La técnica de la electroforesis en gel separa los diferentes componentes según dos
factores; el volumen (o PM) y la carga. Los componentes a separar más grandes serán los que se muevan menos, mientras que los que quepan en los poros serán los que más rápido avancen. En cuanto a la carga, los que tengan una mayor carga tendrán más tendencia a moverse al extremo de carga contraria. En este caso se añade que se usa SDS. El SDS se usa para añadir cargas negativas a los componentes, haciendo que la separación pase a depender únicamente del volumen. Como resultado de esta electroforesis en gel con SDS obtenemos el siguiente resultado:
Para la columna 1 y 2 tenemos que únicamente se ha usado β-mercaptoetanol, mientras
que en las columnas 3 y 4 se ha usado también trombina. El β-mercaptoetanol es un agente de desnaturalización que se usa para romper los enlaces S-S (disulfuro). La trombina es una enzima peptidasa, es decir, una enzima que corta una proteína. Si comparamos la columna 1 y 2 tenemos que se han roto los enlaces S-S, haciendo que la proteína crezca en volumen (el volumen de la proteína en la columna 1 es menor que en la columna 2), haciendo que la proteína desnaturalizada tenga más dificultades para avanzar. En cuanto a las columnas 3 y 4 tenemos una rotura en la cadena en ambos casos. Pero en la columna 3 no se ha usado β-mercaptoetanol, por lo tanto, no se separan los fragmentos gracias a los enlaces disulfuro. En el caso de la columna 4 sí que se añade β- mercaptoetanol y se rompen los enlaces S-S, separándose los dos fragmentos de la proteína generados por la trombina. Estos dos fragmentos son más pequeños que la proteína unida y pueden avanzar más. La columna 3, en comparación con la 1, se diferencian porque se ha roto la cadena (3) pero no los puentes disulfuro. Según los resultados, el hecho de romper la cadena hace que la proteína pueda avanzar más (menos volumen).