“Año de la Universalización de la Salud”

UNIVERSIDAD NACIONAL JORGE BASADRE

GROHMANN
FACULTAD DE CIENCIAS AGROPECUARIAS
ESCUELA PROFESIONAL DE AGRONOMÍA

MONOGRAFÍA

“MARCADORES MOLECULARES Y GENOMA DEL CACAO

Theobroma cacao”
Presentado por:

MAMANI ATAJO, RUTH MARITZA

ESQUIA AGUILAR, KEVIN
COHAILA MAMANI, ABAD
PANTI VELAZQUES, YESSENIA

DOCENTE:

Dra. NELLY AREVALO SOLSOL

Docente del curso de Genética Vegetal

Tacna- Perú
2020
 INDICE
INTRODUCCION ............................................................................................................................. 1
1. MARCO TEORICO ................................................................................................................... 2
1.1. CULTIVO DE CACAO THEOBROMA CACAO ................................................................... 2
1.2. GRUPOS GENÉTICOS DEL CACAO THEOBROMA CACAO ............................................... 2
1.3. ANTECEDENTES DEL MEJORAMIENTO EN CACAO THEOBROMA CACAO ..................... 2
1.4. MARCADORES MOLECULARES EN EL CACAO ................................................................ 5
1.5. MICROSATÉLITES ........................................................................................................... 6
1.6. IMPORTANCIA AGRONÓMICA UTILIZANDO SSRS ......................................................... 9
2. PERFIL DE ADN DE CACAO ( Theobroma cacao L.) VARIEDADES EN FILIPINAS USANDO
MARCADORES MICROSATELITALES EN PERU.............................................................................. 11
2.1. MARCADORES DE COLECCIÓN Y MICROSATÉLITES ..................................................... 11
2.2. EXTRACCIÓN DE ADN .................................................................................................. 11
2.3. CARACTERIZACIÓN DE REPETICIÓN DE SECUENCIA ÚNICA (SSR) ............................... 12
2.4. ANÁLISIS DE CONGLOMERADOS ................................................................................. 12
2.5. PERFILES DE ADN ......................................................................................................... 12
3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN.................................................................................................. 13
3.1. COLECCIÓN DE CLONES DE CACAO ............................................................................. 13
3.2. EXTRACCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE ADN .................................................................. 13
3.3. DIVERSIDAD GENÉTICA................................................................................................ 14
3.4. CARACTERIZACIÓN SSR ............................................................................................... 15
3.5. PERFIL DE ADN............................................................................................................. 16
3.6. RECONOCIMIENTO ...................................................................................................... 16
3.7. PERFILES DE ADN DE CACAO USANDO MARCADORES SSR ......................................... 21
4. GENOMA DEL CACAO .......................................................................................................... 23
4.1 CONCEPTO:.................................................................................................................. 23
4.2 BENEFICIOS.................................................................................................................. 23
4.3 GENOMA ..................................................................................................................... 23
4.4 SECUENCIACIÓN Y MONTAJE ...................................................................................... 24
4.5 ANOTACIÓN DE CONTENIDO GENÉTICO Y SECUENCIAS REPETIDAS .......................... 25
4.6 ANÁLISIS FISH DE LOS CROMOSOMAS DE T. CACAO .................................................. 26
4.7 MAPA DE CALOR DEL GENOMA DE T. CACAO ............................................................. 26
4.8 GENES RELACIONADOS CON LA RESISTENCIA A ENFERMEDADES .............................. 27
4.9 GENES POTENCIALMENTE INVOLUCRADOS EN LAS CUALIDADES DEL CACAO ........... 27
4.10 COLOCALIZACIÓN DE GENES RELACIONADOS CON LA CALIDAD Y QTL ...................... 28
5. CONCLUSIÓN ....................................................................................................................... 29
6. BIBLIOGRAFIA ...................................................................................................................... 31
INTRODUCCION
El Perú es uno de los principales lugares originarios del cacao, posee el 60% de
las variedades de cacao del mundo. El cacao se ha convertido en uno de los
ingredientes peruanos de mayor calidad mundial al igual que el café, creando
valor agregado en fábricas de chocolate de primera calidad.
El Perú ha sido calificado por la Organización Internacional del Cacao (ICCO)
como un país en donde se produce y se exporta un cacao fino y de aroma,
logrando el 36% de la producción mundial de este tipo.
( www.sierraexportadora.gob.pe).
Cerca de la mitad del incremento total en la producción de los cultivos logrados
durante los últimos 50 años se debe al mejoramiento genético siendo la otra
mitad, resultado del avance en las técnicas de cultivo (Suslow et al., 2002). Por
consiguiente, la caracterización de la biodiversidad de los recursos fitogenéticos
está considerada entre las líneas de investigación estratégicas a nivel mundial,
debido a que se perfila como la estrategia fundamental para la solución de los
problemas actuales de los cultivos a través del mejoramiento genético asistido
por marcadores moleculares, la adaptación a los cambios climáticos y el
desarrollo de nuevas alternativas de producción (Virk et al 1995).

El género Theobroma comprende 22 especies, de estas, Theobroma cacao se ha

convertido en el cultivo de mayor importancia comercial a nivel mundial. La
importancia del cacao radica en sus frutos de los cuales se extraen de 30 a 50
semillas (almendras) por mazorca. Estas son utilizadas ampliamente en las
industrias alimentaria, farmacéutica y cosmética; quienes demandan manteca de
cacao (grasas) y torta de cacao o cocoa (obtenido al extraer las grasas) o bien
licor de cacao (pasta de cacao) para la elaboración de chocolates. Esta industria
genera divisas por unos 73.000 millones de dólares (Ploetz, 2007) y de ella
dependen unos 60.000 empleos en todo el mundo
(Lanaud et al., 2009).

1
1. MARCO TEORICO
1.1. CULTIVO DE CACAO THEOBROMA CACAO

La Amazonía peruana tiene una gran diversidad genética de cacao, uno de ellos
es el cacao "Chuncho", es originaria de la provincia de La Convención, Cusco-
Perú, donde más de 20 mil hectáreas de cacao se cultivan, de los cuales, 80%
son “Chuncho”. El nombre proviene del lugar, ya que la zona es habitada por
grupos étnicos indígenas "Matsiguengas Chunchos", quienes probablemente
domesticaron este Cultivar (Bioversity, 2009). El cacao chuncho, está en riesgo
de erosión genética y en peligro de convertirse extinguirse y ser reemplazado. El
estudio de la variabilidad genética del cacao basado en marcadores moleculares
de SNP es más preciso alternativa para la genotipificación, identificación y
estudios posteriores, ya que estas técnicas permiten la discriminación de
individuos según el genotipo, independientemente del efecto ambiental o
interacciones entre genes. El cacao chuncho es uno de los más antiguos y únicos
de este valle, con altísimas calidades, principalmente en aroma y sabor, hemos
identificado 35 perfiles sensoriales entre los genotipos de Chuncho probados.
Los fabricantes de chocolate lo prefieren para hacer los mejores chocolates.
Cuando el cacao Chuncho está correctamente cultivado, puede producir un alto
rendimiento y algunos árboles de cacao Chuncho también son tolerantes y
resisten a la principales enfermedades del cacao, por lo que el cacao Chuncho es
un grupo invaluable de recurso genético para el cacao producción y para
programas de mejoramiento.

1.2. GRUPOS GENÉTICOS DEL CACAO THEOBROMA CACAO

Tres principales grupos genéticos de cacao han sido descritos y cultivados

tradicionalmente alrededor del mundo: Criollo, Forastero y Trinitario. El grupo
de los Criollos fue originalmente cultivado por los mayas en América Central y
representa el primer grupo de cacao domesticado del mundo.

1.3. ANTECEDENTES DEL MEJORAMIENTO EN CACAO

THEOBROMA CACAO
En cacao como se ha podido se ha podido identificar a partir de las diversas
expediciones de colecta, la variabilidad está dispersa en una amplia región de
Latinoamérica y ocurre en poblaciones discretas, las mismas que constituyeron
los primeros recursos para el cultivo, sin perder su condición de nativas; de tal
manera que variedades distintas fueron asociadas con regiones particulares
(Bartley, 1994).
2
Según Paulin y colaboradores (1996) los programas de mejoramiento en cacao,
se basan a menudo en la creación de híbridos entre clones de origen geográfico
diferentes, con la selección de las mejores combinaciones mediante el valor
promedio de sus descendientes. Sin embargo, este método que explora la
variabilidad natural del cacao, tiene sus límites: primero, no garantiza el avance
genético continuo y segundo, no permite explorar a menudo la importante
variabilidad intra hibrido, que se deriva de la alta concentración de heterocigosis
de los padres (Agama, 2005).

La selección a partir de descendencias hibridas según Lanaud y colaboradores

(1995) citados por Quiroz (2002), es ampliamente utilizada. Se fundamenta en la
creación de descendientes F1 o híbridos de clones que son utilizados como
progenitores de semillas hibridas permitiendo obtener una fuerte heterosis para
el rendimiento, vigor y precocidad. El ciclo de selección toma algunos años e
incluye la selección de diferentes individuos dentro de una colección con
características deseables (producción, resistencia a plagas y enfermedades y
calidad) (Agama, 2005).

Posteriormente, se realiza la evaluación de las mejores descendencias respecto a

los padres que son multiplicados vegetativamente para ser establecidos en el
campo de producción de semillas. Finalmente, por medio de la polinización
natural 21 o artificial se obtienen semillas con buen valor en sus descendencias y
posteriormente se distribuyen híbridos seleccionados a los productores (Quiroz,
2002).

Sin embargo, el mejoramiento por selección genealógica, presenta algunos

problemas. Los descendientes son muy heterogéneos, probablemente debido al
grado de heterocigosidad de los padres. Trabajos realizados por Lanaud y
colaboradores (1995) con ciertos híbridos provenientes de clones que fueron
seleccionados, indican que el 80% de la producción se basó en la colecta de
solamente el 30% de los árboles. Esto posiblemente se debió al uso de
progenitores maternos autoincompatibles, permitiendo mayor obtención de
frutos producto de cruzamientos y no de autofecundación, pues los insectos
generalmente mezclan el polen del mismo árbol, este inconveniente disminuye
la ventaja que produce el aporte de la heterosis (Agama, 2005).

A comienzos de la década de los años 20’s, se inició la investigación sistemática

del cacao en Trinidad; siendo los ingleses quienes iniciaron los trabajos de
selección de árboles, teniendo claro el tipo de planta deseado con características

3
específicas que no siempre se las encontraba en un solo árbol. En 1932 Van Hall
aplico conceptos de selección individual en Java, para lo cual fue necesario
sembrar los clones colectados en parcelas de observación y de evaluación.
Posteriormente incluyó la evaluación de progenies por polinización de clones
seleccionados en orden a determinar si sería preferible usar progenies por
semilla o los mismos clones, cuestión que aun hoy está sin resolver pero que
preocupa a investigadores especialmente por el costo (Rondón, 2000).

La selección clonal fue practica de amplia utilización en los años 40 y 70; y

consistió en propagar vegetativamente individuos superiores seleccionados a
partir de descendencias hibridas. Este método, permite aumentar los
rendimientos y homogeneidad de las plantaciones; sin embargo, presenta
algunas limitantes, dependiendo de la técnica de propagación utilizada: ya sea
injertos o estacas (Bowman, 1949).

Cabe destacar que los programas de mejoramiento contaron desde un comienzo

con recursos genéticos a partir de las poblaciones básicas del Theobroma cacao
L., cuyas características se presentan en el cuadro 1.

Cuadro 1. Poblaciones genéticas de cacao y sus características típicas

Theobroma Óvulos/
Color cotiledón Mesocarpio
cacao ovario
Delgado
Criollo Blanco - Marfil 20 - 40
suave
Firme y
Forastero Violeta 30 - 60
fuerte
Fuente: Rondón, 2000

Estas poblaciones dieron origen a la población conocida como Trinitario y cuyas

características la ubican como intermedia a las dos anteriores; entre estas
poblaciones se encuentran los diferentes grados de variabilidad que se presentan
en materiales comerciales. La población criolla da origen a los cacaos finos con
mayor contenido de grasa y más aromatizado que la población forastero, además
el promedio de peso por semilla puede ser el doble de la semilla del forastero;
estas características en general lo han ubicado al criollo como el material que en
condiciones de producción comercial, le ofrece las mejores condiciones de
comercialización, recibiendo primas importante por su "Calidad" (Rondón,
2000).
4
Con la ampliación de las áreas sembradas en Latinoamérica, se presentaron y
dispersaron las enfermedades, lo que produjo un profundo efecto en el
establecimiento de programas de mejoramiento por resistencia como otro
objetivo, especialmente en Ecuador por Escoba de bruja. La atención puesta a la
resistencia de enfermedades produjo algunos beneficios, especialmente respecto
a la conciencia en la importancia del germoplasma de las especies y los avances
considerables respecto a los materiales disponibles (Rondón, 2000).

Tiempo después de llegar la Escoba de bruja verdaderos elementos básicos de

caracterización de los clones, del proceso de 23 infección de la enfermedad y de
la interacción al país, se inició igualmente el programa de mejoramiento por
resistencia, para lo cual se acogió la recomendación del programa de Trinidad,
según el cual las nuevas poblaciones a establecer en zonas afectadas por la
enfermedad, deberían contener hasta un 66% de la población de cruzamientos
provenientes de SCA 6, SCA 12 e IMC 67, clones de la colección realizada por
Pound al Perú e identificados en Trinidad como resistentes a la enfermedad
(Rondón, 2000).

Dichos híbridos, obtenidos con cruzamientos con materiales ICS, dieron como
resultado poblaciones tolerantes hasta cierta edad, máximo tres años, para luego
convertirse en materiales susceptibles con el agravante de producir un grano de
muy mala calidad por su tamaño y rendimiento en grasa (Rondón, 2000). Esta
observación es un indicio que los programas de mejoramiento, adolecieron de
patógeno hospedero, sin olvidar los componentes de calidad y rendimiento del
grano. Pero además, la experiencia ganada sobre el comportamiento del material
híbrido basado en SCA al nivel de finca, mostró lo peligroso de cultivar un solo
material, especialmente cuando la evaluación ha sido inadecuada. Esto
conduciría a adoptar una política en cuanto a eliminar la distribución de estos
materiales en materiales de siembra comerciales y a distribuir mezclas de
híbridos más adecuados (Rondón, 2000).

1.4. MARCADORES MOLECULARES EN EL CACAO

Antes de las primeras aplicaciones de los marcadores moleculares en estudios

de genética y mejoramiento de organismos, los marcadores por elección, eran
aquellos regulados por genes asociados a caracteres morfológicos y de
rendimiento, en general fenotipos de fácil cuantificación e identificación visual.
Sin embargo, el limitado número de estos marcadores y la interferencia
epistática o ambiental acotaron su expansión (Azofeita, 2006).
5
A partir de la década de los ochenta del siglo pasado se empezaron a incorporar
marcadores moleculares, los cuales se desarrollaron rápidamente, expandiendo
su aplicación prácticamente a todas las especies de organismos vivos,
acelerando los avances en los programas de búsqueda de organismos de interés
(Vázquez et al., 2012). Los primeros marcadores moleculares (no basados en
ADN) empleados en cacao fueron las isoenzimas, pese a las desventajas
inherentes a esta herramienta, como son el bajo número tanto de loci como en el
polimorfismo, en su momento ofrecieron excelentes resultados y encontraron
gran aplicación en estudios de diversidad genética, en la identificación de
genotipos, así como en la construcción de mapas de ligamiento (Lachenaud et
al., 2004; Sounigo et al., 2005).

Actualmente, el tipo de marcadores más utilizados en cacao, son los basados en

ADN, específicamente:

 los polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP),

 polimorfismo de ADN amplificado al azar (RAPD),

 polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados (AFLP), y

 secuencias simples repetidas (SSR)

Estos marcadores difieren en abundancia genómica, nivel de polimorfismo

detectado, especificidad hacia el locus, reproducibilidad, requerimientos
técnicos y costo(Guiltinan et al., 2008).

1.5. MICROSATÉLITES

También conocidos como las secuencias simples repetidas, son segmentos

cortos de ADN (de 1 a 10 pb), que se repiten en serie y de forma aleatoria a
través de todo el genoma de los seres vivos. Existen varias clasificaciones, pero
la más común es de acuerdo al número de nucleótidos que posea el motivo
repetido, sea como: mono, di, tri, tetra, penta o hexanucleótido.

Poseen varias ventajas frente a otros marcadores (minisatélites, RFLP, RAPD,

AFLP, etc.); sean o no basados en PCR, ya que son altamente polimórficos
como consecuencia de la alta tasa de mutación en los loci; pues la repetición no
codifica para formar ninguna proteína y las secuencias de ADN repetitivo
pueden recombinarse y expandirse con más frecuencia. Estas regiones son a
6
menudo altamente variables y consecuentemente útiles para medir el
polimorfismo entre especies o variedades muy relacionadas (Azofeita, 2006),
característica ampliamente deseable en los estudios de poblaciones para evaluar
la diversidad genética.

Estos marcadores son generalmente neutros con relación a los efectos

fenotípicos y epistáticos o pleiotrópicos (ya sean mínimos o nulos), presentan
herencia mendeliana simple y revelan codominancia (pudiéndose diferenciar los
individuos homocigotos de los heterocigotos). Además, se encuentran de forma
abundante (están uniformemente dispersos a través del genoma,
aproximadamente cada 10 Kbp), se requieren solo pequeñas cantidades de
ADN, son relativamente fáciles de medir (aunque no de estandarizar) y analizar,
pueden automatizarse para el análisis de muchas muestras en tiempos
relativamente cortos (Guiltinan et al, 2008).

Los estudios buscando explicar la diversidad y estructura poblacional tanto de

colecciones como de plantaciones de cacao, han mostrado un incremento
pronunciado con la aparición de los microsatélites. Por esta razón, se ha llegado
al desarrollo de 268 secuencias microsatélites por parte de Lanaud et al (1999) y
enriquecida por 201 secuencias determinadas por Pugh et al (2004). Por su
parte, Risterucci et al (2001) analizaron e identificaron varias accesiones a nivel
internacional, usando ocho de estos marcadores microsatélites, para el estudio
de 28 accesiones de clones internacionales. En dicho trabajo se determinaron
ciertos parámetros para la elección de marcadores microsatélites a ser usados en
análisis genético de distintas variedades internacionales de cacao. En primer
lugar se señaló que la selección de cada loci debe ser de un cromosoma distinto,
para de esta forma obtener una adecuada cobertura del genoma. También se
menciona que las frecuencias alélicas y el nivel de polimorfismo son
importantes propiedades para que un marcador sea tomado en cuenta.
Finalmente se sugiere que para una adecuada selección de marcadores
microsatélites, se requiere de 8 a 9 loci con 6 a 10 alelos por cada uno; sin
embargo, el uso de 15 loci podría ser necesario para una segura identificación de
los genotipos más cercanamente relacionados. Saunders et al (2004), por su
parte establecieron los “fingerprinting” moleculares, generados por
microsatélites como estándares a nivel internacional para la identificación de
accesiones de cacao y reportaron 15 marcadores microsatélites polimórficos.
Smulders et al (2006), investigaron la identificación de variedades de cacao con
diferentes atributos de calidad. Estos investigadores utilizaron los microsatélites

7
para diferenciar molecularmente variedades de cacao fino o de aroma y cacaos
denominados “bulk”. Los resultados permitieron identificar 6 marcadores que
presentaron el mayor nivel de polimorfismo dentro del conjunto de marcadores
utilizados, siendo estos:

o mTcCIR 6,

o mTcCIR 12,

o mTcCIR 15,

o mTcCIR 18,

o mTcCIR 33

o mTcCIR 37,

los cuales tienen un número efectivo de alelos de 4 o más. En conclusión se

estableció que, la mayoría de las variedades de cacao Nacional, Trinitario y
Criollo se diferencian y que, además, fue posible identificar las variedades de
cacao fino y ordinario, aunque existieron ciertos casos de genotipos que
conformaron grupos totalmente distintos genéticamente.

Por su parte Loor et al, (2009) seleccionaron 40 marcadores tipo microsatélites

para realizar el análisis de 322 accesiones de cacao, con el fin de estudiar la
domesticación del cacao Nacional Ecuatoriano e identificar la variedad nativa
nacional y sus ancestros silvestres. López (2010) dentro del marco del Proyecto
de colaboración técnica y científica entre los gobiernos de Ecuador y Brasil,
utilizó los datos generados por Loor et al, (2009), y propuso 5 de estos
marcadores microsatélites como candidatos potenciales para la discriminación
en mezclas de almendras de accesiones de cacaos Nacionales con otros
materiales, como por ejemplo, CCN-51, ICS-95, SCA-6 e IMC-67, entre otros,
basándose en la existencia de alelos únicos para estos tipos de cacao.

Por su capacidad para revelar codominancia, los microsatélites resultan muy

adecuados en la búsqueda y esclarecimiento de relaciones genealógicas y estas
investigaciones, a su vez son útiles para comprender el flujo de genes en las
poblaciones naturales, la contribución de los genotipos antiguos en la estructura
de las poblaciones actuales, así como para rastrear la posible contribución de
parentales en los programas de mejoramiento de variedades (Vázquez et al.,
2012).

8
 Otros estudios además han abordado la búsqueda de patrones de genealogía
asociados con la geografía presente o pasada (filogeografía), en el supuesto que,
al conocer los patrones espaciales de biodiversidad, los procesos de flujo de
genes, los efectos históricos y climáticos sobre la distribución de la diversidad
genética, se tendrían más herramientas para la conservación sostenible y el uso
efectivo de germoplasma de cacao (Guiltinan et al., 2008). Sereno et al (2006)
compararon 94 accesiones de cuatro poblaciones naturales de la Amazonía de
Brasil y exceptuando la población del Alto Amazonas, en las restantes
encontraron bajo índice de heterocigosidad observada, lo cual revela alta tasa de
homocigotos que coincide con la aseveración de Ruiz et al., (2011), en el
sentido de presentarse altas frecuencias de autopolinización o el muestreo
incluye alta consanguinidad. La población del Alto Amazonas exhibió la mayor
diversidad genética y por lo tanto, los autores la sugieren en concordancia con
otros autores como parte del centro de diversificación de la especie y, posible
centro de origen (Motamayor et al., 2002).

1.6. IMPORTANCIA AGRONÓMICA UTILIZANDO SSRS

Con los sistemas convencionales de mejoramiento, el intento de combinar la selección

simultánea de más y más rasgos de interés agronómico, tiende a provocar una pérdida
total del objetivo del fitomejoramiento y un aumento en el número de ciclos de
reproducción necesarios para generar un producto terminado. En cambio, el uso de
marcadores moleculares ofrece el potencial para reunir las características objetivo en
el mismo genotipo más precisamente, con menos pérdidas involuntarias y en menor
número de ciclos de selección (Yunbi y Crouch, 2008).

En la actualidad se han realizado cantidad de trabajos aplicando las ventajas de los

marcadores moleculares, sobre todo microsatélites, pues aún antes de ser
establecida la correlación entre uno o más SSRs y los loci que controlen
características de interés agronómico, la disponibilidad de una batería de
microsatélites, por si sola, ya permitía adelantar estudios importantes para los
programas de mejoramiento genético. Así, se tiene que las aplicaciones a corto
plazo incluyen, básicamente, la identificación y discriminación de individuos
(fingerprints), información necesaria en estudios de identificación de los parentales
de algunas poblaciones, control de cruzamientos, estudios de diversidad y distancia
genética y, últimamente, en la identificación y protección de variedades patentadas
(Amayo, 2002). Dentro del análisis de la estructura poblacional han sido ayuda

9
para la evaluación de la diversidad genética intra e interpoblacional, tanto en
especies silvestres, cultivos e incluso bancos de germoplasma. La naturaleza
codominante de los SSRs permite su aplicación para determinar niveles de
hibridación dentro de los individuos de una especie (Provan et al., 1996 citado en
Powell et al, 1996, Xu et al., 2004). Otros rasgos poblacionales como el flujo
genético, origen y centros de diversidad (Pillon et al., 2006) han sido develados
gracias al uso de marcadores microsatélites. El carácter hipervariable de los SSRs
permite discriminar entre individuos estrechamente relacionados (Powell et al.,
1996), lo cual es de utilidad para la identificación de cultivares.

Otra aplicación de los SSRs está dirigida a la selección asistida por marcadores
(MAS), es decir, programas de mejoramiento genético que buscan la transferencia
de alelos deseables para crear o mejorar cultivares élite. La idea es mejorar un
carácter, que pudiera incluso ser de herencia compleja, manipulando caracteres
simples asociados. Esta estrategia sería especialmente útil cuando el carácter es
difícil de evaluar, o cuando la forma favorable del gen es recesiva (Marcano,
2007). Los marcadores moleculares también se utilizan para el desarrollo de mapas
de ligamiento, y entre las aplicaciones de estos mapas, está la identificación de
marcadores ligados a caracteres agronómicos importantes o “marcaje” de
caracteres, lo que puede hacerse, incluso, sin disponer de información sobre los
genes implicados ni conocer su función. A partir del marcaje de “caracteres”,
pueden implementarse sistemas de selección, donde los marcadores moleculares
ayudan a incrementar la precisión y eficiencia en la fijación de caracteres deseables
en genotipos mejorados (Marcano, 2007).

En el caso del cacao, existe una colección de pares de cebadores para más de 400
microsatélites que ha sido desarrollada por el CIRAD, y sus secuencias y
especificaciones están disponibles en la base de datos europea de Biología
Molecular EMBL. De estos microsatélites, 268 han sido localizados en el mapa
genético de referencia del cacao, por lo que constituyen excelentes herramientas
para diversos tipos de investigaciones, entre las cuales destaca su utilización para
el estudio de determinismo genético de caracteres de importancia (Pugh et al.,
2004).

10
2. PERFIL DE ADN DE CACAO ( Theobroma cacao L.) VARIEDADES EN
FILIPINAS USANDO MARCADORES MICROSATELITALES EN
PERU.

2.1. MARCADORES DE COLECCIÓN Y MICROSATÉLITES

Se recolectaron accesiones de cacao de 10 provincias de todo el país. Las

variedades utilizadas como estándares para este estudio fueron de la Universidad
del Sur de Mindanao-Genebank y la Oficina de Industria Vegetal, Davao. La
lista completa de accesiones de cacao se presenta en la Tabla 1. Los marcadores
de repetición de secuencia única (SSR) estándar internacional para la
caracterización del cacao se enumeran en la Tabla 2.

2.2. EXTRACCIÓN DE ADN

El ADN se aisló de las hojas modificando el protocolo de bromuro de

cetiltrimetilamonio (CTAB). El tampón de extracción contenía Tris al 10%,
cloruro de sodio (NaCl) al 16%, EDTA de sodio al 1,6%, CTAB al 2% y
mercaptoetanol al 2%. Las muestras de hojas se trituraron con nitrógeno líquido
y polivinilpirolidina (PVP), luego se colocaron en tubos Falcon que contenían
el tampón y se incubaron durante 1 hora a 65 ° C, invertidos cada 15 min.

Centrifugado después de la incubación a 10000 rpm durante 5 min. Se pipeteó

un volumen de 450 μl del líquido y se colocó en tubos de goma nuevos. Se
añadieron cloroformo isoamilo 24: 1 (450 μl) y 100 μl de NaCl 2 M +
polietilenglicol al 4% (PEG). Las muestras se enfriaron a 15 ° C y luego se
centrifugaron a 10 000 rpm durante 10 min. El componente superior de la
mezcla (450 µl) se transfirió luego a nuevos tubos y se les añadió 2-isopropanol
frío (380 µl). Luego, las muestras se incubaron durante la noche a -20 ºC y luego
se centrifugaron a 10 000 rpm durante 5 minutos para sedimentar el ADN. A
continuación, los gránulos se lavaron dos veces usando alcohol etílico al 70%
(300 µl) y se secaron. Se añadió tampón TE (30 µl) con RNasa (0,4 µl).

11
2.3. CARACTERIZACIÓN DE REPETICIÓN DE SECUENCIA ÚNICA
(SSR)

Los productos de la banda se puntuaron como presentes (1) o ausentes (0).

Número observado de bandas, rango de tamaño de banda (pb), número de alelos
polimórficos, tasa de polimorfismo (%) y contenido de información de
polimorfismo (PIC). La tasa de polimorfismo se calculó dividiendo el número
de bandas observadas con el número de alelos polimórficos y multiplicando el
resultado por 100. La diversidad alélica en un locus también se midió utilizando
el contenido de información de polimorfismo descrito por Saal y Wrickle
(1999):

PIC = 1- Ʃ PAGS 2 YO

dónde pags yo es la frecuencia de la yo th alelo del número total de alelos en un

locus SSR. PIC es la probabilidad de que un individuo sea informativo con
respecto a la segregación de sus alelos heredados.

2.4. ANÁLISIS DE CONGLOMERADOS

Los coeficientes de similitud de Jaccard generados se utilizaron para construir

dendrogramas. Se utilizó la media aritmética de grupos de pares no ponderados
(UPGMA) para formar agrupaciones utilizando NTSYSpc Versión 2.10.

2.5. PERFILES DE ADN

Se generó una tabla de haplotipos para presentar las bandas resultantes de una
manera más simple para una fácil visualización de las diferencias en los
patrones de bandas. La presencia de alelos se representó como celdas
sombreadas en la tabla. Los alelos se presentaron en consecuencia con los loci
(marcadores) donde se observaron. Los alelos por locus se organizaron de
acuerdo con sus tamaños (de un pb más alto a un pb más bajo). De esta forma, el
mapa parece similar a los geles PAGE. Los amplicones más grandes (pb más
altos) migran más lentamente y aparecen en la parte superior del gel, mientras
que los más pequeños migran más rápido y aparecen en la parte inferior.

El gel sirve como un tamiz molecular donde se pueden visualizar fragmentos

amplificados de diferentes tamaños.

12
 El mapa de haplotipos proporcionó información sobre el número de alelos que
se observaron por locus, los tamaños de estos alelos y los diversos patrones de
bandas.

3. RESULTADOS Y DISCUSIÓN
3.1. COLECCIÓN DE CLONES DE CACAO

Se recolectaron un total de 50 accesiones de cacao de 10 provincias del país

compuestas por 13 variedades y 7 clones Criollo. De las 14 variedades, 6 están
registradas en NSIC, a saber, BR25 (NSIC 2000 Cc05), K1 (NSIC 2001 Cc 06),
K2 (NSIC 2001 Cc07), ICS 40 (NSIC 2000 Cc01), UF18 (NSIC 2008 Cc 08) y
UIT 1 (NSIC 2000 Cc02). En la Tabla 2 se presenta una lista completa de las
accesiones recolectadas y utilizadas en el estudio.

3.2. EXTRACCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE ADN

Se obtuvieron rendimientos de ADN que oscilaron entre ~ 84,90 y 576,11 ng /

µl utilizando el CTAB modificado (Doyle y Doyle,

1987) protocolo. Dado que solo se necesita 1 µl con una concentración de 30 ng

de plantilla de ADN por reacción, la cantidad de ADN aislado en este estudio
fue suficiente para las pruebas de PCR necesarias para la optimización de las
condiciones de PCR y la construcción del perfil de ADN.

La mayor parte del ADN aislado también se encontraba dentro de la relación de

absorbancia de 1,8 a 2,0 (260/280). La relación de absorbancia por debajo de 1,8
contiene proteínas tales y / u otros metabolitos secundarios. Es probable que esté
presente en el cacao, ya que su hoja molida produce una consistencia espesa
cuando se mezcla con el tampón CTAB durante la extracción. Durante las
transferencias de sobrenadante, la consistencia espesa puede promover
inclusiones de otras proteínas. Se realizó una extracción doble, pero el
rendimiento de ADN posterior es muy bajo con pequeños ajustes en la relación
de absorbancia. Se probaron muestras con una relación de absorbancia por
debajo de 1.8 para verificar si pueden producir amplicones confiables. El ADN
aislado era de buena calidad. Ejecutarlo en gel de agarosa al 2% dio como
resultado bandas transparentes con poca o ninguna extensión, lo que significaba
que el ADN genómico aislado era puro e intacto y se puede utilizar en series de
PCR. Los marcadores SSR no requieren ADN de alta calidad.
13
Pero se prefiere una plantilla pura e intacta, ya que da como resultado
amplicones altamente repetibles.

3.3. DIVERSIDAD GENÉTICA

Para evaluar la similitud genética, la diversidad genética y dilucidar las

relaciones entre los clones, se realizó un análisis a nivel genético. Se
construyeron dos dendrogramas. La primera parcela de árboles (Figura 1)
incluye las variedades auténticas de BPI Davao, como BR25, KI, K2, UF18,
PBC123, UIT1, ICS40, K9, S5 y dos tipos Criollo (Criollo Red y Criollo
Green). Otras variedades estándar como USMCH1, USMCH2, P7, DR1 y
Criollos (Criollo 21 y Criollo 22) fueron de USM, repositorio de Kabacan. La
segunda parcela de árbol (Figura 2) incluye todos los clones recolectados.

Los coeficientes de similitud observados en el análisis de conglomerados de las

variedades estándar (Figura 1) utilizando UPGMA variaron de

0.09 a 0.72. Las variedades con mayor similitud (72%) fueron Criollo Green y
Criollo Red. Estrechamente relacionado con estos dos estaban Criollo 22 con
65,50% de similitud. Criollo 21 y Criollo (New Leyte) están estrechamente
relacionados con un 69,30% de similitud. Se observó que los criollos restantes
(Criollo-Quezon y Criollo-Maragusan) se agruparon más cerca de otras
variedades. Con un corte de 0.10 del dendrograma, se forman 2 grupos. En el
racimo I, 13 de las 17 variedades incluidas fueron de tipo Trinitario. El Cluster
II se compuso únicamente de tipos Criollo. Estos agrupamientos observados se
deben a la diferencia inherente entre estos dos tipos de cacao.

El análisis de conglomerados para toda la colección (Figura 2) obtuvo un rango

de coeficiente de similitud de 0,14-0,98. La mayor similitud fue entre los clones
de BR25, uno de Kabacan y el otro de Batangas. En 0,78, otros dos BR25
(Zamboanga Norte y Quezon) y el BR25 estándar de Davao se agruparon con
esos dos. Todos los K9 son 75,40% similares con clones de Davao y Kabacan
obteniendo la mayor similitud del 90,80% entre su grupo. Al igual que en K9,
todos los clones de K1 se agrupan. Se observó que eran similares en un 61,80%
y los clones de Davao y Kabacan obtuvieron el coeficiente de similitud más alto
(0,87) entre el grupo. Los clones de otras variedades como K2, UF18, PBC123,
ICS40 y S5 también se agruparon dentro de sus variedades con coeficientes
0,70, 0,75, 0,67, 0,79 y 0,83 respectivamente. Tres de las cuatro UIT 1 se
agruparon en 0,68. USMCH1,

14
Se hizo un corte a 0,13 (A) y 0,66 (B) al fenograma que incluía todos los clones.
Se forman dos grupos para cortar

A, el grupo I incluye variedades que fueron en su mayoría Trinitarios mientras

que el grupo II son Criollos. En el corte B se formaron distintos grupos según
variedades. Si luego vamos a usar esto como referencia en la autenticación de
clones, el valor de umbral se puede establecer en 0.66.

Algunos clones que no se agruparon con sus respectivas variedades pueden

haber sido identificados y / o etiquetados incorrectamente. Estas colecciones son
UIT1 (Camarines Sur), BR25 (Palawan), BR25 (Camarines Sur). Criollo
(Maragusan) y Criollo (Quezon) siendo genéticamente distantes con los otros
Criollos también podría deberse a una identificación errónea, pero dado que aún
no hay un estudio exhaustivo sobre el aspecto genético de la población Criollo
en el país, estos dos solo podrían haber poseído un variación genética inherente
provocada por presiones de selección.

3.4. CARACTERIZACIÓN SSR

Se evaluaron quince (15) SSR diseñados para el cacao caracterizado como

polimórfico mediante la identificación del número de bandas observadas, el
tamaño de las bandas (pb), el número de alelos polimórficos y el PIC
presentados en la Tabla 3.

El número de bandas observadas varió de 3 a 9 y los alelos polimórficos

observados varió de 3 a 9 también. El rango obtenido fue menor en comparación
con el del trabajo de Junsiul (2016), con rango de 16-23 bandas observadas.
Hizo uso de electroforesis capilar en lugar de PAGE. Las bandas obtenidas en
este estudio son menores pero repetibles y suficientes para detectar similitudes
genéticas. La tasa de polimorfismo fue consistente al 100% para todos los
marcadores.

Botstein y col. (1980) declararon que los valores de SSR PIC superiores a 0,5
eran muy polimórficos, de 0,25 a 0,49 moderadamente polimórficos y menos de
0,25 poco polimórficos. Todos los cebadores caracterizados fueron altamente
polimórficos con valores que van desde 0,6341 a 0,8702.

15
3.5. PERFIL DE ADN

Se construyó un mapa de haplotipos (Figura 3) donde los alelos se presentaron

de acuerdo con los loci que se observaron. Se observaron un total de 84 alelos
para 15 cebadores polimórficos diseñados para la toma de huellas dactilares de
cacao. El mapa de haplotipos proporcionó información sobre el número de
alelos que se observaron por locus, los tamaños de estos alelos y sus patrones de
bandas. Dado que es una presentación visual de los diversos patrones de bandas,
el mapa servirá como guía en experimentos de autenticación de variedades
utilizando el mismo conjunto de marcadores.

3.6. RECONOCIMIENTO

Los autores desean agradecer al Departamento de Agricultura-Oficina de

Investigación Agrícola (DA-BAR) y al Departamento de Agricultura-Programa
de Desarrollo de Cultivos de Alto Valor (DA-HVCDP) por financiar el
proyecto, y a la Fundación de Investigación de Recursos Agrícolas de Filipinas,
Inc. ( PARRFI) actuando como organismo de ejecución.

Tabla 1. Lista de variedades y clones de cacao perfilados utilizando marcadores

de repetición de secuencia única (SSR).

Varied Varie
ad Área de dad Área de
recolección recolecci
ón
1 Davao 28 Davao
2 Kabacan 29 Kabacan
UIT1
3 Quezon 30 Palawan
4 BR25 Batangas 31 Camarin
es Sur
5 Palawan 32 Davao
6 Zamboanga 33 ICS4 Kabacan

16
 Norte 0
Camarines 34 Palawan
7 Sur

8 Davao 35 Davao
9 Kabacan 36 K9 Kabacan
10 Quezon 37 Quezon
K1 Davao
11 Batangas 38 S5
Palawan Kabacan
12 39
Camarines 40 Rojo Davao
Norte
13 Crioll
o
Davao 41 Verde Davao
14 Crioll
o
Kabacan 42 Crioll Kabacan
15
o 21
éisK2 Quezon 43 Crioll Kabacan
16
o 22
Batangas 44 Crioll
17 Nueva
Leyte
o
Palawan 45 Crioll Maragus
18 an
o
Davao 46 Crioll Quezon
19
o
Kabacan 47 USM Kabacan
20
CH1
UF18 Quezon 48 USM Kabacan
21
CH2
22 Batangas 49 DR1 Kabacan
23 Camarines 50 P7 Kabacan
Sur
24 Davao
25 Kabacan
PBC1
26 23 Batangas
27 Palawan

17
 Tabla 2. Lista de cebadores de repetición de secuencia única (SSR) estándar
internacional y sus respectivas secuencias, repetición motivos y temperaturas de
recocido optimizadas utilizadas para caracterizar la colección de cacao.

Imprimaci Secuencia de Secuencia inversa Repetir C.A

ón SSR avance motivo 1
MTcCIR GCAGGGCA TGGGCAACCA (CONNEC 51
1 GGCTCAGT GAAAAC TICUT) 14
REVÓLVER
GAAGCA
MTcCIR TTCCCTCTA TAAAGCAAAG (TG) 2 ( 50
6 AACTACCC CAATCT GEORGI
A) 13
TAAAT AACATA
MTcCIR ATGCGAAT GCTTTCAGTCC (GEORGI 49
7 GACAAACT TTTGCT T A) 11

GGT
MTcCIR CTAGTTTC TCCTCAGCATT (TC) 5 TT 46
8 CCATTTAC TTCTTT C (TC) 17
C TTT (C
UNA T) 4
MTcCIR TTTGGTGA GATTCGATTTG 49
11 TTATTAGC ATGTGA (TC) 13
A GRAMO
GRAMO
MTcCIR TCTGACCC TAAAGCAC A (CATA) 4 46
12 CAAACCTG norte 18 (
T TG) 6
ATTCCAGT
UNA
MTcCIR CAGCCGCC ATTCTTGAT (TC) 19 48
15 TCTTGTTAG GRAMO
TATTTGGG
MTcCIR GATAGCTA GGTAATTCAAT 19 51
18 AGGGGATT CATTTG (GA) 12

18
 GAGGA ( TC) AGGATA

MTcCIR ATTCTCGC GAGTGTAA (TC) 12 50

22 AAAAACTT UNA ETIQUETA norte 146 (
A CONNEC
GATGGAAG TICUT) 10
GRAMO
MTcCIR TTTGGGGT TCTGTCTCGT (AG) 13 48
24 GATTTCTTC CTTTTGT
Georgia
TGA
MTcCIR GCATTCAT AGTTCATAC 49
26 CAATACAT (TC) 9 C (CT) 4
T TT (CT) 11
GCACTCAA TAC
C
MTcCIR TGGGTTGA AAAATAGG (TG) 13 51
33 AGATTTGG California
T
CAACAATG
MTcCIR CTGGGTGC AATACCCTCCA (GT) 15 49
37 TGATAGAT CACAA A
Automóvil
club británico
MTcCIR AATCCGAC AGAGAATT (C.A) 15 51
40 AGTCTAAT Georgia
C
CCTAGGCC
MTcCIR CGCTACTA AGAGCAACCA (CONNE 50
60 ACAAACAT TCACTA ATCA CTICUT)
2(
CAAA CALIFO
RNIA) 20
1 UNA 0 C- Temperatura de recocido

19
Tabla 3. Número de bandas observado, rango de tamaño de ampliaciones,
número de alelos polimórficos y calculado valores de contenido de información
de polimorfismo (PIC) de 15 marcadores de repeticiones de secuencia única
(SSR).

No. de
Cebador No. de polimórfi
bandas Rango de FOTO
tamaño co
(pb) alelos

MTcCIR1 3 160-200 3 0,6491

MTcCIR6 5 160-290 5 0.7005
MTcCIR7 4 160-220 4 0,6835
MTcCIR8 6 210-350 6 0,7844
MTcCIR11 4 180-400 4 0,7485
MTcCIR12 9 190-310 9 0.8679
MTcCIR15 4 240-290 4 0,7424
MTcCIR18 6 240-420 6 0,7887
MTcCIR22 6 280-420 6 0.8249
MTcCIR24 4 185-280 4 0,7293
MTcCIR26 4 280-320 4 0,6341
MTcCIR33 9 260-530 9 0.8702
MTcCIR37 6 140-280 6 0.8154
MTcCIR40 9 200-400 9 0.8308
MTcCIR60 5 190-300 5 0,7557

20
3.7. PERFILES DE ADN DE CACAO USANDO MARCADORES SSR

Figura 1. Dendrograma de 13 variedades de cacao estándar y 7 clones Criollo

generados a partir de 15 marcadores de repetición de secuencia única (SSR) por
grupo de pares no ponderados análisis de conglomerados de media media
(UPGMA).

yo

II

21
Figura 2. Dendrograma de 50 clones de cacao generados a partir de 15
marcadores de repetición de secuencia única (SSR) utilizando análisis de
conglomerados promedio de grupos de pares no ponderados (UPGMA).

yo

II

si

22
 4. GENOMA DEL CACAO
4.1 CONCEPTO:
Conjunto de información hereditaria que define y determina como funcionan
cada organismos vivientes y esta organizado en cromosomas.

La secuenciación del genoma del árbol del cacao permitirá crear variedades más
resistentes y mejorar la calidad de este preciado alimento que los humanos
disfrutamos desde hace más de 3.000 años gracias al buen hacer de mayas y
aztecas.

4.2 BENEFICIOS
Uno de los objetivos principales del estudio del genoma del cacao es
conseguir plantas más resistentes a las plagas y contribuirán a mejorar las
cosechas de ambos productos. El genoma del cacao, han descubierto la del árbol
del cacao, en concreto la de la variedad denominado criollo.

Sin embargo, esta planta tropical es muy delicada y particularmente susceptible

a las plagas, por lo que, a pesar de su gran calidad, la producción del cacao a
partir de la variedad criolla no es siempre rentable. Para asegurarse una buena
cosecha, la mayoría de los agricultores suele escoger variedades más resistentes
y de peor calidad.

En concreto, los científicos han identificado 28.798 genes en el árbol del cacao.
Entre ellos están los que influyen en el sabor, el olor y el color del chocolate, así
como los que determinan el nivel de antioxidantes.

También han localizado un grupo de genes que ayudan a proteger al árbol de

enfermedades. Gracias a ellos los científicos esperan poder desarrollar nuevas
variedades con tanta o incluso mayor calidad que la variedad criolla pero más
resistentes a las plagas, con lo será más fácil producir excelentes chocolates.

4.3 GENOMA
Theobroma cacao L. es una especie frutal diploide (2 n = 2 x = 20) endémica de
las selvas tropicales de América del Sur. El cacao fue domesticado hace
aproximadamente 3.000 años en Centroamérica. La variedad de cacao Criollo,
que tiene un genotipo casi único y homocigoto, fue una de las primeras en
cultivarse. Criollo es ahora una de las dos variedades de cacao que proporciona
chocolate de sabor fino.

Sin embargo, debido a su pobre desempeño agronómico y susceptibilidad a

enfermedades, se han introducido híbridos más vigorosos creados con genotipos
23
extraños (Forastero). Estos híbridos, llamados Trinitario, ahora se cultivan
ampliamente. Aquí reportamos la secuencia de una planta criolla de Belice.

Los consumidores han mostrado un mayor interés por el chocolate de alta

calidad y por el chocolate negro, que contiene un mayor porcentaje de cacao. No
obstante, se estima que la producción de cacao fino representa menos del 5% de
la producción mundial de cacao debido a la baja productividad y la
susceptibilidad a enfermedades de las variedades tradicionales de cacao de sabor
fino. Por lo tanto, la reproducción de variedades criollas mejoradas es
importante para la producción sostenible de cacao de sabor fino.

4.4 SECUENCIACIÓN Y MONTAJE

Este montaje, realizado con el software Newbler (Roche, Inc.), consta de 25,912
contigs y 4,792 andamios. El ochenta por ciento del montaje está en 542
andamios y el andamio más grande mide 3,4 Mb. Determinamos que el N50 (el
tamaño del andamio por encima del cual se puede encontrar el 50% de la
longitud total del ensamblaje de secuencia) era de 473,8 kb. La longitud total del
ensamblaje fue de 326,9 Mb, lo que representa el 76% del tamaño estimado del
genoma del genotipo de T. cacao B97-61 / B2 (430 Mb). Además, utilizamos
una alta cobertura de datos de Illumina (cobertura × 44 del genoma), que tiene
un perfil de error diferente al de los datos de 454, para mejorar la precisión de T.
cacao. secuencia del genoma (métodos en línea).

24
El número de rRNA está muy subestimado debido al método de secuenciación

4.5 ANOTACIÓN DE CONTENIDO GENÉTICO Y SECUENCIAS

REPETIDAS
Realizamos la identificación y anotación de elementos transponibles utilizando un
enfoque de dos pasos: el primer enfoque se basó en la identificación de novo de
elementos transponibles de los andamios ensamblados y el segundo se basó en la
búsqueda de elementos transponibles de las lecturas sin ensamblar.

Esta búsqueda de novo condujo a la identificación de un total de 67,575 secuencias

relacionadas con elementos transponibles en las secuencias de cacao ensambladas . El
segundo paso condujo a la identificación de tres familias de elementos transponibles
muy repetidos del conjunto de datos de lecturas no ensambladas. El elemento
transponible más común era un retrotransposón de repetición terminal larga (LTR) que
llamamos Gaucho. Es un elemento similar a Copia de 11.297 pb de longitud que se
repite aproximadamente 1.100 veces, basándose en sus apariciones en las 454

25
secuencias sin ensamblar. Fluorescencia in situEl análisis de hibridación (FISH) reveló
que Gaucho se distribuye en todos los brazos cromosómicos, pero se encuentra
principalmente en su región media (a diferencia de las regiones centromérica y
telomérica), una característica clásica compartida por muchos retrotransposones LTR
en las plantas. Las otras dos familias muy repetidas fueron otro retrotransposón LTR
similar a Copia y un transposón tipo Mu.

4.6 ANÁLISIS FISH DE LOS CROMOSOMAS DE T. CACAO

( a ) Hibridación in situ de cromosomas de T. cacao teñidos con DAPI (azul) usando

una sonda de repetición ThCen (rojo). ( b ) Hibridación in situ usando sondas de
retrotransposón Gaucho LTR (verde) y repetición ThCen (rojo)

4.7 MAPA DE CALOR DEL GENOMA DE T. CACAO

26
Los diez cromosomas de T. cacao que albergan 11 fusiones cromosómicas (en
recuadros de puntos negros) identificados en estos genomas se ilustran de acuerdo con
su origen cromosómico ancestral. Los centrómeros están marcados con 'Cent'. Para los
diez cromosomas, se proporcionan mapas de calor para los CDS (azul <60%, amarillo
60% -90% y rojo> 90%), elementos transponibles de clase I y II (azul <80%,
amarillo> 80% y rojo ∼100%), elementos ThCen y Gaucho (azul <50% del máximo,
amarillo ≥50% del máximo y rojo = máximo) y repeticiones teloméricas (azul = 0,
amarillo <40% y rojo> 40%). Solo se representan los elementos presentes en la parte
ensamblada del genoma. Por lo tanto, la distribución del genoma de las secuencias
repetidas representadas en esta figura podría estar sesgada debido a las principales
limitaciones de la secuenciación de novo de genomas complejos utilizando la
secuenciación de próxima generación (NGS), que tiene una capacidad limitada para
ensamblar secuencias muy repetidas.

4.8 GENES RELACIONADOS CON LA RESISTENCIA A

ENFERMEDADES
Las enfermedades causadas por hongos y oomicetos son una limitación importante
para la producción mundial de cacao, y la búsqueda de resistencia natural a las
enfermedades es uno de los principales objetivos de todos los programas de
mejoramiento de T. cacao.

Los genes de resistencia (genes R ) se dividen en 2 clases: NBS-LRR , la clase de genes

de repetición rica en leucina del sitio de unión a nucleótidos, y RPK , la clase de genes
de la proteína quinasa receptora .

Dentro de la clase RPK , se demostró que una familia de receptores transmembrana

específicos de la planta también posee genes de la clase LRR en su dominio
extracelular y tiene funciones importantes en las respuestas de defensa o en el
desarrollo de la planta.

Los genes NBS , que codifican las proteínas del sitio de unión a nucleótidos, también
juegan un papel importante en la resistencia a patógenos y en el ciclo celular

Otra familia de genes que juega un papel importante en la defensa de las plantas es
la familia de genes NPR . NPR1 es una proteína de dominio de Arabidopsis BTB /
POZ que actúa como mediador central de la vía de transducción de señales de defensa
vegetal

4.9 GENES POTENCIALMENTE INVOLUCRADOS EN LAS

CUALIDADES DEL CACAO

27
Los flavonoides son un grupo diverso de metabolitos secundarios de las plantas que
desempeñan muchas funciones importantes durante el desarrollo de las plantas. Están
involucrados en la defensa de las plantas contra insectos, patógenos y microbios.

Los terpenoides constituyen una gran familia de compuestos naturales y desempeñan

diversas funciones en las plantas como hormonas, pigmentos y en las interacciones y
defensa entre la planta y el medio ambiente. Son componentes principales de resinas,
aceites esenciales y aromas.

4.10 COLOCALIZACIÓN DE GENES RELACIONADOS CON LA

CALIDAD Y QTL
Estudios anteriores han informado QTL asociados con rasgos de calidad como el
contenido de lípidos y flavonoides. Para la mayoría de estos QTL, se encontró que los
genes que codifican las enzimas clave de estas vías biosintéticas estaban colocalizados
con la mayoría de estos QTL. Por ejemplo, un QTL importante para el contenido de
grasa está asociado en el cromosoma 9 con un gen ortólogo de KCS , que codifica la
beta cetoacil-CoA sintasa, y está ubicado muy cerca de un ortólogo de un miembro
del grupo de genes FATB , que se expande específicamente en T. cacao.

28
5. CONCLUSIÓN
 Los microsatélites de cacao estándar utilizados en este estudio fueron
suficientes para construir el perfil de ADN de la colección de cacao de
Filipinas. El éxito en el uso de estos marcadores podría deberse a su
naturaleza neutra, alta repetibilidad y alto grado de polimorfismo. Los
clones eran distintos entre sí, lo que significa que existe un grado
cuantificado de diferencia genética entre las accesiones que puede ser útil
para la identificación. La mayoría de los clones del mismo tipo se
agruparon con pocas excepciones. Esto podría deberse a un problema
común de etiquetado incorrecto en los repositorios. El perfil de ADN
establecido de las variedades estándar de cacao en este estudio servirá
como referencia en la autenticación varietal. El conocimiento de las
relaciones genéticas entre estas variedades / clones también acelerará los
esfuerzos de mejoramiento y conservación de este cultivo.
 Los marcadores fueron altamente discriminantes, informativos y
representativos para la especie. Los promedios de heterocigosidad
esperada (He) y observada (Ho) indican alta variabilidad genética y alta
tasa de heterocigotos en las tres poblaciones analizadas.
 El mapeo de estas familias de genes a lo largo de los cromosomas del
cacao y la comparación con las regiones del genoma involucradas en la
variación de rasgos (QTL) constituye una fuente invaluable de genes
candidatos para estudios funcionales adicionales que tienen como objetivo
descubrir los genes específicos directamente involucrados en la variación
de rasgos. Este borrador de la secuencia del genoma facilitará una mejor
comprensión de la variación de rasgos y acelerará la mejora genética de T.
cacaoa través de una eficiente selección y explotación de recursos
genéticos asistida por marcadores.
 Este estudio ha puesto de relieve la estrecha relación evolutiva de la T.
cacao genoma a la eudicot antepasado putativo, que muestra un número
limitado de recombinaciones entre cromosomas ancestrales . T. cacao ,
que tiene solo diez pares de cromosomas, se propaga fácilmente por
métodos tanto sexuales como vegetativos y se puede transformar, y por lo
tanto, representa un modelo nuevo y simple para estudiar los procesos
evolutivos, función genética, genética y bioquímica de cultivos de árboles
frutales
 El estudio del genoma del cacao bsca principalmente la mejora del cacao
tanto del fruto como de la planta, en cuanto al fruto busca una mejor

29
calidad de chocolate, en lo que respecta a su sabor , olor , color,etc y en lo
que respecta al planta su principal objetivo es crear variedades resistentes
a enfermedades, clima, plagas entre otros, con las investigaciones del
cacao se logro mejorar por distintos métodos pero con los años se lograra
mejorar aun mas.

30
6. BIBLIOGRAFIA
o AFOAKWA, E.; PATERSON, A.; FOWLER, M. y RYAN, A. 2008.
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31