UN FUTURO BRILLANTE PARA LOS ANTIBIOTICOS?
Este artículo aborda un problema importante de la medicina
¿Un futuro brillante para los antibióticos?
Donna Matzov, Anat Bashan y Ada Yonath
Departamento de Biología Estructural, Instituto Weizmann de
Ciencia, Rehovot 76100, Israel; Correo electrónico:
matzov.donna@weizmann.ac.il,
anat.bashan@weizmann.ac.il, ada.yonath@weizmann.ac.il
Annu. Rev. Biochem. 2017. 86: 567-83
La revisión anual de la bioquímica está en línea en
biochem.annualreviews.org
Https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-061516-044617
Copyright 2017 por revisiones anuales.
Palabras claves
Resistencia a antibióticos, nuevos objetivos de antibióticos,
sitios de unión a antibióticos específicos de especies,
sofisticada tecnología antisentido, sitios expuestos en la
periferia de ribosomas, dominio medio de CTC
Abstracto
La resistencia a múltiples fármacos es una amenaza mundial
ya que los fármacos antibióticos potentes clínicamente
disponibles se están volviendo extremadamente escasos. Por
ejemplo, el aumento de la resistencia a los fármacos entre las
bacterias gram-positivas es responsable de aproximadamente
un tercio de las infecciones nosocomiales. Como los
ribosomas son un objetivo principal para estos fármacos,
pueden servir como objetos adecuados para el desarrollo
novedoso de antibióticos de próxima generación.
Las estructuras tridimensionales de las partículas ribosómicas
de Staphylococcus aureus obtenidas por cristalografía de
rayos X han arrojado luz sobre los detalles finos de los sitios
de unión a fármacos y han revelado motivos estructurales
únicos específicos para esta cepa patogénica que pueden
usarse para el diseño de nuevos patógenos degradables,
Específicos, y por lo tanto, fármacos respetuosos con el
medio ambiente.
Contenido
1. NOTAS HISTORICAS. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 568
2. INTRODUCCIÓN: ESTUDIOS ESTRUCTURALES PIONEROS
SOBRE ANTIBIÓTICOS RIBOSÓMICOS ACTUALES............... 569
3. ESTUDIOS RECIENTES ENFOQUE EN RIBOSOMOS DE
PATÓGENOS. . . 572
3.1. Aumentar la Potencia de los Antibióticos Existentes. 572
3.2. Mejor Discriminación y Especificidad. . . . . . . . . . .... 572
3.3. Alteraciones significativas en el núcleo y enlazar las
extensiones de bolsillo que se benefician de varios sitios
vinculantes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573
3.4. Novel Sitios de Enlace Potenciales. . . . . . . . . . . . . . . . 573
3.5. CTC, una proteína multidominio que contiene un dominio
típico de muchas bacterias patógenas…… . . . . . . 575
4. CONCLUSIONES Y PENSAMIENTOS SOBRE EL FUTURO... 577
1. NOTAS HISTÓRICAS
inmoderna: resistencia de patógenos a antibióticos.
Se centra en cómo los antibióticos paralizan los ribosomas,
las partículas celulares multicomponentes universales que
traducen el código genético en proteínas. Se destacan las
sugerencias convencionales y no convencionales que pueden
aliviar, hasta cierto punto, la actual situación problemática
médica y muestra cómo podemos beneficiarnos de la gran
cantidad de información estructural disponible. En particular,
la comprensión de los mecanismos de resistencia a los
antibióticos ni siquiera se podía soñar cuando un proyecto
encaminado a la determinación de la estructura atómica de
los ribosomas se inició durante las dos últimas semanas de
noviembre de 1979.
El camino hacia la increíble situación actual estaba lejos de
ser trivial o fácil.
El primer obstáculo fue la cristalización de los ribosomas
intactos, que se consideró formidable debido a los fracasos
repetidos de numerosos intentos realizados en todo el
mundo por científicos destacados. En ese momento, un joven
científico bastante inexperto, Ada Yonath, presumió que la
principal razón de las dificultades extremas en la
cristalización ribosómica era su rápido deterioro, además de
las razones triviales mencionadas en todo el mundo, a saber,
la complejidad, tamaño enorme, movilidad y funcionalidad
Flexibilidad de los ribosomas. Se inspiró en el hallazgo de que
las preparaciones ribosómicas eran regularmente sólo
parcialmente funcionales en la biosíntesis de proteínas, lo
que indica poblaciones no homogéneas, que obviamente no
son adecuadas para la producción de cristales, a saber, la
organización periódica de objetos idénticos.
El hallazgo de que los ribosomas en las células de los osos
durmientes en invierno se empaquetan periódicamente en
monocapas en el lado interno de las membranas celulares
(1) la inspiraron y desencadenaron la suposición de que los
ribosomas tienden a empaquetar fuertemente bajo
condiciones estresantes para mantener piscinas de
ribosomas activos durante el período post-estresante, la
primavera. En consecuencia, inició sus intentos de
cristalización utilizando ribosomas de bacterias que viven en
condiciones extremas, como las bacterias del Mar Muerto,
Haloarcula marismortui, que existen a altas temperaturas y
altas concentraciones de sal;
Thermus thermophilus y Bacillus stearothermophilus
(2), que viven a temperaturas elevadas; Así como el último
sobreviviente, Deinococcus radiodurans, que resiste
temperaturas cálidas y frías y sobrevive al hambre, al polvo
ya la irradiación.
A pesar del creciente escepticismo de la mayor parte de la
comunidad científica y del lento progreso de sus estudios,
siguió impulsando este proyecto mientras observaba un
progreso mínimo aunque continuo, lo cual era difícil de
explicar ya que a menudo desarrollaba metodologías
científicas no convencionales. En consecuencia, se requerían
casi dos décadas para alcanzar la meta: la determinación de
la estructura de alta resolución del ribosoma. Entre los
avances metodológicos introducidos por su grupo se
encuentra la biocristalografía cryo
(3). Este método minimiza el daño de radiación de los
cristales ribosómicos, que son extremadamente sensibles a la
irradiación X, y por lo tanto se convirtió en rutina en la
cristalografía biológica en todo el mundo en pocos meses.
También visualizó el túnel de salida de la proteína naciente
(4), una característica que siguió siendo polémica hasta que
fue redescubierta casi una década más tarde por microscopía
cronoelectrónica de baja resolución (cryo-EM) e identificada
en las estructuras cristalinas de alta resolución.
Se necesitaron 15 años para probar la viabilidad de la
cristalografía ribosómica. Luego, unos cuantos grupos
científicos se unieron a su vagón al repetir sus
procedimientos e incluso usar las mismas fuentes
ribosómicas que ella identificó.
Por lo tanto, ella ya no era la única "loca" o "soñadora", y
parte de su credibilidad fue restaurada. En consecuencia, y
con el progreso del cryo-EM de una sola partícula de alta
resolución, recientemente se han determinado más de dos
docenas de estructuras del ribosoma. Así, los estudios
anteriormente ridiculizados, dirigidos por un científico "sin
árboles" (5),
Se convirtió en el centro de la investigación activa, fascinante
y relevante. Irónicamente, debido a la dramática mejora del
cryo-EM tridimensional (3D) de una sola partícula, que ahora
se puede realizar a alta resolución, la biología estructural está
experimentando una revolución técnica y conceptual.
Por lo tanto, se pueden obtener estructuras detalladas, que
muestran cadenas laterales de proteínas y bases de ácido
nucleico, así como sus metilaciones, incluso a partir de
ribosomas eucarióticos (6) en un periodo de tiempo
relativamente corto, debido a que no se necesitan cristales.
De hecho, los ribosomas se convirtieron en el objeto de
elección para este método, ya que su tamaño y densidad son
ideales para la detección por crio-EM, y su estructura general,
que se ha determinado cristalograficamente, se está
utilizando como modelo de partida. En consecuencia, en su
propia historia como bióloga estructural ha pasado por una
transformación importante: desde desafiar los objetos más
difíciles, hasta investigar las entidades más adecuadas.
A lo largo de su carrera colaboró intensamente con el
Instituto Max Planck de MolecularGenetics en Berlín y dirigió
dos grupos de investigación con maravillosos jóvenes
investigadores y estudiantes en dos lugares: el Instituto
Weizmann de Ciencias en Rehovot, Israel y la Unidad de
Investigación Max Planck en el DeutschesElektronen-
Synchrotron DESY) inHamburg, Alemania. El primer
estudiante alemán, el Dr. Klaus von Bohlen, perdió la vida en
un accidente. El primer estudiante israelí, el Dr. Anat Bashan,
Quien actualmente es el científico principal del Grupo de
Ribosomas en el Instituto Weizmann, y la Sra. Donna Matzov,
uno de los estudiantes israelíes más recientes, son coautores
de este artículo.
2. INTRODUCCIÓN: ESTUDIOS ESTRUCTURALES PIONEROS
SOBRE ANTIBIÓTICOS RIBOSÓMICOS ACTUALES
La aparición cada vez mayor de cepas multirresistentes, junto
con el número mínimo (en realidad insignificante) de nuevos
fármacos antibióticos que están actualmente en desarrollo
y / o ensayos clínicos, se está convirtiendo en una colosal
amenaza para la salud. Por lo tanto, parece que pronto
volveremos a la era pre-antibiótica, durante la cual las
enfermedades causadas por parásitos o por simples e
infecciones severas (tales como tuberculosis, neumonía,
heridas, etc.) eran casi intratables y daban lugar a frecuentes
Muertes.
Los ribosomas son ribonucleoproteínas complejas que
traducen el código genético en proteínas en todas las células
vivas. Comprenden dos subunidades estructuralmente
independientes de tamaños desiguales. Cuando son
funcionales, las dos subunidades se asocian para formar el
ribosoma activo, en el que la pequeña subunidad se une a los
ARN mensajeros (ARNm) y proporciona tres sitios para la
decodificación mediante la asociación de los anticodones del
aminoacil, peptidilo y ARN transferente (A-ARNt, P-tRNA, y E-
tRNA). La subunidad grande contiene el sitio catalítico
ribosomal, a saber, la peptidil transferasa
Centro (PTC), que cataliza la formación de enlaces peptídicos
entre el aminoácido del A-tRNA y la proteína en crecimiento
sobre el ARN-P, actuando de este modo como una
polimerasa. Las proteínas nacientes avanzan a través de un
túnel en la subunidad grande hasta salir del Ribosoma (Figura
1).
Figura 1
La estructura de un ribosoma bacteriano.
Las subunidades pequeñas y grandes se muestran en amarillo
claro y rosa claro, respectivamente. Se representan varios
sitios funcionales (PTC, túnel, región de decodificación) así
como las posiciones de las tres moléculas de ARN de
transferencia. Abreviaturas: A - ARNt, ARN de transferencia
de aminoacilo; E-ARNt, saliendo del ARN de transferencia;
LSU, subunidad grande; MRNA, ARN mensajero; PTC, centro
de peptidil transferasa; P - tRNA, ARN de transferencia de
peptidilo; SSU, subunidad pequeña.
Dieciséis años de cada vez más disponibles estructuras de
alta resolución de las partículas ribosómicas de diversas
fuentes, incluyendo procariotas, arqueas y eucariotas, han
revolucionado nuestros conocimientos en la traducción y su
inhibición. Además, debido a su papel clave en la vida, los
ribosomas son blanco de muchos fármacos antimicrobianos.
Las estructuras cristalinas de alta resolución de los
ribosomas, procedentes de bacterias adecuadas para servir
como modelos de patógenos en complejo con antibióticos y
sus derivados semisintéticos, proporcionan inigualables
conocimientos sobre las propiedades comunes de la acción
antibiótica (6, 7-51).
Así, se han identificado casi todos los elementos estructurales
implicados en la fijación de antibióticos y de los mecanismos
subyacentes a la acción inhibidora de los agentes
terapéuticos antimicrobianos.
En la actualidad, casi todos los antibióticos ribosómicos
clínicamente útiles derivan de compuestos naturales
producidos por microorganismos para inhibir el crecimiento
de otros tipos de bacterias, defendiéndose por sí mismos.
Muchos de estos antibióticos naturales que se demostró que
eran médicamente útiles han sufrido subsiguientes
modificaciones químicas para mejorar su eficacia. Además de
las sustancias naturales y semisintéticas, actualmente se
utilizan algunas drogas sintéticas.
Entre estos
Son el linezolid de oxazolidinona y varias variantes de
aminoglucósidos selectivos capaces de "fijar" genes dañados
durante el proceso de traducción y por lo tanto pueden
proporcionar una herramienta general para el tratamiento de
enfermedades genéticas causadas por mutaciones sin sentido
(52, 53) así como inhibir la biosíntesis de proteínas en
parásitos Tales como Leishmania spp. (6, 54).
La resistencia a los antibióticos es un proceso básico para la
supervivencia de muchos microorganismos,
independientemente de su exposición al tratamiento clínico
moderno y / oa la nutrición (55-59). La resistencia es
generalmente adquirida por mecanismos moleculares,
algunos de los cuales, como la activación de bombas de eflujo
celular, son comunes a casi todos los antibióticos (60).
Además, en algunos casos, como los antibióticos ribosómicos,
las bacterias desarrollaron vías moleculares específicas que
causan resistencia. Los procesos prominentes que adquieren
resistencia incluyen modificaciones de los bolsillos de unión a
antibióticos por mutaciones (por ejemplo, resistencia a
macrólidos por modificación de un componente crucial para
su unión, A2058G). Otro
Los mecanismos de uso frecuente incluyen la activación de
procesos enzimáticos clave (por ejemplo, metilación de los
componentes de unión de macrólidos y aminoglucósidos por
metilasas); Inactivación enzimática del fármaco, tal como la
molécula de macrólido por esterasas (61); Eliminación del
fármaco antibiótico de su objetivo (es decir, resistencia a la
tetraciclina alterando las proteínas de protección ribosómica)
Y modificación de proteínas ribosómicas esenciales para la
funcionalidad ribosómica en el PTC
Y la entrada en el túnel, como rpL3, que está asociada con
resistencia a linezolid, tiamulina y anisomicina (66, 67), o
interrupción de las interacciones entre proteínas que
desempeñan un papel clave en la biosíntesis de proteínas.
La resistencia cruzada se produce cuando cada uno de un
grupo químicamente heterogéneo de antibióticos (por
ejemplo, macrólidos, lincosamidas, estreptograminas B y
cetólidos, denominado MLSBK) que se unen a ribosomas en
estrecha proximidad disparan resistencia a todos los demás
miembros del grupo. Es importante destacar que en varios
casos mecanismos de resistencia están involucrados en la
regulación celular, como la detención de la traducción, que
puede ser activada por la activación de los genes de
resistencia a los antibióticos (69). Además, las alteraciones en
las localizaciones de los componentes ribosómicos pueden
causar resistencia mediante la remodelación de bolsas de
unión a antibióticos o sus entornos (por ejemplo, 69 - 72). Es
importante destacar que el enlace macrólido parece estar
involucrado en procesos celulares. Por lo tanto, el bloqueo
por péptidos nacientes específicos, un mecanismo celular
utilizado para la regulación de la expresión de varios genes
bacterianos y eucariotas, es sensible a las señales conectadas
con la unión a macrólidos (73-83).
Staphylococcus aureus posee la capacidad de responder
rápidamente a muchos antibióticos mediante la adquisición
de resistencia. Las adiciones recientes a la larga lista de sus
mutantes resistentes se han descrito en varios artículos de
revisión (84-86). La cepa de S. aureus resistente a la
meticilina (MRSA) se considera una de las bacterias más
comunes y problemáticas asociadas con el aumento de la
resistencia a los antimicrobianos.
En consecuencia, se requieren esfuerzos continuos para
descubrir los compuestos de plomo para la terapia
antiestafilocócica (87). Entre estos esfuerzos se encuentran
los intentos de crear bibliotecas de fármacos potenciales
mediante la explotación de nichos microbianos
subexplorados o el diseño de sondas químicas para mejorar
los andamios moleculares conocidos. Por lo tanto, la mayoría
de los antibióticos utilizados clínicamente provienen de un
pequeño conjunto de andamios moleculares (88-99).
También se están haciendo extensos esfuerzos para el
desarrollo de sistemas prácticos para la producción de
nuevos antibióticos. Un ejemplo interesante es la plataforma
totalmente sintética para el descubrimiento y fabricación de
nuevos antibióticos macrólidos por el ensamblaje
convergente de simples bloques de construcción química,
que ya ha producido más de 300 nuevos antibióticos
macrólidos candidatos, algunos de los cuales mostraron
actividad antibiótica incluso en cepas resistentes a
Macrólidos de uso común (90). Del mismo modo, se están
realizando amplios esfuerzos para establecer herramientas
genéticas moleculares para la manipulación de vías
biosintéticas que se espera produzcan métodos punteros
conocidos para comprender y manipular sitios de unión a
antibióticos (91-92) y para explotar segmentos diferentes,
tales como Como policétidos en conjugados con péptidos
(por ejemplo, bactobolina) (49).
Un problema medioambiental crucial, ligado a la resistencia a
los antibióticos, es el resultado de la naturaleza química de
los andamios moleculares de la mayoría de los antibióticos
ribosómicos, compuestos por metabolitos orgánicos que no
pueden ser digeridos por seres humanos o animales. Estos
compuestos no tóxicos, no digeribles, son también no
biodegradables y por lo tanto contaminan el medio ambiente
(93). Además, penetrando en sistemas de riego agrícola (por
ejemplo, leche a través de las vacas que comen la hierba),
estos compuestos son cada vez más consumidos por los seres
humanos y por lo tanto propagación de la resistencia a los
antibióticos (94).
Como la mayoría de los estudios sobre fármacos
antimicrobianos ribosómicos (por ejemplo, macrólidos,
cetólidos, pleuoromutilinas, estreptograminas, lincosamidas,
aminoglucósidos, ortosomicinas, etc.) y la resistencia a ellos
han sido descritos críticamente en varias revisiones generales
recientes (84, 89, 103), en este artículo nos referimos
principalmente a la especificidad de especies en la
susceptibilidad a los fármacos antimicrobianos de bacterias
multirresistentes junto con parásitos viciosos. Elaboramos
directrices que podrían ser adecuadas para el diseño y la
creación de futuros fármacos antimicrobianos con una mejor
distinción entre patógenos y especies bacterianas útiles en el
microbioma, aspectos ecológicos de la resistencia a los
antibióticos y los pros y contras de los fármacos específicos
de cada especie. También subrayamos nuestras opiniones
sobre los métodos experimentales futuros que deberían ser
adecuados para la explotación futura.
3. ESTUDIOS RECIENTES ENFOQUE EN RIBOSOMOS DE
PATÓGENOS
Las interpretaciones cuidadas de las estructuras de los
complejos discutidos anteriormente junto con las estructuras
de ribosomas recientemente determinadas de bacterias
patógenas y los estudios estructurales en curso sobre
ribosomas de cepas resistentes han llevado a una
comprensión más profunda de los principales problemas en
la medicina contemporánea.
Así, las estructuras de alta resolución de los ribosomas
arrojan luz sobre sus elementos estructurales específicos y
sobre los mecanismos subyacentes a la acción de los agentes
terapéuticos antimicrobianos que los paralizan.
Los últimos años han sido muy fructíferos en términos de
investigación sobre la estructura y función de los ribosomas,
así como sobre sus inhibidores.
Sin embargo, mucho menos se hizo en términos de la
fabricación de nuevos fármacos antibióticos clínicamente
útiles. Aquí describimos algunos de los estudios actuales, sus
resultados,
Y las lecciones aprendidas de las estructuras cristalinas de la
gran subunidad ribosómica del patógeno problemático S.
aureus y sus complejos con diversos antibióticos.
3.1. Aumentar la Potencia de los Antibióticos Existentes
Las pleuoromutilinas, una familia de antibióticos que se unen
al PTC, incluyen varios compuestos potentes, entre ellos la
retapamulina, que se desarrolló para el tratamiento de
infecciones de la piel y demuestra actividad contra los
aislados clínicos Streptococcus pyogenes, Streptococcus
agalactiae, estreptococos β- hemolíticos, estreptococos
viridans, S. aureus, estafilococos coagulasa negativos
(incluyendo Staphylococcus epidermidis), Propionibacterium
spp. (Incluyendo Propionibacterium acnes), Prevotella spp.,
Porphyromonas spp., Y Fusobacterium spp. (104). Nuevas
moléculas de plomo más potentes, pertenecientes a una
serie de pleuoromutilinas, han sido producidas
recientemente por Nabriva Therapeutics (47).
Estudios estructurales han demostrado que el aumento de la
potencia antibiótica de BC-3205 en un factor de 16 se logró
mediante la adición de un único enlace de hidrógeno a las
interacciones entre las pleooromutilinas con el PTC (47, 104).
Además, estudios cristalográficos y bioquímicos recientes
indicaron que un diseño químico más sofisticado produjo un
fármaco antibiótico potencial con una potencia aún mayor
(105).
3.2. Mejor Discriminación y Especificidad
La comparación entre las estructuras de los complejos de
eritromicina con la gran subunidad ribosómica de las
bacterias no patógenas D. radiodurans y T. thermophilus y las
de los patógenos Escherichia coli y S. aureus indicó
claramente disponible espacio libre adyacente a varios sitios
de unión a los antibióticos. Entre ellos se encuentra un
espacio razonable en los bordes de los receptáculos de unión
a eritromicina de ambas bacterias patógenas, debido a la
longitud de la cadena de proteína rpL32 del S. ribosoma de S.
aureus y E. coli (más corta comparada con su longitud en los
otros ribosomas ) (47, 103).
Esta disposición especial proporciona espacio para extender
la eritromicina de una manera que debería permitir la unión
específica a las especies patógenas estudiadas hasta ahora, a
saber S. aureus y E. coli, y no a muchos no patógenos,
representados por D. radiodurans y T. thermophilus. 2).

Figura 2
Eritromicina (rojo oscuro) el bolsillo de unión y su
proximidad.
La proteína uL32 es más corta en los patógenos
Staphylococcus aureus (naranja) y Escherichia coli (púrpura)
en comparación con su longitud en los ribosomas de las
bacterias no patógenas Deinococcus radiodurans (verde) y
Thermus thermophilus (teal). Por lo tanto, una región
adicional está disponible para el diseño de extensión sólo en
los ribosomas de patógenos.
Rosa claro cubre el espacio total para el futuro diseño de la
eritromicina extendida. La figura 2 se modificó a partir de la
referencia 47.
3.3. Alteraciones significativas en el núcleo y enlazar las
extensiones de bolsillo
Desde varios sitios de encuadernación
Los hallazgos descritos anteriormente alentaron a revisar
estudios previos sobre la unión de tetraciclina a la pequeña
subunidad ribosomal que reveló seis sitios de unión (Figura 3)
de varias ocupaciones (14).
Entre ellos, la interferencia real de la biosíntesis de proteínas
podría asignarse a sólo dos sitios con las ocupaciones más
altas (es decir, la unión más fuerte). Uno de estos sitios se
encuentra en las proximidades del centro de decodificación, y
el segundo se encuentra en una ubicación estratégica para la
movilidad necesaria para la funcionalidad ribosómica.
Los otros sitios parecen estar algo alejados de cualquier
centro ribosómico de acción, pero en posiciones que en
principio pueden estar químicamente conectados a los sitios
funcionales ribosómicos mientras aumentan su fuerza de
unión. Como se dispone de información estructural precisa, la
naturaleza química de las extensiones, así como las
alteraciones de los núcleos de tetraciclina necesarias para
aumentar sus fuerzas de unión, también pueden optimizarse
en términos de toxicidad y degradabilidad, beneficiándose de
consideraciones similares a las mostradas Adecuado para los
sitios noveles periféricos
(vea abajo). Se debe mencionar que también se observaron
recientemente múltiples sitios de unión en otros sistemas.
Un ejemplo apropiado es la actividad antibacteriana de
amplio espectro de la negamicina
Que interfiere con la descodificación y la translocación por la
interacción simultánea con ARN ribosomal (rRNA) y ARN de
transferencia (ARNt) (44, 45).
3.4. Nuevos Sitios de Vinculación Potenciales
Se han identificado posibles sitios de unión a antibióticos, de
naturaleza diversa. Algunos de ellos son comunes a las
eubacterias, otros parecen ser específicos de la especie.
Muchos se encuentran en la periferia, mientras que unos
pocos están en el núcleo ribosómico.
Los sitios de unión y los modos de acción de la mayoría de los
antibióticos conocidos son comunes a todas las eubacterias,
incluyendo aquellas que comprenden el microbioma (106).
Por lo tanto, una consecuencia no intencional del uso de los
antibióticos de amplio espectro actualmente preferidos es la
alteración de la delicada composición del microbioma, que
puede causar varios síntomas o enfermedades, tales como
casos de diabéticos vinculados al uso de antibióticos.
Además, es concebible que la capacidad de respuesta a los
Las diferencias en la acción del fármaco deben minimizar las
alteraciones no controladas del microbioma. De hecho,
comparaciones cuidadas entre las estructuras de los
ribosomas del patógeno genuino, S. aureus (47) y de especies
no patógenas, identificaron motivos estructurales únicos que
pueden explotarse para el diseño de antibióticos innovadores
específicos de especies (47).
Se detectaron diferencias considerables entre las estructuras
3D de los ribosomas de las bacterias no patógenas y las de S.
aureus.
Estas diferencias se encuentran principalmente, pero no
exclusivamente, dentro de la periferia de la partícula, en
particular en los lazos de vástago de hélices rRNA (Figura 4].
Algunos de estos
Características parecen estar involucrados en diversas
interacciones ribosómicas con diversos componentes
celulares.
Por lo tanto, estas hélices de ARNr extendidas y expuestas
pueden, en principio, ser explotadas para el diseño de
antibióticos potentes específicos de la especie.
De hecho, las características de rRNA expuestas a la
superficie que parecen estar implicadas en funciones
ribosómicas también se han identificado en un sistema
modelo, a saber, el ribosoma de D. radiodurans (107). La
mayoría de estas regiones contienen hélices simples no
desparejadas o bucles de tallo, una característica que debe
ser explotada para unir a posibles donantes que emparejan
bases por tecnología antisentido. Los estudios preliminares
mostraron que la función ribosómica puede verse
obstaculizada in vitro mediante la unión de compuestos tales
como ADN complementario a las regiones de rRNA
expuestas. Así, la orientación in vitro de 16 entre los 25
expuestos rRNA regiones dificultaron la biosíntesis de
proteínas.
Figura 3
Las seis bolsas de unión a la tetraciclina en la pequeña
subunidad de Thermus thermophilus (17). El sitio principal,
en el centro de decodificación (al que hay resistencia), se
muestra en azul. Los sitios 4 y 6, que son distales al sitio
activo principal (14), pueden extenderse en principio hacia el
centro de decodificación, utilizando canales dentro de la
región cubierta de azul claro, aproximadamente a lo largo de
las flechas negras.
En particular, se utilizaron oligonucleótidos como inhibidores
ribosómicos y como herramientas para estudios estructurales
y funcionales, incluso antes de que se determinaran las
estructuras 3D de los ribosomas. Se usaron oligonucleótidos
de ADN cortos como ADN antisentido in vitro para investigar
la accesibilidad del ARNr (108) y localizar regiones
funcionales específicas (109). Además, se usaron conjugados
de ácido nucleico de péptido antisentido (PNA) para la
sensibilización de MRSA y Staphylococcus pseudintermedius
resistente a la meticilina,
Lo que indica que incluso las especies de resistencia a
antibióticos pueden ser atacadas por agentes antisentido
(110).
Los oligonucleótidos que se usaron como inhibidores pueden
servir potencialmente como bases para futuros fármacos
antibacterianos solos y en conjunción con otros
componentes, tales como el análogo de ADN PNA,
aminoácidos o péptidos cortos. Los ejemplos son los que se
usaron recientemente para dirigirse a Helix 69 (111), los
primeros 16 residuos del péptido antimicrobiano rico en
prolina Bac7 (112), los antibióticos de péptido de tiazolilo
(113) y los péptidos pequeños que se demostró que inhibían
la traducción en procariotas (75, 114).
Figura 4
Parte de la columna vertebral de la gran subunidad ribosomal
de Staphylococcus aureus (gris). Las regiones de ARN
ribosómico con variabilidad de pliegues comparados con
todas las otras estructuras conocidas en la superficie de la
subunidad grande se muestran en diferentes colores.
La media luz verde adyacente a la hélice H68 en S. aureus
(mostrada en naranja) simboliza una posible ubicación para la
tecnología antisentido.
En resumen, algunas de las cadenas de ARNr expuestas y las
regiones de bucle de proteínas específicas de especies (47)
pueden convertirse en sitios de unión a una nueva
generación de antibióticos, construidos de sofisticados
compuestos antisentido diseñados a partir de moléculas que
contienen diversas combinaciones de moléculas orgánicas, ,
PNA, péptidos cortos, cadena alifática, etc. Estos pueden
optimizarse en términos de sus propiedades químicas,
longitud, toxicidad y degradabilidad; Por lo tanto, deben
causar muy poca contaminación ecológica o ambiental, lo
que contribuye al aumento de la resistencia a los antibióticos.
3.5. CTC, una proteína multidominio que contiene un dominio
típico de muchos
Bacteria patogénica
La avilamicina (avi) y la evernimicina (evn), de la familia de las
ortosomicinas, fueron descubiertas en los años sesenta y son
activas contra bacterias gram-positivas, incluyendo
enterococos resistentes a la vancomicina, MRSA y
neumococos resistentes a la penicilina (115, 116). Ambos
fueron mostrados por métodos bioquímicos para unirse a un
sitio único en la subunidad grande y para afectar la
traducción (117, 118).
Dos estudios estructurales recientes arrojan más luz sobre su
mecanismo de acción inhibitoria. Uno de ellos se realizó
mediante crio-EM 3D utilizando dos complejos de ribosoma
de E. coli con uno de ellos (119), lo que indicaba que se unía a
la subunidad ribosómica grande en la entrada del corredor
tRNA del sitio A.
El segundo (50) se realizó por cristalografía de rayos X con
una resolución algo mayor y mostró una ubicación de unión
similar en detalles más altos, revelando así una red de
interacciones cruciales adicionales con un componente
ribosómico, a saber, el dominio CTCmiddle. Este dominio es
un componente principal en muchas bacterias patógenas
gram-positivas [por ejemplo, S. aureus (47), Enterococcus
faecium (120), Enterococcus faecalis (121) y Streptococcus
pneumoniae (122)] pero no existe en E. coli.
Figura 5
Avilamicina (avi) y evernimicina (evn) sitios de unión a la 50S
subunidad ribosomal de Deinococcus radiodurans y sus
interacciones con la proteína CTC.
(A) Las estructuras de dominio de los tres dominios de CTC y
sus sitios de unión se muestran a la entrada del corredor de
alojamiento de ARN de transferencia de sitio A (ARNt).
(B) Se muestra la estructura tridimensional detallada del
ambiente de CTC.
(C) Una vista ampliada que muestra las interacciones reales
de avi (rojo) y evn (verde) con CTC dominio 2.
La proteína CTC es de particular interés debido a sus diversas
versiones moleculares (véase más adelante y en la figura 5) y
porque llena un espacio entre la protuberancia central (CP) y
el tallo uL1, que está situado adyacente al corredor de
entrada de tRNA del sitio A (12, 123).
Las composiciones moleculares de la proteína CTC
(denominada después de una proteína de choque general),
como en D. radiodurans, presentan una adaptación evolutiva
a las condiciones ambientales. En su versión de tamaño
completo, 253 aminoácidos, que comprende tres dominios
globulares (12) (Figura 5]. El dominio C-terminal (también
conocido como dominio 1) es homólogo a la proteína L25 en
E. coli, a saber, la proteína 5S de unión a rRNA.Dominios
1 + 2 (es decir, el C-terminal + los dominios medios) son
homólogos a la proteína TL5 en el T.
Termófilo ribosoma (124). El dominio 3 (el dominio N-
terminal) está ligado al dominio medio (dominio 2) por una
sola hebra, presumiblemente facilitando la flexibilidad
extrema (inusual) en su posición dentro del ribosoma, como
lo indica la menor calidad de su mapa de densidad
electrónica .
Esta flexibilidad le permite salirse del ribosoma al unirse el
ARNt de sitio A (17) o de los antibióticos ortosomicinas que
ocupan su espacio.
Por lo tanto, la orientación relativa de los dominios N-
terminal y CTC medio difiere de la determinada para los dos
dominios de TL5 aisladamente.
El tercer dominio de CTC, el dominio C-terminal, tiene cierta
semejanza con el motivo estructural visto en algunas
proteínas ribosómicas.
El dominio 1 de CTC se localiza en el lado del disolvente, en el
borde de la subunidad ribosómica grande, y por lo tanto
puede proteger el puente intersubunitario B1a.
El dominio central llena el espacio entre el ARNr 5S y el brazo
uL11 e interactúa con H38, la hélice que forma el puente
intersubunitario B1a.
Estas interacciones y el envoltorio parcial de la subunidad CP
grande es probable que proporcione la estabilidad adicional
que patógenos, así como termopiles, requieren para
funcionar bien a temperaturas más altas (Figura 5].
La flexibilidad inherente del dominio 3 puede indicar que
sirve como un regulador del sitio A y también influye algo en
la progresión del ARNm. Sus interacciones con
El A-dedo (corredor tRNA sitio-A), su capacidad para
manipular la unión de la
A-sitio tRNA corredor, y la mayor estabilidad de la CP parecen
proporcionar un
Mecanismo para la supervivencia bajo condiciones
extremadamente estresantes, incluyendo hambre o recursos
mínimos (123).
El dominio medio, que frecuentemente existe en patógenos y
otras bacterias gram positivas, pero no en eubacterias
comunes, está interactuando ampliamente con antibióticos
de la familia de ortosomicinas, a saber avi y evn, que
bloquean el corredor de unión a tRNA del sitio A e impiden la
IF2 de Unión a la subunidad ribosómica grande.
Las diversas interacciones únicas y patógenas específicas de
esta característica (es decir, con los puentes B1a, CP, IF2 y
sitios de unión a tRNA de sitio A) pueden proporcionar una
base para objetivos futuros para antibióticos específicos de
especies innovadores.
Por lo tanto, los motivos estructurales patógenos específicos
de la proteína CTCseem son potenciales sitios de unión a
antibióticos en varios patógenos.
4. CONCLUSIONES Y PENSAMIENTOS SOBRE EL FUTURO
Como puede deducirse de las observaciones anteriores, la
resistencia a los antibióticos, que en la actualidad es un
problema médico mundial grave, puede ser parcialmente
tratada por la implicación de nuevos conceptos, como los
compuestos biodegradables; Explorando caminos de
investigación no convencionales; Y buscando compuestos
(por ejemplo, antisentido avanzado) que pueden paralizar el
ribosoma uniéndose a sitios diana ribosómicos periféricos.
Entre las orientaciones que pueden dar lugar a nuevas
estrategias se encuentran: (a) centrarse en los antibióticos
específicos de especies (a pesar de las limitaciones
económicas de esta sugerencia de espectro estrecho) y (b)
beneficiarse de descubrimientos actualmente conocidos o
futuros de múltiples sitios de unión que deberían conducir a
la Creación de nuevos sitios relevantes por extensión química
de sitios de unión aparentemente insignificantes,
parcialmente ocupados.
Como no se han identificado actualmente genes que puedan
modificar las regiones únicas antes mencionadas, se espera
que la resistencia aparezca muy lentamente.
Los enfoques adicionales y menos convencionales, aunque
bastante prometedores, que pueden producir cierto alivio en
la escena de resistencia aparentemente sin esperanza, se
basan en la explotación de biofilms (125); Sobre los datos que
emergen de los estudios genómicos, como el genoma de
todo el perfil de ribosoma (126); En el análisis del genoma
completo de las mutaciones que conducen a la resistencia a
antibióticos específicos (127); Sobre la secuenciación de todo
el genoma en la búsqueda de indicaciones de evolución in
vivo de la resistencia a múltiples fármacos (128); Y en el
hallazgo de ribo-regulación abundante interrupción de
antibiótico-respuesta características que controlan los genes
de resistencia
En patógenos y en el microbioma (129).

DECLARACIÓN DE DIVULGACIÓN
Los autores no son conscientes de las afiliaciones,
afiliaciones, fondos o tenencias financieras que puedan
percibirse como afectando la objetividad de esta revisión.
EXPRESIONES DE GRATITUD
Damos las gracias a todos los miembros del grupo de
ribosomas en el Instituto Weizmann por su interés, las
discusiones y el desempeño experimental hábil,
específicamente la Dra. Maggie Kessler para el manejo
extenso de la literatura, Nabriva Therapoitics para el
suministro de S. aureus lyzates y los miembros del personal
en Beamlines ID23- 1 e ID23-2 del Centro Europeo de
Radiación Síncrotrón y el Centro de Biología Estructural de la
Fuente de Fotón Avanzada en Argonne National Laboratory
por su asistencia durante la recolección de datos. La
financiación fue proporcionada por el Consejo Europeo de
Investigación Genders 322581 (NOVRIB) y el Centro
Kimmelman de Asambleas Macromoleculares. SÍ. Sostiene el
Martin
S. y Helen Kimmel Profesora del Instituto Weizmann de
Ciencias.

http://www.annualreviews.org/errata/biochem