JULIANA MARTINEZ ARAQUE GRUPO 1

LUISA FERNANDA AZCARATE GRUPO2

PRIMERA PARTE
Identificación de bases de datos

1. RESPUESTA:

● PROTEIN DATA BANK (PDB):

a) Objetivo: Su objetivo es proporcionar información acerca de diferentes
estructuras tridimensionales ya resueltas, obtenidas generalmente por
cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear.
b) Qué tipo de información contiene: Estructuras tridimensionales de
diferentes proteínas y ácidos nucleicos distribuidas en 12 secciones.
c) País de origen: Estados Unidos

● UNIPROT
a) Objetivo: Almacenamiento de información sobre proteínas (ser un
repositorio central de datos gratuito sobre proteínas)
b) Qué tipo de información contiene: Contiene una gran cantidad de
información sobre la función biológica de las proteínas derivada de la
literatura de investigación, principalmente incluyen dos tipos de
información: los datos propiamente dichos(la secuencia de aminoácidos,
las referencias bibliográficas y la taxonomía del organismo de donde
procede)
c) País de origen: Suiza (Europa)

● NATIONAL CENTER ON BIOTECHNOLOGY (NCBI) :

a) Objetivo: Su objetivo es proporcionar herramientas bioinformáticas para el
análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más
usadas.
b) Qué tipo de información contiene: Proporciona estructuras 3D de proteínas,
así como la comparación de secuencias de nucleótidos o proteínas con bases
de datos de secuencias y calcula la región estadística.
c) País de origen: Estados Unidos

2. RESPUESTA:
Schizosaccharomyces pombe (cepa 972 / ATCC 24843) (levadura de fisión)
a) Función (Function): Tiene un papel dual en el ciclo celular. En la mitosis,
participa en el mantenimiento de la actividad de la quinasa cdc2.
Posteriormente se requiere para la regulación de la formación del tabique.
Podría estar involucrado en el mantenimiento de la actividad de la quinasa
cdc2 al prevenir, directa o indirectamente, la degradación de la ciclina o la
desfosforilación de 'Thr-167' de cdc2.
b) Nombres y taxonomía (Names and Taxonomy):
Nombres de Nombre recomendado:
proteínas Proteína de control de la división celular 16

Nombres de Nombre: cdc16

genes Sinónimos: bub2
Nombres ORF: SPAC6F6.08c

Organismo Schizosaccharomyces pombe (cepa 972 / ATCC

24843) (levadura de fisión)

Identificador 284812 [ NCBI ]

taxonómico

Linaje Eukaryota › Hongos › Dikarya › Ascomycota ›

taxonómico Taphrinomycotina › Schizosaccharomycetes ›
Schizosaccharomycetales ›
Schizosaccharomycetaceae › Schizosaccharomyces ›

Proteomas
UP000002485 Componente i : Cromosoma I

c) Ubicación subcelular (Subcellular location): Citoesqueleto, citoplasma.

d) :

3. RESPUESTA:

a) Resumen de estructura

Clasificación: PROTEÍNA DE UNIÓN AL ADN

Organismo (s): Saccharomyces cerevisiae

Sistema de expresión: Escherichia coli

Mutación (es): No

Depositado: 2017-12-23 Publicado: 2018-02-14

 Autor (es) de la deposición: Arora, K. , Corbett, KD

Organización (es) de financiación: Institutos Nacionales de Salud /

Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales (NIH / NIGMS)

b) Vista en 3d

4. RESPUESTA:
El organismo de origen es: Homo Sapiens (humano)
a) Literature: Se observan varios artículos o textos, en donde hablan de esta
proteína, o de estudios realizados en donde la proteína está incluida como
parte de estudio.
b) Genes: Aquí podemos observar sus genes, en donde el primero para esta
proteína vendría siendo Quinasa 1 dependiente de ciclina CDK1 [ Homo
sapiens (humano)]
c) Proteins: En esta sección podemos observar de que proteina estamos
hablando (isoforma 2 del transportador XTRP3 dependiente de sodio y
cloruro [Homo sapiens]) y el origen o la fuente.

PARTE II. BLAST

RESPUESTA 1:

Es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea

de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia
de problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una
base de datos.
Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por
lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para
compararla con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas para
así poder inferir su función.

2. RESPUESTA:
a) Blastn: Compara secuencias nucleotídicas con secuencias de DNA de los
bancos de datos
b) Blastp: Compara secuencias de aminoácidos con una secuencia proteica
de la base de datos.

3. RESPUESTA: Nos permite definir qué alineamientos queremos obtener de

acuerdo a su significación estadística. Cuanto menor sea el valor de E, más
significativo es un alineamiento.

PARTE III. Clustal Omega.

RESPUESTA 1:
Es un programa de computadora ampliamente utilizado para realizar
alineamientos múltiples de secuencias.
Usos:
● Hace alineamientos de múltiples secuencias de datos de proteínas, ADN o
ARN.
● Encuentra si hay cambios o mutaciones en las moléculas.
● Crea un árbol filogenético
● Ayuda a saber cuál es el comportamiento de las macromoléculas de los
seres vivos.

PARTE IV. Búsqueda de una proteína.

1. RESPUESTA: El organismo de origen es el Homo Sapiens (humano) y su

función es catalizar la fosforilación de varias hexosas, como D-glucosa, D-
glucosamina, D-fructosa, D-manosa y 2-desoxi-D-glucosa, a hexosa 6-fosfato
(D-glucosa 6-fosfato, D-glucosamina 6 -fosfato, D-fructosa 6-fosfato, D-manosa
6-fosfato y 2-desoxi-D-glucosa 6-fosfato, respectivamente). No fosforila la N-
acetil-D-glucosamina.
2. RESPUESTA:
La estructura secundaria predominante de esta proteína es hélice alpha

3. RESPUESTA:
911 aminoácidos
Función: La hexoquinasa I es el marcapasos de la glucólisis en el tejido cerebral.

4.RESPUESTA:
Tiene 2 subunidades iguales.

5.RESPUESTA:
El código PDB para esta proteína es 4FPB

PARTE V. Identificación de una proteína.

1. RESPUESTA:
Protein Blast

2. RESPUESTA: Está en la opción de secuencias de proteínas no redundantes

(nr) esto significa que no se repetirá la proteína en varias bases de datos.

4. RESPUESTA: En “descriptions secuencias que producen alineaciones

significativas. En la pestaña “graphic summary líneas de secuencia que se. Y en
la pestaña llamada “alignments” podemos hacer las comparaciones con los
aminoácidos y sus repeticiones.
?

5.RESPUESTA: Los valores de cubrimiento de las dos primeras secuencias son

100% y 99%. Y el E-VALUE de las dos primeras secuencias son 0 y 1e-178.

6.RESPUESTA: La proteína está compuesta por una cadena de 249 aminoácidos

y su nombre es desconocido. Aunque podemos ver que su origen es humano
(Homo Sapiens)

PARTE VI. Comparación de proteínas.

2. RESPUESTA: Tenemos que es la subunidad alfa de hemoglobina (Homo

sapiens)
 La proteína tiene 142 aminoácidos, proviene del organismo Homo Sapiens
(humano) y su función es la de transportar oxígeno desde los pulmones hasta
los distintos tejidos del organismo.

4. RESPUESTA: Tenemos que es la subunidad beta-2 de hemoglobina [Mus

musculus].
La proteína tiene 147 aminoácidos, proviene del organismo Mus musculus (ratón
doméstico)
y su función es generalmente su uso para la investigación científica. Su
cariotipo está compuesto por cuarenta cromosomas y suelen ser albinos.

6.RESPUESTA: En esta opción podemos ver la comparación de los

alineamientos de las dos proteínas.

7. RESPUESTA:
● * significa que los aminoácido presentes en una comparación coinciden
● : Son sustituciones conservativas es decir que los aminoácidos tienen
cierto parecido pero fueron cambiados
● . Indica que los aminoácidos no tienen coincidencia
● ---- las líneas consecutivas cumplan la función de alinear los aminoácidos
presentes en la comparación debido a que los organismos puedan no
tener el mismo número de aminoácidos

8. RESPUESTA:

De acuerdo al lineamiento si están relacionados los organismos debido a que en

la comparación hay varios * y: indicando que se relacionan los aminoácidos
presentes.