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Los defensores de Marrero señalaron que el profesor no hacía más que seguir las
orientaciones de Salamanca, cuando en esos momentos la Corona urgía por todas
partes la renovación de los estudios y la implantación del plan salmantino de 1771,
que recogía lo principal del impulso reformista universitario, iniciado por Carlos III.
El Consejo de Indias dispuso que las enseñanzas de álgebra, geometría y
aritmética no se impartieran sino a los estudiantes que lo quisieran, ya que no era
costumbre tenerlas en el curso de filosofía ni estaba legislado en las
constituciones de la Universidad»
En Colombia también se produjo este empeño de renovación, con algunas
dificultades similares. Las reformas académicas se llevaron a cabo por medio del
Virrey M. de Guirior, produciéndose algunas resistencias y conflictos.
Frente a la orientación tradicional que seguían los estudios en la enseñanza de la
moral, el Virrey ordenó que en todos los estudios de filosofía se estudiara la ética
a través del manual de filosofía moral de Mayáns. En consonancia con ello, la
mayoría de sus citas son de autores como Cicerón, F. Bacon, Descartes Espinoza,
Maquiavelo, etc. Sólo cita a Santo Tomás una sola vez, de forma elogiosa. La
fundamentación de la moral ya no se realiza sobre pilares religiosos, desde la
revelación y los libros sagrados, sino desde el orden natural de las cosas.