patógenos

Reporte breve

Aparición de variantes de deriva que pueden ff ect Desarrollo

de la vacuna COVID-19 y tratamiento con anticuerpos

Takahiko Koyama 1, *, Dilhan Weeraratne 2, Jane L. Snowdon 2 y Laxmi Parida 1

1
TJ Watson Research Center, IBM, Yorktown Heights, NY 10598, EE. UU.
2
Center for Arti fi cial Intelligence, Research, and Evaluation, IBM, Cambridge, MA 02142, EE. UU. Correspondencia:
* tkoyama@us.ibm.com

Recibido: 4 de abril de 2020; Aprobado: 24 de abril de 2020; Publicado: 26 de abril de 2020

Resumen: Se están desarrollando nuevos tratamientos y vacunas contra el coronavirus (SARS-CoV-2) para combatir el COVID-19. Los
científicos están utilizando varios enfoques para la investigación, incluidos (1) varios enfoques de moléculas pequeñas que se dirigen a la ARN
polimerasa, la proteasa similar a 3C y la ARN endonucleasa; y (2) exploración de anticuerpos obtenidos de plasma convaleciente de pacientes
que se han recuperado de COVID-19. El genoma del coronavirus es muy propenso a mutaciones que conducen a una deriva genética y
escapan al reconocimiento inmunológico; por lo tanto, es imperativo que las subcepas con di ff Las mutaciones existentes también se tienen en
cuenta durante el desarrollo de la vacuna. A medida que la enfermedad ha crecido hasta convertirse en una pandemia, se han informado
epítopos de células B y células T predichos del coronavirus del SARS. Utilizando la información del epítopo junto con las variantes del virus,
hemos encontrado varias variantes que pueden causar desviaciones. Entre estas variantes, la variante 23403A> G (p.D614G) en el epítopo de
células B de la proteína de pico se observa con frecuencia en países europeos, como los Países Bajos, Suiza y Francia, pero rara vez se
observa en China.

Palabras clave: SARS-CoV-2; COVID-19; deriva genómica; variante; escape inmune; vacuna; anticuerpo; proteína de pico; plasma de

convalecencia

1. Introducción

A fines de 2019, se informó por primera vez en Wuhan, China, de un nuevo coronavirus, el SARS-CoV-2, que causaba el síndrome de

dificultad respiratoria aguda. A pesar del cierre de la ciudad, el número de pacientes aumentó exponencialmente, mientras que en paralelo el virus se

extendió por todo el mundo. La Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró una pandemia el 11 de marzo de 2020. Actualmente, no se ha

probado científicamente que ningún tratamiento o vacuna sea e ff eficaz contra el virus. Seguro y e ff Se necesitan con urgencia vacunas eficaces

contra el SARS-CoV-2 para mitigar la pandemia. Con ese fin, el 8 de marzo de 2020 comenzó un ensayo clínico de ARNm-1273 con proteína de pico

completo como antígeno [ 1 ].

Actualmente, las compañías farmacéuticas están investigando compuestos reutilizados de otras infecciones como posibles
tratamientos para COVID-19. Por ejemplo, lopinavir y ritonavir son inhibidores de la proteasa del VIH; sin embargo, el beneficio derivado del
tratamiento fue dudoso en un ensayo clínico de lopinavir-ritonavir que se informó recientemente [ 2 ]. Remdesivir, un inhibidor de la ARN
polimerasa originalmente destinado a tratar el virus del Ébola, parece tener actividad in vitro contra el SARS-CoV-2 [ 3 ] y actividad clínica
preliminar [ 4 ]. Además, las inmunoglobulinas convalecientes derivadas de pacientes en recuperación se están investigando actualmente
como un tratamiento potencial para la enfermedad [ 5 ]. Hasta una amplia disponibilidad, e ffi Si existe una vacuna ciente, estos tratamientos
son la mejor esperanza para reducir la mortalidad.

Patógenos 2020, 9, 324; doi: 10.3390 / patógenos9050324 www.mdpi.com/journal/pathogens

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Normalmente, las proteínas de superficie fuera del virión viral se seleccionan para los antígenos de modo que los anticuerpos generados a

partir de una célula B entrenada con vacuna puedan unirse al virus para su neutralización. Además del requisito del epítopo de células B, los antígenos

deben generar péptidos antigénicos, que se unen a las moléculas del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) que se presentarán. Al

presentar un péptido, una célula B puede ser estimulada por una célula T colaboradora y convertirse en una célula plasmática para generar

anticuerpos. Una fracción de las células B estimuladas se transfiere al centro germinal, donde se potencian aún más a partir de la mutagénesis

somática aleatoria inducida por la desaminasa inducida por activación (AID), lo que permite una unión más fuerte al antígeno. Por lo tanto, los

anticuerpos resultantes tienen di ff diferencias en la unión de epítopos y secuencias de proteínas en regiones variables de anticuerpos. Los antígenos

introducidos como vacunas deben tener en cuenta las principales subcepas actuales para evitar un posible escape del reconocimiento inmunológico.

La deriva genética tiene lugar cuando la aparición de alelos o formas variantes de un gen aumenta o disminuye con el tiempo [ 6 ]. La
deriva genética se mide por los cambios en las frecuencias de los alelos y continúa hasta que ocurre uno de dos eventos posibles: el alelo
involucrado es perdido por una población o el alelo involucrado es el único alelo presente en una población en un locus particular. La deriva
genética puede hacer que una nueva población sea genéticamente distinta de la población original. El objetivo de este estudio es interrogar las
subcepas identificadas actualmente del SARS-CoV-2 e identificar las derivaciones genéticas y los posibles sitios de escape del reconocimiento
inmunológico que serían esenciales para el desarrollo de una vacuna exitosa.

2. Materiales y métodos

Los epítopos de células B y T previstos se obtuvieron a partir de los resultados de los ensayos realizados para el SARS-CoV y las
alineaciones de secuencia entre el SARS-CoV y el SARS-CoV-2 del trabajo reciente de Grifoni et al. [ 7 ]. La identidad de secuencia y la
similitud de la proteína de pico entre las cepas fue del 76,3% y
87,0%, respectivamente, después de ejecutar la alineación por pares de agujas [ 8 ]. Como se muestra en la figura 1 , las secuencias de proteínas
de pico de SARS-CoV y SARS-CoV-2 tienen una gran similitud en las regiones de interés, que están coloreadas en azul. Por ejemplo, en el
segmento que va de 601 a 640, 32 de 41 (78%) residuos son idénticos, 5 de 41 (12%) residuos son similares y 4 de 41 (10%) residuos son
diferentes. Por lo tanto, asumimos que los epítopos predichos a partir de los resultados del SARS-CoV son confiables.

En total, se descargaron 615 archivos de datos variantes en formato de características generales (GFF3) del Centro Nacional de Datos
Genómicos de China (NGDC) ( https://bigd.big.ac.cn/ncov/release_genome?lang=en ) el 20 de marzo de 2020. Proporcionan información
variante de la Iniciativa mundial para compartir todos los datos sobre la influenza (GISAID) [ 9 ], GenBank, NGDC Genome Warehouse y
National Microbiology Data Center (NMDC). La información de muestra se proporciona en la Tabla complementaria S1. Las muestras con
hipermutaciones y grandes lagunas se consideraron de baja calidad y se descartaron del análisis. Los archivos GFF3 se procesaron para
extraer información de la muestra, incluido el número de acceso al genoma, la ubicación geográfica, la fecha de recolección de la muestra, la
información de coordenadas, los cambios de base, los genes, los cambios de aminoácidos y los tipos de variantes, y luego se organizaron en
una base de datos. Buscamos variantes ubicadas dentro de cada epítopo predicho y luego las tabulamos, como se muestra en la Tabla 1 .
Además, se generaron estadísticas nacionales de la prevalencia de la variante 23403A> G (p.D614G), como se muestra en la Tabla 2 .
Patógenos 2020, 9, x PARA REVISIÓN DE PARES 3 de 8

Figura 1. Alineaciones de secuencia por pares de proteína de pico (S) entre SARS-CoV (NP_828851.1) y SARS-CoV-2 (YP_009724390). Las

similitudes en los epítopos de células B pronosticados en azul son altas. Residuo D614

Fi I gramo
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mi corriente norte t C a mi norte a gramo l l I mi g. de proteínas de pico (S) entre el SARS-CoV (NP_828851.1) y

SARS-CoV-2 (YP_009724390). Las similitudes en los epítopos de células B pronosticados en azul son altas. El residuo D614 está marcado con un

rectángulo rojo.
Patógenos 2020, 9, 324 4 de 7

Tabla 1. Variantes de SARS-CoV2 que ocurren en los epítopos predichos en la proteína de pico (S), la proteína de la nucleocápside (N) y la proteína de membrana (M).

Tipo de célula Epítopo Proteína Residuos Cambio de aminoácidos Cambio de base Número de muestras

CÉLULA B GTNTSNQVAVLYQD V NCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS S 601–640 p.V615L 23405G> C 1

CÉLULA B GTNTSNQVAVLYQ D VNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS S 601–640 p. D614G 23403A> G 175
CÉLULA B FSQILPDPSKPSKRS F ES DECIR S 802–819 p.F817L 24011T> C 1
CÉLULA B FSQILPDPSK PAG SKRSFIE S 802–819 p.P812S 23996C> T 1
CÉLULA B FGAGAALQIPFAMQ METRO AYRFNGI S 888–909 p.M902fs 24268del 1
CÉLULA B MAMÁ D SNGTITVEELKKLLEQWNLVI METRO 1–24 p. D3G 26530A> G 5
CÉLULA B RPQGL PAG NNTASWFTALTQHGK norte 41–61 p.P46S 28409C> T 1
CÉLULA B NNN A ATVLQLPQGTTLPKGF norte 153-172 p.A156S 28739G> T 2
CÉLULA B NKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTD mi AQPLPQRQKKQPTVTLLPAADM norte 355–401 p.E378Q 29405G> C 1
CÉLULA B NKHIDAYKTFPPTEPKKD K KKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADM norte 355–401 p.K373N 29392G> T 1
CÉLULA B NKHIDAYKTFPPTEP K KDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADM norte 355–401 p.K370N 29383G> T 1
CÉLULA B NKHIDAYKTF PAG PTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADM norte 355–401 p.P365S 29366C> T 1
CÉLULA T QPFLMDLE GRAMO KQGN S 173–185 p.G181V 22104G> T 1
CÉLULA T TRFQTLLALHRSYLTPGD S SSGW S 236-258 p. S254F 22323C> T 2
CÉLULA T TRFQTLLALHR S YLTPGDSSSGW S 236-258 p. S247R 22303T> A / G 3
CÉLULA T TRFQT LLA LHRSYLTPGDSSSGW S 236-258 p.L241_A243del 22281_22289del 1
CÉLULA T TRF Q TLLALHRSYLTPGDSSSGW S 236-258 p.Q239K 22277C> A 6
CÉLULA T NLDSKVGGNYNYLYRL F R S 440–457 p.F456fs 22928del 1
CÉLULA T YLYRLFR K SNLKPFERDI S 451–468 p.K458R 22935A> G 1
CÉLULA T YLYRL F RKSNLKPFERDI S 451–468 p.F456fs 22928del 1
CÉLULA T TECSN L LLQYGSFCTQL S 747–763 p. L752F 23816C> T 1
CÉLULA T VKQIYKTPPIKD F GGFNF S 785–802 p.F797C 23952T> G 1
CÉLULA T VKQIYK T PPIKDFGGFNF S 785–802 p.T791I 23934C> T 1
CÉLULA T DSLSSTA S ALGKLQDVV S 936–952 p. S943T 24390G> C 4
CÉLULA T DSLSSTA S ALGKLQDVV S 936–952 p. S943R 24389A> C 3
CÉLULA T DSLSS T ASALGKLQDVV S 936–952 p.T941A 24383A> G 1
CÉLULA T DSLS S TASALGKLQDVV S 936–952 p. S940F 24381C> T 2
CÉLULA T DSL S STASALGKLQDVV S 936–952 p. S939F 24378C> T 2
CÉLULA T RLNEV A KNL S 1185-1193 p.A1190G 25131C> G 1
CÉLULA T RL norte EVAKNL S 1185-1193 p.N1187K 25123T> A 1
CÉLULA T Rhode Island F TIGTVTLKQGEI ORF3a 6-20 p.F8L 25414T> C 1
CÉLULA T GMSRIG METRO EV norte 316–324 p.M322I 29239G> T 1
CÉLULA T MEVTP S GTWL norte 322–331 p. S327L 29253C> T 1
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Tabla 2. Estadísticas de la variante 23403A> G (p.D614G) en la proteína de pico observadas por país.

País Recuento de variantes Cuenta total

Países Bajos 66 112

Suiza 29 30
Francia 21 32
Reino Unido 12 30
EE.UU 9 123
Brasil 8 13
Bélgica 7 8
Finlandia 6 7
Portugal 2 2
Italia 2 6
Irlanda 2 3
Alemania 2 9
Dinamarca 2 2
porcelana 2 151
Rusia 1 1
México 1 1
Luxemburgo 1 1
Georgia 1 3
Chile 1 7

3. Resultados

Se encontraron doce variantes distintas dentro de los epítopos de células B de proteína de pico (S), proteína de nucleocápside (N) y proteína de

membrana (M), respectivamente, como se enumera en la Tabla 1 . Además, se identificaron veintiuna variantes distintas en los epítopos de células T.

Entre las doce variantes en los epítopos de células B, se destaca la variante 23403A> G (p.D614G) en uno de los epítopos en la
proteína de pico entre el residuo 601 y 640, con 175 muestras en 615 muestras totales. La variante está ubicada en el medio de ese
epítopo y el cambio de aminoácido en la variante 23403A> G (p.D614G) implica un cambio de un residuo ácido D grande (ácido aspártico)
en un residuo hidrofóbico pequeño G (glicina). Tan grande di ff diferencias tanto en tamaño como en hidrofobicidad en el medio del epítopo
comprometerían la unión de un ffi nity a anticuerpos entrenados por vacunas con proteína de pico de tipo salvaje. La mayoría de las
muestras con la variante se recolectaron en Europa, en particular los Países Bajos (66 de 112), Suiza (29 de 30) y Francia (21 de 32),
como se muestra en la Tabla 2 . En estos países, la mayoría de los pacientes infectados poseen la variante; por lo tanto, el diseño de la
vacuna y el tratamiento con anticuerpos plasmáticos convalecientes podrían requerir consideraciones adicionales para adaptarse a la
deriva.

4. Discusión

La inmunogenicidad de las proteínas del SARS-CoV-2 se puede extrapolar a partir de una homología de secuencia muy cercana a la
del SARS-CoV-1. Se han informado cinco regiones de inmunodominancia, incluidos los residuos de 601 a 640 en la proteína de pico, a
partir del SARS-CoV-1 y se observa una homología del 78% en esa región con el SARS-CoV-2. En particular, el residuo D614 se conserva
entre las dos cepas de SARS. Un péptido de glicoproteína de pico que abarca los residuos 604-625 derivado de un paciente convaleciente
con SARS-CoV-1 fue capaz de provocar una respuesta inmune humoral y prevenir la infección en primates no humanos, lo que subraya la
importancia inmunogénica de esta región [ 10 ].

Además de los Países Bajos, Suiza y Francia, nuestros datos indican que la subcepa D614G se detecta con frecuencia en Brasil,
Finlandia y Bélgica. Sin embargo, dado el pequeño tamaño de la muestra, es difícil determinar si D614G es la cepa dominante en estos
países. Un informe reciente corroboró nuestros hallazgos de alta prevalencia de D614G en Europa [ 11 ]. Dentro de la cohorte de pacientes
analizados, la variante se observó por primera vez en EPI_ISL_406862, recopilado el 28 de enero de 2020, en una muestra de Alemania.
Posteriormente, se detectó la variante en EPI_ISL_412982, recopilado el 7 de febrero de

2020, en una muestra de Wuhan, China. En particular, estas dos muestras no comparten variantes comunes
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además de p. D614G. No está claro si la variante surgió en China y se difundió a Europa o si esta variante surgió de forma independiente
en China y Europa. Curiosamente, en nuestros datos, la variante D614G se detectó solo en 2 de los 151 pacientes chinos analizados.

Los informes de reinfección y recaída de la enfermedad COVID-19 sugieren que provocar una e ff La respuesta inmune efectiva y duradera del

huésped para facilitar la eliminación viral puede ser un desafío, al menos en algunos pacientes. Dado que los virus mutan durante la replicación, los

anticuerpos del hospedador generados en la fase anterior de la infección pueden no ser tan e ff efectivo más tarde [ 12 ]. Mientras que el preciso e ff Los

efectos de la glicina en lugar del ácido aspártico en el residuo 614 sobre la inmunogenicidad y el potencial de neutralización del virus se desconocen

actualmente, puede conferir cambios conformacionales, que pueden ff ect vinculante. Aunque un solo cambio de aminoácido puede no ser un ff ect unión a

anticuerpos, una nueva variante en el mismo epítopo puede surgir a medida que evoluciona el genoma viral. De hecho, observamos p.V615L en nuestro

conjunto de datos, lo que sugiere que podría producirse un segundo o tercer impacto en el mismo epítopo mientras se desarrolla una vacuna. Por lo

tanto, es imperativo que las variantes actualmente conocidas de COVID-19, así como las nuevas variantes que pueden ocurrir a medida que muta el

genoma viral, se consideren cuidadosamente en el diseño de una vacuna.

5. Conclusiones

La variante altamente prevalente 23403A> G (p.D614G) en la población europea puede causar deriva antigénica, lo que da como resultado
desajustes de vacunas que o ff er poca protección para ese grupo de pacientes. Se necesitarán métodos innovadores de diseño de vacunas, que
incluyen el uso de epítopos internos altamente conservados, proteínas recombinantes que abarcan epítopos o la combinación de múltiples
vacunas, para combatir la deriva antigénica inherente. La consideración de variantes de deriva en SARS-CoV-2 será o ff er protección cruzada en di ff
diferentes subcepas y obviar la necesidad de reformular la vacuna para cada subcepa distinta. Además, la consideración de variantes de deriva en
las estrategias de tratamiento con inmunoglobulinas convalecientes también dará como resultado un mejor resultado para el paciente. En
conclusión, la consideración de la deriva antigénica en el di ff Es imperativo contar con diferentes subcepas del virus en el diseño de una vacuna
universal de "talla única" para ff er protección contra el brote más mortífero de este siglo.

Materiales complementarios: Los siguientes están disponibles en línea en http://www.mdpi.com/2076-0817/9/5/324/s1 , Tabla S1: Muestras utilizadas para el
análisis.

Contribuciones de autor: Conceptualización TK; escribir TK, DW y JLS; revisión y edición TK, DW, JLS y LP Todos los autores han leído y aceptado la
versión publicada del manuscrito.

Fondos: Los autores no recibieron financiación externa para este trabajo.

Expresiones de gratitud: Los autores agradecen al personal médico y técnico ff para tratar pacientes con COVID-19, recolectar muestras de pacientes,
secuenciar genomas de manera oportuna y compartir las secuencias genómicas en repositorios disponibles públicamente, como se indica en la Tabla
complementaria.

Conflictos de interés: Los autores declaran no tener conflictos de intereses relacionados con este trabajo.

Referencias

1. Estudio de seguridad e inmunogenicidad de la vacuna 2019-Ncov (Mrna-1273) para prevenir la infección por Sars-Cov-2. Disponible en linea: https://ClinicalTrials.gov/show/NCT04

(consultado el 22 de marzo de 2020).

2. Cao, B .; Wang, Y .; Wen, D .; Liu, W .; Wang, J .; Fan, G .; Ruan, L .; Song, B .; Cai, Y .; Wei, M .; et al. Un ensayo de lopinavir-ritonavir en adultos

hospitalizados con covid-19 grave. N. Engl. J. Med. 2020. [ CrossRef ]

3. Wang, M .; Cao, R .; Zhang, L .; Yang, X .; Liu, J .; Xu, M .; Shi, Z .; Hu, Z .; Zhong, W .; Xiao, G. Remdesivir y cloroquina e ff Inhibir de forma eficaz in

vitro el nuevo coronavirus (2019-ncov) de reciente aparición. Cell Res. 2020,

30, 269-271. [ CrossRef ] [ PubMed ]

4. Grein, J .; Ohmagari, N .; Shin, D .; Díaz, G .; Asperges, E .; Castagna, A .; Feldt, T .; Green, G .; Verde, ML; Lescure, F.-X .; et al. Uso compasivo de

remdesivir para pacientes con covid-19 severo. N. Engl. J. Med.

2020. [ CrossRef ] [ PubMed ]

5. Chen, L .; Xiong, J .; Bao, L .; Shi, Y. Plasma convaleciente como posible terapia para el covid-19. Lanceta. Infectar. Dis.

2020, 20, 398–400. [ CrossRef ]

Patógenos 2020, 9, 324 7 de 7

6. Lynch, M .; Ackerman, MS; Gota, JF; Long, H .; Sung, W .; Thomas, WK; Foster, PL Deriva genética, selección y evolución de la tasa de mutación. Nat.

Rev. Genet. 2016, 17, 704–714. [ CrossRef ] [ PubMed ]

7. Grifoni, A .; Sidney, J .; Zhang, Y .; Scheuermann, RH; Peters, B .; Sette, A. Un enfoque de homología de secuencia y bioinformática puede predecir

objetivos candidatos para respuestas inmunes a sars-cov-2. Microbio huésped celular

2020, 27, 671–680. [ CrossRef ] [ PubMed ]

8. Needleman, SB; Wunsch, CD Un método general aplicable a la búsqueda de similitudes en la secuencia de aminoácidos de dos proteínas. J. Mol.

Biol. 1970, 48, 443–453. [ CrossRef ]

9. Shu, Y .; McCauley, J. Gisaid: Iniciativa global para compartir todos los datos sobre la influenza: de la visión a la realidad.

Euro Surveill. 2017, 22, 30494. [ CrossRef ] [ PubMed ]

10. Wang, Q .; Zhang, L .; Kuwahara, K .; Pequeño.; Liu, Z .; Iluminado.; Zhu, H .; Liu, J .; Xu, Y .; Xie, J .; et al. Los epítopos inmunodominantes del coronavirus sars

en seres humanos provocaron efectos tanto potenciadores como neutralizantes ff efectos sobre la infección en primates no humanos. ACS Infect. Dis. 2016, 2, 361–376.

[ CrossRef ] [ PubMed ]

11. Yao, H .; Lu, X .; Chen, Q .; Xu, K .; Chen, Y .; Cheng, L .; Liu, F .; Wu, Z .; Wu, H .; Jin, C .; et al. Las mutaciones derivadas del paciente afectan la

patogenicidad de sars-cov-2. medRxiv 2020. [ CrossRef ]

12. Shi, Y .; Wang, Y .; Shao, C .; Huang, J .; Gan, J .; Huang, X .; Bucci, E .; Piacentini, M .; Ippolito, G .; Melino, G. Infección por Covid-19: perspectivas

sobre las respuestas inmunitarias. Muerte celular Di ff er. 2020, 27, 1451-1454. [ CrossRef ] [ PubMed ]

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