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Agrupación de genes y pseudogenes

➔ depende de las proteínas se harán las familias de genes

➔ estas agrupaciones se dieron desde el desarrollo del genoma

➔ se encuentra una enzima nueva y las compara con las familias y las agrupa en la
que se parezca

➔ puede pasar que se extrae una enzima no se parece a lo ya establecido entonces


crea una nueva familia

➔ no importa que provengan de diferentes especies

Familia de genes: agrupaciones que comparten unas características:


- presentan similitud en cuanto a la secuencia de ADN que los conforman , es decir,
todos los genes o la mayoría de esa familia la secuencia del gen es semejante.

- codificar productos para proteínas o ARNs que tienen estructuras y funciones


similares

- codificar para proteínas que participan en una misma ruta o función metabólica a
pesar de poseer secuencias disímiles. por ejemplo: en bacterias hay familias de
genes en donde todos los genes codifican proteínas que hacen degradación para un
tipo de carbohidrato. esas enzimas que degradan ese carbohidrato son agrupados
en la misma familia

- proteínas que codifican para funciones diferentes pero que se unen después de ser
sintetizadas para formar una única proteína funcional. ej: las polimerasa están
conformadas por varias subunidades que cumplen diferentes funciones. una
subunidad se encarga de engancharse a la cadena, otra subunidad a la síntesis, otra
de degradar el ATP para obtener la energía.

Familias génicas clásica(repetidos en tándem) tandem: uno al lado del otro ya sea
aislado o agrupado

- copias conservadas repetidas en tándem


1. histonas: todas cumplen la misma función, entre las diferentes histonas
tienen una secuencia similar, también están repetidas en tándem.

2. genes que codifican para tARN, tARN, snRNA: están repetidos en todo el
genoma en tándem

Familias multigénicas: pueden estar agrupadas o dispersas: encontramos muchos genes


ahí: truncados, fragmentos de genes y pseudogenes. Son familias génicas con alta
homología
1. globina: está formada por proteína globinas que están codificadas por genes y hay
beta gamma alfa y pseudogenes

clusters de genes: tienen que ver con la localización del genoma. una región del genoma
en donde los genes están cercanos uno del otro.
- Los genes cluster codifican proteínas o péptidos con funciones similares. ej: los
lugares donde están los genes para ARN r y t están en una sola zona uno al lado del
otro
- en algunos casos los genes de un cluster no codifican para proteínas con funciones
similar pero sus secuencias contiene regiones con secuencias idénticas, es decir,
tienen secuencia similar
- pueden encontrarse en el mismo cromosoma o en ambos pares, es decir en
cromosomas homólogos.
- Las secuencias repetidas también pueden formar cluster de las mismas y no son
regiones codificantes pero es una secuencia que se repite . por ejemplo: si
encontramos la secuencia una al lado de la otra es un cluster.. alu no codifica

Tipos de elementos móviles en el genoma humano


Tenemos secuencias que se pueden desprender del genoma y reubicarse en otra
región. Cuando por primera vez se descubrieron fueron barbara mcclintock y les
denominó genes saltarines. Esto es muy típico en virus, pueden insertarse en el
genoma y quitarse cuando quieran: ingresan a la célula insertan el material genético
para ocultarse mientras se replican y cuando ya saben que pueden destruir la célula
se desprenden del genoma y empiezan a producir sus cápsides para que puedan ir
a infectar a otras células, asi funciona el coronavirus y el VIH.

En el genoma humano: son el 45% del genoma humano y si vienen de virus


entonces casi la mitad del genoma es viral y vienen de los virus que han infectado a
los humanos durante toda la evolución. por ejemplo: cuando te da varicela deja su
genoma en nuestro genoma y está pasando con el virus corona.
- Retrotransposones de ADN: Retro porque se dieron cuenta que tenían actividad
similar a la de los retrovirus y transposón es que se pueden transponer, es decir,
cambiar de lugar. Tienen origen viral, específicamente del retrovirus.
Se formará un ARN con información y con ayuda de una enzima transcriptasa
inversa se convierte en un ADN de una hebra → luego se vuelve de doble hebra y
se inserta en el genoma.
Son completamente diversos , no se parecen uno al otro, con secuencias totalmente
diferentes
● LTR: seceuncias repetidas largas
● NO LTR: secuencias no tan largas
➔ SINE: S por short (Alu)
➔ LINE: L de long: contienen una gran cantidad de info
- ORF: open reading frame y es un indicativo de una region en
donde posiblemente puede haber un gen
- vamos a encontrar una secuencia poli A

- Transposones: tienen tamaños más diversos. Él se corta del sitio de donde está el
elemento y se sale de ahí y el adn se cierra con ayuda de una ligasa y después corta
el sitio del ADN donde se va a insertar. La transposasa reconoce la secuencia de los
extremos y es la que corta. Esos elementos de inserción que tienen un gen de
resistencia a antibióticos.

ADN repetitivo
- estan repetidas en tandem con un tamaño y grado de repeticion varibles
- hace poco se pensaban que no tenian ningun tipo de función sobre todo por los
lugares en donde están
- Hoy se sabe que algunas secuencaias satelites se transcriben y estan relacionadas
con la fromacion de la heterocromatina, es decir involucrados en la trasncripcion
- hay tres tipos de adn repetitivos
satélites: cumplen tres funciones:
❏ formación de centrómero
❏ formación de la heterocromatina
❏ en la regulacion de los genes ligados al cromosoma x

- tienen muchas repeticiones de hasta de mil copias


- su tamaño puede tener cientos de pb
- asociados a la heterocromatina
- se creían que eran vestigios sin uso porque están ubicados en zonas centroméricas
- hay varias secucnias saltelites que pueden haber miles de ellas

minisatélites: se hallan en forma de clusters de 10- 100 copias


- poseen alrededor de 15 pb
- asociados a eucromatina
- estan en la region sub-telomericos
- ej: VNTR: asociados a la prueba de paternidad. Hoy en día, las pruebas de
paternidad las toman de aquí o de STR, es decir, tiene funciones a nivel de
población

microsatelites:
- foma de cluster de 10-100 copias
- poseen de 1-5 pb (ACTA que se repite unas 100 veces)
- ascciados a eucromatina
- estan en todo el genoma
- Ej: STR: este y el VNTR son los marcadores biológicos. para que los resultados
sean confiables deben usarse entre 14-16 marcadores

Antes se pensaba que el adn repetitivo era exclusivo de las eucariotas pero ya se sabe que
en bacterias se encuentran secuencias repetidas de ADN pero no se sabe su funcionalidad
pero se piensa que debe estar involucradas con algún tipo de identificación a nivel
bacteriano.

Genoma mitocondrial
- Las mitocondrias tienen sus propios
ribosomas. en las mitocondrias se realiza
la síntesis de algunas proteínas.

- Todo el genoma mitocondrial


es codificante

- Transcriben transcriptos multipmericos


es decir de un gen se producen más de un
polipéptido que pueden formar una proteínas
Hoy en día sabemos que podemos vivir con menor número de genes

Los análisis que se le hacen a un individuo es solamente para ese individuo porque los
organismos son diferentes por lo que la medicina se ha vuelto muy personalizada

Se están estudiando mucho más los microorganismos porque hay un nuevo campo en la
biología molecular en donde se expresa que los microorganismos son los responsables de
la vida en el planeta y están asociados con las enfermedades.

Las migraciones han cambiado la genética en el planeta

Flujo de información genética


El dogma de la biología molecular: a partir de
ADN mediante la transcripción obtenemos arn y
se traducía y se sintetizaba la proteína

Pero el flujo de la información genetica es mucho


más complejo de lo que se pensaba
anteriormente

Modificación al dogma: mediante un proceso enzimático con la ayuda de al ADN


polimerasa ese ADN se duplica. Esa molécula de ADN duplicada mediante un proceso
enzimático con ayuda de un polimerasa se transcribe usando una hebra de ARN de sentido
positivo porque puede ser leído directamente en el ribosoma para sintetizar una proteína.
Se conoció que ese ARN positivo con ayuda de enzimas de tipo viral como la transcriptasa
reversa puede copiar ese arn en forma de ADN. Es decir, que a partir de un ARN se puede
obtener un adn este proceso se conoce como transcripción reversa.
Tambn se ha conocido que ese ADN de sentido positivo se puede dublicar en donde
sintetiza ARN, es decir a partir de ARN positivo se obtiene un ARN de sentido negativo que
no puede ser leido direcatamente en el ribosoma, para que se pueda se tiene que duplicar a
uno de sentido positivo→ la enzima que se usa aqui es el ARN dependiente ARN
polimerasa
El ARN puede sintetizar una proteína y el proceso no es enteramente enzimático. Para
formar la proteína no es necesario tener enzimas y se lleva a cabo a nivel de ribosomas y
participa ARN. Hay un ARN que cumple función enzimática y se llama ribosima, catalizan
reacciones. Un ARN se traduce para producir proteínas y el proceso es llamado traducción.

Replicación del ADN procariota


Es el que dio la base para el conocimiento de la replicacion eucariota.

La replicación de e coli es
semiconservativa y bidireccional
porque se origina de un punto y se
comienza a sintetizar en ambas
direcciones. Para que esto ocurra deben
formarse estructuras necesarias que son
los fragmentos de okazaki.

Los primers son fragmentos de ARN , es


decir , para que se sintetice ADN primero
debe sintetizarse ARN. Por eso se llama
primer por qué es lo de antecede. Sin
ellos no se puede llevar a cabo la
replicación.

La ADN polimerasa no puede poner nucleótidos de la nada solo puede ponerlos a partir de
algo preexistente que es el primer ya que ninguna de las subunidades de la polimerasa
tienen esa función.

Cuando se arma la burbuja de replicación y la zona donde se abre la cadena de ADN se


llama horquilla de replicación, en bacterias se formará una sola burbuja de replicación y
dos horquillas

Pasos que originan el flujo de la informacion genetica


Paso a paso para el proceso de replicación
adn bacteriano: superenrollado y condensado y para que se descondensa se harán corte
en una de las dos hebras y se libera la tensión y esto es con ayuda de la topoisomerasa y
hay de dos tipos y una que sirve para desarrollarla y otro para enrollarla

- la topoisomerasa 1: corta una de las hebras por el enlace fosfodiester [corta alguna
de las hebras al azar]. La topoisomerasa se une al lado 5’ por aminoácido →
tirosina. Cuando corta la hebra queda enganchada. Se queda pegada para que no
se desarme la
estructura de la doble
hélice y esto hace que
se libere tensión y se
relaja la molécula. Se
desplaza → llega →
corta → libera tensión
→ pega. Donde ella
corta es donde se da
el origen de la replicación que es donde se unen las enzimas para iniciar la
replicación. Cuando ella relaja la molécula está haciendo disponible el origen de
replicación. Ella corta hasta que desenrolla toda la molécula. Cuando se piensa que
el punto de origen está libre las enzimas se pegan.

- la topoisomerasa 2 (girasa): corta las dos


hebras y enrolla. Se encarga de reestablecer
el superenrollamiento del ADN para que
pueda caber dentro de la nueva bacteria por
la fisión binaria. Ella corta → enrolla → sella.

Ori de replicación: oriC → c de cromosoma = es


el origen de replicación del cromosoma
- es fácilmente identificable por esas dos secuencias

- contiene dos grupos de secuencias importantes para la síntesis de adn


1. sitios de unión para que la proteína Dna A (proteína de inicio de la
replicación) se una a la TTATNCANA. ricas en secuencias T-A
- se unen a una de las dos hebras y las separa porque como se una a
un complejo las despega y al abrirse se obtienen Dna (helicasa)
- es más fácil abrir cuando hay pares T-A
- repetida 3 veces
- cuando abre las dos hebras forma la burbuja de replicación
2. GATCTNTTNTTTT (está repetida varias veces)
- repetida 3 veces
DNA C funciona de cuña que es lo que uno pone en la puerta para que no se cierre.
Tambien es un cargador de helicasa. Ella abre la dona y al cortarla puede montarse en una
de las hebras de adn. la dona es la dna b

La DNA A sirve para abrir el


origen pero la helicasa abre el
resto

En algunas procariotas hay un


único cromosoma

DNA b tiene 6 subunidades


(hexámero) rompen los enlaces
puentes de hidrógeno [helicasa]

Cuando el cargador de helicasa


actua sobre la helicasa abre el
complejo y asi puede caer
encima del adn y en ese insatnte
se va el cofactor, cargador, proteina DNA C y en ese momento se cierra la helicasa y el adn
queda adentro

Primasa ARN - Enzima primasa: es la encargada de sintetizar los primers y es una ARN
polimerasa. Copia la info que está en el origen en forma de ARN. Sintetiza fragmentos de
ARN : en la cadena líder sintetiza uno pero en la retrasada sintetiza varios cada ciertos
espacios. Usa ATP.

Al mismo tiempo, que la helicasa esta separando las hebras y ya comienza el proceso de
síntesis con la primasa 3 hay que resguardar la integridad de la molécula de adn, es decir,
evitar que sea degradado. Siempre que haya una molécula de adn de una sola hebra va a
ser atacado por el sistema de defensa del cuerpo porque el adn de una sola hebrá es
considerado como agentes extraños y la célula lo va a atacar porque parece un adn viral.
Por eso, es necesario cubrirlos para evitar que sean degradados por las enzimas celulares y
es ahi donde empieza a funcionar una proteína que ya está sintetizada por la célula en
grandes cantidades ahi guardadas y la reutiliza → la proteína SSB (single strand binding
protein) es un tetrámero porque está hecho de cuarto subunidades y cuando funciona hace
como si fuera un sandwich, es decir, dos subunidades suben a la hebra de adn por arriba y
dos por abajo, por decirlo de otra forma las SSB son el pan. Ella cubre el adn para
esconderlo y protegerlo de las enzimas. También tiene otra función: como todos los puentes
de hidrógeno entre las dos hebras se forman solos por el acercamiento de las dos hebras,
es decir, por complementariedad la posibilidad de que esa hebra que se vuelva a unir con
su complementaria es altísima y toda la energía que se gasta con todo lo mencionado
anteriormente se perdería entonces la SSB va a evitar que esas cadenas se vuelva unir por
complementariedad.
ADN Polimerasas de procariotas
ADN dependientes (por que el molde es adn) adn polimerasas (porque sintetizan adn).
Todas sintetizan adn, es decir, todas cumplen función polimerasa en dirección 5’-3’.
(siempre crece el extremo 3’)

[nucleasas que degradan adn rompiendo


enlaces fosfodiéster. y esto puede ocurrir al
interior de la molécula o en los extremos]

Todas tienen función exonucleasas: si el


corte ocurre al los extremos de la molécula

Si el corte ocurre al interior de la molécula se


llaman endonucleasas

La única que tiene eliminación exonucleasa


5’-3’ es la polimerasa 1 porque es la que
elimina los cebadores.

La replicacion del ADN de la polimerasa 1 solo lo hace en la cadena retrasada.

Las polimerasas arreglan errores solo durante la síntesis, si no se pudo reparar se hará
después.

La polimerasa 1 quita el ribonucleótido y pone un


desoxirribonucleótido, es decir, que quita el primer y pone
desoxirribonucleótido

La polimerasa 2 trabaja después de la síntesis para reparar el


ADN

La polimerasa 3 replica en la cadena líder y en la retrasada


- Es compleja formada de 13 subunidades y cada lado
de ella es idéntica, menos cuando se transforma
Subunidades:
-alfa: se encarga del proceso de síntesis
-epsileo: de correccion de pruebas, es decir, la eliminación
exonucleasa 3’-5’
-teta: es de ensamblaje
-tao: es la responsable de armar el complejo dímero y permite
la unión de la subunidades gamma y delta
-gamma y delta: permiten la unión de la hebra al molde

La hebra líder es sintetizada por el complejo de


la izquierda y la hebra pasa por dentro de la
subunidad beta y ahí es donde se está
sintetizando la cadena.
La cadena retrasada se sintetiza por el otro complejo y también pasa
por la subunidad beta. Esas subunidades azul y amarillo, circuladas
arriba, están pegadas en beta porque es el que debe sintetizar y
regresar para los fragmentos okazaki → Es lo que le permite rodar a la
polimerasa

Todas las enzimas hacen enlaces fosfodiester solo durante la sintesis y


si estan uno alado del otro sin enlace fosfodiester la polimerasas no
puden formarlo, solo pueden formarlo si tienen un nucleotido y lo añaden a uno que ya
existe.

La ligasa es lo que permite unir lo que quitó la polimerasa 1 y arma el enlace fosfodiéster
sólo después de la síntesis y lo hace incluso si están uno al lado del otro sin enlace
fosfodiéster

Replicación en eucariotas

Los genomas eucariotas son más garndes que lo procariotas

Hay más de un ori de replicación → hay de 30000 a 50000 de orígenes de replicación (ori)

El genoma es lineal, que son los cromosomas. El punto de inicio está distante del punto final
y por eso hay varios orígenes de replicación → Que hayan muchos origenes de replicacion
y que se manifiestan a diferentes tiempos muestran más control del proceso

No todos los oris de replicación inician al tiempo, es decir, no son sincronizados pero todos
culminan en la etapa S del ciclo celular. La etapa S del ciclo celular depende del tejido por
que cada uno no tiene la misma duración ya que hay células que se cambian cada 24 horas
y otras cada 120 días. En esta etapa se replica el material y si no sucede hay muerte
celular.

El sitio donde se lleva acabo la replicacion es el replicon.


Hay histonas que forman nucelosomas y la topoisomerasa cuando corta se desenrolla el
nucelosoma.

Hay eucariotas que son unicelulares (levaduras) y otras multicelulares


- En unicelulares hay secuencias que son ricas en pares A-T ahi se unirá un
complejo de síntesis OriC que consta de enziams y va a reconocer las secuencias.
Este proceso debe ser controlado. En el caso de los unicelulares solo hay que
regular una sola célula.

- multicelulares: funcionan diferente. También tiene secuencia ricas en A-T pero va a


variar dependiendo del tejido y del organismo

Enzimas que actúan en el proceso

la helicasa va sobre un hebra ya medida que se desplaza va rompiendo los puentes de


hidrógeno entre las dos hebras

la topoisomerasa va en las dos hebras

Aquí hay más enzimas de replicación por los cloroplastos y la mitocondria

ADN polimerasa alfa [primasa] , beta [polimerasa 2], gamma, delta [polimerasa 3 para
cadena atrasada], epsilon [polimerasa 3 para cadena adelnatada]

Delta [ ADN Polimerasa 1 ] actúa como una ARNasa → degrada el ARN → Quita los
primers rompiendo sus puentes de hidrógeno y lo desprende y después el organismo lo
degrada porque piensa que es un virus. Cuando quita el primer lo reemplaza por ADN y la
ligasa une ese nuevo fragmento de ADN con el ya existente

El cargador RFC desplaza a la primasa y comienza a sintetizar a partir del primer de ????

Subunidad beta en
eucariotas es = PCNA en
eucariotas
Senescencia: envejecimiento de la
célula: cuando se le corta el
telómero y todo eso. Cada proceso
de replicación corta el telómero.

Las personas adultas mayores ya


han perdido mucha información del
telómero y hay signos de
envejecimiento, la musculatura
disminuye, pérdida de la visión, etc.

El telómero es una secuencia


repetida TTAGGG, cada round de
replicación se pierden secuencias
del telómero, se recupera parte pero
igual sigue perdiendo y puede
perder información importante para la célula.

Los telómeros no se
acortan cuando hay células
tumorales, ni la germinales,
ni las madres. Solo lo
pierden las adultas en
células tumorales. Esa
pérdida no se da porque hay
una enzima que permite
recuperar en el material
genético que solo lo hay
cuando somos niños en los
adultos esa enzima se
pierde y se pierde esta
enzima más o menos en la
pubertad la enzima

Cuando se quita el primer no hay forma de sintetizar de nada hacia alla


y la célula hace uso del sistema telomerasa .

Se corta el telómero. Hay un complejo enzimático que corresponde a


la enzima telomerasa unida con un arn. la enzima se une a 3’ y lo
alarga y el arn tiene la secuencia complementaria al telómero. Ella
alarga el telómero para que a partir de ahí se sintetice y lo que este
sobresaliente va a ser degradado ?????????????

El examen llega hasta aquiii alma lo dijo, no estudien trascripcionni


traduccion
Transcripcion del ADN = hace referencia a síntesis de ARN a partir de ADN hay para
procariotas y eucariotas diferentes porque los genes difieren

TRANSCRPCION En procariotas:
- En replicación la primasas cogen el ADN y lo pasan a ARN, es decir, es una enzima
de transcripción.
- En bacterias como en archea bacterias hay una única enzima haciendo el proceso
de transcripción = ARN polimerasa (ADN dependiente de ARN polimerasa)
- la ARN polimerasa en las bacterias tiene 5 subunidades
➔ omega: necesesario para que se ensamble todo el complejo. (Primero en
unirse
➔ alfa (las dos alfas son idénticas): segundo en unirse
➔ alfa (las dos alfas son idénticas): segudo en unirse
➔ beta
➔ beta’ = es homóloga de la subunidad a la A’ y A’’ de las archaea bacterias
como muestra en el cuadro

E.coli:
(NTP:NucleotidosTrisFosfato= ATP, GTP,UTP)

- La arn polimerasa en las archaea bacterias tiene subunidades


➔ A’ / A’’
➔ b’ / b’’
➔ d
➔ l
➔ k
➔ h
➔ g
➔ n
➔ p
➔ e
➔ f

Las que salen al lado significa que


tienen los mismos componentes solo
que se les llama diferentes
Lo que está en azul y gris participan en proceso de transcripción y las llamamos factores
de transcripción (cuando hablamos de factor estamos hablando de una proteína)

TF por factor de transcripción y al lado llevan la letra depende a la fase a la que


corresponden
- I inicio
- E elongación
- T terminación

5’ UTR= región que se encuentra arriba del codón de


inicio. UTR significa región que no se traduce porque la
secuencia que estan ahi no hacen parte de la proteína.
3’UTR= shine dalgarno = secuencia de unión al
ribosoma porque permite que el ARNm pueda unirse a
la subunidad menor del ribosoma y si se une sin el shine
dalgarno se codifica una proteína no funcional.

Para que pueda darse la transcripción de lo que está en el ADN debe empezarse en un
punto específico que es el sitio de inicio de la transcripción SST; y de ahí en adelante es
de donde se transcribe. Este sitio de inicio de la transcripción se denomina +1 y todo lo que
es esta a la derecha de +1 le sigue en orden y son positivos, es decir, +2,+3 también
llamado todo lo de la derecha corriente abajo. Lo lo que está a la izquierda de +1 es
negativo también llamado todo lo de la izquierda corriente arriba. No existe el punto cero,
es decir , a la izquierda no le sigue 0 si no -1.

→ secuencias consenso: hablamos de conservarse y que


son secuencias conservadas y esto es que en muchos genes
de los procariotas la región -10 y -35 la secuencia puede ser
similar. Dentro del promotor están las zonas -10 y -35. La
región del promotor = regula la expresión del gen. Se
encarga de que se copie o de que no se copie la información
para ARNm ; puede inhibir y no inhibir porque regula.

Caja TATA es la secuencia -10 (TATAAT)


Secuencia -35 TAGACA o TAGAAT

En el ARNm también hay sitio de inicio para la traducción y es AUG


habitualmente
corriente arriba de del sitio de inicio está la secuencia shine dalgarno

la molde sirve para replicar


pero la que en verdad tiene los
genes es la codificante → la
que se usa para la sintesis de las proteinas.
En la proteína no hablamos de extremos 5’ y 3’ sino de N (por el grupo amino) y C (por el
grupo carboxilo) - cada triplete es una aminoacdo
el primer aminoacido durante el proceso es una metionina y seimpre culmina con un codon
de culminacion. Si no sale de primero metionina es la molde y no sirve porque esa no se
lee.

orf: cualquier region de un genoma en el cual puedes idenitficar los codones de inicio y de
terminacion, puede tener la informacion hasta a más de un gen

Factores sigma que se unen a la ARN polimerasa para formar la holoenzima


En la region promotora hay dos
zonas concenzo y hay una enzima
de transcripccion (adn depend. de
arn polimerasa) y se encarga sola
de transcribir a todos los genes ya
sea para ARNt, ARNm, ARNr. El
promotor es reconocido por esta
enzima pero la polimerasa es una
enzima muy compleja y no
encuentra facilmente el promotor
entones ella se ayuda de unas
proteinas que son fatores de
transcripccion llamados factores
sigma que se encargan de
reconocer la zona promotora. El
factor sigma es el que encunetra a la region promotora y se une al promotor y es ahi donde
la polimerasa reconoce al sigma y se pega a sigma, de lo contrario no se ensamblaria el
complejo enzimatico.

En procariotas hay varios factores sigma:


- sigma70: el más usado
❏ reconoce las secuencias que salen en el cuadro.
❏ house keeping
- sigma 32: usa choque termino
- sigma 24: varia entonces no se sabe las secnuencias
- sigma 54: nitrogego: normalmente lo hacen las leguminosas
- sigma 28: genes que codifican para flagelina

los genes se dividen en dos grandes grupos:


- housekeeping: mantenimiento interno de la celula, son escenciales para la vida
celular. por ejemplo: todos los genes que participan en la ruta metabolica de ATP, los
que hacen hemolisis(?).
- genes especiales/consitutivos: que no son para mantener viva a la celula sino le
dan carcateiriticas importantes pero no esenciales para la vida, es decir , si la
bacteria no tiene es gen no se va a morir. por ejemplo: proteccion a cambios bruscos
de calor.
[cistronico (gen)]
En procariotas en un solo ARNm podemos encontrar info para más de una priteina = ARNm
policistron y por ende producen más proteinas que las eucariotas porque en un solo round
se producen varias proteinas.

ADN con info para un más de un gen se llama operon

operon: Una estructura del genoma q presenta una zona de inicio, de terminacion y entre
esas dos zonas varios genes. Todos ellos regulados por el mismo pormotor.
Cuando se da el proceso de transcripcion se produce un ARNm que contiene la info para
más de una proteina. dependiendo del operon : el lac: el más estudado porque fue el
primero que se conocio y solo tiene tres genes, es decir, hay tres genes que estan
regulados por el mismo promort y la misma zona terminadora. cuando se produce el arnm
ese tiene la info para las tres porteinas que podran ser leidas al mismo tiempo. pero hay
operones que tienen más de tres genes.
cuando hay ARNm para más de una proteina se llama policistron
cuando es para unica proteina se llama monocistron

espaciador es la distancia que hay entre la region -35 y -10 o entre region -10 (que sea
-10 no significa que hayan 10 nucleotidos antes, es alrededor de eso) y RNA start
(primer nucleotido)

TATAAT: Secuencia ideal

las subunidades de la arn polimerasa ya estan sintetizadas pero no unidas como


holoenzima , se unen en el momento de a sintesis.
- sigma puede cubrir 70 nucleotidos en el adn
Como ya sabemos la transcripccion se da
en etapas.
iniciacion:la unidad sigma recnooce las
zona consenso (-35 y -10) , se une a ellas y
ahi el resto de subunidades se van a unir a
sigma. Sigma se une a las dos hebras y las
separas
inicio de la transcripcion: a partir del
punto +1. siempre que se lleva a cabo la
transcripcion se llevan una serie de
transcriociones abortiva: cuando se esta
llevando a cabo el proceso de sintesis de
arn, la polimerasa comienza a desplazarse
a paritr del promotor y a partir del punto +1
comienza a sintetizar arn complementario.
Si no logra atravesar un giro de vuelta se va
a desprender del adn dejando un arn
peqiueño de 9 ribonucleotidos que no logran
mantenerse unidos por puentes de
hidrogeno al adn (un hibrido) y como se
desprende la celula lo va a degradar.
Entonces vuelve y se repite el proceso de
que la polimeraasa se une y si logra hacer
el primer giro de vuelta. Apenas hace el
primer giro de vuelta termina la etapa de inicio y sigma se desprende porque ya no sirve.
Enlongacion: significa alargar. copia la info y sintetiza el ARN hasta que llegue a la region
terminadora. copia la hebra molde.
Terminacion:mediante dos porceso diferentes puede terminar.
- estructuras de bucles y tallos: se
crean estas estructuras lo que va a
dificultar que la arn polimerasa se siga
desplazando y se desprende la enzima.
- por factor Rho: con ayuda de una
proteina adicional llamda Rho. es una
enzima formada por seis sub unidaes
(hexamero). Tiene afinidad por el
extremo 5’ y se sube en el extremo y
comienza a desplazarse hacia el
extremo 3´ y se dispone en la union de
la enzima polimerasa con el arn y lo
desprende. como pesa tanto lo jala y lo desprende del complejo. El factor RHO
alcanza al extremo 3’ del ARN, y
este va a degradar los enlaces de hidrogeno que unian la cadena molde con su ARN
complementaria, liberando la cadena.
En eucariotas:
- gen eucariota: totalmente diferente del procariota
- Hay tres enzimas para la transcripción porque hay una que se encarga del ARNr,
otra de la síntesis del ARNm y la otra del ARNt y pequeños
➔ porque hay adn en organelos (mitocondrias, cloroplastoss)
➔ por la cromatina (heterocromatina y eucromatina)

se sintetiza un unico ARNr que se llama : pre-rRNA y de ese


se van a obtener los diveris tipos de ARNr que necesita la celula
alfa amantina: toxina producida por un hongo.

hnRNA: heteronucleor: sintesis de los ARN que se van a convwrtir en ARNm


snARN: arn pequeños nucleares
ES DE 20% - 40%porque lo afectan muchas cosas como las transcripciones abortivas,
proteinas que paran la sintesis y la alfa-amanitina.

la mayoria de los sn los sintetiza la polimerasa III

- En solo ARNm con más de una info para una proteina y se llama monocistron
- Hacen corte y empalme pero en procariotas no porque no tienen intrones o por lo
menos la mayoria .

arn primario: con intrones y exones


arn maduro: solo exones (se quitam los intrones mediante un proceso enzimatico complejo.
muchas enfermedades estan ocasionadas porque hay una deficiencia en la maduracion del
arn mensajero. por ejemplo: la distrofia muscular.)

las mutaciones son importantes de tener en cuenta ya sea que ocurran en los intrones o
exones. porque las regiones no coficntes juagn un papel importante en la regulacon
1. adicion del capuchon al extremo 5’(son residuos de guanosina): protector del
ARNm. La adicion se da de 5’ a 5’ (LA UNION 5’-5 ’forma un gancho que cumple
varias funciones como protector y sirve para ubicarlo correctamente en la sub menor
del ribosoma. ) El ribonucelotido que esta en extemo 5’ esta en froma trisfosfato =
siempre ingresan asi
En la formacion del cap particiapn tres enzimas:
- ARN trifosfatasa: quita un grupo fosfato. Factor de enlongacion esta en el
extremo 5’ y va ser inducido por ella
- Guanililtransferasa: tranfiere la guanina o residuo de guanosina al extremo
5’
- Metiltransferasa: metila el extrema 5’ para resguardar el ARNm .
2. adicion de la cola poli A: poliadenilacion = adicion de una secunecia de adenosina
en el extremo 3’ y es una señal de corte e indica que ya esta cercano el sitio en
donde va a culminar el proceso. Polimerasa que se encarga de añadir extremos de
adenosina en el extremo 3’ que es lo que forma la cola poli A. Esta enzima marca la
zona donde se debe realizar el corte.
3. exircion de la los intrones y empalme de exones: las zonas donadoras saben
donde inicia y la zona aceptora donde termina el intron y son las aceptoras del
intron. La ribosma quita los intrones y luego se pegan los exones. En el intron se van
aunir las U1 U 2, Y3 y van a recnocer la region del intron y se va a dar un corte. Va a
haber una secuencia que es lo que posibilita que se empalmen los exones.
4. ARNm es transportado del núcleo al citoplasma para que se una a la subunidad
menor del ribosoma y luego a la submayor.
ARNr : se sintetiza en el nuceleolo.
en la subunidad menor solo hay un ARNr
en la subunidad mayor peden haber hasta tres ARNr, pero realmente tiene 2.
Todos a excepcion del 5s vienen del ancestral que es el pre-rARNP.(es el pre-RNAr 40s
pero con las proteinas)
pre-rARNP 80s debe sufiri una serie de cortes para convertirse en ARNr maduro

ARNt
se parecen mucho, la unica diferencia es en la region?? no se entendio.

Regulacion de la transcripcion procariota

La regulacion se da por el sistema operon lac


- la regulacion puede ser por induccion , es decir, que una molecula induce a la celula
a que haga la expresion de los genes del operon: up-regulation:
- regulacion por bloque: una molecula que induce a la celula a silenciar el gen: down
regulation
Todos los operones tienen un secuencia corrinete abajo del promotor llamada operador =
una secuencia de ADN a la cual se va a unir la proteina que se encarga de regular la
expresion de los genes, es decir, al operador se le va a unir la molecula que va a inducir o
bloquear la expresion de los genes.

El regulador del operon lac es el operon lacI = gen q cuando se expresa sintetiza una
proteina represora.
- Bloquea la expresion de esos genes.
- Esta ubicado corrinete arriba del operon lac y esta muy lejos de el.

Cuando se expresan los genes del operon lac va a originar 3 proteinas diferentes:
- betagactozidasa: codificada en el gen lac Z
- permeasa: codificada en el gen lac Y
- transacetilasa: codificada en el gen lac A

Operon inducible: Ejemplo = Lac


[Sin lactosa en medio:] En la bacteria su gen
regulador LacI → se expresa, se transcribe
y se produce un RNAm que llega al ribosoma
y se lleva a cabo el proceso de traduccion
que da lugar a una proteina (LacI) que es
represor, por ende, tiene afindad por el
operador y se une a el. Cuando se une a el
se bloquea el promotor y la ARN polimerasa
que debe reconocer las zonas concenzo del
promotor no lo hace y no se une y no habra
expresion de los genes del operon. El
represor esta haciendo eso cuando no hay
lactosa porque si no hay lactosa para que va
activar unos genes que no se van a usar.

[Con lactosa en medio:] Tiene que


aprovecharla como nutriente. El gen se va a
expresar y se va a producir una proteina
represora trata de unirse al operador pero
como hay lactosa presente el represor tiene
una alta afinidad por la lactosa entonces el
represor se une a lactosa y cambia la
estructura 3D del represor que ya no va a ser compatible con el operador. Entonces el
promotro quede libre para que la ADN polimerasa se una a el. Se comienza el proceso de
sintesis mensajero que va a tener la info de los tres genes y se lleva a cabo la sintesis de
las 3 proteinas necesarias para que se haga uso de la lactosa
- beta galactosidasa: como la lactosa es un disacarido, ella permite el rompiendo sus
enlaces para volverlo monosacarido y permitir que entre a la bacteria
- proteina transportadora-permeasa: ayuda a la bacteria a introducir esos
monosacaridos a la celula
- transacetilasa: no se sabe porque hace parte del operon porque no tiene funcion en
el proceso
Operon represible Ejemplo = Tirosina

- Mucho más grande que el lac


- Tiene 5 enzimas
- 5 genes regulados por el mismo
promotor y el mismo terminador. Todos
estos genes producen enzimas que
participan en la ruta metabolica del
triptofano. El triptofano es un aminoacido
sinetizado por bacterias y necesario para
ellas. Los humanos no lo sintetizan lo
cogemos de las bacterias o alimentos.

[Sin triptofano en el medio y tiene que


sintetizarlo:] El operon triptofano tiene
un regulador y cuando se da el proceso
de transcripccion y traduccion se produce
una proteina que es el represor
triptofano. Este esta inactivo por que su
estructura 3D no encaja con el operador.
Si este represor no se une al operador y
la ARN polimerasa puede unirese al
promotor y sintetizar la cadena ARNm
que van a paritipar en la sintesis del
tripotfano.

[Cuando hay demasiado triptofano en el medio en el que esta creciendo la bacteria:] El


regulador o represor tiene alta afindad por el triptofano y se va a unir a el y asi la
estructura 3D va a cambiar y de esa froma si puede unirse al operador y bloquea para que
la polimerasa no pueda unirse al promotor y no se produzcan los genes. Por que para que
lo va a sintetizar ai ya hay demasiado en el medio.

Regulacion de la transcripcion eucariota


Moleculas que van a actuar con activadores y van a encontrar un sitio al cual unirse.
Habran :
- coactivadores para inducir la expresion
- represores:
bloquean la expresion de
genes.

No esta del todo seguro


como se regula la
expresion genica eucariota
por eso existe
enfermedades como el
cancer.
a. secuencias corriente
arriba del promotr
- UAS: es una secuencia
activadora, es inductura y las
proteins que se unan a a ellas
haran induccion
- silenciador: secuencias
de ADN en donde se unen
proteinas que van a bloquear la
- expresion de los genes.

b. enhancer/potenciador:
Secuencias en ADN que
aceleran la expresion del gen y
hace posible que se exprese.
Pueden estar en diferentes
regiones del gen: pueden estar
corriente arriba o corriente
abajo.

hay elementosn de respuestas que tambien regulan y normalmente estan corrinwtw arriba.

- activadores [inductores]: se unen


con los enhancer inducieno la expresion del
gen
- represores [reprimen]: se unen con
los silenciadors y bloquean la expresio del
gen
- coactivadores: regulan las proteinas
= se unen a los activadores o reprsores para
regular la actividad
- facores de transcripcion: se unen a
la region promotora y regulan la ARN
polimerasa.

Una forma optima de regular la expresion


genica en ADN grandes es aisalndo la
region que se esta regulando enonces se
formas esos bucles (lo amarillo) para que de
esta manera se regulen un gen especifico.
Los enhanceres foomran los bulces
Transcripcion reversa: VIH- retrovirus
membrana: que se fusiona con la celula que a a infectar
capside: de tipo proteico
material genetico: ARN que tiene una transcriptasa reversa que
va de ARN a ADN

Transcriptasa reversa:
- nucleasa: degra acidos nucelicos
- polimersa: sintetiza adn teniendo como molde arn
- trasncriptasa reversa: va de ARN a ADN y esto hace posiblle que tome el ARN
viral de una sola hebra y convertirlo en ADN se una sola hebra y luego sintetizar un
ADN complemntario a ese ADN inical es decir volverlo de doble hebra e integrarlo
con la integrasa.

Pasos:
1. Se usa la ARN dependiente a ADN polimersa para volver ARN a ADN. Ahí lo que
tenemos un hubrido .
2. Depsues se activa la segund subunidad de la enzima que es ribonucleasa: degrada
el ARN y deja la molecula de ADN recien sintetizada.
3. Se activa la tercera subunidad de la enzima que es ADN dependeinte a ADN
polimerasa para sintetizar ADN comlpementario fromandolo de deoble hebra
4. Depues la inegrasa inserta la molecula de ADN viral dentro del hospedro.

Tipos y funcion de ARN pequeños


Durante las transcriociones abortivas se dan estos ARN pequeños. Tambn la ceula los
sintetiza programadamente porque tienen la funcion de regular la expresion de los genes,
es decir, puede bloquear o inducir la sintesis de una proteina. Hay dos grades grupos:
- micro ARNs: se transcribe y se froma un ARN que se pliega sobre si
mismo formando tallos y las zonas que no son complemntarios entre si
fromaran bucles. Un proteina DICER corta el ARN en fragmentos que
luego van a ser procesados por un complejo silenciador (RISC) que va
a tomar los frgmentos y se queda con un fragmento que entra en RISC
(la hebra que no tiene sentido, la complementraia se degrada). El
fragmento de ARN se va a unir con un ARNm (no son completamente
complementarios) que es al que va a regular. Risc va a inducir el
silenciamiento en el ARNm ubicando el micro sobre el mensajero y no
podra ser leido. Se va a bloquear la expresion de la proteina.

- ARN pequeño de interferencia / siARN: se va a


producir ARN de doble hebra porque son regiones diferentes de
los genes. Cogemos un gene cualqueira y se va a producir a
partir del corte de intrones ARN que sean complemntarios entre
si entonces se armaran ARN de doble hebra. La proteina
DICER tomara ese ARN y lo corta en fragmentos y el complejo
RISC secarta una de las dos hebras y lo utiliza para impedir que
se lleve a cabo el final de la expresion genica y esto lo hace
unendose al ARNm en donde va a ser completamente
complementario a este y se va a formar una doble hebra. Esto
induce la degradacion de el.

Diferencia entre a micro e inter


micro arn: provinene de genes. Existen genes en el genoma que codifican
(tiene una carcteristica: en la secuacia codificante hay una secunecia que
esta invertida, que las secuancias en cada lado son complemntaria) para
ellos.
- Es sumamente pequeño
interferencia: no provienen de genes sino de diferentes partes del genoma
por ejemplo de las regiones intron. cuandno los intrones se exinden y se
empalman los exones = de ahi pueden salir.
- son mucho más grandes que los micros

Traduccion del ARN = sintesis de proteinas


En eucariotas el proceso se incia en el ncucelo
y termina en el citoplasma. El ARNm maduro
sale al ciotoplasma se une a la subunidad
menor del ribosoma que esta mediada por el
cap del ARN eucariota en el extremo 5’. Luego
se ensambla la subunidad mayor que ya viene
con el ARNt (tiene el anticodon). La aimnoacil
RNAt sitetasa se encargan de carargle al
aminoacio al ARNt (es inmaduro sin la enzima)
. EL ARNt activa se une al complejo del
ribosoma y se da el proceso de sintesis.
En procariotas se lleva todo a cabo en el citosol y es mucho más rapido. Cuando se esta
sintetizando el ARNm y y la polimerasa pasa por el 5’ la subunidad menor se une al extremo
5’ porque queda libre, entonces los dos procesos se dan al tiempo.

El ribosoma: el eucariota tiene mayor densidad qu el procariota.


Procariotas:
Coef de sedimentacion al ensamblarse: (70s) no
en la suma de los dos
● Subunid mayor: sedimentacion: 50s, dos
ARNr uno 5s y el otro 23s
- Proteinas en subunid. mayor se llaman
‘’L’’= large → 41 proteinas dif
● subunid menor: sedimentacion: 30s, 1
ARNm de 16s
- 21 proteinas llamadas ‘’S’’ = ‘’short’

Eucariotas
Coef de sedimentacion al ensamblarse: (80s) no
en la suma de los dos
● Subunid mayor: sedimentacion: 60s, 3
ARNr (no siemore tiene 3 depende de la
celula en la que se encuentre uno 5s y el
otro 28s
- 50 proteinas
● subunid menor: sedimentacion: 40s, 1
ARNm de 18s
- 33 proteinas

Estructura de poliribosomas / polisomas: ARN que esta siendo leido por varios
ribosomas al tiempo y esto pasa dependediento de la necesidad de la obtencion de la
proteina y de la cantidad que se necesite.

CODIGO GENETICO (es degenerado o aberrante = que no es exacto) : codones tripletes


- Cambian los nucleotidos a los aminoacidos.
- Tres nucleotidos codifican para un amonoacido.
columna izquierda es la primera letra del triplete
parte de arriba: segunda base del triplete
columna de la derecha : tercera lera del triplete

Hay 64 tripletes y solamente 61 codifican para aminoacidos


los codones de terminacion no codifican: UAA,UAG, UGA
Todas las proteinas comienzan con metionina AUG. Pero
la protiena sufre cambios y muvhas vece spoerde ese
aminoacido
Aceticacion del ARNt en los procariotas: si el primer aa de la cadena proteica es una
metionina sufre una transfromacion a fromil metionina. En e extremo 3’ una enzima le
agrega el fotmil. Aminoacil sintetasa sube la metionina al extremo 3’. Posteriormente, es
que se le va a adicionar el grupo fromilo y le quedara una formil metionina.

Proceso traduccoin en procariotas


Inicio: union de ARNm a la sub menor se la por shine dalgarnon. en eucariotas no hay
shine dalgarnon entonces la union se da gracias al CAP que es un gancho.

El primer ARNt se ubica en la zona P, luego el resto se ubica en el A

Entre cada aminoacido hay un enlace y los ARNr de la subunidad mayor va a cumplir
funcion de ribosima (enzima) y se va a dar la funcion peptil transferasara y se va a dar un
enlace entre el grupo craboxilo de un aminocido y el grupo amino del otro aminoacido. Al
darse esa union se libera en ARNt que estaba en la zona E y el que estba e la zona P pasa
a la zona E.

Para la traduccion la fuente de


energia es GTP. tambien se una
ATP pero se NECESITA el GTP para que se lleve a cabo.

factor de liberacion: funciona la final del proceso de sintesis de proteinas. existe un codon
de terminacion que despues de el se le va a unir el factor de liberacion que funciona como si
fuese una cuña : se ubica en la zona donde esta el codon de terminacion esa cuña separa
las dos subunidades del ribosoma, esa separacion induce al la terminacion del proceso de
sintesis. y se libera la rpoteinas solubles en el citoplasma. puede tener una señal en cso que
vaya a cumplir alfuna funcion. o puede darse el proceso de terminacion porque la protina
que se une a un receptroe a nivle de la membrana del reticulo endoplasmico encontces esa
secudencia señal s emodifica por que see añaden grupos funcionales o moleculas como
lipidos y en froma se vesicula son enviados donde se va a cumplir la funcion.

en el P es donde de va acumulando los aa.

Modificaciones Postraduccionales en eucariotas: para convertirse en proteinas


funcionales
La mayoria de las proteinas recien sintetizadas no son activas y deben sufrir unas
modifiaciones para poder activarlas y esas modificaciones son las:
● proteolisis: ruptura de la proteina, se rompen enlaces peptidicos entonces se
disminuye el numero de aminoacidos y se vuelve más pequeñay se esa manera se
puede plegar y la
● donde la proteina s ele unen moleculas como acidos grasoso o lipidos y froma
lipoproteinas (prenilacion) o carbohidrtos (glicocilacion) : adicion de moleculas
compleja.
● se le unen proteinas en especifico una ubiquituna que es una proteina peueña y
siemroe que una proteia tiene ubiquitina la celula la usa como marcaje para
degradarlas porque no es funcional
● sumo y es un modificador pequeño y similar a laubiquitina . esta tambien la mrca
par a que se puedan llevar a cabo prcesos en lugares especificos de la celula.
● La ultima es adicion de grupos funcionales como adicion de grupos metilos , fosfto
(fosforilacion) o acetilos

son muy pocas que no necesitan estas modificaciones para ser funcionales.
modificaciones que sufren las proteinas bacterianas
● hidroxilacion: de ahi es de donde sale la hidroxipolina (grupo hidroxilo + prolina)
● metilacion: adicion de grupos mwtilos y se añadena los residuos de los
aminoaciods lisina y arginina
● prenilacion: adicion de lipidos que normalmente se ven en los extremos N y C pero
que oueden estar en cualquier zona de la proteina
● acetilacion: adicion de grupo acteilo. se da en el extrmo N o en los residuos de
lisina.
● formacion de puentes de disulfruo: uniones covalnetes entre dos residuos de
cisteina.
● sumoilacion: adicion de proteinas sumo con la finalidad de marcarla para que sea
funcional. en sistios especificos de la celula
● ubiquitacion: la un¡bitina sirvw para marcar a la proteina a un residuo de lisina y es
para degradarla por que tiene un daño y no es funcional.
● glicosilacion: adicion de carbohidratos al nitrogeno o carboxilo de una cadena
lateral de un aminoacido, es decir, el proceso de glicosilacion se da al interior de la
proteina
● fosforilacion: adicion de grupos fosfato a un residuo de resina , treonina, o trirosina
Destino de las proteinas que ingresan al reticulo endoplasmico rugoso:
existe un cpmlpejo: SRP[particula recoocedora del peptido señal]: es ribonucleico, es decir,
arn unido a unas proteinas, lo encontramos en porcariotas y eucariotas. y esta fromado por
6 proteinas.
p 54: se encarga de reconocer los residuos de metionina en la proteina que se esta
sintetizando
p 19: relacionada con el ensamblaje de todo el complejo
p72 y p 68: relacionadas con el proceso de traslocacion de la proteina quiere decir que
cuando se esta sintetizando la proteina y este complejo P68P72 se une a la secunencia se
ñal , la lleva hast los poros que hay en la membrana del reticulo endoplasmico.
p9 y p14: en cragadas de unirse al ribosoma
ARN pequeno:

scraoy es no constitutiva, jo se traduce ni transcribe