Siendo la hidrólisis la primera etapa de para el proceso de la digestión anaerobia, los
compuestos orgánicos se degradan conjuntamente con los compuestos de alto peso molecular como las proteínas, lípidos y carbohidratos solubles, todos ellos se descomponen en compuestos orgánicos simples como aminoácidos, alcoholes, azucares simples y ácidos grasos de cadena larga, por el actuar de enzimas extracelulares.