Unidad 3.3 Macromoléculas - Enzimas - 201810

UNIDAD 3.
MACROMOLÉCULAS, METABOLISMO E
INTEGRACIÓN METABÓLICA
ENZIMAS (1):
• Generalidades
• Propiedades
• Clasificación
• Factores que afectan la velocidad enzimática
• Cinética enzimática
UNIDAD 3. MACROMOLÉCULAS: ENZIMAS
Lecturas:
Recent advances in (therapeutic protein) drug development:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5302153/
, y, Versatile and on-demand biologics co-production in yeast:
https://www.nature.com/articles/s41467-017-02587-w#Fig1
Objetivos del tema a ver:
• Entender cómo funcionan las enzimas como
catalizadores.
• Conocer los diferentes tipos de reacciones enzimáticas.
• Conocer la clasificación y nomenclatura de las enzimas.
• Conocer los diferentes procesos de catálisis enzimática.
• Entender los conceptos básicos de la cinética enzimática.
• Conocer los usos clínicos de las enzimas como
biomarcadores.
UNIDAD 3. ENZIMAS: GENERALIDADES
• Las enzimas son proteínas (generalmente) que actúan
como catalizadores: aumentan la velocidad de una
reacción química sin ser consumidas en la reacción.
• Son específicas (gran diversidad de enzimas que catalizan
alrededor de 4000 reacciones bioquímicas diferentes).
Ribozimas: tipos de ARN que actúan como enzimas.
• Usualmente catalizando la escisión y la síntesis de
enlaces fosfodiéster.
Especificidad de las enzimas:

• Modelo de la "llave-cerradura:" las enzimas presentan
una alta especificidad debido a que la enzima y su
sustrato(s) presentan una alta complementariedad
geométrica.
• Modelo del encaje inducido: modificación al modelo de
la llave-cerradura basado en que las enzimas son
estructuras flexibles, y su conformación estructural
puede cambiar al interaccionar el sitio activo de la
enzima con el sustrato, permitiendo una perfecta
adaptación al sustrato para cumplir su función catalítica.
• Enzimas promiscuas (primitivas): pueden actuar sobre
una gran variedad de sustratos.
Se teoriza que las primeras

enzimas debieron ser
altamente promiscuas para
crear las nuevas múltiples
redes metabólicas. Dicha
versatilidad catalítica
original se fue perdiendo en
un proceso evolutivo de
especialización.
Enzimas promiscuas (primitivas): reacciones catalizadas
por enzimas altamente promiscuas tienen más
probabilidades de aparecer uniformemente distribuidas entre
especies en el árbol de la vida.
Reacciones
catalizadas por una
enzima altamente
específica son
compartidas por
especies poco
divergentes
(posteriores en la
evolución).
Estructuras:
• En general son proteínas globulares de tamaños variables
(62 a 2500 AA).
• Su actividad está determinada por su estructura
tridimensional.
• Son más grandes que sus substratos.
Telomerasa
Estructuras:
• Las enzimas poseen sitios: para interactuar con el
sustrato, sitio catalítico, sitios para los cofactores.
Estructura de la enzima lisozima

(muramidasa): el sitio de
interacción con el sustrato,
peptidoglicano (en azul), el sitio
catalítico (en rojo) y el sustrato,
peptidoglicano (en negro).
Cataliza la hidrólisis de las
uniones beta 1,4 entre los
residuos de ácido N-
acetilmurámico y N-acetil-D-
glucosamina del peptidoglicano.
Estructuras: sitio catalítico.
La "tríada catalítica" en el sitio activo de la quimotripsina: el

sitio activo contiene aspartato 102, histidina 57 y serina 195.
Aspartato y histidina cooperan para desprotonar el grupo
hidroxilo de serina, que a continuación ataca al enlace
peptídico del sustrato.
Estructuras: sitio catalítico.
Una Ser desprotonada realiza un ataque nucleofílico sobre el

grupo carbonilo del enlace peptídico del sustrato. El fragmento
N-terminal se une covalentemente a Ser. Luego, Asp y His
desprotonan agua, y el ion hidróxido formado ataca el grupo
carbonilo del fragmento peptídico N-terminal unido a la Ser.
• En ausencia de la catálisis enzimática, la mayoría de las
reacciones bioquímicas serían tan lentas que no se
producirían bajo las condiciones suaves de temperatura y
pH que son compatibles con la vida (~37°C y pH ~7.4).
• Las enzimas pueden acelerar las tasas de reacción por más
de un millón de veces (de años a fracciones de segundos).
La mayoría de las reacciones

catalizadas por enzimas son
altamente eficientes,
procediendo de 103 a 108 veces
más rápido que las reacciones
no catalizadas. Típicamente,
cada molécula de enzima es
capaz de transformar 100 a
1000 moléculas de sustrato en
producto cada segundo.
• Aceleran las reacciones proporcionando una vía de reacción
alternativa de menor energía de activación.
Para que la reacción ocurra,

S debe pasar primero por
un estado de transición
de energía más alta
(energía de activación). La
presencia de una enzima
reduce la energía de
activación y se acelera la
velocidad de la reacción.
Su actividad puede ser afectada por:
• Inhibidores o activadores enzimáticos.
• Disponibilidad de cofactores.
• Drogas.
• Temperatura.
• pH.
• Concentración de la propia enzima.
• Concentración del sustrato y de productos finales.
• Modulación alostérica.
• Modificación covalente.
• Activación por proteólisis.
• Isoenzimas.
• Regulación: las enzimas pueden ser activadas o inhibidas
de acuerdo a las necesidades de la célula.
Cofactores: algunas enzimas requieren la unión de estas
moléculas no proteicas para ejercer su actividad. Son
compuestos inorgánicos (Ej. Iones metálicos y complejos
ferrosulfurados) o compuestos orgánicos (Ej. La flavina o el
grupo hemo).
Cofactores: Ej. Para la quinasa CDK2 el mismo ión Mg2+ puede
tener efectos activadores o inhibidores. A, Arquitectura general
de la quinasa CDK2 con ADP y 2 Mg unidos en la hendidura del
sitio activo, el bucle rico en glicina (azul) y el sustrato (rojo). B,
CDK2 Ciclo catalítico que implica la unión transitoria y la
liberación del segundo ion de magnesio.
Cofactores orgánicos (coenzimas): pueden ser a su vez
grupos prostéticos (se unen fuertemente a la enzima).
• Incluyen compuestos como el NADH, el NADPH y el ATP.
Algunos son vitaminas: Ej. Riboflavina, tiamina y ácido
fólico (deben ser incorporados en la dieta).
Formas activas de
mononucleótido de
flavina de riboflavina
(FMN) y dinucleótido
de adenina de flavina
(FAD) funcionan como
cofactores para una
variedad de reacciones
de la enzima
flavoproteínas
(oxidorreductasas).
Las vitaminas solubles en agua funcionan como coenzimas:
en todos los casos excepto la vitamina C, la vitamina debe
ser modificada antes de que pueda servir a su función.
Vitamin Coenzyme
Thiamine (B1) Thiamine pyrophosphate
Riboflavin (B2) Flavin adenine dinucleotide (FAD)
Pyridoxine (B6) Pyridoxal phosphate
+
Nicotinic acid (niacin) Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD )
Pantothenic acid Coenzyme A
Biotin Biotin-lysine complexes (biocytin)
Folic acid Tetrahydrofolate
B12 5′-Deoxyadenosyl cobalamin
C (ascorbic acid)
Cofactores:
Cofactores:
• Los grupos químicos intercambiados:
• Ion hidruro (H-): transportado por NAD (nicotinamida
adenina dinucleótido)
RH2 + NAD+ → NADH + H+ + R
(NADH, especie reducida que puede ser usado como
donador de electrones).
Cofactores:
• Los grupos químicos intercambiados: (continuación)
• Grupo fosfato transportado por el ATP (adenosín
trifosfato): ATP tiene enlaces de alta energía que unen
los grupos fosfato, la cual se libera al romperse para ser
usada en diferentes funciones biológicas.
Molécula de ATP y su hidrólisis a ADP + Pi:

Cofactores:
• Grupo funcional acetilo (-COCH3): transportado por la
coenzima A para procesos de acetilación. Ej. El ácido
pirúvico antes de entrar al ciclo de Krebs, pierde CO2, es
oxidado por NAD. El grupo acetilo (2 C) se une a la
coenzima A, formando acetil-CoA).
Cofactores:
• Grupos formil, metenil o metil transportados por el
ácido fólico (Vit. B9): Ej. Grupo formilo (-CHO) es
necesario para la síntesis de purinas (adenina y guanina).
Cofactores:
• Grupos formil, metenil o metil transportados por el
ácido fólico (Vit. B9):
Martin Kohlmeier et al. PNAS 2005;102:16025-16030

Cofactores:
Metilación del ADN catalizada por ADN metiltransferasa.

ADN metiltransferasa transfiere el grupo metilo de S-
adenosil metionina (SAM-CH3) a citosina produciendo S-
adenosil homocisteína (SAH) y 5-metilcitosina.
Cofactores:
Anhhidrasa carbónica
humana II. El átomo de
zinc (gris) rodeado por 3
moléculas de histidina.
La anhidrasa carbónica
primero cataliza la
conversión de CO2 en ion
bicarbonato y ácido
carbónico en los glóbulos
rojos. Al llegar a los
pulmones, la enzima
reconvierte los iones
bicarbonato de nuevo a
CO2 para ser exhalado.
Apoenzimas: enzima que no

está unida al cofactor (forma
inactiva).
Holoenzima: unión de una
apoenzima y un cofactor(es)
(forma activa). La mayoría de
los cofactores no se unen
covalentemente a sus enzimas.
El termino holoenzima es
también aplicado a enzimas que
contienen múltiples
subunidades (Ej. ADN
polimerasa).
Efectos de temperatura (T): ↑ T ↑ las colisiones aleatorias
entre moléculas.
• ↑ T ↑ velocidad de una reacción enzimática hasta cierto
punto, un aumento adicional la disminuye abruptamente.
• La mayoría de las enzimas animales se desnaturalizan
rápidamente a temperaturas superiores a 40° C.
Un aumento de temperatura
suficientemente grande rompe
los enlaces débiles que
determinan la forma
tridimensional de las
proteínas activas,
conduciendo a la
desnaturalización térmica de
la proteína y su inactivación.
Efectos del pH:
• Los valores de pH extremadamente altos o bajos
generalmente dan lugar a una pérdida completa de actividad
para la mayoría de las enzimas.
• El pH óptimo donde la enzima es más activa variará mucho
de una enzima a otra.
Enzyme Optimum pH
Lipase (pancreas) 8.0
Lipase (stomach) 4.0 - 5.0
Lipase (castor oil) 4.7
Pepsin 1.5 - 1.6
Trypsin 7.8 - 8.7
Urease 7.0
Invertase 4.5
Maltase 6.1 - 6.8
Amylase 6.7 - 7.0
(pancreas)
Amylase (malt) 4.6 - 5.2
Catalase 7.0
Efectos de la concentración de la enzima:
• Un aumento de la concentración enzimática aumentará la
velocidad de reacción (mayor número de enzimas chocando
con las moléculas del sustrato). Un efecto que se presenta
hasta cierto punto cuando la concentración de la enzima
no sea un factor limitante.
Efectos de la concentración del sustrato:
• Un aumento de la concentración de sustrato aumenta la
velocidad de reacción (mayor número de moléculas de
sustrato chocando con moléculas de la enzima y formando más
producto).
• Sin embargo, después de cierta concentración del sustrato
la velocidad de la reacción no aumentará al saturarse las
enzimas (la concentración de sustrato ya no será el factor
limitante).
Dinámica interna de las enzimas y función: hay movimientos
en la estructura de la enzima (AA, grupos de AA o dominios
completos) que son esenciales para poder cumplir su función.
En general todos los residuos la enzima contribuyen en esos
movimientos dinámicos.
la transición alostérica de una
enzima entre los estados
relajado (R) y tenso (T). Los
cuales son mediados por un
agonista o activador (A), un
inhibidor (I) y un sustrato (S).
Los sitios alostéricos son
zonas que reconocen estos
mediadores que generan un
cambio en la conformación
estructural de la enzima
(afectando el sitio activo para
controlar la actividad enzimática).
Modificación covalente: la unión covalente de otra
molécula puede modificar la actividad de las enzimas (la
molécula donadora proporciona grupo funcional que modifica
las propiedades de la enzima).
• La mayoría de las modificaciones son reversibles.
• Fosforilación y desfosforilación son más comunes.
Fosforilación de
serina, treonina o
tirosina
Modificación covalente: Defosforilación
Defosforilación
Modificación covalente: fosforilación
Regulación de la
actividad de CDK por
ATR, CHK1 y WEE1.
Modificación covalente: Acetilación.
• Las histonas más fuertemente acetiladas están asociadas
con genes que están siendo transcritos activamente
(acetiltransferasas y desacetilasas están reguladas por la
fosforilación).
Acetilación y
desacetilación de
histonas.
Ocurre principalmente en la lisina de las histonas 3 y 4.

Activación por proteólisis: ocurre en enzimas que se
sintetizan como precursores inactivos y son activados al
romperse uno o mas enlaces peptídicos específicos.
• Precursor inactivo: zimógeno

• No se necesita una fuente de
energía (ATP) para la ruptura
(en contraste con la regulación
reversible por fosforilación).
• La activación proteolítica
ocurre sólo una vez en la vida
de una molécula enzimática
(en contraste con el control
alostérico y la modificación
covalente reversible).
Activación por proteólisis: Zimógenos gástricos y
pancreáticos.
Site of synthesis Zymogen Active enzyme

Stomach Pepsinogen Pepsin
Pancreas Chymotrypsinogen Chymotrypsin
Pancreas Trypsinogen Trypsin
Pancreas Procarboxypeptidase Carboxypeptidase
Pancreas Proelastase Elastase
Isoenzimas: son enzimas que difieren en la secuencia de AA
pero catalizan la misma reacción. En general, estas enzimas
muestran diferentes parámetros cinéticos o diferentes
propiedades reguladoras.
• Permiten el ajuste fino del metabolismo para satisfacer las
necesidades particulares de un determinado tejido o etapa del
desarrollo.
Lactato deshidrogenasa (LDH):
síntesis y metabolismo
anaeróbico de la glucosa. 2
cadenas polipeptídicas
isozímicas para la enzima: H
(altamente expresada en el
corazón) y M (encontrada en el
músculo esquelético) con
secuencias de AA idénticas en
un 75%.
Isoenzimas:
La enzima funcional de LDH es tetramérica, y son posibles
muchas combinaciones diferentes de las dos subunidades.
M4 funciona óptimamente en un ambiente
anaerobio y H4 en ambiente aeróbico.
Lactato deshidrogenasa (LDH):
síntesis y metabolismo
anaeróbico de la glucosa. 2
cadenas polipeptídicas
isozímicas para la enzima: H
(altamente expresada en el
corazón) y M (encontrada en el
músculo esquelético) con
secuencias de AA idénticas en
un 75%.
Inhibidores enzimáticos: pueden ser reversibles e
irreversibles.
• Los irreversibles: se unen covalentemente a la enzima (E)
sin posibilidad de revertir la modificación. Ej. Aspirina:
inactivación irreversible de la ciclooxigenasa 1 (COX-1).
irreversibles.
• Los reversibles: unidos de forma reversible a la E.
• Competitivas: sustrato (S) e inhibidor (I) no se pueden
unir a la enzima al mismo tiempo (S y I compiten por el
sitio).
irreversibles.
• Los reversibles: unidos de forma reversible a la enzima.
• Acompetitivas: el I se une al complejo E-S aumentando
la afinidad del S a la E, dificultado la disociación de S
(previniendo la formación de los productos).
irreversibles.
• Los reversibles: unidos de forma reversible a la E.
• Inhibición no competitiva: la unión del I con E reduce su
actividad pero no afecta la unión con S.
irreversibles.
• Los reversibles:
• Mixtas: I se une a un sitio distinto del sitio activo.
• Reduce la tasa de formación del producto.
• Puede unirse a E o ES.
Enzimas multifuncionales: realizan múltiples funciones
fisiológicas.
• Poseen al menos dos actividades enzimáticas distintas y
dos sitios activos distintos.
• Ambos sitios activos ejecutan funciones independientes, y
la inactivación de uno no afecta al otro.
• Generan opciones de supervivencia al emplear vías
alternativas para coordinar múltiples actividades.
Enzimas multifuncionales:
3 reacciones consecutivas son catalizadas por 3 sitios

activos de la enzima carbamoil fosfato sintetasa.
Tipos de reacción enzimáticas: pueden ser de varios tipos.
Types of Reactions
Single Substrate - Single Product : A ⇄ B
Single Substrate - Multiple Products : A ⇄ B + C
Multiple Substrates - Single Products : A + B ⇄ C
Multiple Substrates - Multiple Products : A + B ⇄ C + D
Las enzimas que catalizan reacciones que implican más

de un sustrato lo realizan de un modo secuencial, el
cual puede ocurrir de un modo ordenado o aleatorio.
Unión secuencial ordenada: como el caso del lactato
deshidrogenasa que requiere que el NADH se una antes del
piruvato. Ya que la unión del NADH cambia la forma de la
enzima para poder recibir el piruvato (modo inducido de la
catálisis).
La unión de los sustratos debe ocurrir en el orden

correcto para que la reacción continúe!
Unión aleatoria: como el caso de la creatina quinasa, en el que
los sustratos pueden unirse a ella en cualquier orden sin
afectar la reacción.
Las enzimas que catalizan reacciones que implican

más de un sustrato lo realizan de un modo
secuencial, el cual puede ocurrir de un modo
ordenado o aleatorio.
Reacciones de doble desplazamiento o "ping-pong": en estas
enzimas, la enzima funciona tanto como un catalizador como
un portador de un grupo entre sustratos unidos
individualmente. Un ejemplo de esto son las transaminasas:
Preguntas:
• Explique qué son las enzimas y que función cumplen.
• Explique el Modelo de la "llave-cerradura” de las enzimas.
• Explique el mecanismo de acción de las proteínas.
• Explique que es una apoenzima y que es una holoenzima.
• Explique qué es cofactor, que tipos hay y de un ejemplo de
estos.
• Explique en qué consiste la termodinámica enzimática.
• Explique de que dependen las velocidades de las enzimas y
como se afectan.
• Explique los diferentes tipos de inhibición enzimática.
• Nombre los diferentes tipos de reacciones enzimáticas.
• Explique la diferencia entre una unión secuencial ordenada y
una aleatoria.
Preguntas:
• Explique en que consiste una reacción de doble
desplazamiento.
UNIDAD 3. MACROMOLÉCULAS, METABOLISMO E
INTEGRACIÓN METABÓLICA
ENZIMAS (2):
• Clasificación
• Factores que afectan la velocidad enzimática
• Cinética enzimática
UNIDAD 3. MACROMOLÉCULAS: ENZIMAS
Lecturas:
https://www.nature.com/news/crispr-gene-editing-is-just-
the-beginning-1.19510
UNIDAD 3. CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE ENZIMAS
El nombre de la enzima es derivado del sustrato o la

reacción química que cataliza y la terminación -asa. Ej.
Lactasa (sustrato lactosa), alcohol deshidrogenasa (la
reacción de "deshidrogenar").
• El número de la Comisión de Enzimas (Enzyme
Commission number- EC number): es un esquema de
clasificación numérica para enzimas, basado en las
reacciones químicas que catalizan.
• Seis grandes clases de enzimas (existentes en la
actualidad): oxidorreductasas, transferasas, hidrolasas,
liasas, isomerasas y ligasas.
• Cada código enzimático consta de: las letras "EC"
seguido de cuatro números separados por puntos.
• El número de la Comisión de Enzimas (Enzyme

Commission number- EC number):
• Ej. Las aminopeptidasas de tripéptidos tienen el código
"EC 3.4.11.4", cuyos componentes indicar los siguientes
grupos de enzimas:
• EC3: son hidrolasas, enzimas que utilizan agua para
romper alguna otra molécula.
• EC3.4: son hidrolasas que actúan sobre enlaces
peptídicos.
• CE 3.4.11: son aquellas hidrolasas que se separan del
aminoácido amino-terminal de un polipéptido.
• CE 3.4.11.4: son aquellos que se separan del extremo
amino-terminal de un tripéptido.
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
• EC1 Oxidorreductasas: catalizan reacciones de
oxidorreducción o redox.
• Precisan la colaboración de las coenzimas de
oxidorreducción (NAD+, NADP+, FAD), las cuales
aceptan o ceden electrones.
• Después de la reacción estas coenzimas quedan en
grado de oxidación y deben ser recicladas para una
nueva reacción. Ej. Deshidrogenasas, peroxidasas.
Lactato deshidrogenasa cataliza la oxidación reversible

del lactato al piruvato usando el cofactor NAD+.
EC (Enzyme Commission numbers):
• EC2 Transferasas: transfieren grupos activos (Ej.
Transaminasas, quinasas).
Cuando la insulina se une al receptor, este fosforila la proteína IRS-1 activando

diferentes vías de señalización, una de ellas produce el reclutamiento del
transportador de glucosa GLU4 a la membrana celular.
• EC3 Hidrolasas: catalizan reacciones de hidrólisis (Ej.
glucosidasas, lipasas).
La glucosa en el extremo libre es liberada por la enzima

desramificadora.
• EC4 Liasas: catalizan reacciones en las que se eliminan
grupos como H2O, CO2 y NH3 para formar un doble enlace o
añadirse a un doble enlace (Ej. Descarboxilasas).
Piruvato descarboxilasa mediando la descarboxilación

de un grupo acilo del piruvato.
• EC5 Isomerasas: cambian los isómeros funcionales (Ej.
epimerasas [mutasa]).
Glucosa-6-fosfato isomerasa cataliza la reacción reversible

entre glucosa-6-fosfato (una aldohexosa) y fructosa-6-
fosfato (una cetohexosa).
• EC6 Ligasas: unen dos moléculas por síntesis de nuevos
enlaces C-O, C-S, C-N o C-C con descomposición
simultánea de ATP.
ADN ligasa: en una reacción de ligación, los extremos 3

'hidroxilo y 5' fosfato de dos cadenas de ADN son unidos
entre sí mediante la formación de un nuevo enlace
fosfodiéster.
UNIDAD 3. CATÁLISIS ENZIMÁTICA
La interacción entre la enzima y el sustrato no sólo favorecen
la unión del sustrato sino que también estabilizan el estado de
transición, disminuyendo así la energía de activación. Lo que
puede promover cambios estructurales en la enzima y el
sustrato favoreciendo la catálisis (aceleración de la tasa de
una reacción química) gracias a un proceso de ajuste inducido.
Las enzimas comúnmente emplean una o más de las

siguientes estrategias para catalizar reacciones específicas:
• Catálisis covalente
• Catálisis ácido-base general
• Catálisis de iones metálicos
• Catálisis por aproximación
• Catálisis covalente: el sitio activo contiene un grupo
reactivo, normalmente un nucleófilo potente, el cual es
modificado covalentemente de una forma temporal en el
curso de la catálisis. Ej. La enzima proteolítica quimotripsina.
En primer lugar, el grupo hidroxilo de serina 195 altamente reactivo

(nucleófilo) ataca al grupo carbonilo del sustrato para formar el
intermedio de acilo-enzima. En segundo lugar, el intermedio acilo-
enzima se hidroliza para liberar el componente de ácido carboxílico
del sustrato y regenerar la enzima.
• Catálisis ácido-base general: en general, en este caso una
molécula distinta del agua es utilizada como donador o
aceptor de protones. Ej. La quimotripsina utiliza un residuo
de histidina como catalizador base para potenciar el poder
nucleofílico de la serina 195.
La cadena lateral de la serina 195 forma un puente de H

con el anillo de imidazol de histidina 57.
• Catálisis de iones metálicos: Los iones metálicos pueden
funcionar catalíticamente de varias maneras.
• Sirviendo como un catalizador electrófilo: estabilizando
una carga negativa sobre un intermedio de reacción.
• Generarando un nucleófilo: aumentando la acidez de
una molécula cercana, tal como el agua en la hidratación
del CO2 por anhidrasa carbónica.
• Uniendose al sustrato: aumentando el número de
interacciones con la enzima y por tanto, la energía de
unión. Ej. Nucleósido monofosfato (NMP) quinasas.
• Catálisis de iones metálicos:.
• Generarando un nucleófilo. Ej. La hidratación del CO2
por anhidrasa carbónica.
La unión al zinc
disminuye el pKa del H20.
Con el pKa reducido, se
genera una
concentración sustancial
de HO- (unido a zinc) a pH
neutro. Un HO- unido al
zinc es suficientemente
nucleófilico para atacar
CO2 mucho más
fácilmente que el H20.
• Catálisis de iones metálicos:
• Uniendose al sustrato. Ej. Nucleósido monofosfato
(NMP) quinasas.
El Mg2+ no es un
componente del sitio
activo. Los nucleótidos
como ATP se unen a
estos iones, y el
complejo ion metalico-
nucleótido es el
verdadero sustrato para
las enzimas.
Aquí vemos, el complejo
de ATP- Mg2+ + ligado a
adenilato quinasa.
• Catálisis por aproximación: Muchas reacciones incluyen dos
sustratos distintos. En tales casos, la velocidad de reacción
mejora considerablemente al reunir los dos sustratos en
una sola superficie de la enzima. Ej. NMP quinasas
aproximan dos nucleótidos para facilitar la transferencia de
un grupo fosforilo de un nucleótido al otro.
• Catálisis por aproximación: Ej. NMP quinasas aproximan
dos nucleótidos para facilitar la transferencia de un grupo
fosforilo de un nucleótido al otro.
La interacción del ATP con la adenilato quinasa induce

cambios conformacionales. La unión del segundo sustrato
induce más cambios, asegurando una conformación
catalíticamente competente al unir el donante y el aceptor.
UNIDAD 3. CINÉTICA ENZIMÁTICA
Una descripción cinética de la actividad de una enzima en general
seria que la velocidad de catálisis (V0) que se define como el
número de moles de producto formado por segundo, varía
con la concentración de sustrato [S]. La velocidad de catálisis
aumenta linealmente a medida que aumenta la concentración
de S, luego se nivela, aproximándose a un máximo a
concentraciones altas de S.
UNIDAD 3. MODELO CINÉTICO:MICHAELIS-MENTEN
A una concentración fija de E, V0 es casi linealmente
proporcional a [S] cuando [S] es pequeña pero es casi
independiente de [S] cuando [S] es grande. En 1913, Leonor
Michaelis y Maud Menten propusieron este modelo para
explicar estas características cinéticas.
UNIDAD 3. MODELO CINÉTICO: MICHAELIS-MENTEN
La característica crítica en el modelo propuesto es que un
complejo ES específico es un intermedio necesario en la
catálisis. El cual explica las propiedades cinéticas de muchas
enzimas:
Una enzima (E) se combina con el sustrato (S) para formar un

complejo ES, con una constante de velocidad k1. El complejo ES
tiene dos destinos posibles. Puede disociarse a E y S, con una
constante de velocidad k-1, o puede proceder a formar el
producto (P), con una constante de velocidad k2.
La ecuación de Michaelis-Menten:
Cuando [S] = KM, entonces V0 = Vmax /2.
KM es igual a la
concentración de S
cuando la velocidad
de reacción es la
mitad de su valor
máximo
Los valores de KM de las enzimas varían ampliamente. Para la
mayoría de las enzimas, KM está entre 10-1 y 10-7M. El valor de
KM para una enzima depende del sustrato particular y de las
condiciones ambientales tales como el pH, la temperatura y la
fuerza iónica.
La constante de Michaelis, KM, tiene dos significados: En

primer lugar, KM es la concentración de sustrato a la que se
llenan la mitad de los sitios activos. Por lo tanto, KM
proporciona una medida de la concentración de sustrato
requerida para que ocurra catálisis significativa. Para
muchas enzimas, la evidencia experimental sugiere que KM
proporciona una aproximación de la concentración del
sustrato in vivo. Cuando se conoce la KM, la fracción de sitios
llenos, fES, a cualquier concentración de sustrato se puede
calcular:
La constante de Michaelis, KM: Igualmente, la KM está
relacionada con las constantes de velocidad de las etapas
individuales del esquema catalítico.
Considerando un caso limitante en el que k-1 es mucho

mayor que k2. En tales circunstancias, el complejo ES se
disocia a E y S mucho más rápidamente que el producto se
forma. Bajo estas condiciones (k-1 >> k2):
En este caso, KM es igual a la constante
de disociación del complejo ES
Un KM alto indicaría una unión débil de ES y un KM bajo

indicaría unión fuerte de ES.
Por tanto KM es considerado un parámetro de la actividad
enzimática:
• KM es inversamente proporcional con la actividad de la

enzima.
• Valor grande de KM , indicaría una baja actividad

enzimática.
• Valor pequeño de KM , indicaría una alta actividad

enzimática.
La tasa máxima, Vmax, revela el número de moléculas de S
convertidas en P por una molécula de E en una unidad de
tiempo cuando E está completamente saturada con S
(recambio). Es igual a k2, llamada kcat. Vmax, revela el número
de recambio de una enzima si se conoce la concentración de
sitios activos [E]T:
Ej. Una solución 10-6 M de anhidrasa carbónica cataliza la

formación de 0.6 M H2CO3 por segundo cuando está
completamente saturada con sustrato. k2 es 6 × 105 s-1. Cada
reacción catalizada tiene lugar en un tiempo igual a 1/k2, que
es 1,7 μs para la anhidrasa carbónica. Los números de
recambio de la mayoría de las enzimas con sus sustratos
fisiológicos están entre 1 a 104 por segundo.
UNIDAD 3. ENZIMAS EN CLÍNICA
Los marcadores enzimáticos: son análisis que se realizan de
los diferentes fluidos del cuerpo (especialmente sangre) que
analizan una actividad enzimática específica.
El monitoreo del
aumento o
disminución de
diferentes niveles
enzimáticos puede
ayudar en el
diagnóstico de una
variedad de
condiciones
médicas.
Marcadores hepáticos: niveles anormales de enzimas
hepáticas pueden indicar daño hepático o alteración en el flujo
biliar.
• Aspartato aminotransferasa (AST) y alanina
aminotransferasa (ALT) son enzimas que catalizan la
transferencia de grupos α-amino de aspartato y alanina al
grupo α-ceto del ácido cetoglutárico para generar ácidos
oxalacético y pirúvico respectivamente.
• Ambas aminotransferasas están altamente concentradas
en el hígado. AST también está difusamente representada en
corazón, músculo esquelético, riñones, cerebro y glóbulos
rojos, y ALT tiene bajas concentraciones en músculo
esquelético y en riñón.
Los pacientes con lesiones hepáticas virales o isquémicas
agudas o tóxicas alcanzan los niveles séricos más altos de
aminotransferasas, y las hepatitis crónicas como los pacientes
cirróticos pueden tener niveles de aminotransferasas dentro
del rango de referencia.
biliar.
• La fosfatasa alcalina (ALP): enfermedades hepáticas y
óseas son las causas más comunes de elevación patológica
de los niveles de ALP. ALP hepática está presente en la
superficie del epitelio del conducto biliar.
• La colestasis (detención del flujo de bilis hacia el duodeno)
aumenta la síntesis y liberación de ALP.
• La acumulación de sales biliares aumenta su liberación
de la superficie celular.
biliar.
• γ-Glutamil transpeptidasa: presente en los hepatocitos y en
las células epiteliales biliares. Los mecanismos de alteración
son similares a los descritos para la fosfatasa alcalina.
• Se pueden observar niveles elevados de GGT en una
variedad de enfermedades no hepáticas, incluyendo
enfermedad pulmonar obstructiva crónica e
insuficiencia renal, y pueden estar presentes durante
semanas después del infarto agudo de miocardio.
biliar.
• La bilirrubina: es el producto del catabolismo de la
hemoglobina dentro del sistema reticuloendotelial (bazo). La
descomposición de Heme determina la formación de
bilirrubina no conjugada, que luego se transporta al
hígado. En el hígado, la UDP-glucuroniltransferasa conjuga
la bilirrubina con el ácido glucurónico, y para ser excreta
en la bilis.
• En las personas sanas, la bilirrubina conjugada está
prácticamente ausente del suero al ser rápidamente
secretada vía biliar. Sus niveles están aumentados
cuando el hígado ha perdido al menos la mitad de su
capacidad excretora, indicando un signo de enfermedad
hepática.
biliar.
Marcadores pancreáticos: tres enzimas derivadas de células
acinares pancreáticas: amilasa, lipasa y la proenzima
tripsinógeno han sido probadas como marcadores bioquímicos
de pancreatitis aguda.
• La amilasa sérica: es la más comúnmente utilizada en la
práctica clínica. Un nivel elevado de actividad de la amilasa
sérica de por lo menos tres veces el límite superior de la
normalidad, apoya el diagnóstico de pancreatitis aguda
(más de 1000 UI/l).
En el caso de
pancreatitis crónica
los niveles séricos de
amilasa pueden
aumentar hasta 40
veces de lo normal.
Marcadores cardiacos:
El infarto de miocardio se define como muerte celular
miocárdica por isquemia prolongada. La aterosclerosis es
con mucho la causa más común de infarto de miocardio.
En el año 1954, la aspartato aminotransferasa (AST) fue el
primer biomarcador cardíaco que se utilizó. AST se encuentra
en el hígado, el corazón, los músculos esqueléticos, el
cerebro y los riñones. Debido a su falta de especificidad para
el tejido cardíaco ya no se utiliza para el diagnóstico de
Infarto agudo de miocardio (IAM).
Troponinas: complejo de 3 subunidades proteicas,

troponina C, T y I, en filamentos de las fibras musculares
esqueléticas y cardíacas. Las isoformas de T y I difieren
entre musculo esqueleto y cardíaco, son extremadamente
específicas para la necrosis del tejido cardíaco. La I es
extremadamente específica para el músculo cardíaco (no
ha sido aislada del músculo esquelético).
La prueba de troponina: se
utiliza como una herramienta de
diagnóstico para comprobar la
existencia de cualquier signo de
daño al músculo del corazón.
Marcadores musculares: creatina quinasa, lactato
deshidrogenasa, aldolasa, mioglobina, troponina, aspartato
aminotransferasa y anhidrasa carbónica (CAIII) son los
marcadores séricos más útiles de la lesión muscular, pero la
apoptosis en los tejidos musculares después del ejercicio
extenuante también puede ser desencadenada por el estrés
oxidativo.
Debido a esto, se recomienda usar otros marcadores para
evaluar el nivel de estrés en el músculo. Entre los que se tienen,
sustancias reactivas al ácido tiobarbitúrico, malondialdehído,
grupos sulfhidrilo, glutatión reducido, glutatión oxidado,
superóxido dismutasa, catalasa y otros.
Marcadores musculares:
El daño muscular puede ocurrir después de condiciones

fisiológicas y patológicas. El análisis de sangre y el análisis
de orina proveen una mejor imagen del estado de estrés
muscular. Además, la evaluación del estrés oxidativo por los
marcadores de la oxidación de proteínas y lípidos
(malondialdehído, glutatión reducido, glutatión oxidado, etc.)
puede ser útil para mejor evaluar y cuantificar el estrés muscular
después del ejercicio.
Table 1. Serum biomarker levels usually found after exercise:

Biomarkers Myoglobin CK LDH AST Troponin
Exercise Up to 4-fold Up to 4-fold Up to 2-fold Up to 2-fold Slightly increase
Marcadores óseos:
Ciclo de
remodelación ósea:
en condiciones
normales, la fase de
reabsorción
(osteoclastos) dura
aproximadamente 10
días, a la que sigue
una fase de
formación
(osteoblasto) que
puede durar hasta 3
meses.
Marcadores óseos: La fosfatasa alcalina (AP) desempeña un
papel importante en la formación y mineralización del
osteóide. En los adultos con función hepática normal,
aproximadamente el 50% de la actividad AP total en el suero se
deriva del hígado, mientras que el 50% proviene del hueso. En
los niños y adolescentes, la isoenzima específica del hueso
predomina (hasta el 90%) debido al crecimiento esqueletico.
Una vez que se descarta la enfermedad hepática, los

niveles séricos de AP total proporcionan una buena
impresión de la extensión de la nueva formación ósea y
la actividad de los osteoblastos.
Marcadores óseos: los marcadores bioquímicos de recambio
óseo se clasifican generalmente en los marcadores de
formación ósea y la resorción ósea.
Marcadores renales:
Lesión renal aguda (LRA): varios mecanismos
fisiopatológicos pueden contribuir a LRA después de un
insulto isquémico o tóxico. Los antibióticos, en particular los
aminoglucósidos como gentamicina y tobramicina, son los
fármacos nefrotóxicos más citados, seguidos de analgésicos,
AINEs y medios de contraste.
Marcadores renales: la creatinina es un subproducto del
metabolismo muscular que se excreta por los riñones. Pero
cuando la función renal disminuye, el nivel de creatinina
aumenta.
Propuesta de esquema de clasificación para la lesión
renal aguda (LRA) en pacientes
Stage Creatinine criteria Urine output criteria
1 (Risk) Increased SCr of ≥0.3 mg dl−1 or increase to ≥150%−200% from baseline UO <0.5 ml kg−1 h−1 for >6 h
2 (Injury) Increased SCr to >200%−300% UO <0.5 ml kg−1 h−1 for >12 h
3 (Failure) Increase SCr to >300% from baseline (or Scr ≥4 mg dl−1) (acute rise ≥0.5 mg/dl) UO <0.3 ml kg−1 h−1 × 24 h or Anuria × 12 h
Marcadores tumorales: pueden definirse como moléculas que
indican la presencia de cáncer o proporcionan información
sobre el posible comportamiento de un cáncer (la probabilidad
de progresión o respuesta al tratamiento).
Los marcadores tumorales desempeñan un papel cada vez más
importante en la detección y el tratamiento del cáncer.
Son potencialmente útiles en:
• detección temprana de neoplasias malignas.
• la ayuda para el diagnostico del cáncer.
• La determinación del pronóstico.
• la vigilancia después de una cirugía de cáncer.
• la predicción de la respuesta o la resistencia y el
seguimiento de la terapia en una enfermedad avanzada.
Marcadores tumorales: se pueden medir en fluidos como la
sangre y la orina con el mínimo inconveniente para los
individuos estudiados.
A pesar de sus ventajas, tienen varias limitaciones:
• En particular, la falta de sensibilidad para la enfermedad
invasiva temprana o en lesiones premalignas, lo mismo que
su falta de especificidad para neoplasias malignas limitan
su uso en sujetos asintomáticos con neoplasia maligna
temprana.
UNIDAD 3. ENZIMAS EN CLÍNICA (Marcadores tumorales)
Análisis de sangre oculta en heces en el cribado (FOBT) para
cáncer colorrectal (CRC):
4 grandes ensayos
prospectivos aleatorizados
realizados en Europa y
América del Norte han
demostrado que la
detección de sujetos
aparentemente sanos de
más de 50 años
utilizando FOBT redujo
significativamente la
mortalidad por CRC.
Antígeno prostático específico en la detección de cáncer de
próstata: en contraste con FOBT en la detección de CRC, el
valor clínico de antígeno prostático específico (PSA) en la
detección de cáncer de próstata es menos claro. Existen
hallazgos contradictorios, por tanto, algunos grupos recomiendan
este test y otros se oponen a su uso.
PSA (calicreína III,

glicoproteína producida
casi exclusivamente por
la glándula prostática).
Una pequeña proporción
se encuentra también en
la sangre (niveles
normalmente inferiores
a 4,0 ng / mL).
CA 125 en la detección de cáncer de ovario: mucina 16 es una
glicoproteína asociada a la membrana celular de epitelios y
mucosas.
Un estudio realizado en los EE. UU (78.216 mujeres de 55 a 74

años) mostro que después de 13 años de seguimiento, las
tasas de mortalidad fueron similares en los grupos control y
los grupos estudiados para la presencia de CA 125.
α-fetoproteína en el cáncer hepatocelular: esta proteína que
presenta bajos niveles en fetos y en mujeres, no debe estar
elevada en ningún otro caso.
Utilizado en sujetos con mayor riesgo de desarrollar cáncer
hepatocelular (CHC) como el caso de individuos con cirrosis
debida a infección con virus de hepatitis B o virus de hepatitis
C. Las pautas publicadas por grupos de expertos difieren en
sus recomendaciones, al no demostrar su efectividad en la
detección temprana del mismo.
Banda de prueba
igual o más
oscura que la
banda de
control,
concentración
de AFP de o más
de 400ng /ml.
Preguntas:
• Explique qué son las enzimas y que función cumplen.
• Explique el Modelo de la "llave-cerradura” de las enzimas.
• Explique el mecanismo de acción de las proteínas.
• Explique que es una apoenzima y que es una holoenzima.
• Explique qué es cofactor, que tipos hay y de un ejemplo de
estos.
• Explique en qué consiste la termodinámica enzimática.
• Explique de que dependen las velocidades de las enzimas y
como se afectan.
• Explique los diferentes tipos de inhibición enzimática.
• Nombre los diferentes tipos de reacciones enzimáticas.
• Explique la diferencia entre una unión secuencial ordenada y
una aleatoria.
Preguntas:
• Explique en que consiste una reacción de doble
desplazamiento.
• Explique en que consiste el número de la Comisión de
Enzimas.
• Nombre las seis grandes clases de enzimas existentes en la
actualidad.
• Explique las diferentes estrategias que utilizan las enzimas
para catalizar reacciones.
• Defina el término velocidad de catálisis.
• Explique en que consiste el modelo de MICHAELIS-MENTEN,
definiendo KM, y velocidad máxima.
• Explique por qué el KM es inversamente proporcional a la
actividad de la enzima, y basado en esto. Indique como el KM
refleja la actividad de la enzima.
• Mencione los marcadores hepáticos que se ven elevados en
lesiones hepáticas virales o isquémicas agudas o tóxicas.
Preguntas:
• Explique por qué la bilirrubina conjugada se eleva en ciertas
patologías.
• Explique cuál es el marcador pancreático más común y por
qué.
• Explique cuáles son los marcadores cardiacos aceptados
actualmente y por qué.
• Diga que marcador es útil para evaluar nueva formación oxea
y que patología se debe descartar para estar seguro de su
evaluación.
• Explique cómo funciona la creatinina como marcador de la
función renal.
• Explique cómo debería ser un marcador tumoral confiable y
diga cuales inconvenientes presentan los que se utilizan
actualmente.
Links para complementar:
• https://www.nature.com/scitable/topicpage/protein-function-
14123348
• http://www.jfaulon.com/origins-of-specificity-and-promiscuity-in-
metabolic-networks/
• http://watcut.uwaterloo.ca/webnotes/Metabolism/Refresher.html
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9921/
• http://www.nature.com/nchem/journal/v5/n1/full/nchem.1529.html?
message-global=remove&foxtrotcallback=true
• http://www.worthington-biochem.com/introbiochem/effectsph.html
• http://cbc.arizona.edu/classes/bioc462/462a/NOTES/ENZYME
S/enzyme_kinetics3.html
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3377604/
• http://enzyme.expasy.org/
• http://www.brenda-
enzymes.org/enzyme.php?ecno=5.3.1.9#EC NUMBER
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22526/#A1174
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20518645
• https://www.karger.com/Article/FullText/338393

Unidad 3.3 Macromoléculas - Enzimas - 201810

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UNIDAD 3.

Especificidad de las enzimas:

Se teoriza que las primeras

Estructura de la enzima lisozima

La "tríada catalítica" en el sitio activo de la quimotripsina: el

Una Ser desprotonada realiza un ataque nucleofílico sobre el

La mayoría de las reacciones

Para que la reacción ocurra,

Molécula de ATP y su hidrólisis a ADP + Pi:

Martin Kohlmeier et al. PNAS 2005;102:16025-16030

Metilación del ADN catalizada por ADN metiltransferasa.

Apoenzimas: enzima que no

Ocurre principalmente en la lisina de las histonas 3 y 4.

• Precursor inactivo: zimógeno

Site of synthesis Zymogen Active enzyme

3 reacciones consecutivas son catalizadas por 3 sitios

Las enzimas que catalizan reacciones que implican más

La unión de los sustratos debe ocurrir en el orden

Las enzimas que catalizan reacciones que implican

El nombre de la enzima es derivado del sustrato o la

• El número de la Comisión de Enzimas (Enzyme

Lactato deshidrogenasa cataliza la oxidación reversible

Cuando la insulina se une al receptor, este fosforila la proteína IRS-1 activando

La glucosa en el extremo libre es liberada por la enzima

Piruvato descarboxilasa mediando la descarboxilación

Glucosa-6-fosfato isomerasa cataliza la reacción reversible

ADN ligasa: en una reacción de ligación, los extremos 3

Las enzimas comúnmente emplean una o más de las

En primer lugar, el grupo hidroxilo de serina 195 altamente reactivo

La cadena lateral de la serina 195 forma un puente de H

La interacción del ATP con la adenilato quinasa induce

Una enzima (E) se combina con el sustrato (S) para formar un

Cuando [S] = KM, entonces V0 = Vmax /2.

La constante de Michaelis, KM, tiene dos significados: En

Considerando un caso limitante en el que k-1 es mucho

Un KM alto indicaría una unión débil de ES y un KM bajo

• KM es inversamente proporcional con la actividad de la

• Valor grande de KM , indicaría una baja actividad

• Valor pequeño de KM , indicaría una alta actividad

Ej. Una solución 10-6 M de anhidrasa carbónica cataliza la

Troponinas: complejo de 3 subunidades proteicas,

El daño muscular puede ocurrir después de condiciones

Table 1. Serum biomarker levels usually found after exercise:

Una vez que se descarta la enfermedad hepática, los

Stage Creatinine criteria Urine output criteria

2 (Injury) Increased SCr to >200%−300% UO <0.5 ml kg−1 h−1 for >12 h

PSA (calicreína III,

Un estudio realizado en los EE. UU (78.216 mujeres de 55 a 74

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