Bioquímica I

Cuestionario

Tema: ÁCIDOS NUCLEICOS

1. Defínanse los siguientes términos:

a) Genética.- Es el área de estudio de la biología que busca comprender y explicar

cómo se transmite la herencia biológica de generación en generación. Se
considera una de las áreas fundamentales de la biología moderna, abarcando en
su interior un gran número de disciplinas propias e interdisciplinarias que se
relacionan directamente con la bioquímica y la biología celular.
b) Replicación.- Es el mecanismo que permite al ADN duplicarse (sintetizar una
copia idéntica). De esta manera de una molécula de ADN única, se obtienen dos
o más "réplicas" de la primera.
c) Transcripción.- Es el primer proceso de la expresión genética, mediante el cual
se transfiere la información contenida en la secuencia del ADN hacia la
secuencia de proteína utilizando diversos ARN como intermediarios.
d) Esqueleto azúcar-fosfato.- Ubicado en el exterior de la hélice que lleva cargas
negativas en los grupos fosfato. In vitro, el ADN en solución las cargas se
neutralizan por la unión de iones metálicos, típicamente por Na+. In vivo, las
cargas son neutralizadas por proteínas cargadas positivamente. Estas proteínas
juegan un papel muy importante al determinar la organización del ADN en la
célula.
e) Bacteriófago.- Los virus son moléculas de DNA o RNA rodeadas por una
envoltura proteica que necesitan células viables para poder replicarse. Los virus
utilizan la maquinaria metabólica de las células para sintetizar su material
genético y proteínas de la envoltura. Existen distintos tipos de virus que pueden
infectar células procariontes o células eucariontes. Los bacteriófagos o fagos son
virus que se reproducen en células procariontes.
2. Existen varias formas estructurales del DNA. Mencione y descríbase cada una.
DNA A
Cuando el DNA se deshidrata parcialmente el número de moléculas de agua unidas a
cada nucleótido disminuye a unas 13 o 14, los pares de bases no se encuentran
formando ángulos rectos con el eje hélice, si no que se inclinan 20 grados además la
distancia entre los pares bases adyacentes se reduce un poco.
DNA B
Estructura descubierta Watson y Crick, representa la sal sódica del DNA en condiciones
de humedad elevada.
DNA Z
Muy diferenciada de la estructura B es más angosta, esta enrollada en espiral levógira,
3. Descríbase la estructura de orden superior del DNA que se denomina
superenrollamiento.
El supererollamiento es un proceso en el cual el DNA se dobla y se tuerce para aliviar la
tensión, permitiendo el empaque de las cadenas de DNA en cromosomas compactos.
El superenrrollamiento del DNA consiste en que una larga molécula lineal de DNA se
encuentra sobre una superficie plana. Tras juntarse los extremos, estos se sellan para
formar un círculo desplegado. Debido a que esta molécula está sellada sin regiones
laxas o sobregiradas, la hélice está relajada y permanece plana sobre una superficie. Si
la molécula circular de DNA relajada se sujeta y se enrolla unas pocas veces, adopta la
forma de superenrrollamiento.
4. Defínanse los siguientes términos:
Reglas de Chargaff.- La ley de Chargaff se basa en la relación cuantitativa de
los nucleótidos que forman la doble hélice del ácido desoxirribonucleico (ADN),
establece que la cantidad de adenina (A) es igual a la cantidad de timina (T) y la
cantidad de guanina (G) es igual a la cantidad de citosina (C), es decir, el
número total de bases purinas es igual al número total de bases pirimídinas
(A+G = C+T).
Efecto hipocrómico.- La disminución de la absorción de la luz UV disminuye
aún más cuando se forma la doble cadena. Este fenómeno se denomina efecto
hipocrómico y la desnaturalización provoca el efecto contrario, es decir, un
incremento de la absorción de la luz (efecto hipercrómico).
Transposón.- Elemento genético transponible es una secuencia de ADN que
puede moverse de manera autosuficiente a diferentes partes del genoma de
una célula, un fenómeno conocido como transposición. En este proceso, se
pueden causar mutaciones y cambio en la cantidad de ADN del genoma.
Familia Alu.- Las secuencias Alu es el resultado aparente de un
retrotransposición donde en el momento de su inserción la mayoría de los
nucleótidos se conservan idénticos. 
Transcriptoma.- Las lecturas de genes se llaman transcritos, y un transcriptoma
es una colección de todas las lecturas de genes presentes en una célula.
5. Escríbanse tres propiedades biológicas facilitadas por el superenrrollamiento.
El superenrollamiento permite que se acerquen regiones de la molécula alejadas en su
estructura primaria (estructura lineal del polímero), y esto es clave en procesos del ADN
como:
 El empaquetamiento compacto
 La replicación
 La transcripción
6. Menciónense tres diferencias entre el DNA de las eucariotas y el de las
procariotas.
Los genomas eucariotas son más grandes que los propios de los procariotas. A
diferencia de los genomas procariotas, formados en su totalidad por genes, la mayoría
de las secuencias de DNA eucariota no parece tener funciones codificadas. A diferencia
de los genes procariotas, la mayoría de los genes eucariotas no son continuos (i.e., por
lo general contienen intrones).
Las diferencias entre el DNA de las células eucariotas y las células procariotas son que
las eucariotas poseen genomas que son extraordinariamente grandes comparado con el
de las procariotas. Otra diferencia es que el AND de las células eucariotas está formado
por varias moléculas almacenadas dentro del núcleo en forma de doble
hélice dispuestas de manera lineal mientras que las células procariotas tienen una
única molécula larga, generalmente circular y de doble filamento, compacta y plegada.
También, el DNA nuclear se encuentra fuertemente asociado por proteínas,
nucleoproteínas e histonas, mientras que las procariotas tienen un DNA circular, sin
extremos, 1 sólo cromosoma.
7. Descríbase la estructura de un nucleosoma.
La estructura de un nucleosoma es la unión de las histonas al DNA, las histonas son un
grupo de proteínas básicas pequeñas que se encuentran en todos los organismos
eucariotas. Las histonas, que son de cinco clases principales (Hl, H2A, H2B, H3 Y H4),
tienen estructuras primarias semejantes entre las especies eucariotas.
8. Defínase los siguientes términos:

 DNA satélite: Son secuencias de DNA en las que muchas copias están
dispuestas unas de otras.
 Corte y empalme: Proceso por el cual es posible unir varias combinaciones
de exones para formar diversos mRNA.
 Método de determinación de la cadena: Se elige un cebador específico de
forma que la síntesis de DNA comience en el punto de interés.
 Desnaturalización: Proceso por el cual las cadenas que se mantienen unidas
por las fuerzas de unión pueden romperse.
 Retroposón: Fragmento de ADN repetitivos que se inserta en los
cromosomas después de haber sido transcritos de forma inversa a partir de
cualquier molécula de ARN.

9. Escríbanse las diferencias estructurales entre el RNA y el DNA.

Las diferencias estructurales entre el DNA y RNA son que el DNA está constituido por
una doble cadena polinucleotidica mientras que el RNA se compone de una cadena
polinucleotidica. El DNA tiene una estructura espacial de doble hélice mientras que el
RNA no presenta una estructura espacial definida.
10. Escríbanse las diferencias estructurales entre el RNA y el DNA.
Las diferencias estructurales entre el DNA y RNA son que el DNA está constituido por
una doble cadena polinucleotidica mientras que el RNA se compone de una cadena
polinucleotidica. El DNA tiene una estructura espacial de doble hélice mientras que el
RNA no presenta una estructura espacial definida.
11. ¿Cuáles son las tres formas más comunes del RNA? ¿Qué funciones tienen en
la célula?
Las tres formas comunes del RNA son el RNAm, RNAr y RNAt. Sus funciones
celulares respectivamente son las de intermediario para llevar información a contenida
en el DNA al citoplasma, mensajero. La función celular del RNAr es ser intermediarios
en la traducción de la secuencia de las bases del RNAm en los ribosomas. Los RNAt
tienen como función transportar al amino ácido para colocarlos en posiciones
específicas para formar las proteínas.
12. El DNA Z recibe su nombre de la conformación en zig-zag de los grupos
fosfato. ¿Qué características de la molécula de DNA permiten que se forme esta
estructura distintiva?
Las moléculas de RNA se diferencian de las de DNA en los siguientes aspectos:
 El RNA contiene ribosa en lugar de desoxirribosa
 Las bases nitrogenadas de RNA difieren de las propias del DNA (p, ejemplo., el
uracilo sustituye a la timina y varias bases del RNA están modificadas de forma
química)
Al contrario de la doble hélice del DNA, el RNA es de cadena individual.
Es una doble hélice con enrollamiento hacia la izquierda. Tiene doce pares de bases por
giro completo y se puede observar en segmentos de ADN con secuencia alternante de
bases púricas y pirimidínicas (GCGCGC), debido a la conformación alternante de los
residuos de bases nitrogenadas. Requiere de una concentración de cationes superior a la
del ADN-B.
13. Existe un par de bases cada 0.33 nm de DNA y la longitud total del DNA de
una célula humana es de 2 m. Calcúlese el número de pares de bases de una
sola célula. Suponiendo que en el cuerpo humano hay 1014 células, calcúlese la
longitud total del DNA. Compárese esta distancia con la que existe entre la
Tierra y el Sol (1.5 X 108 km).
Existen cerca de seis millones de pares de bases en una célula humana. Suponiendo que
hay unas I 0 l4 células corporales, la longitud total del DNA en el cuerpo humano es de
~2 X 10" km. Esta longitud estimada es unas mil veces la distancia de la Tierra al Sol.
14. Defínanse los siguientes términos:
 Telómero: Estructuras de los extremos de los cromosomas que
amortiguan la pérdida de secuencias codificadoras esenciales tras una
ronda de replicación del DNA.
 Minisatélite: Regiones repetidas del genoma humano, formado por
repeticiones en serie de unidades compuestas de una decena de
nucleótidos. Se utilizan como marcadores en el diagnóstico de
enfermedades genéticas y en las investigaciones forenses.
 Perfil de DNA: Información contenida en las secuencias de ADN de
cada persona, a excepción de los gemelos monocigóticos, es diferente
para cada individuo.
 Intrón: Secuencia interpuesta no codificante en gen interrumpido que no
se encuentra en el producto final de RNA.
  Exón: Región en un gen interrumpido que codifica RNA y que acaba en
el producto final.
14. Una muestra de DNA contiene 21% de adenina. ¿Cuál es su composición
porcentual de bases?
Su composición porcentual de base sería 79%
15. La temperatura de fusión de una molécula de DNA incrementa al aumentar el
contenido de ese GC. ¿Por qué?
Existen cerca de seis millones de pares de bases en una celula humana, suponiendo que
hay unas 1014 células corporales, la longitud total del DNA en el cuerpo humano es de
-2 x 1011 km. Esta longitud estimada es unas mil veces la distancia de la tierra al sol.
(Recuérdense que 1nm es 1-9 m).
Los pares guanina-citosina contienen tres enlaces de hidrógeno, mientras que los
adenina-timina sólo dos. Entre mayor sea el número de enlaces de hidrógeno que
mantienen juntas las cadenas de DNA, mayor será el punto de fusión.
16. Defínanse los siguientes términos:
Transversión.- Una transversión es la sustitución de una purina (dos
anillos) por una pirimidina (un anillo) o viceversa, en el ácido
desoxirribonucleico (ADN).1 Una transversión sólo puede ser revertida
por una reversión espontánea.
Epigenética.- Hace referencia al estudio de los factores que, sin
corresponderse a elementos de la genética clásica, básicamente los genes,
juegan un papel muy importante en la genética moderna interaccionando
con estos primeros.
Agente intercalador.- Existen algunas moléculas - en este caso, también
conocidas como "ligandos" - que pueden interactuar con el ADN. Los
ligandos pueden interactuar con DNA formando enlaces covalentes,
mediante uniones electrostáticas, o intercalamiento.1 La intercalación
sucede cuando ligantes de un tamaño y naturaleza química apropiados
encajan entre pares de bases de ADN.
Line.- Los retroposones con longitudes de más de 5 kb se denominan
LINE (elementos nucleares entremezclados largos). Las secuencias LINE
contienen un promotor (una secuencia de bases en flujo ascendente de un
gen. necesaria para el inicio de la transcripción) fuerte, una secuencia de
integración (una secuencia de bases necesaria para la integración en otra
molécula de DNA) y las secuencias codificadoras para las enzimas de
transposición. Los LINE han experimentado replicación y mutación con
el tiempo, y sólo un pequeño porcentaje de ellos son funcionales.
Sine.- Los SINE (elementos nucleares entremezclados cortos) tienen
menos de 500 bp; aunque contienen secuencias de inserción, no pueden
transponerse sin la ayuda de una secuencia LINE funcional. Los SINE se
han expandido mucho con el tiempo hasta constituir 11% del genoma
humano, con más de un millón de copias. La única inserción de SINE
vinculada con enfermedades humanas implica el elemento Alu, que
media recombinaciones, inserciones, delecciones y reordenamientos
cromosómicos.
17. Organícense los términos siguientes de forma jerárquica:
a. cromosoma
b. gen
c. nucleosoma
d. par de bases nucleotídicas
Gen, nucleosoma, par de bases nucleótidas, cromosoma.
18. Proporciónese la cadena complementaria y el RNA de transcripción que se
produce a partir del siguiente segmento de DNA: 5 ' - AG GG G CCG TTA TCG
TT-3'
La cadena de DNA complementaria (escrita de la manera estándar en el sentido 5’ a 3’)
es 5’
-AACGATAACGGCCCCT-3. La cadena de RNA es 5’ –AACGAUAACGGCCCCU-
3’.
19. Defínanse los siguientes términos:
 Transcriptoma.- Designa el conjunto completo de moléculas de RNA
que se transcriben a partir del genoma de una célula.
 RNA no codificador.- Conocidos gracias al análisis de transcriptomas,
forman una extensa y compleja red reguladora. Entre los ncRNA más
importantes están el microRNA, el RNA corto interferente y el RNA
nucleolar corto. Los microRNA (miRNA) y los RNA cortos interferentes
(siRNA) son de los ncRNA más pequeños y ambos intervienen en un
proceso de degradación de RNA llamado interferencia del RNA (RNAi).
La RNAi, alguna vez llamada silenciamiento del RNA, probablemente
surgió como un mecanismo de defensa. Se emplea para desactivar o
degradar moléculas de RNA.
 RNA corto nucleolar.- Junto con ciertas proteínas, las snRNP
constituyen una máquina molecular llamada empalmosoma debido a su
función: el corte y empalme es un paso clave en el procesamiento de los
mRNA eucariotas. Los empalmosomas escinden intrones del pre-mRNA
y luego unen los exones. De entre los más importantes, tenemos: Ul, U2,
U4, U5 y U6. Constituidos por 100 a 300 nucleótidos, los snRNA se
combinan con varias proteínas para formar ribonucleoproteínas nucleares
pequeñas (snRNP o "snurps").
 Microsatélite.- También llamados repeticiones de secuencia única
(SSR), existe una secuencia central de una a cuatro bp que se repite en
tándem de lOa 100 veces. Se desconoce la mayor parte de las funciones
de estas secuencias repetitivas. Debido a su gran número en los genomas
y a su naturaleza pleomórfica, los microsatélites se utilizan como
marcadores en el diagnóstico de enfermedades genéticas y en las
investigaciones forenses.
 RNA corto interferente.- Es uno de los ncRNA más pequeños y ambos
intervienen en un proceso de degradación de RNA llamado interferencia
del RNA (RNAi). La RNAi, alguna vez llamada silenciamiento del
RNA, probablemente surgió como un mecanismo de defensa. Se emplea
para desactivar o degradar moléculas de RNA con dos fines: (1) regular
la expresión génica en procesos de desarrollo mediante desactivación de
 genes seleccionados y (2) proteger células contra genomas de RNA
vírico.
20. ¿Qué son las poliaminas y cuál es su función en la estructura del DNA?
Son moléculas poli catiónicas como la espermidina, que ayudan a comprimir las
estructuras del cromosoma.
21. Defínanse los siguientes términos:
 Cadena consentido: Concepto general usado para comparar la polaridad
de moléculas de ácido nucleico, particularmente ARN, y otras moléculas
de ácidos nucleicos.
 Efecto hipocrómico: Es el incremento de absorbancia en un material. El
caso más conocido es la hipercromicidad del ADN, que ocurre cuando el
dúplex se desnaturaliza, dando dos cadenas sencillas que absorben más
en el ultravioleta. Esta característica del ADN es una forma de seguir el
proceso de desnaturalización de la molécula: a medida que el proceso
avanza, se observa un incremento en la absorbancia.
 Transposición: Es la capacidad de algunos elementos génicos
(denominados transpones) de moverse de forma autónoma de un sitio del
genoma a otro, e incluso entre varios genomas.
 Transcrito: Lo que se transfiere la información contenida en la
secuencia del ADN hacia la secuencia de proteína utilizando
diversos ARN como intermediarios.
 Elemento genético móvil: Los elementos genéticos móviles son
elementos capaces de trasladarse de un lugar a otro insertándose dentro
del DNA. 
22. Descríbanse las características estructurales que estabilizan las moléculas de
RNA.
Interacciones hidrófobas. La nube de electrones del anillo de la base pi entre las bases
púricas y pirimídicas apiladas es relativamente no polar. El agrupamiento de los
componentes de las bases de los nuc1eótidos dentro de la doble hélice es un factor
estabilizador en la macromolécula tridimensional debido a que minimiza sus
interacciones con el agua, aumentando de esta forma la entropía global.
Enlaces de hidrógeno. Los pares de bases tan próximos forman un conjunto preferido de
enlaces de hidrógeno, tres entre los pares GC y dos entre los pares AT. El efecto de
"cremallera" acumulativo de estos enlaces de hidrógeno mantiene las cadenas en la
orientación complementaria conecta.
Apilamiento de bases. Una vez que las cadenas polinucleotídicas antiparalelas se han
acercado mediante apareamiento de bases, el apilamiento paralelo de las bases
heterocíclicas casi planas estabiliza las moléculas debido al efecto acumulativo de las
fuerzas débiles de van der Waals.
23. ¿Cómo se retienen los patrones de metilación del DNA de una generación
celular a la siguiente? Véase el recuadro Bioquímica en perspectiva disponible
en línea sobre epigenética y el epigenoma.
La metilación del ADN en dinucleótidos CpG es uno de los mecanismos epigenéticos
implicados en la regulación de la expresión génica en mamíferos. Los patrones de
metilación son específicos para cada especie y tipo de tejido. La maquinaria implicada
comprende diferentes proteínas reguladoras incluyendo a las ADN metiltransferasas,
desmetilasas putativas, proteínas de unión a CpG metilados, enzimas modificadoras de
histonas y complejos remodeladores de la cromatina.
24. ¿Qué causaría más daño a una célula: un error en la replicación del DNA o un
error en su transcripción?
Un error de duplicación del DNA seguirá propagándose mientras las mismas cadenas
duplicadas continúen replicándose, y así sucesivamente, por todas las "generaciones"
ulteriores de moléculas de DNA. Un error de transcripción sólo dará por resultado una
pequeña cantidad de productos génicos defectuosos, en contraste con todos los
productos de una secuencia de DNA mutada. Considerando que un error de replicación
(a diferencia de uno de transcripción) es potencialmente permanente, se esperaría que
una falla del proceso replicativo causara más daño celular.
25. Cuando un hidrocarburo aromático se intercala entre dos pares de bases
apiladas, ¿qué efecto es posible en la estructura del DNA?
En el ADN, el apilamiento π se da entre nucleótidos adyacentes y suma en la
estabilidad de la estructura molecular. Las bases nitrogenadas de los nucleótidos están
hechas de anillos de purina o pirimidina, consistentes ambos de anillos aromáticos
Dentro de la molécula de ADN, los anillos aromáticos se ubican casi
perpendicularmente a la dimensión longitudinal de las hebras de ADN. En
consecuencia, las caras de los anillos aromáticos están alineados paralelamente unos a
otros, permitiendo que las bases participen en interacciones aromáticas. A través de
estas interacciones aromáticas, los enlaces π se extienden de los átomos participantes
en los enlaces dobles, se traslapan con los enlaces π de las bases adyacentes. Éste es un
tipo de enlace químico no covalente. Aunque un enlace no covalente es más débil que
un enlace covalente, la suma de todas las interacciones de apilamiento π dentro de la
molécula de doble hebra del ADN crean una gran red de energía estabilizante.

26. ¿Qué efectos pueden tener las moléculas de hidrocarburos intercaladas en la

replicación del DNA?
Determinadas moléculas planas pueden distorsionar al DNA al insertarse (intercalarse)
entre los pares de bases apilados de la doble hélice. Bien se eliminan pares de bases
adyacentes o se insertan pares de bases nuevos. Si no se cOlTigen, las eliminaciones o
las adiciones producen las llamadas mutaciones por desplazamiento del marco de
lectura. Además, los cromosomas pueden romperse. Los colorantes de acridina son
ejemplos de agentes intercaladores. La quinacrina es un colorante de acridina que se
utiliza para tratar el paludismo y las tenías intestinales.
27. La AZT se usa en el tratamiento del sida. Examínese su estructura y sugiérase
su mecanismo de acción.
La AZT (azidotimidina) sustituye un grupo azida por el grupo 5’ –hidroxilo, que es
necesario para crear los enlaces de fosfato de azúcar del esqueleto de DNA. Cuando la
AZT se incorpora en la cadena de DNA creciente, el grupo 5’ –azida impide la adición
del siguiente nucleótido y de este modo interrumpe el proceso de transcripción inversa.
Mecanismo de acción de zidovudine (3'-azido-3'-deoxythymidine) en la replicación del
VHI-1: es un análogo sintético de la pirimidina e inhibe los retrovirus de los animales y
de los mamíferos (HTLV-1 y VHI). El AZT es convertido en trifosfato por la
fosforilación hecha por los enzimas celulares y así el AZT-TP es incorporado en la
cadena nueva de ADN, inhibiendo su elongación (ya que no tiene los radicales -OH en
la posición 3' ). El blanco del AZT TP es la transcriptasa inversa, que usa el AZT TP en
lugar de la molécula habitual timidina trifosfato. El virus VHI puede volverse resistente
a los efectos de la AZT, debido a las mutaciones que afectan a la estructura de la
transcriptasa inversa (incluyendo cambios en los sitios activos del enzima).
28. Las reglas de Chargaff se aplican al DNA, pero no al RNA. ¿Por qué?
 Las reglas de Chargaff solo se aplican a la molécula de ADN y no al ARN, porque este
último está formado por una secuencia lineal o de hélice simple de nucleótidos y por no
poseer timina, en su lugar tiene uracilo (U).
29. ¿Cómo y por qué se modifican las bases del tRNA?
En una célula hay aproximadamente un millón de copias de los tRNA más usados. En
los humanos hay 1.300 copias de genes de tRNA, en las levaduras sólo 250 y sólo 60 en
las bacterias. Los genes de los tRNA se encuentran agrupados (la mayoría) en 10 a 100
agrupamientos cromosómicos. Los tRNA maduros miden de 75 a 80 nt, mientras que el
transcrito primario suele ser unos 15-30 nt mayor. La secuencia que siguen los tRNA
para madurar es la siguiente:
Se corta el pre-tRNA en la secuencia guía (líder) en 5’ mediante una RNasa. Se
mantiene el fosfato del extremo.
De manera similar se procesa el extremo 3’ no codificante que consiste en la
secuencia U para el tRNA Tyr de levaduras. Normalmente son dos nucleótidos.
Todavía en el núcleo se añade la secuencia CCA mediante la transferasa terminal
—nótese la diferencia con procariotas, en los que la secuencia CCA suele venir
con el gen, mientras que el de eucariotas se añade después—. El extremo
resultante es un 3’-OH.
Se modifican químicamente las bases nitrogenadas, principalmente por
metilación y conversión de uridinas en seudouridinas. En general, el 10% de las
bases de los tRNA funcionales presentan alguna modificación postranscripcional.
Se procesa el intrón, que siempre es del grupo «IV».

30. ¿Cómo afecta el agua la estructura del DNA

El agua estabiliza la estructura del DNA al unirse a grupos fosfato, a átomos
electronegativos de las bases nucleotídicas y a átomos de oxígeno 3 ' y 5 ' de
desoxirribosa. Además, la mayor entropía de las moléculas de agua circundantes
impulsa las interacciones hidrófobas entre las bases nucleotídicas dentro de la hélice
31. En condiciones fisiológicas, el DNA se encuentra en forma de DNA B. Sin
embargo, las horquillas de RNA y los híbridos DNA-RNA adoptan la
estructura de DNA A. Considerando las diferencias estructurales entre el DNA
y el RNA, explíquese este fenómeno.
El DNA al ser una molécula de estructura doble hélice dextrógira es plectonémica por lo
cual al separarse y formarse el híbrido DNA-RNA los planos de bases se vuelve
oblicuos al eje de la doble hélice, cada vuelta de la doble hélice se produce a menor
distancia y el diámetro se expande con lo cual dan la forma característica del DNA A.
32. ¿Qué características estructurales del DNA producen la formación de surcos
mayor y menor?
Al ser una estructura doble hélice dextrógira las dos cadenas al enrollarse una alrededor
de la otra crean los surcos mayor (más amplitud y profundidad) y menor (menos
amplitud y profundidad).
33. Explíquese en términos generales como participan las poliaminas en la
consecución de una estructura muy comprimida del DNA.
Las poliaminas tienen carga positiva a pH 7, lo cual promueve la unión a las cargas
negativas del esqueleto de DNA. La unión de las poliaminas vence la repulsión mutua
de las cadenas adyacentes de DNA, haciendo que estas cadenas se empaquen de forma
más estrecha.
Esta moléculas poli catiónicas ayudan a conseguir la estructura tan comprimida del
cromosoma ya que las poliaminas con carga positiva se unen al esqueleto del DNA
cargado negativamente evitando la repulsión de cargas entre las espirales adyacentes de
DNA.
34. AI contrario de la doble hélice del DNA, el RNA se encuentra como una cadena
individual. ¿Qué efectos tiene esto sobre la estructura del RNA?
A diferencia de la doble hélice del DNA, el RNA es monoeatenario. Por esta razón, el
RNA puede enrollarse sobre sí mismo y formar estructuras tridimensionales singulares
y con frecuencia bastante complejas (Fig. 17.26). La forma de estas estructuras la
determina el apareamiento de bases complementarias de secuencias específicas de
RNA, así como el apilamiento de bases y las interacciones que ocurren entre regiones
de doble cadena (formadas a partir de regiones monocatenarias de la misma molécula o
entre regiones mo- nocatenarias de moléculas vecinas) y lazos de RNA libres.

35. Jerome Vinograd encontró que el DNA circular de un poliomavirus se separa

en dos bandas diferentes cuando se centrifuga. Una banda consta de DNA
superenrollado y otra de DNA laxo. ¿Cómo podría identificarse cada banda?
La centrifugación permite separa en dos fases las molécula del ADN superenrollado que
se sedimenta y el DNA laxo se encuentra en la fase superior.
36. El 5-bromouracilo es un análogo de la timina que normalmente se aparea con
la adenina. Sin embargo, el 5-bromouracilo a menudo se aparea con la guanina.
¿Por qué?
El efecto de extracción electrónica del bromo incrementa la probabilidad de que el
uracilo forme un enol. Este ultimo imita el patrón de enlaces de hidrogeno de la
citosina. De tal modo, esta base puede aparearse con guanina.
Al haber un gran grupo de xenobióticos en este caso el análogo de la base timina cuando
se aparea con la guanina produce una mutación por transición.
37. El flujo de la información genética va del DNA al RNA y a las proteínas. En
determinados virus, el flujo de información va del RNA al DNA. ¿Es posible
que dicho flujo de información comience desde las proteínas? ¿Por qué?
No es posible porque no hay una enzima capaz de realizar el proceso de traducción
inversa que permita sintetiza ARN a partir de proteínas.
38. El VIH es un retrovirus. Sugiéranse razones por las que la producción de una
vacuna para evitar la infección por el VIH es tan difícil de conseguir.
El VIH es un candidato muy difícil para el desarrollo de vacunas. Existen cepas del
virus que tienen diferentes superficies proteicas que interactúan con las células humanas
durante la infección. Las razones por las que no se ha conseguido la vacuna podrían ser:

La falta de inmunidad natural al VIH

Variabilidad de los tipos de VIH
La falta de correlatos de inmunidad protectora
La falta de un modelo animal que prediga con fiabilidad la eficacia de la vacuna
en humanos
39. Se desea aislar el DNA mitocondrial sin rastros de DNA nuclear. ¿Cómo se
realizaría esta tarea?
Los nucleos de las mitocondrias se obtienen de froma separada a partir de los tejidos
utilizando la homogeneización celular y luego la centrifugación en gradiente de
densidad. Los ácidos nucleicos de cada fracción de estos organelos se extraen con la
ayuda de detergentes, solventes y proteasas (para eliminar las proteínas). El RNA se
elimina mediante el tratamiento de cada muestra con Rnasa. El DNA de ambas clases de
organelos se purifica más mediante centrifugación.
Se debería aislar el orgánulo, fragmentarlo o extraer su núcleo y añadirle enzimas álcali
o lisozima de modo que se precipiten los ácidos nucleicos y utilizar solventes.
40. A diferencia del DNA de enlace y del DNA desproteinizado, los segmentos de
DNA enrollados en los núcleos de las histonas son relativamente resistentes a
las acciones hidrolíticas de las nucleasas. ¿Por qué?
Porque en los nucleásemos las varias histonas están rodeadas por un segmento de DNA
superenrollado, estas histonas modifican la accesibilidad de distintos factores al DNA
además la H1 impide que la cadena se desenrolle.

41. El conjunto de moléculas de m RNA presente dentro de una célula cambia con
el tiempo. Explíquese la causa.
Cambia ya que el RNA participa directamente en la síntesis de las enzimas, de las
proteínas estructurales y de otros polipéptidos necesarios para generar todas las demás
biomoléculas que intervienen en el funcionamiento del organismo. La secuencia de
bases de cada RNA mensajero (mRNA) especifica la secuencia primaria de un
polipéptido particular.
42. El DNA y el RNA son moléculas con gran cantidad de información.
Explíquense la significancia y las implicaciones de esta afirmación.
Cada base en los nucleótidos del DN A y del RNA tiene una forma específica con un
contenido de información único. L a enorme cantidad de secuencias de nucleótidos
posibles permite una extensa capacidad de codificación, que los organismos utilizan
para especificar la estructura molecular de todas sus biomoléculas.
43. Se ha resuelto finalmente el caso de un asesinato de un niño de 10 años en un
pequeño poblado gracias a los esfuerzos de un detective que aprovechó una
nueva base de datos estatal de DNA que contiene muestras de DNA de
criminales condenados. Explíquese cómo se resolvió este caso, comenzando con
la llegada de una unidad de peritos forenses al lugar del asesinato. ¿Qué
avances tecnológicos hicieron posible la resolución del caso?

Debido a las variaciones genéticas, las secuencias minisatélite de DNA se fragmentan

de forma diferente. (Estas diferencias genéticas se denominan polimorfismos de la
longitud de los fragmentos de restricción, o RFLP.) Tras separar los fragmentos de
restricción según su tamaño, por medio de electroforesis en gel de agarosa, y
transferirlos a papel filtrante de nitrocelu- losa, se exponen a sondas marcadas
radiactivamente. Debido a que los tamaños de los fragmentos que se. unen a estas
sondas se diferencian de una persona a otra, se han utilizado con éxito los patrones de
bandas para condenar o absolver a sospechosos de casos criminales.

44. Algunos organismos se encuentran bajo considerable presión para aligerar sus
genomas a fin de operar de manera más eficiente. Como resultado, las
mitocondrias de las eucariotas han perdido en mayor o menor grado la
abrumadora mayoría de sus genes. Durante este proceso, varios cientos de
genes mitocondriales se transfirieron al genoma nuclear. Sin embargo, las
mitocondrias retienen un genoma con la capacidad de producir varias
proteínas de transporte de electrones. Revísese el transporte electrónico
mitocondrial y sugiérase una razón por la cual estos organelos generadores de
energía retuvieron los genes que producen este conjunto de moléculas.
La energía que se libera durante la transferencia electrónica está acoplada a varios
procesos endergónicos, de los que el más importante es la síntesis de ATP. Otros
procesos inducidos por el transporte electrónico bombean Ca2+ al interior de la matriz
mitocondrial y generan calor en el tejido adiposo marrón. Las coenzimas reducidas, que
proceden de la glucólisis, del ciclo del ácido cítrico y de la oxidación de los ácidos
grasos, son las principales fuentes de electrones.
45. Durante el proceso infeccioso, los virus pueden incorporar segmentos del
genoma del hospedador en sus estructuras. Explíquese el modo en que este
fenómeno puede contribuir a la aparición de nuevas enfermedades o exacerbar
patologías existentes.
Con frecuencia, los virus infectan más de un hospedador. Algunas de las secuencias de
ácidos nucleicos obtenidas de uno o más hospedadores dan a una partícula vírica una
ventaja selectiva (p. ej., al facilitar el ataque a una célula hospedadora). Por ejemplo, los
virus de la influenza humana a menudo se tornan más virulentos después de que han
infectado pollos y cerdos.
46. Se ha calculado que cada grupo fosfato del DNAB puede formar enlaces de
hidrógeno con seis moléculas de agua. Esbócese un diagrama de un enlace
fosfodiéster de DNA con sus moléculas de agua unidas.
47. Los agentes alquilantes son compuestos que reaccionan con grupos hidroxilo y
amino para formar moléculas alquiladas. Por ejemplo:

Cuando un individuo se expone accidentalmente a estas sustancias, diversos

sistemas fisiológicos son afectados a través de alteraciones del genoma. No es raro
que una de las consecuencias sea cáncer (proliferación celular descontrolada a
causa del daño genómico) cuando ocurre una serie de tales exposiciones. Aplicando
los conocimientos adquiridos sobre el genoma, sugiérase en términos generales
cómo podría producirse cáncer.
Puede ser por alquilación, proceso en el que las sustancias electrófilas atacan a las
moléculas que poseen un par de electrones sin compartir. Cuando los electrófilos
reaccionan con estas moléculas, por lo general añaden grupos alquilo que contienen
carbono. La adenina y la guanina son muy susceptibles a la alquilación, aunque la
timina y la citosina también pueden ser afectadas. Las bases alquiladas con frecuencia
se aparean de forma incorrecta (p. ej., la metilguanina se aparea con la timina en lugar
de con la citosina) lo que conduce a posibles mutaciones por transición en las siguientes
rondas de replicación. En el caso de la metilguanina, el par GC se transforma en el par
AT. Las mutaciones por transversión también pueden tener lugar cuando el grupo
alquilante es voluminoso. Las alquilaciones también pueden promover la formación de
un tautómero, que puede dar lugar a mutaciones de transición. Entre los agentes
alquilantes se encuentran el dimetilsulfato y la dimetilnitrosamina. La mitomicina C es
un agente alquilante con doble función. Puede impedir la síntesis de DNA
entrecruzando las bases de guanina.
48. Los gemelos idénticos comienzan la vida con genomas y epigenomas idénticos.
¿Cómo cambian éstos con la edad? Sugiérase el modo en que podrían usarse
tales cambios como un recurso forense. [Sugerencia: Consúltese el recuadro
Bioquímica en perspectiva disponible en línea sobre epigenética y el epigenoma,
correspondiente a este capítulo.]
Durante la vida de cada hermano, su epigenoma cambiará en respuesta a interacciones
con el ambiente. Un ejemplo es la exposición a agentes que modifican la metilación de
las bases de DNA. A mayor edad de los hermanos, mayores serán las diferencias. L os
dos individuos podrían distinguirse examinando sus diferencias epigenómicas (p. ej.. m
ediante la tinción de sus cromosom as para observar los patrones de metilación). Esto no
se cum ple en las secuencias de bases del DNA que permanecerían iguales en ambos
individuos.
49. Se ha sugerido que el DNA de restos fósiles podría extraerse, clonarse y
emplearse para revivir especies extintas. Coméntese sobre la factibilidad de
esta idea.
Esta idea es muy factible ya que se fundamenta principalmente en evidencias fósiles y
anatómicas, la respaldan los datos de la secuencia primaria del citocromo c que indican
que la proteína es idéntica en ambas especies. Se cree que los canguros, las ballenas y
las ovejas, cuyas moléculas de citocromo c se diferencian por 1 0 residuos de la proteína
humana, evolucionaron a partir de un antecesor común que vivió.
50. El fluorouracilo es un análogo estructural de la timina. El flúor promueve la
enolización. ¿Cómo se utiliza este efecto en el tratamiento del cáncer?
El fluorouracilo está clasificado como un fármaco de quimioterapia de tipo
antimetabolito que generalmente se encuentra en su forma enólica debido a que tiende a
ser más ácido que el uracilo. Actúa durante fases específicas del ciclo celular,
inhibiendo la síntesis de enzimas que participan en el proceso de transcripción del ADN
en ARN, alterando la codificación de las cadenas que puede emparejarse de forma
incorrecta produciendo la muerte celular.