MANUAL DE PROCEDIMIENTOS COVID 19 Actualizado 300920 PDF

MANUAL DE PROCEDIMIENTOS
COVID-19
LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 1 de

REFERENCIA ANALÍTICA (LIDERA) 24
ELABORACIÓN, REVISIÓN Y APROBACIÓN
NOMBRE PUESTO FIRMA
Q.C. Yocelyn
Pastoressa
Jefatura de
ELABORÓ Carrillo
Laboratorio
Dra. Karina
Guadalupe Dirección
REVISÓ Hernández Flores Operativa
Dr. Héctor
APROBÓ Dirección
Vivanco Cid
General
PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL SIN AUTORIZACIÓN

DE LA DIRECCIÓN GENERAL
EL PRESENTE DOCUMENTO SE DISTRIBUYE COMO COPIA NO
CONTROLADA.
LA OFICINA DE LA JEFATURA DE LABORATORIO Y DIRECCIÓN
GENERAL PROCESAN LAS PROPUESTAS DE MODIFICACIÓN Y
ACTUALIZAN LAS EDICIONES VIGENTES DEL MISM
COVID-19

INTRODUCCIÓN.
El 31 de diciembre de 2019, las autoridades de la ciudad de Wuhan en la provincia de Hubei,

China, reportaron un conglomerado de 27 casos de síndrome respiratorio agudo de etiología
desconocida.
De acuerdo con las primeras investigaciones epidemiológicas, la mayoría de los casos son
trabajadores, o bien manipuladores o visitantes habituales de un mercado mayorista de
pescados y mariscos en la ciudad de Wuhan (población de 19 millones), capital de la
provincia de Hubei (población de 58 millones), sureste de China; de los cuales 7 fueron
reportados como severos.
Dicho mercado es el mayor mercado de mayoreo de productos marinos para el consumo en

Wuhan, con más de 600 jaulas y 1.500 trabajadores y debido a lo anterior, fue clausurado el
1 de enero de 2020.
Se han descartado SARS-CoV, MERS-CoV, influenza, influenza aviar, adenovirus y otras

infecciones respiratorias virales o bacterianas comunes.
En apego al Plan Nacional de Protección de la Salud y Preparación Ante el Riesgo de

Bioterrorismo o de una Emergencia Biológica y los Lineamientos Estandarizados para la
Vigilancia Epidemiológica del Nuevo Coronavirus 2019- nCoV; el presente documento
tiene por objetivo describir únicamente las recomendaciones de bioseguridad para la
atención de pacientes durante la toma de muestras de casos sospechosos de 2019-
nCoV, para la custodia de la muestra y el procesamiento de la misma. Como tal, es un
documento técnico complementario a los lineamientos Estandarizados para la Vigilancia
Epidemiológica de Nuevo Coronavirus 2019- nCoV.
Entendiendo la bioseguridad como los principios de contención, las tecnologías y

procedimientos que se aplican para prevenir la exposición no intencionada a agentes
biológicos y toxinas o su liberación accidental y la biocustodia como las medidas de
protección, control y la responsabilidad, con respecto a los agentes biológicos y toxinas en
los laboratorios, para prevenir su perdida, robo, mal uso, la desviación, el acceso no
autorizado o la liberación intencional no autorizada.
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1.- EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL (EPP) E INSUMOS RECOMENDADOS

PARA LA TOMA DE MUESTRA.
Se recomienda trabajar en binomios (2 personas) durante la toma de muestras, el equipo

que se describe en la tabla 1, resume el EPP necesario para la toma de muestras de un
paciente o de un grupo de pacientes asociados en el mismo evento.
Todo el EPP debe utilizarse una sola vez y desecharse como RPBI, previa esterilización a 121°C
durante 20 minutos. Solamente los lentes de seguridad (goggles) pueden reutilizarse siempre y
cuando se desinfecten con solución de hipoclorito de sodio al 0.05% al término de cada uso.
momento de la colocación del respirador N95, el personal debe realizar la prueba de ajuste para
asegurar el correcto funcionamiento del respirador. Al momento de la práctica, el prestador de
servicios de salud que atiende o toma la muestra de un paciente, debe considerarse el cambio
del segundo par de guantes entre la atención de cada paciente.
EQUIPO DE PROTECCIÓN MÍNIMO

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2.- USO DEL EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL.
1. Reserva mínima de EPP para el manejo de pacientes y toma de

muestra.
La gestión del EPP y materiales para la limpieza y descontaminación de las áreas en las
que los pacientes han permanecido durante su atención corresponde a cada institución.
Debería considerarse la adquisición de una reserva mínima de estos insumos para la
atención de estas emergencias en salud y su mantenimiento mediante el cambio de
insumos cuando se acerque su fecha de vigencia.
2. Secuencia de colocación de EPP desechable.
1. Vestir el pijama quirúrgico y el zapato de seguridad cerrado (rígido y antiderrapante;

no tenis).
2. Colocación de Bata desechable (figura 1).
a. Elegir una bata que cubra todo el torso y los brazos hasta la muñeca.
b. Ajustar por detrás a la altura del cuello y la cintura
3. Colocar primer par de guantes y ajustar con cinta microporosa al puño de la bata.
4. Colocación de Mascarilla (figura 2).
a. Asegurar los cordones de la mascarilla en la mitad de la cabeza y
en el cuello.
b. Acomodar en la cara y por debajo del mentón.
c. Verificar el ajuste de la mascarilla
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Figura 2. Colocación de mascarilla
5. Colocación de respirador N95 o N100 (figura 3).

a) Toma el respirador con una mano y lo coloca sobre la nariz y boca.
b) Con la otra mano, tira o jala suavemente de la banda elástica superior y la
coloca en la mitad de la cabeza por encima de las orejas.
c) Tira de la banda elástica inferior y la coloca a la altura del cuello.
d) Acomoda el respirador sobre la nariz y boca.
e) Ajusta la banda metálica flexible en el puente de la nariz.
f) Acomoda en la cara y por debajo del mentón.
g) Verifica que el ajuste del respirador evite ingreso de aire a través de las orillas
y que pueda respirar cómodamente.
Figura 3. Colocación de respirador

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6. Colocación de lentes de seguridad (goggles) o caretas (figura 4).

a. Verificar que los lentes de seguridad (goggles) o careta estén en buen estado
(sin ralladuras o manchas que dificulten la visión y que las bandas conserven
su elasticidad o los brazos estén firmes).
b. Colocar los lentes de seguridad o careta, sobre la cara y ojos.
c. Ajustar los brazos y el puente nasal para evitar caída o que estorben.
d. Verificar que no interfiere con el sellado del respirador.
e. Es posible que, de acuerdo a una previa evaluación de riesgo, el usuario requiera
remplazar los lentes de seguridad por una careta.
Figura 4. Colocación de lentes de seguridad o careta
7. Colocación de Guantes (figura 5).

a. Colocar los guantes en cada mano.
b. Extender los guantes para que cubran la parte del puño en la bata.
c. Colocar la manga de la bata quirúrgica por debajo del guante
d. Adherir guante al puño de la bata con cinta microporosa.
e. Colocar un segundo par de guantes.
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Figura 5. Colocación de guantes

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Precauciones durante su uso.
Familiarícese con el uso del EPP antes de realizar algún procedimiento con el
paciente o las muestras, evite introducir objetos al área innecesariamente (anillos,
relojes, pulseras, aretes, celular, dijes entre otros), realice el cambio del segundo
par de guantes cuando sea necesario y no salga de las áreas de trabajo con el EPP
puesto. No salga con la pijama quirúrgica o la bata de laboratorio a áreas de
descanso, auditorios, salas o calle.
Capacitación para el uso de EPP
La capacitación para la colocación, uso y retiro del EPP es obligatoria.

Esta capacitación deberá considerar al menos:
• Vías de entrada de microorganismos al cuerpo.
• Tipos de equipo de protección personal disponible.
• Secuencia de colocación del EPP.
• Secuencia de retiro.
• Desecho del EPP contaminado.
Todo el personal de salud que deba tener contacto con un caso sospechoso deberá
portar el EPP recomendado en el numeral anterior, de acuerdo la capacitación de
uso de EPP.
Los Laboratorios Estatales de Salud Pública cuentan con personal Responsable de

Bioseguridad, de Riesgo Biológico o equivalente, que han sido capacitados por el
InDRE y tienen la competencia para impartir capacitación en este rubro, por lo que
las instituciones de salud que requieran esta capacitación podrán ponerse en
contacto con el titular del Laboratorio Estatal para solicitar dicha capacitación.
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3.- PRECAUCIONES DE BIOSEGURIDAD DURANTE LA TOMA DE LA MUESTRA.
El personal que toma muestras y el que embala (binomio) debe asegurarse de contar
con todos los insumos para la toma y envío de muestras, de acuerdo con la tabla 1 del
numeral 1 y del EPP de calidad apropiada y en cantidad suficiente para la toma y
embalaje de las muestras, además del medio de transporte de las muestras descrito en
los Lineamientos Estandarizados para la Vigilancia Epidemiológica de Nuevo
Coronavirus 2019-nCoV.
Las clínicas y hospitales, deberán procurar o acondicionarse un área separada para la toma
de muestras de pacientes que cumplen la definición operacional de caso sospechoso, de
las áreas de tránsito o espera de pacientes que acuden para su atención por otras
afecciones. El binomio debe colocarse el EPP en un área separada y cercana al área
donde se encuentra el paciente que cumple la definición operacional de caso.
Las puertas de la habitación o cubículo deberán permanecer cerradas durante el

procedimiento. Durante la toma de la muestra deberá evitarse el contacto con fluidos
corporales y la generación de gotas y aerosoles que se dispersen por el aire en el área.
En el binomio, la persona que toma la muestra depositará los hisopos de dacrón o rayón
con la muestra en el tubo etiquetado y lo depositará en la gradilla para su soporte; la
persona que embalará la muestra desinfectará el o los tubos antes de colocarlos en el
material amortiguador de impacto y de introducir éste en el embalaje secundario. Se
requiere capacitación para el embalaje de estas muestras, los requisitos completos y el
procedimiento de embalaje y envío se describen más adelante. Todas las muestras
deben ser identificadas, embaladas y resguardadas adecuadamente para su envío al en
un área separada al de la toma de muestras.
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4.- TOMA DE MUESTRA
1. La muestra deberá tomarse de manera obligatoria por personal capacitado y designado por la unidad de
salud. Las muestras deberán ser consideradas como altamente infecciosas, por lo que es indispensable
portar el equipo de protección personal:
• Respiradores NIOSH N95 o N100.

• Lentes con protección lateral (goggles).
• Bata desechable de manga larga.
• Doble par de guantes de nitrilo.
• Cinta microporosa.
• Zapato de seguridad o cubre zapato en caso de no contar con el primero
TIPOS DE MUESTRA
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• Se tomará muestra combinada de exudado faríngeo y nasofaríngeo en un mismo tubo.
• En los casos que no se cuente con medio de transporte viral, se empleará Solución Salina Fisiológica
(aceptado según manuales de la OMS para preservación de la muestra).
• Si el paciente está intubado, se tomará lavado bronquioalveolar, no menos de 2.0 ml (1 ml de medio de
transporte viral, más 1ml de lavado bronquioalveolar).
• En caso de defunción, tomar biopsia de pulmón, aproximadamente 2 cm3 de parénquima pulmonar
visiblemente afectado, y colocarlo en medio de transporte viral.
El éxito del diagnóstico virológico depende principalmente de la calidad de la muestra, así como de las
condiciones de su transporte y almacenamiento antes de ser procesada en el laboratorio.
Todas las muestras deben ser colocadas en tubos con medio de transporte, PBS o solución salina y
conservarlo (desde su preparación) a temperatura de 2 a 8 °C. Las muestras deberán estar etiquetadas
con el nombre y apellido del paciente e ir acompañadas del estudio epidemiológico de caso
sospechoso de COVID-19.
EXUDADO FARÍNGEO
Se recomienda para niños y adultos. La forma adecuada para toma y obtención de una buena muestra
para detección de virus respiratorios es la siguiente:
1. La persona que realice la toma debe tomar en cuenta que todas las muestras deben ser
consideradas como altamente infecciosas por lo que tendrá que portar el equipo de protección personal
(bata desechable de manga larga, guantes de nitrilo, lentes con protección lateral (goggles) y
respirador NIOSH N95 o N100). Sujetar la lengua del paciente con el abatelengua y frotar con firmeza
la pared posterior de la garganta (orofaringe) con el hisopo estéril con mango de plástico y punta de
rayón o dacrón, al frotar se obtendrán células infectadas por el virus; tener cuidado de no tocar la úvula
para no provocar el vómito en el paciente. (Figura 6)
2. Introducir el hisopo en el tubo (que debe contener 1 - 2 ml de medio de transporte viral estéril o SSF,
mantener la parte del hisopo que contiene la muestra dentro del tubo, cortar y desechar el resto. Cerrar el
tubo perfectamente y mantenerlo de 2 a 8 °C hasta su recepción en el laboratorio.
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3. Marcar cada uno de los tubos con una tela adhesiva (evitar papel engomado, masking tape o “diurex”),
en la cual se escribe el nombre y apellido del paciente.
4. Mantener los tubos con las muestras en refrigeración o en la hielera con los suficientes
refrigerantes hasta su recepción en el laboratorio.
EXUDADO NASOFARÍNGEO
La forma adecuada para tomarlo y obtener una buena muestra es la siguiente:
• Recostar al paciente y elevar un poco su cabeza, introducir suavemente el hisopo estéril con mango de
alambre flexible (con punta de rayón o dacrón), paralelo al paladar, casi en su totalidad hasta llegar a la
nasofaringe (aproximadamente 2.5 cm en adultos y un poco menos en niños); una vez ahí, rotarlo
suavemente para frotar la pared de la nasofaringe (al frotar se obtienen células infectadas por el virus),
retirarlo cuidadosamente sin dejar de rotar. (Figura 7)
• Introducir el hisopo en el tubo (que debe contener 1- 2 ml de medio de transporte viral estéril o SSF),
mantener la parte del hisopo que contiene la muestra dentro del tubo, cortar y desechar el resto. Cerrar
el tubo perfectamente y mantenerlo de 2 a 8 °C.
• Marcar cada uno de los tubos con una tela adhesiva (evitar papel engomado, masking tape o “diurex”),
en la cual se escribe el nombre y apellidos del paciente.
• Mantener los tubos con las muestras en refrigeración o en la hielera con los suficientes
refrigerantes hasta su recepción en el laboratorio.
Figura 7. Toma de exudado nasofaríngeo

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5.- ENVÍO Y EMBALAJE DE MUESTRAS
Las muestras de COVID-19 deben seguir el Reglamento Modelo de las Naciones Unidas y cualquier otro
reglamento aplicable dependiendo del modo de transporte utilizado. Se puede encontrar información en la
Guía de la OMS sobre regulaciones para el transporte de sustancias infecciosas 2019-2020 (aplicable a partir
del 1 de enero de 2019). Las muestras de pacientes de casos sospechosos o confirmados deben ser
transportadas como UN3373, “Sustancia biológica, Categoría B”, cuando son transportadas para diagnóstico.
Las muestras se empaquetaran de acuerdo a los siguientes lineamientos del Indre:
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6.- RECEPCIÓN Y MANEJO DE MUESTRAS EN EL LABORATORIO.
Todas las muestras deben ser recibidas y desembaladas en cabina de seguridad

biológica Clase II dentro del área donde se realizará la extracción de RNA viral.
Este procedimiento se realizará en la sucursal de Bolívar esquina Pinzón, Fracc.
Reforma. El acceso de las hieleras será a través de la puerta de Pinzón, posteriormente
se llevarán al privado del lado izquierdo del área de extracción de ácidos nucleicos.
A través de la ventana se recibirán en la zona de extracción.
En todo momento que se manipulen las muestras se portará el equipo de protección

personal completo.
1. Medidas de bioseguridad durante el diagnóstico de laboratorio.

En la recepción y manejo durante el diagnóstico de las muestras, deberá tenerse apego
a los procedimientos para el diagnóstico del agente patógeno, así como a los
procedimientos de bioseguridad y biocustodia emitidos por la Coordinación de Gestión
del Riesgo Biológico.
2. Resguardo y custodia de muestras positivas.

Todas las muestras positivas que se resguarden deberán incluirse en los inventarios de
agentes biológicos de las áreas correspondientes y mantenerse bajo llave, de acuerdo a los
procedimientos de bioseguridad del InDRE.
El almacenaje se dará en refrigerador con control de temperatura y acceso restringido.
MANUAL DE PROCEDIMIENTO EN TOMA DE
MUESTRAS COVID 19

7.- RETIRO DE EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL

1. Secuencia de retiro:
a) Segundo par de guantes.

b) Bata desechable.
c) Gorro quirúrgico o cubre cabello
d) Lentes de seguridad (goggles) o careta.
e) Mascarilla o respirador N95 o N100 o mascarilla quirúrgica desechable.
f) Primer par de guantes.
g) Lavado de manos
Nota: Todo el EPP contaminado se desecha como RPBI, se desechará en bolsas de

RPBI autoclaveables y cada día al finalizar el turno se esterilizarán en la autoclave a
121 °C durante 20 minutos.
2. Retiro de guantes (figura 8).
a. Asumir siempre que el exterior de los guantes está contaminado.

b. Retirar el segundo par de guantes antes de quitarse la bata desechable
c. Tomar la parte exterior de uno de los guantes con la mano opuesta (en la
que todavía tiene colocado el guante) y quita cuidadosamente de forma que
se vaya volteando de adentro hacia afuera.
d. Sostener en la mano enguantada, el guante que se quita.
e. Deslizar los dedos de la mano que solo tiene un guante (primer par), por debajo
del segundo guante de la otra mano, a la altura de la muñeca.
f. Quitar el guante cuidadosamente de manera que acabe cubriendo el otro
guante del segundo par, para que ambos queden al revés.
g. Eliminar los guantes en el contenedor de RPBI-
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3.- Retiro de bata desechable (figura 9).
a. Asumir siempre que la parte delantera de la bata y las mangas están contaminadas.
b. Desatar los dos cordones traseros que se encuentran a la altura de la cintura
aún con el primer par de guantes puestos.
c. Posteriormente desatar el cordón trasero que se encuentra a la altura del cuello.
(Apoyándose de estos cordones ayudara a favorecer el desajuste de la bata).
d. Evitar que las manos con el primer par de guantes, tengan contacto con el
exterior de la bata desechable y pasar por encima del cuello y de los hombros.
e. Quitar la bata volteándola al revés.
f. Enrollar y desechar en el contenedor de RPBI.
g. Retirar el primer par de guantes.
Figura 8. Retiro de guantes

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4.- Retiro de gorro quirúrgico o cubre cabello.
a. Asumir siempre que el exterior del gorro quirúrgico o cubre cabello está
contaminado.
b. Se toma el gorro quirúrgico o cubre cabello de la parte trasera y se jala
hacia adelante para retirarlo.
c. Una vez retirado, se coloca en la bolsa de RPBI, para su disposición
final.
Figura 9. Retiro de bata desechable.
5.-Retiro de lentes de seguridad (goggles) o careta (figura 10).
a. Asumir siempre que el exterior de los lentes de seguridad (goggles) o

careta están contaminados.
b. Retirar los lentes o careta por la parte de la banda de la cabeza o de las
orejas sin tocar la parte delantera.
c. Si las manos se contaminan lavar inmediatamente.
d. Si el artículo es desechable, depositarlo en un contenedor para RPBI.
e. Si el artículo es reutilizable, se lava y descontamina antes de colocarlo
en el lugar designado para su siguiente uso.
Figura 10. Retiro de lentes de seguridad o careta.

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6.- Retiro del respirador y de la mascarilla (figura 11).

- Asumir siempre que la parte delantera del respirador o de la mascarilla
están contaminados.
- Sujetar el elástico inferior del respirador y pasarlo sobre la cabeza, luego retirar el
elástico superior con cuidado. Para retirar la mascarilla desamarrar el lazo inferior y
posteriormente el lazo superior.
-Retirar el respirador o la mascarilla sin tocar la parte delantera.
-Si sus manos se contaminan durante la remoción de la máscara / respirador, lavarlas
inmediatamente.
- Desechar en el contenedor de RPBI.
Figura 11. Retiro de la mascarilla o del respirador.
7.- Retiro del primer par de guantes

- Retire la cinta microporosa
- Retirar primer par de guantes
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8.- TÉCNICA DE LAVADO DE MANOS.
El uso de guantes no sustituye el lavado de manos en ninguno de los casos. Antes de

iniciar el lavado de manos, deben retirarse todos los artículos de joyería y relojes de
las manos y muñecas.
Técnica de lavado de manos de acuerdo con la OMS:
Duración de todo el procedimiento de 40 a 60 segundos. Mójese las manos con agua.

Deposite en la palma de la mano una cantidad de jabón suficiente para cubrir todas
las superficies de las manos. Frótese las palmas de las manos entre sí. Frótese la
palma de la mano derecha contra el dorso de la mano izquierda entrelazando los
dedos y viceversa. Frótese las palmas de las manos entre sí, con los dedos
entrelazados. Frótese el dorso de los dedos de una mano con la palma de la mano
opuesta, agarrándose los dedos. Frótese con un movimiento de rotación el pulgar
izquierdo, atrapándolo con la palma de la mano derecha y viceversa. Frótese la punta
de los dedos de la mano derecha contra la palma de la mano izquierda, haciendo un
movimiento de rotación y viceversa. Enjuáguese las manos con agua.
Séquese con una toalla desechable. Sírvase de la toalla para cerrar el grifo.
Hacer énfasis en la limpieza de las uñas y los espacios entre los dedos, que son
los sitios que se lavan con menos frecuencia y los que acumulan mayor cantidad
de microorganismos. Incluir las muñecas.
Si se utiliza gel antibacterial:

Aplique una pequeña cantidad en la palma de la mano, frote cuidadosamente en toda
la superficie de las manos por, aproximadamente, 15 segundos o hasta que el alcohol
se evapore.
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9.- GESTIÓN DE RESIDUOS DE LABORATORIO
Insumos para el manejo de RPBI.
Cada institución deberá asegurarse de gestionar los insumos necesarios apropiados y

suficientes para el manejo de los residuos peligrosos biológico infecciosos. De
acuerdo con la NOM-087-SSA1- 2002, así como de la contratación de empresas
autorizadas por la SEMARNAT para la recolección, traslado y tratamiento de los
RPBI.
El personal que realiza el traslado de los RPBI en las rutas señalizadas, evitando el
paso entre pacientes o áreas administrativas y de servicios para evitar la posibilidad
de generar derrames o aerosoles
LIMPIEZA, DESCONTAMINACIÓN Y DESINFECCIÓN DE SUPERFICIES,

INSTRUMENTAL E INSTALACIONES.
Soluciones químicas desinfectantes: Detergente en polvo alcalino, Hipoclorito de

sodio al 0.05% y Etanol al 70%. Mismos que deben de prepararse en el momento y
almacenarlos previamente en contenedores limpios (pizetas, cubetas, aspersores)
que no sean transparentes. No almacenar los desinfectantes más de 2 días después
de su preparación.
Definiciones.
Limpieza: consiste en la eliminación de suciedad, materia orgánica y manchas. La
suciedad, la tierra y la materia orgánica pueden albergar microorganismos e interferir
con la acción de los desinfectantes. La limpieza previa es fundamental para conseguir
una correcta desinfección y esterilización. Muchos productos desinfectantes sólo son
activos sobre material previamente limpio. La limpieza previa debe llevarse a cabo con
cuidado para evitar la exposición a agentes infecciosos. Deben utilizarse materiales
que sean químicamente compatibles con los desinfectantes que vayan a utilizarse
después.
Descontaminación: Cualquier proceso utilizado para eliminar microorganismos.

También se utiliza para referirse a la eliminación o neutralización de sustancias
químicas peligrosas y materiales radioactivos.
Desinfectante: Sustancia o mezcla de sustancias químicas utilizada para eliminar

microorganismos, pero no necesariamente esporas.
MUESTRAS COVID 19

Desinfectantes recomendados por la OMS.
Para la desinfección de áreas contaminadas con Coronavirus, la OMS recomienda

la aplicación de desinfectantes de uso común en hospitales, el hipoclorito de sodio
0.05% y etanol al 70% como un método suficiente y efectivo.
Preparación de soluciones desinfectantes Hipoclorito de sodio al 0.05%.
- Si se dispone de solución de hipoclorito de sodio al 5% ó 6% (marcas

comerciales para uso doméstico):
Por ejemplo, para preparar 1L de solución: diluir 10mL de solución comercial al

5% en 990mL de agua.
La concentración final del hipoclorito es de 0.05%, recomendado por la OMS en

Home care for patients with suspected novel coronavirus (nCoV) infection
presenting with mild symptoms and management of contacts Interim guidance
(20 enero 2020).
Diluir con agua, hasta llevarla a una concentración del 0.05%. Los cálculos para la
dilución son los siguientes:
Fórmula: V1=(V2xC2)/C1. Donde:
V1: Es el volumen que se requiere del hipoclorito de sodio al 13% (concentración

comercial).
V2: Es el volumen de la solución final de cloro que se preparará.
C1: Es la concentración de cloro en la solución original (de acuerdo con la

etiqueta).
C2: Es la concentración de la solución final (0.05%).
Por lo tanto, para preparar 1000mL de solución de hipoclorito de sodio al 0.05%:
V1=(1000mL x 0.05%)/13% = 4mL
Se requieren 4mL de hipoclorito de sodio al 13% + 996mL de agua.

- Los desinfectantes deben prepararse en el momento y envasarse en
contenedores limpios (pizetas, cubetas, aspersores) que no sean transparentes.
No almacenarlos más de 2 días después de su preparación.
- Si se cuenta con solución de hipoclorito de sodio al 13%, éstas deberán diluirse
Uso de desinfectantes.
MUESTRAS COVID 19

En las áreas donde se toma la muestra, se recomienda conforme a la OMS realizar

por lo menos dos veces al día la limpieza y desinfección de los consultorios,
habitaciones o áreas de atención de los pacientes (incluidos equipos médicos, mesas,
superficies, techos, ventanas, puertas, manijas, sillas, camas, pisos, etc.
Para los laboratorios después de haber terminado el proceso de trabajo o cuando
se produzcan derrames de manera inmediata. Prevención y control de las
infecciones respiratorias agudas con tendencia epidémica y pandémica durante la
atención sanitaria. Directrices de la Organización Mundial de la Salud, de 2014.
El procedimiento de desinfección debe realizarse de la siguiente manera:
Es conveniente establecer un código de colores para la identificación de los

materiales de limpieza y desinfección, a fin de evitar contaminaciones cruzadas. Por
ejemplo, identificar el material de limpieza mediante el color verde, el material utilizado
en las áreas no críticas (limpias), color amarillo el utilizado en áreas semicríticas y
color rojo el utilizado en áreas críticas (sucias).
Adicionalmente es necesario identificar, cada uno de los materiales con el nombre
del área donde se utilizará.
Verificar que los envases de los desinfectantes empleados cumplen con lo
establecido en la NOM-018-STPS-2015, Sistema armonizado para la identificación
y comunicación de peligros y riesgos por sustancias químicas peligrosas en los
centros de trabajo.
Asegurarse de que el almacén donde se resguardan los desinfectantes está
señalizado, bien ventilado e identificado.
Debe evitarse que el hipoclorito de sodio este expuesto a la luz, ya que va perdiendo
la eficacia con el transcurso del tiempo.
Un rol de inspecciones visuales ayuda a corroborar el buen estado de los
desinfectantes, así como fechas de caducidad.
Es importante desechar todo el material de limpieza, así como desinfectantes que
ya no esté en buenas condiciones o expiraron de caducidad y remplazarlos con los
nuevos.
La limpieza se realiza con agua y jabón previo a la desinfección de las áreas y
superficies para remover la materia orgánica. No es recomendable el barrido en
seco, ya que se generan aerosoles y se esparce el polvo.
MUESTRAS COVID 19

Materiales para la limpieza.
Cuando en el laboratorio se produzcan aerosoles o salpicaduras de fluidos corporales,

deberán desinfectarse de inmediato como se menciona a continuación:
Insumos para limpieza y desinfección.
• 1 rollo de paño o papel absorbente

• 1 aspersor o pizeta.
• 3 Cubetas de tamaño suficiente para contener las soluciones de limpieza,

desinfectante y agua.
• 1 bolsa para RPBI
• Jalador y jerga o mechudo
• EPP completo
Coloque papel absorbente sobre el derrame (sin aplastarlo) y vierta suficiente solución
desinfectante para empapar el papel, espere 20 minutos; retire el papel humedecido con
guantes desechables y colóquelo en una bolsa para de RPBI. Limpie con agua y jabón y
enjuague con agua limpia haciendo uso de la cubeta y jerga o mechudo.
Para la limpieza exhaustiva de áreas se recomienda la técnica de 3 cubos (cubetas),

cada cubo de un color diferente y rotulado
Otros materiales de limpieza que son necesarios:
Cubos Color Contenido

(cubetas) sugerido
Deterge alcalino
Cubo 1 Amarillo
(1 taza de 250mL en 14 L de
agua)
Cubo 2 Rojo Hipoclorito de sodio al
0.05%
Cubo 3 Verde Agua potable
MUESTRAS COVID 19

Procedimiento de limpieza exhaustiva.
Iniciar del área menos contaminada al área más contaminada.
1. Concentrar muebles y accesorios en el centro del área, cuando sea posible.

2. Sumergir la jerga en el cubo 1, exprimir y colocar en el jalador.
3. Aplicar la jerga con detergente en el techo y con acción mecánica tallar.
4. Enjuagar con cubo 3, cada vez que se enjuague cambiar el agua por agua limpia.
5. Sumergir la jerga en el cubo 2, exprimir y colocar en el jalador.
6. Aplicar la jerga con desinfectante en el techo y con acción mecánica tallar.
7. Enjuagar con cubo 3 (cambiar el agua)
8. Repetir la secuencia de los pasos 2 a 8, para tallar con detergente, aplicar
el desinfectante y enjuagar para las paredes y pisos.
9.Después de los 15 minutos de exposición del agente desinfectante de cloro, se
debe retirar y secar el remanente utilizando jergas humedecidas con agua.
MUESTRAS COVID 19

10.- EXTRACCIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS (RNA)
Desembalar el contenedor o hielera que contiene las muestras dentro del gabinete de bioseguridad
Clase II A, siempre realizarlo con el equipo de protección completo (overol, bata desechable, cubre
calzado, N95, goles y careta).
ARN viral QIAamp®

Mini manual
Para la purificación de ARN viral de plasma, suero, sin células fluidos corporales y sobrenadantes de cultivos.
Contenido del kit
Información de seguridad
Cuando trabaje con productos químicos, use siempre una bata de laboratorio adecuada, guantes desechables y
gafas protectoras. Para obtener más información, consulte las hojas de datos de seguridad correspondientes.
(SDS). Estos están disponibles en línea en formato PDF conveniente y compacto en www.qiagen.com/safety,
donde puede encontrar, ver e imprimir la SDS para cada kit QIAGEN y componente del kit.
Los tampones AVL y AW1 contienen sales de guanidina, que pueden formar compuestos altamente reactivos
cuando se combina con cloro. Si se derrama líquido que contiene estos tampones, límpielo con una solución
adecuada. detergente de laboratorio y agua. Si el líquido derramado contiene agentes potencialmente
infecciosos, limpie el área afectada primero con detergente de laboratorio y agua, y luego con 1% (v / v) de
sodio hipoclorito.
Control de calidad
De acuerdo con el Sistema de Gestión de Calidad con certificación ISO de QIAGEN, cada lote de QIAamp El
Mini Kit de ARN viral se prueba con especificaciones predeterminadas para garantizar un producto consistente
calidad.
Principio
Los mini kits de ARN viral QIAamp proporcionan la forma más rápida y fácil de purificar ARN viral para obtener
uso en tecnologías de amplificación. El ARN viral se puede purificar del plasma (tratado con anticoagulantes
que no sean heparina), suero y otros fluidos corporales libres de células. Las muestras pueden ser fresco o
congelado, pero si está congelado, no debe descongelarse más de una vez. Congelación-descongelación
repetida de muestras de plasma conducirá a títulos virales reducidos y debe evitarse para una sensibilidad
óptima.
MUESTRAS COVID 19

Los crioprecipitados se acumulan cuando las muestras se someten a ciclos repetidos de congelación-
descongelación. Esta puede provocar la obstrucción de la membrana QIAamp cuando se utiliza el protocolo de
vacío.
Los mini kits de ARN viral QIAamp son de uso general y pueden usarse para aislar ARN viral de una amplia
variedad de virus, pero no se puede garantizar el rendimiento de cada virus.
Procedimiento
Los mini kits de ARN viral QIAamp representan una tecnología bien establecida para el ARN viral de uso
general preparación. El kit combina las propiedades de unión selectiva de una membrana a base de sílice con
la velocidad de la tecnología microspin o de vacío y es muy adecuada para el procesamiento simultáneo de
múltiples muestras. Los protocolos de giro de ARN viral QIAamp se pueden automatizar completamente en
QIAcube
Conectar (ver página 13). La muestra se lisa primero en condiciones altamente desnaturalizantes para inactivar
las RNasas y asegurar el aislamiento del ARN viral intacto. Las condiciones de amortiguación son entonces
ajustadas para proporcionar una unión óptima del ARN a la membrana QIAamp, y la muestra se carga en la
columna de centrifugado QIAamp Mini. El ARN se une a la membrana y
Los contaminantes se eliminan eficientemente en 2 pasos utilizando 2 tampones de lavado diferentes. El ARN
de alta calidad se eluye en un tampón especial libre de ARNasa, listo para su uso directo o almacenamiento
seguro. Los ARN purificado está libre de proteínas, nucleasas y otros contaminantes e inhibidores. El especial
La membrana QIAamp garantiza una recuperación extremadamente alta de ARN puro e intacto en solo 20
minutos sin el uso de extracción con fenol / cloroformo o precipitación con alcohol.
Adsorción a la membrana QIAamp
Las condiciones de amortiguación del lisado deben ajustarse para proporcionar condiciones de unión óptimas.
para el ARN viral antes de cargar la muestra en la columna QIAamp Mini. ARN viral es adsorbido sobre la
membrana de sílice QIAamp durante 2 breves pasos de centrifugación o por vacío. Las condiciones de sal y pH
en el lisado aseguran que las proteínas y otros contaminantes, que pueden inhibe las reacciones enzimáticas
posteriores, no se retienen en la membrana QIAamp. Si el volumen de muestra inicial es mayor que 140 µl, será
necesario cargar el lisado en el QIAamp Mini columna en varios pasos.
MUESTRAS COVID 19

Eliminación de contaminantes residuales.
El ARN viral, unido a la membrana QIAamp, se lava sin contaminantes durante 2 cortos centrifugación o etapas
de vacío. El uso de 2 tampones de lavado diferentes, AW1 y AW2, Mejora significativamente la pureza del ARN
eluido. Las condiciones de lavado optimizadas aseguran eliminación completa de cualquier contaminante
residual sin afectar la unión del ARN.
MUESTRAS COVID 19

Elución con Buffer AVE
El tampón AVE es agua libre de RNasa que contiene 0.04% de azida de sodio para prevenir el crecimiento
microbiano y posterior contaminación con RNasas. El azida de sodio afecta a la espectrofotometría lecturas de
absorbancia entre 220 y 280 nm pero no tiene efecto en aguas abajo aplicaciones, como RT-PCR. Si desea
determinar la pureza del ARN eluido, Se recomienda la elución con agua libre de RNasa en lugar de Buffer
AVE.
Volúmenes de muestra
Las columnas QIAamp Mini pueden unirse a ARN de más de 200 nucleótidos de longitud. El rendimiento real
será depende del tamaño de la muestra, el almacenamiento de la muestra y el título del virus. El procedimiento
está optimizado para su uso. con muestras de 140 µl, pero se pueden utilizar muestras de hasta 280 µl.
Pequeñas muestras deben ser ajustadas a 140 µl con solución salina tamponada con fosfato (PBS) antes de la
carga, y muestras con un bajo nivel viral
El título debe concentrarse a 140 µl antes del procesamiento. Para muestras de más de 140 µl, La cantidad de
tampón de lisis y otros reactivos agregados a la muestra antes de cargar aumentó proporcionalmente, pero las
cantidades de Buffers AW1 y AW2 utilizadas en los pasos de lavado
Por lo general, no es necesario aumentarlo. Si aumenta el volumen de muestra inicial, la aplicación de La
muestra lisada a la columna QIAamp Mini requerirá múltiples pasos de carga. No hay peligro de sobrecargar la
columna QIAamp Mini, y la calidad del ARN purificado será inafectado. Para volúmenes superiores a 560 µl, se
recomienda la concentración de la muestra.
Equipos y reactivos para ser suministrados por el usuario.

Cuando trabaje con productos químicos, use siempre una bata de laboratorio adecuada, guantes desechables y
gafas protectoras. Para obtener más información, consulte las hojas de datos de seguridad (SDS)
correspondientes, disponible del proveedor del producto.
Etanol (96–100%)
Tubos Tubos de microcentrífuga de 1,5 ml
Puntas de pipeta estériles, sin RNasa (se recomiendan puntas de pipeta con barreras de aerosol para evitar
la contaminación cruzada)
Microcentrífuga (con rotor para tubos de 1,5 ml y 2 ml)
Preparación de reactivos
Agregue Buffer AVE al tubo que contiene ARN portador liofilizado para obtener una solución de 1 μg / μl (es
decir, agregue 310 μl de tampón AVE a 310 μg de ARN portador liofilizado, o 1550 μl de tampón AVE a 1550 µg
de ARN portador liofilizado; compruebe el contenido de la etiqueta del tubo). Disolver el ARN portador a fondo,
divídalo en alícuotas de tamaño conveniente y guárdelo entre -30 y -15 ° C. No haga congelar-descongelar las
alícuotas de ARN portador más de 3 veces.
Adición de ARN portador disuelto al tampón AVL *

Compruebe el tampón AVL en busca de precipitados y, si es necesario, incube a 80 ° C hasta que el precipitado
disuelto. Calcule el volumen de mezcla de ARN portador de Buffer AVL necesario por lote de muestras
seleccionando el número de muestras que se procesarán simultáneamente en la Tabla 1 (página siguiente).
MUESTRAS COVID 19

El tampón de ARN portador de AVL debe prepararse en estado fresco y es estable a 2-8 ° C durante un máximo
de 48 h. Esta la solución desarrolla un precipitado cuando se almacena a 2-8 ° C que debe redisolverse
calentando a 80 ° C antes de su uso. No caliente la solución tampón de ARN portador de AVL más de 6 veces.
No haga incubar a 80 ° C durante más de 5 min. El calentamiento frecuente y la incubación prolongada
causarán degradación del ARN portador, lo que conduce a una recuperación reducida del ARN viral y,
finalmente, a unos resultados negativos de RT-PCR. Este es particularmente el caso de las muestras de títulos
bajos.
Búfer AW1
El tampón AW1 se suministra concentrado. Antes de usarlo por primera vez, agregue la cantidad de etanol (96-
100%) como se indica en la botella. El tampón AW1 es estable durante 1 año cuando se almacena cerrado a
temperatura ambiente, pero solo hasta la fecha de vencimiento del kit.
Tampón AW2
El tampón AW2 se suministra concentrado. Antes de usarlo por primera vez, agregue la cantidad de etanol (96-
100%) al concentrado Buffer AW2 como se indica en la botella. El tampón AW2 es estable durante 1 año
cuando se almacena cerrado a temperatura ambiente, pero solo hasta que el kit fecha de caducidad.
Protocolo: Purificación de ARN viral (Protocolo de centrifugación)

Este protocolo es para la purificación de ARN viral de 140 μl de plasma, suero, orina, cultivo celular medios o
fluidos corporales libres de células utilizando una microcentrífuga. Para la purificación automatizada de ARN
viral utilizando el QIAamp Viral RNA Mini Kit en QIAcube Connect, consulte QIAcube Connect Manual de
usuario y la hoja de protocolo correspondiente.
Se pueden procesar volúmenes iniciales más grandes, hasta 560 μl (en múltiplos de 140 μl) aumentando los
volúmenes iniciales proporcionalmente y cargando la columna QIAamp Mini varias veces, como descrito a
continuación en el protocolo. Algunas muestras con títulos virales muy bajos deben concentrado antes del
procedimiento de purificación.
MUESTRAS COVID 19

Cosas que hacer antes de empezar
Equilibre las muestras a temperatura ambiente.
Equilibre el tampón AVE a temperatura ambiente para la elución.
Compruebe que Buffer AW1 y Buffer AW2 se hayan preparado de acuerdo con instrucciones de preparación
de reactivos.
Agregue ARN portador reconstituido en Buffer AVE al Buffer AVL de acuerdo con las instrucciones de
preparación de reactivos.
Procedimiento
1. Pipetee 560 μl de tampón AVL preparado que contiene ARN portador en una microcentrífuga de 1,5 ml. tubo.
Nota: Si el volumen de la muestra es superior a 140 μl, aumente la cantidad de Buffer AVL-carrier ARN
proporcionalmente (p. Ej., Una muestra de 280 μl requerirá 1120 μl de tampón AVL-ARN portador) y use un
tubo más grande.
2. Añada 140 μl de plasma, suero, orina, sobrenadante de cultivo celular o líquido corporal libre de células al
-Almacene el ARN portador de AVL en el tubo de microcentrífuga. Mezclar por pulso-vortex durante 15 s.
Nota: Para asegurar una lisis eficiente, es esencial que la muestra se mezcle completamente con
Tampón AVL para producir una solución homogénea. Muestras congeladas que solo se han descongelado una
vez también se puede utilizar.
3. Incubar a temperatura ambiente durante 10 min.
Nota: La lisis de las partículas virales se completa después de la lisis durante 10 min a temperatura ambiente.
Los tiempos de incubación no tienen ningún efecto sobre el rendimiento o la calidad del ARN purificado.
4. Centrifugue brevemente el tubo para eliminar las gotas del interior de la tapa.
5. Añada 560 µl de etanol (96–100%) a la muestra y mezcle mediante un vórtex pulsado durante 15s. Después
mezclando, centrifugue brevemente el tubo para eliminar las gotas del interior de la tapa.
Nota: Utilice solo etanol, ya que otros alcoholes pueden reducir el rendimiento y la pureza del ARN.
No utilice alcohol desnaturalizado, que contiene otras sustancias, como metanol o metiletilcetona. Si el volumen
de la muestra es superior a 140 μl, aumente la cantidad de etanol proporcionalmente (por ejemplo, una muestra
de 280 μl requerirá 1120 μl de etanol). Para asegurar unión eficiente, es esencial que la muestra se mezcle
completamente con el etanol para producir una solución homogénea.
6. Aplique con cuidado 630 μl de la solución del paso 5 a la columna QIAamp Mini (en un 2 ml tubo de recogida)
sin mojar la llanta. Cerrar la tapa y centrifugar a 6000 x g (8000 rpm) durante 1 min. Coloque la columna
QIAamp Mini en un tubo de recogida limpio de 2 ml, y deseche el tubo que contiene el filtrado.
Nota: Cierre cada columna de centrifugado para evitar la contaminación cruzada durante la centrifugación.
Nota: La centrifugación se realiza a 6000 x g (8000 rpm) para limitar el ruido de la microcentrífuga.
La centrifugación a máxima velocidad no afectará el rendimiento ni la pureza del ARN viral. Si la solución no ha
atravesado completamente la membrana, centrifugue de nuevo a una
velocidad hasta que toda la solución haya pasado.
7. Abra con cuidado la columna QIAamp Mini y repita el paso 6. Si el volumen de muestra fue más de 140 μl,
repita este paso hasta que todo el lisado se haya cargado en el centrifugado columna.
8. Abra con cuidado la columna QIAamp Mini y agregue 500 μl de tampón AW1. Cierra la tapa, y centrifugar a
6000 x g (8000 rpm) durante 1 min. Coloque la columna QIAamp Mini en un limpiar el tubo de recogida de 2 ml
(incluido) y desechar el tubo que contiene el filtrado.
Nota: No es necesario aumentar el volumen de Buffer AW1 incluso si la muestra original
el volumen era superior a 140 µl.
9. Abra con cuidado la columna QIAamp Mini y agregue 500 μl de tampón AW2. Cerrar la tapa y centrifugar a
velocidad máxima (20.000 x g; 14.000 rpm) durante 3 min. Continuar directamente con paso 11; o para eliminar
un posible arrastre de Buffer AW2, realice el paso 10 y luego continúe con el paso 11.
Nota: El tampón residual AW2 en el eluido puede causar problemas en la
aplicaciones. Algunos rotores de centrífuga pueden vibrar al desacelerar, lo que da como resultado un flujo que
contiene Buffer AW2, contactando la columna QIAamp Mini. Quitar la columna QIAamp Mini y el tubo de
recolección del rotor también puede causar flujo continuo para entrar en contacto con la columna QIAamp Mini.
En estos casos, debe realizarse el paso 10 opcional.
MUESTRAS COVID 19

10. Recomendado: coloque la columna QIAamp Mini en un nuevo tubo de recogida de 2 ml (no
suministrado) y deseche el tubo colector antiguo con el filtrado. Centrifugar a máxima velocidad para 1 minuto.
11. Coloque la columna QIAamp Mini en un tubo de microcentrífuga limpio de 1,5 ml (no incluido).
Deseche el tubo de recolección viejo que contiene el filtrado. Abra con cuidado el QIAamp Mini columna y
añadir 60 μl de tampón AVE equilibrado a temperatura ambiente. Cierre la tapa y incubar a temperatura
ambiente durante 1 min.
12. Centrifugar a 6000 x g (8000 rpm) durante 1 min. Una sola elución con 60 μl de tampón AVE es suficiente
para eluir al menos el 90% del ARN viral. de la columna QIAamp Mini. Realización de una elución doble con 2 x
40 μl de tampón AVE aumentará el rendimiento hasta en un 10%. La elución con volúmenes inferiores a 30 μl
dará lugar a rendimientos reducidos y no aumentará la concentración final de ARN en el eluido.
El ARN viral es estable hasta por 1 año cuando se almacena entre -30 y -15 ° C o entre -90 y -65 ° C.
COVID-19

11.- DETECCIÓN DE SARS COV-2 POR RT-PCR EN TIEMPO REAL
El kit a emplear para la detección del virus SARS CoV-2 es CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-
Time RT-PCR Diagnostic Panel de la marca IDT.
Uso previsto
El panel de diagnóstico de RT-PCR en tiempo real del nuevo coronavirus del CDC 2019-nCoV (2019-nCoV) es
una prueba de RT-PCR en tiempo real destinada a la detección cualitativa del ácido nucleico del 2019-nCoV en
muestras respiratorias superiores e inferiores (como Hisopados nasofaríngeos u orofaríngeos, esputo,
aspirados del tracto respiratorio inferior, lavado broncoalveolar y lavado / aspirado nasofaríngeo o aspirado
nasal) recolectados de individuos que cumplen con los criterios clínicos y / o epidemiológicos 2019-nCoV (por
ejemplo, signos y síntomas clínicos asociados con 2019- Infección por nCoV, contacto con un caso probable o
confirmado de 2019-nCoV, historial de viajes a ubicaciones geográficas donde se detectaron casos de 2019-
nCoV u otros enlaces epidemiológicos para los que las pruebas de 2019-nCoV pueden estar indicadas como
parte de una investigación de salud pública). Los resultados son para la identificación del ARN 2019-nCoV. El
ARN 2019-nCoV es generalmente detectable en muestras respiratorias superiores e inferiores durante la
infección. Los resultados positivos son indicativos de infección activa con 2019-nCoV pero no descartan
infección bacteriana o coinfección con otros virus. El agente detectado puede no ser la causa definitiva de la
enfermedad.
Los resultados negativos no impiden la infección 2019-nCoV y no deben usarse como la única base para el
tratamiento u otras decisiones de manejo del paciente. Los resultados negativos deben combinarse con
observaciones clínicas, antecedentes del paciente e información epidemiológica.
Las pruebas con el Panel de diagnóstico de RT-PCR en tiempo real CDC 2019-nCoV están destinadas a ser
utilizadas por personal de laboratorio capacitado que sea competente en la realización de ensayos de RT-PCR
en tiempo real. El panel de diagnóstico de RT-PCR en tiempo real del nuevo coronavirus del CDC 2019-nCoV
(2019-nCoV) es solo para uso bajo la Autorización de uso de emergencia del INDRE.
COVID-19

Principios del procedimiento

Los cebadores oligonucleotídicos y las sondas para la detección de 2019-nCoV se seleccionaron de regiones
del gen de la nucleocápside (N) del virus. El panel está diseñado para la detección específica del 2019-nCoV
(dos juegos de cebadores / sondas). También se incluye en el panel un conjunto adicional de cebador / sonda
para detectar el gen RNasa P humano (RP) en muestras de control y muestras clínicas.
El ARN aislado y purificado de las muestras de las vías respiratorias superiores e inferiores se transcribe
inversamente a cDNA y posteriormente se amplifica en el instrumento de PCR en tiempo real. En el proceso, la
sonda se une a una secuencia objetivo específica ubicada entre los cebadores directo e inverso. Durante la
fase de extensión del ciclo de PCR, la actividad nucleasa 5 'de la polimerasa Taq degrada la sonda, lo que hace
que el tinte informador se separe del tinte apagador, generando una señal fluorescente. Con cada ciclo, las
moléculas de colorante indicador adicionales se escinden de sus respectivas sondas, lo que aumenta la
intensidad de fluorescencia. La intensidad de fluorescencia se controla en cada ciclo de PCR mediante el
sistema de PCR en tiempo real del termociclador empleado. La detección de ARN viral no solo ayuda en el
diagnóstico de enfermedades, sino que también proporciona información epidemiológica y de vigilancia.
Materiales requeridos (provistos)

Cebadores y sondas:
Equipo y consumibles necesarios (pero no suministrados)

Mezclador Vortex
Microcentrífuga
Micropipetas (2 o 10 μL, 200 μL y 1000 μL)
Micropipetas multicanal (5-50 μl)
Bastidores para tubos de microcentrífuga de 1,5 ml.
2 x bloques fríos de 96 pozos -20 ° C
Termociclador
Reactivos para extracción de RNA viral
Agua de grado molecular, sin nucleasas
Lejía al 10% (dilución 1:10 de lejía de hipoclorito 5,25-6,0% comercial)
DNAZapTM (Ambion, cat. # AM9890) o equivalente
RNAse AwayTM (Fisher Scientific; cat. # 21-236-21) o equivalente
Guantes desechables sin polvo y batas quirúrgicas
Puntas de pipeta barrera de aerosol
Tubos de microcentrífuga de 1,5 ml (sin ADNasa / RNasa)
Tubos compatibles con termociclador
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Advertencias y precauciones
• Para uso diagnóstico in vitro (IVD).
• Solo para uso de emergencia.
• Siga las precauciones estándar. Deben considerarse todas las muestras de pacientes y controles positivos
potencialmente infecciosos y manejados en consecuencia.
• No coma, beba, fume, aplique cosméticos ni manipule lentes de contacto en áreas donde se manejan
especímenes humanos.
• Manipule todas las muestras como si fueran infecciosas utilizando procedimientos de laboratorio seguros.
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab-biosafety-guidelines.html.
• El procesamiento de la muestra debe realizarse de acuerdo con las normas nacionales de seguridad biológica.
• Las características de rendimiento se han determinado con muestras de las vías respiratorias superiores
humanas y muestras del tracto respiratorio inferior de pacientes humanos con signos y síntomas de infección de
vías respiratorias.
• Realizar todas las manipulaciones de muestras de virus vivos dentro de un gabinete de seguridad biológica de
Clase II (o superior) (BSC)
• Use equipo de protección personal como guantes, protección para los ojos y batas de laboratorio (pero no
limitado a), cuando manipula reactivos del kit y mientras se realiza este ensayo y al manipular materiales,
incluidas muestras, reactivos, pipetas y otros equipos y reactivos.
Las tecnologías de amplificación como la PCR son sensibles a la introducción accidental de productos de PCR
de otras amplificaciones anteriores. Se podrían producir resultados incorrectos si la muestra clínica o los
reactivos en tiempo real utilizados en la etapa de amplificación se contaminan por la introducción accidental del
producto de amplificación (amplicón). El flujo de trabajo en el laboratorio debe proceder de manera
unidireccional.
Mantenga áreas separadas para la configuración del ensayo y el manejo de ácidos nucleicos.
Siempre verifique la fecha de vencimiento antes de su uso. No use el reactivo caducado. No sustituir o mezclar
reactivo de diferentes lotes de kits o de otros fabricantes.
Cambie las puntas de pipeta de barrera de aerosol entre todas las transferencias manuales de líquidos.
Durante la preparación de muestras, el cumplimiento de buenas técnicas de laboratorio es esencial para

minimizar el riesgo de contaminación cruzada entre muestras y la introducción involuntaria de nucleasas en las
muestras durante y después del procedimiento de extracción.
Siempre se debe usar una técnica aséptica adecuada cuando se trabaja con ácidos nucleicos.
Mantenga equipos separados y dedicados (p. Ej., Pipetas, microcentrífugas) y suministros (p. Ej., Tubos de
microcentrífuga, puntas de pipetas) para la configuración del ensayo y la manipulación de ácidos nucleicos
extraídos.
Use una bata de laboratorio limpia y guantes desechables sin polvo (no usados previamente) cuando configure
los ensayos.
Cambie los guantes entre muestras y siempre que se sospeche contaminación.

Mantenga el reactivo y los tubos de reacción tapados o cubiertos tanto como sea posible.
Los cebadores, las sondas (incluidas las alícuotas) y la mezcla maestra de enzimas deben descongelarse y
mantenerse en bloque frío en todo momento durante la preparación y uso.
COVID-19

Las superficies de trabajo, pipetas y centrifugas deben limpiarse y descontaminarse con limpieza.
Usar productos como blanqueador al 10%, "DNAZapTM" o "RNase AWAY®" para minimizar el riesgo de
contaminación con ácidos nucleicos. El blanqueador residual debe eliminarse con etanol al 70%.
• El ARN debe mantenerse en bloque frío o en hielo durante la preparación y el uso para garantizar la
estabilidad.
• Deseche los reactivos del kit no utilizados y las muestras humanas de acuerdo con las leyes locales, estatales
y federales.
Almacenamiento, manejo y estabilidad de reactivos

• Almacene todos los cebadores, sondas y el control positivo, nCoVPC no hidratado a 2-8 ° C hasta que se
rehidrate para su uso. Almacene los materiales de control de HSC líquidos a ≤ -20 ° C.
• Siempre verifique la fecha de vencimiento antes del uso. No utilice reactivos caducados.
• Proteja las sondas fluorogénicas de la luz.
• Los cebadores, las sondas (incluidas las alícuotas) y la mezcla maestra de enzimas deben descongelarse y
mantenerse fríos, bloquear en todo momento durante la preparación y el uso.
• No vuelva a congelar las sondas.
Los controles y las alícuotas de los controles deben descongelarse y mantenerse en hielo en todo momento
durante la preparación y el uso.
Recogida, manipulación y almacenamiento de muestras.

La recolección, el almacenamiento y el transporte inadecuados o inapropiados de las muestras probablemente
arrojarán resultados de prueba falsos. La capacitación en la recolección de muestras es muy recomendable
debido a la importancia de la calidad de la muestra.
Recolectando el espécimen
• Siga las instrucciones del fabricante del dispositivo de recolección de muestras para conocer los métodos de
recolección adecuados.
• Las muestras de hisopos se deben recolectar utilizando solo hisopos con punta sintética, como nylon o
Dacron® y un eje de aluminio o plástico. Los hisopos de alginato de calcio son inaceptables y no se
recomiendan los hisopos de algodón con ejes de madera. Coloque los hisopos inmediatamente en tubos
estériles que contengan 1-3 ml de medio de transporte viral o solución salina fisiológica.
Almacenamiento de muestras
• Las muestras se pueden almacenar a 2-8oC por hasta 72 horas después de la recolección.
• Si se espera un retraso en la extracción, almacene las muestras a -70 ° C o menos.
Preparación de reactivos y controles
Preparación general
Preparación de equipos
Limpie y descontamine todas las superficies de trabajo, pipetas, centrífugas y otros equipos antes de su uso.
Deben usarse agentes de descontaminación que incluyen 10% de lejía, 70% de etanol y DNAzapTM o RNase
AWAY® para minimizar el riesgo de contaminación por ácido nucleico.
COVID-19

PREPARACIÓN DE LA MEZCLA DE REACTIVOS

Configuración de la RT-qPCR
1) En la campana limpia de la sala de preparación de reactivos, coloque el tampón rRT-PCR, la enzima y el
cebador / sondas en hielo o bloque frío. Mantener frío durante la preparación y el uso.
2) Mezcle el tampón, la enzima y el cebador / sondas por inversión 5 veces.
3) Centrifugue los reactivos y los cebadores / sondas durante 5 segundos para recoger el contenido en la parte
inferior del tubo, y luego coloque el tubo en una rejilla fría.
4) Etiquete un tubo de microcentrífuga de 1.5 mL para cada conjunto de cebador / sonda.
5) Determine el número de reacciones (N) a configurar por ensayo. Es necesario hacer un exceso de reacción
mezclar para el NTC, nCoVPC, HSC (si está incluido en la ejecución de RT-PCR) y reacciones de RP y para el
error de pipeteo. Use la siguiente guía para determinar N:
• Si el número de muestras (n) incluidos los controles es igual a 1 a 14, entonces N = n + 1
• Si el número de muestras (n), incluidos los controles, es 15 o mayor, entonces N = n + 2
7) Para cada conjunto de cebador / sonda, calcule la cantidad de cada reactivo que se agregará para cada
mezcla de reacción (N = # de reacciones).
Enzima a utilizar: Promega GoTaq® Probe 1- Step RT-qPCR System
Paso # Reactivo Vol por reacción
1 Agua libre de nucleasas N x 3.1 μL
N x 1.5 μL
2 Combined Primer/Probe Mix
3 GoTaq Probe qPCR Master Mix with dUTP N x 10.0 μL
4
Go Script RT Mix for 1-Step RT-qPCR
N x 0.4 μL
Volumen total N x 15.0 μL
8) Dispense reactivos en cada tubo de microcentrífuga de 1,5 ml etiquetado respectivo. Después de la adición
de los reactivos, mezcle las mezclas de reacción pipeteando hacia arriba y hacia abajo. No vórtex.
9) Centrifugue durante 5 segundos para recoger el contenido en el fondo del tubo y luego coloque el tubo en
una rejilla fría.
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10) Instale tubos o placas de tiras de reacción en una gradilla

11) Dispense 15 μL de cada mezcla maestra en los pocillos apropiados .
12) Antes de pasar al área de manejo de ácido nucleico, prepare las reacciones Sin control de plantilla (NTC)
en el área de preparación del ensayo.
13) Pipetee 5 μL de agua libre de nucleasas en los pocillos de muestra de NTC. Tape bien los tubos NTC antes
de continuar.
14) Cubra todos los tubos de reacción y muevalos al área de manejo de la muestra de ácido nucleico.
ADICIÓN DE MUESTRAS Y CONTROLES

Este procedimiento debe realizarse en una campana de flujo laminar destinada únicamente para este fin.
Adición de ácido nucleico
1) Agite suavemente los tubos de muestra de ácido nucleico durante aproximadamente 5 segundos.
2) Centrifugar durante 5 segundos para recoger el contenido en el fondo del tubo.
3) Después de la centrifugación, coloque los tubos de muestra de ácido nucleico extraídos en el estante frío.
Pipetee cuidadosamente 5.0 μL de la primera muestra en todos los pocillos etiquetados para esa muestra.
Mantenga otros pozos de muestra cubiertos durante la adición. Cambiar puntas después de cada adición.
5) Cubra con seguridad los tubos a los que se ha agregado la muestra para evitar la contaminación cruzada y
garantizar el seguimiento de la muestra.
6) Cambie los guantes con frecuencia y cuando sea necesario para evitar la contaminación.
Adición de control de ensayo

1) Pipetee 5 μL de ARN nCoVPC o control de RP en los tubos correspondientes.
2). Tapar bien los tubos después de la adición del control de ARN.
NOTA: Si usa tiras de 4 u 8 tubos, etiquete la PESTAÑA de cada tira para indicar la posición de la muestra
3) Centrifugue brevemente las tiras de tubos de reacción durante 10-15 segundos. Después de la
centrifugación, regrese al estante frío.
PROTOCOLO DE AMPLIFICACIÓN
La amplificación se realizará en un Termociclador de Tiempo real Rotorgene 3000.
Sistema Promega GoTaq Probe 1-Step RT-qPCR

a. En la Etapa 1, ajuste a 15 min a 45 ° C;
b. En etapa 2, ajuste a 2 min 95°;
C. En etapa 3, 3 segundos a 95 ° C.
d. En la Etapa 3, 30 segundos a 55.0 ° C.
Repetir 45 ciclos de la etapa 3.
En etapa 3 inciso D realizar adquisición de datos para FAM.
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INTERPRETACIÓN DE RESULTADOS
Sin control de plantilla (NTC)
El NTC consiste en usar agua libre de nucleasas en las reacciones de rRT-PCR en lugar de ARN. Las
reacciones NTC para todos los conjuntos de cebadores y sondas no deben exhibir curvas de crecimiento de
fluorescencia que crucen la línea de umbral. Si alguna de las reacciones de NTC exhibe una curva de
crecimiento que cruza el umbral del ciclo, puede haber ocurrido una contaminación de la muestra. Invalide la
ejecución y repita el ensayo con estricto cumplimiento de las pautas.
Control Positivo 2019-nCoV (nCoVPC)

El nCoVPC consiste en ARN transcrito in vitro. El nCoVPC producirá un resultado positivo con los siguientes
conjuntos de cebadores y sondas: N1, N2.
Control de muestras humanas (HSC) (control de extracción)

Cuando el HSC se ejecuta con el Panel de diagnóstico CDC 2019-nCoV rRT-PCR (consulte la sección anterior
sobre la configuración del ensayo), el HSC se utiliza como un control de procedimiento de extracción de ARN
para demostrar la recuperación exitosa del ARN, así como la integridad del reactivo de extracción. El control
HSC consiste en material de células humanas cultivadas no infecciosas (A549). El ácido nucleico purificado del
HSC debería producir un resultado positivo con el conjunto de cebadores y sonda RP y resultados negativos
con todos los marcadores 2019-nCoV.
RNase P (Control de extracción)

Todas las muestras clínicas deben exhibir curvas de crecimiento de fluorescencia en la reacción RNasa P que
cruzan la línea de umbral dentro de los 40.00 ciclos (<40.00 Ct), lo que indica la presencia del gen RNasa P
humano. La falla en la detección de RNasa P en cualquier muestra clínica puede indicar:
- Extracción inadecuada de ácido nucleico de materiales clínicos que resulta en pérdida de ARN y / o
degradación de ARN.
- Ausencia de material celular humano suficiente debido a la mala recolección o pérdida de integridad de la
muestra.
Si el ensayo RP no produce un resultado positivo para muestras clínicas humanas, interprete lo siguiente:
- Si el 2019-nCoV N1 y N2 son positivos incluso en ausencia de un RP positivo, el resultado debe considerarse

válido. Es posible que algunas muestras no presenten curvas de crecimiento de RNasa P debido a los bajos
números de células en la muestra clínica original. Una señal RP negativa no excluye la presencia de ARN del
virus 2019-nCoV en una muestra clínica.
- Si todos los marcadores 2019-nCoV Y RNase P son negativos para la muestra, el resultado debe considerarse
inválido para la muestra. Si hay una muestra residual disponible, repita el procedimiento de extracción y repita
la prueba. Si todos los marcadores permanecen negativos después de volver a realizar la prueba, informe los
resultados como no válidos y, si es posible, se debe recolectar una nueva muestra.
Marcadores 2019-nCoV (N1 y N2)

• Cuando todos los controles exhiben el rendimiento esperado, una muestra se considera negativa si todas las
curvas de crecimiento del umbral del ciclo del marcador nCoV 2019 (N1, N2) NO cruzan la línea del umbral
dentro de los 40.00 ciclos (<40.00 Ct) Y la curva de crecimiento de la RNasa P cruza la línea de umbral dentro
de 40.00 ciclos (<40.00 Ct).
• Cuando todos los controles exhiben el rendimiento esperado, una muestra se considera positiva para 2019-
nCoV si todas las curvas de crecimiento del umbral del ciclo del marcador 2019-nCoV (N1, N2) cruzan la línea
del umbral dentro de los 40.00 ciclos (<40.00 Ct). La RNase P puede o no ser positiva como se describió
anteriormente, pero el resultado 2019-nCoV sigue siendo válido.
COVID-19

• Cuando todos los controles exhiben el rendimiento esperado y las curvas de crecimiento para los marcadores
2019-nCoV (N1, N2) Y el marcador RNase P NO cruzan la curva de crecimiento del umbral del ciclo dentro de
40.00 ciclos (<40.00 Ct), el resultado no es válido. El ARN extraído de la muestra se debe volver a analizar. Si
el ARN residual no está disponible, vuelva a extraer el ARN de la muestra residual y vuelva a realizar la prueba.
Si la muestra analizada de nuevo es negativa para todos los marcadores y la RNasa P, el resultado es inválido
y se debe considerar la recolección de una nueva muestra del paciente.
• Cuando todos los controles exhiben el rendimiento esperado y la curva de crecimiento del umbral del ciclo
para cualquier marcador (N1 o N2 pero no ambos marcadores) cruza la línea del umbral dentro de los 40.00
ciclos (<40.00 Ct), el resultado no es concluyente. El ARN extraído debe volver a analizarse. Si el ARN residual
no está disponible, vuelva a extraer el ARN de la muestra residual y vuelva a realizar la prueba. Si se obtiene el
mismo resultado, informe el resultado no concluyente. Consulte con su laboratorio estatal de salud pública o
CDC, según corresponda, para solicitar orientación y / o coordinar la transferencia de la muestra para un
análisis adicional.
• Si HSC es positivo para N1 o N2, puede haber ocurrido contaminación durante la extracción o el
procesamiento de la muestra. Invalide todos los resultados de las muestras extraídas junto con el HSC. Vuelva
a extraer muestras y HSC y vuelva a probar.
COVID-19

REPORTE DE RESULTADOS
COVID-19

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS:
• NOM-018-STPS-2015, Sistema armonizado para la identificación y comunicación de

peligros y riesgos por sustancias químicas peligrosas en los centros de trabajo. DOF, 09-10-
2015.
• Nom-087-Semarnat-Ssa1-2002. Norma Oficial Mexicana NOM-087-SEMARNAT- SS1-
2002, Protección Ambiental-Salud Ambiental-Residuos Peligrosos Biologico-Infecciosos-
Clasificación y Especificaciones de Manejo, DOF, 17-02- 2003.
• Infection prevention and control during health care when novel coronavirus (nCoV) infection
is suspected Interim guidance 25 January 2020 WHO/2019- nCoV/IPC/v2020.2.
file:///D:/CGRB 202020/CORONAVIRUS 20CHINA/clinical- management-of-novel-cov
20(1).pdf
• Home care for patients with suspected novel coronavirus (nCoV) infection presenting with mild
symptoms and management of contacts Interim guidance,. (20 enero 2020).
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel- coronavirus-2019/technical-guidance.
• Prevención y control de las infecciones respiratorias agudas con tendencia epidémica y
pandémica durante la atención sanitaria. Directrices de la Organización Mundial de la Salud, de
2014
https://www.paho.org/hq/dmdocuments/2014/2014-cha-prevencion-control-atencion- sanitaria.pdf.

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ELABORACIÓN, REVISIÓN Y APROBACIÓN

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1.- EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL (EPP) E INSUMOS RECOMENDADOS

Se recomienda trabajar en binomios (2 personas) durante la toma de muestras, el equipo

EQUIPO DE PROTECCIÓN MÍNIMO

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 4 de

2.- USO DEL EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL.

1. Reserva mínima de EPP para el manejo de pacientes y toma de

2. Secuencia de colocación de EPP desechable.

1. Vestir el pijama quirúrgico y el zapato de seguridad cerrado (rígido y antiderrapante;

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

Figura 2. Colocación de mascarilla

5. Colocación de respirador N95 o N100 (figura 3).

Figura 3. Colocación de respirador

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

6. Colocación de lentes de seguridad (goggles) o caretas (figura 4).

Figura 4. Colocación de lentes de seguridad o careta

7. Colocación de Guantes (figura 5).

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

Figura 5. Colocación de guantes

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

Precauciones durante su uso.

Capacitación para el uso de EPP

La capacitación para la colocación, uso y retiro del EPP es obligatoria.

Los Laboratorios Estatales de Salud Pública cuentan con personal Responsable de

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

3.- PRECAUCIONES DE BIOSEGURIDAD DURANTE LA TOMA DE LA MUESTRA.

Las puertas de la habitación o cubículo deberán permanecer cerradas durante el

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 9 de

4.- TOMA DE MUESTRA

• Respiradores NIOSH N95 o N100.

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 18 de

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 19 de

La forma adecuada para tomarlo y obtener una buena muestra es la siguiente:

Figura 7. Toma de exudado nasofaríngeo

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 20 de

5.- ENVÍO Y EMBALAJE DE MUESTRAS

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 21 de

6.- RECEPCIÓN Y MANEJO DE MUESTRAS EN EL LABORATORIO.

Todas las muestras deben ser recibidas y desembaladas en cabina de seguridad

En todo momento que se manipulen las muestras se portará el equipo de protección

1. Medidas de bioseguridad durante el diagnóstico de laboratorio.

2. Resguardo y custodia de muestras positivas.

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 22 de

7.- RETIRO DE EQUIPO DE PROTECCIÓN PERSONAL

a) Segundo par de guantes.

Nota: Todo el EPP contaminado se desecha como RPBI, se desechará en bolsas de

2. Retiro de guantes (figura 8).

a. Asumir siempre que el exterior de los guantes está contaminado.

LABORATORIO INTEGRAL DE CÓDIGO COV-19 VERSION 01 Página 23 de

3.- Retiro de bata desechable (figura 9).

f. Enrollar y desechar en el contenedor de RPBI.

g. Retirar el primer par de guantes.