Nota: Antes de nada aclarar que con FTP puedes transferir

archivos con un cliente de FTP que te facilita mucho la vida.

Por línea de comandos con scp la verdad es que es bastante
más engorroso, pero a veces no hay otro remedio. Con FTP
solo puedes descargar o enviar archivos en las carpetas
habilitadas para ello. A veces los archivos los quieres poner
en otra localización, o tienes que descargar archivos que no
están en una ruta accesible por FTP. No habría problema,
puesto que accediendo por SSH podrías copiar los archivos
que deseas descargar en la ruta alcanzable mediante FTP. O
si lo que necesitas es subir archivos, simplemente los subes
donde FTP te lo permita y luego los mueves desde SSH hacia
la carpeta donde realmente los necesitas. Esto es lo que
suelo hacer yo en mi día a día, siempre que en el servidor se
pueda hacer FTP. Este artículo te ofrece una vía alternativa
para cuando no tienes FTP.