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Genomas 2008 PDF
Genomas 2008 PDF
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Estudio de los genomas
Capítulo 1
Genomas, transcriptomas
y proteomas
Parte 1 – Estudio de los genomas presenta una des-
cripción de las técnicas y los enfoques científicos
sobre los que se basa nuestro conocimiento acerca Capítulo 2
de ellos. Comienza con un capítulo de orientación Estudio del DNA
que presenta los genomas, los transcriptomas y los
proteomas; después, en el capítulo 2, se consideran
los métodos, centrados en la clonación y la reacción Capítulo 3
en cadena de la polimerasa (PCR) de DNA, que se
emplean para estudiar segmentos cortos de DNA;
Mapeo de los genomas
por ejemplo, genes individuales. El capítulo 3 inicia
el examen de la genómica describiendo cómo se
construyen los mapas genéticos y físicos, y el capítu-
Capítulo 4
lo 4 establece el vínculo entre mapeo y secuencia- Secuenciación de los genomas
ción. A medida que se avanza en la lectura del
capítulo 4, se advertirá que, aunque los mapas pue-
den ser una ayuda valiosa para el ensamblaje de una Capítulo 5
secuencia larga de DNA, el mapeo no siempre es un Conocimiento de las
prerrequisito esencial para la secuenciación del
genoma. En el capítulo 5, se investigan los diversos secuencias de un genoma
enfoques que se aplican para conocer las secuencias
de un genoma; en el capítulo 6, se examinan los
métodos para estudiar las funciones de un genoma Capítulo 6
que dirigen la síntesis de un transcriptoma y un pro- Conocimiento del
teoma, para especificar, a través de ellos, la capaci- funcionamiento de un genoma
dad bioquímica de la célula.
Describir los dos experimentos que llevaron a los biólogos moleculares a concluir que los genes están
compuestos por DNA y explicar las limitaciones de estos experimentos.
Efectuar una descripción detallada de la estructura de un polinucleótido, y resumir las diferencias químicas
entre DNA y RNA.
Analizar la evidencia que utilizaron Watson y Crick para deducir la estructura de la doble hélice del DNA,
y describir las características claves de esta estructura.
Brindar una descripción detallada de los diversos niveles de estructura proteica y explicar por qué la
diversidad de aminoácidos es la base de la diversidad de las proteínas.
Enumerar las principales funciones de las proteínas en los organismos vivos y relacionar esta diversidad
con la función del genoma.
Cada una de las aproximadamente 1013 células del cuerpo humano adul-
to tiene su propia copia o sus propias copias del genoma, excepto algu-
nos tipos celulares, como los eritrocitos, que carecen de núcleo en su
estado de diferenciación completa. La mayoría de las células son diploi-
des y, por lo tanto, tienen dos copias de cada autosoma, más dos cromo-
somas sexuales, XX en las mujeres o XY en los varones: 46 cromosomas
en total. Se las denomina células somáticas, a diferencia de las células
sexuales o gametos, que son haploides y sólo tienen 23 cromosomas,
uno de cada autosoma y un cromosoma sexual. Ambos tipos de célula
tienen alrededor de 8.000 copias del genoma mitocondrial, más o menos
10 en cada mitocondria.
1.1 DNA
En 1869, Johann Friedrich Miescher, un bioquímico suizo que trabajaba
en Tübingen, Alemania, descubrió el DNA. Los primeros extractos que
obtuvo de leucocitos humanos eran mezclas no refinadas de DNA y pro-
teínas cromosómicas; al año siguiente, se mudó a Basilea, Suiza (donde
ahora se encuentra el instituto de investigación que lleva su nombre) y
entonces preparó una mezcla pura de ácido nucleico de espermatozoi-
des de salmón. Las pruebas químicas de Miescher mostraron que el
DNA es ácido y rico en fósforo; también sugirieron que cada molécula
es muy grande, aunque recién en la década de 1930, cuando se aplica-
ron técnicas biofísicas al DNA, se reconoció totalmente la enorme lon-
gitud de las cadenas poliméricas.
Si bien desde nuestra perspectiva estos dos experimentos aportan los resul-
tados claves que demuestran que los genes están compuestos por DNA, los
biólogos de la época no se convencieron con tanta facilidad. Ambos expe-
rimentos tenían limitaciones que permitían a los escépticos argumentar que
las proteínas podían ser, aun así, el material genético. Por ejemplo, había
preocupación acerca de la especificidad de la enzima desoxirribonucleasa
que utilizaron Avery y cols. para inactivar el principio de transformación.
Este resultado, una parte central de la evidencia de que el principio de
transformación era DNA, sería inválido si, como parecía posible, la enzima
contuviese vestigios de una proteasa contaminante y, por lo tanto, también
pudiese degradar proteínas. Tampoco el experimento con bacteriófagos
es concluyente, como destacaron Hershey y Chase cuando publicaron
sus resultados: “Nuestros experimentos muestran con claridad que es
posible una separación física del fago T2 en una parte genética y una
parte no genética... La identificación química de la parte genética debe
aguardar, sin embargo, a que se hayan respondido algunas preguntas...”.
Retrospectivamente, estos dos experimentos son importantes no por lo que
Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana
DNA 7
Figura 1.3 Los dos experimentos que sugirieron que los genes están
compuestos por DNA.
(A) Avery y cols. mostraron que el principio de transformación está compuesto
por DNA. Los dos paneles superiores ilustran lo que sucede cuando se inyecta a
ratones con bacterias Streptococcus pneumoniae inocuas, con agregado o no del
principio de transformación: un extracto celular obtenido de una cepa virulenta de
S. pneumoniae. En presencia de principio de transformación, el ratón muere por-
que los genes de este principio convierten a las bacterias inocuas en formas viru-
lentas; después, estas bacterias virulentas se aíslan en los pulmones del ratón
muerto. Los dos paneles inferiores muestran que el tratamiento con proteasa o
con ribonucleasa no ejerce ningún efecto sobre el principio de transformación,
pero que éste es inactivado por la desoxirribonucleasa.
Nucleótidos y polinucleótidos
El DNA es un polímero lineal, no ramificado, cuyas subunidades mono-
méricas son cuatro nucleótidos químicamente distintos que se pueden
unir en cualquier orden en cadenas de cientos, miles o, incluso, millones
de unidades de longitud. Cada nucleótido del polímero DNA está forma-
do por tres componentes (figura 1.4):
• 2’-desoxirribosa, que es una pentosa, un tipo de azúcar compuesto
por cinco átomos de carbono. Estos cinco carbonos se numeran 1’
(que se dice “uno prima”), 2’, etc. El nombre “2’-desoxirribosa” indi-
ca que este azúcar particular es un derivado de la ribosa, en el que el
grupo oxhidrilo (–OH) unido al carbono 2’ de la ribosa ha sido reem-
plazado por un grupo hidrógeno (–H).
• Una base nitrogenada, de citosina, timina (pirimidinas de un solo ani-
llo), adenina o guanina (purinas de doble anillo). La base está unida al
carbono 1’ del azúcar mediante un enlace β-N-glucosídico, que se une al
nitrógeno número uno de la pirimidina o al número nueve de la purina.
• Un grupo fosfato que comprende una, dos o tres unidades ligadas de
fosfato unidas al carbono 5’ del azúcar. Los fosfatos se designan α, β
y γ, y el fosfato α es el que se une directamente al azúcar.
• adenosina 5’-trifosfato
• citidina 5’-trifosfato
• guanosina 5’-trifosfato
• uridina 5’-trifosfato
El segundo tipo de RNA se denomina “no codificante”, dado que estas molé-
culas no son traducidas a proteínas. Sin embargo, RNA funcional es un nom-
bre mejor, pues destaca que, aunque no forma parte del transcriptoma, el
RNA no codificante cumple, aun así, funciones esenciales dentro de la célu-
la. Hay varios tipos de RNA funcional, de los cuales los más importantes son:
• RNA ribosómicos (rRNA). Están presentes en todos los organismos
y, por lo general, son los RNA más abundantes de la célula; represen-
tan hasta más del 80% del RNA total de las bacterias que se dividen
activamente. Estas moléculas son componentes de los ribosomas, las
estructuras en las que tiene lugar la síntesis proteica (sección 13.2).
• RNA de transferencia (tRNA). Son moléculas pequeñas que tam-
bién participan en la síntesis proteica y, al igual que el rRNA, se
encuentran en todos los organismos. La función de los tRNA es
transportar aminoácidos al ribosoma y garantizar que éstos se unan
1.2.4 Transcriptoma
Si bien el transcriptoma representa menos del 4% del RNA total de la
célula, es el componente más significativo, porque contiene el RNA
codificante que participa en el siguiente estadio de expresión del geno-
ma. Cabe destacar que el transcriptoma nunca es sintetizado de novo.
Toda célula recibe parte del transcriptoma de su progenitora cuando se
origina por primera vez, por división celular, y mantiene un transcrito-
ma durante toda su vida. Aun células latentes en esporas bacterianas o
en semillas de plantas tienen un transcriptoma, aunque su traducción a
proteínas puede estar desactivada por completo. Por lo tanto, la trans-
cripción de cada gen que codifica proteínas no determina la síntesis del
transcriptoma, sino que lo mantiene reemplazando mRNA que han sido
degradados y desencadena cambios en la composición del transcriptoma
a través de la activación y la desactivación de diferentes grupos de genes.
Abreviatura
Aminoácido Tres letras Una letra
Alanina Ala A
Arginina Arg R
Asparagina Asn N
Ácido aspártico Asp E
Ácido glutámico Glu D
Cisteína Cys C
Glutamina Gln Q
Glicina Gly G
Histidina His H
Isoleucina Ile I
Leucina Leu L
Lisina Lys K Figura 1.19 Estructura de la seleno-
cisteína y la pirrolisina. Las partes
Metionina Met M mostradas en pardo indican las dife-
Fenilalanina Phe F rencias entre estos aminoácidos y la
cisteína y la lisina, respectivamente.
Prolina Pro P
Serina Ser S
Treonina Thr T
Triptófano Trp W
Tirosina Tyr Y
Valina Val V
1.3.2 Proteoma
El proteoma comprende todas las proteínas presentes en una célula en
un momento determinado. Se considera que una célula “típica” de
mamífero; por ejemplo, un hepatocito, contiene de 10.000 a 20.000 pro-
teínas diferentes, alrededor de 8 ¥ 109 moléculas individuales en total,
lo que representa cerca de 0,5 ng de proteína o 18-20% del peso celu-
lar total. El número de copias de cada proteína varía enormemente, de
menos de 20.000 moléculas por célula, para los tipos más raros, hasta
100 millones de copias, para los más comunes. Se considera que cual-
quier proteína que está presente con un número de copias superior a
50.000 por célula es relativamente abundante y, en la célula promedio
na), aunque con unos pocos mRNA se utilizan otros codones como
5’–GUG–3’ y 5’–UUG–3’. Los tres codones de terminación son
5’–UAG–3’, 5’–UAA–3’ y 5’–UGA–3’.
Genomas mitocondriales
Mamíferos UGA Terminación Trp
AGA, AGG Arg Terminación
AUA Ile Met
Drosophila UGA Terminación Trp
AGA Arg Ser
AUA Ile Met
Saccharomyces cerevisiae UGA Terminación Trp
CUN Leu Thr
AUA Ile Met
Hongos UGA Terminación Trp
Maíz CGG Arg Trp
Resumen
El genoma es el depósito de la información biológica que tiene cada orga-
nismo del planeta. La mayoría de los genomas están compuestos por
DNA, con escasas excepciones, como los virus que tienen genomas de
RNA. La expresión del genoma es el proceso por el cual la información
contenida en el genoma se libera en la célula. El primer producto de la
expresión del genoma es el transcriptoma, el conjunto de RNA derivados
de los genes que codifican proteínas que están activos en la célula en un
momento particular. El segundo producto es el proteoma, el repertorio de
proteínas de la célula que especifican el carácter de las reacciones bioquí-
micas que la célula es capaz de llevar a cabo. Entre 1945 y 1952, se obtu-
vo la primera evidencia experimental de que los genes estaban compuestos
Preguntas de elección múltiple * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* ¿Cuál de las siguientes afirmaciones acerca del geno- tamente ubicados.
ma de un organismo es FALSA? b. Cristalografía de rayos X del DNA.
a. El genoma contiene la información genética c. Estudios cromatográficos para determinar la com-
para construir y mantener un organismo vivo. posición relativa de nucleótidos de diversas fuen-
b. Los genomas de los organismos celulares están tes.
compuestos por DNA. d. Estudios genéticos que demostraron que el DNA
c. El genoma puede expresar su propia informa- es el material genético.
ción sin la actividad de enzimas y proteínas.
d. Los genomas eucariontes están compuestos por 1.7.* Erwin Chargaff estudió el DNA de diversos organis-
DNA tanto nuclear como mitocondrial. mos y demostró que:
1.2. Las células somáticas son aquellas que: a. El DNA es el material genético.
a. Contienen un número haploide de cromosomas. b. El RNA es transcrito del DNA.
b. Dan origen a los gametos. c. La cantidad de adenina de un determinado orga-
c. Carecen de mitocondrias. nismo es igual a la cantidad de timina (y la de
d. Contienen un número diploide de cromosomas guanina a la de citosina).
y representan la mayor parte de las células d. La doble hélice se mantiene unida por enlaces
humanas. de hidrógeno entre las bases.
1.3.* ¿Cuál de los siguientes flujos de información genéti- 1.8. El transcriptoma de una célula se define como:
ca tiene lugar en las células? a. Todas las moléculas de RNA presentes en una
a. El DNA es transcrito a RNA que, después, es tra- célula.
ducido a una proteína. b. Las moléculas de RNA que codifican proteínas
b. El DNA es traducido a una proteína que, des- presentes en una célula.
pués, es transcrita a RNA. c. Las moléculas de RNA ribosómico presentes en
c. El RNA es transcrito a DNA que, después, es tra- una célula.
ducido a una proteína. d. Las moléculas de RNA de transferencia presentes
d. Las proteínas son traducidas a RNA que, des- en una célula.
pués, es transcrito a DNA.
1.9.* ¿Cómo efectúan la síntesis de RNA las RNA polime-
1.4. A principios del siglo XX se consideraba que las proteí- rasas dependientes de DNA?
nas podían transportar información genética. ¿A cuál a. Utilizan un molde de DNA para la polimerización
de las siguientes causas se debía este razonamiento? de ribonucleótidos.
a. Los cromosomas están compuestos por cantida- b. Utilizan un molde de proteínas para la polimeri-
des aproximadamente iguales de proteínas y DNA. zación de ribonucleótidos.
b. Se sabía que las proteínas estaban compuestas c. Utilizan un molde de RNA para la polimerización
por 20 aminoácidos diferentes, mientras que el de ribonucleótidos.
DNA estaba compuesto por sólo 4 nucleótidos. d. No requieren ningún molde para la polimeriza-
c. Se sabía que diferentes proteínas tenían secuencias ción de ribonucleótidos.
únicas, mientras que se consideraba que todas las
moléculas de DNA tenían la misma secuencia. 1.10. ¿Qué tipo de RNA funcional es un componente pri-
d. Todas las anteriores. mario de las estructuras requeridas para la síntesis
proteica?
1.5.* ¿Qué tipos de enlaces unen los nucleótidos indivi- a. RNA mensajero.
duales del DNA? b. RNA ribosómico.
a. Glucosídico. c. RNA nuclear pequeño.
b. Peptídico. d. RNA de transferencia.
c. Fosfodiéster.
d. Electrostático. 1.11.* El proteoma de una célula se define como:
a. Todas las proteínas que una célula es capaz de
1.6. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearon activa- sintetizar.
mente Watson y Crick para resolver la estructura del b. Todas las proteínas presentes en una célula
DNA? durante la vida de la célula.
a. Construcción de modelos de moléculas de DNA c. Todas las proteínas presentes en una célula en
para garantizar que los átomos estuviesen correc- un momento dado.
Continúa...
Genomas ©2008. Editorial Médica Panamericana
28 Capítulo 1 Genomas, transcriptomas y proteomas
Preguntas de respuesta breve * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* Proporcione una pauta temporal para el descubrimien- 1.8. ¿De qué manera los enlaces de hidrógeno, las inter-
to del DNA, el descubrimiento de que el DNA es el acciones electrostáticas y las fuerzas hidrófobas des-
material genético, el descubrimiento de la estructura empeñan papeles importantes en las estructuras
del DNA y la caracterización del primer genoma. secundaria, terciaria y cuaternaria de las proteínas?
1.2. ¿Qué dos tipos de interacción química estabilizan la 1.9.* ¿Cómo pueden tener tantas estructuras y funciones
doble hélice? diversas las proteínas cuando todas son sintetizadas
de tan sólo 20 aminoácidos?
1.3.* ¿Por qué el apareamiento de bases específico entre
A y T, y G y C brinda la base para la fidelidad de la 1.10. Además de los 20 aminoácidos, las proteínas pre-
replicación del DNA? sentan diversidad química adicional debido a dos
factores. ¿Cuáles son estos dos factores y cuál es su
1.4. ¿Cuáles son las dos diferencias químicas importantes importancia?
entre RNA y DNA?
1.11.* ¿Cómo puede el codón 5’–UGA–3’ funcionar como
1.5.* ¿Por qué las moléculas de mRNA tienen semivida codón de terminación y como codón para el amino-
breve respecto de otras moléculas de RNA? ácido modificado selenocisteína?
1.6. ¿El mRNA que es traducido está en la misma forma 1.12. ¿Cómo dirige el genoma la actividad biológica de
que el sintetizado del molde de DNA? una célula?
1.1.* El texto (página 11) afirma que Watson y Crick descu- 1.3.* ¿Qué experimentos llevaron a dilucidar el código
brieron la estructura de la doble hélice del DNA el sába- genético en la década de 1960?
do 7 de marzo de 1953. Justifique esta afirmación.
1.4. El transcriptoma y el proteoma son considerados, res-
1.2. Analice por qué la doble hélice ganó aceptación uni- pectivamente, un producto intermedio y el producto
versal inmediata como estructura correcta del DNA. final de la expresión del genoma. Evalúe los puntos
fuertes y las limitaciones de estos términos para nues-
tro conocimiento de la expresión del genoma.
Preguntas sobre figuras * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apéndice
1.1.* Analice cómo cada uno de estos experimentos ayudó a demostrar que el DNA, y no las proteínas, contenía la infor-
mación genética.
1.4 Explique las diferencias del RNA de las células procariontes y eucariontes.
Lecturas recomendadas