PREDICCIÓN DE CARACTERÍSTICAS 3D

Con la siguiente secuencia:

AJ748344

1. ¿Existen estructuras tridimensionales determinadas para esta proteína?

Entramos en PDB para comprobarlo

Como la secuencia que sale no es de cebada, sino de sésamo, no es nuestra secuencia. Sin
embargo, se puede hacer predicción por homología

2. Si no existen, predecir in silico su estructura tridimensional.

Vamos a Swiss model, pegamos la secuencia y le damos a templates.

El coverage (cobertura) es la parte de la proteína que va a modelar. La quinta opción es en este
caso para modelar solo la primera parte; esto es porque solo posee el primer dominio de los
dos que tiene nuestra proteína (por la homología con la estructura que ha salido en pdb).

GMQE va de 0 a 1, cuanto más cerca del 1, mejor

QMEAN va desde -2 hasta -6, cuanto más alto mejor

Los recuadros de rojo y azul indican otros valores, cuanto más cerca esté la línea de lo azul,
mejor

Por tanto este modelado no es bueno.

Más abajo viene la secuencia coloreada en rojo o azul según sea más fiable o menos el
resultado. Las láminas beta y hélices alfa vienen más en azul porque las predicciones son más
fiables.

3. ¿Qué opinas sobre la fiabilidad de las predicciones obtenidas? ¿Mejora si intentas

modelar solo un fragmento de la proteína?

La fiabilidad no ha sido buena en ningún caso, mejora en las estructuras secundarias pero en los
loops y fragmentos no demasiado. En este caso no, aunque si cogemos fragmentos pequeños
(menores que el dominio) sí parece dar mejores resultados. Por tanto, nos quedamos con el
modelo 1 porque parece el más fiable

4. Visualiza su estructura tridimensional en Chimera y explora las herramientas del

programa.

Primero hay que descargar el modelo. Se clica en Modelo 1 y se descarga en formato PDB o
SPDV (este formato tiene cierta información audiovisual si utilizamos el visualizador de
Expassy).
Abrimos Chimera y abrimos el archivo desde ahí.

Boton dcho + ratón para aumentar o disminuir la imagen. Le damos a show atoms:

Rojo oxígeno

Azul nitrógeno
Amarillo azufre