CONSEJO DE ESTADO

SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO

SECCIÓN SEGUNDA
SALA DE CONJUECES

CONJUEZ PONENTE: DRA. CARMEN ANAYA DE CASTELLANOS

Bogotá D.C., trece (13) de abril de dos mil veintiuno (2021)

Referencia: Exp. No. 25000232500020100036802

No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Nación – Fiscalía General de la Nación
Proceso: Nulidad y Restablecimiento del Derecho

En la fecha procede esta sala a decidir el recurso de apelación interpuesto por el

apoderado de la demandada, Fiscalía General de la Nación contra la sentencia de
3 de noviembre de 2016, proferida en SALA DE CONJUECES DEL TRIBUNAL
ADMINISTRATIVO DE CUNDINAMARCA, mediante la cual se ACCEDIO a las
pretensiones de la demanda.

1. ANTECENTES

En ejercicio de Acción de Nulidad y restablecimiento de Derecho consagrada en el

artículo 138 del C.P.A.C.A., Gabriel Antonio Gómez Gómez, a través de
apoderado judicial, solicitó principalmente que:

1. Que se declare la nulidad del Acto Administrativo contenido en el oficio OP-No.

010860 del 29 de octubre de 2009, mediante el cual la Fiscalía General de la
Nación dio respuesta al derecho de petición de fecha 18 de septiembre de 2009,
radicado No. 024641, negándole el reconocimiento, liquidación y pago del
reajuste al 70% de los ingresos correspondientes a un magistrado de alta corte y
el reajuste del 10% nivelando de esta manera al ingreso mensual 80% de los
ingresos de un magistrado de Alta Corte, conforme al Decreto 610 de 1998.

2. Que se condene a la entidad accionada, al reajuste reconocimiento y pago de la

diferencia en los ingresos mensuales cancelados al demandante, desde el 02 de
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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mayo de 2004 y en adelante hasta alcanzar el 70% de los ingresos mensuales que
por todo concepto recibe un Magistrado de Alta Corte.

3. Que se condene a la entidad accionada al reajuste, reconocimiento y pago del

10% de los ingresos que por todo concepto reciba un magistrado de Alta Corte,
hasta completar el ochenta por ciento (80%) de la Bonificación por Compensación
a que tiene derecho desde el 02 de mayo y en adelante, conforme al Decreto 610
de 1998, teniendo en cuenta su cargo de Fiscal delegado ante el Tribunal.

2. LA SENTENCIA APELADA

La Sala de Conjueces del tribunal Administrativo de Cundinamarca, mediante

sentencia proferida 10 de marzo de 2015, decidió:

PRIMERO. DECLARAR la nulidad del acto administrativo, oficio OP-No. 010860

del 29 de octubre de 2009, mediante el cual la Fiscalía General de la Nación, negó
el reconocimiento, liquidación y pago del reajuste del 70% de los ingresos
correspondientes a un Magistrado de Alta Corte y el reajuste del 10% en
conformidad con las leyes 10 de 1987, 63 de 88 (sic) 4ª de 1992; y el Decreto 610
de 1998.

SEGUNDO. Condenar a título de restablecimiento del derecho a LA NACIÓN –

FISCALÍA GENERAL DE LA NACIÓN, a reconocer y pagar al doctor GABRIEL
ANTONIO GÓMEZ GÓMEZ, las diferencias dejadas de percibir a partir del dos (2)
de mayo de 2004 hasta la ejecutoria de la sentencia, teniendo en cuenta para ello
el 80% de lo devengado por los Magistrados de Altas Cortes, debidamente
liquidado.

Por lo demás se ordenó la actualización de los saldos dejados de cancelar y

establecida en los términos del artículo 178 del CPACA, así como ordenó a la
entidad demandada, pagar dentro del término establecido en el artículo 176; de
igual manera dispone que tales condenas devengarán intereses moratorios a
partir de la ejecutoria de la sentencia.

3. EL RECURSO DE APELACIÓN
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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El apoderado de la entidad demandada interpuso recurso ordinario de apelación

mediante escrito radicado el 28 de mayo de 2015, contra la sentencia aludida el
cual sustentó de la siguiente forma:

En primer lugar alegó que durante la vigencia del Decreto 4040 de 2004 la Fiscalía
General de la Nación canceló el porcentaje de 70% por concepto de Bonificación
por congestión judicial; que el Decreto 610 de 1998 no plantó en su parte
resolutiva el incremento progresivo del 70 y 80% sino que de manera única y
precisa creó la bonificación por compensación en un 60%, en relación con los
salarios de los Magistrados de las Altas Cortes, por lo que a su juicio lo que hizo el
Decreto 4040 fue llenar ese vacío dejado por el Decreto 610.

Adujo además, la operancia del fenómeno jurídico de la prescripción del derecho a

reclamar el 10% de diferencia entre el Decreto 4040 de 2004 y el Decreto 610 de
1998, por cuanto la reclamación para el pago de los derechos que se alegan por
parte de la actora, se presentaron a la entidad sólo hasta el 18 de septiembre de
2009, esto es: 5 años, 4 meses y 16 días después del supuesto hecho que lo llevó
a presentar la respectiva reclamación.

4. CONSIDERACIONES

De acuerdo con el artículo 150 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo

Contencioso Administrativo, modificado por el artículo 615 del Código General del
Proceso, le corresponde al Consejo de Estado, en calidad de superior funcional,
resolver las apelaciones de las sentencias dictadas en primera instancia por los
Tribunales Administrativos.

Ahora, una vez arribado el expediente al Despacho por reparto, los miembros de
la Sección Segunda del Consejo de Estado, mediante Auto del 1º de agosto de
2018 se declararon impedidos para conocer del asunto de la referencia 1.

Por proveído de 11 de marzo de 20192 la Sección Tercera del Consejo de Estado

aceptó el impedimento manifestado por los magistrados referidos y ordenó,

1
Folio 255
2
Folios 262-263
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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entonces, la remisión del expediente a la Secretaria de la Sección Segunda, para
que realizará el sorteo de los Conjueces que habría de decidir sobre la apelación
interpuesta.

El 15 de febrero de 2019 se realizó el respectivo sorteo de Conjueces y de

Conjuez ponente, por orden del presidente de la Sección Segunda3.

5. ANALISIS DE LA SALA

El demandante solicitó el reconocimiento y el pago de la Bonificación por

Compensación prevista en el Decreto 610 de 1998, mediante la cual solicita que
se le reconozca el valor equivalente al 80% de los ingresos percibidos por todo
concepto por los Magistrados de las Altas Cortes.

Para resolver el presente caso, en lo que compete al debate que se genera, se

pronunciará la sala en lo que se refiere a la aplicación y cumplimiento de los
Decretos 610 y 1239 de 1998 por concepto del pago de la Bonificación por
Compensación allí creada, lo que constituye aspecto central de la apelación, así
como la prescripción, la Sala tendrá en cuenta para el caso.

En relación con los puntos de inconformidad serán resueltos por la Sala, de la

siguiente forma:

Bonificación por Compensación

En desarrollo de este régimen resulta relevante hacer las siguientes referencias:

El Gobierno Nacional en aplicación de la Carta Política artículo 189 numeral 19 y

superiores, desarrolló lo ordenado por el Congreso Nacional en la Ley 4 de 1992.
Así las cosas, el Decreto 610 de 1998 otorgo una “Bonificación por
Compensación, con carácter permanente, que sumada a la prima especial de
servicios y a los demás ingresos laborales actuales iguale al sesenta por ciento
(60%) de los ingresos laborales que por todo concepto perciben los Magistrados
de la Corte Suprema de Justicia, Consejo de Estado, Corte Constitucional y
Consejo Superior de la Judicatura” 4 para el año 1999, el 70% de dicho ingreso

3
Fol. 265
4
Artículo primero Decreto 610 de 1998
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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para el año 2000 y, el 80% a partir del año 2001. Lo anterior se realizó con el
propósito de hacer un ajuste salarial a los ingresos que recibían los beneficiarios
de dicha bonificación respecto a los ingresos laborales de los Magistrados de Alta
Corte. El Decreto 610 de 1998 fue adicionado mediante el Decreto 1239 de 1998,
el cual dispuso que la Bonificación por Compensación le sea aplicada a
“Secretarios Generales de la Corte Suprema de Justicia, el Consejo de Estado, la
Corte Constitucional y al Secretario Judicial de la Sala Jurisdiccional Disciplinaria
del Consejo Superior de la Judicatura” 5.

Mediante el Decreto 2668 de 1998 el Gobierno Nacional se propuso derogar el

Decreto 610 y el Decreto 1239 ambos de 1998. Empero, la disposición de la
administración fue objeto de demanda, la que fue resuelta mediante sentencia del
25 de septiembre de 20016, por el Consejo de estado, Sala de Conjueces que
declaró la nulidad del Decreto. Como consecuencia de esto, los efectos se
aplicaron de manera Ex Tunc –desde siempre- retrayendo así todas las
situaciones jurídicas al estado anterior al que se encontraban antes de la
expedición del decreto 2668 de 1998, es decir, reconociendo la Bonificación por
Compensación a todos los beneficiarios de dicho derecho desde que nació a la
vida jurídica.

Con todo, el Gobierno Nacional expidió el Decreto 4040 del 3 de diciembre de

2004, por medio del cual se creó la Bonificación por Gestión Judicial según el cual
se otorgó una Bonificación, “con carácter permanente, que sumada a la asignación
básica y demás ingresos laborales iguale al setenta por ciento (70%) de lo que por
todo concepto devenguen los Magistrados de las Altas Cortes, para los
funcionarios de la Rama Judicial, incluida la Fiscalía General de la Nación, y el
Ministerio de Defensa Nacional”, en otros empleos señalados en el artículo 1º del
Decreto mencionado.

Demandado como fue, el Decreto 4040 de 2004 fue declarado nulo por la Sala de
Conjueces mediante la sentencia de 14 de septiembre de diciembre de 2011 7, con
fecha de ejecutoria de 27 de enero de 2012, con efectos retroactivos. En este

5
Artículo primero Decreto 1239 de 1998
6
Consejo de Estado. Sala de lo Contencioso Administrativo. Sección Segunda - sala de conjueces. Sentencia
del 25 de septiembre de 2001. Radicación número: 395-99 Conjuez ponente: Álvaro Lecompte Luna
7
Consejo de Estado. Sección Segunda. Sala de Conjueces. Sentencia del 14 de diciembre de 2011. REF: EXP.
Nº 11001-03-25-000-2005-00244-01.- M.P: DR. Carlos Arturo Orjuela Góngora.
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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sentido la sentencia con ponencia del Conjuez Carlos Arturo Orjuela Góngora,
expresó:

Así entonces, los destinatarios del Decreto 610 de 1998, caso del accionante
ganaron el derecho a la Bonificación allí establecida desde que ingresaron al
servicio de la Rama Judicial en sus condiciones de Magistrados, no
pudiéndose mediante otra norma o acto jurídico, afectárseles tal derecho, por
estar cobijados por el principio mínimo fundamental de derecho del trabajo,
de la irrenunciabilidad de los derechos laborales por sus titulares, y por ello,
no podrá un tercero, - El Estado o los particulares – suprimirlos, pues su
carácter de derecho humano fundamental así lo impone, quedando
amparados por la regla pro operario “ De la condición más beneficiosa”
consagrada en el artículo 53 Inc, 5º de la Constitución Política” (…)

Según lo expuesto, la declaratoria de nulidad del Decreto 4040 de 2004 por parte
del Consejo de Estado, garantizó un mejor régimen para los empleados de la
Rama Judicial beneficiarios de la bonificación por compensación desde el año
1999.

Ahora bien, como quiera que con la declaratoria de nulidad del Decreto 2668 de
1998 cobró vida jurídica el Decreto 610, teniendo en cuenta que aquél había
derogado a éste; con la expedición del Decreto 4040 de 2004 subsistieron dos
regímenes para la misma prestación, situación que suscitó discusión en torno a la
prescripción de las obligaciones salariales, la cual se zanjó mediante desarrollo
jurisprudencial. Así las cosas, la sentencia del 10 de octubre de 2013 8 del Conjuez
ponente Gabriel De Vega Pinzón, citada a su vez por la Sentencia de Unificación
del 18 de mayo de 2016, sala de Conjueces del Consejo de Estado, señaló en su
momento que:

“Es preciso señalar entonces que, en el presente caso, la exigibilidad del

derecho se encontraba en discusión, precisamente, en razón a la vigencia
del Decreto 4040 de 2004 el cual, tal y como es reiterado por los aquí
demandados, establecida que la Bonificación por Compensación del Decreto
610 de 1998 era incompatible con la Bonificación por gestión Judicial que
consagró este decreto. Este argumento constituyo la motivación principal de
la negativa a reconocer el pago de la Bonificación por compensación de
Decreto 610 de 1998 solicitada previamente por el demandante y expresada,
por la Dirección Ejecutiva de Administración Judicial (…) En este sentido, el
momento de la exigibilidad en este caso específico se reputa sólo hasta la
fecha de ejecutoria de la Sentencia que declaró la nulidad del Decreto 4040
8
Consejo de Estado. Sección Segunda. Sala de Conjueces. Sentencia del 10 de octubre de 2013. REF: EXP. Nº
73001-23-31-000-2008-00224-02 (0863-12).- M.P: DR. Gabriel De Vega Pinzón.
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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de 2004, momento en el cual el demandante ya había interpuesto la
correspondiente acción de nulidad y restablecimiento del derecho que dio
origen al presente proceso judicial”.

Lo anterior, teniendo en cuenta el artículo 41 del Decreto 3135 de 1968 y del

artículo 102 del Decreto Nacional 1848 de 1969, y como consecuencia de este
marco legal, debe señalarse que el término de prescripción se cuenta habida
gracia de la exigibilidad del derecho. Una vez exigible el derecho prescribirá en
tres años, pudiéndose interrumpir el término con el simple reclamo escrito ante la
autoridad competente.

En torno a lo referido al artículo 15 de la Ley 4 de 1992, también existe precedente

jurisprudencial, siendo este de forzosa aplicación según lo estipulado en el artículo
10 del C.P.A.CA, así como la sentencia C-634 de 2011 proferida por la Corte
Constitucional. La Sentencia de Unificación de 18 de mayo de 2016 9, Sala de
Conjuces de la Sección Segunda, indicó lo siguiente:

“Teniendo en cuenta que la ley determina como finalidad de la prima especial

de servicios la equiparación de los ingresos percibidos por los Magistrados
de las Altas cortes a aquellos que devengan los miembros del Congreso de
la República, mal podría señalarse que un decreto que cumple la función de
reglamentar dicha Ley podía establecer cosa distinta. De hecho, el Decreto
10 de 1993 no lo hizo. Todo lo contrario, tal cuerpo normativo desarrolló de
manera precisa los términos en los que debía darse la equiparación en el
ingreso de los más altos funcionarios de varias ramas del poder público al
señalar que había de efectuarse sobre la totalidad de los ingresos laborales
anuales recibidos por unos y otros.

(…)

Las cesantías percibidas por los miembros del Congreso de la República han
sido consideradas ingresos laborales anuales permanentes por la
jurisprudencia del Consejo de Estado en ocasiones anteriores, lo que tiene
plena razón de ser pues se trata de una erogación que realza el empleador
anualmente a favor de su trabajador y que se causa por cada día de trabajo
del empleado.

En consecuencia, a lo referente a incluir en el concepto de Bonificación por

Compensación las diferencias por concepto de Prima Especial de Servicio prevista
en el artículo 15 de mayo 4 de 1992, teniendo en cuenta lo señalado

9
Consejo de Estado. Sala de lo Contencioso Administrativo. Sección Segunda - Sala de Conjueces. Sentencia
del 18 de mayo de 2016. Referencia: EXPEDIENTE No. 250002325000201000246-02. Conjuez Ponente: Jorge
Iván Acuña Arrieta
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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anteriormente por esta Sala, debe tenerse en cuenta todos los ingresos laborales
anuales de carácter permanente devengados por los Congresistas, incluidas sus
cesantías.

Con todo, sobre la prescripción de la Bonificación por Compensación se pronunció

esta Corporación en reciente sentencia de unificación 10 y sentó reglas
jurisprudenciales, precio al siguiente análisis:

“Aunque el caso no fue tema de la demanda, lo fue en el debate probatorio, ya que

fue la parte demandada en cabeza de la DEAJ quien se refirió a la prescripción de
la bonificación por compensación en la audiencia de alegatos y juzgamiento, así
como el apoderado del extremo demandante, situación que obliga al Juzgador a
pronunciarse sobre el mismo, así:

La sentencia de unificación del 18 de mayo de 2016 no fijó ninguna regla respecto

de la prescripción del derecho a percibir la bonificación por compensación de que
trata el Decreto 610 de 1998 antes de la expedición del Decreto 4040 de 2004, es
decir, antes de la coexistencia de las dos normas, que no permitía que el derecho
fuera exigible porque "no se podía establecer con exactitud cuál de los regímenes
era el aplicable". En efecto, la prescripción trienal del derecho se computa a partir
de la vigencia del Decreto 4,040 de 2004, toda vez que antes de la expedición de
éste el único régimen vigente respecto de la bonificación por compensación era el
Decreto 610 de 1998 y el derecho era plenamente exigible, por lo que quien
consideraba tenía derecho a percibirla tenía la carga de solicitarla antes de que
operara el fenómeno de la prescripción trienal de que tratan los Decretos 3135 de
1968 y 102 del Decreto 1848 de 1969.

En aplicación del principio de sostenibilidad fiscal, introducido a nuestro

ordenamiento jurídico a través del Acto Legislativo No. 3 del 2011, los derechos
económicos, sociales y culturales que predica la constitución del 91 solo pueden
ser garantizados a través del tiempo siempre que se garantice el mantenimiento
sostenible de [adeuda pública; en otras palabras, dicho instrumento constituye un
medio para alcanzar de manera progresiva, las finalidades del Estado Social y
Democrático de Derecho. En tal sentido, los jueces en sus fallos deben tener en

10
Consejo de Estado Sala de lo Contencioso Administrativo – Sección Segunda – Sala de ConjuecesSUJ-016-
CE-S2-2019. C. P. Carmen Anaya de Castellanos. Expediente 41001-23-33-000-2016-00041-02 (2204-2018)
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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cuenta no solo las garantías de los administrados sino la sostenibilidad fiscal, en
un plano en el que ninguno afecte desproporcionadamente al otro.

Esta Sala de igual manera ha reconocido al resolver casos análogos que si bien a
través de estas providencias se determinó que con la ejecutoria de la sentencia
que declaró la nulidad del Decreto 4040 de 2004 el día 27 de enero de 2012 se
hizo exigible el derecho al reconocimiento y pago de la diferencia en el porcentaje
que contempla el Decreto 610 de 1998 y el 4040 de 2004, y que por tal razón no
se aplicaría la prescripción trienal, lo cierto es que entre el período comprendido
entre la ejecutoria de la sentencia que anuló el Decreto 2668 de 1998 y la fecha de
expedición del Decreto 4040 de 2004 procede decretada. Durante este lapso no
hubo dualidad de normas y por lo tanto los beneficiarios de que trata el artículo 2º
del Decreto 610 de 1998 tenían la oportunidad de interrumpirla. En consecuencia,
procede la prescripción de la bonificación por compensación entre el 5 de
septiembre de 2001 y el 2 de diciembre de 2004. Lo anterior es la regla general.
Esa regla tiene una excepción, que consiste en que si la persona logra demostrar
en el expediente, con pruebas documental, que antes del 3 de diciembre de 2004
había interrumpido la prescripción conforme a la ley. En ese caso la prescripción
va más allá del 4 de diciembre de 2004 y se retrotraería hasta la fecha de
presentación de esa interrupción, fecha entonces que debe ser posterior al 25 de
septiembre de 2001 y anterior al 3 de diciembre de 2004.Esta excepción, como
toda excepción, es de aplicación restrictiva”

REGLAS DE UNIFICACIÓN JURISPRUDENCIAL:

“Procede la prescripción de la bonificación por compensación entre el 5 de

septiembre de 2001 y el 2 de diciembre de 2004. Lo anterior es la regla general.
Esa regla tiene una excepción, que consiste en que si la persona logra demostrar
en el expediente, con pruebas documental, que antes del 3 de diciembre de 2004
había interrumpido la prescripción conforme a la ley.

En ese caso la prescripción va más allá del 4 de diciembre de 2004 y se

retrotraería hasta la fecha de presentación de esa interrupción, fecha entonces
que debe ser posterior al 25 de septiembre de 2001 y anterior al 3 de diciembre de
2004. Esta excepción, como toda excepción, es de aplicación restrictiva”.
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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Para el caso concreto y en siguiendo la línea jurisprudencial trazadas en
sentencias anteriores, tenemos que si bien el demandante se vinculó a la Fiscalía
General de la Nación el 12 de mayo de 2004, fecha desde la cual se reclama el
pago de la Bonificación por Compensación, estaría prescrito el tiempo contenido
entre el 12 de mayo de 2004 y el 2 de diciembre del mismo año, teniendo en
cuenta que la primera reclamación sea elevó el 18 de septiembre de 2009.

En mérito de lo expuesto, la Sala de Conjueces de la Sección Segunda de la Sala

Contencioso Administrativa del Honorable Consejo de Estado, administrando
Justicia en nombre de la República y por autoridad de la ley.

FALLA

PRIMERO: MODIFÍCASE el DECISUN SEGUNDO de la sentencia dictada el 10

de marzo de 2015 por el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, en el sentido
de DECLARAR LA PRESCRIIPCIPON TIENAL del tiempo comprendido entre el
dos (2) de mayo de 2004 al dos (2) de diciembre del mismo año.

SEGUNDO: CONFÍRMASE en todo lo demás.

NOTIFÍQUESE Y CUMPLÁSE

La anterior providencia fue discutida y aprobada por la Sala de Conjueces en la

presente sesión.

Firmado electrónicamente
CARMEN ANAYA DE CASTELLANOS
Conjuez Ponente

Firmado electrónicamente
JORGE IVÁN ACUÑA ARRIETA
Conjuez
Exp. No. 25000232500020100036802
No. Interno: 0159-18
Demandante: Gabriel Antonio Gómez Gómez
Demandado: Procuraduría General de la Nación

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Firmado electrónicamente
PEDRO SIMÓN VARGAS SÁENZ
Conjuez

CONSTANCIA: La presente providencia fue firmada electrónicamente por la Sala

de Conjueces en la plataforma del Consejo de Estado denominada SAMAI. En
consecuencia, se garantiza la autenticidad, integridad, conservación y posterior
consulta, de conformidad con el artículo 186 del CPACA