Clase #4 de Bioquímica.

Características de compuestos hidrófilos e hidrófobos.

Todos los componentes que son afines al agua son polares, iónicos, y poseen poder de
solubilidad, ¿Qué quiere decir esto?: que pueden interactuar mediante puentes de
hidrógeno con el agua. Por su puesto quienes se atraen son moléculas o iones con
cargas opuestas, y se dice que estas moléculas pueden entonces solubilizarse o
hidratarse (interactuar con las moléculas de agua).

¿Cuáles moléculas son hidrófilas? aquellas que tengan grupos funcionales que puedan
formar puentes de hidrógeno: el hidroxilo (presente en los carbohidratos), el carbonilo,
los carboxilato y el amonio que forma los grupo amino presente en los Aa.

Cuando hablamos de hidrógeno, las moléculas que como se dijo se clasifican entre las
lipidicas, tienen que ser no polares, de no formar puente de hidrogeno con el agua y de
agruparse para minimizar el contacto con ese compuesto polar. Entonces, hay una
asociación entre los compuestos polares para disminuir esa superficie de exposición a
las moléculas de agua (efecto hidrófobo)

Cuando existe una solución acuosa, y hay contacto con una molécula no polar (en el
ambiente se puede hablar de los hidrocarburos, o en la célula de proteínas que tengan
Aa con características no polares) el agua forma una estructura como una especie de
cárcel que no es más que las moléculas de agua que bordean este compuesto no polar,
se organizan en puentes de hidrógenos entre ellas para no tener expuestos sus
extremos polares y sean repelidos por el efecto hidrófobo. Entonces, las moléculas
hidrófobas tienen afinidad por ellas mismas y repele a las moléculas de agua que se
organizan en una estructura tridimensional alrededor de la molécula no polar, para
lograr, una entalpía máxima y entropía mínima.

La entropía es el desorden del sistema, en este caso nuestro sistema es un sistema

biológico que posee moléculas que van a tener entonces una entalpía mínima (porque
van a estar organizadas)

Para tener un ejemplo de estas interacciones hidrófobas pensemos en la doble hélice

del ADN, sabemos que una doble hélice es formada por dos cadenas de nucleótidos
(unidades estructurales de esa doble hélice). Entonces, está formada por nucleótidos
unidos linealmente, que se aparean entre sí por puentes de hidrogeno y que, ese
apareamiento (o forma molecular) les permite un giro, ese giro se representa
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tridimensionalmente como una doble hélice, teniendo fuerzas moleculares que

estabilizan esa cadena, las fuerzas entre la misma cadena que mantienen los
nucleótidos unidos son fuerzas covalentes. Nucleótido con nucleótido se unen por un
enlace fosfodiester y cadena con cadena se aparean por enlaces de hidrogeno
(interacciones no covalentes, iónicas)

Estas fuerzas hidrófobas ¿Dónde formaran parte en esta doble hélice? Existe dentro de
la estructura, una parte que quizás no conocemos todavía. Ya sabemos que una cadena
se mantiene por enlaces covalentes y la otra también, estas se miran una con otra y se
aparean, tal apareamiento se da por puentes de hidrogeno, pero ¿Qué pasa entre los
escalones (por decir así) de la doble hélice? ¿Qué características tienen las bases
nitrogenadas A G C U o T? Que son cíclicas, y las moléculas cíclicas generalmente no
tienen carga a menos que tengan un N en su anillo. Las bases nitrogenadas por
supuesto que tienen N, pero este N forma parte del puente de H. Pero, ¿a que quiero
llegar? Es un anillo que forma los puentes de hidrogeno y están apilados, y esa
superficie de contacto entre una base y otra es hidrófoba, por eso es que es estable el
interior de la molécula, porque imagínense que ese interior fuese hidrófilo, no se
mantuviese cerrado cierto?, se abriera para interactuar con las moléculas de agua,
porque si la apilamos una con otra, a menos que haya fuerzas iónicas que permitan la
interacción y la estabilidad se va a abrir la molécula para interactuar con el agua, ¿Qué
ocurre? En la doble hélice existen fuerzas hidrófobas que mantienen ese apilamiento
estable.

Entonces, ¿Cómo se estabiliza esa doble hélice? Por el efecto hidrófobo de los anillos
de las bases nitrogenadas unido a los puentes de H de los H, N y O entre un nucleótido
y otro, entre una base y otra.

Las fuerzas de Val der Waals son las fuerzas que tienen los átomos de una molécula
para mantener la proximidad de las nubes electrónicas. A pesar de ser una fuerza de
atracción, se le atribuye a la estabilidad de las moléculas unidas sin carga, una fuerza
muy débil, pero como la magnitud de la cantidad de moléculas es tan grande, esa
fuerza se multiplica y mantiene la estabilidad intramolecular.

Con respecto a los lípidos de membrana, ellos tienen una cola apolar y una cabeza
polar que posee carbohidratos o ciertos Aa). Esa cabeza que tiene carga se encuentra
en contacto con el agua y las colas apolares que son colas de C e H están
interactuando unas con otras para minimizar el contacto con el medio acuoso.
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Ácidos y Bases

Ya habíamos comentado que una escala de pH iba del valor 0 (máxima acidez) en
donde los H están presentes en mayor cantidad libres en la solución, a una escala
máxima de 14 en donde existían los hidrogeniones asociados a la molécula, es decir, no
libres, están unidos a las moléculas, por lo tanto surgen las definiciones de

Acido: moléculas que pueden donar protones o hidrogeniones

Bases: capaces de aceptar protones

Hay que tener en cuenta de ahora en adelante que una molécula puede comportarse
tanto como acido como base dentro de la célula, porque los compuestos biológicos no
son moléculas simples como cloro e hidrogeno, ellos tienen grupos funcionales
(hidroxilo, carbonilo, carboxilato, amina) que tienen una asociación con una molécula y
que poseen la capacidad de captar o liberar hidrogeniones. Por lo tanto, ese grupo
funcional (dependiendo de la molécula que sea) le va a permitir a esa molécula
comportarse como acido si libera el protón o como base si lo acepta.

Hablamos de ácidos y bases fuertes y débiles cuando se ve una disociación. Si la

molécula está completamente disociada es un acido fuerte porque ha liberado todo los
hidrogeniones y estos están dispuestos a unirse a otras moléculas. Pero si hablamos de
acido o base débil, la disociación seria nula o puede estar equilibrada (hay compuestos
que tienen la capacidad de tener una disociación dividida a cierto valor de pH y le va a
dar la capacidad de comportarse en ese valor de pH como mitad acido y mitad base,
eso es vital para el mantenimiento del pH intracelular)

Nucleófilo: moléculas ricas en e- : H2O, fosfatos, alcoholes, ácidos, aminas, histidinas,

carboxílicos, tioles.

Electrófilo: átomos con pocos e- (habidos en formar puentes de H para captar e- y

estabilizarse): C, carbonilo de amidas, esteres, aldehídos y cetonas, fósforos de
fosfoesteres.

Entonces, vamos a hablar directamente de los compuestos que están dentro de la

célula para regular el pH:

Los ácidos o bases débiles solo se disocian parcialmente, en su acido y base conjugada.

Par amortiguador: acido carbónico y bicarbonato

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La molécula que se encuentra en mayor proporción en los líquidos extracelulares es el

bicarbonato acido carbónico. ¿Por qué son dos? Porque se necesita uno que se
comporte como acido y otro que se comporte como base para mantener el equilibrio
del pH fisiológico.

¿Quién es la capaz de aceptar protones en este par? El bicarbonato porque está

cargado negativamente y el capaz de cederlos es el acido carbónico porque es el que
los tiene.

Si nuestras células están inmersas en un medio acuoso también tenemos que analizar
qué pasa con el agua y su ionización o su disociación.

pH: logaritmo negativo de la concentración de iones hidrogeno presente en una

solución (líquidos corporales)

*Fórmula larguísima que puso en la pizarra*

Acido: disociado

Base: asociada o única al hidrogenión

Debido a que todas las soluciones (o líquidos corporales) son acuosos, tenemos que
tener en cuenta la constante de disociación (K) del agua, ¿Qué significa esto? Para
todos los compuestos que pueden disociarse existe un valor que me va a indicar a que
pH ese compuesto está disociado, o el poder que tiene ese compuesto de servir como
acido y base a un pH determinado.

Entonces hablamos que la Ka, la constante de disociación, la molécula que este caso se
comporta como acido me permite saber el poder de ese compuesto, que pueda estar
más o menos disociado. Pero esa constante no puede ser aislada del calor del pH,
porque dentro de los líquidos corporales está presente o estos están inmersos en una
solución en donde hay moléculas, y estas se van a dejar influenciar por los
hidrogeniones libres, por eso es que no podemos desligar del funcionamiento
enzimático el valor del pH.

Entonces la constante de disociación de la molécula se relaciona al pH en el cual esta

esa molécula, por lo tanto no se va a estudiar de constante del acido o de Ka sola,
porque es un valor que no me dice cómo se comporta la molécula al pH fisiológico por
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ejemplo, sino si la molécula es una que se disocia altamente o pobremente, pero para
fines clínicos las moléculas tienen que relacionarse en el medio donde se encuentran ya
que no son aisladas. Eso quiere decir que ese Ka se va a mirar como pKa. Ese pKa va a
ser el valor del pH al cual el acido se encuentra disociado en un 50%. Entonces vamos a
tener de esa molécula, la mitad de toda la cantidad de moléculas que hay en solución
disociada, es decir, cargada – con el H liberado, y la otra mitad de la cantidad de
moléculas que está en solución se va a encontrar conjugado al hidrogenión. ¿Qué
permite eso? Que existan cantidades de moléculas que puedan actuar para regular los
cambios de pH. O sea que si yo coloco en esa solución hidrogeniones libre van a existir
dentro de la solución moléculas capaces de captarlos, porque de ese compuesto va a
haber la cantidad de compuestos totales libres o ionizados que son capaces de unirse
con el H que es +.

En las soluciones acuosas entonces se toma en cuenta la disociación del agua, en

donde el agua se disocia en sus componentes H e hidroxilo y la solución toma en
cuenta entonces la disociación del compuesto y el compuesto completo, pero ¿Qué
ocurre? La proporción en que estos compuestos se encuentran libres, es decir, el agua
disociada, es muy baja y a temperatura controlada se toma en cuenta solamente la
cantidad de H y oxidrilos presentes sin tomar en cuenta la concentración molar de
agua, porque hay muchas moléculas de agua y esa capacidad de disociarse es muy
baja, por lo tanto, se toma en cuenta la capacidad de disociación de estas moléculas en
una función exponencial. ¿Para qué? Para recordar que una solución acuosa es capaz
de tener hidrogeniones o hidroxilos libres pero en una proporción tan baja que no se
va a tomar en cuenta dentro de la ecuación del pH.

La ecuación de la K necesita que los compuestos se disocien, que son la base

conjugada y el acido con ese protón libre. Cuando esta fórmula se asocia con los
hidrogeniones vamos a tener entonces una formula logarítmica que toma en cuenta el
pH (la cantidad de hidrogeniones que hay en el medio), que toma en cuenta la K del
compuesto y tomará en cuenta el logaritmo del acido y la base conjugada. Por lo tanto,
cuando vamos a determinar el pH de una solución, debemos tomar en cuenta a la
molécula que puede alterar significativamente ese valor, ¿Cuál va a ser esa molécula?
Aquella que pueda disociarse y liberar los hidrogeniones al medio.

Si tenemos muchos ácidos que liberen hidrogenión el pH va a ser acido, bajo.

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Por el contrario, si tenemos en una solución un compuesto que capte muchos H, se va

a invertir la ecuación y el pH seria base, alto.

Cuando el pH se equipara al valor del PKa vamos a tener 50% disociado y 50%
asociado, eso es clave para que esa molécula actúe como un sistema amortiguador, y
aquellas moléculas que tengan un PKa bajo, se habla de que a un pH fisiológico son
ácidos fuertes.

Si el pk me dice el pH al cual la molécula se encuentra 50 y 50 y la molécula tiene un

PKa de 2 en la escala de pH, ¿cómo estaría a un pH 7? Ácido. Porque va a liberar
hidrogeniones para mantener el pH cerca de su PKa, por lo tanto cuando se eleva el pH
la molécula se disocia.

La respuesta sería que la molécula esta disociada en un 100% porque el valor del pH
está muy por encima del valor de PKa.

El acido clorhídrico es fuerte y está presente en las secreciones gástricas y que dentro
del estomago mantiene un pH acido para que las funciones enzimas de la degradación
y desnaturalización de proteínas se lleve a cabo.

La sal del cloruro de sodio la colocó en el cuadro por qué no podemos desligar que
esos compuestos están relacionados con los electrolitos que tenemos en los líquidos
intra y extracelular, por lo tanto muchas veces vamos a ver compuestos del sistema
amortiguador asociados con el sodio, formando una sal.

Y el bicarbonato acido carbónico es nuestro protagonista, un acido débil al compararse

con los demás elementos de los ejemplos del cuadro, y a pesar de ser débil se
encuentra más asociado que disociado, en una proporción cercana al 50% en un pH
fisiológico.

¿Cuáles son otras moléculas que pueden servir de amortiguador dentro de los líquidos
corporales? El fosfato, que básicamente esta intracelularmente y actúa a nivel de la
nefrona. Las proteínas pueden servir también, porque sus grupos funcionales pueden
asociarse o disociarse.
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Por ejemplo, el libro toma al ácido láctico como ejemplo porque es un compuesto que
se genera por los metabolismos. Este se genera en los metabolismos del eritrocito
cuando este utiliza la glucosa, entonces tenemos que tomar en cuenta que el está
presente intracelularmente y que tiene un PKa de 3.86, es decir, que a ese pH la
molécula esta 50 % como ion lactato y 50% como láctico, por lo tanto es un ácido
fuerte.

Sangre venosa pH= 7.35

Sangre arterial pH= 7-7.45

El otro sistema amortiguador que tiene presente los grupos fosfatos, es más
representativo intracelularmente son los compuestos Ion dihidrogeno fosfato y ion
monohidrogeno fosfato, estos compuestos que tienen H y O están presentes en
muchas moléculas dentro de la célula. Dentro de la célula los grupos fosfatos están
abundantes, porque ellos se utilizan para marcaje molecular. Por ejemplo, llega un
mensajero a la membrana y ocurre fosforilacion intracelular, el mensaje intracelular que
va a ocurrir es que los fosfatos se van a unir a la molécula y eso se llama fosforilacion.

Las moléculas mencionadas anteriormente tienen un pKa se 6.86, por lo tanto están
más cercanas al pH fisiológico que las anteriores.
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Ese par de moléculas tiene una acción ideal como sistema amortiguador (moléculas
que son capaces de comportarse como ácidos y bases en esa solución) por tener una
unidad por encima y una unidad por debajo de su pKa, porque esa disociación de 50%
y 50% se puede mantener entre ese rango, por lo tanto, si se le eleva una unidad al
6.86 se tendría un pH 7.

Si pasamos a otro par amortiguador de mayor amplitud, hablamos del par Acido
carbónico, ion bicarbonato, el bicarbonato continua su disociación y puede disociarse a
CO2.

Este par es el que tiene el poder amortiguador clave dentro de la sangre, ¿Cuál sería su
rango de acción si su pKa es 6.3? Se acerca a su pH fisiológico, por eso es que se toma
vitalmente como par amortiguador de los líquidos extracelulares.

Este par tiene la capacidad de disociarse y asociarse de diferentes maneras. Fíjense,

hablamos de que el CO2 se encuentra en la sangre venosa, pero él es producto del
ciclo de krebs (mitocondria FADH y NADH que los vamos a llamar equivalentes
reductores en moléculas redox porque son capaces de oxidarse y reducirse, y estas
moléculas son las responsables de llevar esa energía química a la síntesis de ATP) o sea
que el CO2 está constantemente produciéndose en todas esas células que hacen ciclo
de krebs= todas. Por lo tanto ese CO2 es el producto metabólico de degradación de las
moléculas con fines energéticos, no se puede hablar solo de la glucosa porque hay Aa
que se convierten en compuestos que pueden generar energía y los lípidos también
pueden generar energía. El CO2 se está produciendo constantemente, por lo tanto
necesitamos una manera de transportarlo y liberarlo.

Cuando las concentraciones de CO2 se elevan, este interactúa con el agua por medio
de una reacción enzimática que esta catalizada por una enzima que se encuentra en la
sangre y los alveolos pulmonares que se llama anhidrasa carbónica. Esa anhidrasa
carbónica transforma el CO2 y el agua en un compuesto que es un acido débil o que
forma parte del par acido carbónico, ion bicarbonato. El acido carbónico entonces se
disocia levemente pero lo hace en bicarbonato y los hidrogeniones. ¿Qué ocurre? Si
esta concentración se eleva, la concentración de hidrogeniones va a elevarse, por lo
tanto, si el CO2 se acumula en la sangre el pH va a ser acido.

En los alveolos la reacción se da al contrario para que el bicarbonato que es capaz de

amortiguar a los hidrogeniones que están en altas concentraciones formen acido
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carbónico (que es un acido débil) y se disocie en agua y CO2 que tiene una
característica física gaseosa y puede salir por la membrana alveolar, permeable al CO2
(que no tiene carga y es altamente soluble en lípidos) y sale por el aire. Esto ocurre
dependiendo de los requerimientos celulares y del funcionamiento respiratorio.

Si hay hiperventilación, se libera más CO2 y por lo tanto la reacción va hacia la

formación de CO2, se consume hidrogeniones y se libera CO2, como ocurre la
disminución de hidrogeniones el pH va aumentar.

En los sistemas amortiguadores de líquidos corporales, ese bicarbonato que puede

amortiguar hidrogeniones y que es muy versátil, que puede pasar a acido carbonito y
este a CO2 y agua, que el CO2 puede liberarse, es decir, nos podemos deshacer del
hidrogenión indirectamente. El CO2 se pierde y el hidrogenión que estaba alterando se
queda en el agua, ella es neutra, por lo tanto se produce amortiguación.

Los amortiguadores tienen una manera de descargarse o restituirse, ya que son

saturables, a pesar de tener una capacidad de 50 y 50 puede ocurrir que haya tanto H
que se ocupen todos los espacios disociados, necesitamos liberar ese espacio. El CO2
es una manera de liberarlo.

Pero ¿Quién regula los bicarbonatos? Si en la reacción se utiliza H y bicarbonato para

liberar CO2 y agua, el agua se puede excretar por sudor, forma parte de la orina.
Entonces el bicarbonato se pierde? De donde se saca el bicarbonato? El puede salir de
metabolismos celulares y se genera en gran parte en el riñón, o se puede reabsorber.
Por lo tanto, el riñón es el otro punto de control de ese sistema. En el riñón vamos a
secretar hidrogeniones y a excretarlos, para que aquellos que están en exceso, que no
fueron amortiguados por el sistema amortiguador del bicarbonato puedan salir con la
orina, la orina tiene un pH acido que fluctúa entre 5 y 6, y a su vez el riñón es capaz de
recuperar las moléculas de bicarbonato para que continúen amortiguando en los
líquidos corporales.

IMPORTANTE: LAS PROTEINAS COMO SISTEMAS AMORTIGUADORES.

Se había hablado de que las proteínas tenían grupos funcionales capaces de actuar
como amortiguadores. ¿Cuáles serán esos grupos? Principalmente Carboxilo y amino,
porque a pH fisiológico tienen carga y pueden liberar o aceptar hidrogeniones, pero
hay otros grupos funcionales que forman parte de la estructura del Aa que tienen pKa
cercanos a la neutralidad o al pH fisiológico.
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Entonces, las proteínas tendrán un pKa para cada grupo funcional que pueda disociarse
o asociarse. ¿Cómo se calcula su pKa entonces?

En la grafica esta la titulación del par acido carbónico bicarbonato en donde la región
de máxima capacidad esta alrededor de 6.3. Hay un momento donde la molécula no se
encuentra ni completamente asociada ni completamente disociada alrededor de un
valor de pKa una unidad por encima y una unidad por debajo, por lo tanto, ese es el
rango de amortiguación máxima.

Como ejemplo se tomó a la glicina y alanina

Aa sencillos, con cadenas laterales muy simples y que tienen una particularidad de que
sus cadenas laterales, hablando de que esa cadena lateral es la otra parte de la
molécula diferente al grupo amino y carboxilo, entonces no va a influir sobre su
comportamiento en una solución acuosa.

Tenemos dos Aa que tienen grupos funcionales que pueden estar cargados (amino y
carboxilo) y cada uno tiene un pKa por ser átomos de naturaleza distinta. El pK1 del
grupo carboxilo a pH fisiológico está completamente disociado, es un grupo acido que
libera hidrogeniones, y pK2 es el pH al cual este grupo esta disociado 50-50.

El pK1 del grupo amino a 2.34 pensamos entonces que a ese pH el grupo esta
disociado 50-50, por debajo de ese número está asociado, y por encima disociado.

Cuando el pH es acido el grupo carboxilo está asociado

Con respecto al grupo amino: si comienza a aumentar el pH de la solución, vamos a

tener una región en donde va a haber un cambio de pH más leve porque los grupos
funcionales van a actuar, cuando comience a correr la curva los grupos carboxilo se van
a comportar como acido (disocia) el pH está aumentando, la cantidad de hidrogeniones
en el medio está disminuyendo, el grupo funcional libera el hidrogenión para tratar de
equiparar ese pH a su pH de acción (pK), pero si externamente sigue aumentando el pH
llega un momento donde todos los grupos carboxilos van a estar disociados. Por lo
tanto a pH fisiológico todo el grupo carboxilo esta disociado.
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Punto isoeléctrico: la carga neta es cero.

Cercano a la neutralidad está el punto isoeléctrico, en donde la glicina, un Aa sencillo

tiene sus dos grupos funcionales cargados, tiene el grupo carboxilo disociado y el
grupo amino cargado asociado al hidrogenión. Entonces si comenzamos a subir en la
escala de pH vamos a conseguirnos con el pKa del otro grupo funcional, que por su
naturaleza de amonio tiene un pKa básico y tiene una acción con un pKa de 9,6.
Entonces lo miraremos en su momento de disociación 50-50. Cuando nos acercamos al
9,6 la mitad de la parte del grupo amino de la molécula de la glicina va a estar como
NH3 y la otra mitad como NH2 y el grupo carboxilo va a estar totalmente disociado. Si
se eleva ese valor de pKa, todos los grupos amino van a estar disociados, va a perder su
carga y por debajo de ese pKa el grupo va a estar asociado

La molécula por debajo de su valor de pKa actúa como base y retiene los
hidrogeniones consigo (asociado) y por encima de su pKa trabaja como acido, libera
esos hidrogeniones para que ese pH se mantenga cerca de su pH ideal 50-50. Por lo
tanto, tanto el grupo amino como carboxilo tienen esa capacidad de dar o aceptar,
dependiendo de su naturaleza y su pKa.