La intensificación de la producción ganadera da lugar a una mayor utilización de productos
veterinarios, tales como plaguicidas, y a la producción de distintos tipos de residuos, como el estiércol de los establos. La contaminación del medio ambiente, especialmente de los suministros de agua, debida a residuos animales (estiércol sólido y líquido) es un problema creciente y debe tenerse en cuenta cuando se proyecten nuevos locales para animales, especialmente en los sistemas de producción industrial. Deben tomarse medidas para la utilización apropiada o la eliminación inocua de los residuos de matadero, que constituyen subproductos valiosos si se procesan adecuadamente. El material desechado o contaminado debe esterilizarse o transformarse antes de su procesamiento y entrega para otros usos. Una eliminación inadecuada de los residuos puede llevar a un incremento de las especies depredadoras en campo. Es preciso esterilizar los desechos de los alimentos que se ofrecen a los animales durante el transporte por mar o por aire, para evitar la propagación de enfermedades a través de productos contaminados. Se están introduciendo métodos mejorados para la aplicación de insecticidas y acaricidas líquidos que pueden reducir la contaminación ambiental. El uso de plaguicidas puede limitarse utilizando razas o cruces resistentes a las especies parásitas; por ejemplo razas resistentes a las garrapatas.