TALLER

BIOLOGIA MOLECULAR

Nombres: Andrés Felipe Barbosa Yasnó 20161147237

Dayana Liceth Cerón Castaño 20152142565

1. Compara el proceso de la duplicación el DNA con la transcripción, ¿Cómo difieren

en los términos de las enzimas que participan, la fidelidad de la reacción y la
naturaleza de las moléculas producidas por cada reacción? ¿Qué tiene en común los
procesos?

La transcripción y la replicación del ADN implican la realización de copias del

ADN en una célula. La transcripción copia la información genética del ADN en
ARN, mientras que la replicación hace otra copia idéntica de ADN. Ambos
procesos implican la generación de una nueva molécula de ácidos nucleicos, ADN o
ARN; sin embargo, la función de cada proceso es muy diferente:

La iniciación de la replicación siempre acontece en un cierto grupo de

nucleótidos, el origen de la replicación, requiere de las enzimas helicasas para
romper los puentes de hidrógeno y las topoisomerasas para aliviar la tensión y de
las proteínas de unión a cadena simple para mantener separadas las cadenas
abiertas.

Imagen 1. iniciación de la replicación (Pierce, B. A. 2009)

 para el desenrrollamiento y apertura de la doble hélice. En el punto Oric Intervienen
un grupo de enzimas y proteínas, a cuyo conjunto se denomina replisoma,
interviniendo primero las helicasas que facilitan el desenrrollamiento, después
actúan las Topoisómeras que eliminan la tensión generada por la torsión en el
desenrrollamiento; para la síntesis de dos nuevas hebras de ADN actúan las ADN
polimerasas para sintetizar en sentido 5´-3´, ya que la lectura se hace en el sentido 3
´-5´.Luego interviene las ADN polimerasa I y III, que se encargan de la replicación
y corrección de errores. Para estas correcciones de errores la enzima principal que
actúa es el ADN polimerasa III, que corrige todos los errores cometidos en la
replicación o duplicación. Intervienen otras enzimas como: Endonucleasas que
cortan el segmento erróneo, ADN polimerasas I que rellenan correctamente el
espacio, ADN ligasas que unen los extremos corregidos.

Para la transcripción se da un proceso mediante el cual una secuencia de nucleótidos

de DNA es utilizada como molde para la síntesis de una molécula de RNA, la cual
puede ser mRNA, tRNA o rRNA, por mediación de la enzima RNA polimerasa
DNA dependiente.
Los precursores de la síntesis del RNA son los cuatro ribonucleótidos 5’ trifosfatos
(adenosín 5’-trifosfato, guanosín 5’-trifosfato, citosín 5’-trifosfato y uridín 5’-
trifosfato).
La primera base en la iniciación es un trifosfato siendo su grupo 3’OH el punto de
unión con el nucleótido siguiente, o sea que el terminal 5’ de una cadena de RNA en
crecimiento termina con un trifosfato. Los RNA formados van a ser lineales y de
simple cadena, aunque existen algunos que se forman de manera circular. Estos
procesos (Tanto la replicación como la transcripción del ADN), implican ácidos
nucleicos complementarios de unión al ADN, produciendo una nueva hebra de
ADN o ARN.

2. ¿a qué se debe la diferencia de precisión entre la duplicación del DNA y la

transcripción? ¿Tiene sentido que la duplicación y la transcripción difieran en este
aspecto?

La replicación del ADN se produce en la preparación para la división celular,

mientras que la transcripción ocurre en la preparación para la traducción de
proteínas. En la duplicación se presenta una base mal insertada cada 10 10 mientras
que en la trascripción es cada 10000 nucleótidos, La replicación es importante para
regular adecuadamente el crecimiento y la división de las células. El ADN no se
replicará si la célula carece de ciertos factores de crecimiento, manteniendo así la
tasa de división celular bajo control. La transcripción es el método para regular la
expresión génica. Aunque todas nuestras células contienen copias de todos nuestros
genes, cada célula sólo expresa los genes que son necesarios para sus funciones
específicas. Es factible que la transcripción sea menos precisa porque carece de
mecanismos de revisión bien desarrollados; su duplicación es el proceso por el cual
 se transmite el material genético. En consecuencia, es fácil que cualquier error que
surja durante la duplicación genere consecuencias catastróficas, en cambio en la
transcripción solo produce copias temporales, por lo tanto, un error durante la
transcripción rara vez producirá más daño.

3. Describa las funciones de las diferentes subunidades de la RNA polimerasa de E.

coli ¿cómo interacciona cada una de ellas con las otras subunidades polimerásicas y
los diversos elementos promotores? ¿Cuál es la diferencia entre la enzima “central”
RNA polimerasa y la “Holoenzima”?

La RNA polimerasa de E. coli tiene 4 subunidades distintas principales, junto a

otras accesorias. Las cuatro subunidades son: 2 copias de la subunidad α y una de la
β y la β' (α2ββ'). Las subunidades accesorias son: ω, σ y NusA. El conjunto α2ββ' se
le llama polimerasa central o núcleo de la polimerasa (core polymerase) porque
tiene actividad RNA-polimersasa sobre cualquier tipo de DNA.

 Las dos subunidades α (36,5 a 40 kDa cada una) están codificadas por el gen rpoA y
parecen intervenir en el ensamblaje de la holoenzima, reconocimiento del promotor
y la unión de algunos activadores.
 La subunidad β (151 kDa) está codificada por el gen rpoB y contiene el sitio de
sensibilidad a rifampicina y otros inhibidores.
 La subunidad β’ (155 kDa), codificada por rpoC contiene dos sitios de unión para
Zn2+ que se piensa que intervienen en la actividad catalítica
 La subunidad ω (11 kDa) es la menos conocida, codificada por el gen rpoZ. Parece
que puede tener una función reguladora, pero se ha visto que podría estar asociada a
la holoenzima de forma circunstancial. Como no se la necesita para la
polimerización in vitro, muchos autores no la consideran como parte de la enzima.
 La subunidad σ (70 kDa), codificada por el gen rpsD, se disocia fácilmente del
complejo holoenzimático, pero es la que le permite reconocer de manera específica
los promotores y seleccionar la hebra adecuada a transcribir. Se ha visto que el
cambio de subunidades σ en la RNA-polimerasa puede hacer que la polimerasa
central reconozca distintos promotores. La subunidad σ más abundante, de masa
molecular 70 kDa, se suele denominar σ70.
 También habría que considerar la subunidad NusA que se une al mismo sitio que la
σ, pero sólo durante la terminación.

La diferencia entre la enzima “central” RNA polimerasa y la “Holoenzima” es que

la enzima mínima puede sintetizar el RNA utilizando el DNA como molde, pero no
puede iniciar la transcripción en los sitios adecuados. Sólo la holoenzima puede
iniciar la transcripción. La holoenzima tiene una fuerte afinidad por los sitios
promotores mientras que la enzima mínima la tiene por cualquier secuencia de
DNA.
4. Considere un promotor de E.Coli al que podría reconocer una holoenzima RNA
polimerasa con contenido de σ 70 ¿qué elementos del promotor se encuentran
presentes siempre y cuales pueden faltar o estar alterados?

En E. coli existe una subunidad σ “estándar”, que es la σ 70, implicada en el inicio

de la transcripción de la mayoría de los genes relacionados con el crecimiento en
condiciones normales. Sin embargo, para ciertas condiciones y procesos especiales,
la expresión de ciertos genes requiere el uso de subunidades σ especiales:
En respuesta al calor una nueva subunidad σ (llamada σ H o σ32) que desplaza a la
σ 70 de la célula normal. La nueva holoenzima reconoce los genes de la respuesta al
calor, todos los cuales poseen un promotor con una región -10 totalmente diferente a
la estándar.
Cuando las enterobacterias sufren hambre de nitrógeno (por ejemplo, no existe
amonio), una nueva subunidad σ (llamada σ 54 o σ N) desplaza a la σ 70, y
entonces la holoenzima reconoce promotores distintos.
El factor σ 38 se usa cuando la bacteria está en la fase estacionaria, así como cuando
tiene que hacer frente a estrés oxidativo u osmótico.
Otra razón es cuando el promotor σ70 carece de una región -35 y en cambio posee el
denominado elemento “-10 extendido”. Este comprende una región -10 estándar con
un elemento de secuencia corto adicional en el extremo corriente arriba.

5. ¿Qué es una secuencia de consenso?, ¿cuán semejante a una secuencia de consenso

esperaría usted que fuese un promotor de un gen poco expresado? Ofrezca una
explicación.

Una secuencia consenso es en cada caso, una versión de la secuencia que en cada
posición de nucleótido (o aminoácido) más comúnmente encontramos. Se encuentra
en las regiones -10 y -35 preferidas separadas por el esparcimiento optimo 17pb,
promotoras de los respectivos genes
En un gen poco expresado la secuencia de consenso sería muy idéntica porque cada
uno de los fragmentos del gen serían muy cortos, los promotores con secuencias
más cercanas al consenso suelen ser más fuertes, que los que no se parecen tanto.
Según Watson, J. D. (2006) con el método SELEX se pueden identificar estas
secuencias.

6. ¿Cuál puede ser la causa de la detención de una RNA polimerasa en una cadena de
DNA? ¿Cuáles con las consecuencias posibles de una RNA polimerasa detenida y
como supera esto la célula?

Cuando una ARN polimerasa se detiene y deja de transcribir, la causa principal de

esto suele ser una hebra de DNA dañada, que pueden ser por alquilación, oxidación
 o radiación, alterando gravemente la secuencias. Las consecuencias de la detención
pueden causar un obstáculo para otras polimerasas al intentar transcribir el mismo
gen. Por esto para hacer frente a esta situación, la célula cuenta con maquinaria que
elimina la polimerasa detenida y al mismo tiempo enzimas de reparación como en
particular, la endonucleasa Uvr(A)BC); el uso de maquinaria para esta reparación se
llama transcription-couple repair. En la cual la remoción de la polimerasa y el
reclutamiento de la enzima de reparación son realizados por una única proteína
llamada TRCF.

7. Describa 2 maneras en las que la DNA polimerasa asegura que se añada la base
correcta a la cadena polinucleotídica en crecimiento durante la duplicación con
mención de lo que estos mecanismos tienen en común y la manera en que difieren.
¿Cuál es la contribución de estos mecanismos para la fidelidad general de la
duplicación del DNA?

A diferencia de la reparación por escisión de la base, las enzimas reparadoras de la

escisión de nucleótidos no reconocen ninguna lesión en particular. Más bien, este
sistema funciona reconociendo distorsiones en la forma de la doble hélice, como las
causadas por un dímero de timina o por la presencia de un aducto químico
voluminoso en una base (como la hemimetilacion). Dichas distorsiones
desencadenan eventos que conducen a la eliminación de un segmento corto de una
sola hebra (o parche) que incluye la lesión. Esta eliminación crea una brecha de
cadena sencilla en el ADN, que se completa con la ADN polimerasa utilizando la
cadena no dañada como plantilla y, por lo tanto, restaurando la secuencia de
nucleótidos original.
La forma más frecuente en que el ADN se limpia de las bases dañadas es mediante
sistemas de reparación que eliminan y reemplazan las bases alteradas. Los dos
sistemas principales de reparación son la reparación por escisión de bases y la
reparación por escisión de nucleótidos. En la reparación por escisión de base, una
enzima llamada glicosilasa reconoce y elimina la base dañada hidrolizando el enlace
glucosídico. El azúcar básico resultante se elimina del esqueleto de ADN en una
etapa endonucleolítica adicional. La escisión endonucleolítica también elimina los
azúcares apurínicos y apirimidínicos que surgen por hidrólisis espontánea. Después
de que el nucleótido dañado se haya eliminado por completo de la columna
vertebral, una reparación del ADN polimerasa y el ADN ligasa restauran una
cadena intacta utilizando la cadena no dañada.

8. Comente en forma sucinta los dominios de palma, pulgar, y dedos del DNA
polimerasa 3, y explique cómo contribuye con la duplicación, ¿Cuál es el papel de
los iones metálicos en la duplicación de la palma?

En la estructura de la palma se notan los dedos, pulgar y palma. El ADN

recientemente sintetizado está asociado con la palma, y el sitio de la catálisis del
 ADN se encuentra en la grieta entre los dedos y el pulgar. La región monocatenaria
de la hebra de la plantilla se dobla bruscamente y no pasa entre el pulgar y los
dedos. Los dedos y el pulgar están compuestos de una hélice, el dominio de la
palma está oculto por el ADN.

Esta forma cerrada de la "mano" de la polimerasa estimula la catálisis moviendo el

nucleótido entrante en contacto cercano con los iones metálicos catalíticos. El
dominio del dedo también se asocia con la región de la plantilla, lo que lleva a un
giro 90° en el esqueleto del fosfodiéster entre la primera y la segunda base de la
plantilla. Esta curva sirve para exponer solo la primera base de la plantilla después
de la primera base, en el sitio de catálisis, y así evitar cualquier confusión con
respecto a qué base de la plantilla debe emparejarse con el siguiente nucleótido que
se agregará. En contraste con los dedos y la palma, el dominio del pulgar no está
íntimamente involucrado en la catálisis. En cambio, el pulgar interactúa con el ADN
que se ha sintetizado más recientemente. Esto tiene dos propósitos. Primero,
mantiene la posición correcta del cebador y el sitio activo. En segundo lugar, el
pulgar ayuda a mantener una fuerte asociación entre el ADN polimerasa y su
sustrato. Esta asociación contribuye a la capacidad del ADN polimerasa para
agregar muchos dNTP cada vez que se une a un cebador (unión de plantilla)
El dominio palma contiene los elementos principales del sitio catalítico. En
particular, esta región de ADN polimerasa se une a dos iones metálicos divalentes
(típicamente Mg2+ o Zn+2) que alteran el entorno químico alrededor del dNTP
correctamente emparejado con bases y el 3´ -OH del cebador. Un ion metálico
reduce la afinidad del 3´-OH por su hidrógeno. Esto genera un 3´ O2 que está
cebado para el ataque nucleofílico del fosfato del dNTP entrante. El segundo ión
metálico coordina las cargas negativas entre fosfato y fosfato del dNTP y estabiliza
el pirofosfato producido uniendo el cebador y el nucleótido entrante.
BIBLIOGRAFIA
Pierce, B. A. (2009). Genética: Un enfoque conceptual. Ed. Médica Panamericana.
Watson, J. D. (2006). Biología molecular del gen. Ed. Médica Panamericana.