De acuerdo a la historia la domesticación del cacao se habría producido en

América del Sur y luego se extendió a América Central y México, realizado

por los nativos americanos por medio del comercio.

Se descubrió que el cacao presenta una alta variabilidad genética de ~ 5

SNP por kilobase por individuo adicionalmente a esto en la fig. 2. muestran
que hay una representación excesiva de material genético de ascendencia
Amelonado, Criollo y Nacional en la mayoría de los individuos mezclados.

Este análisis también muestra que Criollo está más estrechamente

relacionado con Curaray, lo que sugiere que el origen del cacao
domesticado fue un subconjunto del antiguo germoplasma Curaray. El
hecho de que las poblaciones de cacao hayan disminuido históricamente es
consistente con estudios recientes que han analizado el estado de
conservación de más de 15,000 especies de árboles amazónicos,
prediciendo que T. cacao podría sufrir una disminución adicional del 50%
de la población en el futuro cercano

Cabe recalcar que los análisis también muestran que los patrones de
desequilibrio de ligamiento (LD) son consistentes con la demografía
observada, con poblaciones de Criollo que muestran un LD más alto en
tramos más largos del genoma; El resultado más interesante deriva de la
identificación de genes que codifican lacasa 14. Las lacasas se asocian
normalmente con el proceso de lignificación, pero recientemente se ha
demostrado que las lacasas también están involucradas en el metabolismo
de los polifenoles

En lo que va del tiempo las poblaciones de cacao han ido disminuyendo y

como consecuencia la reducción del tamaño de la misma pero no hay
pérdida de calidad y capacidad para preparar chocolate a partir de sus
granos