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SEMINARIO 17
Biología Molecular:
Herramientas, técnicas y
aplicaciones en medicina
Objetivos de aprendizaje
-Transcripción reversa
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DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA HUMANA
CÁTEDRA 1 - MATERIA QUÍMICA BIOLÓGICA II - CICLO LECTIVO 2020
En 1984, Kary Mullis ideó un ingenioso método para amplificar secuencias específicas de
ADN que se denomina Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Mediante esta técnica se
puede amplificar un segmento específico de ADN hasta millones de veces en pocas horas in vitro,
si se conocen las secuencias colindantes (flanqueantes) a esta secuencia blanco.
La PCR se lleva a cabo mezclando en un tubo
a) muestra conteniendo el ADN de interés,
b) oligonucleótidos (de entre 20 y 30 nucleótidos) que actuarán como cebadores (o
primers) uniéndose específicamente a la secuencias flanqueantes de la secuencia blanco,
c) los cuatro desoxirribonucleótidos (dNTPs),
d) un buffer de pH 7,4
e) ADN polimerasa termoestable al calor.
Se realizan replicaciones sucesivas repitiendo tres pasos en cada ciclo, utilizando un
equipo programable denominado termociclador. El termociclador es un aparato con capacidad
para calentar y enfriar rápidamente las mezclas de reacción, de modo que se aprovechen las
cualidades fisicoquímicas de los ácidos nucleicos y las enzimáticas de la ADN polimerasa.
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CÁTEDRA 1 - MATERIA QUÍMICA BIOLÓGICA II - CICLO LECTIVO 2020
Cada ciclo es la repetición de los siguientes 3 pasos:
1) Desnaturalización de la doble hélice de ADN: las dos hebras de la molécula de ADN
original se separan mediante calentamiento de la solución a 95ºC durante 15 segundos.
2) Hibridación de los cebadores: La solución se enfría rápidamente a una temperatura
entre 50º y 60ºC que es generalmente la temperatura a la cual cada cebador se une con una
hebra de ADN desapareada. Un cebador hibrida con el extremo 3’ de la secuencia blanco en una
hebra y el otro cebador hibrida con el extremo 3’ de la secuencia en la hebra complementaria. No
se formará nuevamente el ADN doble hebra inicial porque los cebadores están presentes en
exceso.
3) Síntesis de ADN: Se utiliza una enzima termoestable (Taq polimerasa) proveniente
de una bacteria termófila (Thermus aquaticus) que tiene temperatura óptima de acción alrededor
de 70ºC y es resistente a temperaturas extremas. La Taq polimerasa cataliza la elongación de
ambos cebadores copiando la secuencia blanco.
Estos tres pasos constituyen un ciclo de PCR, que se repite consecutivamente varias
veces. Cada ciclo de PCR duplica la cantidad de ADN, por lo que finalmente se produce un
aumento de 2n de la cantidad de ADN original, siendo n el número de ciclos que se llevan a cabo.
La amplificación es de un millón de veces después de 20 ciclos y de mil millones de veces
después de 30 ciclos, los cuales se pueden llevar a cabo en menos de una hora (Figura 2).
Los productos de PCR obtenidos al final de la reacción son analizados mediante una
electroforesis en gel. El ADN que ha sido amplificado por la reacción en cadena de la polimerasa,
migra en una región del gel de acuerdo a la cantidad de pares de bases (tamaño) que tiene la
secuencia, y es acumulada en una banda que se ubica en paralelo a una de las bandas de
tamaño determinado de un patrón comercial que contiene ADN de diferentes longitudes y que es
corrido de forma simultánea con la muestra; esto, permite determinar el tamaño de la secuencia
estudiada en pares de bases.
Se denomina RT-PCR, a la técnica que consiste en primero realizar transcripción reversa
utilizando una muestra de ARN y luego utilizar el ADN obtenido de esta reacción como templado
de una reacción de PCR. Este procedimiento es utilizado ampliamente en el diagnóstico clínico
por ejemplo para detectar y cuantificar virus con genoma de ARN en una muestra humana.
La PCR en tiempo real (del inglés real time PCR) es una modalidad de PCR donde la
acumulación de ADN amplificado es detectado y cuantificado a medida que la reacción avanza, es
decir, “en tiempo real”. Esto se logra incorporando una molécula fluorescente que se asocia al
ADN amplificado. Así, el incremento de esta fluorescencia es proporcional al incremento de la
cantidad de moléculas de ADN amplificadas en la reacción.
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de inmunodeficiencia humano (HIV). La búsqueda de microorganismos en muestras de
tejido puede ser muy lenta y laboriosa, pero con la PCR se puede detectar la presencia de
solo 10 de estos microorganismos por cada millón de células humanas.
• Seguimiento de enfermedades: los métodos moleculares cuantitativos se han convertido
en una ayuda imprescindible para el seguimiento en respuesta a la terapia, especialmente
en pacientes infectados con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH), el virus de la
hepatitis B y el virus de la hepatitis C.
• Colaboración con la medicina forense en variados aspectos, por ejemplo la identificación
de personas permitiendo el reconocimiento de cadáveres o parentescos biológicos en
casos de disputa de paternidad.
• Establecimiento de grupos tisulares precisos en transplantes, amplificando y comparando
secuencias de los HLA del donante y receptor para determinar compatibilidades.
• Estudio de relaciones evolutivas entre los organismos, ya que bajo ciertas circunstancias el
ADN puede mantenerse intacto durante miles de años o incluso más tiempo.
Nota: En el siguiente link se puede ver una animación sobre la técnica de PCR:
https://www.dnalc.org/resources/animations/pcr.html
- Secuenciación de ADN
Nota: En los siguientes links se puede ver cómo se realiza el método de secuenciación
automática:
https://www.dnalc.org/resources/animations/cycseq.html
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-Enzimas de restricción
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Aplicación: las enzimas de restricción se utilizan in vitro para “cortar” moléculas de ADN y
proporcionar pequeños fragmentos específicos que se pueden analizar y manipular con más
facilidad que la molécula original. Luego del tratamiento del ADN, la cantidad y la longitud de los
fragmentos obtenidos dependerán de la frecuencia de la secuencia específica para dicha enzima
(si esta secuencia se encuentra varias veces repetida en el ADN, la enzima cortará más veces
generando fragmentos de distintos tamaños).
Nota: En el siguiente link se puede ver una animación sobre la forma de acción de una
enzima de restricción https://www.dnalc.org/resources/animations/restriction.html
-Electroforesis en gel
La electroforesis en gel es una técnica que utiliza un campo eléctrico para separar
moléculas por su tamaño y carga. Debido a que el ADN y el ARN contienen grupos fosfatos
cargados negativamente, estas moléculas migrarán hacia el electrodo positivo (ánodo). Las
moléculas más cortas se movilizarán con mayor rapidez por los poros de un gel que las moléculas
más largas, por lo tanto la separación se basará en el tamaño (longitud de los fragmentos). Para
visualizar el ácido nucleico separado se utilizan agentes luminiscentes o colorantes como el
bromuro de etidio, que se intercala en el ADN de doble cadena y generar una señal lumínica que
es directamente proporcional a la cantidad de ácido nucleico presente (Figura 5).
Nota:
En el siguiente link se puede ver una animación sobre cómo se realiza una electroforesis
en gel de agarosa: https://www.dnalc.org/resources/animations/gelelectrophoresis.html
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Figura 5: Electroforesis de ácidos nucleicos en gel de agarosa y tinción con bromuro de etidio de los fragmentos
separados
-Detección de polimorfismos
El ADN humano contiene algunas secuencias que están repetidas en tándem (una al lado
de la otra) un número variable de veces en ciertos loci dispersos en el genoma. Esas regiones se
llaman regiones hipervariables, y son polimórficas ya que la secuencia varía en el número de
copias de la unidad que se repite. Existen dos clases de secuencias repetitivas de ADN: los
minisatélites (variable number of tandem repeats, VNTRs) y los microsatélites (short tandem
repeats, STRs).
Los VNTRs en humanos son secuencias de 1-5 kb que consisten en un número variable
de unidades repetitivas de 15 a más de 100 pb de longitud en el genoma de diferentes individuos .
Se comparan los patrones generados por muestras de ADN de distinto origen (conocido y
desconocido). La coincidencia entre los patrones indica con alta probabilidad que las muestras
provienen de la misma fuente. El análisis de los VNTR es aplicable cuando se pueden obtener
muestras de ADN en buenas condiciones y en cantidad abundante.
Los STRs son secuencias repetidas en tándem de entre 2 y 5 nucleótidos, característica
que los diferencia de los VNTRs. El tamaño total de un STR es más pequeño que el de los VNTR.
La secuencia de las regiones flanqueantes a ambos lados del STR es igual en todos los sujetos y
contienen repeticiones más cortas (Figura 6). Literalmente, cientos de sistemas de STRs han sido
mapeados en todo el genoma humano, varios fueron investigados para su aplicación en tests de
identificación de humanos. Pueden ser detectados mediante la amplificación por PCR de los
segmentos del genoma que contienen diferente número de repeticiones, utilizando para ello
cebadores o "primers" que flanqueen los STRs. Luego de la amplificación del ADN, los
fragmentos se visualizan mediante electroforesis y tinción con Bromuro de etidio o técnicas
análogas. Esta opción se ha vuelto más frecuente con el aumento de información de secuencias
en bases de datos que permiten el diseño de cebadores flanqueantes de STRs. Se analizan
principalmente repeticiones de 4 pb. Dada la enorme variedad de alelos presentes en una
población, al examinar múltiples STRs loci, se puede obtener un alto grado de discriminación entre
individuos.
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Huella genética:
La huella dactilar genética, o huella genética, es un método de aislamiento e identificación
de elementos variables dentro de la secuencia de ADN. La técnica fue desarrollada en 1984 por el
genetista británico Alec Jeffreys, después de descubrir la existencia de los minisatélites. Jeffreys
reconoció que cada individuo tiene un patrón único de minisatélites (las únicas excepciones
son los individuos procedentes del mismo cigoto, como los gemelos idénticos). Ya que la huella
dactilar genética de cada persona es única, es un gran método para identificar a alguien de
forma inequívoca. En la actualidad, la huella genética se realiza mediante el análisis de STRs.
Inicialmente, la huella genética fue utilizada para resolución de delitos y para
determinación de maternidad y paternidad. Luego se utilizó para la identificación de restos
humanos, compatibilidad en la donación de órganos, el estudio de las poblaciones de animales
silvestres, y el establecimiento del origen o la composición de alimentos. Por este método pueden
determinarse relaciones familiares: individuos que están estrechamente relacionados
genéticamente tendrán patrones de STRs más similares entre sí que comparados con personas
no relacionadas.
La técnica también se aplica para aportar evidencia a favor o en contra de sospechosos en
casos policiales. La extrema sensibilidad del método permite aislar pequeñas trazas de ADN
humano como evidencia para obtener la huella dactilar de ADN de la persona que la dejó en el
lugar. En estos casos, se comparan las huellas dactilares genéticas de muestras biológicas
obtenidas como evidencia (sangre, semen, tejidos como células del folículo piloso en el extremo
de un único pelo, aún en pequeñas cantidades) con las muestras provenientes de sospechosos.
Las huellas dactilares de ADN resultaron un importante avance en medicina forense.
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En Argentina, en el año 1987, fue creado el Banco Nacional de Datos Genéticos (BNDG),
el cual es un archivo sistemático de material genético y muestras biológicas de familiares de
personas que han sido secuestradas y desaparecidas durante la dictadura militar argentina. En
estos casos se utiliza el material genético de una abuela o abuelo por ejemplo, y de una nieta o
nieto y se analizan los STR localizados en el cromosoma Y (línea paterna) y en las mitocondrias
(línea materna).
-Consejo genético
-Microarrays
En los últimos años se desarrolló una técnica que permite la detección de muchos genes al
mismo tiempo con el fin de determinar qué alelos de estos genes están presentes en las muestras
obtenidas de pacientes: los microarrays (también conocidos como biochips). La superficie de un
biochip pequeño se cubre con miles de piezas de DNA de una sola hebra, en donde cada una
corresponde a un gen diferente o un segmento del mismo. Luego, el biochip se incuba con una
muestra del DNA de un paciente y se determina el patrón de hibridación mediante análisis
informático. Los resultados pueden determinar, por ejemplo, cuál de las múltiples mutaciones
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conocidas para una enfermedad genética es la que porta el paciente o para determinar qué alelos
de las enzimas que metabolizan un fármaco están presentes y, por lo tanto, la probabilidad de que
un paciente tenga una reacción adversa a un fármaco en particular. Otro uso consiste en
determinar qué genes están expresados en una determinada muestra. El ARN mensajero de una
muestra de tejido se utiliza para producir el ADN copia mediante transcripción reversa, el ADNc
hibridará solamente con aquellos genes que están expresados en el tejido analizado. Por ejemplo,
en un paciente con cáncer esta técnica podrá utilizarse para determinar la clasificación del cáncer
con mucha rapidez y diseñar el tratamiento de forma específica para cada paciente.
Nota: En el siguiente link se puede ver una animación sobre los microarrays:
https://www.dnalc.org/resources/animations/dnaarray.html
-Animales transgénicos
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Los ratones transgénicos constituyeron una herramienta fundamental en el laboratorio para
el estudio de la fisiología animal y sirvieron de modelos experimentales para entender las
bases de muchas enfermedades que afectan al hombre (Figura 8). Luego se desarrolló la
tecnología para hacer los ratones “knockout”, es decir, ratones en los que se anulaba la actividad
de un gen para analizar luego los efectos producidos por esta falta. Esta técnica hoy es muy
importante en el estudio de la función de los genes, tanto en ratones como en otros
organismos.
Figura 8: Aproximadamente hace 20 años se creó el primer animal transgénico en un ratón, al cual se le incorporó a su
genoma la hormona de crecimiento por lo que el ratón creció más de lo normal
Los ratones transgénicos se obtienen por inyección directa del ADN en el pronúcleo del
ovocito fecundado, o bien por transformación de células embrionarias in vitro con el ADN de
interés. En la actualidad, es posible obtener otros animales transgénicos, además de roedores.
Los animales más grandes, como ovejas, cabras, cerdos y vacas pueden modificarse
genéticamente gracias al desarrollo de las técnicas de clonación. Esta aplicación se da
especialmente en especies de interés comercial o agrícola-ganadero (vacas, cerdos, ovejas,
caballos). En el área médica, los animales transgénicos son utilizados en la producción de
proteínas recombinantes (granjas farmacéuticas). En estas granjas farmacéuticas se crían ovejas,
cabras, vacas o cerdos transgénicos que producen en su leche proteínas terapéuticas humanas.
Ejemplos: obtención de eritropoyetina, α1-antitripsina, proteína C, factor VIII de coagulación,
antitrombina III, etc.
-Xenoinjertos
Figura 9: Generación de ratones PDX Una porción de un tumor de un paciente es implantada en un ratón (deficiente e n
su propio sistema inmune). Así el tumor crece en el ratón y puede ser estudiado de distintas maneras. Se realiza el
análisis genómico o la amplificación del mismo en mayor número de ratones para, por ejemplo, realizar pruebas de
distintos tratamientos posibles. Además se puede preservar una muestra para el banco de tumores.
-Terapia génica
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Figura 10: Terapia génica in vivo: Introducción del ADN terapéutico en el paciente.
Por ejemplo, la fibrosis quística es una enfermedad hereditaria causada por mutaciones en
el gen que codifica para la proteína CFTR y afecta principalmente a los pulmones, en los que se
produce la acumulación de secreciones anormales que interfieren con el funcionamiento normal
de los mismos. Desde la identificación del gen CFTR como responsable de la fibrosis quística, la
terapia génica ha sido considerada como una de las vías terapéuticas para abordar el tratamiento
de la enfermedad desde su raíz: mediante la inhalación de moléculas de ADN se entrega a las
células pulmonares una copia normal de dicho gen.
Además de las enfermedades genéticas propiamente dichas, la terapia génica se está
aplicando de forma experimental al tratamiento del cáncer (en aquellos tumores que no tienen un
tratamiento eficaz o en los que el tratamiento convencional ha fracasado) (Figura 11), y, más
recientemente, otras enfermedades como la enfermedad coronaria, la enfermedad arterial
periférica o la artritis reumatoide.
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-CRISPR
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una célula, el genoma de ésta puede cortarse en los lugares deseados (cuyas secuencias serán
complementarias a las de los ARN guía utilizados). Esto permite la eliminación funcional de genes
o la introducción de mutaciones. Luego, utilizando los mecanismos normales de reparación de
ADN que tienen las células, se puede insertar la secuencia corregida del gen. La accesibilidad y el
enorme potencial de CRISPR/Cas9 han dado lugar a una revolución casi sin precedentes en las
ciencias biomédicas y representan un gran avance en el campo de la terapia génica.
Links de interés
Laboratorio virtual para realizar una electroforesis en gel de agarosa:
https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/gel/
Laboratorio virtual de PCR: https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/pcr/
Laboratorio virtual de Microarray: https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/
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