Evolución de la microbiota

Las bacterias surgieron hace unos 3.800 millones de años, y el linaje eucariota, que
incluye a los humanos, surgió después de la oxigenación de la atmósfera terrestre 2.2–2.4
mil millones de años junto con las arqueas, protistas y hongos, las bacterias se
mantuvieron libres células individuales, aunque algunas se asociaron al huesped. así, un
holobionte animal (el huésped animal y su comunidad microbiana evolucionada) abarca el
árbol filogenético: el animal huésped, más su asociada microbiota como bacterias,
arqueas, hongos, protistas, helmintos y virus. El colectivo contenido del genoma de la
microbiota o el microbiano el metagenoma se denominó microbioma, aunque el
microbioma y la microbiota se utilizan actualmente indistintamente.

Al coevolucionar con el huésped, el microbioma ha formado fenotipos en nuestros linajes

ancestrales. La congruencia de los árboles filogenéticos de la microbiota bacteriana
intestinal y los primates demuestra la coevolución del huésped-microbiota e implica la
transmisión dentro de la especie de microbios a través de generaciones. A través del
proceso de selección natural, las mutaciones conducen a adaptaciones evolutivas a las
condiciones ambientales y a una mayor aptitud en estos entornos. Los entornos humanos
han cambiado drásticamente durante la evolución humana, y los cambios en la dieta y la
exposición a la hambruna han sido importantes presiones selectivas.

Si bien hay evidencia de rasgos de supervivencia adaptativa a la inanición en el genoma

humano, las adaptaciones del microbioma humano que ofrecen rasgos de ahorro de
energía para el huésped humano siguen siendo desconocidas. Los cambios bruscos en
las condiciones ambientales pueden conducir a malas adaptaciones (adaptaciones que
fueron beneficiosas cuando se produjeron por primera vez, pero ya no bajo nuevas
condiciones ambientales). Hoy en día, la modernización y la urbanización plantean
exactamente este desafío a la salud humana.

Junto con sus microbios (miembros de la microbiota), los huéspedes desarrollaron un

sistema inmune, que previene la colonización microbiana en el interior topológico del
cuerpo. Los sistemas inmunes del huésped desarrollaron mecanismos complejos para
identificar y destruir los microbios invasores, ya sean microbiontes o patógenos primarios
que cruzan a territorios prohibidos. Las moléculas inmunes evolucionaron hace más de
500 millones de años, en choanoflagelados, progenitores unicelulares de los metazoos, y
hay cada vez más evidencia de que el sistema inmune innato- péptidos antimicrobianos y
el repertorio de receptores de reconocimiento de patrones-evolucionado en respuesta a la
necesidad de controlar el epitelio colonizador microbiota.

El sistema inmune humano restringe la microbiota a sus nichos naturales en el cuerpo y a

las invaginaciones: epitelios que cubren el cuerpo (como la piel y la mucosa) y el intestino,
que, estrictamente hablando, es un tubo hueco que atraviesa el cuerpo con la afluencia de
materiales externos (dieta). Así, la microbiota ocupa la interfaz entre nuestros cuerpos y el
exterior, y las interacciones con el medio ambiente (incluyendo dieta, luz solar, baño,
cosméticos) cruzan esta interfaz. La microbiota es al mismo tiempo uno mismo y no uno
mismo: es parte de nuestra biología, pero consiste en entidades de rápida evolución que
responden rápidamente en escalas de tiempo fisiológicas, ecológicas y evolutivas a
perturbaciones externas de manera que afectan a nuestros fenotipos.

La microbiota intestinal ha demostrado impactar diversos procesos fisiológicos que van

desde la adiposidad/ obesidad, al metabolismo de la energía, control de la presión arterial,
homeostasis de la glucosa, riesgos de coagulación o incluso comportamiento. En cada
caso, existen vínculos mecanicistas entre los microbios intestinales, los metabolitos que
generan y los receptores hospedadores y las respuestas fenotípicas. Las consideraciones
evolutivas son cruciales para comprender la naturaleza de las interacciones entre el
huésped microbiano, las perturbaciones y las consecuencias para la salud y, en última
instancia, deberán entenderse y explotarse para prevenir y tratar las enfermedades
modernas.

El desarrollo y la microbiota: desde la fertilización hasta el nacimiento

En algunos insectos, las bacterias colonizan las cápsulas de huevo durante el

apareamiento, y el individuo es colonizado antes de la eclosión. En los mamíferos, la
fertilización ocurre en un órgano inmune protegido, el útero. Sin embargo, la protección
inmune significa falta de colonización, pero no necesariamente esterilidad en todo
momento.

De hecho, parece posible que algunas células bacterianas del cérvix uterino puedan
entrar con el esperma durante la fecundación y llegar al óvulo en el momento de la
fecundación, la implantación o el desarrollo embrionario temprano. Sin embargo, la
inmunidad parece impedir el establecimiento de una comunidad microbiana en órganos
inmunoprotegidos. El útero, la placenta, el feto y la sangre parecen vacíos de una
microbiota, aunque pueden contener ADN bacteriano o incluso algunas bacterias vivas
aisladas. Hay una controversia actual sobre si la presencia de ADN bacteriano contradice
la noción de esterilidad, pero la presencia de ADN bacteriano circulante, como en la
sangre o la placenta, o incluso la presencia esporádica de una bacteria intrusa viva no
demuestra una microbiota de la sangre viva y no desafía el paradigma actual de la
esterilidad en órganos inmunes protegidos. Puede haber una minisepsis transitoria
cuando las células vivas entran en la sangre después de lesiones, microabrasiones o
mucosas que se filtran, incluyendo bacteriemia transitoria debido al cepillado de dientes,
pero en individuos sanos, los intrusos son limpiados por células fagocíticas en lugar de
colonizar y reunir comunidades microbianas. El desarrollo fetal es un período importante
para la reproducción de especies placentarias, y la infección gestacional y la inflamación
reducen la fecundidad y aumentan el riesgo de nacimiento prematuro espontáneo. El
concepto de desarrollo fetal estéril permanece, y poco se sabe sobre los mecanismos y
funciones del tráfico transplacental de ácidos nucleicos libres.

La microbiota materna puede ejercer un efecto indirecto sobre el feto a través de factores
maternos tales como respuestas inmunes maternas o metabolitos microbianos que cruzan
la placenta o más indirectamente a través de factores que pueden mediar en la
programación epigenética en el feto, como la dieta, los estress o la exposición
neuroendocrina, que también afectan a la microbiota materna. La microbiota intestinal y
vaginal materna cambia con la gestación, y se desconoce si estos cambios tienen o no
valor adaptativo para la madre o el bebé. Se ha sugerido que permiten que el feto obtenga
energía de la sangre de la madre, más eficientemente, o que las bacterias productoras de
butirato puedan sostener las funciones epiteliales del intestino y promover la tolerancia
inmune en la madre.

El trabajo de parto y el nacimiento representan la primera exposición importante a una

microbiota compleja y es el mecanismo primordial para la transferencia intergeneracional
de microbiota en mamíferos. Los vertebrados ancestrales (aves, reptiles, peces
aleteados) y, excepcionalmente entre los mamíferos, los Monotremes, ponen huevos a
través de un solo canal -la cloaca- compartido para su excreción y reproducción.

Los mamíferos placentarios desarrollaron canales separados para la reproducción

(vagina), la excreción de heces (ano) y orina (uretra), y el canal de nacimiento siempre
está adyacente al recto (pero no a la uretra), proporcionando un mecanismo eficiente para
la transmisión intergeneracional de microbios tanto vaginales como intestinales. La
ruptura de la membrana coriamniótica permite la exposición del bebé a los microbios
vaginales y fecales perineales maternos. De hecho, el trabajo de parto prolongado plantea
un riesgo de infección por microbios oportunistas. Los bebés nacen naturalmente con la
piel y la boca cubiertas por inocula materna y han tragado estos microbios, apoyados por
la observación del ADN y bacterias vivas en el meconio. Así, heredamos la microbiota
primordial de nuestras madres, abuelas y más adelante en la línea matrilineal, con la
transmisión vertical microbiana que se extiende de nuevo a los antepasados anteriores

Si el inóculo primordial contiene la mayoría de los microbios que serán alimentados por el
niño, y qué cepas maternas colonizan qué partes del cuerpo del bebé y sus funciones, la
contribución de los padres y los hermanos, junto con la diversidad microbiana del infante y
la medida en que las prácticas modernas reducen la transmisión intergeneracional,
todavía no se comprenden por completo. La cesárea como antibióticos intraparto durante
el parto vaginal altera la colonización bacteriana en los neonatos.

Desarrollo postnatal de la microbiota

Por definición, los mamíferos placentarios se desarrollan en una placenta, nacen a través
de la vagina materna y beben leche materna durante la ventana de desarrollo inicial
durante la cual ocurren cambios notables. Los animales pueden desarrollarse sin
microbiota, como lo demuestra la existencia de ratones, ratas, gallinas y cerdos libres de
gérmenes, pero tienen fenotipos anormales y se cree que la microbiota es necesaria para
el desarrollo normal. Las bacterias neonatales pioneras impulsan el desarrollo de los
sistemas microbiota, inmune, metabólico, hormonal y nervioso en el neonato.
En condiciones naturales, el neonato y la microbiota se desarrollan de manera orquestada
bajo el efecto nutricional, inmunológico, hormonal y prebiótico de la leche materna, un
solo alimento de formulación biológica compleja.

Las bacterias adquiridas durante el parto incluyen bacterias de ácido láctico que digieren
la lactosa, y otras que utilizan sustratos indigeribles para los bebés (glicanos de leche
indigeribles conocidos como oligosacáridos de la leche humana, o HMOs), con
polimorfismos, como en el gen de la fucosa transferasa FUT2, asociados con efectos
selectivos de los HMO en la composición de la microbiota infantil, que a su vez pueden
afectar la susceptibilidad a enfermedades inmunes más adelante en la vida. La leche
también incluye urea y oxalato, dos productos finales del metabolismo humano.

¿Por qué la naturaleza incluiría esas moléculas indigeribles en la dieta de los mamíferos
jóvenes? Hay microbios beneficiosos que pueden utilizar estas moléculas como carbono,
nitrógeno u otras fuentes de energía. Los tipos de glicanos que se encuentran en la leche
materna pueden formar la microbiota intestinal infantil y la composición microbiana de
leche materna, específicamente de especies Bifidobacterium. El grado de desarrollo de
las capacidades sensoriales y motoras del cerebro en neonatos durante la lactancia
estricta es notable. En última instancia, la comprensión de este período, las funciones de
glicanos de leche y otras moléculas, y los microbios que seleccionan, será fundamental
para entender el desarrollo humano.

Otras formas en que el microbioma se ha relacionado con el desarrollo incluyen la síntesis

de vitaminas durante el desarrollo postnatal. Hay poca difusión de vitamina K a través de
la barrera placentaria, por lo que los recién nacidos nacen con bajos niveles de vitamina
K. Más tarde, las bacterias intestinales proporcionarán K2 o menaquinona, y los niños
mayores lo consumirán de verduras en forma de filoquinona. La vitamina K es necesaria
para sintetizar las formas funcionales de los factores de coagulación II, VII, IX y X en el
hígado. A menudo los clínicos consideran que los neonatos son deficientes en vitamina K,
pero de nuevo, desde la perspectiva evolutiva, necesitamos preguntarnos por qué este
rasgo ha sido seleccionado durante nuestra evolución. Del mismo modo, se cree que los
bebés que son alimentados exclusivamente con leche materna pueden llegar a ser
deficientes en vitamina B12 debido a la falta de alimentos sólidos ricos en vitaminas.
¿Guarda valor adaptativo o es una inadaptación? La respuesta a esta pregunta resulta de
importancia, ya que, interpretaciones clínicas llevan a medidas de salud pública que
afectan a millones de infantes, tales como el aumento recomendado de vitamina K a todo
los neonatos. Debemos de entender nuestra biología en primer lugar, antes de definir un
escenario patológico e intervenir. Es requerido hacer una investigación para identificar
adaptaciones que debemos respetar, y entonces, definir las inadaptaciones que necesitan
ser abordadas.

La trayectoria de desarrollo de la microbiota desde el nacimiento sigue cambios

dinámicos. Inmediatamente después del nacimiento, parece haber una disminución en la
diversidad intestinal alfa que probablemente refleja la presión selectiva de las
restricciones de sustrato de la leche, y por 1 semana de edad, la microbiota intestinal ya
es muy similar a la de un bebé de un mes de edad. Los bebés se desarrollan durante los
primeros 6 meses bajo la presión selectiva de la leche que forma las comunidades
microbianas del intestino, cuyos metabolitos promueven la generación de células T
reguladoras periféricas. Las bacterias que se administran a los ratones libres de
gérmenes inducen a los centros germinales (células linfoides) a producir células IgA+ B.
Las moléculas bacterianas también inducen el tejido linfoide del intestino asociado a la
mucosa, a través de receptores similares a Toll, y dan forma a la inmunidad mediada por
Th-cell intestinal.

Así, el cebado/activación accionado por antígenos, la polarización y la expansión de

células T ingenuas producen células efectoras Th1 y/o Th17,54 que entran en la
circulación sistémica y el hogar del intestino para ayudar a destruir los patógenos
invasores. Animales GF exhiben consistentemente el desarrollo dañado de los parches de
Peyer, han reducido el número de células T-helper (Th)1 y Th17, con la T-intestinal
respuesta inmunitaria celular controlada principalmente por células Th2. Es importante
destacar que los desequilibrios en las respuestas de las células Th en ratones GF se
pueden revertir restaurando la microbiota. Th17/Tregs están implicados en la tolerancia de
y es inducida por microbios como H. pylori y comensal bacterias relacionadas con
Clostridia.

Las perturbaciones que reducen la transmisión y la colonización temprana de bacterias

humanas conducen a un número reducido de células Th17 en el intestino delgado. Las
variables ambientales también pueden afectar la microbiota, como el número de
hermanos (los bebés con hermanos han aumentado el intestino Bifidobacterium
catenulatum) y el sexo (las niñas tienen mayor intestino B. fragilis y Lactobacillus spp. que
los niños). Por último, la evidencia sugiere que la duración más larga de la lactancia
materna se asocia con la disminución del riesgo de sobrepeso. En el intestino grueso y el
colon, las bacterias pueden colonizar la mucosa epitelial, digerir partículas o vivir libres en
suspensión en la fase líquida.

Las partículas y la colonización líquida se dictan en parte por el tiempo de tránsito en el

intestino. Después de que termina la lactancia estricta, comienza la dentición, y el sistema
gastrointestinal del bebé ha madurado para manejar los sólidos dietéticos que llegan a los
sitios postabsorbentes y traer nuevos sustratos. Estos sólidos cambian las condiciones en
el intestino trasero, selección de poblaciones bacterianas con actividades metabólicas
relevantes y la diversidad microbiana del intestino aumenta constantemente hasta al
menos la edad 3 años. Este aumento en la diversidad puede reflejar el aumento de la
diversidad química de una dieta compleja y el intestino e inmune maduración del huésped.

La nueva dieta sólida tiene componentes refractarios a la digestión intestinal proximal,

como algunos almidones y polisacáridos de la pared celular de origen vegetal, que son
fermentados por bacterias en el intestino grueso. Los productos, ácidos grasos de cadena
corta, tienen funciones moduladoras en el metabolismo y la inmunidad del huésped. El
butirato tiene efectos beneficiosos, siendo fuente de energía para los colonocitos,
manteniendo la integridad epitelial en el intestino, apoyando la diferenciación de Treg y
conduciendo respuestas anti-inflamatorias, como se muestra con los productores de
butirato bacterianos, como Faecalibacterium prausnitzii,, o por suplementación directa de
butirato a ratones.

El propionato también potencia la generación de células Treg de novo en la periferia. El

butirato y el acetato regulan la saciedad, siendo el acetato obesogénico. Altos Bacteroides
y bajos acetógenos y metanógenos se han asociado con un menor aumento de peso.

La convergencia en productos metabólicos producidos por el repertorio de microbios en el

ecosistema intestinal es un ejemplo de redundancia funcional. La redundancia funcional
es un rasgo reconocido de la microbiota en adultos humanos que conduce a una alta
variabilidad interindividual y, lo que es más importante, al aumento de la resiliencia del
ecosistema. La redundancia probablemente aumenta con la edad, al menos durante los
primeros 3 años de vida, cuando se gana diversidad, pero este fenómeno todavía no se
entiende bien. Estamos agotando nuestra diversidad microbiológica ancestral y su
repertorio funcional, y esto resulta en comprometer la redundancia, con efectos
perjudiciales en la resiliencia que gobierna las interacciones metabólicas complejas.

Disruptores modernos de la microbiota y enfermedades modernas

Las sociedades urbanas industriales han cambiado drásticamente el estilo de vida

humano en relación con las sociedades tradicionales, y el mundo se está volviendo cada
vez más urbano. Los cambios son complejos, incluyendo vivienda, plan urbano, densidad
humana, arquitectura del hogar, aislamiento tecnológico de las casas del medio ambiente,
ventilación, dieta, ropa, ejercicio, productos de cuidado personal y medicamentos.
Comprender qué cambios con la urbanización requiere un enfoque multidisciplinario y es
importante porque los cambios ambientales repentinos pueden conducir a adaptaciones
erróneas. De hecho, la urbanización está asociada con un mayor riesgo de enfermedades
inmunes y metabólicas, como la obesidad, la DTI, los trastornos del comportamiento, la
EII y el asma, todo lo cual ha ido en aumento en las últimas décadas, y con una reducida
diversidad de microbiota intestinal.

Aunque la genética humana afecta el desarrollo del huésped así como la estructura de la
microbiota, se sabe que el efecto de los factores ambientales sobre la microbiota es
sustancial. Las prácticas que dificultan significativamente la transmisión y colonización de
bacterias en las primeras etapas de la vida son abundantes en las sociedades modernas,
y hemos aprendido de estudios ecológicos que agravan los impactos o la eliminación de
poblaciones altamente competitivas reduce la diversidad alfa, mientras que la eliminación
de bacterias más cooperativas (o de bacterias redundantes) tiene un menor efecto sobre
la diversidad.

Las presiones selectivas que están conformando las características del microbioma en los
países de altos ingresos pueden incluir la exposición a antibióticos prenatales y
postnatales, antimicrobianos dietéticos, pasta de dientes, jabones y quizás incluso el
consumo de agua clorada. La dirección de los cambios del ecosistema microbiano
después de las perturbaciones depende del ecosistema y no siempre implica la reducción
de la diversidad. Por ejemplo, las perturbaciones en el microbiota de la vagina y del
estómago, que son naturalmente de baja diversidad alfa, aumento de riqueza y
uniformidad.

Hay conexiones entre el aumento de los riesgos de enfermedad y la microbiota. El riesgo

de obesidad se ha asociado epidemiológicamente con el parto por cesárea y la exposición
temprana a antibióticos. La evidencia de la causalidad de la obesidad se ha demostrado
en ratones, con estudios a escala de población que conducen a la identificación de
bacterias que cuando se trasplantan a ratones tuvieron efecto fisiológico sobre la masa
corporal. Es probable que las funciones de la microbiota en las primeras etapas de la vida
sean clave para comprender la etiología de las enfermedades inmunes crónicas de las
sociedades urbanas y dónde reside el potencial para su prevención. En el intestino, la
reducida diversidad de microbiota es consistente con la reducción de la resiliencia -la
capacidad de recuperarse después de las perturbaciones- y de la resistencia a los
patógenos. En entornos urbanos limpios, donde el saneamiento y las vacunas disminuyen
la colonización por patógenos, la reducción de la resistencia tal vez no sea tan importante
como en las sociedades humanas ancestrales expuestas a problemas más infecciosos).

Sin embargo, con los efectos combinados de las perturbaciones ejercidas por las
prácticas antimicrobianas de la vida moderna, la pérdida de resiliencia podría ser
importante. Además, se necesita mucha investigación para comprender el papel de la
microbiota intestinal en la eficacia de la vacuna y la inmunización, el momento de las
vacunas proporcionadas a los lactantes y los niños y el impacto no sólo de los
antibióticos, sino de otros medicamentos en la estructura de la comunidad microbiana.

El uso gestacional de antibióticos afecta la colonización de la microbiota en los bebés. En

los Estados Unidos, aproximadamente una de cada dos mujeres recibe un antibiótico
durante el embarazo o a término, y los betalactámicos, la vancomicina, la nitrofurantoína,
el metronidazol, la clindamicina y la fosfomicina generalmente se consideran seguros. Sin
embargo, los antibióticos administrados 4-5 días antes del nacimiento en ratones
cambiaron las proporciones de las bacterias intestinales en las camadas y afectaron el
desarrollo de las células linfoides pulmonares.

La falta de exposición a la microbiota materna al nacer, como ocurre en la cesárea de

nacimiento, conduce a alteraciones en la microbiota de los bebés y en el metabolismo de
ácidos grasos y ácidos biliares. La fórmula también altera la microbiota del bebé y la
práctica moderna de las madres trabajadoras, de la lactancia con biberón que la lactancia
materna directa- también puede tener efectos. Esta práctica implica refrigerar o congelar -
descongelar y recalentar leche materna, y reduce el contacto materno-bebé.

No se ha estudiado cómo esto podría afectar la transmisión microbiana. Así, el efecto

agravado de los antibióticos prenatales, perinatales y posnatales, el parto por cesárea, la
alimentación con fórmula, la reducción del contacto de la piel con la boca y la piel entre
los bebés y las madres, El baño extensivo de los neonatos y otras intervenciones
hospitalarias y un entorno construido aislado del entorno natural, todos podrían contar y
ser acumulativos en sus efectos.
Se necesita más información para comprender las funciones de la microbiota temprana y
su relación con las condiciones de salud posteriores. Los estudios de cohortes están
actualmente en curso; ClinicalTrials.org muestra ensayos clínicos longitudinales con
intervenciones y sin intervenciones, que se realizan en lactantes.

Las intervenciones incluyen temas importantes como la exposición al nacimiento a

líquidos vaginales y el contacto piel a piel, suplementos dietéticos con probióticos,
proteínas, carbohidratos, leche fortificada, antibióticos en bebés prematuros. Los
resultados incluyen el desarrollo de microbiota, poblaciones de bacteriófagos durante el
desarrollo, crecimiento infantil, metabolitos urinarios, perfiles inmunes, incidencia de
infecciones, el desarrollo de cólicos infantiles, enfermedad celíaca y displasia
broncopulmonar, así como el comportamiento del sueño y el neurodesarrollo. Los
estudios de causalidad son difíciles en seres humanos, y normalmente involucran
ensayos clínicos aleatorios longitudinales, que son costosos, y en los Estados Unidos
típicamente requieren una aprobación de un nuevo fármaco en investigación (IND) de la
Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA), que añade costes, complejidad y
tiempo a los estudios. Ciertamente, se necesitan más estudios para determinar la
reproducibilidad, la seguridad y los beneficios de las restauraciones tempranas a los
bebés nacidos de cesárea, particularmente en el contexto de estudios de control
aleatorios que abordan el riesgo de asma, atopia y otros parámetros clínicos relevantes

La medicina es una de las grandes creaciones humanas, y su capacidad de salvar vidas

ha impulsado el aumento sustancial de vidas humanas. Las intervenciones médicas,
como las vacunas, los antibióticos y la cirugía, han contribuido enormemente a mejorar la
esperanza de vida. Por ejemplo, los antibióticos tratan a los principales asesinos, como
las enfermedades diarreicas y la neumonía, y las cesáreas salvan tanto a los bebés como
a las madres, con fórmulas nutritivas y que complementan a los niños que no pueden ser
amamantados. Sin embargo, estas intervenciones tienen costos que han sido
subestimados, con el consiguiente uso excesivo y abuso.

Estos costes sólo se justifican cuando es necesaria la intervención. Los cambios en la

práctica sólo detendrán la tendencia actual, y se necesitarán esfuerzos de restauración
para reducir los costos de intervención. Identificar el cuándo y el qué, el momento de las
intervenciones y la amplitud de la influencia de especies y cepas microbianas específicas,
es esencial si queremos intervenir eficazmente. Los esfuerzos de restauración deben ser
cuidadosamente considerados, sopesando los riesgos y los beneficios potenciales.

Creando una leche materna sintética

La investigación sobre las funciones prebióticas y probióticas de la leche materna humana

podría proporcionar una base de información importante para diseñar fórmulas sinbióticas
que respeten la biología del desarrollo del niño, para conducir un intestino sano del bebé.
Estamos lejos de estar ahí, pero los esfuerzos iniciales han comenzado con el Biotech
Glycom danés añadiendo ácido N-Acetil-D-Neuramínico a la fórmula, pero por supuesto la
leche es mucho más que eso y contiene glicanos (HMO), hormonas y anticuerpos. Un
reciente preparado sinbiótico oral de un Lactobacillus plantarum y fructooligosacárido
resultó en una reducción de la sepsis neonatal en los recién nacidos rurales de la India.87
el sistema inmunitario y las bacterias intestinales en la infancia de los mamíferos pueden
ser fundamentales para mejorar la salud humana de los lactantes y proporcionan un
modelo de traslación para la modulación de la microbiota intestinal

Restauraciones de madres para repartir la microbiota de próxima generación

La idea de congelar las heces sanas y usarlas para restaurarlas después del tratamiento
con antibióticos no se ha implementado, pero parece ecológicamente plausible. A los
bebés se les podría restaurar la microbiota de predilección, y también a los adultos,
especialmente a las mujeres, que desempeñan un papel particularmente importante en la
transmisión de la microbiota humana a la siguiente generación. Hay una necesidad de
servicios proporcionados por las empresas, que permiten a las familias almacenar
regularmente el crecimiento de la microbiota infantil, con este fin; al ser un autotrasplante,
no está claro lo que se requerirá de las agencias reguladoras, como la FDA.

¿Qué es un microbioma saludable?

Los individuos difieren enormemente en el contenido taxonómico de su microbiota, e

incluso la misma persona con el tiempo puede aparecer dramáticamente diferente de su
propia representación previa. La redundancia funcional hace que la caracterización del
microbioma sano sea extremadamente compleja, porque diferentes perfiles taxonómicos
pueden conducir a ecosistemas con un comportamiento similar. Tampoco está claro si en
una población humana 'normal' implica saludable, porque la salud óptima podría ser
dependiente del contexto, tanto en una población como a nivel individual, es el
microbioma promedio de los jóvenes de 20 años, la mitad de los cuales se convertirán en
enfermos crónicos de 70 años, ¿realmente saludable? Los estudios de niños sanos en 10
lugares de Asia mostraron una variación sustancial en la composición de la microbiota
intestinal, pero hubo un claro patrón Norte-Sur en términos de taxones predominantes,
probablemente relacionados con diferentes niveles de modernización socioeconómica e
integración del mercado.

Por lo tanto, todavía no sabemos cuáles son las características clave de microbiomas
saludables, más allá de la composición descriptiva que caracteriza los sitios del cuerpo:
Staphylococcus, Streptococcus, Actinomyces, Veillonella, Fusobacterium, Porphyromonas
o especies de Treponema en la cavidad oral, con un estilo de vida, un entorno y factores
genéticos compartidos que juegan un papel; Acinetobacter y Aeribacillus en la superficie
ocular, Pseudomonas en el margen de la tapa y conjuntiva; Actinobacteria
(Corynebacteriaceae y Propionibacteriaceae y Firmicutes-mostly Staphylococcaceae,
Bacteroidetes y Proteobacteria en la piel, organismos lipophilicos como Propionibacterium
spp. y el hongo Malassezia spp. en las zonas de mayor densidad de las glándulas
sebáceas (cara o espalda), Firmicutes y Bacteroidetes, incluidos Bacteroides, Prevotella,
Ruminococcus, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterobacteriaceae, Enterococcus,
Lactobacillus, el Verrucomicrobia Akkermansia y el archaeal Methanobrevibacter smithii
en las superficies mucosas del tracto gastrointestinal, y Lactobacillus spp. en el aparato
genital femenino

La ubicuidad de los metabolismos dominantes del núcleo contrasta con la variabilidad de

funciones bajas y abundantes específicas del nicho, muchas de las cuales permanecen
sin caracterizar. Un posible enfoque de la complejidad de la variabilidad del microbioma
humano y los riesgos de enfermedad es obtener datos longitudinales de múltiples
cohortes en estudios globales de los que se excluyen a los sujetos que desarrollan
cualquier enfermedad a lo largo de su vida, y sólo los sujetos sanos (sin fenotipo de
enfermedad) se consideran. En ecosistemas como el intestino, la extensión de la
diversidad es un proxy para la salud. Los inmigrantes de los países en desarrollo pierden
diversidad entre las generaciones humanas, a medida que desarrollan estilos de vida
occidentalizados y enfermedades.

En los niños, necesitamos urgentemente estudios prospectivos que evalúen qué tan bien
madura el microbioma en una población de individuos sanos, Así como normalizamos la
maduración de la estatura y el peso en los niños y luego comparamos aquellos con
estados de enfermedad, esencialmente una curva de crecimiento para el microbioma en
desarrollo. Al igual que para estos atributos físicos, el conocimiento del desarrollo normal
permite detectar anomalías. Los estudios en seres humanos que utilizan tales enfoques
indican ahora que es posible reconocer los efectos de los estados de la enfermedad, por
ejemplo, la malnutrición y también los efectos de las perturbaciones, como la exposición a
la cesárea o a antibióticos. Los médicos han comenzado a utilizar conceptos de
maduración en estados patológicos, como en receptores de trasplante de médula o sea o
después de un trasplante fecal para tratar la infección por C. difficile para predecir quién
podría tener un resultado más exitoso.

Centrarse en funciones, en lugar de taxa, puede ser importante para abordar algunas
cuestiones de investigación y clínicas, pero puede no ser aplicable a otras, porque cada
cepa ofrece una combinación de funciones, bajo múltiples presiones de selección y por lo
tanto es difícil determinar qué componentes del ecosistema pueden ser manipulados sin
consecuencias no deseadas. Comprender la dinámica y los efectos de los cambios
microbiológicos puede ser análogo a predecir el tiempo. Podemos ver algunos esquemas
generales que nos ayudan con el pronóstico de 3 días, pero a medida que intentamos
prever más lejos, la complejidad del sistema abruma las herramientas disponibles. Porque
este es un campo joven, como el conocimiento crece y las herramientas se vuelven más
refinadas, nuestra capacidad de clasificar y predecir crecerá en consecuencia.

Futuras perspectivas
El holobionte humano se está entendiendo progresivamente, ya que el microbioma
colectivo y las funciones del huésped se caracterizan mejor en la salud y la enfermedad, y
a medida que evaluamos tanto la correlación como las relaciones causales. Los esfuerzos
para estandarizar la preparación de especímenes y los protocolos analíticos y para
aumentar la disponibilidad del creciente cuerpo de datos están aumentando. Estos
esfuerzos técnicos, así como estudios clínicos robustos, mejorarán la caracterización de
la variación en los microbiomas humanos globales, funciones de redundancia, trayectorias
de desarrollo, efecto de estilos de vida, inmigración, biomarcadores de enfermedades,
Todo ello sentará las bases para comprender la evolución de la salud a la enfermedad y
descubrir eficazmente nuevas intervenciones preventivas y terapias.