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Otro aspecto a tener en cuenta cuando se trabaja con un disco duro es la
fragmentación externa. Esto consiste en la pérdida de velocidad de acceso debido a que los ficheros están distribuidos en diferentes trozos del disco y los cabezales pierden tiempo saltando de un trozo a otro buscándolos por el disco. Esta fragmentación se produce al grabar información en el disco. El ordenador busca los clusters libres y allí la graba, no preocupándose si estos están contiguos. Windows incorpora en el apartado de herramientas del sistema un desfragmentador de disco. Si hay movimiento de información en el disco es conveniente utilizarlo para lograr un buen rendimiento del disco. En caso contrario no es necesario.
El disco duro está organizado en pistas, sectores y clusters en los cuales