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1 Au commencement était l’atome

De quoi sommes-nous constitués ? De matière, certainement, et de beaucoup d’eau entre
autres !

Mais de quoi cette matière est-elle faite ? Qu’est-ce qui lui permet de se transformer ?
Pourquoi l’eau peut-elle geler ou s’évaporer ? Qu’est-ce qui change et qu’est-ce qui est
permanent ? Toutes ces questions taraudaient déjà les philosophes grecs, il y a bien
longtemps.

Au 5e siècle avant Jésus Christ, Empédocle d’Agrigente avait proposé l’existence de quatre
éléments fondamentaux : l’eau, l’air, la terre et le feu. Cette idée a été reprise et propagée
par Aristote un siècle plus tard. Et cette idée a survécu jusqu’aux temps modernes grâce à la
contribution des alchimistes.

L’eau, la terre, l’air, le feu : cette combinaison plaisait aux poètes mais elle est bien oubliée
des scientifiques actuels. Nous parlons maintenant de molécules, d’atomes et de noyaux.

L’idée de l’atome vient de deux concurrents d’Empédocle: Leucippe et Démocrite. Ils vivaient
sur la côte nord de la mer Égée, à Abdère. Pour eux, l’atome est la plus petite partie de la
matière. Littéralement, c’est ce qu’on ne peut pas couper.

La matière serait donc faite d’atomes séparés par du vide. En s’associant, les atomes
constituent tout ce qui nous entoure. En se séparant puis en se réassociant autrement, ils
permettent à la matière de se transformer.

C’est d'ailleurs ce que dit Lucrèce dans un long poème en latin au 1er siècle avant Jésus-Christ:
« Dans les corps, on distingue les éléments premiers des choses – comprenez, les atomes - , et
les objets formés par la réunion de ces principes ».

C’est essentiellement au 19e siècle que l’idée que la matière est constituée d’atomes a été
reprise, avec tous les développements et les progrès scientifiques que nous connaissons
depuis. Le chimiste anglais John Dalton a été un fervent défenseur de cette idée géniale.

Mais comment les scientifiques voient-ils actuellement les choses ?

Prenons l’exemple d’un morceau de glace. Imaginons que nous fassions un zoom sur ce
glaçon: un zoom impressionnant en le grandissant 100 millions de fois. Voici à quoi la glace
peut ressembler à cette échelle ! Il s’agit là d’un modèle.
Que voyons-nous ? Des atomes qui sont représentés en couleur. Par convention, les atomes
d’hydrogène sont en blanc. Les atomes en rouge, ce sont les atomes d’oxygène.

Chaque atome d’oxygène est fortement lié à deux atomes d’hydrogène pour former un
assemblage que l’on appelle une molécule d’eau. Une molécule, c’est un assemblage d’au
moins deux atomes.

Par exemple, l’oxygène que nous respirons est constitué de molécules contenant deux atomes
d’oxygène : pour être précis on parle alors de dioxygène.

Comment les atomes se lient-ils pour former des molécules ?

Excellente question, mais soyez patients !
Nous en reparlerons à la fin de ce premier module !

Que voyons-nous d’autre sur cette image ?

On peut y voir des traits interrompus entre l’atome d’oxygène d’une molécule et un atome
d’hydrogène d’une autre molécule. Ces traits représentent les fameux ponts hydrogène.

Ces ponts hydrogène maintiennent une certaine cohésion entre les molécules et les
empêchent de trop s’éloigner les unes des autres. Cependant, les ponts hydrogènes sont
moins fermes que les liaisons entre atomes au sein d’une molécule. A cause des ponts
hydrogène, l’eau est liquide à température et pression ordinaires.

Ces ponts hydrogène sont aussi en partie responsables des structures adoptées par les
protéines et par les acides nucléiques. Vous savez : les fameux ADN et ARN. Sans ponts
hydrogène, pas de vie ! Sans vie, pas de MOOC chimie ! Et pas de MOOC Chimie, ça serait bien
triste n’est-ce pas ?

Actuellement, on connaît 118 types d’atomes différents qu’on appelle "éléments".

Tous ces éléments ne sont pas stables. Certains, en particulier les plus lourds, sont radioactifs
et se décomposent très vite.
Ces éléments ne sont pas abondants de la même façon.

En fait, l’essentiel de la croûte terrestre ou du corps humain, est constitué d’un nombre assez
limité d’éléments.
10 éléments se taillent la part du lion pour la croûte terrestre.
Et pour le corps humain, c’est aussi 10 éléments mais pas avec la même répartition.
Dans ce cas, l’oxygène, l’hydrogène et le carbone occupent les marches du podium.

Mais, pourquoi ?

Le corps humain contient 60% d’eau. Il y donc beaucoup d’atomes d’hydrogène et d’oxygène
associés en molécules d’eau. Les atomes de carbone, eux, sont présents dans les principales
molécules indispensables à la vie : acides nucléiques, protéines, glucides (sucres) et lipides
(graisses).
Vous aurez peut-être remarqué que chaque élément est désigné par un symbole constitué de
1 ou 2 lettres. La première lettre est toujours une majuscule. La deuxième, si il y en a une, sera
toujours une minuscule. En principe, ces symboles sont directement dérivés de la ou des
premières lettres du nom de l’élément.
Quelques exemples ?
H pour l’hydrogène, O pour l’oxygène, C pour le carbone, Ca pour le calcium, Cl pour le chlore.
Parfois il faut passer par d’anciens noms. Nitrogène pour l’azote, d’où le symbole N.
Ou alors il faut passer par le latin : Natrium pour le sodium, d’où le symbole Na. Ou encore
Kalium pour le potassium, avec son symbole K.

Avec un peu d’exercice et de mémoire, vous les retiendrez sans même vous en apercevoir,
vous verrez !

Revenons quelques instants au 19e siècle.

A côté de John Dalton, premier héros de la théorie atomique, nous avons un deuxième génie,
un chimiste russe : Dmitri Mendeleïev. Mendeleïev a proposé une organisation logique des
éléments en familles possédant des propriétés similaires. C’est ainsi que le fameux tableau
périodique des éléments voit le jour. Les éléments se situant dans une même colonne, c’est
à-dire dans la même famille, présentent certaines similarités.

Par exemple, le sodium et le potassium, ou encore le chlore et le brome.

La version récente que vous voyez ici est plus complète que celle de Mendeleïev mais la
structure reste la même. Et plus récemment, en 2016, 4 nouveaux éléments ont été
découverts grâce à une importante collaboration internationale. Affaire à suivre…

Résumons un peu ! Qu’avons-nous appris ?

L’atome est une idée antique, née au nord de la mer Égée.

Ce n’est qu’au 19e siècle qu’elle a pris son essor et que des scientifiques comme Dalton lui ont
assuré une solide base expérimentale.
Il y a plus de 100 types d’atomes différents – appelés « éléments » – mais seulement une
dizaine sont vraiment abondants sur terre et dans les êtres vivants.
Dmitri Mendeleiev a organisé les éléments en familles, c’est les colonnes du tableau
périodique.

Les atomes peuvent s’associer pour former des molécules. Ces molécules sont généralement
assez stables.
Enfin, il existe des forces, par exemple les ponts hydrogène, qui assurent la cohésion entre les
molécules. Ça explique pourquoi certaines substances sont liquides, d’autres gazeuses et
d’autres solides dans des conditions données.