ENZIMOLOGÍA

Principios generales de la acción enzimática

 Las reacciones químicas que ocurren en los organismos
vivos presentan casi siempre una energía de activación tan
elevada, que en condiciones compatibles con la vida
ocurrirían a velocidades casi nulas, con lo cual la vida (al
menos en las condiciones actuales) sería prácticamente
imposible.
 Como consecuencia, una de las principales adquisiciones
evolutivas de los seres vivos fue la aparición de proteínas
con actividad catalítica (enzimas), que al disminuir la
energía de activación de las reacciones hacen posible no
sólo que éstas se produzcan a gran velocidad, sino que se
lleven a cabo en condiciones moderadas de presión,
temperatura, pH, etc., compatibles con la vida.
 Las enzimas son, generalmente, proteínas
globulares con actividad catalítica. La
enorme variedad de reacciones que
comprende la vida son mediadas, casi todas
ellas, por estos catalizadores biológicos.
 La enorme variedad de reacciones
bioquímicas que comprende la vida son
mediadas, casi todas ellas, por una serie de
catalizadores biológicos notables conocidos
como enzimas.
 Las enzimas son producidas únicamente por
organismos vivos.
 ENZIMAS
 Aunque las enzimas se hallan sometidos a las mismas leyes
naturales que gobiernan el comportamiento de otras
sustancias, se diferencian de los catalizadores químicos
ordinarios en varios aspectos importantes:
 Velocidades de reacción más elevadas
 Condiciones de reacción más suaves: temperaturas por debajo de
50°C, a la presión atmosférica y a valores de pH casi neutros.
 Mayor especificidad de reacción: especificidad muy grande, tanto
respecto a las identidades de sus sustratos (reactantes) como de sus
productos
 Capacidad para la regulación: propiedad fundamental para la
relación entre la actividad enzimática y la homeostasis de los
organismo vivos
NOMBRES TRADICIONALES
 En los primeros días de la bioquímica, las enzimas
recibieron nombres que sólo seguían el gusto de sus
descubridores.
 Frecuentemente el nombre dado no daba ninguna
clave hacia la función que desempeñaba (Vgr.
Tripsina). Con frecuencia se aplicaban diferentes
nombres a la misma enzima, o peor aún, el mismo
nombre a enzimas con actividades muy diferentes.
 Los enzimas, habitualmente se designaban, y así se
sigue haciendo hoy en muchos casos, añadiendo el
sufijo"-asa“ al nombre del sustrato de la enzima o a
una frase que describa la acción catalítica de la
enzima. Así, "ureasa“ cataliza la hidrólisis de la urea
y "alcohol deshidrogenasa“ cataliza la oxidación de los
alcoholes a sus correspondientes aldehídos.
NOMINACIÓN DE ENZIMAS
 En un esfuerzo para eliminar esta confusión y
proporcionar reglas para designar racionalmente
el número rápidamente creciente de enzimas
nuevas, la Intemational Union of
,Biochemistry (IUB) adoptó un esquema para la
clasificación funcional sistemática y la
nomenclatura de los enzimas.
 Los enzimas se clasifican y designan de acuerdo
con la naturaleza de las reacciones químícas que
catalizan.
 Existen seis clases principales de reacciones que
catalizan los enzimas (Ver Tablas), así como
subclases y sub-subclases dentro de las clases.
Enzimas. Clasificación 1
 1. Oxidorreductasas. Son aquellas enzimas que catalizan las
reacciones de oxidorreducción, o sea, la transferencia de electrones o
sus equivalentes entre un donante y un aceptor. Pueden ser:
 Deshidrogenasas: Separan átomos de hidrógeno del sustrato.
 Oxidasas: Oxidan el sustrato al aceptar sus electrones.
 Otras más son oxigenasas, reductasas, peroxidasas, e hidroxilasas.
 2. Transferasas. Catalizan la transferencia de un grupo químico entre
un donante y un aceptor; se excluyen aquéllas que transfieren
electrones o sus equivalentes, pues pertenecen a la clase anterior, y
aquéllas en que el aceptor del grupo es el agua, pues pertenecen a la
clase siguiente. Ejemplos de tales grupos incluyen amino, carboxil,
carbonil, metil, fosforil, y acil (RC=O). Nombres triviales comunes para
este tipo de enzimas incluyen frecuentemente el prefijo trans. Algunos
ejemplos son, transmetilasas, transaminasas y transcarboxilasas.
 3. Hidrolasas. Catalizan la ruptura de enlaces químicos con la
participación de las moléculas del agua. Las hidrolasas incluyen a las
esterasas, fosfatasas, glucosidasas, lipasas y peptidasas.
Enzimas. Clasificación 2
 4. Liasas. Catalizan reacciones en las cuales se produce
la adición o sustracción de grupos químicos (e.g., H2O,
CO2, y NH3) a dobles enlaces o para formar dobles
enlaces. Decarboxilasas, hidratasas, dehidratasas,
deaminasas, y sintasas son ejemplos de liasas.
 5. Isomerasas. Este es un grupo heterogéneo de
enzimas. Las isomerasas catalizan varios tipos de
rearreglos intramoleculares que llevan ese nombre. Las
epimerasas catalizan la inversión de carbonos
asimétricos. Las mutasas la transferencia intramolecular
de grupos funcionales
 6. Ligasas. Catalizan la unión covalente de 2 sustratos
mediante la energía de hidrólisis de nucleósidos
trifosfatados, generalmente el ATP. Los nombres de
muchas ligasas incluyen el nombre sintetasa. Varias otras
ligasas reciben el nombre de carboxilasas.
 1: oxidoreductasas,
2: transferasas,
3: hidrolasas,
4: liasas,
5: isomerasas,
6: ligasas.

Distribución de todas las enzimas conocidas por su número

de clasificación en el Sistema EC
NOMBRE RECOMENDADO Y SISTEMÁTICO
 A cada enzima se le asignan dos nombres, y cuando se
quiere llegar a la máxima claridad en la especificidad
de la enzima, se le debe agregar una clasificación de
cuatro números.
 El nombre recomendado, resulta conveniente para el
empleo diario y es, con frecuencia, el nombre trivial de
la enzima empleado previamente.
 El nombre sistemático se emplea cuando debe
hacerse mínima la ambigüedad: consiste en el nombre
del (de los) sustrato(s) seguido de una palabra que
acabe en " -asa" y que especifica el tipo de reacción que
cataliza la enzima, de acuerdo con la clasificación del
grupo principal. Por ejemplo, la enzima cuyo nombre
recomendado es carboxipeptidasa A tiene el nombre
sistemático de peptidil-L-amino ácido hídrolasa.
EC 3.4.17.1.
 En el caso de la enzima mencionada,
carboxipeptidasa A, debería agregarse el número
de clasificación EC 3.4.17.1. (EC significa
Comisión de Enzimas, Enzyme Commission),
 El primer número (3) índica la clase principal a la
que pertenece la enzima (Hidrolasas)
 El segundo número (4) índica la subclase (actúa
sobre el enlace peptídico),
 El tercer número (17) designa la sub-subclase
metalo-carboxipeptidasas; la carboxipeptidasa A
tiene un ion Zn2+ unido que es esencial para su
actividad catalítica
 El cuarto número (1) es el número de serie de la
enzima asignado arbitrariamente en la sub-subclase.
ENZIMAS – NOMENCLATURA - Ejemplo

ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-6-fosfato

IUB - ATP:glucosa fosfotransferasa

E.C. 2.7.1.1
2 - clase - Transferasa
7 - subclase - Fosfotransferasas
1 - sub-subclase - Fosfotransferasa que utiliza un grupo
hidroxilo como receptor
1 - indica que la D-glucose es el receptor del grupo fosfato

Nombre trivial: Hexocinasa

Zimógenos o Proenzimas
 Son precursores inactivos de las enzimas.
 Un zimógeno es una molécula que necesita ser activada para
convertirse en una enzima activa, por lo que es más exacto
decir que los zimógenos son precursores de enzimas, que decir
que son enzimas inactivas.
 Las enzimas digestivas, algunos factores de la coagulación y
otras proteínas son sintetizadas como zimógenos.
 La síntesis de enzimas en forma de zimógenos es uno de los
“mecanismos de seguridad” con que cuenta el organismo para
su supervivencia. Por ejemplo, la síntesis de enzimas
digestivas en forma inactiva es un mecanismo de seguridad
para las células que sintetizan esas enzimas, ya que las
enzimas proteolíticas sintetizadas como zimógenos no son
activadas hasta que abandonan la célula y son secretadas al
tracto gastrointestinal.
Isoenzimas o Isozimas
 Las isoenzimas o isozimas son enzimas que difieren en la
secuencia de aminoácidos, pero que catalizan la misma
reacción química.
 Estas enzimas suelen mostrar diferentes parámetros cinéticos
(i.e. diferentes valores de KM), o propiedades de regulación
diferentes.
 La existencia de las isoenzimas permite el ajuste del
metabolismo para satisfacer las necesidades particulares de un
determinado tejido o etapa del desarrollo.
 En bioquímica, las isoenzimas son isoformas (variantes
estructurales estrechamente relacionadas) de las enzimas. En
muchos casos, son codificadas por genes homólogos que han
divergido con el tiempo.
 De forma estricta, las aloenzimas representan enzimas de
diferentes alelos de un mismo gene y las isoenzimas
representan enzimas de diferentes genes cuyos productos
catalizan la misma reacción.
CATÁLISIS ENZIMÁTICA
 Muchas proteínas son enzimas, es decir, se unen a algunas
moléculas y catalizan reacciones específicas.
 El sufijo –asa al final del nombre de una proteína la
identifica como una enzima, Vgr. Ribonucleasa, es la
proteína enzima que degrada el RNA (ácido ribonucleico)
por hidrólisis; Peptidasa, es la proteína enzima que rompe,
por hidrólisis, los enlaces peptídicos
 La molécula blanco que se une a la superficie de la enzima
en un sitio específico recibe el nombre de Sustrato de la
enzima.
 Las reacciones catalizadas por las enzimas son reacciones
que ocurrirían de todas maneras espontáneamente pero a
velocidades muy lentas; las enzimas no son sustancias
mágicas - las reacciones que catalizan deben ser
químicamente posibles.
 Las enzimas pueden acelerar las reacciones en que
participan por factores que van de 106 a 1014 veces.
ENZIMAS. ESPECIFICIDAD
 La mayor parte de las enzimas funcionan in vivo (en la
célula) catalizando una reacción particular sobre un
sustrato específico, esto conforma la especificidad de
sustrato
 Sin embargo, las enzimas pueden actuar sobre varios sustratos
estructuralmente relacionados, aunque con diferentes eficiencias.
También es cierto que un misma molécula puede servir como
sustrato a varios tipos de enzimas diferentes.
 La especificidad de acción determina que la enzima
cataliza sólo una de las posibles transformaciones del
sustrato.
 La estéreo especificidad de las enzimas es también muy
elevada, tanto respecto a la unión de sustratos quirales
como respecto a las reacciones que catalizan. La estéreo
especificidad de los enzimas procede de su quiralidad
inherente, pues como ya sabemos las proteínas están
constituidas sólo por L-aminoácidos.
ESPECIFICIDAD DE SUSTRATO

 Las enzimas son específicas en las reacciones que

catalizan, como se dice habitualmente: una enzima-un
sustrato. La mayor parte de las enzimas funcionan in
vivo (en la célula) catalizando una reacción particular
sobre un sustrato específico.
 La especificidad puede darse en varios grados:
 Especificidad absoluta: Se da cuando la enzima sólo actúa
sobre un sustrato.
 Especificidad de grupo: Se da cuando la enzima reconoce un
determinado grupo de moléculas.
 Especificidad de clase: Es la menos específica, dado que la
actuación de la enzima no depende del tipo de moléculas,
sino del tipo de enlace.
FACTORES QUE AFECTAN LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA
 Influencia de la temperatura: Existe una temperatura óptima para la cual
la actividad enzimática es máxima.
 Influencia del pH: Todas las enzimas tienen dos valores límites de pH entre
las cuales son efectivas. Traspasados estos valores, la enzima se
desnaturaliza y deja de actuar. Entre estos límites existe un pH óptimo en el
cual la enzima posee una máxima eficacia.
 Concentración del sustrato: En una reacción enzimática, al incrementar
la concentración de sustrato, para una concentración de enzima constante se
produce un aumento de velocidad de reacción. Si la concentración de sustrato
es excesiva, la velocidad de reacción no aumentará, debido a que se produce
una saturación de la enzima, cuyas moléculas se hallan todas en forma de
complejo enzima-sustrato.
 Inhibidores: Son sustancias que disminuyen la actividad de la enzima.
Pueden ser:
 Irreversibles: Tienen lugar cuando el inhibidor se fija permanentemente al centro
activo de la enzima alterando su estructura.
 Reversibles: Tienen lugar cuando no se inutiliza el centro activo, sino que sólo
impide temporalmente su normal funcionamiento.
 Competidores: Se debe a la presencia de una sustancia similar al sustrato por lo que
se puede competir en la fijación al centro activo.
 No competidores: Es debida a un inhibidor que se une a la enzima impidiendo la fija
ion del sustrato al centro activo.
SITIO ACTIVO
 Se han postulado dos hipótesis para explicar la formación del
complejo enzima sustrato, las llamadas de la llave y la cerradura,
así como la de acoplamiento inducido
 De acuerdo con la hipótesis de la llave y la cerradura, el sitio de unión
del sustrato existe preformado en la estructura de la enzima aún en
ausencia del sustrato unido
 En el caso de la hipótesis del acoplamiento inducido, la molécula de
sustrato induce un cambio conformacional en el sitio activo de la
enzima de manera de quedar perfectamente acoplados. El cambio de
forma de la enzima facilita la interacción enzima-sustrato y la
reacción. La Glucocinasa es un ejemplo interesante de este tipo de
mecanismo.
 Los estudios por rayos-X indican que los sitios de unión del
sustrato de la mayor parte de las enzimas se hallan preformados
(llave y cerradura) pero que la mayor parte de ellos exhiben al
menos cierto grado de acoplamiento inducido al unirse al sustrato.
 Después que la reacción se completa y se libera el producto, el
sitio activo recupera su forma libre y la enzima esta dispuesta
para fijar una nueva molécula de sustrato.
Hipótesis de la llave y la cerradura. El sitio de
unión del sustrato existe preformado en la
estructura de la enzima aún en ausencia del
sustrato unido

Hipótesis del acoplamiento inducido. El

sitio activo de la enzima no existe como tal
en ausencia del sustrato (A). La molécula
de sustrato induce un cambio
conformacional en el sitio activo de la
enzima de manera de quedar
perfectamente acoplados (B). El cambio de
forma de la enzima facilita la interacción
enzima-sustrato y la reacción (C).
(D) Sustancias de
estructura semejante
no producen el
cambio
conformacional
adecuado
El sitio activo de la enzima digestiva Carboxipeptidasa. (a) La enzima sin sustrato. (b)
La enzima con su substrato (azul oscuro) en posición. Los tres aminoácidos cruciales
(azul-verde) para la actividad de la enzima, han cambiado de posición para acercarse al
substrato y a la molécula de zinc y acoplarse a ellos para formar el sitio activo.
SACARASA
 La hidrólisis se realiza porque la molécula de sacarosa se fija
al sitio activo de la enzima.
 La configuración de la enzima sufre una modificación de
manera que el puente de oxígeno que forma la unión entre los
dos monosacáridos queda expuesto al efecto de las moléculas
de agua del solvente.
 La exposición permite que dicha molécula de agua
efectivamente rompa el puente de oxígeno y fije los
componentes del agua en la molécula, un OH se une a uno de
los monosacáridos y un H, al átomo de Oxígeno que queda fijo
al otro monosacárido
 Esto produce el rompimiento del enlace entre los dos
monosacáridos y finalmente lo convierte en dos azúcares
separados, la glucosa y la fructosa.
 Los productos son liberados y la enzima regresa a su
configuración inicial, de modo que su sitio activo pueda ser
ocupado po9r una nueva molécula de sacarosa para ser
hidrolizada.

 Acoplamiento Inducido en la Reacción de la Hexocinasa
Una vez que la molécula de Glucosa (en azul) ocupa su lugar en el centro activo de la enzima,
ésta sufre una modificación conformacional, sus extremos se cierran para poner al sustrato en
contacto con todos los grupos enzimáticos que participarán en la reacción
COFACTORES, COENZIMAS, PROSTÉTICOS
 En muchos casos las enzimas pueden catalizar reacciones, sólo
cuando se hallan asociadas con moléculas pequeñas, cofactores,
que actúan esencialmente como los " dientes químicos" de las
enzimas. Los cofactores pueden ser:
 Iones metálicos (Fe2+, Cu2+, Mg2+, entre otros), que se necesitan
para la actividad catalítica de numerosas enzimas. Las enzimas
que precisan de iones metálicos se llaman a veces metaloenzimas.
El ion metálico puede actuar como:
 Centro catalítico primario.
 Grupo puente para reunir el sustrato y la enzima, formando un complejo de
coordinación
 Agente estabilizante de la conformación de la proteína enzimática en su
forma catalíticamente activa.
 Coenzimas, moléculas orgánicas de tamaño pequeño, tales como
el NAD+, que sólo se hallan asociados transitoriamente con la
molécula de una enzima determinada de modo que, en efecto,
funcionan como cosustratos.
 Grupos prostéticos, los cuales se hallan asociados de modo
permanente con la enzima, frecuentemente mediante enlace
covalente. Tal es el caso del FMN en la enzima NADH
deshidrogenasa o del FAD en la succinato deshidrogenasa.
APOENZIMA - HOLOENZIMA
 Las coenzimas cambian químicamente en las
reacciones enzimáticas en las que participan. Así, para
completar el ciclo catalítico la coenzima debe ser
devuelta a su estado original.
 Cuando se trata de coenzimas unidas de modo
transitorio, tales como NAD+, la reacción de
regeneración es usualmente catalizada por una enzima
diferente.
 La proteína que, cuando se encuentra aislada y
separada de su cofactor, es inactiva enzimáticamente,
se designa como apoenzima
 El complejo enzima-cofactor, activo catalíticamente, se
llama holoenzima; es decir:
Apoenzima (inactiva) + cofactor ↔ Holoenzima (activa)
PRINCIPALES COENZIMAS
FAD (flavín-adenín dinucleótido): transferencia de electrones y protones.
FMN (Flavín mononucleótido): transferencia de electrones y protones.
NAD+(nicotín-adenín dinucleótido): transferencia de electrones y protones.
NADP+ (nicotín-adenín dinucleótido fosfato): transferencia de electrones y
protones.
Coenzima A: transferencia de grupos acetilo (por ejemplo, en la descarboxilación
del ácido pirúvico) y de grupos acilo en general.
Coenzima Q: transferencia de electrones en la cadena respiratoria.
Coenzima B12: transferencia de grupos metilo o hidrógenos entre moléculas.
TPP (Pirofosfato de tiamina): transferencia de grupos aldehído; forma parte,
entre otros, del complejo piruvato deshidrogenasa.
Vitamina C
PLP (fosfato de piridoxal): transferencia de grupos amino.
PMP (fosfato de piridoxamina): transferencia de grupos amino.
FH4 (ácido tetrahidrofólico): transferencia de grupos formilo, metenilo y
metileno.
Biocitina: transferencia de dióxido de carbono.
Ácido lipoico: transferencia de hidrógenos, grupos acilo y metilamina.
FACTORES GENERALES
 Con muy pocas excepciones (ribozimas) todas las
enzimas son proteínas y por lo tanto son afectadas por
todos los factores que afectan la estructura proteica.
Esto significa que las enzimas serán susceptibles a
cambios en las condiciones de la reacción tales como el
pH y la temperatura.
 La velocidad de las reacciones catalizadas por
enzimas es afectada fundamentalmente por:
 La concentración de la enzima;
 La concentración del sustrato.

 Puesto que las enzimas son catalizadores, entonces:

 son necesarias en concentraciones relativamente pequeñas;
 Son recuperadas sin ningún cambio al final de la reacción.
ARRHENIUS Y MÁS
 La asombrosa velocidad de las reacciones catalizadas por
enzimas, se debe principalmente a dos factores descritos por
Arrhenius.
 En primer lugar, las enzimas disminuyen considerablemente la
energía de activación, necesaria para que las moléculas reaccionen.
 En segundo lugar las enzimas poseen un sitio catalítico o sitio
activo, donde el sustrato y los cofactores y coenzimas necesarios,
como moléculas reaccionante, se encuentran con la estéreo
especificidad adecuada para que interaccionen correctamente, a
diferencia de lo que ocurre en la reacción no catalizada, en que las
moléculas chocan al azar en cualquier posición.
 Tal vez pueda mencionarse un tercer factor, las enzimas se
hallan, dentro de la célula, restringidas en compartimentos
funcionales específicos, núcleo, membrana, mitocondria, etc.
donde deben realizar su acción, y/o formando grandes
complejos enzimáticos donde los sustratos y productos pasan
de un componente del complejo a otro, facilitando su
interacción.
COMPLEJO ENZIMA-SUSTRATO
 Todas las reacciones enzimáticas se realizan al menos en 2
etapas, una primera en la cual se forma de manera
reversible la unión física entre la enzima (E) y el sustrato
(S), que da origen al complejo enzima-sustrato (ES).
 Una vez formado el complejo enzima-sustrato éste puede
realizar la transformación del sustrato, dando origen al
producto (P) y a la enzima libre que está en condiciones de
volver a iniciar el proceso.
E + S ↔ ES → E + P
 A la etapa número 1 le llamamos etapa de unión, y a la
número 2, de transformación. Esta es una representación
simplificada. pues es posible suponer la existencia de otros
complejos intermedios sobre todo cuando en la reacción
intervienen cofactores o más de un sustrato.
 El punto crucial de este mecanismo básico es la existencia
del complejo enzima-sustrato, que fue propuesta por
primera vez por Henry en1905. A partir de ese momento se
ha reunido suficiente evidencia para demostrar su
presencia.
 RECONOCIMIENTO Y CATÁLISIS
 Las enzimas presentan dentro de su estructura proteica
2 regiones o sitios importantes para la realización de su
actividad catalítica,
 Sitio de reconocimiento, reconoce y liga al sustrato
 Sitio catalítico, una vez unido el sustrato, cataliza la
reacción
 Estos 2 sitios están adyacentes uno al otro en la forma
activa de la enzima y, en ocasiones, el sitio catalítico es
parte del sitio de reconocimiento,
 Estas 2 regiones en conjunto reciben el nombre de
centro activo de la enzima
CENTRO ACTIVO
 El centro activo representa una porción pequeña del volumen
total de la enzima: muchos de los residuos de aminoácidos de la
enzima no entran en contacto con el sustrato.
 El centro activo está situado superficialmente en la enzima;
permite el acceso de las moléculas del sustrato con relativa
facilidad.
 El centro activo de una enzima tiene un conjunto de grupos
químicos ordenados espacialmente de forma precisa, esto hace
que el sustrato quede unido al centro activo de forma tan íntima
que casi ninguna otra molécula puede unirse de la misma
manera.
 Los aminoácidos de las 2 regiones del centro activo generalmente
no están adyacentes unos a otros en la cadena polipeptídica lineal;
el acercamiento se produce como consecuencia del plegamiento de
la cadena proteica al adquirir su estructura terciaria.
 El centro activo es una entidad tri-dimensional estéreo específica.
 Los grupos que intervienen en la formación del centro activo
realizan diferentes funciones
 El centro activo es una estructura dinámica
ENERGÍA DE ACTIVACIÓN
 Una reacción química se produce cuando las moléculas reaccionantes poseen
una cantidad mínima de energía llamada energía de activación (Ea), o como es
más frecuente en bioquímica, energía libre de activación (ΔG‡).
 No todas las colisiones entre los reactivos resultan en una reacción química
porque solo una fracción de moléculas tienen suficiente energía o chocan en la
orientación correcta para reaccionar.
 En sistemas de moléculas reaccionantes, según se eleva la temperatura la
movilidad de las moléculas aumenta y por lo tanto se aumenta la posibilidad
de choques efectivos.
 Otra manera de aumentar la frecuencia de colisiones efectivas para producir la
formación de productos es la de aumentar la concentración de los reactivos.
 En los sistemas vivos ninguna de estas dos posibilidades es factible, el uso de
temperaturas elevadas afectaría las delicadas estructuras celulares y la
concentración de sustratos requiere ser usualmente muy baja.
 Por estas razones los organismos vivos han resuelto el problema mediante el
uso de biocatalizadores, las enzimas.
Energía Libre de Activación
 Los catalizadores realizan su actividad
disminuyendo le energía de activación que se
requiere para cualquier reacción química.
 Es decir, los catalizadores proveen una vía de
reacción que requiere menos energía
 Un estado de transición ocurre en la cúspide de
ambas vías de reacción, pero la energía
requerida es mucho menor en la vía catalizada.
ΔG‡
 La energía libre de activación, DG‡, se define
como la cantidad de energía que se requiere
para convertir una mol de sustratos (reactivos o
reactantes) desde el nivel basal (el nivel de baja
energía de una molécula) al estado de
ΔG° transición.
 No existe diferencia en la energía libre de la
reacción completa ΔG° (energía libre de los
reactivos minus energía libre de los productos)
entre las reacciones sin catalizadores y las
reacciones con catalizadores
No existe diferencia en la energía libre de la reacción
completa (energía libre de los reactivos minus Energía Libre de
energía libre de los productos) entre las reacciones
sin catalizadores y las reacciones con catalizadores Activación
 Los catalizadores realizan su
Energía libre de actividad disminuyendo la energía
activación (sin de activación que se requiere para
catalizador) cualquier reacción química.
 Es decir, los catalizadores proveen
una vía de reacción que requiere
menos energía
 Un estado de transición ocurre en
la cúspide de ambas vías de
reacción, pero la energía requerida
es mucho menor en la vía
catalizada.
 La energía libre de activación, DG‡,
se define como la cantidad de
Energía libre de energía que se requiere para
activación (con convertir una mol de sustratos
catalizador)
(reactivos o reactantes) desde el
nivel basal (el nivel de baja energía
de una molécula) al estado de
transición.
Mecanismo Catalítico
 A pesar de una intensa dedicación al estudio de la catálisis
enzimática, solo se ha podido obtener información detallada
acerca de los mecanismos de acción de unas pocas enzimas.
 A pesar de ello, se ha demostrado que las enzimas utilizan los
mismos mecanismos catalíticos que los catalizadores no
enzimáticos.
 Las enzimas proporcionan efectos catalíticos significativamente
mejores porque en su sitio activo poseen una estructura que está
específicamente orientada a promover el efecto catalítico.
 Varios factores contribuyen a la catálisis enzimática. Los más
importantes son:
A. Efectos de proximidad y deformación molecular,
B. Efectos electrostáticos,
C. Catálisis ácido-base,
D. Catálisis covalente.
E. Estabilización del estado de transición
Mecanismos

 Muchas reacciones químicas pueden ser aceleradas

utilizando grupos catalíticos apropiadamente
colocados.
 Las enzimas, a causa de su composición de
aminoácidos y su estructura tridimensional, son
extremadamente capaces de tener colocados los
grupos funcionales apropiados, en el sitio apropiado
y en el tiempo justo.
 La catálisis suele implicar la existencia de
interacciones covalentes transitorias entre el
sustrato y la enzima o transferencias de grupos
desde o a la enzima, con el fin de adoptar una ruta
de reacción nueva y de menor energía.
Estabilización de los
Estados de Transición
El estado de transición de una
reacción es un intermediario que
posee una configuración molecular
muy inestable con enlaces que se
encuentran en el momento de
formarse o de romperse.
Estos estados de transición
frecuentemente comprenden
grandes separaciones de los
residuos cargados.
Las enzimas pueden proveer el
arreglo óptimo para dichos grupos
químicos y producir la adecuada
estabilidad de tales estados de
transición.
Las enzimas generalmente se fijan con mayor fuerza a los
estados de transición que a los sustratos.
Ésto orienta la reacción hacia la formación de los productos.
Energía de Fijación
 Una parte significativa de la energía utilizada para el incremento
de la velocidad de las reacciones enzimáticas procede de
interacciones débiles (enlaces de hidrógeno, interacciones
hidrofóbicas e interacciones iónicas) entre enzima y sustrato.
 El sitio activo de la enzima tiene una estructura tal que hace que
algunas de estas interacciones débiles tengan lugar de modo
preferente en el estado de transición de la reacción, con lo que lo
estabilizan.
 Una de las razones del gran tamaño de los enzimas es la
necesidad de que existan múltiples interacciones. La energía de
fijación, ΔGb, puede utilizarse para disminuir la entropía del
sustrato o para producir en la enzima un cambio conformacional
(acoplamiento inducido).
 La energía de fijación es también la responsable de la exquisita
especificidad de las enzimas por sus sustratos.
Mecanismos

 Entre los mecanismos catalíticos adicionales

empleados por los enzimas se cuentan:
 la catálisis ácido-base general,
 la catálisis covalente y
 la catálisis por iones metálicos.
 La catálisis suele implicar la existencia de
interacciones covalentes transitorias entre el
sustrato y el enzima o transferencias de grupos
desde o a la enzima, con el fin de adoptar una
ruta de reacción nueva y que requiera menor
energía.
Proximidad y Deformación Molecular

 Este modelo de catálisis comprende la distorsión, empuje, atracción o

torcimiento de un enlace que debe ser roto o producido durante la
reacción.
 Las partes del sustrato que no serán involucradas directamente en la
reacción química interaccionan con residuos enzimáticos
estratégicamente colocados de manera de mantener el sustrato en la
posición distorsionada adecuada para facilitar la reacción.
 La distorsión y esfuerzo a que está sometido el enlace facilitan la
producción del estado de transición.
Catálisis Electrostática
 Veamos por ejemplo una reacción simple, la adición de agua a un grupo
carbonilo.
 En esta reacción podemos pensar en dos factores: el grupo carbonilo es
reactivo sobre el agua porque el grupo carbonilo se haya parcialmente
polarizado — los electrones del grupo C=O no se reparten igualmente
entre el carbono y el oxígeno. El átomo de oxígeno, por ser más
electronegativo retiene los electrones más tiempo y más cerca que el
carbono.
 Según el agua actúa sobre el oxígeno del grupo carbonilo, los electrones
del enlace que se está rompiendo (C=O) se separan y van al oxígeno
dándole una carga negativa formal.
 Si durante la reacción (en el sitio activo de la enzima) existe un grupo
funcional positivamente cargado cercano al oxígeno del grupo
carbonilo, la polarización agregada a este grupo lo hace más reactivo
ayudándolo ha adquirir la carga negativa según procede la reacción
química
 Este mecanismo es llamado Catálisis Electrostática.
 Veamos por ejemplo una reacción simple, la adición de agua a un grupo carbonilo.
 En esta reacción podemos pensar en dos factores: el grupo carbonilo es reactivo sobre el agua
porque el grupo carbonilo se haya parcialmente polarizado — los electrones del grupo C=O no
se reparten igualmente entre el carbono y el oxígeno. El átomo de oxígeno, por ser más
electronegativo retiene los electrones más tiempo y más cerca que el carbono.
 Según el agua actúa sobre el oxígeno del grupo carbonilo, los electrones del enlace que se
está rompiendo (C=O) se separan y van al oxígeno dándole una carga negativa formal.
 Si durante la reacción (en el sitio activo de la enzima) existe un área funcional positivamente
cargada cercana al oxígeno del grupo carbonilo, la polarización agregada a este grupo lo hace
más reactivo ayudándolo ha adquirir la carga negativa según procede la reacción química
 Este mecanismo es llamado Catálisis Electrostática.
 Catálisis Ácido-Base

 En la misma reacción, veamos ahora, que podemos hacer con el

agua.
 Debido a que posee mayor carga negativa (una densidad electrónica
mayor), OH es más reactivo que HOH.
 Si en el sitio activo de la enzima radica un residuo básico colocado de
manera apropiada para que por lo menos pueda remover
parcialmente uno de los protones de la molécula de agua
reaccionante, podemos aumentar la reactividad del agua y acelerar
de este modo la reacción.
 Este mecanismo se conoce como Catálisis Ácido-Base y es
frecuentemente utilizado en las reacciones enzimáticas para facilitar
la transferencia de protones durante las reacciones químicas.
Catálisis Covalente

 Otra alternativa es la formación inestable de un

enlace covalente entre la enzima y el sustrato.
 La enzima utiliza uno de sus grupos funcionales
para reaccionar covalentemente con el sustrato.
 Esta participación directa de la enzima en la
formación de un enlace covalente se denomina
así, Catálisis Covalente.
 Este enlace covalente enzima-sustrato, debe
formarse rápidamente, y los intermediarios
deben ser razonablemente reactivos para que
este tipo de catálisis pueda ser utilizado para
acelerar adecuadamente la reacción.
 Catálisis Covalente
 Muchas enzimas estabilizan un
intermediario necesario de la
reacción formando con él un
enlace covalente inestable.
 Esto sucede con mucha
frecuencia entre las
transferasas, las cuales utilizan
un mecanismo de tipo "ping-
pong".
 Este mecanismo es muy
frecuentemente utilizado por las
hidrolasas, tales como las
glucosidasas, las proteasas y las
lipasas.
 Todas estas son usualmente
transferasas que utilizan al agua
como un aceptor.