La conquista española afectó a las sociedades nativas en todos los aspectos, en la meseta central

mexicana se habla de 25 millones de habitantes antes de la llegada de los españoles, y en los andes
se estima una población de alrededor de 10 millones para todo el imperio Inca, pero en los
siguientes 30 años a la invasión española esta población nativa descendió de manera acelerada a
causa de nuevas enfermedades que trajeron los europeos; viruela, sarampión, gripe y plagas, los
indios no tenían las defensas necesarias para combatir estas enfermedades, por otra parte otra de las
razones del descenso demográfico es la opresión por parte de los españoles, dado que la guerra
había cobrado miles de vidas indígenas, las migraciones de los pueblos, y los trabajos esclavos. A
pesar de esto algunos indios aseguraban que la caída a su población se debía a que tenían menos
trabajo y que eran mucho más libres, esto se relaciona con el vacío que había dejado la desaparición
de las anteriores estructuras del estado y el abandono de las normas tradicionales de conducta. 
Los cambios en el orden económico fueron acompañados de desmantelamiento social. Las nuevas
formas de tributo fueron desconocidas para el mundo precolombino. Se introducen ideas ajenas a
las normas que habían regulado la actividad económica y social indígena. Los españoles
justificaban su hegemonía en el hecho de que habían traído la verdadera fe. 
El culto local continuó de manera ilícita, los españoles comenzaron a destruir sistemáticamente
templos y a perseguir a los nativos. 
40 años después de la conquista la sociedad nativa había sufrido una desestructuración en todos los
niveles, demográfico, económico, social y espiritual. Los sobrevivientes se encontraban fracturados
y desplazados
La tradición y la aculturación: Las tradiciones y culturas nativas se enfrentaron a nuevas prácticas
introducidas por los europeos. Aunque se limitó al uso de cierto número de productos europeos, se
ampliaron el número de recursos al alcance de los nativos.  Se produjo un contraste entre la rápida
aculturación social y el mantenimiento de la tradición por  plebeyos.
 Los señores comenzaron a hablar y a escribir en español, mientras continuaron usando sus lenguas
nativas. La aculturación lingüística ocurrió más rápido en México que en Perú, Se entiende la
prioridad de aculturizar un grupo determinado para generar dirigentes hispanizados. Estos hombres
comenzaron a vestir ropas europeas, a montar a caballo y llevar espadas: estos privilegios estaban
reservados solo para señores de alto rango dentro de la cultura nativa. Otros grandes contrastes se
dieron en el sistema económico, pues el sistema colonial introdujo el dinero, sin embargo el sector
nativo permaneció en la producción de subsistencia, complementada por el trueque.
En el plano religioso, la fidelidad de los indios manifestaba su rechazo a la dominación colonial Se
aferraban a sus propias creencias y ritos, los colonos opacaron esto construyendo iglesias en los
lugares nativos sagrados.
La resistencia y revuelta: Los españoles establecieron principales centros en México y Perú, gracias
a las extensas fronteras de la periferia de dichos estados surgió una resistencia que perduró en
algunos casos hasta principios del SXX. Los araucanos espontáneamente reemplazaron el cultivo de
maíz por los que maduraban más rápidamente, como el trigo y la cebada, con objeto de proteger las
cosechas de las expediciones españolas que lanzaban durante el verano, políticamente las tribus
llegaron a aceptar poco a poco que debían abandonar su modo de vida disperso, y agruparse en
formaciones más amplias durante las operaciones militares. Finalmente sus prácticas religiosas se
modificaron también, no obstante toda l a sociedad araucana permaneció fiel a sus fundamentos y
tradiciones. 
La traición prevaleció sobre la aculturación, en general cuando los indios se apropiaron de los
elementos foráneos tan solo le añadieron elementos de su propia cultura, o los disimularon. Persiste
la tradición y formas de pensamiento.
En Mesoamérica y los Andes el sistema colonial logró imponerse haciendo uso de las instituciones
que sobrevinieron de forma fragmentaria. Esta divergencia entre las continuidades y los cambios
definió los efectos de la invasión española en el mundo indígena.