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Datos ampliados Fig. 4 | Método de detección molecular utilizado para detectar 2019-nCoV. una, Curva como una plantilla Las secuencias del cebador y las condiciones experimentales se describen en los Métodos. si, Especificidad
estándar para cebadores qPCR. El producto de PCR de S gen que se diluyó en serie en el rango de 10 8 a 10 1 ( líneas de los cebadores qPCR. Se usaron muestras de nucleótidos de los patógenos indicados.
de izquierda a derecha) se utilizó
Datos ampliados Fig. 5 | Alineación de la secuencia de aminoácidos de la proteína nucleocápside de 2019-nCoV para batir SARSr-CoV Rp3 y SARS-CoV BJ01. Bat SARSr-CoV Rp3 se obtuvo de R. sinicus que se
encuentra en la provincia de Guangxi.
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Datos ampliados Fig. 6 | Aislamiento y caracterización antigénica de 2019-nCoV. una, si, Las células Vero E6 se hasta 2019-nCoV entre el número total de lecturas relacionadas con virus en el análisis metagenómico de

muestran a las 24 h después de la infección con el virus simulado ( una) o 2019-nCoV ( si). C, re, Simulacro de virus infectado sobrenadantes de cultivos de células Vero E6. F, Crecimiento de virus en células Vero E6. gramo, Las partículas virales

( C) o infectado por 2019-nCoV ( re) en las secciones ultrafinas se tomaron imágenes mediante microscopía electrónica a 200 kV. La muestra era de células

Las muestras se tiñeron con suero de conejo producido contra la proteína recombinante SARSr-CoV Rp3 N (rojo) Vero E6 infectadas con virus. El recuadro muestra las partículas virales en una vacuola intracitosólica.

y DAPI (azul). El experimento se realizó dos veces independientemente con resultados similares. mi, La relación
del número de lecturas relacionadas
Datos ampliados Fig. 7 | Análisis del uso del receptor 2019-nCoV. Determinación de la infectividad detectado usando el anticuerpo monoclonal de etiqueta anti-S de ratón. Se muestran las proteínas ACE2, APN y

del virus en células HeLa con o sin expresión de APN humano y DPP4. La expresión de los plásmidos DPP4 (verde), proteína viral (rojo) y núcleos (azul). Barras de escala, 10 μm.

ACE2, APN y DPP4 con etiqueta S fue


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Tabla de datos ampliados 1 | Información del paciente e historial de diagnóstico

Tenga en cuenta que faltan algunos registros. Todos los pacientes son vendedores o repartidores en el mercado de productos del mar, excepto ICU-01, cuyo historial de contacto no está claro. Todos los pacientes ingresaron en la unidad de cuidados intensivos (UCI) durante la

primera investigación y ahora estaban en condición estable. Se han realizado pruebas de IgM en sangre para los siguientes patógenos respiratorios para todos los pacientes: Legionella pneumophilia, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae virus sincitial respiratorio,

adenovirus, Rickettsia virus de influenza A, virus de influenza B y virus de parainfluenza.

* *Este paciente informó fiebre el 12 de diciembre de 2019 y luego se recuperó sin tratamiento médico. Regresó al hospital el 27 de diciembre de 2019 con fiebre. Su esposa también estaba enferma y ingresó en el hospital. Ambos individuos se
recuperaron.
Tabla de datos ampliados 2 | Resultados de laboratorio

Las muestras de dos pacientes (UCI-01 e UCI-08) no estuvieron disponibles durante la segunda investigación. Habían sido dados de alta del hospital. Hicimos una prueba en serie para el paciente UCI-06 en las siguientes fechas: 30 de diciembre de 2019, 31 de diciembre de

2019, 1 de enero de 2020 y 10 de enero de 2020, correspondientes a 7, 8, 9 y 18 días después del inicio de la enfermedad (23 de diciembre de 2019). Se muestran los resultados de detección de virus moleculares y serológicos (IgM e IgG) para 2019-nCoV. NA, no disponible.

* *Virus aislado
Se obtuvo un genoma completo.
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Tabla de datos ampliados 3 | Comparación genómica de 2019-nCoV WIV04 con SARS-CoV y bat SARSr-CoV
Tabla de datos ampliados 4 | Prueba de neutralización de virus de muestras de suero

Cada muestra de suero se analizó por triplicado. Se utilizaron muestras de suero de dos individuos sanos de Wuhan y cinco pacientes, así como un antisuero anti-SARS-CoV de caballo. Utilizamos 120 TCID 50 virus por pozo. Se usaron
muestras de suero a diluciones de 1:10, 1:20, 1:40 y 1:80. neg, negativo; VNT, prueba de neutralización de virus.
investigación de la naturaleza | resumen de informes
Autor (es) correspondiente (s): Zheng-Li Shi

Última actualización por autor (es): 21 de febrero de 2020

Resumen de informes
Nature Research desea mejorar la reproducibilidad del trabajo que publicamos. Este formulario proporciona una estructura de consistencia y transparencia en los informes. Para obtener más información sobre las
políticas de Nature Research, consulte Autores y Árbitros y el Lista de verificación de política editorial .

Estadísticas
Para todos los análisis estadísticos, confirme que los siguientes elementos están presentes en la leyenda de la figura, la leyenda de la tabla, el texto principal o la sección Métodos. n / a confirmado

El tamaño exacto de la muestra ( norte) para cada grupo / condición experimental, dado como un número discreto y unidad de medida Una declaración sobre si las

mediciones se tomaron de muestras distintas o si la misma muestra se midió repetidamente Las pruebas estadísticas utilizadas Y si son una o dos de un lado

Solo las pruebas comunes deben describirse únicamente por su nombre; describa técnicas más complejas en la sección Métodos.

Una descripción de todas las covariables probadas

Una descripción de cualquier supuesto o corrección, como pruebas de normalidad y ajuste para comparaciones múltiples. Una descripción completa de los parámetros estadísticos, incluyendo

tendencia central (p. Ej., Medias) u otras estimaciones básicas (p. Ej., Coeficiente de regresión) Y variación (p. Ej., Desviación estándar) o asociadas. estimaciones de incertidumbre (p. ej., intervalos de

confianza) Para la prueba de hipótesis nulas, el estadístico de prueba (p. ej. F, t, r) con intervalos de confianza, tamaños de efectos, grados de libertad y PAGS valor observado

Dé los valores de P como valores exactos cuando sea adecuado.

Para el análisis bayesiano, información sobre la elección de los escenarios anteriores y la configuración de Monte Carlo de la cadena de Markov Para diseños jerárquicos y complejos,

identificación del nivel apropiado para las pruebas e informes completos de los resultados Estimaciones de los tamaños del efecto (por ejemplo, de Cohen re, Pearson r) indicando cómo

fueron calculados

Nuestra colección web sobre estadísticas para biólogos contiene artículos sobre muchos de los puntos anteriores.

Software y código
Información de política sobre disponibilidad de código de computadora

Recopilación de datos No se utilizó ningún software.

Análisis de los datos BWA (v0.712-r1039), Cutadapt (v1.18), Geneious (v11.0.3), MEGAHIT (v1.2.9), Clone Manager Professional Suite 8, MAFFT (v7.307), MGmapper (PE2.24 y SE2 .24),
PAL2NAL (versión 14), Clustal Omega (versión 1.2.4), RAxML (versión 0.9.0)

Para los manuscritos que utilizan algoritmos personalizados o software que son centrales para la investigación pero que aún no se describen en la literatura publicada, el software debe estar disponible para los editores / revisores. Recomendamos encarecidamente la deposición de código

en un repositorio de la comunidad (por ejemplo, GitHub). Ver la investigación de la naturaleza pautas para enviar código y software para mayor información.

Datos

Información de política sobre disponibilidad de datos

Todos los manuscritos deben incluir un declaración de disponibilidad de datos . Esta declaración debe proporcionar la siguiente información, cuando corresponda:

- Códigos de acceso, identificadores únicos o enlaces web para conjuntos de datos disponibles públicamente

- Una lista de figuras que tienen datos sin procesar asociados

- Una descripción de cualquier restricción en la disponibilidad de datos.

Los datos de secuencia que respaldan los resultados de este estudio se han depositado en GISAID con el número de registro. EPI_ISL_402124 y EPI_ISL_402127-402131.
Octubre 2018

Informes específicos de campo


Seleccione el que se encuentra a continuación que mejor se adapte a su investigación. Si no está seguro, lea las secciones correspondientes antes de realizar su selección.

Ciencias de la vida Ciencias del comportamiento y sociales Ciencias ecológicas, evolutivas y ambientales.

1
Para obtener una copia de referencia del documento con todas las secciones, vea nature.com/documents/nr-reporting-summary-flat.pdf

investigación de la naturaleza | resumen de informes


Diseño de estudio de ciencias de la vida
Todos los estudios deben divulgar sobre estos puntos, incluso cuando la divulgación sea negativa.

Tamaño de la muestra Las muestras de siete pacientes con neumonía están disponibles en el hospital clínico para ser enviadas al Instituto de Virología de Wuhan para la identificación de patógenos. Las secuencias del genoma
del coronavirus se obtuvieron de 5 pacientes diferentes y compartieron> 99,9% de identidad, lo que sugiere que estaban infectados por el mismo virus. Por lo tanto, el tamaño de la muestra es suficiente
para realizar el siguiente estudio que tiene como objetivo identificar y caracterizar el agente causal de este brote de neumonía.

Exclusiones de datos Sin datos excluidos

Replicación Los autores garantizan que los hallazgos son reproducibles de manera confiable. Se realizaron al menos tres experimentos independientes, que se indicaron en el texto.

Las muestras de aleatorización se eligieron al azar.

Cegador Estábamos cegados al elegir muestras.

Informes de materiales, sistemas y métodos específicos.


Requerimos información de los autores sobre algunos tipos de materiales, sistemas experimentales y métodos utilizados en muchos estudios. Aquí, indique si cada material, sistema o método enumerado es relevante para su estudio. Si
no está seguro de si un elemento de la lista se aplica a su investigación, lea la sección correspondiente antes de seleccionar una respuesta.

Materiales y sistemas experimentales. Métodos


/un Involucrado en el estudio /un Involucrado en el estudio

Anticuerpos Citometría de flujo ChIP-seq

Líneas celulares eucariotas neuroimagen basada en MRI

Paleontología

Animales y otros organismos Participantes

en investigaciones humanas Datos clínicos

Anticuerpos
Anticuerpos utilizados 1) SARSr-CoV Rp3 NP anticuerpo fabricado internamente; 2. Anticuerpo monoclonal conjugado IgG-HRP antihumano (Kyab Biotech Co.,
40000); 3. Anti-Rp3 NP-HRP conjugado (Kyab Biotech Co., Ltd, Wuhan, China, dilución: 1: 4000);
4. IgG H&L de cabra anti-ratón marcado con FITC (Abcam, ab96879, dilución 1: 100); 5. cianina 3-cabra conjugada anti-conejo IgG Ltd, Wuhan, China, dilución: 1:
(Abcam, ab6939, dilución: 1: 200); 6. anticuerpo monoclonal de etiqueta anti-S de ratón hecho en casa

Validación Los anticuerpos SARSr-CoV Rp3 NP hechos en casa y el anticuerpo monoclonal con etiqueta anti-S se validaron en un WB. Las IgG anti-conejo conjugadas con cy3 se validaron
en IFA. El IgG anti-ratón de cabra marcado con FITC H&L fue validado en IHC.

Lineas celulares eucariotas

Información de política sobre líneas celulares

Fuente (s) de línea celular 1. Origen del mono verde africano, célula Vero E6; 2. Célula humana de pulmón Huh7; 3. Células humanas HeLa. Todas las líneas celulares eran de

ATCC

Autenticación Todas las células de mono y humano eran de ATCC con autenticación. La autenticación se realizó mediante verificación de la morfología del microscopio, análisis de curva de
crecimiento o verificación de identidad con análisis STR (para líneas celulares humanas).

Contaminación por micoplasma Confirmamos que todas las células fueron analizadas como micoplasma negativo.
Octubre 2018

Líneas comúnmente mal identificadas (Ver ICLAC No se utilizaron líneas celulares comúnmente mal identificadas.
Registrarse)

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investigación de la naturaleza | resumen de informes
Participantes de investigaciones en humanos

Información de política sobre estudios en los que participaron investigadores humanos

Características de la población Los participantes fueron todos los pacientes infectados con 2019-nCoV.

Reclutamiento Las muestras fueron enviadas al Instituto de Virología de Wuhan por el hospital para la identificación de patógenos.

Supervisión ética Hospital Wuhan Jinyintan (la institución coautora)

Tenga en cuenta que la información completa sobre la aprobación del protocolo de estudio también debe proporcionarse en el manuscrito.

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