/N; influencia de los contenidos de lignina y polifenoles; factores físicos y factores que afectan la actividad microbiana. Se puede acelerar el proceso de degradación a través del compostaje con sus etapas mesofílica, termofílica, mesofílica y madurez. La aeración y temperatura es importante en el proceso de compostaje. En el vermicompost, no existe la etapa termofílica. Para determinar la calidad de compost existen muchos test, de esta manera se determina si está libre de patógenos o metales. Dentro de las interacciones microbianas y la red trófica edáfica se encuentra el segundo nivel trófico con: descomponedores, mutualistas, patógenos, parásitos, comedores de raíces. Un factor importante es la complejidad de la red trófica y el término grupos funcionales en ecosistemas complejos. Estos grupos funcionales microbianos participan directa o indirectamente en los ciclos de los nutrientes y en la recirculación de la materia orgánica, interaccionando entre sí, con las plantas y los demás factores físicos y químicos de suelo. El ciclo del nitrógeno tiene como etapas la fijación, mineralización, nitrificación (amonio-oxidación y nitrito-oxidación) y le desnitrificación.