El circuito completo está en la imagen adjunta.

Se usa un
circuito integrado CD4518, dos CD4028 y un CD4011,
la entrada de reloj es un oscilador.
Explicación:
En este caso el contador es BCD y ascendente de modo
que va de 0000 0000 a 1001 1001, podemos usar
el CD4518 que tiene dos contadores que pueden
conectarse en cascada. Si el LED se prende en 0 y se
apaga al llegar a 99 podemos establecer un único
maxitérmino correspondiente al número 99:

Vemos que la función vale 1 para todos los valores posibles

excepto para 99. Diseñamos en base a esto el circuito
lógico, lo podemos implementar con una compuerta
NAND y dos decodificadores 4 a 16 o 4 a 10 como
el CD4028. Debido a que aplicando DeMorgan puedo hacer:

Y negar la expresión en ambos miembros.

Por último agregamos un oscilador de clock, variando R2 y
C1 se puede ajustar su frecuencia y por ende la velocidad
con que realiza la cuenta.