Genomas 2008 PDF

parte
1
Estudio de los genomas
Capítulo 1
Genomas, transcriptomas
y proteomas
Parte 1 – Estudio de los genomas presenta una des-
cripción de las técnicas y los enfoques científicos
sobre los que se basa nuestro conocimiento acerca Capítulo 2
de ellos. Comienza con un capítulo de orientación Estudio del DNA
que presenta los genomas, los transcriptomas y los
proteomas; después, en el capítulo 2, se consideran
los métodos, centrados en la clonación y la reacción Capítulo 3
en cadena de la polimerasa (PCR) de DNA, que se
emplean para estudiar segmentos cortos de DNA;
Mapeo de los genomas
por ejemplo, genes individuales. El capítulo 3 inicia
el examen de la genómica describiendo cómo se
construyen los mapas genéticos y físicos, y el capítu-
Capítulo 4
lo 4 establece el vínculo entre mapeo y secuencia- Secuenciación de los genomas
ción. A medida que se avanza en la lectura del
capítulo 4, se advertirá que, aunque los mapas pue-
den ser una ayuda valiosa para el ensamblaje de una Capítulo 5
secuencia larga de DNA, el mapeo no siempre es un Conocimiento de las
prerrequisito esencial para la secuenciación del
genoma. En el capítulo 5, se investigan los diversos secuencias de un genoma
enfoques que se aplican para conocer las secuencias
de un genoma; en el capítulo 6, se examinan los
métodos para estudiar las funciones de un genoma Capítulo 6
que dirigen la síntesis de un transcriptoma y un pro- Conocimiento del
teoma, para especificar, a través de ellos, la capaci- funcionamiento de un genoma
dad bioquímica de la célula.
Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana

Genomas,
transcriptomas
y proteomas
1
1.1 DNA
1.2 RNA y transcriptoma
1.3 Proteínas y proteoma
Después de leer el capítulo 1 deberá ser capaz de:

Definir los términos “genoma”, “transcriptoma” y “proteoma”, y explicar cómo se vinculan con el proceso
de expresión del genoma.
Describir los dos experimentos que llevaron a los biólogos moleculares a concluir que los genes están
compuestos por DNA y explicar las limitaciones de estos experimentos.
Efectuar una descripción detallada de la estructura de un polinucleótido, y resumir las diferencias químicas
entre DNA y RNA.
Analizar la evidencia que utilizaron Watson y Crick para deducir la estructura de la doble hélice del DNA,
y describir las características claves de esta estructura.
Distinguir entre RNA de codificación y funcional, y dar ejemplos de cada tipo.
Describir, en términos generales, cómo se sintetiza y se procesa el RNA en la célula.
Brindar una descripción detallada de los diversos niveles de estructura proteica y explicar por qué la
diversidad de aminoácidos es la base de la diversidad de las proteínas.
Mencionar las características claves del código genético.
Explicar por qué la función de una proteína depende de su secuencia de aminoácidos.
Enumerar las principales funciones de las proteínas en los organismos vivos y relacionar esta diversidad
con la función del genoma.
La vida como la conocemos está especificada por los genomas de los

innumerables organismos con los que compartimos el planeta. Todo
organismo tiene un genoma que contiene la información biológica nece-
saria para construir y mantener un ejemplo viviente de ese organismo.
La mayoría de los genomas, incluidos el genoma humano y los de todas
las demás formas de vida celular, están compuestos por DNA (ácido
desoxirribonucleico), pero unos pocos virus tienen genomas de RNA
(ácido ribonucleico). El DNA y el RNA son moléculas poliméricas forma-
das por cadenas de subunidades monoméricas denominadas nucleótidos.
El genoma humano, que es típico de los genomas de todos los animales

4 Capítulo 1 Genomas, transcriptomas y proteomas
multicelulares, está formado por dos partes distintas (figura 1.1):

• El genoma nuclear comprende alrededor de 3.200.000.000 de nucle-
ótidos de DNA, divididos en 24 moléculas lineales, la más corta de
50.000.000 de nucleótidos de longitud y la más larga de
260.000.000 de nucleótidos, cada una contenida en un cromosoma
diferente. Estos 24 cromosomas consisten en 22 autosomas y los dos
cromosomas sexuales, X e Y. En conjunto, el genoma nuclear huma-
no contiene unos 35.000 genes.
• El genoma mitocondrial es una molécula de DNA circular de 16.569
nucleótidos, de la cual hay múltiples copias en los orgánulos genera-
dores de energía denominados mitocondrias. El genoma mitocon-
drial humano contiene sólo 37 genes.
Figura 1.1 Componentes nucleares y

mitocondriales del genoma humano.
Cada una de las aproximadamente 1013 células del cuerpo humano adul-
to tiene su propia copia o sus propias copias del genoma, excepto algu-
nos tipos celulares, como los eritrocitos, que carecen de núcleo en su
estado de diferenciación completa. La mayoría de las células son diploi-
des y, por lo tanto, tienen dos copias de cada autosoma, más dos cromo-
somas sexuales, XX en las mujeres o XY en los varones: 46 cromosomas
en total. Se las denomina células somáticas, a diferencia de las células
sexuales o gametos, que son haploides y sólo tienen 23 cromosomas,
uno de cada autosoma y un cromosoma sexual. Ambos tipos de célula
tienen alrededor de 8.000 copias del genoma mitocondrial, más o menos
10 en cada mitocondria.
El genoma es un depósito de información biológica, pero por sí mismo es

incapaz de liberar esa información a la célula. La utilización de la infor-
mación biológica contenida en el genoma requiere la actividad coordina-
da de enzimas y otras proteínas, que participan en una compleja serie de
reacciones bioquímicas conocida como expresión del genoma (figura
1.2). El producto inicial de la expresión del genoma es el transcriptoma,
un conjunto de moléculas de RNA derivadas de los genes que codifican
proteínas, cuya información biológica es requerida por la célula en un
determinado momento. El transcriptoma es mantenido por el proceso
DNA 5
denominado transcripción, que copia genes individuales a moléculas de

RNA. El segundo producto de la expresión del genoma es el proteoma, el
repertorio de proteínas de la célula, que especifica el carácter de las reac-
ciones bioquímicas que la célula puede llevar a cabo. Las proteínas que
forman el proteoma son sintetizadas por traducción de las moléculas indi-
viduales de RNA presentes en el transcriptoma.
Este libro trata acerca de los genomas y su expresión. Explica cómo se

los estudia (Parte 1), cómo se organizan (Parte 2), cómo funcionan
(Parte 3) y cómo se replican y evolucionan (Parte 4). Hasta hace muy
poco, era imposible escribir un texto como éste. Desde la década de
1950, los biólogos moleculares han estudiado genes individuales o
pequeños grupos de genes y, a partir de estos estudios, han acumulado
un gran conocimiento acerca del funcionamiento de los genes. Sin
embargo, sólo durante los últimos diez años se ha dispuesto de técnicas Figura 1.2 Genoma, transcriptoma y
que han posibilitado el examen de genomas enteros. Todavía se estudia proteoma.
de manera intensiva cada gen, pero la información acerca de genes indi-
viduales se interpreta, ahora, dentro del contexto del genoma en su con-
junto. Este nuevo y mayor interés se aplica no sólo a los genomas, sino
a toda la bioquímica y la biología celular. Ya no es suficiente conocer
vías bioquímicas o procesos subcelulares individuales. El desafío actual
es la biología de sistemas, que intenta articular estas vías y procesos en
redes que describan el funcionamiento global de las células y los orga-
nismos vivos.
Este libro presenta al lector nuestro conocimiento de los genomas y mues-

tra cómo esta interesante área de investigación está apuntalando nuestra
creciente comprensión de los sistemas biológicos. Sin embargo, primero
debemos prestar atención a los principios básicos de la biología molecular
repasando las características claves de los tres tipos de moléculas biológi-
cas que participan en los genomas y la expresión de los genomas: DNA,
RNA y proteínas.
1.1 DNA
En 1869, Johann Friedrich Miescher, un bioquímico suizo que trabajaba
en Tübingen, Alemania, descubrió el DNA. Los primeros extractos que
obtuvo de leucocitos humanos eran mezclas no refinadas de DNA y pro-
teínas cromosómicas; al año siguiente, se mudó a Basilea, Suiza (donde
ahora se encuentra el instituto de investigación que lleva su nombre) y
entonces preparó una mezcla pura de ácido nucleico de espermatozoi-
des de salmón. Las pruebas químicas de Miescher mostraron que el
DNA es ácido y rico en fósforo; también sugirieron que cada molécula
es muy grande, aunque recién en la década de 1930, cuando se aplica-
ron técnicas biofísicas al DNA, se reconoció totalmente la enorme lon-
gitud de las cadenas poliméricas.
1.1.1 Los genes están compuestos por DNA

En la actualidad es tan conocido que los genes están compuestos por DNA
que, a veces, es difícil apreciar que, durante los primeros 75 años que
siguieron a su descubrimiento, no se sospechó el verdadero papel del
DNA. Ya en 1903, W. S. Sutton había advertido que los patrones de
herencia de los genes guardaban paralelo con el comportamiento de los
cromosomas durante la división celular, observación que dio origen a la
teoría cromosómica: la hipótesis de que los genes se localizan en los cro-
mosomas. El examen de las células por citoquímica, después de teñirlas

con colorantes que se unen específicamente a sólo un tipo de producto

bioquímico, mostró que los cromosomas están compuestos por DNA y
proteínas, en cantidades aproximadamente iguales. En esa época, los bió-
logos reconocieron que debían de existir miles de millones de genes dife-
rentes y que, por lo tanto, el material genético debía de ser capaz de
adoptar muchas formas distintas. Pero este requerimiento parecía no ser
satisfecho por el DNA, porque, en la primera mitad del siglo XX, se con-
sideraba que todas las moléculas de DNA eran iguales. Por otra parte, se
sabía con certeza que las proteínas eran moléculas poliméricas muy varia-
bles, formadas cada una por una combinación diferente de 20 monóme-
ros de aminoácidos químicamente distintos (sección 1.3.1). Por lo tanto,
los genes debían de estar compuestos por proteína, no por DNA.
Los errores en el conocimiento de la estructura del DNA persistieron, pero

hacia fines de la década de 1930 se había aceptado que el DNA, al igual
que las proteínas, presentaba inmensa variabilidad. El concepto de que las
proteínas eran el material genético se mantuvo firme al principio, pero con
el tiempo fue refutado por los resultados de dos experimentos importantes:
• Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty mostraron que el
DNA es el componente activo del principio de transformación, un
extracto de células bacterianas que, al ser mezclado con una cepa
inocua de Streptococcus pneumoniae, convierte a estas bacterias en
una forma virulenta capaz de provocar neumonía cuando son inyec-
tadas a ratones (figura 1.3A). En 1944, cuando se publicaron los
resultados de este experimento, sólo unos pocos microbiólogos reco-
nocieron que la transformación implica transferencia de genes del
extracto celular a las bacterias vivas. Sin embargo, una vez aceptado
este punto, se clarificó el verdadero significado del “experimento de
Avery”: los genes bacterianos deben estar compuestos por DNA.
• Alfred Hershey y Martha Chase utilizaron la radiomarcación para
mostrar que, cuando un cultivo bacteriano es infectado por bacterió-
fagos (un tipo de virus), el DNA es el principal componente de éstos
que ingresa en las células (figura 1.3B). Ésta fue una observación
vital porque se sabía que, durante el ciclo de infección, los genes de
los bacteriófagos infectantes se utilizan para la síntesis directa de
nuevos bacteriófagos y esta síntesis tiene lugar dentro de las bacte-
rias. Si el DNA de los bacteriófagos infectantes es lo único que ingre-
sa en las células, se deduce que los genes de estos bacteriófagos
deben estar compuestos por DNA.
Si bien desde nuestra perspectiva estos dos experimentos aportan los resul-
tados claves que demuestran que los genes están compuestos por DNA, los
biólogos de la época no se convencieron con tanta facilidad. Ambos expe-
rimentos tenían limitaciones que permitían a los escépticos argumentar que
las proteínas podían ser, aun así, el material genético. Por ejemplo, había
preocupación acerca de la especificidad de la enzima desoxirribonucleasa
que utilizaron Avery y cols. para inactivar el principio de transformación.
Este resultado, una parte central de la evidencia de que el principio de
transformación era DNA, sería inválido si, como parecía posible, la enzima
contuviese vestigios de una proteasa contaminante y, por lo tanto, también
pudiese degradar proteínas. Tampoco el experimento con bacteriófagos
es concluyente, como destacaron Hershey y Chase cuando publicaron
sus resultados: “Nuestros experimentos muestran con claridad que es
posible una separación física del fago T2 en una parte genética y una
parte no genética... La identificación química de la parte genética debe
aguardar, sin embargo, a que se hayan respondido algunas preguntas...”.
Retrospectivamente, estos dos experimentos son importantes no por lo que
DNA 7
Figura 1.3 Los dos experimentos que sugirieron que los genes están
compuestos por DNA.
(A) Avery y cols. mostraron que el principio de transformación está compuesto
por DNA. Los dos paneles superiores ilustran lo que sucede cuando se inyecta a
ratones con bacterias Streptococcus pneumoniae inocuas, con agregado o no del
principio de transformación: un extracto celular obtenido de una cepa virulenta de
S. pneumoniae. En presencia de principio de transformación, el ratón muere por-
que los genes de este principio convierten a las bacterias inocuas en formas viru-
lentas; después, estas bacterias virulentas se aíslan en los pulmones del ratón
muerto. Los dos paneles inferiores muestran que el tratamiento con proteasa o
con ribonucleasa no ejerce ningún efecto sobre el principio de transformación,
pero que éste es inactivado por la desoxirribonucleasa.
(B) El experimento de Hershey-Chase utilizó bacteriófagos T2, cada uno de los

cuales consiste en una molécula de DNA contenida en una cápside proteica
unida a un “cuerpo” y “piernas”, que permiten que el bacteriófago se fije a la
superficie de una bacteria y que inyecte sus genes en el interior de la célula. Se
marcó con 32P el DNA de los bacteriófagos y con 35S, la proteína. Unos pocos
minutos después de la infección, se agitó el cultivo para desprender de la superfi-
cie celular las partículas de fago vacías. Después, se centrifugó el cultivo, lo que
reúne a las bacterias más los genes de los fagos en un microglóbulo en el fondo
del tubo, pero deja en suspensión las partículas más livianas del fago. Hershey y
Chase observaron que el microglóbulo bacteriano contenía la mayor parte del
componente marcado con 32P de los fagos (el DNA), pero sólo el 20% del
material marcado con 35S (la proteína del fago). En un segundo experimento,
mostraron que los nuevos fagos producidos al final de cada ciclo de infección
contenían menos del 1% de la proteína de los fagos progenitores. Véanse más
detalles del ciclo de infección del bacteriófago en la figura 2.19.

demuestran, sino porque alertaron a los biólogos sobre el hecho de que el

DNA podría ser el material genético y, por lo tanto, valía la pena estudiar-
lo. Fue esto lo que influyó en Watson y Crick para que trabajaran sobre el
DNA y, como se verá más adelante, fue su descubrimiento de la estructura
de doble hélice, que resolvió el desconcertante interrogante sobre la mane-
ra de replicación de los genes, lo que realmente convenció al mundo cien-
tífico de que los genes estaban compuestos por DNA.
1.1.2 Estructura del DNA

Los nombres de James Watson y Francis Crick están tan estrechamente
ligados con el DNA que es fácil olvidar que, cuando comenzaron su
colaboración en octubre de 1951, ya se conocía la estructura detallada
del polímero DNA. Su contribución no fue determinar la estructura del
DNA per se, sino mostrar que, en las células vivas, se entrelazan dos cade-
nas de DNA para formar la doble hélice. Por consiguiente, primero es
necesario analizar qué sabían Watson y Crick antes de iniciar su trabajo.
Nucleótidos y polinucleótidos
El DNA es un polímero lineal, no ramificado, cuyas subunidades mono-
méricas son cuatro nucleótidos químicamente distintos que se pueden
unir en cualquier orden en cadenas de cientos, miles o, incluso, millones
de unidades de longitud. Cada nucleótido del polímero DNA está forma-
do por tres componentes (figura 1.4):
• 2’-desoxirribosa, que es una pentosa, un tipo de azúcar compuesto
por cinco átomos de carbono. Estos cinco carbonos se numeran 1’
(que se dice “uno prima”), 2’, etc. El nombre “2’-desoxirribosa” indi-
ca que este azúcar particular es un derivado de la ribosa, en el que el
grupo oxhidrilo (–OH) unido al carbono 2’ de la ribosa ha sido reem-
plazado por un grupo hidrógeno (–H).
• Una base nitrogenada, de citosina, timina (pirimidinas de un solo ani-
llo), adenina o guanina (purinas de doble anillo). La base está unida al
carbono 1’ del azúcar mediante un enlace β-N-glucosídico, que se une al
nitrógeno número uno de la pirimidina o al número nueve de la purina.
• Un grupo fosfato que comprende una, dos o tres unidades ligadas de
fosfato unidas al carbono 5’ del azúcar. Los fosfatos se designan α, β
y γ, y el fosfato α es el que se une directamente al azúcar.
Figura 1.4 Estructura de un

nucleótido.
(A) Estructura general de un desoxi-
rribonucleótido, el tipo de nucleótido
hallado en el DNA. (B) Las cuatro
bases presentes en los desoxirribo-
nucleótidos.

DNA 9
Una molécula compuesta sólo por azúcar y base se denomina nucleósi-

do; el agregado de los fosfatos la convierte en un nucleótido. Aunque las
células contienen nucleótidos con uno, dos o tres grupos fosfato, sólo los
nucleósido trifosfatos actúan como sustratos para la síntesis de DNA.
Los nombres químicos completos de los cuatro nucleótidos que se poli-
merizan para formar DNA son:
• 2’-desoxiadenosina 5’-trifosfato
• 2’-desoxicitidina 5’-trifosfato
• 2’-desoxiguanosina 5’-trifosfato
• 2’-desoxitimidina 5’-trifosfato
Las abreviaturas de estos cuatro nucleótidos son dATP, dCTP, dGTP y

dTTP o cuando se hace referencia a la secuencia de DNA, A, C, G y T,
respectivamente.
En un polinucleótido, cada nucleótido está unido por enlaces fosfo-

diéster entre sus carbonos 5’ y 3’ (figura 1.5). A partir de la estructura
de esta unión, se puede observar que la reacción de polimerización
(figura 1.6) implica la eliminación de los dos fosfatos externos (los fos-
fatos β y γ) de un nucleótido y el reemplazo por el grupo oxhidrilo
unido al carbono 3’ del segundo nucleótido. Obsérvese que los dos
extremos del polinucleótido son químicamente distintos: uno tiene
un grupo trifosfato, que no ha reaccionado, unido al carbono 5’
(extremo 5’ o 5’-P) y el otro tiene un oxhidrilo, que tampoco ha reac-
cionado, unido al carbono 3’ (extremo 3’ o 3’-OH). Esto significa
que el polinucleótido tiene una dirección química, expresada como
5’→3’ (hacia abajo en la figura 1.5) o 3’→5’ (hacia arriba en la figu-
ra 1.5). Una consecuencia importante de la polaridad del enlace fos-
fodiéster es que la reacción química necesaria para extender un
polímero de DNA en dirección 5’→3’ es diferente de la requerida
para hacer una extensión 3’→5’. Todas las enzimas DNA polimera-
sas naturales sólo pueden llevar a cabo la síntesis 5’→3’, lo que suma
complicaciones significativas al proceso de replicación del DNA de
doble cadena (sección 15.2).
Figura 1.5 Polinucleótido corto de

DNA que muestra la estructura del
enlace fosfodiéster. Obsérvese que
los dos extremos del polinucleótido
son químicamente distintos.

Figura 1.6 Reacción de polimeriza-

ción que determina la síntesis de
un polinucleótido de DNA. La sínte-
sis ocurre en dirección 5’→3’, y el
nuevo nucleótido se agrega al carbo-
no 3’ al final del polinucleótido exis-
tente. Se extraen los fosfatos β y γ del
nucleótido como una molécula de
pirofosfato.
Evidencia que llevó a la doble hélice

Antes de 1950, diversas líneas de evidencia habían mostrado que las molé-
culas de DNA celular estaban formadas por dos o más polinucleótidos
ensamblados de alguna manera. La posibilidad de que descifrar el carácter de
este ensamblaje pudiese aportar conocimientos sobre la manera como traba-
jan los genes instó a Watson y Crick, entre otros, a intentar resolver la estruc-
tura. Según afirma Watson en su libro The Double Helix (La doble hélice),
su trabajo fue una carrera desesperada contra el famoso bioquímico estadou-
nidense Linus Pauling que propuso, inicialmente, un modelo incorrecto de
triple hélice, lo que les dio a Watson y Crick el tiempo que necesitaban para
completar la estructura de doble hélice. Ahora, es difícil separar la realidad
de la ficción, sobre todo con respecto al papel desempeñado por Rosalind
Franklin, cuyos estudios de difracción de rayos X aportaron el grueso de los
datos experimentales que avalaban la doble hélice, y quien estuvo muy cerca
de resolver, ella misma, la estructura. Lo que queda claro es que la doble héli-
ce, descubierta por Watson y Crick el 7 de marzo de 1953, fue el avance ais-
lado más importante de la biología durante el siglo XX.
Watson y Crick emplearon cuatro tipos de información para deducir la

estructura de doble hélice:

DNA 11
• Datos biofísicos de diversas clases. El contenido de agua de las fibras

de DNA era de particular importancia, pues permitía estimar la den-
sidad de DNA de una fibra. La cantidad de cadenas de la hélice y el
espacio entre los nucleótidos debían ser compatibles con la densidad
de la fibra. El modelo de triple hélice de Pauling se basó en una deter-
minación incorrecta de la densidad, que sugería que la disposición de
la molécula de DNA era más compacta de lo que en realidad es.
• Patrones de difracción de rayos X (Nota sobre técnicas 11.1), la
mayoría de los cuales fueron producidos por Rosalind Franklin, y
que revelaron el carácter helicoidal de la estructura e indicaron algu-
nas de las dimensiones claves dentro de la hélice.
• Las relaciones de bases, que habían sido descubiertas por Erwin
Chargaff de la Universidad de Columbia, Nueva York. Este investigador
realizó una larga serie de estudios cromatográficos de muestras de DNA
de diversas fuentes y mostró que, aunque los valores son diferentes en
distintos organismos, la cantidad de adenina es siempre igual a la can-
tidad de timina y la cantidad de guanina equivale a la cantidad de cito-
sina (figura 1.7). Estas relaciones de bases dieron origen a las reglas de
apareamiento de bases, que son la clave para descubrir la estructura de
doble hélice.
• La construcción del modelo, que fue la única técnica importante que
Watson y Crick practicaron por sí mismos. Los modelos en escala de
posibles estructuras de DNA permitieron controlar la posición rela-
tiva de los diversos átomos, asegurar que los pares que formaban
enlaces no estuvieran demasiado separados y que otros átomos no
estuvieran demasiado cerca para interferir entre sí.
Características claves de la doble hélice

Figura 1.7 Experimentos sobre rela-
La doble hélice es dextrógira, lo que significa que si fuera una escalera en ciones de bases efectuados por
espiral y usted la estuviera subiendo, la baranda del lado externo de la esca- Chargaff. Se extrajo DNA de diversos
lera estaría a su derecha. Las dos cadenas transcurren en direcciones organismos y se lo trató con ácido
opuestas (figura 1.8A). La hélice es estabilizada por dos tipos de interac- para hidrolizar los enlaces fosfodiéster
ciones químicas: y liberar los nucleótidos individuales.
Después, se cuantificó cada nucleóti-
• Apareamiento de bases entre las dos cadenas, que implica la formación do por cromatografía. Los datos
de enlaces de hidrógeno entre una adenina de una cadena y una timina muestran algunos de los resultados
de la otra, o entre una citosina y una guanina (figura 1.8B). Los enlaces reales obtenidos por Chargaff. Éstos
de hidrógeno son atracciones electrostáticas débiles entre un átomo indican que, dentro del error experi-
mental, la cantidad de adenina es
electronegativo (como oxígeno o nitrógeno) y un átomo de hidrógeno
igual que la de timina y la cantidad de
unido a un segundo átomo electronegativo. Los enlaces de hidrógeno guanina es igual que la de citosina.
son más largos que los enlaces covalentes y mucho más débiles, con
energías de enlace típicas de 1-10 kcal mol–1 a 25ºC, en comparación
con hasta 90 kcal mol–1 para un enlace covalente. Los enlaces de hidró-
geno estabilizan la estructura secundaria de las proteínas, así como la
doble hélice de DNA. Las dos combinaciones de bases –base A aparea-
da con T y base G apareada con C– explican las relaciones de bases des-
cubiertas por Chargaff. Éstos son los únicos pares de bases permisibles,
en parte, por las geometrías de las bases de nucleótidos y las posiciones
relativas de los átomos que pueden participar en los enlaces de hidróge-
no, y, en parte, porque el par debe estar entre una purina y una pirimi-
dina: un par purina-purina sería demasiado grande para caber dentro de
la hélice y un par pirimidina-pirimidina sería demasiado pequeño.
• Apilamiento de bases, denominado a veces interacciones π-π, que
implica interacciones hidrófobas entre pares de bases adyacentes y
suma estabilidad a la doble hélice una vez que las cadenas se han
unido por apareamiento de bases. Estas interacciones hidrófobas sur-

Figura 1.8 Estructura de doble héli-

ce del DNA. (A) Dos representacio-
nes de la doble hélice. En la
estructura de la izquierda, se mues-
tran con los “esqueletos” de azúcar-
fosfato de cada polinucleótido
dibujados como una cinta gris, con los
pares de bases en verde. A la dere-
cha, se presenta la estructura química
de tres pares de bases. (B) La base A
se aparea con T y la base G, con C.
Se delinean las bases y las líneas de
puntos indican los enlaces de hidró-
geno. Obsérvese que un par de bases
G–C tiene tres enlaces de hidrógeno,
mientras que un par de bases A–T
tiene sólo dos.
gen porque la estructura acuosa con enlaces de hidrógeno fuerza a

los grupos hidrófobos hacia las partes internas de una molécula.
Tanto el apareamiento como el apilamiento de bases son importantes para

mantener juntos los dos polinucleótidos, pero el apareamiento tiene mayor
significación debido a sus implicaciones biológicas. La limitación de que
sólo se pueden aparear las bases A con T y G con C implica que la replica-
ción del DNA puede determinar copias perfectas de una molécula madre a
través del simple recurso de utilizar las secuencias de las cadenas preexis-
tentes para imponer las secuencias de las nuevas cadenas. Esto es la sínte-
sis de DNA dependiente del molde y es el sistema utilizado por todas las
DNA polimerasas celulares (sección 15.2.2). Por lo tanto, el apareamiento
de bases permite que las moléculas de DNA se repliquen por un sistema
tan simple y delicado que, en cuanto Watson y Crick publicaron la estruc-
tura de la doble hélice, todos los biólogos se convencieron de que los genes
están realmente compuestos por DNA.
La doble hélice tiene flexibilidad estructural

La doble hélice descrita por Watson y Crick, presentada en la figura 1.8A,
se denomina forma B de DNA. Sus características típicas residen en sus
dimensiones: un diámetro de la hélice de 2,37 nm, un aumento de 0,34
nm por par de bases y un paso (pitch) (la distancia abarcada por un giro

DNA 13
Cuadro 1.1 Características de las diferentes conformaciones de la doble hélice de DNA
Característica B-DNA A-DNA Z-DNA
Tipo de hélice Dextrógira Dextrógira Levógira

Diámetro de la hélice (nm) 2,37 2,55 1,84
Aumento por par de bases (nm) 0,34 0,29 0,37
Distancia por giro completo 3,4 3,2 4,5
(paso [pitch]) (nm)
Número de pares de bases por giro 10 11 12
completo
Topología del surco mayor Ancho, profundo Angosto, profundo Plano
Topología del surco menor Angosto, superficial Ancho, superficial Angosto, profundo
completo de la hélice) de 3,4 nm, que se corresponde con diez pares de

bases por giro. Se considera que el DNA de las células vivas consiste pre-
dominantemente en esta forma B, pero ahora ha quedado claro que las
moléculas de DNA genómico no tienen una estructura por completo uni-
forme. Esto se debe, sobre todo, a que cada nucleótido de la hélice tiene
la flexibilidad de adoptar formas moleculares algo diferentes. Para adop-
tar estas conformaciones distintas, deben cambiar ligeramente las posicio-
nes relativas de los átomos del nucleótido. Hay una serie de posibilidades,
pero los cambios de conformación más importantes implican rotación
alrededor del enlace β-N-glucosídico, lo que cambia la orientación de la
base respecto del azúcar, y rotación en torno del enlace entre los carbonos
3’ y 4’. Ambas rotaciones ejercen un efecto significativo sobre la doble
hélice: la modificación de la orientación de las bases influye en la posición
relativa de los dos polinucleótidos y la rotación alrededor del enlace 3’–4’
incide en la conformación del esqueleto de azúcar-fosfato.
Por lo tanto, las rotaciones dentro de nucleótidos individuales inducen

cambios importantes en la estructura global de la hélice. Desde la déca-
da de 1950, se reconoció que ocurren cambios en las dimensiones de la
doble hélice cuando las fibras que contienen moléculas de DNA son
expuestas a diferentes humedades relativas. Por ejemplo, la versión
modificada de la doble hélice denominada forma A (figura 1.9) tiene un
diámetro de 2,55 nm, un aumento de 0,29 nm por par de bases y un
paso de 3,2 nm correspondiente a 11 pares de bases por giro (cuadro
1.1). Otras variaciones son B’–, C–, C’–, C’’–, D–, E– y T-DNA. Todas
estas hélices son dextrógiras como la forma B. También es posible una
reorganización más drástica, que da origen al Z–DNA levógiro (figura
1.9), una versión más delgada de la doble hélice con un diámetro de sólo
1,84 nm.
Las dimensiones directas de las diversas formas de la doble hélice no

revelan lo que, tal vez, sean las diferencias más significativas entre ellas.
Éstas se relacionan no sólo con el diámetro y el paso, sino con el grado
de acceso a las regiones internas de la hélice desde la superficie de la
estructura. Como se muestra en las figuras 1.8 y 1.9, la forma B del
DNA no tiene una superficie totalmente lisa, sino que dos surcos trans-
curren en espiral a lo largo de la hélice. Uno de estos surcos es bastan-
te ancho y profundo, y se lo denomina surco mayor; el otro es angosto
y menos profundo, es el surco menor. El A-DNA también tiene dos sur-
cos (figura 1.9) pero, en esta conformación, el surco mayor es aún más

Figura 1.9 Estructuras del B-DNA

(izquierda), el A-DNA (centro) y el
Z-DNA (derecha). Modelos espacia-
les (arriba) y modelos estructurales
(abajo) que representan diferentes
conformaciones de las moléculas de
DNA. Obsérvense las diferencias del
diámetro de la hélice, del número de
pares de bases por giro completo, y
de la topología de los surcos mayor y
menor, entre estas moléculas.
Reimpreso con autorización de
Kendrew, J. (Ed.) Encyclopaedia of
Molecular Biology. © 1994 Blackwell
Publishing.
profundo y el surco menor es más superficial y más ancho, en compara-

ción con el B-DNA. También el Z-DNA es diferente, con un surco casi
inexistente, pero el otro es muy angosto y profundo. En cada forma de
DNA, parte de la superficie interna de por lo menos uno de los surcos
está formada por grupos químicos unidos a las bases nucleotídicas. En
el capítulo 11 se verá que la expresión de la información biológica con-
tenida en el genoma está mediada por proteínas de unión al DNA, que
se unen a la doble hélice y regulan la actividad de los genes contenidos
en ésta. Para cumplir su función, cada proteína de unión al DNA debe
estar fijada en una posición específica, cerca del gen sobre cuya activi-
dad debe influir. Esto se puede lograr, al menos con cierto grado de exac-
titud, si la proteína alcanza el fondo del surco, dentro del cual se puede
“leer” la secuencia de DNA sin abrir la hélice rompiendo los pares de
bases. De esto se deduce que una proteína de unión al DNA, cuya
estructura le permite reconocer una secuencia nucleotídica específica
dentro del B-DNA, por ejemplo, quizá no pueda reconocer esa secuen-

RNA y transcriptoma 15
cia si el DNA ha adoptado una conformación diferente. Como se anali-

zará en el capítulo 11, las variaciones de conformación a lo largo de una
molécula de DNA, junto con otros polimorfismos estructurales causados
por la secuencia nucleotídica, podrían ser importantes para determinar
la especificidad de las interacciones entre el genoma y sus proteínas de
unión al DNA.
1.2 RNA y transcriptoma

El producto inicial de la expresión del genoma es el transcriptoma
(véase figura 1.2), el conjunto de moléculas de RNA derivadas de los
genes que codifican proteínas, cuya información biológica es requerida
por la célula en un momento particular. Las moléculas de RNA del
transcriptoma, así como muchos otros RNA derivados de genes que no
codifican proteínas, son sintetizadas por el proceso denominado trans-
cripción. En esta sección se examina la estructura del RNA y, después,
se analizan más de cerca los diversos tipos de molécula de RNA presen- Figura 1.10 Diferencias químicas
tes en las células vivas. entre DNA y RNA. (A) El RNA contie-
ne ribonucleótidos, en los que el azú-
car es ribosa en lugar de
1.2.1 Estructura del RNA 2’-desoxirribosa. La diferencia es que
se une un grupo oxhidrilo, en vez de
El RNA es un polinucleótido similar al DNA, pero con dos diferencias un átomo de hidrógeno, al carbono 2’.
químicas importantes (figura 1.10). Primero, el azúcar del nucleótido de (B) El RNA contiene la pirimidina
RNA es ribosa y, segundo, el RNA contiene uracilo en lugar de timina. Por denominada uracilo, en lugar
lo tanto, los cuatro sustratos nucleotídicos para la síntesis de RNA son: de timina.
• adenosina 5’-trifosfato
• citidina 5’-trifosfato
• guanosina 5’-trifosfato
• uridina 5’-trifosfato
Estos nucleótidos se abrevian ATP, CTP, GTP y UTP, o A, C, G y U, res-

pectivamente.
Al igual que el DNA, los polinucleótidos RNA contienen enlaces fosfodiés-

ter 3’–5’, pero estos enlaces son menos estables que los de un polinucleó-
tido DNA, debido al efecto indirecto del grupo oxhidrilo en la posición 2’
del azúcar. Rara vez, las moléculas de RNA tienen más que unos pocos
miles de nucleótidos de longitud y, aunque muchas forman pares de bases
intramoleculares (p. ej., véase figura 13.2), la mayoría es de una sola cade-
na y no de doble cadena.
Las enzimas responsables de la transcripción de DNA a RNA se denomi-

nan RNA polimerasas dependientes de DNA. El nombre indica que la
reacción enzimática que catalizan determina la polimerización del RNA a
partir de ribonucleótidos y que este proceso es dependiente del DNA, lo
que significa que la secuencia de nucleótidos de un molde de DNA impo-
ne la secuencia de nucleótidos del RNA sintetizado (figura 1.11). Se per-
mite acortar el nombre de la enzima a RNA polimerasa, pues el contexto
en el que se emplea el nombre implica que rara vez hay confusión con las Figura 1.11 Síntesis de RNA depen-
RNA polimerasas dependientes de RNA, que participan en la replicación diente del molde. El transcrito de
RNA es sintetizado en dirección
y la expresión de los genomas de algunos virus. La base química de la sín- 5’→3’, leyendo el DNA en la dirección
tesis de RNA dependiente del molde es equivalente a la ilustrada para la 3’→5’; el apareamiento de bases al
síntesis de DNA en la figura 1.6. Se agrega un ribonucleótido tras otro al molde de DNA determina la secuen-
extremo 3’ creciente del transcrito de RNA y la identidad de cada nucleó- cia del transcrito.

tido está especificada por las reglas de apareamiento de bases: la base A se

aparea con T o U, la base G se aparea con C. Durante la incorporación de
cada nucleótido, se eliminan los fosfatos β y γ del nucleótido entrante, así
como el grupo oxhidrilo del carbono 3’ del nucleótido del final de la cade-
na, precisamente igual que en la polimerización del DNA.
1.2.2 Contenido de RNA de la célula

Una bacteria típica contiene de 0,05 a 0,10 pg de RNA, que representan
alrededor del 6% de su peso total. Una célula de mamífero, que es mucho
más grande, contiene más RNA, de 20 a 30 pg en total, pero esto repre-
senta sólo el 1% de toda la célula. La mejor manera de conocer el conte-
nido de RNA de una célula es dividirlo en categorías y subcategorías según
su función. Si bien hay varias maneras de hacerlo, el esquema más infor-
mativo es el que se muestra en la figura 1.12. La división primaria es entre
RNA codificante y RNA no codificante. El RNA codificante es el trans-
criptoma y está compuesto por sólo una clase de molécula: los RNA men-
sajeros (mRNA), que son transcritos de genes que codifican proteínas y,
por ende, son traducidos a proteínas en el segundo estadio de expresión
del genoma. Los mRNA rara vez representan más del 4% del RNA total
y tienen vida breve, ya que son degradados poco después de su síntesis.
Los mRNA bacterianos presentan semividas de no más de algunos minu-
tos y la mayoría de los mRNA eucariontes son degradados unas pocas
horas después de la síntesis. Este recambio rápido significa que la composi-
ción del transcriptoma no está fija y que puede ser reestructurada con rapi-
dez por modificación de la velocidad de síntesis de mRNA individuales.
El segundo tipo de RNA se denomina “no codificante”, dado que estas molé-
culas no son traducidas a proteínas. Sin embargo, RNA funcional es un nom-
bre mejor, pues destaca que, aunque no forma parte del transcriptoma, el
RNA no codificante cumple, aun así, funciones esenciales dentro de la célu-
la. Hay varios tipos de RNA funcional, de los cuales los más importantes son:
• RNA ribosómicos (rRNA). Están presentes en todos los organismos
y, por lo general, son los RNA más abundantes de la célula; represen-
tan hasta más del 80% del RNA total de las bacterias que se dividen
activamente. Estas moléculas son componentes de los ribosomas, las
estructuras en las que tiene lugar la síntesis proteica (sección 13.2).
• RNA de transferencia (tRNA). Son moléculas pequeñas que tam-
bién participan en la síntesis proteica y, al igual que el rRNA, se
encuentran en todos los organismos. La función de los tRNA es
transportar aminoácidos al ribosoma y garantizar que éstos se unan
Figura 1.12 Contenido de RNA de

una célula. Este esquema muestra
los tipos de RNA presentes en todos
los organismos y aquellas categorías
halladas sólo en células eucariontes.

RNA y transcriptoma 17
en el orden especificado por la secuencia nucleotídica del mRNA que

está siendo traducido (sección 13.1).
• RNA nucleares pequeños (snRNA, denominados también U-RNA
porque estas moléculas son ricas en nucleótidos de uridina). Se
encuentran en el núcleo de los eucariontes. Estas moléculas partici-
pan en el corte y empalme, uno de los pasos claves de los eventos de
procesamiento que convierten los transcritos primarios de genes que
codifican proteínas en mRNA (sección 12.2.2).
• RNA nucleolares pequeños (snoRNA). Se hallan en las regiones
nucleolares de los núcleos eucariontes. Tienen una participación cen-
tral en la modificación química de las moléculas de rRNA al dirigir a
las enzimas que realizan las modificaciones de los nucleótidos espe-
cíficos donde se deben efectuar alteraciones, como el agregado de un
grupo metilo (sección 12.2.5).
• MicroRNA (miRNA) y RNA interferentes pequeños (siRNA). Son
RNA pequeños que regulan la expresión de genes individuales (sec-
ción 12.2.6).
1.2.3 Procesamiento del RNA precursor

Las células, además de los RNA maduros mencionados, también contie-
nen moléculas precursoras. Muchos RNA, sobre todo en los eucarion-
tes, se sintetizan al principio como RNA precursor o pre-RNA, que debe
ser procesado antes de que pueda cumplir su función. Los diversos fenó-
menos de procesamiento, todos los cuales se comentan en el capítulo 12,
son los siguientes (figura 1.13):
• Las modificaciones terminales ocurren durante la síntesis de mRNA
eucariontes, la mayoría de los cuales tienen un solo nucleótido
inusual, denominado caperuza o casquete unido al extremo 5’ y una
cola de poli(A) unida al extremo 3’.
• El corte y empalme es la eliminación de segmentos del interior de un
RNA precursor. Muchos genes, sobre todo de eucariontes, contienen
segmentos internos que no contienen información biológica. Éstos se
denominan intrones y, cuando se transcribe el gen, se los copia junto
con los exones que contienen información. Los intrones son extraí-
dos del pre-mRNA mediante reacciones de corte y unión. El pre-
RNA no empalmado forma la fracción de RNA nuclear denominado
RNA nuclear heterogéneo (hnRNA).
• Los eventos de corte son de particular importancia en el procesa-
miento de los rRNA y los tRNA, muchos de los cuales son sintetiza-
dos, al principio, a partir de unidades de transcripción que
especifican más de una molécula. Por lo tanto, se deben cortar en
Figura 1.13 Esquema de los cuatro

tipos de fenómeno de procesa-
miento del RNA. No todos los
fenómenos tienen lugar en todos
los organismos.

fragmentos los pre-rRNA y los pre-tRNA para producir los RNA

maduros. Este tipo de procesamiento ocurre tanto en procariontes
como en eucariontes.
• Los rRNA, los tRNA y los mRNA sufren modificaciones químicas.
Los rRNA y los tRNA de todos los organismos son modificados por
agregado de nuevos grupos químicos a nucleótidos específicos den-
tro de cada RNA. La modificación química del mRNA, denominada
edición del RNA, ocurre en muchos eucariontes.
1.2.4 Transcriptoma
Si bien el transcriptoma representa menos del 4% del RNA total de la
célula, es el componente más significativo, porque contiene el RNA
codificante que participa en el siguiente estadio de expresión del geno-
ma. Cabe destacar que el transcriptoma nunca es sintetizado de novo.
Toda célula recibe parte del transcriptoma de su progenitora cuando se
origina por primera vez, por división celular, y mantiene un transcrito-
ma durante toda su vida. Aun células latentes en esporas bacterianas o
en semillas de plantas tienen un transcriptoma, aunque su traducción a
proteínas puede estar desactivada por completo. Por lo tanto, la trans-
cripción de cada gen que codifica proteínas no determina la síntesis del
transcriptoma, sino que lo mantiene reemplazando mRNA que han sido
degradados y desencadena cambios en la composición del transcriptoma
a través de la activación y la desactivación de diferentes grupos de genes.
Aun en los organismos más simples, como bacterias y levaduras, hay

muchos genes activos a la vez. Por ende, los transcriptomas son comple-
jos y contienen copias de cientos, si no miles, de mRNA diferentes. Por
lo general, cada mRNA representa sólo una pequeña fracción del con-
junto y el tipo más común rara vez contribuye a más del 1% del mRNA
total. Las células que tienen funciones bioquímicas muy especializadas,
reflejadas por transcriptomas en los que predominan uno o unos pocos
mRNA, constituyen excepciones. Por ejemplo, las semillas de trigo sin-
tetizan y acumulan grandes cantidades de proteína gliadina, que propor-
cionan una fuente de aminoácidos para el grano en germinación. Dentro
de las semillas en desarrollo, los mRNA de gliadina pueden representar
hasta el 30% de los transcriptomas de ciertas células.
1.3 Proteínas y proteoma

El segundo producto de expresión del genoma es el proteoma (véase
figura 1.2), el repertorio de proteínas de la célula, que especifica el
carácter de las reacciones bioquímicas que ésta es capaz de realizar.
Estas proteínas son sintetizadas por traducción de las moléculas de
mRNA que forman el transcriptoma.
1.3.1 Estructura proteica

Una proteína, al igual que una molécula de DNA, es un polímero lineal, no
Figura 1.14 Estructura general de ramificado. En las proteínas, las subunidades monoméricas se denominan
un aminoácido. Todos los aminoáci-
aminoácidos (figura 1.14) y los polímeros resultantes, o polipéptidos, rara
dos tienen la misma estructura gene-
ral, que consiste en un carbono a vez tienen más de 2.000 unidades de longitud. Como en el caso del DNA,
central unido a un átomo de hidróge- las características claves de la estructura proteica se determinaron en la
no, un grupo carboxilo, un grupo primera mitad del siglo XX; esta fase de la bioquímica proteica culminó en
amino y un grupo R. El grupo R es la década de 1940 y principios de la de 1950 con el esclarecimiento, por
diferente para cada aminoácido Pauling y Corey, de las principales conformaciones, o estructuras secunda-
(véase figura 1.18). rias, adoptadas por los polipéptidos. En los últimos años, se ha centrado

Proteínas y proteoma 19
el interés en el modo de combinación de estas estructuras secundarias para

generar las formas tridimensionales, complejas, de las proteínas.
Los cuatro niveles de la estructura proteica

Tradicionalmente, se considera que las proteínas tienen cuatro niveles
de estructura. Estos niveles son jerárquicos y la proteína se construye
estadio por estadio; cada nivel de estructura depende del inferior:
• La estructura primaria de la proteína está compuesta por la unión de
los aminoácidos en un polipéptido. Los aminoácidos están unidos
por enlaces peptídicos, formados por una reacción de condensación
entre el grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino de un
segundo aminoácido (figura 1.15). Obsérvese que, al igual que en un
polinucleótido, los dos extremos del polipéptido son químicamente Figura 1.15 En los polipéptidos, los
distintos: uno tiene un grupo amino libre y se denomina extremo aminoácidos están unidos por enla-
amino, NH2– o N; el otro tiene un grupo carboxilo libre y se deno- ces peptídicos. La ilustración mues-
mina extremo carboxilo, COOH– o C. Por lo tanto, la dirección del tra la reacción química que tiene
lugar entre dos aminoácidos que se
polipéptido se puede expresar como N→C (de izquierda a derecha en
unen por un enlace peptídico. La
la figura 1.15) o C→N (de derecha a izquierda en la figura 1.15). reacción se denomina condensación
• La estructura secundaria hace referencia a las diferentes conforma- porque provoca la eliminación de agua.
ciones que puede adoptar el polipéptido. Los dos tipos principales de
estructura secundaria son la hélice α y la hoja β (figura 1.16). Éstas
son estabilizadas sobre todo por enlaces de hidrógeno que se forman
entre distintos aminoácidos del polipéptido. La mayoría de los poli-
péptidos son suficientemente largos para plegarse en una serie de
estructuras secundarias, uno después de otro a lo largo de la molécula.
• La estructura terciaria obedece al plegamiento de los componentes de la
estructura secundaria del polipéptido en una configuración tridimensio-
nal (figura 1.17). La estructura terciaria estabilizada por diversas fuerzas
químicas, como enlaces de hidrógeno entre aminoácidos individuales,
interacciones electrostáticas entre los grupos R de los aminoácidos con
carga (véase figura 1.18) y fuerzas hidrófobas, que imponen que los ami-
noácidos con grupos laterales no polares (“sin afinidad por el agua”) que-
den resguardados del agua dentro de las regiones internas de la proteína.
También puede haber enlaces covalentes denominados puentes disulfuro
entre residuos de aminoácidos cisteína en diversos lugares de polipéptido.
• La estructura cuaternaria consiste en la asociación de dos o más poli-
péptidos, cada uno plegado en su estructura terciaria, en una proteína
de múltiples subunidades. No todas las proteínas forman estructuras
cuaternarias, pero éstas son una característica de muchas proteínas
con funciones complejas, incluidas varias que participan en la expre-
sión del genoma. Algunas estructuras cuaternarias se mantienen uni-
das por puentes disulfuro entre los diferentes polipéptidos y forman
proteínas de múltiples subunidades estables que no pueden ser
degradadas con facilidad en sus partes componentes. Otras son aso-
Figura 1.16 Las dos unidades
ciaciones más laxas de subunidades estabilizadas por enlaces de hidró-
estructurales secundarias principa-
geno y efectos hidrófobos, lo que significa que estas proteínas pueden les halladas en las proteínas: (A) la
revertir a sus polipéptidos componentes o cambiar la composición de hélice α y (B) la hoja β. Bosquejo de
sus subunidades según los requerimientos funcionales de la célula. las cadenas polipeptídicas. Se han
omitido los grupos R para que resulte
más claro. Cada estructura está estabi-
La diversidad de los aminoácidos es la base de la diversidad de lizada por enlaces de hidrógeno (H)
las proteínas entre grupos C=O y N–H de diferen-
tes enlaces peptídicos. La conforma-
Desde el punto de vista funcional, las proteínas difieren porque los amino- ción en hoja β mostrada es
ácidos que las componen son, en sí mismos, químicamente diversos. Por lo antiparalela; las dos cadenas transcu-
tanto, diferentes secuencias de aminoácidos dan por resultado distintas rren en direcciones opuestas. También
combinaciones de reactividad química, que imponen no sólo la estructura hay hojas β paralelas.

global de la proteína resultante, sino también la posición sobre la superfi-

cie de la estructura de los grupos reactivos que determinan las propiedades
químicas de la proteína.
La diversidad de los aminoácidos deriva del grupo R, pues esta parte es

diferente en cada aminoácido y varía mucho de estructura. Las proteí-
nas se forman a partir de un conjunto de 20 aminoácidos (figura 1.18;
cuadro 1.2). Algunos de ellos tienen grupos R que son estructuras
pequeñas, relativamente simples, como un solo átomo de hidrógeno (en
el aminoácido llamado glicina) o un grupo metilo (alanina). Otros gru-
pos R son grandes cadenas laterales aromáticas, complejas (fenilalanina,
triptófano y tirosina). La mayoría de los aminoácidos no tienen carga,
pero dos presentan carga negativa (ácido aspártico y ácido glutámico) y
tres, carga positiva (arginina, histidina y lisina). Algunos aminoácidos
Figura 1.17 Estructura terciaria de son polares (p. ej., glicina, serina y treonina), otros son no polares (p.
una proteína. Esta estructura de una ej., alanina, leucina y valina).
proteína imaginaria consiste en tres
hélices α, ilustradas como espirales y
una hoja β de cuatro cadenas, indica- Los veinte aminoácidos mostrados en la figura 1.18 son los que se con-
da por las flechas. sidera, convencionalmente, que están especificados por el código gené-
tico (sección 1.3.2). Por lo tanto, son los aminoácidos que están unidos
cuando las moléculas de mRNA son traducidas a proteínas. Sin embar-
go, estos 20 aminoácidos no representan, por sí mismos, el límite de la
diversidad química de las proteínas. La diversidad es aún mayor debido
a dos factores:
Figura 1.18 Grupos R de los amino-

ácidos. Se considera, convencional-
mente, que estos 20 aminoácidos
están especificados por el código
genético.

Cuadro 1.2 Abreviaturas de los aminoácidos
Abreviatura
Aminoácido Tres letras Una letra
Alanina Ala A
Arginina Arg R
Asparagina Asn N
Ácido aspártico Asp E
Ácido glutámico Glu D
Cisteína Cys C
Glutamina Gln Q
Glicina Gly G
Histidina His H
Isoleucina Ile I
Leucina Leu L
Lisina Lys K Figura 1.19 Estructura de la seleno-
cisteína y la pirrolisina. Las partes
Metionina Met M mostradas en pardo indican las dife-
Fenilalanina Phe F rencias entre estos aminoácidos y la
cisteína y la lisina, respectivamente.
Prolina Pro P
Serina Ser S
Treonina Thr T
Triptófano Trp W
Tirosina Tyr Y
Valina Val V
• Durante la síntesis proteica, se pueden insertar, por lo menos, otros

dos aminoácidos: selenocisteína y pirrolisina (figura 1.19), en una
cadena polipeptídica; su inserción está dirigida por una modificación
de la lectura del código genético (sección 13.1.1).
• Durante el procesamiento de las proteínas, algunos aminoácidos son
modificados por el agregado de nuevos grupos químicos; por ejem-
plo, por acetilación o fosforilación, o por unión de una gran cadena
lateral formada por unidades de azúcar (sección 13.3.3).
Por lo tanto, las proteínas muestran un inmenso grado de variabilidad

química, parte de la cual está directamente especificada por el genoma,
mientras que el resto surge del procesamiento de las proteínas.
1.3.2 Proteoma
El proteoma comprende todas las proteínas presentes en una célula en
un momento determinado. Se considera que una célula “típica” de
mamífero; por ejemplo, un hepatocito, contiene de 10.000 a 20.000 pro-
teínas diferentes, alrededor de 8 ¥ 109 moléculas individuales en total,
lo que representa cerca de 0,5 ng de proteína o 18-20% del peso celu-
lar total. El número de copias de cada proteína varía enormemente, de
menos de 20.000 moléculas por célula, para los tipos más raros, hasta
100 millones de copias, para los más comunes. Se considera que cual-
quier proteína que está presente con un número de copias superior a
50.000 por célula es relativamente abundante y, en la célula promedio

de mamífero, alrededor de 2.000 proteínas caen dentro de esta catego-

ría. Cuando se examinan los proteomas de diferentes tipos de células de
mamíferos, se observan muy pocas diferencias entre estas proteínas
abundantes, lo que sugiere que la mayoría de ellas son proteínas consti-
tutivas que realizan actividades bioquímicas generales que tienen lugar
en todas las células. Las proteínas que aportan a la célula su función
especializada suelen ser bastante raras, aunque hay excepciones, como
las grandes cantidades de hemoglobina presente sólo en los eritrocitos.
Relación entre transcriptoma y proteoma

El flujo de información del DNA al RNA por transcripción no da lugar a
ninguna dificultad conceptual. Los polinucleótidos DNA y RNA tienen
estructuras muy similares y es fácil comprender cómo se puede hacer una
copia RNA de un gen mediante síntesis dependiente del molde, utilizando
las reglas de apareamiento de bases con las que nos hemos familiarizado.
La segunda fase de la expresión del genoma, durante la cual las moléculas
de mRNA del transcriptoma dirigen la síntesis de proteínas, es menos fácil
de entender si se consideran sólo las estructuras de las moléculas involu-
cradas. A principios de la década de 1950, poco después del descubri-
miento de la estructura de doble hélice, varios biólogos moleculares
intentaron diseñar posibles modos de unión ordenada de aminoácidos a
mRNA, pero todos estos esquemas contenían por lo menos algunos enla-
ces que debían ser más cortos o más largos que lo posible, de acuerdo con
las leyes fisicoquímicas, y cada idea fue desechada en silencio. Finalmente,
en 1957, Francis Crick comenzó a aclarar la confusión al predecir la exis-
tencia de una molécula adaptadora que formaría un puente entre el mRNA
y el polipéptido sintetizado. Poco después se advirtió que estas moléculas
adaptadoras eran los tRNA y, una vez establecido este hecho, se adquirió
con rapidez un conocimiento detallado del mecanismo de síntesis de las
proteínas. Este proceso se examina en la sección 13.1.
El otro aspecto de la síntesis proteica que interesaba a los biólogos mole-

culares de la década de 1950 era el problema de la información. Éste
hace referencia al segundo componente importante del eslabón entre el
transcriptoma y el proteoma: el código genético, que especifica cómo se
traduce la secuencia nucleotídica de un mRNA a la secuencia de amino-
ácidos de una proteína. En la década de 1950 se reconoció que se
requiere un código genético de tripletes –uno en el que cada palabra de
codificación, o codón, comprende tres nucleótidos– para explicar los 20
aminoácidos hallados en las proteínas. Un código de dos letras tendría
sólo 42 = 16 codones, que no bastan para explicar los 20 aminoácidos,
mientras que un código de tres letras daría 43 = 64 codones. El código
genético fue descifrado en la década de 1960, en parte por análisis de
los polipéptidos que surgían de la traducción de mRNA artificiales de
secuencia conocida o predecible, en sistemas sin células, y en parte, por
determinación de qué aminoácidos se asociaban con qué secuencias de
RNA, en un análisis basado en ribosomas purificados. Cuando se finali-
zó este trabajo, se advirtió que los 64 codones pertenecían a grupos
cuyos miembros codificaban el mismo aminoácido (figura 1.20). Sólo el
triptófano y la metionina tienen un codón cada uno: todos los demás
aminoácidos son codificados por dos, tres, cuatro o seis codones. Esta
característica del código se denomina redundancia (degeneracy). El
código también tiene cuatro codones de puntuación, que indican los
puntos donde debe comenzar y finalizar la traducción de la secuencia
nucleotídica dentro de un mRNA (figura 1.21). Por lo general, el codón
de iniciación es 5’–AUG–3’, que también especifica la metionina (así, la
mayoría de los polipéptidos recién sintetizados comienzan con metioni-

Figura 1.20 Código genético. Los

aminoácidos son designados con las
abreviaturas estándares, de tres letras
(véase cuadro 1.2).
na), aunque con unos pocos mRNA se utilizan otros codones como
5’–GUG–3’ y 5’–UUG–3’. Los tres codones de terminación son
5’–UAG–3’, 5’–UAA–3’ y 5’–UGA–3’.
El código genético no es universal

Al principio se pensaba que el código genético debía de ser el mismo en
todos los organismos. El argumento era que, una vez establecido, sería
imposible que el código cambiara, porque dar un nuevo significado a
cualquier codón aislado determinaría una alteración global de las secuen-
cias de aminoácidos de las proteínas. Este razonamiento parece sólido, de
manera que es sorprendente que, en realidad, el código genético no sea
universal. El código mostrado en la figura 1.20 es válido para la mayoría
de los genes de casi todos los organismos, pero las desviaciones son gene-
ralizadas. En particular, los genomas mitocondriales suelen utilizar un
código no estándar (cuadro 1.3). Esto fue descubierto en 1979 por el
grupo de Frederick Sanger de Cambridge, RU, que observó que varios
mRNA mitocondriales humanos contienen la secuencia 5’–UGA–3’, que
en general codifica terminación, en posiciones internas donde no es espe-
rable que se detenga la síntesis proteica. Comparaciones con las secuen-
cias de aminoácidos de las proteínas codificadas por estos mRNA
mostraron que 5’–UGA–3’ es un codón de triptófano en las mitocondrias
humanas y que esto es sólo una de cuatro desviaciones del código en este
sistema genético particular. Los genes mitocondriales de otros organis-
mos también presentan desviaciones del código, aunque es probable que
por lo menos una de éstas –el uso de 5’–CGG–3’ como codón del triptó-
fano en las mitocondrias de las plantas– sea corregida por edición del
RNA (sección 12.2.5) antes de que se produzca la traducción.
También se conocen códigos no estándares para los genomas nucleares de

eucariontes inferiores. A menudo, una modificación se limita sólo a un
pequeño grupo de organismos y suele consistir en reasignación de los codo-
nes de terminación (cuadro 1.3). Las modificaciones son menos frecuentes
en los procariontes, pero se conoce un ejemplo en especies de Mycoplasma.
Un tipo más importante de variación del código es la reasignación del codón
dependiente del contexto, que ocurre cuando la proteína que debe ser sin-
tetizada contiene selenocisteína o pirrolisina. Las proteínas que contienen Figura 1.21 Posiciones de los codo-
nes de puntuación en un mRNA.
pirrolisina son raras y es probable que sólo estén presentes en el grupo de

Cuadro 1.3 Ejemplos de desviaciones respecto del código genético estándar
Organismo Codón Debería codificar En realidad codifica
Genomas mitocondriales
Mamíferos UGA Terminación Trp
AGA, AGG Arg Terminación
AUA Ile Met
Drosophila UGA Terminación Trp
AGA Arg Ser
AUA Ile Met
Saccharomyces cerevisiae UGA Terminación Trp
CUN Leu Thr
AUA Ile Met
Hongos UGA Terminación Trp
Maíz CGG Arg Trp
Genomas nucleares y procariontes

Varios protozoos UAA, UAG Terminación Gln
Candida cylindracea CUG Leu Ser
Especies de Micrococcus AGA Arg Terminación
AUA Ile Terminación
Especies de Euplotes sp. UGA Terminación Cys
Especies de Mycoplasma sp. UGA Terminación Trp
CGG Arg Terminación
Reasignación del codón dependiente
del contexto
Diversos UGA Terminación Selenocisteína
Archaea UAG Terminación Pirrolisina
Abreviatura: N, cualquier nucleótido.
procariontes denominados archaea (capítulo 8), pero las selenoproteínas

están difundidas en muchos organismos; por ejemplo, la enzima glutatión
peroxidasa que ayuda a proteger las células de los seres humanos y otros
mamíferos contra el daño oxidativo. La selenocisteína está codificada por
5’–UGA–3’ y la pirrolisina, por 5’–UAG–3’. Por lo tanto, estos codones tie-
nen un doble significado porque todavía se emplean como codones de ter-
minación en los organismos pertinentes (cuadro 1.3). Un codón 5’–UGA–3’
que especifica selenocisteína se distingue de los verdaderos codones de ter-
minación por la presencia de una estructura de bucle en horquilla en el
mRNA, localizada inmediatamente corriente abajo del codón de selenocis-
teína, en los procariontes, y en la región 3’ no traducida (la parte del mRNA
después del codón de terminación) en los eucariontes. El reconocimiento del
codón de selenocisteína requiere interacción entre la estructura en horquilla
y una proteína especial que participa en la traducción de estos mRNA. Es
probable que actúe un sistema similar para especificar pirrolisina.
Relación entre proteoma y bioquímica celular

La información biológica codificada por el genoma encuentra su expresión
final en una proteína, cuyas propiedades biológicas están determinadas por

su estructura plegada y por la disposición espacial de los grupos químicos

de su superficie. Al especificar proteínas de diferentes tipos, el genoma
puede construir y mantener un proteoma, cuyas propiedades biológicas for-
man la base subyacente de la vida. El proteoma puede desempeñar este
papel debido a la enorme diversidad de estructuras proteicas que se pue-
den formar, diversidad que les permite a las proteínas llevar a cabo una
variedad de funciones biológicas. Estas funciones son las siguientes:
• La catálisis bioquímica es la función del tipo especial de proteínas
denominadas enzimas. Las vías metabólicas centrales, que aportan
energía a la célula, son catalizadas por enzimas, como los procesos bio-
sintéticos que determinan la construcción de ácidos nucleicos, proteí-
nas, hidratos de carbono y lípidos. La catálisis bioquímica también
impulsa la expresión del genoma a través de la actividad de enzimas
como la RNA polimerasa.
• La función estructural que, en el nivel celular, depende de las prote-
ínas que forman el citoesqueleto, también es una función primaria de
algunas proteínas extracelulares. Por ejemplo, el colágeno, que es un
componente importante de huesos y tendones.
• Las proteínas contráctiles confieren movimiento; los ejemplos mejor
conocidos son la actina y la miosina de las fibras citoesqueléticas.
• El transporte de materiales alrededor del cuerpo es una actividad impor-
tante de las proteínas: por ejemplo, la hemoglobina transporta oxígeno
por el torrente circulatorio y la albúmina sérica, ácidos grasos.
• La regulación de los procesos celulares es mediada por proteínas de
señalamiento, como STAT (transductores de señales y activadores de
la transcripción, sección 14.1.2) y por proteínas como activadores
que se unen al genoma e influyen en los niveles de expresión de genes
individuales y grupos de genes (sección 11.3). Las actividades de
grupos de células son reguladas y coordinadas por hormonas extra-
celulares y citocinas, muchas de las cuales son proteínas (p. ej., insu-
lina, la hormona que controla los niveles de glucemia, e interleucinas, un
grupo de citocinas que regulan la división y la diferenciación celular).
• La protección del cuerpo y de células individuales es la función de un
espectro de proteínas, entre ellas los anticuerpos y las proteínas invo-
lucradas en la respuesta de coagulación de la sangre.
• Las proteínas desempeñan funciones de depósitos, por ejemplo, la
ferritina, que actúa como un depósito hepático de hierro, y las glia-
dinas, que depositan aminoácidos en semillas de trigo.
Esta multiplicidad de funciones de las proteínas brinda al proteoma su
capacidad del convertir el plan detallado contenido en el genoma en las
características esenciales del proceso de la vida.
Resumen
El genoma es el depósito de la información biológica que tiene cada orga-
nismo del planeta. La mayoría de los genomas están compuestos por
DNA, con escasas excepciones, como los virus que tienen genomas de
RNA. La expresión del genoma es el proceso por el cual la información
contenida en el genoma se libera en la célula. El primer producto de la
expresión del genoma es el transcriptoma, el conjunto de RNA derivados
de los genes que codifican proteínas que están activos en la célula en un
momento particular. El segundo producto es el proteoma, el repertorio de
proteínas de la célula que especifican el carácter de las reacciones bioquí-
micas que la célula es capaz de llevar a cabo. Entre 1945 y 1952, se obtu-
vo la primera evidencia experimental de que los genes estaban compuestos

por DNA, pero fue el descubrimiento de la estructura de doble hélice por

Watson y Crick, en 1953, lo que convenció a los biólogos de que el DNA
era, por cierto, el material genético. Un polinucleótido de DNA es un polí-
mero no ramificado formado por múltiples copias de cuatro nucleótidos
químicamente diferentes. En la doble hélice, se entrelazan dos polinucleó-
tidos entre sí, con las bases de los nucleótidos del lado interno de la molé-
cula. Los polinucleótidos están unidos por enlaces de hidrógeno entre las
bases, con el apareamiento de la base A siempre con T y de G siempre con
C. El RNA también es un polinucleótido, pero cada nucleótido tiene
estructuras diferentes de las de los hallados en el DNA y, en general, el
RNA es de una sola cadena. Las RNA polimerasas dependientes de DNA
son responsables de copiar los genes en RNA mediante el proceso denomi-
nado transcripción, que determina la síntesis no sólo del transcriptoma, sino
también de una serie de moléculas de RNA funcional, que no codifican pro-
teínas, pero cumplen, aun así, papeles vitales en la célula. Inicialmente,
muchos RNA son sintetizados como moléculas precursoras que, a través
de reacciones que provocan cortes y uniones, y por modificaciones quími-
cas, liberan las formas maduras. Las proteínas también son polímeros no
ramificados, pero sus unidades son aminoácidos unidos por enlaces peptí-
dicos. La secuencia de aminoácidos es la estructura primaria de la proteí-
na. Los niveles más altos de estructura –secundaria, terciaria y cuaternaria–
se forman por plegamiento de la estructura primaria en conformaciones tri-
dimensionales y asociación de polipéptidos individuales en estructuras mul-
tiproteicas. Las proteínas presentan diversidad funcional, porque cada
aminoácido tiene diferentes propiedades químicas que, al combinarse de
distintas maneras, dan origen a proteínas con un espectro de característi-
cas químicas. Las proteínas son sintetizadas por traducción de los mRNA y
las reglas del código genético especifican qué triplete de nucleótidos codifi-
ca cada aminoácido. El código genético no es universal, se observan varia-
ciones en las mitocondrias y los eucariontes inferiores, y algunos codones
pueden tener dos significados diferentes en un solo gen.

Preguntas 27
Preguntas de elección múltiple * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* ¿Cuál de las siguientes afirmaciones acerca del geno- tamente ubicados.
ma de un organismo es FALSA? b. Cristalografía de rayos X del DNA.
a. El genoma contiene la información genética c. Estudios cromatográficos para determinar la com-
para construir y mantener un organismo vivo. posición relativa de nucleótidos de diversas fuen-
b. Los genomas de los organismos celulares están tes.
compuestos por DNA. d. Estudios genéticos que demostraron que el DNA
c. El genoma puede expresar su propia informa- es el material genético.
ción sin la actividad de enzimas y proteínas.
d. Los genomas eucariontes están compuestos por 1.7.* Erwin Chargaff estudió el DNA de diversos organis-
DNA tanto nuclear como mitocondrial. mos y demostró que:
1.2. Las células somáticas son aquellas que: a. El DNA es el material genético.
a. Contienen un número haploide de cromosomas. b. El RNA es transcrito del DNA.
b. Dan origen a los gametos. c. La cantidad de adenina de un determinado orga-
c. Carecen de mitocondrias. nismo es igual a la cantidad de timina (y la de
d. Contienen un número diploide de cromosomas guanina a la de citosina).
y representan la mayor parte de las células d. La doble hélice se mantiene unida por enlaces
humanas. de hidrógeno entre las bases.
1.3.* ¿Cuál de los siguientes flujos de información genéti- 1.8. El transcriptoma de una célula se define como:
ca tiene lugar en las células? a. Todas las moléculas de RNA presentes en una
a. El DNA es transcrito a RNA que, después, es tra- célula.
ducido a una proteína. b. Las moléculas de RNA que codifican proteínas
b. El DNA es traducido a una proteína que, des- presentes en una célula.
pués, es transcrita a RNA. c. Las moléculas de RNA ribosómico presentes en
c. El RNA es transcrito a DNA que, después, es tra- una célula.
ducido a una proteína. d. Las moléculas de RNA de transferencia presentes
d. Las proteínas son traducidas a RNA que, des- en una célula.
pués, es transcrito a DNA.
1.9.* ¿Cómo efectúan la síntesis de RNA las RNA polime-
1.4. A principios del siglo XX se consideraba que las proteí- rasas dependientes de DNA?
nas podían transportar información genética. ¿A cuál a. Utilizan un molde de DNA para la polimerización
de las siguientes causas se debía este razonamiento? de ribonucleótidos.
a. Los cromosomas están compuestos por cantida- b. Utilizan un molde de proteínas para la polimeri-
des aproximadamente iguales de proteínas y DNA. zación de ribonucleótidos.
b. Se sabía que las proteínas estaban compuestas c. Utilizan un molde de RNA para la polimerización
por 20 aminoácidos diferentes, mientras que el de ribonucleótidos.
DNA estaba compuesto por sólo 4 nucleótidos. d. No requieren ningún molde para la polimeriza-
c. Se sabía que diferentes proteínas tenían secuencias ción de ribonucleótidos.
únicas, mientras que se consideraba que todas las
moléculas de DNA tenían la misma secuencia. 1.10. ¿Qué tipo de RNA funcional es un componente pri-
d. Todas las anteriores. mario de las estructuras requeridas para la síntesis
proteica?
1.5.* ¿Qué tipos de enlaces unen los nucleótidos indivi- a. RNA mensajero.
duales del DNA? b. RNA ribosómico.
a. Glucosídico. c. RNA nuclear pequeño.
b. Peptídico. d. RNA de transferencia.
c. Fosfodiéster.
d. Electrostático. 1.11.* El proteoma de una célula se define como:
a. Todas las proteínas que una célula es capaz de
1.6. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearon activa- sintetizar.
mente Watson y Crick para resolver la estructura del b. Todas las proteínas presentes en una célula
DNA? durante la vida de la célula.
a. Construcción de modelos de moléculas de DNA c. Todas las proteínas presentes en una célula en
para garantizar que los átomos estuviesen correc- un momento dado.
Continúa...
Preguntas de elección múltiple (continuación)

d. Todas las proteínas que se están sintetizando acti- b. Son responsables de regular la expresión del
vamente en una célula en un momento dado. genoma en las células.
c. Son responsables de eliminar materiales de
1.12. ¿Qué nivel de estructura proteica describe la confor- desecho de las células.
mación plegada de una proteína de múltiples subu- d. Son responsables de las actividades bioquímicas
nidades? generales que tienen lugar en todas las células.
a. Estructura primaria.
b. Estructura secundaria. 1.15.* ¿A cuál de las siguientes características hace referen-
c. Estructura terciaria. cia la redundancia del código genético?
d. Estructura cuaternaria. a. Cada codón puede especificar más de un ami-
noácido.
1.13.* ¿Qué tipo de enlace covalente es importante para b. La mayoría de los aminoácidos tienen más de
unir residuos cisteína localizados en diversos sitios un codón.
de un polipéptido? c. Hay varios codones de iniciación.
a. Puente disulfuro. d. Los codones de terminación también pueden
b. Enlace de hidrógeno. codificar aminoácidos.
c. Enlace peptídico.
d. Enlace fosfodiéster. 1.16. ¿Cuál de las siguientes funciones biológicas NO
corresponde a las proteínas?
1.14. Se considera que la mayoría de las proteínas abun- a. Catálisis biológica.
dantes de una célula son constitutivas. ¿Cuál es su b. Regulación de procesos celulares.
función? c. Transporte de información genética.
a. Son responsables de las funciones específicas de d. Transporte de moléculas en organismos multice-
cada tipo celular. lulares.
Preguntas de respuesta breve * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* Proporcione una pauta temporal para el descubrimien- 1.8. ¿De qué manera los enlaces de hidrógeno, las inter-
to del DNA, el descubrimiento de que el DNA es el acciones electrostáticas y las fuerzas hidrófobas des-
material genético, el descubrimiento de la estructura empeñan papeles importantes en las estructuras
del DNA y la caracterización del primer genoma. secundaria, terciaria y cuaternaria de las proteínas?
1.2. ¿Qué dos tipos de interacción química estabilizan la 1.9.* ¿Cómo pueden tener tantas estructuras y funciones
doble hélice? diversas las proteínas cuando todas son sintetizadas
de tan sólo 20 aminoácidos?
1.3.* ¿Por qué el apareamiento de bases específico entre
A y T, y G y C brinda la base para la fidelidad de la 1.10. Además de los 20 aminoácidos, las proteínas pre-
replicación del DNA? sentan diversidad química adicional debido a dos
factores. ¿Cuáles son estos dos factores y cuál es su
1.4. ¿Cuáles son las dos diferencias químicas importantes importancia?
entre RNA y DNA?
1.11.* ¿Cómo puede el codón 5’–UGA–3’ funcionar como
1.5.* ¿Por qué las moléculas de mRNA tienen semivida codón de terminación y como codón para el amino-
breve respecto de otras moléculas de RNA? ácido modificado selenocisteína?
1.6. ¿El mRNA que es traducido está en la misma forma 1.12. ¿Cómo dirige el genoma la actividad biológica de
que el sintetizado del molde de DNA? una célula?
1.7* ¿Carecen alguna vez las células de un transcriptoma?

Explique su respuesta.

Preguntas 29
Problemas complejos * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* El texto (página 11) afirma que Watson y Crick descu- 1.3.* ¿Qué experimentos llevaron a dilucidar el código
brieron la estructura de la doble hélice del DNA el sába- genético en la década de 1960?
do 7 de marzo de 1953. Justifique esta afirmación.
1.4. El transcriptoma y el proteoma son considerados, res-
1.2. Analice por qué la doble hélice ganó aceptación uni- pectivamente, un producto intermedio y el producto
versal inmediata como estructura correcta del DNA. final de la expresión del genoma. Evalúe los puntos
fuertes y las limitaciones de estos términos para nues-
tro conocimiento de la expresión del genoma.
Preguntas sobre figuras * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* Analice cómo cada uno de estos experimentos ayudó a demostrar que el DNA, y no las proteínas, contenía la infor-
mación genética.

Preguntas sobre figuras (continuación)

1.2. Identifique la desoxirribosa, los grupos fosfato y las diferentes bases nitrogena- 1.3.* Para este modelo espacial de
das. ¿Puede identificar los átomos de carbono de 1’ a 5’ de la desoxirribosa? B-DNA describa las característi-
cas estructurales importantes
de la molécula.
1.4 Explique las diferencias del RNA de las células procariontes y eucariontes.

Lecturas recomendadas 31
Lecturas recomendadas
Libros y artículos sobre el descubrimiento de la Lander, E. S. and Weinberg, R. A. (2000) Genomics:

doble hélice y otros hitos importantes en el estudio journey to the center of biology. Science 287: 1777-
del DNA 1782. Breve descripción de genética y biología molecu-
lar desde Mendel hasta la secuencia del genoma
humano.
Brock, T. D. (1990) The emergency of Bacterial
Maddox, B. (2002) Rosalind Franklin: The Dark Lady
Genetics. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New
of DNA. HarperCollins, London.
York. Historia detallada que pone en perspectiva el tra-
bajo sobre el principio de transformación y el experi- McCarty, M. (1985) The transforming Principle:
mento de Hershey-Chase. Discovering that Genes are Made of DNA. Norton,
Judson, H. F. (1979) The Eighth Day of Creation. London.
Jonathan Cape, London. Relato muy accesible sobre el
desarrollo de la biología molecular hasta la década de Olby, R. (1974) The Path to de Double Helix.
1970. Macmillan, London. Una reseña exhaustiva de la inves-
tigación que llevó al descubrimiento de la doble hélice.
Kay, L. E. (1993) The Molecular Vision of Life. Oxford
University Press, Oxford. Contiene una explicación par- Watson, J. D. (1968) The Double Helix. Atheneum,
ticularmente informativa de por qué alguna vez se consi- London. El descubrimiento más importante de la biolo-
deró que los genes estaban compuestos por proteína. gía del siglo xx escrito como una telenovela.

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parte

Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana

Después de leer el capítulo 1 deberá ser capaz de:

Distinguir entre RNA de codificación y funcional, y dar ejemplos de cada tipo.

Describir, en términos generales, cómo se sintetiza y se procesa el RNA en la célula.

Mencionar las características claves del código genético.

Explicar por qué la función de una proteína depende de su secuencia de aminoácidos.

La vida como la conocemos está especificada por los genomas de los

Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana

multicelulares, está formado por dos partes distintas (figura 1.1):

Figura 1.1 Componentes nucleares y

El genoma es un depósito de información biológica, pero por sí mismo es

denominado transcripción, que copia genes individuales a moléculas de

Este libro trata acerca de los genomas y su expresión. Explica cómo se

Este libro presenta al lector nuestro conocimiento de los genomas y mues-

1.1.1 Los genes están compuestos por DNA

Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana

con colorantes que se unen específicamente a sólo un tipo de producto

Los errores en el conocimiento de la estructura del DNA persistieron, pero

(B) El experimento de Hershey-Chase utilizó bacteriófagos T2, cada uno de los

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demuestran, sino porque alertaron a los biólogos sobre el hecho de que el

1.1.2 Estructura del DNA

Figura 1.4 Estructura de un

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Una molécula compuesta sólo por azúcar y base se denomina nucleósi-

Las abreviaturas de estos cuatro nucleótidos son dATP, dCTP, dGTP y

En un polinucleótido, cada nucleótido está unido por enlaces fosfo-

Figura 1.5 Polinucleótido corto de

Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana

Figura 1.6 Reacción de polimeriza-

Evidencia que llevó a la doble hélice

Watson y Crick emplearon cuatro tipos de información para deducir la

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• Datos biofísicos de diversas clases. El contenido de agua de las fibras

Características claves de la doble hélice

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Figura 1.8 Estructura de doble héli-

gen porque la estructura acuosa con enlaces de hidrógeno fuerza a

Tanto el apareamiento como el apilamiento de bases son importantes para

La doble hélice tiene flexibilidad estructural

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Cuadro 1.1 Características de las diferentes conformaciones de la doble hélice de DNA

Característica B-DNA A-DNA Z-DNA

Tipo de hélice Dextrógira Dextrógira Levógira

completo de la hélice) de 3,4 nm, que se corresponde con diez pares de

Por lo tanto, las rotaciones dentro de nucleótidos individuales inducen

Las dimensiones directas de las diversas formas de la doble hélice no

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Figura 1.9 Estructuras del B-DNA

profundo y el surco menor es más superficial y más ancho, en compara-

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cia si el DNA ha adoptado una conformación diferente. Como se anali-

1.2 RNA y transcriptoma

Estos nucleótidos se abrevian ATP, CTP, GTP y UTP, o A, C, G y U, res-

Al igual que el DNA, los polinucleótidos RNA contienen enlaces fosfodiés-

Las enzimas responsables de la transcripción de DNA a RNA se denomi-

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tido está especificada por las reglas de apareamiento de bases: la base A se

1.2.2 Contenido de RNA de la célula

Figura 1.12 Contenido de RNA de

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en el orden especificado por la secuencia nucleotídica del mRNA que