Fundamentos de bioquimica Hace aproximadamente unos quince © veinte mil millones de anos, el universo nacid de un cataclismo explosivo que esparcié particulas subaté micas extremadamente calientes y ricas en energia en todas las direcciones del espacio. En cuestion de segundos se formaron los elementos mas simples, como el hidrégeno y el helio. Al mismo tiempo que el universo se expandia y enfriaba, se condensaban las galaxias bajo la influencia de la gravedad. En el interior de estas galaxias se formaron estrellas enormes, ue més tarde explotaron en supernovas y liberaron la energia necesaria para producir elementos més complejos a partir de la fusién de los niicleos atémicos més simples. De este modo aparecieron, a lo largo de miles de millones de afios, Jos elementos quimicos que se encuentran en la tierra. La bioguimica se pregunta cOmo los miles de biomoléculas diferentes forma- ddas a partir de esios elementos interacidan entre si para dar lugar a las extraordinarias propiedades de los organismos vivos. En la Parte | resumiremos las bases quimicas y biologicas de la bioqui- ‘mica. Los organismos vivos se rigen por las mismas leyes fisicas que se aplican a todos los procesos naturales, por lo que empezaremos por discutir cuéles son estas leyes y algunos de los axiomas que de ellas se pueden derivar (Capitulo 1). Estos axiomas constituyen la logica molecular de la vida. Permiten definir de qué modo actian las células pata transfor- ‘mar energia en trabajo, catalizar las reacciones quimicas que las caracteri- zan, construir moléculas de gran complejidad a partir de subunidades mucho més simples. formar los complejos supramacromoleculares que constituyen la maquinatia de la vida, y almacenar y transferir las instruccio- nes que hagan posible la formacién de todas las generaciones futuras de organismos a partir de precursores simples e inanimados, Las células, unidades fundamentales de los organismos vivos, compar- ten ciertas caracteristicas; a pesar de ello, las células de organismos dife- rentes y los diversos tipos de células presentes en un mismo organismo difieren notablemente en estructura y funcién, En el Capitulo 2 se da una breve descripcién de las caracteristicas generales de las células y de su cespecializacion y se discuten los procesos evolutivos que dan lugar a tanta iversidad. Précticamente todos los compuestos organicos a partir de los que se construyen los organismos vivos son productos de la actividad biologica, Estas biomoléculas fueron seleccionadas a lo largo del proceso de evolu: ion biolégica en razén de su idoneidad para llevar a cabo funciones bioquimicas y celulates especificas. Las biomoléculas se caracterizan y deseriben con los mismos términos que se aplican a las moléeulas de la materia inanimada: tipos de enlaces interatomicos, factores que contrib yen a la formacion y fortaleza de los enlaces, estructura tridimensional de las moléculas y reactividad quimica. La estructura tridimensional es de especial importancia en bioguimica; la especifcidad de las interacciones PARTE Pagina anterior: La supernova SN 1987 (la “estrella” brilante siuada abaje ala derecha) resuké de la explosion de una estrella supergigante azul de Ja Gran Nube de Magallanes, una galaxia cercana a Ja Via Léctea. La energia desprendida por las explosiones nucleares en tales supernova caus6 la lusion de los nicleos atémicos simples, produciendo Jos elementos més complejos que forman la tera su atméstera y todos los seres vos.Parte Fundamentos de bloguis biol6gicas, como las que se producen entre enzima y sustrato, anticuerpo y antigeno o bien hormona y receptor son el resultado de una sofisticada complementariedad estérica entre moléculas. Entre las fuerzas que estabili zan la estructura tridimensional destacan las interacciones no covalentes, individualmente débiles, pero capaces de tener un efecto acumulado signi. ficativo sobre la estructura de las macromoléculas biolégicas. En el Capitu 10 3 se dan las bases para las discusiones futuras sobre estructura, catlisis y procesos de interconversién metabolica de clases individuales de biomolé. clas, El agua es el medio en el que aparecieron las primeras células y el isolvente en el que tiene lugar la mayor parte de transformaciones biogui- ‘micas. Las propiedades del agua han determinado el transcurso de la evolucién y ejercen una influencia decisiva sobre la estructura de las bbiomotécuias en disolucién acuosa. Las propiedades del agua como disol- vente afecian decisivamente a muchas de las interacciones débiles que se dan tanto en el interior de las biomoléculas como entre ellas. Incluso los ‘componentes celulares insolubles en agua, como los lipidos de membrana, interaccionan entre ellos de un modo impuesto por las propiedades polares del agua. En el Capitulo 4 veremos las propiedades del agua, las interaccio- hes deébiles no covalentes que se dan en disoluciones acuosas de biomolé- culas, y los procesos de ionizacion del agua y de las sustancias en ellas so- lubes, Estos capitulos iniciales pretenden proporcionar un telén de fondo {uimico para posteriores discusiones sobre estructuras y reacciones bioqui- micas, de modo que, sea cual sea la formacién quimica o biolégica del lector, pueda empezar inmediatamente a seguir la historia y deleitarse con ellaLa légica molecular de la vida La unidad quimica de los diferentes organismos vivos Los organismos vivos se componen de moléculas inanimadas. Cuando estas moléculas se afslan y examinan individualmente, cumplen todas las leyes fisicas y quimicas que describen el comportamiento de la materia inanima- da, No obstante, os organismos vivos poseen atributos extraordinarios que no se observan en ningtin conjunto de moléculas inanimadas. En este capitulo consideraremos en primer lugar aquellas propiedades de los orge- rismos vivos que los distinguen de otras agrupaciones de materia. Después de haber fijado una definicion general del concepto de vida, podremos escribir los principios que caracterizan a todos los organismos vivos. Estos principios se encuentran en la base de la organizacién de los organismos y de las células que los constituyen y representan el marco de referencia de este libro. Le ayudarin a mantener presentes los conceptos generales ‘mientras explora los ejemplos ilustrativos que se presentan en el texto. La materia viva posee diversas caracteristicas Qué es Io que distingue a los organismos vivos de los objetos inanimados? En principio, son estructuralmente complicados y altamente organizados. Poseen intrincadas estructuras internas (Fig. I-1a) y contienen muchos tipos de moléculas complejas. Ello contrasta con la materia inanimada de nuestro entorno ~arcilla, arena, rocas, agua del mar- que suele consistir en mezclas de compuestos quimicos relativamente simples, En segundo lugar, los organismos vivos extraen, transforman y usan cenergia de su entorno (Fig. 1-1b), generalmente en forma de nutrientes quimicos 0 como energia radiante de la luz Solar. Dicha energia permite a los organismos vivos construir y mantener sus propias complejas estructu- ras y realizar trabajo mecénico, quimico, osmético y de otras clases. En cambio, la materia inanimada no utiliza energia de un modo sistematico con objeto de mantener estructuras 0 realizar trabajo. La materia inanimada tiende a degradarse y a alcanzar un estado mas desordenado, a establecer tun equilibrio con su entorno, El tercer atributo de los organismos vivos, y el més caracteristico, es la capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse (Fig. 1-1c), una propiedad que puede considerarse la quintaesencia del estado vital. Una Gnica célula bacteriana, depositada en un medio nutritivo estéril, puede generar mil millones de células “hijas” idénticas en 24 horas. Cada una de estas células contiene miles de moléculas, algunas de ellas extremadamente complejas; no obstante, cada una de las células bacterianas es una copia fie! del original, y ha sido construida exclusivamente a partir de la informacion contenida en el material genético de la célula original. En contraste con CAPITULO © Figura 1-1 Algunas caracteristicas de la materia viva. (a) En esa fina secci6n de tejido muscular de vertebrado, vista por el mieroscopio electronico, se aprecia Su organizacion y complejidad mierose6pica. (b) El le6n utliza compuestos ‘orgdnicos oblenidos de otros animales como fuente ‘de energla, La cebra obtiene energia de compuestos presentes en la plantas; las planta, a su ver, la ‘obtienen de la luz solar. (€) La reproduccin biologica tiene lugar con fdelidad casi pertecta,4 Parte Fundamentos de bioguimica Erwin Schrodinger 1887-1961 1-2 Orgonismos vivos diferentes comparten caractersticas quimicas comunes. El gui, el roble, la bacteria del suelo y los seres humanos comparten las mismas unidades estrucurales bisicas (clues), los mismos tipos de macromoléculas (DNA, RNA, proteinas) compuestas por los mismos tipos de ‘Subunidades monomercas (nuclestidos, ‘aminoscidos), los mismos mecanismos de sintesis de los componentes celulares, el mismo eéigo genéiico y los mismos ancestros evolutvas ello, las mezelas de materia inanimada no presentan ninguna capacidad de desarrollarse y reproducirse en entidades idénticas en masa, forma y estruc- tura interna, generacion tras generacion. a capacidad de autorreplicacion no tiene parangén en el mundo inanimado, pero existe una analogia instructiva en el fenomeno del creci- miento de cristales en disoluciones saturadas, La cristaizacion multiplica material que, en su estructura de malla tridimensional, es idéntico al cristal original que sirve como “semilla” det crecimiento. Los cristales son mucho menos complejos que los mas simples de los organismos vivos y su estruc:- tura es estitica, no dindmica como en las células vivas. A pesar de ello, la capacidad de los cristales para “reproducirse” condujo al fisico Erwin Schrodinger a proponer en su famoso ensayo “;Qué es la vida?” que el ‘material genético de las células debia tener algunas de las propiedades de un eristal. La nocién que tuvo Schrodinger en 1944 (afos antes de que se llegara a la modema comprensin de la estructura de los genes) describe dde manera bastante exacta algunas de las propiedades del dcido desoxitr bonucleico, el material genético. Cada uno de los componentes de un organismo vivo tiene una funcion especifica. Esta afirmacién no es solamente cierta para estructuras macros- c6picas como las hojas y 10s tallos 0 el coraz6n y los pulmones, sino también para estructuras intracelulares microsc6picas como el nicleo y los Cloroplastos. incluso los compuestos quimicos celulares individuales tienen funciones especificas. La interrelacién entre los componentes quimicos de un organismo vivo es dinémica; los cambios en uno de los componentes provoca cambios compensadores 0 coordinadores en otro, con el resulta- do que el conjunto manifiesta un caracter que trasciende al de los constitu- yentes individuales. La coleccién de moléculas ejecuta un programa, el resultado final del cual es la reproducei6n del programa y la autoperpetua- cidn de este conjunto de moléculas. La bioquimica trata de explicar la vida en términos quimicos Las moléculas que componen los organismos vivos cumplen todas las leyes familiares de la quimica, pero también interaccionan entre ellas de acuerdo ccon otra serie de principios a los que nos referiremos colectivamente como {a logica molecular de la vida, Estos principios no incluyen leyes 0 fuerzas fisicas nuevas 0 todavia por descubrir. Son un conjunto de relaciones que caracterizan la naturaleza, la funciOn asf como las interacciones de las bio- moléculas, Si los organismos vivos se componen de moléculas intrinsecamente inanimadas, {cémo pueden estas moléculas dar lugar a la remarcable combinacién de caracterisicas que denominamos vida? {Cual es la razon de que un organismo vivo parece ser més que la suma de sus partes inanimadas? Hubo un tiempo en que los flésofos enunciaron que los seres vivos estan dotados de una fuerza vital misteriosa y divina, pero esta doctrina (el vtalismo) ha sido firmemente rechazada por la ciencia moder- na El objetivo fundamental de la ciencia bioquimica es el de determinar de {qué modo interactian unos con otros los conjuntos de moléculas inanima- das que constituyen los organismos vivos para mantener y perpetuar la vida. Aunque la bioguimica proporciona conocimientos y aplicaciones practicas que son importantes en medicina, agricultura, nutricion e industria, su preocupacién tltima es el prodigio de la vida misma, Debajo de la diversidad biolégica subyace una uniformidad quimica Entre un majestuoso roble, un aguila que remonta el vuelo por encima de su copa y una bacteria del suelo que crece entre sus raices parece en principio ‘que debe haber muy pocas cosas en comin. Sin embargo, después de cienCapitulo 1 La Iégien molecular de la vida 5 afios de investigacién bioquimica resulta evidente que los organismos vivos son notablemente similares en los niveles quimico y microscépico (Fig. 1-2). La bioquimica pretende deseribir en términos moleculares aquellas esinucturas, mecanismos y procesos quimicos compartidos por todos tos organismos y descifrar los principios organizativos en los que se basa la vida en todas sus diversas formas. 'A pesar de que existe una uniformidad fundamental en todas las mani {estaciones de la vida, es importante reconocer en primer lugar que existen muy pocas generalizaciones acerca de los organismos vivos que sean absolutamente correctas para todos ellos bajo todas las condiciones. La gama de habitats en los que viven los organismos, desde aguas termales hasta la tundra értica, desde el intestino animal hasta los dormitorios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmente amplia de adapta- ciones bioquimicas especificas, Estas adaptaciones respetan la organiza- cién quimica fundamental compartida por todos los organismos. Las gene- ralizaciones son titles aunque no sean perfectas. De hecho, las excepciones suelen a menudo confirmar las generalizaciones cientificas. ‘Todas las macromoléculas se construyen a partir de un nimero limitado de compuestos simples La mayor parte de los constituyentes moleculates de los sistemas vivos se componen de atomos de carbono unidos covalentemente con otros éto- mos de carbono y con hidrégeno, oxigeno 0 nitrégeno. Las especiales propiedades de enlace del carbono permiten la formacién de una gran variedad de moléculas. Los compuestos orgénicos de masa molecular (M) menor de aproximadamente 500 daltons, como aminodcidos, nucle6tidos y monosacéridos, sivven como subunidades monoméricas de proteinas, fcidos nucleicos y polisacaridas, respectivamente. Una sola molécula de proteina puede estar compuesta por 1.000 0 mas aminoacidos, mientras {ue el cido desoxirribonucleico posee millones de nucledtides. ‘Cada una de las células de la bacteria Escherichia coli (E. coli) contiene més de 6.000 compuestos organicos diferentes, entre los que se incluye un total de aproximadamente 3,000 proteinas y un némero similar de diferen- tes moléculas de écido nucleico. En el organismo humano puede haber decenas de miles de proteinas diferentes, asf como muchos tipos de polisacéridos (cadenas de aziicares simples), una variedad de lipidos y ‘muchos otros compuestos de menor masa molecular. La purifieacién y caracterizacion profunda de todas estas moléculas seria una empresa insuperable si no fuera por el hecho de que cada clase de ‘macromoléculas (proteinas. acidos nucleicos, polisacéridos) se compone {de una serie reducida y comtin de subunidades monoméricas. Estas subun dades monoméricas pueden unirse covalentemente y dar lugar a un reper- torio de secuencias virtualmente ilimitado (Fig, 1-3) del mismo modo que las 26 letras del alfabeto inglés pueden ordenarse en un ntmero ilimitado de palabras, frases 0 libros. Los deldes desoxirribonucleicos (DNA) se construyen a partir de inicamente cuatro clases de unidades monoméricas sencillas, los desoxirt bonuclestides, mientras que los deldos ribonucleicos (RNA) se compo- nen de inicamente cuatro tipos de ribonucledtidos. Las proteinas se componen de 20 clases diferentes de aminodcidos. Los ocho tipos de ructedtidos a parti de los que se construyen todos los acidos nucleicos y Figura 1-8 Subunidades monoméricas colocadas formanda secuencias linesles pueden dar lugar @ mensajes infintamente complejs. El nimero posible de secuencias diferentes (5) depende del nimero de ‘lases de subunidades diferentes (N) y de la ‘Subunidades monomérteas esr de ‘ilabete ingles (26 caracteres) Desoxinibo rucletidos feos 20 clases) clases) mae EAA ag 4 t 4 eee Tas i i RRR EEA Rea TTA GGG TT i 7 EPP Tas i i a8 8 eat falaas Acido Protina ingleas _desoximibonuceico ‘ON Secwencias tical ordenadas ara un segment de 8 suburidades, cl namero de poses secuencisdierenes 2580 to aux to" 5586 longitud de fa secuencia lineal (E: $ = Nt Para polimeros del tamario de las proteinas (L ~ 1.000), ‘Ses muy grande, y para los dcidos nucleicos, para los que L puede valer varios millones, Ses astrondmica