Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo: la especie y sus

virus: una declaración del Grupo de Estudio de Coronavirus

Alexander E. Gorbalenya1,2, Susan C. Baker3, Ralph S. Baric4, Raoul J. de Groot5, Christian
Drosten6, Anastasia A. Gulyaeva1, Bart L. Haagmans7, Chris Lauber1, Andrey M Leontovich2,
Benjamin W. Neuman8, Dmitry Penzar2, Stanley Perlman9, Leo L.M. Poon10, Dmitry
Samborskiy2, Igor A. Sidorov, Isabel Sola11, John Ziebuhr12
RESUMEN

El actual brote de infecciones del tracto respiratorio inferior, incluido el síndrome de dificultad
respiratoria, es el tercer derrame, en solo dos décadas, de un coronavirus animal a los seres
humanos, lo que ha provocado una gran epidemia. Aquí, el Grupo de Estudio de Coronavirus
(CSG) del Comité Internacional de Taxonomía de Virus, que es responsable de desarrollar la
clasificación oficial de virus y la denominación de taxones (taxonomía) de la familia
Coronaviridae, evaluó la novedad del patógeno humano tentativamente denominado 2019-
nCoV. Sobre la base de la filogenia, la taxonomía y la práctica establecida, el CSG reconoce
formalmente este virus como hermano de los coronavirus del síndrome respiratorio agudo
severo (SARS-CoV) de la especie Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo
severo y lo designa como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Para
facilitar la comunicación, el CSG propone además utilizar la siguiente convención de
nomenclatura para aislamientos individuales: SARS-CoV-2 / Aislar / Anfitrión / Fecha /
Ubicación. El espectro de manifestaciones clínicas asociadas con las infecciones por SARS-CoV-
2 en humanos aún no se ha determinado. La transmisión zoonótica independiente de SARS-
CoV y SARS-CoV-2 destaca la necesidad de estudiar la especie (virus) completa para
complementar la investigación centrada en virus patógenos individuales de importancia
inmediata. Esta investigación mejorará nuestra comprensión de las interacciones virus-
huésped en un entorno en constante cambio y mejorará nuestra preparación para futuros
brotes.

Palabras clave: Coronavirus, genómica comparada, evolución de virus, nomenclatura,

filogenómica, síndrome de dificultad respiratoria, especies, taxonomía, virus, zoonosis.

¿Es nuevo el coronavirus humano que surgió en Asia en diciembre de 2019?

¿El brote de una enfermedad infecciosa es causado por un virus nuevo o conocido
anteriormente (Cuadro 1)? Esta es una de las primeras y principales preguntas, porque la
respuesta informa las medidas para detectar el agente causal, controlar su transmisión y
limitar las posibles consecuencias de la epidemia. También tiene implicaciones para el nombre
del virus. En una escala de tiempo diferente, la respuesta también ayuda a definir las
prioridades de investigación en virología y salud pública.

Las preguntas sobre la novedad y el nombre del virus ahora se plantean en relación con un
coronavirus que causa un brote de un síndrome respiratorio que se detectó por primera vez en
Wuhan, China, diciembre de 2019. Fue nombrado temporalmente nuevo coronavirus 2019,
2019-nCoV. El término "novedoso" puede referirse a la enfermedad (o espectro de
manifestaciones clínicas) que es causada en humanos infectados por este virus en particular,
que, sin embargo, solo está emergiendo y requiere más estudios. El término "novedoso" en el
nombre de 2019-nCoV también puede referirse a una coincidencia incompleta entre los
genomas de este y otros coronavirus (previamente conocidos), si este último se consideró un
criterio apropiado para definir "novedad". Sin embargo, los virólogos están de acuerdo en que
ni la enfermedad ni el rango de huéspedes pueden usarse para determinar de manera
confiable la novedad (o identidad) del virus, ya que pocos cambios en el genoma pueden
atenuar un virus mortal o causar un cambio de huésped. Asimismo, sabemos que los virus de
ARN persisten como un enjambre de entidades estrechamente relacionadas que co-
evolucionan (variantes de una secuencia definida, haplotipos), conocidas como cuasiespecies.
La secuencia de su genoma es una instantánea de consenso de una población cooperativa en
constante evolución in vivo y puede variar dentro de una sola persona infectada y con el
tiempo en un brote. Si el estricto criterio de coincidencia de novedad se aplicara a los virus de
ARN, se habría calificado a cada virus con un genoma secuenciado como un virus nuevo, lo que
hace que este criterio sea poco informativo. Para evitar el problema potencial, los virólogos
pueden considerar en cambio dos virus con secuencias genómicas no idénticas pero similares
como variantes del mismo virus; esto plantea inmediatamente la pregunta de cuánta
diferencia es lo suficientemente grande para reconocer al virus candidato como nuevo o
distinto. Esta pregunta se responde en las mejores prácticas evaluando el grado de parentesco
del virus candidato con virus previamente conocidos del mismo hospedador o con grupos
monofiléticos de virus establecidos, a menudo conocidos como genotipos o clados, que
pueden incluir o no virus de hospedadores diferentes. Esto se aborda formalmente en el
marco de la taxonomía de virus (Cuadro 2).

En este estudio, presentamos una valoración de la novedad de 2019-nCoV y detallamos las

bases para (re) nombrar a este virus síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2, SARS-
CoV-2, que se utilizará a continuación.

Definiendo la novedad y el lugar del SARS-CoV-2 dentro de la taxonomía de la familia

Coronaviridae

Durante el siglo XXI, los investigadores que estudiaban los coronavirus, una familia de virus de
ARN de cadena positiva con envoltura de vertebrados, se enfrentaron varias veces a la
cuestión de la novedad del coronavirus, incluidas dos veces en las que se introdujo una
enfermedad grave o incluso potencialmente mortal en los humanos a partir de reservorio
zoonótico: esto sucedió con el síndrome respiratorio agudo severo (SARS) y, unos años
después, con el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS). Cada vez, el patógeno se
llamó inicialmente un nuevo coronavirus humano, como fue el caso del SARS-CoV-2 durante el
brote actual, cada vez que el problema se resolvió mediante la secuencia basada en
clasificación familiar.

La clasificación actual de coronavirus incluye taxones en ocho de los quince rangos disponibles,
y reconoce cuarenta y nueve especies en veintisiete subgéneros, cinco géneros y dos
subfamilias que pertenecen a la familia Coronaviridae, suborden Cornidovirineae, orden
Nidovirales, reino Riboviria. La clasificación familiar y la denominación de taxones (taxonomía)
son desarrollados por el Grupo de Estudio de Coronavirus (CSG), un grupo de trabajo del
Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV). El CSG tiene la responsabilidad de evaluar
la novedad de los virus a través de su relación con virus conocidos en taxones establecidos y, a
los efectos de este artículo, específicamente en el contexto de la especie Coronavirus
relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo.

Para apreciar la diferencia entre el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo
severo y el SARS-CoV, es decir, entre especies y virus, puede ser instructivo observar su
relación en el contexto de la estructura taxonómica completa de varios coronavirus y en
comparación con la taxonomía del huésped del virus, específicamente los humanos (Fig. 1).
Por lo tanto, el SARS-CoV Urbani con una secuencia de genoma particular podría considerarse
equivalente a un solo ser humano, mientras que la especie Coronavirus relacionado con el
síndrome respiratorio agudo severo estaría a la par con la especie Homo sapiens. Este paralelo
podría ir más allá de la semántica y ser biológicamente significativo debido a cómo se asignan
los coronavirus a las especies en la práctica, aunque la extensión de este concepto a la
virología aún no se ha desarrollado y probado a fondo.

Incluso sin saber nada sobre el concepto de especie de clasificar diferentes formas de vida,
cada humano reconoce a otro humano como miembro de la (misma) especie Homo sapiens.
Sin embargo, para asignar organismos vivos individuales a la mayoría de las otras especies, se
requieren conocimientos y herramientas especializados para evaluar las diferencias entre
individuos. El CSG utiliza un marco computacional de genómica comparada que es compartido
por varias Comisiones de Estudio relacionadas con la clasificación y nomenclatura del orden
Nidovirales y coordinado por el Grupo de Estudio Nidovirales (Cuadro 3). Los Grupos de
Estudio cuantifican y dividen la variación en las proteínas replicativas más conservadas
codificadas en los marcos de lectura abiertos 1a y 1b (ORF1a / 1b) del genoma del coronavirus
(Fig.2A) para identificar umbrales en distancias patrísticas por pares (PPD) que demarcan
grupos de virus en diferentes rangos.

Grupos de SARS-CoV-2 con SARS-CoVs en árboles de la especie Coronavirus relacionado con el

síndrome respiratorio agudo severo (Fig. 2B) y del género Betacoronavirus (Fig. 2C), como
también informaron otros. Las estimaciones de distancia entre el SARS-CoV-2 y los coronavirus
más estrechamente relacionados varían entre los diferentes estudios, según la elección de la
medida (nucleótido o aminoácido) y la región del genoma. En consecuencia, los investigadores
están divididos sobre la posición taxonómica exacta de 2019-nCoV (es decir, SARS-CoV-2).
Cuando incluimos el SARS-CoV-2 en el conjunto de datos, incluidos 2505 coronavirus y se usó
para la actualización más reciente (mayo de 2019) de la taxonomía de coronavirus que
actualmente está siendo considerada por la ICTV, la composición de especies no se vio
afectada y el virus se asignó a la especie Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio
agudo severo, como se detalla a continuación.

El umbral / límite de demarcación de especies de la familia Coronaviridae está definido /

impuesto por virus cuyo PPD puede cruzar el umbral de demarcación entre especies. Debido a
su diminuta participación de ~ 10-4 del número total de todos los PPD intra e interespecies, es
posible que ni siquiera sean reconocidos visualmente en una gráfica diagonal convencional
agrupando virus por especies (Fig. 3A). Además, estos infractores no involucran a ningún virus
de la especie de coronavirus relacionadas con el síndrome respiratorio agudo severo, como se
evidencia en el análisis de los PPD intraespecíficos máximos de 2505 virus de las 49 especies de
coronavirus (Fig.3B) y PDs de 256 virus de esta especie (Figura 4). Por tanto, la variación
genómica de los virus conocidos de esta especie es menor en comparación con la de otras
especies comparativamente bien muestreadas, p. ej. los prototipados por MERS-CoV, HCoV-
OC43 e IBV (Fig. 3B), y esta especie está bien separada de otras especies de coronavirus
conocidas en el espacio de secuencia. Ambas características de la especie Coronavirus
relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo facilitan la asignación inequívoca de
especies de SARS-CoV 2 a esta especie.

Los PD intraespecíficos de SARS-CoV-2 pertenecen al 25% superior de esta especie y también

incluyen el PD más grande, el que se encuentra entre el SARS CoV-2 y un aislado de virus de
murciélago africano (SARSr-CoV_BtKY72) (Fig.4), que representan dos linajes basales dentro de
la especie Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo que constituyen
muy pocos virus conocidos (Fig. 2BC). Estas relaciones contrastan con la ramificación poco
profunda del linaje más poblado de esta especie, que incluye todos los aislamientos de SARS-
CoV humanos recolectados durante el brote de 2002-2003 y los virus de murciélagos de origen
asiático estrechamente relacionados identificados en la búsqueda del potencial zoonótico.
fuente de esa epidemia. (Tenga en cuenta que esta estructura de clado es susceptible a la
recombinación homóloga, que es común en esta especie; para formalizar la definición de
clado, debe revisarse después de que el muestreo de virus de las ramas profundas se haya
mejorado lo suficiente). El muestreo actual define una PD mediana muy pequeña para el SARS-
CoV humano, que es aproximadamente 15 veces menor que la PD mediana determinada para
el SARS-CoV-2 (0.16% vs 2.6%, Fig. 4). Esta mediana pequeña de PD de los CoV del SARS
humano también domina la distribución de PD de toda la especie (0,25%, Fig. 4). Junto con el
fracaso inicial para detectar el agente causante de la enfermedad utilizando configuraciones de
PCR específicas para el SARS-CoV, la separación del SARS-CoV en la filogenia y el espacio de DP
explica por qué se puede considerar 2019-nCoV (SARS-CoV-2) un virus novedoso por muchos
investigadores.

Designar 2019-nCoV como SARS-CoV-2 y proporcionar orientación para nombrar sus variantes

Los resultados anteriores muestran que, en términos de taxonomía, el SARS CoV-2 es (solo)
otro virus en la especie Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo. En
este sentido, el descubrimiento de este virus difiere considerablemente de la descripción de
los otros dos coronavirus zoonóticos, SARS CoV y MERS-CoV, introducidos a los humanos en el
siglo XXI (Fig. 5A). Ambos virus fueron considerados nuevos por este grupo de estudio en base
a la creación de prototipos de dos especies y dos subgrupos informales del género
Betacoronavirus que fueron recientemente reconocidos como subgéneros Sarbecovirus y
Merbecovirus. Por ser los primeros, a estos virus y sus taxones se les asignaron nuevos
nombres cuyos orígenes reflejaban la práctica y el estado de la taxonomía de virus en los
momentos respectivos (Fig. 5B) (Cuadro 4). Ninguna de estas circunstancias es aplicable al
SARS CoV-2, que se asigna a una especie existente de cientos de virus conocidos
principalmente aislados de humanos y murciélagos diversos. Todos estos virus tienen nombres
derivados del SARS-CoV (directamente o mediante el nombre de la especie), aunque se ha
confirmado que solo los aislados humanos recolectados durante el brote de 2002-2003 causan
el SARS en individuos infectados. Por lo tanto, la referencia al SARS en todos estos nombres de
virus (combinada con el uso de prefijos, sufijos y / o ID de secuencia del genoma específicos en
las bases de datos públicas) reconoce la agrupación filogenética del virus respectivo con virus
aislados de pacientes con SARS, por ejemplo, SARS CoV -Urbani, en lugar de vincular este virus
a una enfermedad específica (es decir, SARS) en humanos. Sobre la base de la práctica
establecida de denominación de virus en esta especie y la relación relativamente distante de
SARS-CoV-2 con el prototipo de SARS CoV en un árbol de especies y el espacio de distancia
(Figs.2B y 4), el CSG cambia el nombre de 2019-nCoV al SARS-CoV-2. Al desacoplar las
convenciones de nomenclatura utilizadas para los coronavirus y las enfermedades que pueden
causar en humanos y animales, deseamos ayudar a la OMS a nombrar las enfermedades de la
manera más adecuada (directrices de la OMS para la nomenclatura de enfermedades; (Fig.
5B).

Para facilitar las buenas prácticas y el intercambio científico, el CSG recomienda que los
investigadores que describen nuevos aislamientos de este virus y otros virus en esta especie
adopten un formato estandarizado para bases de datos y publicaciones públicas. La
convención de nomenclatura propuesta incluye una referencia al organismo huésped del que
se aisló el virus, el momento del aislamiento y el lugar del aislamiento (ubicación geográfica):
Virus / Aislamiento / Host / Fecha / Ubicación, p. SARS CoV 2 / X1 / Human / 2019 / Wuhan.
Esta designación completa junto con características adicionales e importantes, como la
asociación con patogenicidad en humanos u otros huéspedes, debe incluirse en la
presentación de cada secuencia del genoma aislado a las bases de datos públicas, p. Ej.
GenBank. En las publicaciones, este nombre podría ampliarse aún más con un ID de base de
datos de secuencia, p. Ej. SARS-CoV 2 / X1 / Human / 2019 / Wuhan_XYZ12345, cuando se
menciona por primera vez en el texto. Creemos que este formato informará sobre las
principales características de cada aislado de virus en particular (secuencia del genoma) que
son críticas para estudios epidemiológicos y de otro tipo posteriores, así como para las
medidas de control.

Observaciones finales: de centrarse en los patógenos a comprender las especies de virus

Históricamente, la salud pública y la investigación fundamental se han centrado en la

detección, contención, tratamiento y análisis de virus que son patógenos para los seres
humanos, sin tener en cuenta la exploración y definición de su diversidad genética y
características biológicas como especie. En este marco, la aparición de SARS-CoV-2 como
patógeno humano en diciembre de 2019 puede percibirse como completamente
independiente del brote de SARS-CoV en 2002-2003. Aunque el SARS-CoV-2 NO es un
descendiente del SARS-CoV (Fig.2B) y la introducción de cada uno de estos virus en los seres
humanos probablemente fue facilitada por factores externos desconocidos, los dos virus están
genéticamente tan cerca el uno del otro (Fig. 2C) que sus historias y características evolutivas
se informan mutuamente. Nuestro conocimiento de estos patógenos podría avanzar
significativamente si ambos virus se caracterizan junto con virus de otros orígenes, conocidos y
aún por descubrir, como parte de las especies de coronavirus relacionados con el síndrome
respiratorio agudo severo, con el objetivo a largo plazo de comprender la biología y la
evolución de esa especie, como es la norma en otras partes de la biología. Para conectar este
desarrollo con la atención médica, las herramientas de diagnóstico que se dirigen a toda la
especie deben complementar las herramientas existentes que detectan variantes patógenas
individuales.

Aunque este documento se centra en una sola especie de virus, los problemas planteados se
refieren a otras especies de la familia y posiblemente más allá. Como primer paso hacia la
apreciación de esta especie y sus primos, los investigadores, las revistas, las bases de datos y
otros organismos relevantes deberían adoptar referencias adecuadas a la taxonomía completa
de los coronavirus en estudio. Esto incluye que la especie de virus relevante se reconoce
explícitamente junto con los virus incluidos en esta especie siguiendo las reglas de
denominación de ICTV (Recuadro 4) que, lamentablemente, rara vez se observan en la práctica
común, lo que contribuye a la proliferación de la mezcla de virus y especies en la literatura (y
los autores de este artículo desean reconocer que tampoco fueron inmunes a este problema
en varios casos). Este ajuste necesario puede verse facilitado por la revisión importante de la
nomenclatura de especies de virus que actualmente está siendo discutida por ICTV y que se
planea implementar en un futuro próximo. Con este cambio en su lugar, el CSG se resuelve
para abordar la superposición significativa existente entre los nombres de virus y especies que
complica la apreciación y el uso del concepto de especie en su aplicación a los coronavirus.

Recuadro 1. Descubrimiento de virus: de una enfermedad a una libre de fenotipo

Comprender la causa de una enfermedad específica que se propaga entre individuos de la
misma especie biológica (infectividad) fue la principal fuerza impulsora para el descubrimiento
del primer virus, inicialmente en plantas, y muchos otros en todos los tipos de vida, incluidos
los humanos. La variedad de enfermedades y hospedadores con los que se confirmó la
asociación de virus específicos han sido las dos características clave y más apreciadas utilizadas
para definir virus que son invisibles a simple vista debido a su diminuto tamaño34. Pertenecen
al llamado fenotipo de virus, que incluye a aquellos que, como una enfermedad, están
formados por interacciones virus-huésped, p. Ej. tasa de transmisión o correlatos inmunes de
protección, y otros que son específicos de virus, p. la arquitectura de las partículas de virus.
Estas características fenotípicas son de importancia crítica para muchas decisiones y acciones
relacionadas con virus de importancia médica y económica, especialmente durante brotes de
enfermedades infecciosas graves, y dominan la percepción general de los virus.

Sin embargo, el hospedador no es definitivo ni se conoce la patogenicidad de una parte

importante (y de rápido crecimiento) de virus, incluidos muchos coronavirus descubiertos en
estudios de metagenómica que utilizan tecnología de secuenciación de próxima
generación35,36. Estos estudios analizan diversos especímenes ambientales y ensamblan
secuencias genómicas de virus, que circulan en la naturaleza y nunca han sido caracterizados a
nivel fenotípico. Por lo tanto, la secuencia del genoma es la única característica que se conoce
para la gran mayoría de los virus, y su uso para definir la identidad del virus en la virosfera es la
única opción disponible en el futuro. En este marco, un virus se define por la secuencia de su
genoma que instruye la síntesis de moléculas de polinucleótidos capaces de replicarse
autónomamente dentro de las células y diseminarse entre células u organismos en condiciones
apropiadas. Puede ser dañino o no para su huésped natural. Se pueden realizar estudios
experimentales para una fracción de virus conocidos, mientras que la genómica comparativa
computacional se utiliza para clasificar (y deducir características de) todos los virus.

Recuadro 2. Reconocimiento de la novedad del virus

Además de los haplotipos de una cuasiespecie de virus, los términos cepas y aislados son de
uso común para referirse a variantes de virus con variaciones genómicas más grandes, aunque
hay opiniones diferentes sobre qué término debe usarse en un contexto específico. Si un virus
candidato se agrupa dentro de un grupo de aislamientos, es una variante de este grupo y, en
otras palabras, puede considerarse un virus conocido. Por otro lado, si el virus candidato está
fuera de los grupos conocidos y sus distancias a los virus de estos grupos son comparables a las
observadas entre virus de diferentes grupos (distancias entre grupos), el virus candidato es
distinto y podría considerarse nuevo. Por lo general, esta evaluación se realiza in silico
utilizando análisis filogenéticos que pueden complicarse por tasas de evolución desiguales que
varían entre diferentes linajes de virus y sitios genómicos debido a la mutación, incluido el
intercambio de regiones del genoma en virus estrechamente relacionados (recombinación
homóloga). La genómica comparativa constituye también la base de los ensayos de PCR que
son adecuados para detectar virus establecidos y sus grupos in vitro. Si tales PCR no reconocen
el virus candidato, puede considerarse nuevo. Hay dos salvedades para los enfoques
anteriores. Dado que el muestreo actual de virus es pequeño y muy sesgado hacia virus de
interés médico y económico significativo, la composición del grupo varía enormemente entre
diferentes virus, tomando decisiones sobre la novedad específica del grupo y dependiendo de
la elección de criterios específicos seleccionados por los investigadores. En la práctica, esto
significa que la evidencia definitiva de la novedad en un grupo puede no resistir el escrutinio
en otro.
Los desafíos mencionados anteriormente se abordan específicamente en el marco de la
taxonomía de virus, que divide la variación genómica por encima del nivel de cepa /
aislamiento y desarrolla una nomenclatura de taxa única bajo la supervisión del ICTV. Para
decidir sobre la novedad del virus, los taxónomos utilizan los resultados de diferentes análisis,
aunque el análisis de secuencia comparativa juega un papel cada vez más importante y ahora
es la herramienta principal en la clasificación de coronavirus (Cuadro 3). La clasificación
taxonómica es jerárquica, utilizando grupos anidados (taxones) que pueblan diferentes niveles
(rangos) de clasificación. Los taxones de diferentes rangos difieren con respecto a la
divergencia por pares entre taxones, que aumenta desde el más pequeño en el rango de
especie hasta el más grande en el rango de reino. También se pueden distinguir por
marcadores específicos de taxón que caracterizan las agrupaciones naturales. Al clasificar un
virus, los investigadores deben definir y nombrar taxones solo en las categorías de especies y
géneros, mientras que completar otras categorías es opcional. Por tanto, la especie es la
unidad más pequeña y obligatoria de la taxonomía de virus. Solo si un virus crea un prototipo
de una nueva especie, se lo considerará verdaderamente novedoso en cuanto a taxonomía. En
este marco, un virus que atraviesa la barrera del hospedador y adquiere nuevas propiedades
sigue siendo parte de la especie original. Esta asociación puede persistir incluso después de
que el virus estableció una circulación permanente en el nuevo huésped, como probablemente
sucedió con los coronavirus de cuatro especies que circulan en humanos.

Recuadro 3. Clasificación de coronavirus

En el pasado, la clasificación de los coronavirus se basaba en gran medida en la reactividad

serológica (cruzada) que involucraba a la proteína S hasta que se basaba en un análisis de
secuencia comparativo de proteínas replicativas. La elección de proteínas y los métodos
utilizados para analizarlas han ido evolucionando desde principios de este siglo. Actualmente,
el CSG analiza 3CLpro, NiRAN, RdRp, ZBD y HEL1 (Fig. 2A), que reemplazaron los siete dominios
utilizados para el análisis entre 2009 y 2015. De acuerdo con nuestro conocimiento actual,
estos cinco dominios más esenciales son los únicos dominios que son conservado en todos los
virus del orden Nidovirales; se utilizan para la clasificación por todos los SG de nidovirus
(coordinado por el NSG).

Desde 2011, la clasificación de coronavirus y otros nidovirus ha sido asistida por el software
DEmARC (DivErsity pArtitioning by hieRarchical Clustering) que define taxones y rangos. Es
importante destacar que la participación de todas las secuencias del genoma del coronavirus
disponible en el momento del análisis permite la designación de criterios de demarcación en
toda la familia para todos los rangos, incluidas las especies, independientemente del tamaño
de la muestra de taxones, ya sea uno o cientos de virus. DEmARC delinea grupos monofiléticos
(taxa) de virus, utilizando agrupamiento de ligamiento ponderado en el espacio de distancia
patrística por pares (PPD) y de acuerdo con los rangos de clasificación definidos a través de
mínimos de costo de agrupamiento (CC) presentados como umbrales de PPD. La persistencia
de los umbrales frente al aumento del muestreo de virus se interpreta en el marco de DEmARC
como un reflejo de las fuerzas biológicas y los factores ambientales.

Específicamente, se cree que la recombinación homóloga, que es común en los coronavirus,

está restringida en las proteínas más esenciales, como las que se usan para la clasificación,
dentro de una especie. Esta restricción promueve la diversidad intraespecífica y contribuye a la
separación entre especies; por lo tanto, son entidades biológicas, lo que se desvía de la
definición actual de ICTV de especies de virus como construcciones artificiales. Para facilitar el
uso de umbrales de rango fuera del marco DEmARC, se convierten en% de diferencias por
pares (PD), que los investigadores suelen utilizar para llegar a una asignación tentativa de un
virus determinado dentro de la taxonomía de coronavirus después de un análisis filogenético
convencional de virus seleccionados.

Recuadro 4. Denominación de virus y especies de virus: funciones de la ICTV y la OMS

Además de los humanos y sus mascotas, los virus pueden ser las únicas entidades biológicas
que tienen nombres para prácticamente todos los representantes conocidos, además de los
grupos (taxones) que juntos constituyen la clasificación oficial de la taxonomía de virus. Este
tratamiento excepcional de los virus es un subproducto de la percepción histórica de los virus
como una característica de las enfermedades que causan (Recuadro 1) y la forma en que
generalmente catalogamos y clasificamos los virus recién descubiertos, más que una expresión
de apreciación de la individualidad del virus. Además de la enfermedad, también la geografía y
el organismo del que se aisló un virus determinado dominan el vocabulario del nombre,
grabando ocasionalmente conexiones que pueden ser accidentales (en lugar de típicas) con el
virus en la naturaleza. La denominación de virus está relacionada con el reconocimiento de la
novedad del virus (cuadro 2), que no está regulado formalmente; y no se han establecido
autoridades nacionales o globales para certificar la novedad del virus y aprobar nombres de
virus. Por lo tanto, corresponde principalmente a los descubridores de virus u otros
investigadores decidir sobre estos asuntos, y no es raro ver dos variantes del mismo virus con
nombres muy diferentes, si fueron descritos por diferentes investigadores.

Una de las prioridades de la Organización Mundial de la Salud (OMS), una agencia de las
Naciones Unidas, se ocupa de las enfermedades transmisibles, incluida la coordinación de las
actividades internacionales de salud pública destinadas a contener (y mitigar las consecuencias
de) las principales epidemias de virus. La OMS también considera la novedad del virus y tiene
la responsabilidad de nombrar las enfermedades causadas por virus humanos de reciente
aparición. Al hacerlo, la OMS a menudo adopta el enfoque tradicional de vincular virus con
enfermedades específicas (Cuadro 1) y evaluar la novedad por una aparente falla en la
detección del agente causal mediante ensayos de diagnóstico establecidos. Formalmente, ICTV
participó en la denominación de virus solo hasta que se introdujo la agrupación de los virus
más estrechamente relacionados en grupos (especies de taxones) y se estableció su
nomenclatura en la taxonomía. Desde entonces, los Grupos de Estudio especializados han
estado involucrados en la asignación de nombres de virus solo caso por caso como una
extensión de su mandato oficial y utilizando la experiencia especial de sus miembros. Sin
embargo, dado que los grupos de estudio son responsables de asignar virus a las especies de
virus, podrían desempeñar un papel importante en el avance del concepto de especie (que aún
no se ha apreciado por completo) a la comunidad de investigadores y otros, que pueden no
estar seguros de su importancia. El CSG adopta el enfoque basado en DEmARC para definir las
especies de virus (Cuadro 3). En la práctica, las especies de virus a menudo se ignoran o se
confunden con virus que forman parte de las respectivas especies. Este problema puede
aliviarse siguiendo estrictamente las reglas establecidas para la denominación de especies y
virus en esa especie. El nombre de la especie está en cursiva, comienza con una letra
mayúscula y NO debe escribirse en forma abreviada; ninguna de estas reglas y convenciones se
aplica a los nombres de virus, por lo tanto, el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus,
o SARS-CoV, como se conoce ampliamente.

Figuras legendarias
Fig. 1. Taxonomías de coronavirus y humanos. Se muestra una comparación de las taxonomías
de coronavirus seleccionados y los fundadores de la virología para las categorías taxonómicas
compartidas. Tenga en cuenta que estas dos taxonomías se desarrollan de forma
independiente utilizando criterios completamente diferentes.

Fig. 2. Filogenia de coronavirus. (A) MSA concatenados de la combinación de dominio de

proteínas utilizada para análisis filogenéticos y DEmARC de la familia Coronaviridae. Se
muestran las ubicaciones de los dominios replicativos conservados en el orden de Nidovirales
(5d, 5 dominios: 3CLpro, proteasa similar a 3C; NiRAN, nucleotidiltransferasa asociada a
nidovirus RdRp; RdRp, ARN polimerasa dependiente de ARN; HEL1, helicasa de superfamilia 1
con Zn corriente arriba -dominio de unión (ZBD)) en relación con varios otros dominios
codificados por ORF1a / b y otros marcos de lectura abiertos importantes en el genoma del
SARS-CoV. (B) El árbol de máxima verosimilitud (ML) de la especie Coronavirus relacionado con
el síndrome respiratorio agudo severo fue reconstruido por IQ-Tree 1.6.1 utilizando 83
secuencias con el modelo evolutivo que mejor se ajusta. Posteriormente, el árbol se purgó de
las secuencias más similares y se enraizó en el punto medio. El apoyo de las ramas se estimó
utilizando la prueba de razón de verosimilitud aproximada similar a Shimodaira-Hasegawa (SH-
aLRT) con 1000 repeticiones. Se muestran los ID de GenBank para todos los virus excepto
cuatro; SARS-CoV, AY274119.3; SARS-CoV-2 MN908947.3; SARSr-CoV_BtKY72, KY352407.1;
SARS-CoV_PC4-227, AY613950.1. (C) Se muestra un árbol IQ-Tree ML de un solo virus
representantes de trece especies y cuatro representantes de la especie Coronavirus
relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo, género Betacoronavirus. El árbol tiene
sus raíces con HCoV NL63 y HCoV-229E, que representan dos especies del género
Alphacoronavirus. Virus zoonóticos rojos con patogenicidad variable en humanos; naranja,
virus respiratorios comunes que circulan en humanos. Asterisk, la aprobación de ICTV para las
dos especies de coronavirus con nombres no en cursiva está pendiente.

Fig. 3. Demarcación de distancia por pares de especies de la familia Coronaviridae. (A) Matriz
diagonal de PPD de 2505 virus agrupados de acuerdo con 49 especies de coronavirus y
ordenados de la más a la menos poblada, de izquierda a derecha; verde y blanco, PPD más
pequeños y más grandes que el umbral entre especies (panel B), respectivamente. Las áreas de
los cuadrados verdes a lo largo de la diagonal son proporcionales al muestreo de virus de las
respectivas especies, y los prototipos de virus de las cinco especies más muestreadas se
especifican a la izquierda; asterisco, especies seleccionadas que incluyen virus cuyos PPD han
cruzado el umbral ("infractores"). Los infractores del umbral entre especies aparecen como
puntos blancos en los cuadrados verdes a lo largo de la diagonal y puntos verdes fuera de la
diagonal, respectivamente; como hay solo 656 puntos de este tipo (de un total de 6.275.025
puntos) en el panel, es posible que ni siquiera sean visibles; esto es una indicación del fuerte
apoyo a la agrupación de virus entre especies. (B) PPD intraespecíficos máximos (eje X, escala
lineal) representados frente al muestreo de virus (eje Y, escala logarítmica) para 49 especies
(puntos verdes) de Coronaviridae. Se indican los acrónimos de los prototipos de virus de las
siete especies más muestreadas. Secciones de parcela verde y azul, rangos de PPD
intraespecies e intra subgéneros. Línea negra vertical, umbral entre especies.

Fig. 4. Distancias por pares entre virus seleccionados dentro de la especie Coronavirus
relacionado con el síndrome respiratorio agudo severo. Se muestran los PD en% de residuos
no idénticos (eje Y) para cuatro virus que representan tres linajes filogenéticos principales de la
especie (Fig. 2B) y todos los pares de los 256 virus de esta especie ("Todos los pares"). Los
valores de PD se derivaron de los valores de PPD (Fig. 3).
Fig. 5. Novedad viral y denominación de los tres coronavirus zoonóticos emergentes en las
primeras décadas del siglo XXI. Año, indica el año en el que se identificó por primera vez el
virus. (A) Las evaluaciones independientes de la novedad del virus realizadas por el ICTV-CSG y
la OMS durante los tres brotes llegaron a conclusiones diferentes. Las flechas verticales indican
el grado de novedad del virus según la taxonomía. (B) Historia de la denominación de
coronavirus durante los tres brotes zoonóticos en relación con la taxonomía del virus y la
enfermedad (manifestación clínica).

FIGURA 1

FIGURA 2
FIGURA 3

FIGURA 4
FIGURA 5