Desde varios años atrás se han venido presentando distintas problemáticas en el río
Fonce, debido a la ausencia de un esquema de ordenamiento territorial, la falta de recursos para invertir en investigación e infraestructura de proyectos y prácticas adecuadas del manejo de los servicios ecosistémicos que brinda el río y así mismo que mejoren la calidad de vida de las personas que viven margen del Río Fonce. Como es el caso del municipio de San Gil, que ha usado el río para sus actividades económicas, económicas, turísticas y la más dañina a nivel medio ambiental, que es para evacuación de los vertimientos de uso doméstico, comercial e industrial producto de las actividades diarias sin tener un previo tratamiento antes de ingresar al sistema dinámico. La CAS (Corporación Autónoma de Santader) esta proponiendo estrategias y proyectos, como la implementación de pequeñas plantas de tratamiento de agua residual para minimizar la carga contaminante que recibe el río, también dentro de sus propuestas de manejo, está la verificación y posible sanción de hoteles que se ecuentran vía al municipio y que edificaron a la margen de río sin permiso de la correspondiente oficina de planeación.