Genómica Humana

Módulo 6. Estudios de asociación

Autores

G. Jiménez Álvarez
Grado en Medicina. Facultad de Medicina
Universidat de Lleida. Lleida

N. Hostench Junoy
Grado en Medicina. Facultad de Medicina
Universidat de Lleida. Lleida

G. Laguna Rivas
Grado en Medicina. Facultad de Medicina
Universidat de Lleida. Lleida

D. Iglesias Riera
Grado en Medicina. Facultad de Medicina
Universidat de Lleida. Lleida
 Contenido

Contenido
1. Bases genéticas de las enfermedades

Introducción
Variantes independientes
Variantes ligadas
Ligamiento y recombinación

2. Estudios de asociación y ligamiento

Estudios de asociación
Definiciones

3. Ligamiento genético: análisis en familias

Likelihood ratio
Estudios de ligamiento
LOD Score

4. Ligamiento genético: análisis en poblaciones

Asociación vs ligamiento
Estudios de asociación

5. Enfermedades complejas

Genética de las enfermedades complejas

Análisis de un estudio

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 Capítulo 1

Bases genéticas
de la enfermedad
G. Jiménez

1. Introducción
Haplotipos
En la actualidad, se busca detectar las mutaciones del
genoma, tanto en una familia, como en una población.
En una familia es mucho más sencillo debido a que se
conocen a los individuos descendientes del cromosoma
original en el que se produjo la mutación, asociada a una
serie de marcadores.

De dichos descendientes, además, interesa conocer los

marcadores que se dan conjuntamente con una
enfermedad determinada; es decir, para conocer si un
miembro cualquiera de la familia va a tener una
enfermedad o no, se necesita conocer los marcadores
que posee.

Para conocer la frecuencia; se observa el número de

personas con el marcador determinado y que padezcan
una determinada enfermedad (esta frecuencia suele
determinarse en un estudio).

Los marcadores genéticos utilizaos para determinar la

frecuencia de una enfermedad son de dos tipos:

SNPs causativos
Son los marcadores que causan directamente la enfermedad.

Este marcador produce un cambio en la secuencia y éste, un cambio en el aminoácido de la

proteína que codificaba esa secuencia.

En este caso, una persona que porte este marcador siempre, más tarde o más temprano,
padecerá la enfermedad.

SNPs marcadores
Son marcadores asociados a la enfermedad; que no es causante de ella, pero se encuentra
espacialmente muy cercano.

A partir de ellos, se podrá llegar a determinar en la población que numero de personas de las
que poseen el polimorfismo padecerán la enfermedad.

No indican certeza; es decir, indica únicamente una probabilidad, no siendo nunca del 100%.

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2. Variantes independientes
Es un ejemplo de herencia independiente.
La mujer es homocigota para los dos locis (aa
y bb) y el hombre, heterocigoto (Aa y Bb).
El hombre puede generar 4 gametos
diferentes (A o a, o B o b, uno por cada lado,
mientras que la mujer sera siempre a o b para
ambos casos).

Generando una tabla, en la izquierda se

sitúan todas las combinaciones posibles del
hombre y en la parte superior se sitúan las
combinaciones posibles de la madre, y se
realizan todos los aparejamientos posibles (da
igual el orden en el que se sitúen los gametos
de cada uno).
Los aparejamientos posibles son: Aa Bb; aa
bb; aa Bb; Aa bb, con una frecuencia del
25% para cada una y un 50% de
combinaciones paternas y un 50% de combinaciones maternas.

3. Variantes ligadas
Ahora es AB (alelo ligado e inseparable que se
transmite en un único gameto) o bien ab (otro
alelo ligado, pasa lo mismo)

En el caso del hombre, como se ha

mencionado AB está ligado y como ab
también está ligado, se transmiten por un único
gameto cada uno (uno para AB y otro para
ab), por tanto hay dos gametos posibles: en el
hombre AB o ab, y en la mujer a o b.

En este caso habrá un 100% de combinaciones

paterna. (Aa Bb o aa bb).

4. Ligamiento y recombinación
En este caso hay distancia entre A y B y a y b.

Z es el número de recombinantes, nunca

puede ser mayor del 50%.

La distancia que hay entre los cromosomas

indica que siempre entre ellos se va a producir
una recombinación.

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 Capítulo 2

Estudios de asociación
y ligamiento
G. Jiménez

1. Estudios de asociación

Modelo genético

Los individuos que manifiestan una enfermedad son portadores de las variantes del gen o genes
implicados en dicha enfermedad.

Se espera que SNPs localizados junto al gen o genes responsables de la enfermedad presenten
una distribución diferencia entre enfermos y no enfermos.

Definiciones

Theta
Theta (θ), es la frecuencia de recombinación.

La frecuencia de recombinación es un parámetro genético de cartografía genética, que para

dos loci (posición fija sobre un cromosoma, gen o marcador) dados, se emplea como indicador
cuantitativo de la distancia entre ambos.

Una frecuencia de recombinación de 0,01, o un 1%; indica que 1 de cada 100 productos de
meiosis es recombinante.
Tabla 2.1. Ejemplo de frecuencia de recombinación

Unidad de mapa
La unidad de mapa es la distancia entre dos marcadores que presentan un 1% de
recombinación.

Unidad de distancia genética

La unidad de distancia genética es el centimorgan (cM). Un cM equivale a 1% de
recombinación y a 1 millón de pares de bases.

Si entre dos genomas hay una distancia de 20cM, implica que hay un porcentaje de
recombinación de un 20%
Tabla 2.2. Ejemplo de unidad de distancia genética

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 Capítulo 3

Ligamiento genético:
análisis en familias
G. Jiménez

1. Verosimilitud (likelihood) de una hipótesis

Likelihood

Haciendo analogía con las monedas; al lanzar la moneda diez veces al aire, si sale cruz se
aprueba a todos los alumnos, si sale cara, suspenden todos.

En un primer momento se realiza una prueba, para comprobar que la moneda no esté trucada.
Al lanzar la moneda 10 veces, salen 8 veces cara y 2 veces cruces.

Por tanto, se pueden establecer dos hipótesis:

 La moneda está trucada.

 La moneda es normal, pero se ha desviado por azar.

La moneda está trucada

Como han salido 8 caras, la frecuencia de que salga cara es de un 80% y la frecuencia de que
salga cruz, un 20%.

Al calcular la probabilidad de 8 veces cara y 2 veces cruces, resulta que [(0,8^8)*(0,2^2)].

La probabilidad de que esto realmente ocurra, por tanto, es de 0,0068, es decir, likelihood.

La moneda es normal, pero se ha desviado por azar.

Aplicando el mismo proceso que en el caso anterior, teniendo en cuenta que la probabilidad
normal es del 50% para ambas opciones, la probabilidad de que realmente ocurra es de 0,0010,
es decir, likelihood.

Conclusión.
La probabilidad de la hipótesis de que la
moneda esté trucada es 7 veces más
cierta, debido a que el coeficiente de
verosimilitudes (likelihood) se calcularía
dividiendo ambos resultados
(0,0068/0,0010).

Esto quiere decir que la hipótesis de que

la moneda este trucada es 7 veces más
cierta, ya que explica siete veces mejor
el evento planteado que no la hipótesis
de que se haya desviada por azar.

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Aplicado a la genética humana, una hipótesis no es más que el gen marcador que provoca,
directamente o indirectamente la enfermedad y la otra que el marcador no está asociado a la
enfermedad.

Para comprobar qué hipótesis explica mejor la frecuencia de la enfermedad con respecto al
gen, se ha de hallar el likelihood ratio o coeficiente de verosimilitud.

2. Ligamiento genético

Es un caso práctico. Los que tienen la enfermedad están marcados en marrón.

El marcador genético tiene 4 variantes:

 Variante1.
 Variante 2.
 Variante 3.
 Variante 4.

El primer individuo tiene 2 marcadores,

además del de la enfermedad.

Su hijo ha recibido el alelo de la

enfermedad y el 2 del padre y el 4 de la
madre. En este caso, el marcador 2 es el
que está ligado a la enfermedad. Tiene
configuración 2(enfermo) y 4(sano).

Individuos con un marcador 2 del padre,

deberían estar enfermos; pero hay algunos
que no lo está, ya que provienen de la
madre.

Hay un individuo que está enfermo, con marcadores 1 y 4, que debería estar sano, y, por el
contrario, está enfermo, no concordando con la teoría.

Este individuo, por tanto, puede haber producido la enfermedad debido a una configuración
por recombinación, uniendo la variante 4 con el gen que produce la enfermedad. Esta
recombinación depende de la distancia genética entre el marcador y el gen de sanos (cuanto
más cerca, más recombinantes, cuanto menos cerca, menos recombinantes).

Si no estuvieran ligados marcadores y genes, se produciría una probabilidad de dar cada

combinación de un 25%.

El problema de analizar las familias radica en que no se puede conocer exactamente si hay una
hipótesis de ligamiento por origen recombinante o por origen no recombinante (herencia).

Por tanto, se ha de analizar las probabilidades de que ocurra cada hipótesis, la recombinante y
la no recombinante. En la hipótesis de ligamiento, se tiene los no recombinantes (siendo 2E y 4S)
y la recombinante (2S y 4E).

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Hipótesis de la herencia independiente
Bajo la hipótesis de la herencia independiente, se espera una frecuencia de 50% de
recombinantes y otro 50% de no recombinantes.

Hipótesis del ligamiento

Bajo la hipótesis del ligamiento, se espera una frecuencia recombinante de theta (θ) y en la no
recombinante (1-θ).

3. LOD Score

La tasa de recombinación que se observa en el caso de el hijo enfermo con marcadores 1 y 4;

se observan 1 recombinante sobre 6, por lo que la frecuencia, bajo la hipótesis de ligamiento, es
de 1/6 (con una distancia entre marcador y gen de 17cM). La probabilidad de los no
recombinantes, es de 1-
1/6=5/6

Bajo la hipótesis de la
herencia independiente, se
habla de que la frecuencia
de recombinantes y no
recombinantes será de ½.

La verosimilitud de la
hipótesis de la herencia
independiente es (1/2)6 y
en la hipótesis de la
herencia ligada sería
(1/6)*(5/6)5.

El resultado nos indica que es mucho más probable la hipótesis del ligamiento ([0,067]).

El likelihood ratio (0,015/0,067) es 4,46; por lo que es más verosímil unas 4,5 veces la hipótesis de
ligamiento que la de la herencia. Sin embargo, la proporción necesaria para afirmarlo, ha de ser
mas alta; como unas 1000 veces.

Es decir, para confirmar una hipótesis, el likelihood ratio ha de ser igual o mayor de 1000 para
poder confirmar una teoría.

Como se realiza en familias, normalmente se realiza

en cada familia mediante el LOD Score (Z), que es el
log en base 10 del cociente de likelihoods.

Z(θ)=(Log10 [L(Hlig)/ L(Hind)]

Tabla 3.1. Ecuación del LOD Score

Como el likelihood ratio ha de ser 1000, el LOD Score

ha de ser igual o mayor a 3.

La suma de las diferentes familias (con 6 hijos cada

una, 30 individuos en total), haciendo que todo
experimento fuese como una sola familia, el resultado

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se obtiene un valor mayor de 3; demostrando que el marcador está ligado al gen que produce
la enfermedad.

Se necesitan un número suficiente de familias para llevar esto a cabo.

El LOD Score permite sumar los diferentes datos de diferentes familias.

La fórmula de la primera hipótesis es: L(H1)= θ nº familia*(1- θ) nº de familias-1

Se puede observar que alrededor de 0,2, en todas las familias es el valor que estabiliza el valor
de theta, lo que nos da más fiabilidad entre ambas hipótesis.

Sumando todos los valores de los score, da

una recta, una progresión.

En el punto en que Z es máxima, la

hipótesis de ligamiento es más fiable, y el
valor de theta usado para calcular el LOD
Score es el valor más fiable.

En el caso que nos ocupa, el 0,16 seria el

valor más probable de distancia entre el
marcador y el gen que provoca la
enfermedad.

Al ser mayor de 3, se puede concluir que existe ligamiento entre el gen y el marcador que causa
la enfermedad, y que la distancia más probable entre ellos es de 16cM (unos 16 millones de
pares de bases).

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 Capítulo 4

Ligamiento genético:
análisis en poblaciones
G. Jiménez

1. Estudios de asociación vs estudios de

ligamiento

En familias se analiza el ligamiento entre un gen y un marcador, así como sus diferentes
recombinaciones.

En las poblaciones, los individuos enfermos no han de estar emparentados, así como enfermos
con sanos; mientras que en el caso de las familias sí es así.

En las poblaciones, se tiene un marcador en común, por lo que se podría hablar de ligamiento si
estuviesen emparentados entre sí, pero al trabajar en población; se pueden hallar personas
sanas, con el marcador de la enfermedad, que no tienen parentesco con el resto. Esto, además,
puede darse incluso entre los
propios enfermos; es decir, que
entre ellos mismos no tengan
relación de parentesco.

En los estudios de asociación, se

estudia la asociación, es decir,
que se encuentre el marcador
asociado a la enfermedad con
mayor frecuencia en enfermos
que en sanos.

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 Marcador asociado a la altura
Se observa la frecuencia de los polimorfismos en dos grupos, uno de altos y otro de bajos.

Si hay un parámetro que está más marcado en uno que en otro, nos informa de que el
marcador genético está asociado a la altura.

Tabla 4.1. Ejemplo de marcador

2. Estudios de asociación y estudios de

ligamiento

En el caso de la diabetes, buscando la causa genética; se analizaron los individuos diabéticos y

los no diabéticos de tipo I.

Se observó que 24 presentaban el HLA DR4, en el grupo control de estos 24, 7 y los que no lo
presentaban eran 50.

Odds Ratio
 17/20 proporción HLA/no-HLA en diabéticos
 7/30 proporción HLA/no-HLA en controles

La OR (Odds Ratio) es la proporción de HLA/no-HLA

en diabéticos frente a controles, por lo que (17/20) / (7/30)= 0,85 / 0,23 = 3,7

La Odds-ratio, nos informa de que la proporción es 3,7 veces más elevada en diabéticos que en
controles (se debe leer como 3,7:1).

En conclusión, se puede decir que la diabetes aparece 3,7 veces más en presencia del
genotipo HLA-DR4 que en su ausencia.

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 Capítulo 5

Enfermedades
complejas
G. Jiménez

1. Genética de las enfermedades complejas

Las enfermedades comunes tienen una causa compleja (multifactorial); genética y ambiental.

La responsabilidad genética se reparte normalmente entre múltiples genes. Cada gen puede ser
responsable de alrededor del 10% de los casos observados.

Por tanto, las variantes genéticas asociadas a una enfermedad representan un riesgo más que
un “destino heredado”.

2. Análisis de un estudio
Es un estudio del año 2003, en el que se analizaron los síntomas relacionados con depresión.

En concreto, se observa en el gráfico A, que la depresión estaba asociado a un polimorfismo del

transportador de serotonina; habiendo una versión corta y otra larga.

Se ha observado que los heterocigotos de

variante larga tienen una mayor
predisposición que los homocigotos de
variante larga.

Se observó que esto es así, si la persona ha

tenido uno o más de dos eventos
estresantes en la vida.

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