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Seminario Práctico

Introducción a los Metadatos


en Ecología. Edición de
Metadatos con Morpho

Antonio Jesús Pérez Luque

sl.ugr.es/ajpelu_metadatos_master2010_pr

Master “Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad”


Asignatura: Ecoinformática
Dic. 2010
1. Introducción

Definiciones
ƒ Información sobre los datos
“datos sobre los datos”
ƒ Información de nivel superior que describe el
contenido, calidad, estructura y accesibilidad de un
conjunto específico de datos.
(Michener et al., 1997)
2. Objetivos

932

Datos metadatos datapackage

Documentar un conjunto de datos con el estándar de metadatos


ecológicos EML (Ecological Metadata Language) utilizando un
editor de Metadatos (Morpho).

Crear un paquete de datos documentados, validarlos e incluirlo


en un catálogo de metadatos accesible a la comunidad científica.
3. Herramientas

i. Conjunto de datos
file: Observaciones.csv
directory: /home/ecoinformatica

ii. Editor de Metadatos


Morpho: http://knb.ecoinformatics.org/morphoportal.jsp

iii. Validador de Metadatos


EML Parser: http://knb.ecoinformatics.org/emlparser/

iv. Catálogo de Metadatos


Metacab-KNB (The Knowledge Network for Biocomplexity)
https://knb.ecoinformatics.org/knb/
Metacab-iEcolab (Laboratorio de Ecología del CEAMA)
http://metacat.iecolab.es/knb/
3. Herramientas: Datos

i. Conjunto de datos
file: Observaciones.csv
directory: /home/ecoinformatica

obs_id anio mes valor variable estacion_id


1 1984 4 22.30 precip 1
2 1984 5 78.20 precip 1
. . . . . .
. . . . . .
183 1975 5 3.40 tmin 2
184 1975 6 8.00 tmin 2
. . . . . .
. . . . . .
699 1995 9 23.90 tmax 2
700 1995 10 20.90 tmax 2
3. Herramientas: Morpho

ii. Editor de Metadatos: Morpho


ƒ Plataforma que permite a los ecólogos
crear y organizar los metadatos y los
datos y almacenarlos localmente y/o
compartirlos en red.
ƒ Tanto los datos como los metadatos
pueden ser buscados y recuperados,
localmente y en la red
ƒ Permite compartir datos,
estrcuturandolos bajo una estructura
común (estándar EML)
ƒ Utiliza el formato XML
<etiqueta>...</etiqueta>
ƒ Es un editor XML
ƒ 15 pasos - Para cada paso se describe
la información que se ha de rellenar
ƒ Existencia de campos requeridos
(en rojo)
3. Herramientas: Morpho

Primeros pasos: Creación de 1 perfil

Datos
ƒ Nombre de perfil:
ecoinf_iecolab
ƒ Nombre:
Iecolab
ƒ Apellido:
Practicas Ecoinformatica
ƒ Organización:
Unaffiliated
3. Herramientas: Morpho

Primeros pasos: identificador

El nombre que elijamos se usará para nombrar todos


los datapackage creados con este perfil.
Cada nodo (centro de investigación) tiene un nombre
asignado (ej. Red LTER-US)
3. Herramientas: Morpho

Primeros pasos: Trabajo en local o conexión al servidor (catálogo)

Para acceder a la red hemos de estar registrados en KNB


http://knb.ecoinformatics.org/
Username: ecoinf_iecolab
Organization: ecoinf_iecolab
Password: ecoinf_iecolab
3. Herramientas: Morpho

Inicio
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 1

Creación de un paquete de datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 2

Título y Abstract
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 3

Keywords
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 4

Información relativa a los responsables de los datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 5

Propietario del paquete de datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 5

Propietario del paquete de datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 6

Contacto de los metadatos del paquete de datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 7

Partes asociadas al paquete de datos


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 7

Partes asociadas al paquete de datos: identificar “rol”


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 8

Información sobre el proyecto


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 9

Derechos de uso del paquete de datos.


3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 10

Coberturas: geográfica
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 10

Coberturas: geográfica
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 11

Coberturas: temporal
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 11

Coberturas: temporal
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 12

Coberturas: taxonómica
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 13

Metodologías
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 14

Acceso a la información
3. Herramientas: Morpho. Creación de datapackage. 15

Introducir metadatos sobre la tabla de datos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 1

Describir la tabla de datos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 2

Importar estructura de la tabla de datos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 4

Importar estructura de la tabla de datos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 5

Importar estructura de la tabla de datos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 6a

Descripción de los atributos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 6b

Descripción de los atributos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 6c

Descripción de los atributos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 6d

Descripción de los atributos


3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 7

Vista datos
3. Herramientas: Morpho. Documentacion de la Tabla. 7

Vista final metadatos


3. Herramientas. Validador EML

iii. Validador de Metadatos


EML Parser: http://knb.ecoinformatics.org/emlparser/
3. Herramientas. Catálogos de Metadatos

iv. Catálogo de Metadatos


Metacab-KNB (The Knowledge Network for Biocomplexity)
https://knb.ecoinformatics.org/knb/
Metacab-iEcolab (Laboratorio de Ecología del CEAMA)
http://metacat.iecolab.es/knb/

Conectar desde Morpho con el catálogo de metadatos

Archivo -> Establecer Preferencias


Metacar-URL -> dirección del catálogo de metadatos
http://metacat.iecolab.es/knb/metacat
https://knb.ecoinformatics.org/knb/metacat

Conectar desde Morpho con el catálogo de metadatos


Archivo -> Guardar
- Localmente
- En red
3. Herramientas. Catálogos de Metadatos

iv. Catálogo de Metadatos


Metacab-KNB (The Knowledge Network for Biocomplexity)
https://knb.ecoinformatics.org/knb/
Metacab-iEcolab (Laboratorio de Ecología del CEAMA)
http://metacat.iecolab.es/knb/
Cualquier duda, me podéis encontrar en:

ajperez@ugr.es

iecolab.es/ajpelu
Gracias por la atención!!
ajperezluque.blogspot.com

@ajpelu

scribd.com/ajpelu

Presentaciones:
Pérez-Luque, A.J. (2010). Introdución a los metadatos en Ecología. Seminario de la Asignatura
Ecoinformática. Master “Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad”, Dic-2010.
Disponible en: http://sl.ugr.es/ajpelu_metadatos_master2010

Pérez-Luque, A.J. (2010). Introdución a los metadatos en Ecología. Edición de Metadatos con
Morpho. Seminario Páctico de la Asignatura Ecoinformática. Master “Conservación, Gestión y
Restauración de la Biodiversidad”, Dic-2010.
Disponible en: http://sl.ugr.es/ajpelu_metadatos_master2010_pr

Texto:
Pérez-Luque, A.J. (2010). Introdución a los metadatos en Ecología. Seminario de la Asignatura
Ecoinformática. Master “Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad”, Dic-2010.
Disponible en: http://sl.ugr.es/ajpelu_metadatos_master2010texto

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