El grupo más antiguo, las arqueobacterias, constituyen un fascinante grupo de
organismos y por sus especiales características se considera que conforman un Dominio separado: Archaea. Si bien lucen como bacterias poseen características bioquímicas y genéticas que las alejan de ellas. Por ejemplo: No poseen paredes celulares con peptidoglicanos; Poseen secuencias únicas en su ARN Algunas de ellas poseen esteroles en su membrana celular (una característica de eucariotas), Poseen lípidos de membrana diferentes tanto de las bacterias como de los eucariotas (incluyendo enlaces éter en lugar de enlaces éster).
Hoy se encuentran restringidas a hábitats marginales como fuentes termales,
depósitos profundos de petróleo caliente, fumarolas marinas, lagos salinosos. Por habitar ambientes "extremos”, se las conocen también con el nombre de extremófilas. Existen tres tipos de arqueobacterias: 1. Metanogénicas: (generadoras de metano), crecen en condiciones anaeróbicas oxidando el hidrógeno. Para ello utilizan el CO 2 como oxidante, en el proceso lo reducen a metano (CH4). Las metanogénicas usan ácidos orgánicos simples como el acetato para sintetizar sus componentes celulares. Estos ácidos orgánicos son producidos por otras bacterias anaeróbicas como producto final de la descomposición de la celulosa u otros polímeros. Por lo tanto las metanogénicas son abundantes donde existe materia orgánica y condiciones de anaerobiosis (por ej. rumen de las vacas) 2.Halófilas: desarrollan en ambientes salinos. Requieren una concentración de al menos 10% de cloruro de sodio para su crecimiento 3.Termófilas: desarrollan a temperaturas de 80 oC y pH extremadamente bajos. Se considera que las condiciones de crecimiento semejan a las existentes en los primeros tiempos de la historia de la Tierra por ello a estos organismos se los denominó arqueobacterias (del griego arkhaios = antiguo).