FUNDAMENTOS DE

MICROBIOLOGÍA INDUSTRIAL
UNIDAD 1 INGENIERÍA DE FERMENTACIONES
2020

BTA642 2020 1
 ESQUEMA GENERAL TEORÍA
Fundamentos de Microbiología Industrial

Cinética de Crecimiento Microbiano

Cultivo por Lote, lote alimentado y Continuo

Aireación y Agitación

Esterilización de Medios

Recuperación de Productos
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 OBJETIVOS

Destacar la importancia de los

microorganismos y su aplicación a usos
industriales
Definir y caracterizar las funciones
propias de los microorganismos de uso
industrial.
3

BTA642 2020
 BIOPROCESOS ACTUALES
Industria Escala Complejidad en Biocatalizador Bioproducto Fracción de
downstream mercado
Compuestos químicos Muy Baja M.o./enzimas Moléculas orgánicas Muy baja
básicos grande
Compuestos químicos Media Media M.o./enzimas Moléculas orgánicas Baja
finos
Detergentes Grande Baja M.o. Enzimas Media
Cosméticos Baja- Media-alta M.o./enzimas/células Proteínas y Media
media mamíferas moléculas
Farmacéuticos Media Media-alta M.o Moléculas orgánicas Baja-media
convencionales
Biofarmacéuticos Baja Alta M.o./células mamíferas Proteínas Alta

Alimentos Muy Media M.o./enzimas Proteínas y otros Media

grande
Biominería Muy Baja M.o. Metales Muy baja
grande
Tratamiento de Muy Baja M.o. Agua/aire/suelo Alta
residuos grande purificado 4

BTA642 2020
 RAZONES PARA OCUPAR
MICROORGANISMOS

▪ Se utilizan generalmente bacterias y levaduras en

fermentaciones
▪ Velocidad de crecimiento muy alta (en comparación con plantas
y animales – y sus células)
▪ Requerimientos de espacio menores
▪ Baja sensibilidad a condiciones ambientales
▪ Facilidad de cultivo (no adquieren enfermedades)
▪ También las células animales y vegetales son utilizadas
en biotecnología industrial, pero su alcance es mucho más
específico.

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 CARACTERÍSTICAS FISIOLÓGICAS
DESEABLES

• Solo algunos m.o. tienen la capacidad de poder ser

utilizados en un bioproceso

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 FERMENTACIONES MICROBIANAS
• Las reacciones de fermentación en bacterias y levaduras
pueden ser varias, y se distinguen entre sí por los sustratos
utilizados y productos
Tipo Reacción Organismos
Alcohólica Hexosa → 2 etanol + 2 CO2 Levaduras, Zymomonas

Homoláctica Hexosa → 2 lactato- + 2 H+ Streptococcus, Lactobacillus

Heteroláctica Hexosa → lactato- +etanol + CO2 + H+ Leuconostoc, Lactobacillus

Ácido propiónico 3 Lactato → 2 propionato + acetato + CO2 Propionibacterium, Clostridium

propionicum
Ácido mixta Hexosa → Etanol + 2,3 propanodiol + succinato-2 + Bacterias entéricas como
lactato- +acetato- + formato- + H2 + CO2 Escherichia, Salmonella, Shigella,
Klebsiella,, Enterobacter
Ácido butírico Hexosa → butirato- + 2H2 + 2CO2 + H+ Clostridium butyricum

7
Acetogénico
BTA642 2020 Fructosa → 3 acetato- + 3H+ Clostridium aceticum
 TIPOS DE
M.O. SEGÚN
FUENTE DE
ENERGÍA
LOS MÁS COMUNES A NIVEL
INDUSTRIAL SON LOS M.O.
QUIMIO-HETERÓTROFOS

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BTA642 2020
 BACTERIAS

• De las 18 filos de bacteria, generalmente 3 son las más

representadas en los microorganismos utilizados de forma
industrial.

Proteobacteria Firmicutes Actinobacterias

Bacterias de Bacterias
ácido acético ácidolácticas Actinomycetes
(AAB) (LAB)

Bacillus spp Corynebacterium

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 PROTEOBACTERIA

• Agrupa bacterias muy diversas, e incluye a varios tipos de patógenos:

escherichia, Salmonella, Vibrio y Helicobacter. También incluye bacterias
púrpuras (autótrofas)y bacterias fijadoras de nitrógeno.
• Todas las Proteobacteria son Gram-negativas.
• La mayoría son anaeróbicas facultativas o estrictas.
• Mayores representantes de Proteobacteria en microbiología industrial:
➢ Acetobacter Bacterias productoras de
ácido acético
➢ Gluconobacter
➢ Zymomonas Posible uso para producción de etanol

➢ Acidithiobacillus

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 ACETOBACTER Y GLUCONOBACTER

• Tolerantes a bajo pH.

• Son usadas en la manufactura de:
▪ ácido acético (vinagre)
▪ ácido glucorónico, galactónico y arabónico
▪ sorbosa (precursor de vitamina C)
• Pueden ser un problema en la manufactura de vinos

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 ACIDITHIOBACILLUS SP.

• Proteobacteria quimiolitótrofa, útil por su habilidad de

consumir azufre (A. thiooxidans) o hierro (A. ferrooxidans)
a ácido sulfúrico.
➢ Biominería (biolixiviación): liberación de cobre a partir
de pirita
➢ Biofiltración: remoción de ácido sulfhídrico gaseoso
(H2S)
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 FIRMICUTES

• Bacterias Gram-positivas de contenido GC bajo (bajo

contenido de guanina + citosina)
• Divididos en tres grupos mayores:
• Formadores de esporas
• No formadores de esporas
• Sin pared celular
• Los primeros dos grupos contienen ejemplos de
microorganismos utilizados industrialmente.

BTA642 2020 13
 BACILLUS SPP

• Forman parte de los firmicutes

formadores de esporas.
B. amyloliquefaciens: productor de enzimas barnasa y subtilisina

• Importantes en su capacidad de
producir enzimas y toxinas
específicas para insectos (control
biológico)

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B. thuringiensis:
BTA642 2020 productor de toxina Bt (insecticida)
 BACTERIAS ÁCIDO
LÁCTICAS (LAB)
• Comprenden un amplio rango de bacterias
firmicutes no formadoras de esporas, por
ejemplo: Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus,
Leuconostoc, y Bifidobacterium
• Se dividen en homofermentativas (producen sólo
ácido láctico) y heterofermentativas (producen
ácido láctico, CO2 y etanol)
• Muy utilizadas en la industria alimenticia, tanto
en la elaboración de derivados lácteos como
suplementos alimenticios.
• Frecuentemente utilizadas como probióticos.
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BTA642 2020
 ➢ Pueden fermentar rápida y
completamente sustratos baratos
➢ Bajos requerimientos de nitrógeno
➢ Altos rendimientos.
➢ Tolerancia a bajos pH y temperaturas
CARACTERÍSTICAS altas.
DE LABS ➢ Baja producción de biomasa (alta
productividad específica de producto)

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BTA642 2020
BTA642 2020 17
 ACTINOBACTERIAS

• Son bacterias Gram-positivas con alto

contenido G+C (mayormente). Su utilidad
industrial reside en la producción de
metabolitos secundarios de alto valor.
• Actinomycetes: Caracterizadas por su
crecimiento en hifas o filamentos,
inicialmente eran clasificadas como
hongos.
• Streptomyces sp es la especie más utilizada
para producción de antibióticos y fármacos.
• Antibióticos: estreptomicina, neomicina,
puromicina, tetraciclina, cloranfenicol,
anfotericina B, etc.

BTA642 2020 18
 ACTINOBACTERIAS

• Son bacterias Gram-positivas con alto

contenido G+C (mayormente). Su
utilidad industrial reside en la
producción de metabolitos secundarios
de alto valor.
• Corynebacterium spp. : Se utilizan para
producción de aminoácidos, nucleótidos,
enzimas y otros.
• C. glutamicum: ácido glutámico, lisina,
treonina
• Otras especies producen bacteriocinas.

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 ANTIBIÓTICOS PRODUCIDOS POR
STREPTOMYCES
Actinomicetos Producido por Espectro de acción
Anfotericina B Streptomyces nodosus Hongos
Carbomicina Streptomyces halsredii Bacterias grampositivas
Clorotetraciclina Srreptomyce.s aureofaciens Amplio espectro
Cloranfenicol Streptomyces venezuelae Amplio espectro
Streptomyces griseus Levaduras patógenas
Cicloheximida
Eritromicina Streptomyces erythraeus Principalmente bacterias grampositivas
Streptomyces kanamyceticus Bacterias grampositivas
Kanamicina
Streptomyces Estafilococos
Oleandromicina antibioricus
Oxitetraciclina Streptomyces rimosus
Amplio espectro

Neomicina B Steptomyces fradiae

Amplio espectro
Novobiocina Streptomyces niveus
Bacterias grampositivas
Nistatina Streptomyces noursei Hongos

Estreptomicina Streptomyces griseus Bacterias gramnegativas,,

Mycobacterium tuberculosis

BTA642 2020 20
 EUCARIOTAS

• Aunque células animales y vegetales son utilizadas en

biotecnología, su complejidad de cultivo hace que pocas
veces puedan ser utilizadas a escala industrial.
• Mayor complejidad metabólica
• Permite expresar proteínas recombinantes de organismos
superiores

• Los eucariotas más presentes en la industria son los hongos

(Fungi), los cuales son utilizados para un amplio rango de
procesos.

BTA642 2020 21
 HONGOS

Grupo Nombre Septas Esporas Representante

común sexuales
Zygomycetes Mohos No Zygoespora Rhizopus, Mucor

Ascomycetes Hongos saco Si Ascoespora Saccharomyces

Basidiomycetes Callampas Si Basidios Agaricus

Deuteromycetes Fungi Si No Penicillium,

imperfecti Aspergillus

BTA642 2020 22
 HONGOS

Rhizopus stolonifer: Aspergillus sp.: ácido Saccharomyces sp.:

ácido fumárico cítrico, amilasas, fermentación
fermentación de arroz, alcohólica (cervezas
etc. vinos), industria
alimenticia

BTA642 2020 23
 Producto Microorganismo utilizado Usos representativos Condiciones de fermentación

Acido acético Soluciones de Acetobacter on etanol Gran variedad de usos en Oxidación de un solo paso; se producen
alimentación soluciones al 15%; rendimientos del
95-99%
Ácido cítrico Aspergillus niger en medios a base de Productos farmacéuticos, como Concentraciones altas de hidratos de
melazas aditivos alimentarios carbono y limitación controlada de trazas
metálicos; rendimientos del 60-80%
Ácido fumárico Rhizopus nigricans en medio a base Elaboración de resinas, curtido, Procesos muy aeróbicos; la relación
de azúcar encoladura carbono-nitrógeno es crítica; debe limitarse
el zinc; rendimientos del 60%

Ácido glucónico Aspergillus niger en medio de glucosa Transportador de calcio y sodio Utiliza agitación o fermentadores con
y sales minerales agitación; rendimientos del 95%
Acido itacónico Aspergillus terreus en medio de Los ésteres pueden polimerizarse Medio altamente aeróbico, con pH inferior
melazas y sales para fabricar plásticos a 2.2; rendimientos del 85%

Ácido Kójico Aspergillus flavus-oryzae en medio de Elaboración de fungicidas e El hierro debe controlarse
hidratos de carbono y N inorgánico insecticidas cuando forman complejos cuidadosamente para evitar la reacción
con metales con el ácido Kójico tras la fermentación

Ácido láctico Lactobacillus delbrueckii Como transportador de calcio y Medio purificado utilizado para facilitar
homofermentador acidificador la extracción

BTA642 2020 24
 Nombre Estado de Organismos y aplicaciones
desarrollo
Dextrano Producción Klebsiella, Acetobacter y Leuconostoc son los géneros principales; estos glucanos con
enlaces alfa se utilizan como expansores del plasma sanguíneo y absorbentes;
forman una capa hidrófila en las superficies quemadas
Exopolisacárido de Producción Utilizado como componente de la pintura debido a su compatibilidad con
Erwinia colorantes básicos
Xantano Producción Empleado en alimentos y en programas de recuperación secundaria de petróleo;
producido por Xanthomonas campestris
Microfibrillas de Producción Espesante para alimentos; forma films para crear texturas; se utiliza una cepa
celulosa especial de Acetobacter
Pullulano Desarrollo Producido por Aureobasidium pullulans, actúa como material biodegradable
para revestimiento alimentario, y puede servir para sustituir al almidón en
aplicaciones seleccionadas
Escleroglucano Desarrollo Producido por el hongo Sclerotium, se utiliza en lodos de perforación; forma un gel
viscoso que presenta pseudoplasticidad
Alginato microbiano Desarrollo Azotobacter vinlandii es uno de los principales organismos; tiene un amplio rango
de usos para sustituir los alginatos de algas; su aplicación como encolante y
como estabilizante alimentario ampliará su mercado
Curdlano Desarrollo Producido por Alcaligenes faecalis var. myxogenes; se infla en el agua y produce un
gel irreversible; no sufre digestión en el tracto intestinal
Poliésteres Desarrollo Pseudomonas oleovorans produce poliésteres ópticamente activos bajo condiciones
de limitación de nitrógeno. Es útil como productor de materias primas químicas,
particularmente para plásticos especiales
Ciclodextrina Producción, Combinación de 6, 7 u 8 unidades de glucosa, producida por Thermoanaerobacter.
desarrollo Tienen un centro hidrófobo que les confiere utilidad para diversas aplicaciones

BTA642 2020 25
 FUNCIÓN: SISTEMAS DE EXPRESIÓN

• Solo una pequeña parte de todos los microorganismos existentes

pueden ser utilizados para microbiología industrial
• M.o. debe ser capaz de soportar condiciones de crecimiento en bioreactor
a gran escala.
• M.o. debe ser estable genéticamente
• M.o. debe ser capaz de crecer en medios de cultivo simples
• Solo los microorganismos anteriormente vistos han sido seleccionados
históricamente para poder crecer en condiciones de bioprocesos
• Sin embargo, continuamente se encuentran nuevas rutas metabólicas
con productos de interés comercial
• Solución: expresar genes heterólogos en m.o. de uso industrial.

BTA642 2020 26
 USO DE CEPAS RECOMBINANTES

• La aplicación final dictará los requerimientos y

posibilidades de desarrollo del m.o. recombinante.
• Las aplicaciones son tan variables como hayan bioprocesos
(presentes y futuros)
• Cada bioproceso tendrá requerimientos distintos
• Es posible que (según normativa y leyes) no sea posible
utilizar microorganismos recombinantes en ciertos procesos,
debido a consideraciones de bioseguridad
• Ej. Industria alimentaria
• Industrias con posibilidad de liberación al medio ambiente

BTA642 2020 27
 ESQUEMA
DE
DESARROLL
O DE UN
BIOPROCES
O

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BTA642 2020 29
 PROTEÍNAS RECOMBINANTES EN S.
CEREVISIAE

• Vacunas • Agentes terapéuticos para procesos

humanos
• Antígeno de superficie de la hepatitis
• Factor de crecimiento epidérmico
B
• Insulina
• Proteína circumesporozoíto del
• Factor de crecimiento de tipo insulínico
paludismo
• Factor de crecimiento derivado de las
• Diagn6sticos plaquetas

• Proteína del virus de la hepatitis C • Proinsulina

• Antígenos del VIH-I • Factor de crecimiento de fibroblastos
• Factor estimulante de las colonias de
granulocitos-macr6fagos
• α-antitripsina
• Factor Xllla de la coagulaci6n

De B.R. Glick y J.J. Pasternak, <<Heterologous Protein Production in Eukaryotic Cells» en B. R. Glick y J. J. Pasternak (eds.). Molecular biotechnology:
BTA642
Principles and 2020 of Recombinant DNA. Copyright 0 1994 ASM Press, Washington, D.C.
Applications 30
 PROTEÍNAS RECOMBINANTES EN
PICHIA PASTORIS
• En los últimos años se ha
reemplazado S. cerevisiae por la
levadura Pichia pastoris como el
microorganismo de preferencia para
expresión de proteínas heterólogas
• P. pastoris es una levadura
metilotrófica (capaz de utilizar
metanol como sustrato), lo cual se
aprovecha para una alta
productividad

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BTA642 2020
 EJEMPLOS DE PRODUCTOS
RECOMBINANTES
Producto Donante Receptor Comentario
Hemoglobina Seres humanos Saccharomyces Utilización de un promotor híbrido
cerevisiae
Glucosa oxidasa Aspergillus niger Saccharomyces Mejor temperatura y estabilidad al
cerevisiae pH, y ausencia de contaminación
Interleucina-6 Seres humanos Escherichia coli Producto sin purificación libre de la
metionina
N-terminal
Pectinasas Erwinia Escherichia coli Mejoría de la producción y la
pureza
Anticuerpo IgG monoclonal cDNA de las cadenas ligera y Baculovirus Alto nivel de expresión de genes
frente a la lipoproteína I de pesada de ratón recombinante como de anticuerpos monoclonales
Pseudomonas vector, desarrollado recombinantes
en la oruga militar
tardía
Porciones alfa y beta de la Seres humanos, con el virus del Tabaco Producción a gran escala
hemoglobina mosaico del tabaco como
vector
Alfa-amilasa Bacillus licheniformis Tabaco Utilización de semillas de tabaco
directamente en la licuefacción del
almidón, producción de una enzima
industrial en plantas

BTA642 2020 32
 OTRAS CÉLULAS
DE EXPRESIÓN
DE PROTEÍNAS

• Células de insecto (Sf9,

Sf21)

• Células mamíferas
• CHO: ovario hámster chino

• HEK: Human
embryonic kidney

• Son más difíciles de

cultivar y requieren
un alto costo

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BTA642 2020
 • La mayor parte de los microorganismos
utilizados en fermentaciones son
quimioheterótrofos, debido a
requerimientos de sustrato y generación
de producto
• Bacterias utilizadas son principalmente
Proteobacteria, Firmicutes y
Actinobacterias
RESUMEN • Hongos utilizados son principalmente
levaduras (Saccharomyces cerevisiae y P.
pastoris)
• Producen una gran cantidad de
bioproductos y son fundamentales para
u amplio espectro de bioprocesos
• Las funciones propias de m.o. en
microbiología industrial son tanto como
productores de compuestos de interés
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BTA642 2020
 CLASE 4: ENERGÍA Y MEDIOS DE
CULTIVO
UNIDAD 1: MICROBIOLOGÍA INDUSTRIAL

BTA642 2020 35
 OBJETIVOS DE UNIDAD

Destacar la importancia de los

microorganismos y su aplicación a usos
industriales
Definir y caracterizar las funciones
propias de los microorganismos de uso
industrial.
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BTA642 2020
 TIPOS DE M.O. SEGÚN FUENTE DE
ENERGÍA
Fuentes
de
energía

Químicos Luz

Quimiotrofía Fototrofía

Fotótrofos
Quimioorganótrofos Quimiolitótrofos

Obtiene energía Obtiene

de químicos energía de
orgánicos químicos
inorgánicos

BTA642 2020 37
SUSTRATO COMO
FUENTE DE CARBONO Y
ENERGÍA
• Los microorganismos obtienen su energía
de sustratos específicos mediante el
catabolismo de los mismos. El producto
de este proceso es energía, compuestos
orgánicos pequeños, CO2 y H2O.
• En fermentaciones industriales,
comúnmente se utilizan microorganismos
quimioheterótrofos, por lo que la fuente
de energía y de carbono es la misma.

BTA642 2020 38
 CONSERVACIÓN DE ENERGÍA EN
FERMENTACIÓN
• La fermentación es uno de los
tipos de metabolismo que la
célula ocupa para obtener
energía para su reproducción
• Las reacciones de
fermentación forman parte
de reacciones de
fosforilación a nivel de
sustrato:
• No ocupa oxígeno
• Requiere un sustrato con alta
energía de formación

BTA642 2020 39
 FERMENTACIÓN

BTA642 2020 40
BTA642 2020 41
BTA642 2020 42
BTA642 2020 43
 BALANCE DE ENERGÍA ENTRE
FERMENTACIÓN Y RESPIRACIÓN

• La fosforilación oxidativa rinde más energía que la fermentación

• En general, el metabolismo fermentativo no es ventajoso para una
célula, y está presente solo cuando las condiciones para realizar la
fosforilación oxidativa no están presentes
• Excepción: Saccharomyces cerevisiae

BTA642 2020 45
 IMPORTANCIA DEL MEDIO DE CULTIVO

• Para una fermentación industrial donde se requiera producir biomasa o

algún producto, el medio de cultivo utilizado es fundamental para el
éxito del proceso.
• El medio dependerá tanto del microorganismo (ej. auxotrofías), el tipo
de proceso (ej. lote, continuo), requerimientos de aireación/agitación,
necesidad de inducción, etc.

• Es importante considerar que el medio utilizado afectará el diseño del

fermentador a utilizar, ya que la adición de ciertos compuestos al medio
de cultivo puede afectar las características reológicas o de transferencia
de oxígeno.

BTA642 2020 46
 CRITERIOS DE MEDIOS DE CULTIVO
Debe producir el mayor rendimiento de producto o biomasa por gramo de sustrato

Debe producir la máxima concentración del producto o biomasa

Debe permitir la mayor velocidad de formación de producto (o crecimiento de

biomasa)
Debe minimizar la generación de subproductos

Debe ser de calidad consistente y de amplia disponibilidad

Debe causar mínimos problemas durante la esteriización y preparación

Debe causar mínimos problemas para otros aspectos del proceso de producción,
BTA642 2020 47
como aireación, purificación, extracción, etc.
 USO DE FUENTES COMPLEJAS
• Fuentes complejas:
• Peptona
• Extracto de levadura
• Harina de pescado
• Triptona
• Licor de maceración de maíz
• Harina de soya
BTA642 2020
• Entre sus ventajas se cuentan el bajo
costo, amplia disponibilidad y buena
respuesta a requerimientos
nutricionales
• Sin embargo, son altamente variables
y la alta cantidad de compuestos no
utilizados causa problemas en la
fermentación y proceso downstream.
También es difícil estimar los
rendimientos de producto a partir de
estas fuentes.
48
 MATERIAS PRIMAS
FUENTE DE COMPOSICIÓN ¿COMPOSICIÓN RANGO DE PRECIO FUENTE
CARBONO DEFINIDA? ( U S $ / KG )

Glucosa C6H12O6 Si 0,1-0,35 Almidón

Almidón (C6H12O6)n Si 0,05-0,35 Maíz, granos, papas,

arroz
Jarabe de maíz Azúcares, dextrinas No 0,35-0,45 Almidón hidrolizado

Jarabe de maíz Fructosa (50%), glucosa(<50%), Si 0,45-0,85 Almidón hidrolizado

de alta fructosa dextrinas

Melaza Carbohidratos (fermentables No 0,08-0,012 Remolacha, caña de

50%), ácidos orgánicos (10%), azúcar
vitaminas, minerales
Harina de semilla Proteínas (40-50%), No 0,12-0,55 Algodón
de algodón carbohidratos, vitaminas

Licor de Proteínas, ácido láctico, azúcar No 0,05-0,15 Subproducto de

maceración de producción de maíz
maíz
Aceite de soya Lípidos, ácidos grasos Si 0,15-0,5 Poroto de soya

Aceite de palma Lípidos, ácidos grasos Si 0,15-0,5 Palma

BTA642 2020 49
 BIOPROCESOS ACTUALES
Industria Escala Complejidad en Biocatalizador Bioproducto Fracción de
downstream mercado
Compuestos químicos Muy Baja M.o./enzimas Moléculas orgánicas Muy baja
básicos grande
Compuestos químicos Media Media M.o./enzimas Moléculas orgánicas Baja
finos
Detergentes Grande Baja M.o. Enzimas Media
Cosméticos Baja- Media-alta M.o./enzimas/células Proteínas y Media
media mamíferas moléculas
Farmacéuticos Media Media-alta M.o Moléculas orgánicas Baja-media
convencionales
Biofarmacéuticos Baja Alta M.o./células mamíferas Proteínas Alta

Alimentos Muy Media M.o./enzimas Proteínas y otros Media

grande
Biominería Muy Baja M.o. Metales Muy baja
grande
Tratamiento de Muy Baja M.o. Agua/aire/suelo Alta
residuos grande purificado 50

Cada bioproceso utiliza un

BTA642 2020 medio de cultivo distinto
 • La mayor parte de los
microorganismos utilizados en
fermentaciones son quimioheterótrofos,
debido a requerimientos de sustrato y
generación de producto
• Los medios de cultivo utilizados
afectan directamente el éxito de un
bioproceso
RESUMEN • Un medio de cultivo debe optimizarse
para el bioproceso y el m.o. utilizado
• Generalmente se requerirá de medios
de cultivo baratos y con fuente de
carbono y energía
• Las funciones propias de m.o. en
microbiología industrial son tanto como
productores de compuestos de interés
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