Bases de datos de genomas

1. Búsqueda de proyectos de secuenciación

a. Busca en la base de datos GOLD si existe algún proyecto de secuenciación del

género Ixodes cuya secuencia se encuentre en las bases de datos. ¿Con qué
tecnología se ha/han secuenciado? Busca en NCBI genomes si existe una secuencia
de referencia (RefSeq) de este/estos genomas y averigua el número de scaffolds
producidos durante la secuenciación y el número de proteínas anotadas.

Solo valen las que son permanent draft

Mirar Sequencing technology

Para mirar lo de los scaffolds, en NCBI genomes:
Pinchamos en organism overview: genome assembly and annotation report

Con el otro organismo se haría igual

b. Busca en la base de datos GOLD si existe algún proyecto de secuenciación de la

llanura abisal cuya secuencia se encuentre en las bases de datos. ¿Con qué
tecnología se ha/han secuenciado? ¿En qué base de datos podemos encontrar las
secuencias?

A la hora de seleccionar los parámetros, ponemos la llanura abisal en parámetros

específicos. La tecnología se busca del mismo modo que en el apartado a.
Clicamos en analisis Project y luego en IMG taxon ID.

2. Navegando con el visor de genomas (GBrowse)

a. Busca alguna base de datos específica de vectores invertebrados de patógenos

humanos. Entra en la página dedicada al mosquito transmisor de la malaria.

Usamos vector base, clicamos en organisms, después insertamos el género anopheles,

seleccionamos anopheles gambiae.

b. En los últimos años se han desarrollado distintas investigaciones que han puesto
de manifiesto el papel de un gen de este mosquito en la susceptibilidad al parásito
que transmite. En 2018, se ha publicado un artículo en el que se silencia este gen
mediante “gene editing”, que provoca una muy baja infección del vector con el
parásito. ¿De qué gen estamos hablando? ¿Qué tipo de proteína codifica este gen?

Buscamos en pubmed esta información y nos sale el gen FREP1. En la otra página, le
damos a browse genome en la cepa más reciente:
c. Localiza este gen en el genoma usando la herramienta gBrowse. ¿En qué
cromosoma está? ¿Cuántos exones tiene? Explora la página para encontrar
información sobre la región genómica, el gen y el tránscrito.

Pegamos el nombre del gen. Entramos en la primera opción. Le damos a

Location:-------- (está a la izquierda de la ventana en la que estamos).

Vemos que en el recuadro verde hay exones cortos (son los cuadrados) e intrones muy
largos (las líneas).