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PÉPTIDOS
Y
PROTEÍNAS
COO
+
H3N C H
R
-2-
AMINO ÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
1.-DEFINICIONES
Los amino ácidos, como su nombre lo indica, son compuestos bifuncionales. Contienen un
grupo amino (básico) y un grupo carboxilo (ácido). Los amino ácidos más importantes tienen
el grupo amino en la posición 2 de la cadena principal, el cual se le conoce como el carbono
alfa, por consiguiente son -amino ácidos.
NH2
H
OH
2
O
R 1
N
H
OH O
L-Prolina
Un -amino ácido primario Un -amino ácido secundario
Un enlace amida
o peptídico
CH3 O CH3 CH3 O CH3
O O
H3C OH + H3C N
H2N
NH2 NH2 H OH
OH
Valina Alanina Un dipéptido
-3-
R1 O R3 O R5
H H
N N
N N N
H H H n
O R2 O R4 O
Un polipéptido (muchos enlaces amida)
Como los amino ácidos contienen un grupo ácido y un grupo básico, experimentan una
reacción ácido-base intramolecular, por lo que se encuentran principalmente en la forma de
un ión dipolar, o Zwitterion (del alemán zwitter, híbrido):
O O
H3C H3C -
OH O
+
H NH2 H H NH2
Alanina sin carga Zwitterion
Los iones dipolares (zwitterions) de los amino ácidos son sales internas y por ello tienen
muchas de las propiedades físicas asociadas con las sales. Poseen un momento dipolar
grande, son solubles en agua e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con
puntos de fusión altos. Además, los amino ácidos son Anfóteros: pueden reaccionar como
ácidos o como bases, dependiendo de las circunstancias.
O O
R - + R
En solución ácida
+
O + H3O OH + H2O
+
H NH3 H NH3
O O
R - R
En solución básica O
-
+ OH O
-
+ H2O
+
H NH3 H NH2
-4-
3.-ACIDEZ, BASICIDAD Y pKa
+ -
H- A + H2O H3O + A
Ácido Base Ácido Base
conjugado conjugada
Keq. +
CH3COO- H + H2O H3O + CH3COO -
Ácido Base Ácido Base
conjugado conjugada
[CH3COO -] [H3O+]
Keq. =
[CH3COO H] [H2O]
Para fines prácticos, la concentración molar del agua se considera constante e igual a 55.6
M a 25 C.
Si se multiplica la Keq. por otra constante, la concentración del agua en el equilibrio, se
obtiene una nueva constante (Ka) llamada constante de acidez, ionización o disociación en
agua:
-5-
[CH3COO -] [H3O+]
Keq.[H2O] = Ka = = 1.75 x 10-5
[CH3COO H]
+
[H3O] [RNH2]
Keq. =
[H2O] [RNH3] +
+
[H3O] [RNH2] -10
Por consiguiente Keq. [H2O] = Ka = = 1 x 10
[RNH3] +
Con el propósito de manejar números enteros y comparar la acidez de las sustancias más
fácilmente, se toma el logaritmo negativo de la Ka y se obtiene la constante pKa:
-log Ka = pKa
3.3.-Ecuación de Henderson–Hasselbalch
[CH3COO -]
-log [H3O+] = pH Por consiguiente pKa = pH -log
[CH3COOH]
[Ácido disociado]
pKa = pH -log
[Ácido no disociado]
Ecuación de Henderson-Hasselbach
50%
[No protonado]
pKa = pH -log pKa = pH -log 1 pKa = pH-0 pKa = pH
[Protonado]
50%
Por lo que se puede definir al pKa como el pH en donde el ácido y su sal o la base y su sal
se encuentran en igual proporción, también se podrá apreciar con esto que:
Un ácido en solución acuosa a pH por abajo de su pKa se encuentra esencialmente
protonado (no disociado).
Un ácido en solución acuosa a pH por arriba de su pKa se encuentra esencialmente no
protonado (disociado).
Una base en solución acuosa a pH por abajo de su pKa se encuentra esencialmente
protonada (disociada).
Una base en solución acuosa a pH por arriba de su pKa se encuentra esencialmente no
protonada (no disociada).
O Cadena lateral O
R R
C OH C O-
+ El carbono es el carbono al
H2N H H3N H cual se une un grupo funcional
Los -amino ácidos que se encuentran en las proteínas son 20, además de éstos, hay otros
amino ácidos que son de importancia biológica, pero no se encuentran en las proteínas.
O O
I
O
HO I +
+ O NH3
H3N HS
O
O I O
+ NH3
I
Ác. g-aminobutírico Homocisteína Tiroxina
O
Glicina H2 N
75.07 2.35 9.78 6.07 25 233 d
(Gly,G) OH
CH3 O
Isoleucina* 131.18 2.32 9.76 6.04 4 284
H3C
(Ile, I) OH
NH2
O
Leucina* 131.18 2.33 9.74 6.04 2 337
H3C
(Leu, L) OH
CH3 NH2
O
Metionina* 149.21 2.28 9.21 5.74 3 283
S
(Met, M) H3C OH
NH2
O
Fenilalanina* 165.19 2.58 9.24 5.91 3 283
(Phe, F) OH
NH2
-9-
O
Prolina 115.13 2.00 10.60 6.30 162 220
(Pro, P) OH
NH
O
Serina 105.09 2.21 9.15 5.68 5 228
(Ser, S) HO OH
NH2
CH3 O
Treonina* 119.12 2.09 9.10 5.60 Muy 257
(Thr, T) HO OH soluble
NH2
O
Triptófano* 204.23 2.38 9.39 5.88 1 289
(Trp, W) OH
NH2
N
H
O
Tirosina 181.19 2.20 9.11 5.66 0.04 344
OH
(Tyr, Y) NH2
HO
CH3 O
Valina* 117.15 2.29 9.72 6.00 9 315
(Val, V) H3C OH
NH2
Tabla 1. Continuación
Amino Estructura PM Pka1 Pka2 Pka3 PI Sol.** pf
ácidos °C
ácidos
O
Ácido 133 2.10 3. 86 9.82 2.98 0.4 269
HO
aspártico OH
(Asp, D) O NH2
O O
Ácido 147 2.10 4.07 9.47 3.08 0.7 247
glutámico HO OH
(Glu, E) NH2
Amino
ácidos
Básicos
NH O
Arginina* 174 2.01 9.04 12.48 10.76 15 230
(Arg, R) H2N NH OH
d
NH2
O
Histidina* 155 1.77 6.10 9.18 7.64 0.4 287
(His,H) N
OH
NH NH2
O
Lisina* 146 2.18 8.95 10.53 9.74 Muy 255
H2N
(Lis, K) OH soluble
NH2
Con excepción de la glicina, los carbonos alfa de los -amino ácidos son quirales; por lo
tanto, son posibles dos formas enantioméricas. En la naturaleza sólo se encuentra uno de
los dos enantiómeros, el que estructuralmente está relacionado con el L-gliceraldehído. Por
esta razón se ha aceptado que los -amino ácidos que se encuentran en forma natural se
les denominen amino ácidos L o de la familia L.
En las proyecciones de Fischer, los amino ácidos que se encuentran en forma natural se
representan colocando el grupo COOH en la parte superior, la cadena lateral abajo, y el
grupo –NH2 a la izquierda, como se dibuja un carbohidrato.
H OH H NH2 HO H H2N H
CH2OH R CH2OH R
D-Gliceraldehído D--Aminoácido L-Gliceraldehído L--Aminoácido
(Natural) (No Natural) (No Natural) ( Natural)
Los -amino ácidos que el organismo no puede sintetizar, se les conoce como “Esenciales”.
En la tabla 1 son los 12 amino ácidos en negritas.
3.6.-Fenilcetonuria
La fenilcetonuria o PKU es una alteración del metabolismo que ocasiona que no se pueda
metabolizar la fenilalanina en el hígado. Es un padecimiento de origen genético que se
manifiesta por la carencia de las enzimas fenilalanina hidroxilasa (FAOH) o tirosina
hidroxilasa (DHPR). La carencia de alguna de estas enzimas eleva la concentración
sanguínea de fenilalanina que se metaboliza por la reacción de transaminación generando
un incremento de los metabolitos fenilpiruvato, fenilactato y fenilacetato. Los síntomas son el
retraso psicomotor, cuadros psicóticos de tipo autista, convulsiones y eczema facial.
O O
OH OH
Enzimas: FAOH o DHPR
NH2 NH2
HO
Fenilalanina Tirosina
REACCIÓN DE TRANSAMINACIÓN
H NH3 O O H NH3
Glutamato
CO2
+ O 2C CO2 Transaminasa CO2
+ O 2C CO2
R R
Un -amino ácido -cetoglutarato Un -ceto ácido glutamato
H O
2
O3PO OH
N CH3
H
Fosfato de piridoxal (PLP)
+ H2O
+ H
PRP H
H2N O O OH
PRP
PRP N R N R
H
H H
O OH O OH
H + H2O H + O
H H
OH
O OH
O PRP
PRP NH2 N R1
R1
H
+ O H + H2O
H H
OH O OH
PRP PRP N R1
N R1
H
H
H
O OH
O OH
PRP N R1 H2N R1
PRP O
+ H2O +
H H
O OH O OH
N
B:
O O
H H
2 OH - -
O 3PO O - O
O O
- paso lento
+ O NH2 +
N CH3 O NH
H
2 OH
O 3PO
+
N CH3
H
H3C CH3 aldimina
O
O
+
B - O
O -
- O -
H O O -
O -
+ + O
O NH O NH
O O
2 OH H2O
2 OH
O3PO O3PO +
NH3
N CH3 +
N CH3 OH
H 2
H O3PO
quinoide
+
N CH3
H3C CH3 H
+
NH3
B:
O O
H
2 OH
O3PO O H3C -
H3C O
+ - +
N CH3 O NH
H
2 OH
O 3PO
H3C CH3 +
N CH3
+ H
B
O
O
H O
H3C - H3C
O - H3C
O -
+
O
NH +
NH H3C CH3 +
NH3
NH2
2 OH OH
2
O3PO O3PO +
NH
N CH3 +
N CH3 OH
H 2
H O3PO
+
N CH3
H
- 15 -
AMINO ÁCIDOS.
INFLUENCIA DE LA CADENA LATERAL
O
O O
H H
N OH N
OH OH
NH2
NH2
NH N
O NH2 O
HO
OH HN NH OH
O NH2 NH2
Problema 5. Pronostique los productos de reacción de: (a) prolina, (b) tirosina, (c) arginina y
(d) triptofano con un exceso de HCl; y con un exceso de NaOH.
pH bajo pH alto
(protonado) (desprotonado)
Punto Isoeléctrico
PI = pKa1 + pKa2
2
Zwitterion neutro.
Así como los amino ácidos tienen sus Pis, las proteínas también tienen un PI global debido a
los numerosos residuos ácidos o básicos que pueden contener.
Aprovechamos la ventaja de las diferencias de puntos isoeléctricos para separar una mezcla
de amino ácidos (o una mezcla de proteínas) en sus constituyentes puros mediante la
técnica de la Electroforesis.
Los diferentes amino ácidos migran a diferentes velocidades, lo que depende de sus puntos
isoeléctricos y del pH del buffer acuoso. Así es posible separar una mezcla de diversos
amino ácidos.
Problema 8. La glicina, al igual que la alanina tiene un punto isoeléctrico de 6.0. Trace
estructuras de las formas predominantes de la glicina a pH= 2.0, 6.0 y 10.0.
Problema 9. ¿Cómo podría explicar el hecho de que el triptófano tenga menor punto
isoeléctrico que la histidina, pese a que ambos tienen átomos de nitrógeno en el anillo de
cinco miembros? ¿Cual nitrógeno del anillo de cinco miembros de la histidina es más
básico?
Un aminoácido reacciona con dos equivalentes del hidrato de ninhidrina, para dar el púrpura
de Ruhemann, un producto azul-violeta. Esta reacción se emplea como ensayo para
detectar la presencia de amino ácidos en una muestra desconocida.
O O
-
OH R O
OH
O +
+
H3N O
O O
H2O
ninhidrina
-
O O
H
N
+ R
+ CO 2
+ H2O
O
O O
púrpura de Ruhemann.
- 18 -
Si se conocen los valores exactos de pKa para los sitios ácidos de un aminoácido, se puede
calcular los porcentajes de las formas protonadas, neutra y desprotonadas en una solución a
un pH dado utilizando la estuación de Henderson-Hasselbalch:
-
H3C OH H3C O
+
+ H2O + H3O
H3N
+
O
+
H3N O pKa1= 2.34
- -
H3C O H3C O
+
+ H3O
+
+ H2O
pKa2= 9.69
H3N O H2N O
Como el pH de nuestra solución está mucho más cerca del pKa2 que del pKa1, necesitamos
usar pKa2 para nuestros cálculos. De acuerdo a la ecuación de Henderson-Hasselbalch,
tenemos:
Se pueden efectuar cálculos similares a otro pH, con lo que se llega a la curva de titulación
siguiente:
- 19 -
Problema 10. La Treonina tiene un pKa1 = 2.1 y un pKa2 = 9.1. Utilice la ecuación de
Henderson-Hasselbalch para calcular la proporción de formas protonadas y desprotonadas a
pH= 1.5 y pH = 10.0.
1. Síntesis de Strecker
O C N
+ OH
NH4Cl / KCN H3O
PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
Las proteínas y los péptidos son polímeros de amino ácidos en los cuales las unidades
individuales de amino ácidos, llamados residuos, están unidas mediante enlaces amida, o
uniones peptídicas.
Alanina (Ala)
Alanilserina (Ala-Ser)
Serina (Ser)
La larga secuencia repetida de enlaces peptídicos forman una cadena, la estructura primaria
o esqueleto de las proteínas. Por convencion siempre se escriben los péptidos con el
aminoácido N-terminal a la izquierda y el aminoácido C-terminal a la derecha. El nombre
del péptido se indica utilizando las abreviaturas para cada aminoácido.
- 21 -
H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH
R-P-P-G-F-S-P-F-R
Problema 17. Nombre los seis posibles tripéptidos isoméricos con valina, tirosina y glicina.
Utilice la notación corta de tres letras para cada aminoácido.
Consecuencias de la resonancia:
Estabilidad del enlace
Menor basicidad del átomo de nitrógeno
Rotación restringida del enlace C-N (carácter de doble enlace)
- 22 -
Configuración Trans
Oxidación
moderada
Cistina
Císteina
- -
HO S R
- Br Br
R SH R S R S S R
Br R S
H2O
- 23 -
Oxitocina
¿Cuáles amino ácidos están presentes? ¿Cuántos hay de cada uno? ¿Cuál es la secuencia
de amino ácidos de la cadena peptídica?
Las respuestas a las dos primeras preguntas se obtienen con un Analizador de amino ácidos.
2-mercaptoetanol
Ácido yodoacético
Ácido cisteico
Ácido cisteico
DEGRADACIÓN DE EDMAN.
- 26 -
Los péptidos de cadena acortada se vuelven a someter en forma automática a otro ciclo de
la Degradación de Edman.
La determinación de la secuencia completa de proteínas por este método es poco práctica a
causa de la formación de subproductos indeseables que limita el método a un máximo de 50
ciclos.
2,4-dinitrofluorobenceno polipéptido
(DNFB)
Polipéptido marcado
- 27 -
Mezcla de
Aminoácido N-terminal resto de
marcado. aminoácidos
Separado e identificado
Dadas las limitaciones de los métodos de Edman y Sanger; primero se rompe una cadena
peptídica larga por medio de una hidrólisis parcial en varios fragmentos más pequeños, se
determina la secuencia de cada fragmento y éstos se ajustan haciendo coincidir los
extremos que se traslapan.
HIDRÓLISIS ENZIMÁTICAS.
Enzima Especificidad
Val – Phe – Leu – Met – Tyr – Pro – Gly – Trp – Cys – Glu – Asp – Ile – Lys – Ser – Arg –
His
HIDRÓLISIS PARCIAL
a. H-Asp-Arg-Val-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
d. H-Pro-Fen-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
a. H-Asp-Arg-Val-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
d. H-Pro-Fen-OH
H-Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-Fen-OH
Problema 21. Dibuje la estructura del derivado PTH que se puede formar por la degradación
de Edman de la Angiotensina II.
Problema 22. Indique la secuencia de los hexapéptidos que producen los siguientes
fragmentos por hidrólisis parcial con ácido:
carboxipeptidasa
Problema 23. Se encuentra que un hexapéptido con la composición Arg, Gli, Leu, Pro tiene prolina en
los extremos C y N. La hidrólisis parcial produce los siguientes fragmentos:
Problema 24. Proponga dos estructuras para un tripéptido que por hidrólisis se descompone en Leu,
Ala, y Fen pero que no reacciona con carboxipeptidasa ni con fenilisotiocianato.
SÍNTESIS DE PÉPTIDOS.
Aunque las amidas simples suelen formarse por la reacción entre aminas y cloruros de ácidos, la
síntesis de los péptidos es más difícil porque se deben de formar muchos enlaces amida diferentes en
orden específico y no aleatoriamente.
Protección
NH2
Alanina 1. Formación de
la amida
2. Desprotección
Protección
COOH
Leucina
CH3
H3C
O H3C
CH3 O O H3C
H3C CH3
tert-Butoxicarbonilo R O
Boc- CF3COOH
CH3 O O O
CH3
HCl gas
BF3 / Et2O / THF
O H3C O H3C
CN CN
R O Cl O
Ciano-t-butoxicarbonilo CH3 Cyoc- CH3 NaOH / THF
R
Cl
O
O
O O
carbamato
O
OH
OH - HCl
Cl O H2N O NH
+ O
O
O
del Cl2C=O y C6H5CH2OH Glicina Glicina-CBZ
- 33 -
O
O
ZBC NH OH ZBC NH O
- HCl
+ Cl O CH3 O
O O CH3
O
O
O
O NH O OH
O +
CH3 NH2
O
fenilalanina
O
HN
O NH OH
O
O O
HN HN
H2, Pd / C CH3
O NH OH CO2 H2N OH
O O
ter-butoxicarbonilamida (BOC)
Fluorenilmetoxcarbonilamida
(Grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo)
Desprotección. (ruptura del grupo FMoc)
producto
piperidina aminoácido libre secundario
Leucinato de metilo
Leucina Leucina
- 35 -
Leucinato de bencilo
Cloroformiato de bencilo
a) Carbonildiimidazol (CDI)
O
O R1
O O R1 CO2
O R O
R
NH +
OH N N N
+ NH2 CH3
N NH-protegido O
NH-protegido N NH
calor
CH3
b) Diciclohexilcarbodiimida (DCC)
- 36 -
O
O O R1
R1
R O
R O
OH NH
N C N NH2 CH3
+ + HN NH
NH-protegido NH-protegido O C
calor H3C
O
O
H3C
O
R1
N
O O R1
R
OH H3C
NH2 CH3 R O
+ N C N NH
NH-protegido
CH3 calor +
NH-protegido O
H3C
O
H3C C
N NH NH
CH3
CH3
N +
P N
N
- 37 -
Problema 25. Indique el mecanismo de la formación de un derivado BOC para la reacción de Tirosina
con bicarbonato de di-ter-butilo.
Problema 26. Escriba los cinco pasos que se requieren para la síntesis de H-Leu-Ala-OH a partir de
alanina y leucina.
(a) H-Leu-Ala-Gli-OH
(b) H-Gli-Leu-Ala-OH
(c) H-Ala-Gli-Leu-OH
- 38 -
cadena A
21 aminoácidos
cadena B
30 aminoácidos
insulina
La insulina esta compuesta por dos cadenas que suman un total de 51 amino ácidos unidos pos dos
puentes disulfuro. Frederick Sanger determinó su estructura y recibió el premio Nobel en Química en
1958 por su trabajo.
La síntesis de péptidos se efectúa sobre esferas sólidas de poliestireno, preparado de un modo tal que
por cada 100 anillos de benceno uno lleve un grupo clorometilo:
CH3 CH3
CH3
H3C
Cl Cl
Aminoácido N-protegido
- 39 -
Dipéptido
protegido
Dipéptido-Resina
3 Aminoácido
N-protegido y
COOH
activado
- 40 -
3 Aminoácido N-protegido
Tripéptido protegido
Tripéptido-Resina
polímero
Tripéptido libre
Problema 28. La importancia del rendimiento en cada paso de la síntesis de un péptido es muy
grande. La preparación de un decapéptido puede implicar de 30 a 40 reacciones químicas. Suponiendo
que cada paso pueda realizarse con un rendimiento del 90%, calcule el rendimiento global de una
secuencia de 40 pasos.
PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA PRIMARIA.
H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH
OXITOCINA
- 42 -
VASOPRESINA
ESTRUCTRURA SECUNDARIA.
- 43 -
Es la orientación relativa de los átomos del “esqueleto” (backbone): átomos que forman en enlace
peptídico.
Depende de:
La región planar en cada enlace peptídico.
La formación de puentes de hidrógeno.
Separación adecuada de grupos R (cadenas laterales de los amino ácidos)
HELICE ALFA
Cada oxígeno está unido con un puente de hidrógeno al amino ácido del siguiente giro de la hélice.
(Prolina rompe las hélices alfa)
Cada carbonilo en un enlace peptídico está unido con un puente de hidrógeno al grupo H-N de un
amino ácido de una cadena adyacente.
- 44 -
ESTRUCTURA TERCIARIA.
- 46 -
Describe el enrollamiento de toda la proteína en una forma tridimensional (3D).
ESTRUCTURA CUATERNARIA.
Describe como se unen las moléculas de proteínas diferentes en grandes estructuras agregadas.
- 47 -
• Proteínas simples
– Constituidas únicamente por amino ácidos
• Proteínas conjugadas
Constituidas por amino ácidos y otros compuestos.
– Glicoproteínas (carbohidratos)
– Lipopoproteínas (grasas)
– Nucleoproteínas (ácido ribonucleico)
– Fosfoproteínas (ésteres de fosfato)
– Metaloproteínas (hierro)
PROTEÍNAS CONJUGADAS:
• Globulina (glicoproteína)
• Interferón (glicoproteína)
• Caseína (fosfoproteína)
• Ferritina (metaloproteína)
• Hemoglobina (metaloproteína)
ENZIMAS.
Problema 29. se cree que la descarboxilación de los -cetoácidos catalizada por tiamina se inicia con
la eliminación de un átomo de hidrógeno ácido del anillo de tiazol de la tiamina.
H3C H3C
CH3 CH3
H3C + H3C + +
N N
+ H
- S
S C
H
a. ¿Por qué es ácido este hidrógeno?
b. Proponga un mecanismo para la descarboxilación del ácido pirúvico (CH3COCO2H) mediante
tiamina. Se sabe que el intermedio final es la especie A.
H3C
CH3
H3C +
A= N
S
H3C
C
OH
H
(CH2)4 CO2H