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La institución judicial sufre la influencia de los mandos militares que habían conseguido que
se legislase que cualquier actuación realizada en acto de servicio se considerara dentro de
la jurisdicción militar y fuese juzgada por tribunales militares. La Corte Constitucional
excluyó la posibilidad de que las violaciones de Derechos Humanos pudiesen ser
consideradas en relación al servicio militar y se habían de juzgar por tribunales civiles. Pero
se han dado casos de violaciones de Derechos Humanos por parte de militares que han
sido juzgadas por tribunales militares. La impunidad de las Fuerzas Armadas en este
sentido se deja sentir en la justicia colombiana.