La genética de poblaciones empieza a desarrollarse a inicios del siglo XX, sin
embargo, es entre 1918–1932 que se establece como una reconciliación entre el modelo de las leyes de Mendel y la bioestadística; los principales fundadores de esta disciplina fueron Sewall Wright, J.B.S. Haldane y Ronald Fisher, dado que estos autores lograron la armonización de las teorías desarrolladas por ambas escuelas (escuela mendeliana y escuela biométrica). La teoría moderna de la evolución se estableció en 1937 cuando el genetista Theodosius Dobzhansky publicó un texto capital (Genética y el origen de las especies) que disolvió la disputa entre los darwinistas y aquellos provenientes de la emergente ciencia de la genética, compatibilizando ambos enfoques en una única concepción que pasó a denominarse teoría sintética de la evolución, la cual integra la teoría de la evolución de las especies, la teoría genética de Mendel, la mutación aleatoria como fuente de variación y la genética de poblaciones. Otro hecho de importancia en la historia de la genética de poblaciones es la propuesta Teoría neutralista de la evolución molecular por Kimura en 1968, que básicamente establece que a nivel molecular las mutaciones no son producto de la interacción de un organismo con su medio sino del azar. Sin embargo, debido a los insuficientes datos empíricos, muchos genetistas reconocieron que esta teoría no explica todas las observaciones de la variabilidad nucleotídica en las poblaciones naturales, por lo cual fue reemplazada por la teoría casi neutra. Finalmente, cabe resaltar que este campo de la biología es ampliamente utilizado en áreas como la genómica y la agricultura y a medida que el tiempo avanza asimismo la genética de poblaciones lo hace, mientras que al principio se trataba de una disciplina altamente basada en análisis matemáticos, en la actualidad incluye aportes basados en trabajos teóricos, prácticos y de campo.