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UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO

FACULTADAD DE QUÍMICA Y FARMACIA


PROGRAMA FARMACIA
ASIGNATURA: QUÍMICA COMPUTACIONAL

CALCULO PUNTUAL DE ENERGIA.

DOCENTE: CASTRO GOMEZ FERNANDO

ELABORADO POR: JOSÉ DAVID PÉREZ NAVARRO.

UNIVERSIDAD DEL ATLANTICO, KM 7 VIA PUERTO, BARRANQUILLA-


ATLANTICO.

AGOSTO 2021.
1) Dibujar la molécula de Aciclovir, con lo aprendido en el tutorial
anterior.

2) Vas a calcular la energía de la molécula en su estado basal (estado


energético más bajo, usando el método de mecánica molecular.

 busca, al menú setup y presiona clic sobre calculations


 Veras el siguiente cuadro

3) Ahora vas a establecer que quieres calcular, que método usaras y que
campo de fuerza utilizar vas a seleccionar en el cuadro de calculation
lo siguiente:

 Calculate: energy
 With: molecular mechanics
 SYBYL
4) Una vez configurado, la herramienta calculations para determinar en
este caso la energía procedes a enviar (submit) a spartan para efectuar
nuestro calculo.

Te pedirá guardar el doc., eliges la ruta donde quieres guardar el


documento, puedes colocar el nombre de la molécula de estudio.

5) Vas recibir dos notificaciones en pantalla, donde se mostrara que el


cálculo ha empezado y después de unos segundos que su cálculo ha
sido completado
6) Puede que te preguntes, ¿dónde puedo ver lo que he realizado? Para
poder visualizar tienes que dirigirte al siguiente menú o icono si lo
desea te lo muestro en la imagen.

7) Después de haber ingresado por las dos opciones te habrás dado


cuenta que viste algo como esto.
Como puedes observar la molécula tiene tres energías. Energía de
solvatación, en medio acuoso, pero nos interesa solo la energía en el vacío
que está señalada en el cuadrado rojo y tuvo un valor de 392.13KJ/mol

8) Ahora vas a comparar esos valores de energía cambiando ángulos


diedros, distancias de enlace y ángulos en los átomos de la molécula
y ver como es el valor de la energía para distintas conformaciones.

Measure dihedral (C4, C5, N4, C8) Angulo 179,65° energía de 392,13KJ/mol

Measure dihedral (C4, C5, N4, C8) Angulo 90° energía de 859.83KJ/mol
Measure dihedral (C4, C5, N4, C8) Angulo 145° energía de 469,20KJ/mol
Measure dihedral (C4, C5, N4, C8) Angulo 75° y una energía de 6032.82KJ/mol
Distancia de enlace entre el (C9 Y C10) de 1.525 angstrom energía de 393,48
KJ/mol
Distancia de enlace entre el (C9 Y C10) de 1.200 angstrom energía de
569,77KJ/mol
Angulo de enlace (C8, O1, C9) Angulo de enlace 125° energía de 568,77 KJ/mol
Angulo de enlace (C8, O1, C9) Angulo de enlace 45° energía de 637,89KJ/mol

Datos de energías absolutas y relativas

Análisis.
El conformero más estable seria el 5.

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