El grupo de los peces es parafilético y se define como todos los vertebrados que no son tetrápodos,

es decir, por la exclusión de un taxón (los tetrápodos) de otro mayor (los vertebrados), y no por la
posesión de características derivadas comunes (apomorfías). Las especies hoy existentes
pertenecen a tres grupos (a veces considerados clases, a veces superclases):

 Agnatos o peces sin mandíbulas, que incluye unas pocas especies actuales
(lampreas y mixines). Es un grupo parafilético.
 Condrictios o peces cartilaginosos, que incluyen a tiburones, rayas y quimeras, caracterizados
por poseer hendiduras branquiales externamente visibles y un esqueleto compuesto sólo
de cartílago. Son un grupo de vertebrados muy basales, pero muy exitosos evolutivamente, ya
que los tiburones son animales antiquísimos que no han cambiado mucho desde su origen.
 Osteictios o peces óseos, con esqueleto óseo y branquias protegidas mediante un opérculo. A
su vez se subdividen en:
o Actinopterigios, peces óseos con aletas provistas de radios.
o Sarcopterigios, peces óseos con aletas lobuladas. Son un grupo parafilético de
los tetrápodos (vertebrados provistos de cuatro patas); los primeros anfibios se originaron a
partir de sarcopterigios primitivos.
El siguiente cladograma muestra las relaciones filogenéticas de los distintos grupos de peces y de
estos con los tetrápodos:12
Vertebrata/Craniata    
  Conodonta†
   

Cyclostomata3  
Myxini
   

 
Hyperoartia
 

 
Cephalaspidomorphi†
   

Gnathostomata  
Chondrichthyes
   

Osteichthyes  
Actinopterygii
   

Sarcopterygii  
Actinistia
   

Rhipidistia
   
Dipnoi
 

 
Tetrapoda