Universidad de las Fuerzas Amadas-ESPE

Técnicas Moleculares
Nombre: Mateo Taipe
NRC: 7110
Fecha: 2020-07-04
Diseño de primers en Primer3Plus
Introducción
La PCR o reacción en cadena de la polimerasa es una técnica muy común en los
laboratorios de Biología Molecular, para poder realizar esta técnica es el diseño de Primers
o Cebadores a partir de un pequeño fragmento de la secuencia a ser amplificada. Existen
varios programas para poder realizar este trabajo uno de ellos el Primer3Plus, el cual va a
ser usado en este trabajo con el objetivo de obtener el par de Primers más óptimo de una
secuencia molde desconocida.
Resultados
Secuencia molde para diseñar primers
Mateo Taipe
TCTGTTTTCTACACAGAAACGAATCTGACCCGAGTTCATCTTTTTCATGAACGGGTTATCGGACGTCCTT
TTTGAAGGAATTTTTTCTAGGGTATTGTGTTTTGTTGTGAAACATGTGCCTACAAATTTTAAATCCTTTT
TCGAGGTAATCTTCACTGTCGTGCCGATGTCAAACCAGATCTGCTCCATCACCTCAGTTGCTGATACGTC
TCCAACGTATCTATAATTTTTTTATTGTTCCATGCTATATTATATTCTGTTTTAGACATTATTGGGCTTT
ATTATACACTTTTATATTATTTTTGGGACTAACCTATTAACCGGAGGCCCAGCCCAGAATTATTGTTTTT
TGCCTATTTCAGAGTTTCGCAGAAAAAGAACATCAACGGAGTCCAAAGGGAATGAAACCTTCGGGAACGT
GATCCAGAGGACTTGGGTCCTACGTCAAGACATCAACCAGGAGGGCACGAGGTAGGGGGCGCGCCTACCC
CCTCAGGGCGCGCCCTCCACCCTCATGGGCCCCCTGTTGCTCCACCGACGTACTCCTTCCTCCTATATAT
ACCTGCGTACCCCAAAACTACCAGACACGGAGCCAAAAACCTAATTCCACCGCCGCAACCTTCTGTACCC
GTGAGATCCCATCTTGGGGCCAGTTCTGGAGCTCCGTCGGAGGGGACATCGATCATGGAGGGTTTCTACA
TCAATACCATAGCCTCTCCGATGATGTGTGAGTAGTTTACTGATACGTCTCCAACATATCTATAATTTTT
GATTGCTCCATGCTACTTTATCTACTGTTTTGGACTATATTGGGCTTTATTTTCCACTTTTATATTATTT
TTGGGACTAACCTATTAACCGGAGGCCCAGCCCAGAATTGCTGTTTTTTGCCTTTTTCAGTGTTTCGAAG
AAACGAAATATCAAACGGAGTCCAAACGGAATAAAACCTTCGGGAACGTGATTTTCTCACCGAACGTGAT
CCAGGAGACTTGGACCCTGCTCCGAGGAACAAAAGAGGCGGTCACGAGGGTGGGGGAGCCCCCCTTGGGC
GCCCCCTACCTCGTGGGCCCCCTGCTGCTCCACCGACGTACTCCTTCCTCCTATATATACCTACGTATCC
CCAAACAATCAGAACAGGAGCCAAAAACCTAATTCCACCGCCGCAACCTTCTGTATCCACGAGATCCCAT
CTTGGGGCTTGTTCCGGAGCTCCACCGGAGGGGGCATCCACCACGGAGGGCTTCTAAATCAACACCATAG
CCCCTCCGATGAAGTGTGAGTAGTTTACTTCAGACCTTCGGGTCCATAGCTAGTAGCTAGTGTTGGGGAA
CGTAGTAATTTCAAAAAAATTCCTACGCACACGCAAGATCATGGAGATGATATAGAAACAAGAGGGGAGA
GTGTTCGTCCACGTACCCTCGTAGACCGTAAGCAGAAGCGTTAGCACAACGCGGTTGATGTAGTCGTACG
TCTTCACGATCCGACCGATCCAAGCACCGAACGTACGGAGCCTCCGAGTTCAGCACACGTTCAGCTCGAT
GATGATCTCCGGCCTCTGATCCAGCCGAGCTCCGGAGATGAGTTCCGTCAGCACGACGGCGTGGTGACGA
TGATGATGTTCTACCGGCGCAGGGCTTCGCCTAAACTCCGCGACGATATGACCGAGGTGGAATATGGTGG
AGGGGGGCACCGCACACGGCTAAGGAACGATCCGTAGATCAACTTGTGTGTCTATGGGGTGCCCCCTGCC
CCCGTATATAAAGGAGGGAGGGGGGAGGCCAGCCGGCCCTTGTTGGGCGCGCCAGGAGGAGGAGTCCTCC
TCCTAGTAGGAGTAGGACTCCTCCTTTCCTACTCCTACTAGGAGGGGAAGGAAGGGGGAGAGGAGGGGAA
GGAAAGAGGGGGGCGCCGCCCCCCCTCCTAGTCCAATTCGGACCAGAGGGAGAGGGGGCGCGCGGCCCAC
CCTGGCCGCCCCTCTCTCTTCCCACCAAGGCCCATGTGGCCCATTAACTCTCCCGGGGGGGTTCCGGTAA
CCCTCCGGCACTCCGGTTTTCTCCGAAATCACCCGGAACACTTCCGGTGTCCGAATATAGTCGTCCAATA
TATCAATCTTTATGTCTCGACCATTTCGAGACTCCTCGTCATGTCCGTGATCACATCCGGGACTCCGAAC
AAACTTCGGTACATCAAAACTTATAAACTCATAATAAAACTGTCATCGTAACGTTAAGCGTGCGGACCCT
ACGGGTTCGAGAACTATGTAGACATGACCTAGAACTATTCTCGGTCAATAACCAATAGCGGAACCTGGAT
GCTCATATTGGCTCCTACATATTCTACGAAGATCTTTATCGGTCAAACCGCATAACAACATACGTTGTTC
CCTTTGTCATCGGTATGTTACTTGCCCGAGATTCGATCGTCGGTATCCAATACCTAGTTCAATCTCGTTA
CCGGCAAGTCTCTTTACTCGTTACGTAATGCATCATTCCGTAACTAACTCATTAGCTACATTGCT
Especie obtenida por BLAST
El nombre de la especie a la cual corresponde la secuencia es Triticum aestivum clone
1539N9, el programa BLAST indica una concordancia del 95.32% entre la secuencia
molde y el genoma total (Figura 1) y está ubicada entre los nucleótidos 24 376 y 25 563
(Figura 2).

Figura 1. Especie obtenida mediante el programa BLAST a partir de la secuencia molde.

Figura 2. Ubicación de la secuencia en el genoma obtenido.

Condiciones usadas para escoger los primers

Figura 3. Condiciones usadas en el programa Prime3Plus para escoger los primers

Output de los primers obtenidos

Figura 4. Primer par de primers obtenido en Prime3Plus

Figura 5. Segundo par de primers obtenido en Prime3Plus

Figura 6. Tercer par de primers obtenido en Prime3Plus

 Figura 7. Cuarto par de primers obtenido en Prime3Plus

Figura 8. Quinto par de primers obtenido en Prime3Plus

Par de primers óptimo para la secuencia molde
De los 5 pares de primers obtenidos de la secuencia molde, el par de primers más óptimo
para ser usado fue el número 4 (Figura 7). El análisis correspondiente para su determinación
fue el siguiente: El cebador izquierdo y cebador derecho tienen una longitud igual a 20pb,
longitud óptima de un cebador; la temperatura del melting (Tm) entre los dos primers tiene
una variación de 0.1ºC; el porcentaje GC de ambos primers fue del 55% muy cercanos al
porcentaje óptimo que es del 50%; la tendencia para formar una horquilla (ANY) en los
dos primers fue de 0,0 y de manera análoga la tendencia para formar dímeros (END) fue
0,0. El extremo 3´ en ambos casos tuvo una terminación C la cual producirá una mayor
estabilidad debido a que su unión se da por 3 puentes de hidrógeno (Ayala, 2020).
Finalmente el producto de la PCR obtenido al usar los 2 primers fue de 594bp.

Left Primer:

TTGTGTGTCTATGGGGTGCC

Right Primer:
TATGAGCATCCAGGTTCCGC

Figura 9. Ubicación de los primers del cuarto par

Bibliografía

Ayala, L. (2020). PCR Reacción en Cadena de la Polimerasa. Sangolqui: ESPE.