Después de hacer la carrera militar en España e intervenir en algunas
campañas europeas, en 1543 Blasco Núñez Vela fue nombrado primer virrey del virreinato del Perú por Carlos V, con el expreso cometido de aplicar las Leyes Nuevas. Con esta nueva legislación, que había sido promulgada el 20 de noviembre de 1542, la monarquía española quiso poner coto al poder y los abusos de los encomenderos y afianzar más sólidamente su autoridad, y también velar por la población nativa, influida en esto último por la prédica de Bartolomé de las Casas, tenaz defensor de los derechos de los indígenas en América y crítico virulento de los encomenderos. Blasco Núñez Vela llegó el 15 de mayo de 1544 a la ciudad de Lima, a la sazón atenazada por las disensiones y disputas habidas entre los conquistadores Francisco de Carvajal, Gonzalo Pizarro y Cristóbal Vaca de Castro, antiguo gobernador del territorio. El enfrentamiento más encarnizado lo protagonizaban estos dos últimos, Gonzalo Pizarro como pretendiente del gobierno del Perú, y Cristóbal Vaca de Castro como defensor de sus privilegios. Pero la actuación de Núñez Vela no hizo más que agravar la situación. A pesar de la buena acogida y disposición de Vaca de Castro, Núñez Vela le encarceló primero en el propio palacio, para más tarde ordenar su confinamiento en un barco atracado en El Callao.