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Los demás eucariotas que poseen cloroplastos los adquirieron por engullir a su vez no a una
cianobacteria sino a un "alga verde" o alga roja que ya tenían cloroplastos (los adquirieron "por
endosimbiosis secundaria"). Por lo tanto, los cloroplastos son todos derivados de una única
cianobacteria que fue la primera en ser incorporada como cloroplasto, pero los eucariotas que los
poseen, al haber realizado la endosimbiosis varias veces independientemente, no están
relacionados filogenéticamente.
Tener en cuenta que la adquisición de las mitocondrias y los cloroplastos no fueron los únicos
eventos de endosimbiosis, muchos organismos modernos tienen bacterias intracelulares
simbióticas, lo que indica que estas relaciones no son difíciles de establecer y mantener.